4POXA

Structure of the pbp noct in complex with nopaline
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
DYKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPMTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Agrobacterium uses a unique ligand-binding mode for trapping opines and acquiring a competitive advantage in the niche construction on plant host.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
total genus 86
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4poxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4poxA02
5ELVA 4IGRA 2X7PA 4ZE8A 4R9FA 1TFAA 1WODA 3VLVA 5IKBA 1EZ9A 4FORA 1USYE 4H65A 1FTLA 1Q35A 1B3GA 1UIUA 3C34A 4KFQA 5H8NB 4QFOA 1JW4A 1FW0A 3LSLA 3HSTA 3LSWA 2G93A 1FQDA 2DXRA 5AA2A 3IOVA 1OIBA 2I0CA 2Z8EA 3MZ1A 4OEUA 4JWXA 2H25A 3H03A 4RPNA 4PFUA 2THIA 4R73A 2ALUA 1SI1A 1I6AA 5L9MA 1I6QA 1A99A 1PBPA 1HSLA 2HAVA 3RNNA 3H6UA 4YMAA 1M5EA 3VXBA 4M4GA 3S4UA 5M2VA 5H8FB 5HBCA 1LBBA 3KSJA 2NOOA 3OSQA 1BKAA 3R26A 1LAHE 3VE1B 3K6UA 3G3JA 4H0WA 1ZBMA 2GHBA 3IB2A 4H6DA 1PB7A 4UACA 4BDLA 4Z0IA 3K0VA 4F1VA 4ONYA 4R6KA 4H8JA 1XT8A 4YB6A 1MQJA 3MVWA 5AA3A 3B6QA 3G3GA 3N5LA 4LUBA 5AA4B 3W9WA 3KFMA 1A8FA 3B6WA 2O69A 2HXWA 3OO8A 3TCFA 1FQAA 1FQEA 4NE4A 3CG1A 1R6ZA 1P99A 2XXPA 3OD7A 4LONB 4EF1A 2CZLA 2XXVA 3O2AA 3TTLA 3TQWA 1QULA 3FATA 4LZ5A 2R71A 3OEMA 4LATA 2KLFA 3RQTA 1NL5A 2ZXTA 4EXKA 3F11A 4DDDA 1YCJA 4G2ZA 1VFDA 3IOTA 5DYHA 4JWYA 4QSEA 1ATGA 2F7AA 3VLUA 2XD3A 4C1TA 2AIXA 4MFIA 2RCBA 5I58A 3R7XA 3CFZA 2E0SA 3IR1A 2DXYA 2OK2A 4OHNA 1B3HA 4XKRA 1H76A 4FATA 5I56B 2RKMA 3KG2A 3FJ7A 5CBRA 2M8CA 4LZ8A 5H8SA 1M5DA 4IY6A 4GLIA 4OENA 1N3WA 3HO7A 3FJMA 2ABHA 3I3VA 2ESNA 1JETA 4G8NA 3RTFB 4KCDA 5H8HB 1MPDA 1JW5A 4HS7A 3USDA 1BIYA 4OQOA 4RY1A 3RTWB 1SI0A 1BP5A 4R72A 1Z7ME 3IORA 2ZNTA 1ZLQA 4G68A 3U94A 2H9BA 3UK4A 3MUQA 2YLNA 3PPNA 4OEVA 4MLVA 1RYOA 4NEDA 4HCYA 4OMBA 1RYXA 2GH9A 2QS4A 3UIFA 4QHQA 4KCCA 3PMWA 1B05A 1Q1KA 3VV5A 2XXRA 3K6XA 2ONRA 4ISUA 3M3LA 3TTMA 3SKPA 3H6VA 4YKKA 2UVGA 2XXQA 4ZEIA 2XXTA 1LCFA 3OEKA 3R6UA 3EHTA 2F6PA 2D21A 1LAFE 4U1OA 3OENA 3SEWA 2Y7KA 4F2OA 4NF6B 3L6GA 3U1OA 3TMGA 2V3TA 1B52A 5LOMA 2VGQA 3PD8A 3S9MC 4PQJA 3THIA 1B9JA 1B32A 4N13A 3QAXA 2I58A 2ZYNA 2ZMBA 1AOVA 4LQ5A 2QS3A 3Q28A 1Y20A 3E3KA 2DWAA 3H4ZA 4KHZE 4ZECA 3QUFA 3EHSA 4KYSA 4BDMA 4ELRA 4YU0A 1H3DA 1LSTA 1TT1A 3PU5A 3OO6A 4HTGA 2GHAA 4Q5TA 2H5YA 4AQ4A 1DTGA 1PDAA 1SYHA 3B7DA 1Y1MA 1MXYA 3LR1A 1JVXA 4KI0E 3PUZE 3FZVA 4R6YA 1P1NA 3RPWA 3TTNA 3RN8A 3CFLA 3DP4A 3PUXE 2XHDA 2A5TB 3B6TA 5I57A 4GXAA 1ZIUA 3PUYE 3IJOB 1Y9UA 4QFKA 1NNTA 4R75A 3N6UA 2Y7WA 3DP8A 1YAEA 2Q2AA 1MRPA 3G3HA 4F31B 3MP8A 1DSNA 4G8MA 5CMCA 3T96B 1IUDA 5H8QB 5CMMA 3FXRA 2X7QA 2UYEA 4OYVA 4OFOA 2IA4A 3FVOA 1OVTA 4YAHX 4PP0A 3K1PA 2QS1A 4RNSA 5I2NA 1SVXB 4ELQA 2B3BA 2UVIA 4OERA 4JB7A 2PMSA 4ECFA 5DEXB 2F34A 2REGA 3TUSA 5F1QA 1QKAA 2OWSA 2ONKE 5TP9A 5FHOA 3GXAA 3U93A 3CSGA 1URSA 2ANJA 3PPPA 3KSXA 3MZ9A 1IXGA 3V5AA 4NTLA 5ISUA 5I59B 1FQBA 1DPPA 3DP6A 1LGBC 3IK6B 4QFLA 3T9VA 3SERA 4EF2A 4O3CA 1OMPA 2UVJA 3TPAA 3W9VA 1B5HA 2OCUA 2I4CA 4ESWA 1MY4A 3HHFA 4YB7A 5HM4B 1AH5A 2V84A 2XXXA 3DLNA 3QSLA 4HCWA 1QUJA 2ZNSA 3JZJA 2UVHA 2AL5A 1N7WA 3IL1B 3KOSA 4EDPA 3T9UA 1JEVA 1B58A 3JYRA 3OO9A 4X1BA 4XIGQ 1LAGE 3IO4A 1LBCA 4K3FA 4F19A 5I84A 4I1DA 1MM7A 1SW1A 1P1UA 5K2YA 5JTYB 3VVFA 4DCXA 4NF4A 2X26A 5CMKA 3C35A 3QYTA 2VD3A 2H98A 4FE8A 4BLAA 4X9TA 2RCAA 5CI5A 4X48A 1D9YA 3BKIB 3VXCA 1FTMA 4WEDA 3DM0A 3D4GA 4DLDA 4GRKA 4PFTA 3EHUA 1XVXA 4I8CA 2RF1A 4EXLA 2DSFA 1IIWA 4U21A 2H99A 3CR9A 4Q30B 4JXIA 4POWA 3S9EA 4LA9A 4OFJA 1QKBA 1LAXA 3PMXA 2Y7RA 1QUIA 1UTHB 3MVYA 3FJGA 3GZGA 1P1WA 1Z7NE 1D4NA 2F36A 1TXFA 3MPLA 3P7IA 3H6TA 2HQ0A 2DWIA 4JSOA 4JSDA 1QJMA 3MWBA 1CB6A 4KYEA 5L8DA 1H44A 1NH8A 2Z8FA 2O7UA 1B7ZA 1LFGA 2W7YA 2PT1A 3IOWA 3K4UA 4P11A 4YB5A 3TEPA 4R9GA 1MXVA 2Q9TA 1H45A 3MJNA 2XXHA 4IO5A 2PT2A 3FXQA 3KJ7A 1XVYA 1A8EA 3RT8A 1MH4A 1UTBA 4RK2A 1A55A 5J1DA 3U8QA 4F3GA 1B2HA 3V89B 4POXA 1VE4A 3IB1A 4NF8A 3TDJA 3CRBA 4NF5B 3CSBA 3K1NA 3C32A 2Z23A 5KCJA 4ND9A 3MP1A 4GFRA 1PC3A 3T22A 1B3EA 2QS2A 3FUZA 3HHGA 2F6GA 3ODBA 3C31A 3HN0A 2XXIA 4F1YA 1XS5A 1MXWA 5A5XA 3UORA 3U72A 1WVJA 3LSXA 5CM6A 3L6HA 2Q2CA 1MQHA 5B70A 3KN3A 4F39A 2XD2A 1MXZA 2D5WA 4GVOA 2F7BA 1EH3A 2REJA 3OXNA 5ICQA 5AA2B 1ZU0A 1N84A 1SDXA 2GFEA 1EU8A 2E1SA 4JBZA 2FYIA 1MY0A 3E9XA 3FASA 3N6TA 5KDTA 3SEUA 2NVUB 1SQYA 3KBRA 4IB2A 4OFLA 2O6AA 5TPAA 1POTA 3K00A 1IXCA 1MQIA 1FTJA 3E13X 2DWHA 2ZYMA 3O28A 3CG3A 1MM6A 3A09A 1P1OA 1B1HA 3RGYA 5ITPA 2VP1A 3PPRA 2DQVA 2P2AA 1S7YA 1JVYA 4ELOA 3G3KA 1ELJA 3TKDA 1A7LA 4HW8A 3ONMA 4YKIA 3TZAA 4LP2B 4X1DA 4OESA 3C4MA 3MPKA 1GGGA 4U1ZA 5JK4A 3C36A 3BFUA 4IO6A 1FCKA 1GV8A 4WKMA 1R1NA 3PUWE 4UA8A 4ESXA 4ZDMA 2ONSA 3HV1A 3Q26A 1LCTA 2DE3A 4OXVA 1SW2A 4I62A 2XXWA 4KYDA 1II5A 3U92A 4BDOA 1JEUA 4KQPA 4YZZA 4U22A 2Z8DA 3WAEA 1A54A 2ZYKA 3SEVA 1GTKA 2NUVA 1Y3QA 1SBPA 1BTJA 1DOTA 4ELPA 3C33A 3G3FA 1S9TA 2QJEA 2QMXA 5BUUA 3TCGA 3ZKLA 4Q0CA 3CI8A 3SETA 3O29A 4F3BA 1UIVA 4THIA 4OWDA 4NWDA 3CFXA 3O6GA 1N0TA 4C1UA 1LB9A 3ZS6A 3SDFA 3AXFA 3GBAA 2GRVA 1SD3A 2PX1A 1B0LA 4RA1A 1Y4TA 5I58B 1PB9A 3BFTA 5H8NA 3E4RA 1OVBA 1MPBA 4P0GA 3KOTA 4AB6A 3K1MA 1PB8A 1Y3PA 3PV0E 1R9LA 4EUOA 2B3FA 2HAUA 4F3PA 2XXUA 3G7WA 3OMBA 1XOCA 3M3FA 4RJZA 3EN3A 5I2KA 1VFEA 4GWOA 3PPOA 4M1VA 4H5FA 3S9LC 5H8FA 1JW1A 1IXIA 2DOJA 3C9HA 3MQ9A 2NXOA 4P0IA 4KD5A 1IITA 4N07A 1LFHA 5CC2A 4G68B 4NWCA 3W15C 2P1SA 4MBPA 4QF9A 4R2BA 3ZKKA 5AE4A 3TCHA 3OOAA 1M5BA 3FVKA 2XX9A 1DTZA 1CE2A 3O6HA 3MBPA 3TAJA 1M5FA 5TPAB 2HCAA 3QK6A 4ZEKA 3OSRA 3MC2A 4GL8A 4ZEFA 2RC9A 4OTEA 1D3KA 3N94A 3FVGA 2V93A 1XC1A 4U2RA 4JWOA 4YICA 2F35A 5KZTA 3FIRA 2I4BA 4FAJA 4YMBA 2FA7A 2CMOA 2QPQA 1MXXA 2I0BA 2OLBA 3ZSFA 1BLFA 2DVZA 3IO6A 3T93B 3IAZA 1FQCA 1N3XA 4G77A 4KPTA 3OO7A 3TTRA 1URDA 2OZZA 2DYXA 4MH5A 1B3LA 2Q88A 3RUMA 3GLBA 4XXUA 4GF8A 1LLSA 5DVFA 2Q89A 1Y3NA 5IAIA 1B4ZA 1MDQA 2O84X 3IX1A 4G68C 1R9QA 1HSEA 2VHAA 3G3IA 3FGSA 3PMVA 2V3UA 5L9OA 1IEJA 3K6VA 1SW5A 3WAFA 4R74A 2G29A 3VVDA 5I56A 1B7HA 2XX7A 2F97A 1NNFA 4FEBA 2AL4A 3T9XB 4H5GA 3RLFE 5CBSA 5CRYA 2HZKA 1MXUA 3LUYA 1IQ7A 1J1NA 1DPEA 4JDFA 4IO2A 4U23A 4H1XA 4E0WA 3UA8A 1IXHA 1N76A 4DXUA 1LFIA 5H8HA 1TFDA 1L5TA 2I3WA 4MF3A 4QSCA 5I57B 3TYHA 3PGFA 3PPQA 3TELA 2Y7PA 3K02A 3JV9A 4EQ9A 1KWHA 2HFBA 5JEIA 2BJJX 3CVGA 1A40A 3TTKA 5I2KB 2Y7IA 4ZEDA 1SW4A 2D3IA 4GD5A 1F9BA 3VVEA 4R2FA 1UQWA 5I2NB 4F18A 3LSFB 4GOTA 5FHNA 1HSJA 2XX8A 4MLQA 3MZBA 5L9SA 1QUKA 2FNCA 3QUJA 5DTBA 3KJTA 2I48A 2QRYA 3KGCA 1AL3A 4YKPA 1P1QA 3FVNA 3HCQA 4IO7A 5TP9B 1PEBA 1NNPA 1OLCA 4PFWA 4TLMB 4RPOA 3I5OA 1B5JA 4ZZEA 1FTKA 5FTHA 4L17A 3QXMA 4NMYA 4OVJA 2Z22A 3D4CA 1D9VA 4NF6A 3S9NC 2NWJA 4I9DA 2QMWA 2OJTA 4F2QA 2PBWA 5CMBA 5BWJA 1FTOA 2ZYOA 4PFYA 1NFTA 5B7DA 3DELB 4QSDA 1O7TA 1B0HA 3K2DA 4DXCA 3VLWA 1FQFA 5DVJA 2O7IA 1POY1 2WKYA 3A3CA 4RYAA 1N04A 3ILTB 3VFJA 4LQ2A 3O6IA 1N7XA 4LZ7A 1IZ1A 4WXJA 4FEDA 1NH7A 4XTCQ 2OWTA 3KN7A 1QW0A 2YJPA 3H3GA 1MH3A 1MDP1 4C0RA 5EYFA 3PUVE 1O63A 1OLAA 3EQ1A 3A3UA 1TWYA 3UGWA 4GQOA 2DWJA 4NF4B 3GBBA 2A5TA 2OBGA 1MY1A 4Q8RA 4OETA 3T66A 4PETA 2DS9A 2F5XA 1B1XA 3V83A 1MG1A 2O68A 3CIJA 3VDFA 4TLLB 2RC7A 4IO4A 1PBQA 5H8QA 4FJPA 1NMUA 4DXBA 1ZKBA 3IOUA 4RXLA 2AYSA 4DIGA 3H06B 1WDNA 1SYIA 1B51A 3TODA 1B3FA 4OZ9A 2PVUA 1DMBA 2I6EA 2UXAA 4QFPA 4FIMA 3IJXB 2RC8A 5DEXA 1YPNA 3K01A 5F7VA 4GIZA 2I49A 3KZGA 4TOZA 3H6WA 1ZTYA 2P0SA 1Y1ZA 3RT6B 1AIVA 1VSOA 4U4XA 5I59A 4DE8A 3SEXA 3QIMA 4O3BA 5EHSA 4WEPA 3KN8A 4F22A 3O97A 2H4IA 4QFNA 1AMFA 1LB8A 1RKMA 4EQ7A 1B6HA 4F29A 2F78A 3Q27A 1URGA 5ITOA 4O3AA 1YTVA 3H7MA 1O64A 2F8DA 2I3VA 3PD9A 1USYH 4H8IA 1UTBB 5TU0A 1B40A 1EZPA 5FTIA 4PE5B 4BDQA 3HPIA 4IO3A 4XKPA 3MVZA 2F7CA 1XHYA 5K2XA 2O1LA 2XXYA 5DT6A 2QSXA 4GL0A 3UN6A 3I6VA 3BBRA 4NF8B 4BDRA 2Y84A 2VOZA 3ILUB 1OQGA 2R6GE 2A5SA 1GVCA 4KR5A 3OELA 5KCJB 5FHMA 1JNFA 4XKNA 3N26A 5JTYA 1T0KA 3ECRA 4F1UA 2O51A 1VR5A 4RK9A 4ZEBA 2Q8JA 1MS7A 1US4A 1B7UA 1B5IA 3T9HB 3MVXA 3LC8A 3TFLA 4N6PA 2DE2A 2UYFA 3FV2A 4BDNA 4DZ1A 4TQUQ 2R9JA 4FECA 4YKJA 5A5XB 4DCYA 4IGTA 3O66A 4G8HA 5AA1A 1US5A 4F3SA 3MAMA 3FD3A 3KEIA 2RINA 3S2VA 2B65A 1H43A 2DE4A 4XKQA 1ZJLA 5AA2D 3SESA 1ANFA 2DP8A 3TQLA 4QRZA 1UTHA 1MPCA 3MW0A 4R6HA 4Z7EA 2ZNUA 4AB5A 1M5CA 5ICTA 5KDTB 3Q29A 3IB0A 1Y4CA 1MQGA 2LAOA 3M3KA 1I69A 1S50A 1NKXA 4E0XA 4GXSB 5EHMA 1B46A 3UP9A 1ZMGA 1GR2A 1MQDA 4EQBA 4ZZAA 4LVQA 1EZOA 5DVIA 1QVSA 1I6BA 2DVCA 5AA4A 2PYYA 2O1MA 4ZS9A 4ZE9A 1B4HA 1MY2A 3EF7A 3M8UA 2VD2A 3K6WA 2V3QA 2V25A 3LBSA 4G4PA 3FXUA 3SEYA 4IY5A 2HZLA 4U4SA 3MP6A 3O9PA 1OQHA 1MY3A 4NF5A 2QL3A 2YPNA 3V8XB 2IEEA 1NNKA 1JQFA 3RY3A 4H67A 2HEUA 3EPEA 3FV1A 3Q25A 5HPQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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