4Q0CA

3.1 a resolution crystal structure of the b. pertussis bvgs periplasmic domain
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
SQELTLVGKAAVPDVEVALDGDDWRWLARKRVLTLGVYAPDIPPFDVTYGERYEGLTADYMAIIAHNLGMQAKVLRYPTREQALSALESGQIDLIGTVNGTDGRQQSLRLSVPYAADHPVIVMPIGARHVPASNLAGQRLAVDINYLPKETLARAYPQATLHYFPSSEQALAAVAYGQADVFIGDALTTSHLVSQSYFNDVRVVAPAHIATGGESFGVRADNTRLLRVVNAVLEAIPPSEHRSLIYRWGLGSSISLDFAHPAYSAREQQWMADHPVVKVAVLNLFAPFTLFRTDEQFGGISAAVLQLLQLRTGLDFEIIGVDTVEELIAKLRSGEADMAGALFVNSARESFLSFSRPYVRNGMVIVTRQDPDAPVDADHLDGRTVALVRNSAAIPLLQRRYPQAKVVTADNPSEAMLMVANGQADAVVQTQISASYYVNRYFAGKLRIASALDLPPAEIALATTRGQTELMSILNKALYSISNDELASIISRWRGSDGDPRTWYAYRNEIYLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Virulence Regulation with Venus Flytrap Domains: Structure and Function of the Periplasmic Moiety of the Sensor-Kinase BvgS.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Virulence sensor protein BvgS
molecule tags Transferase
source organism Bordetella pertussis
total genus 159
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.13.3: Histidine kinase.
pdb deposition date 2014-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA02
2F6PA 2HXWA 1MY1A 1IITA 3PPRA 2AYSA 4E0WA 4ESWA 2OWSA 3KG2A 3IB2A 3K02A 1Y4CA 2BJJX 2PX1A 4XIGQ 5FTHA 3MZBA 3O6IA 3Q25A 4F19A 1MXZA 3IO4A 5DYHA 1LFHA 4IY6A 1USYH 3K1MA 5AA1A 1AIVA 1OVTA 3HHGA 4LA9A 4DLDA 1B3HA 5DVJA 4RPOA 1XVXA 3LUYA 1FW0A 2NVUB 4BDQA 1FQEA 3IL1B 4FIMA 3VVEA 4LONB 3N5LA 1B5JA 2VD3A 2PVUA 2IA4A 4XKNA 1VR5A 3G3GA 4Q8RA 1HSJA 4X48A 1MQGA 3FV2A 4ISUA 1B1HA 4YKKA 1S9TA 1WDNA 4MH5A 2XXPA 1MG1A 4IO6A 3SEUA 2ZNUA 2O6AA 3KJTA 3TEPA 1R1NA 2P2AA 4NF4B 3MW0A 3ILTB 1D4NA 1SW4A 2Q88A 3RNNA 3TTNA 1JVXA 4DXCA 4ZEIA 1H76A 3VFJA 3O29A 4E0XA 2I48A 1B3GA 2UVHA 3IR1A 4WKMA 2OBGA 4P0IA 3TTRA 2REJA 2E1SA 4KYSA 2Z22A 2GHBA 1MM7A 4ZE8A 4OVJA 4F29A 2XX9A 1BP5A 3HO7A 4N6PA 1ELJA 4LQ2A 4QFNA 1M5CA 1MQHA 4OHNA 2I3WA 4O3BA 1EZPA 4F3BA 1OQHA 3B6QA 3CR9A 3PPPA 1B9JA 3RT8A 2DE3A 4M1VA 4FAJA 2OJTA 4NF8A 4N13A 1ANFA 4ESXA 2ALUA 3S9MC 2V25A 3EHSA 1PEBA 3N6UA 2O7UA 2Y84A 3H6TA 5KCJB 3TFLA 3V83A 3QK6A 1B3EA 4LP2B 5JK4A 3S2VA 3V8XB 1JEUA 1Y4TA 2A5SA 4QF9A 4BDRA 3CSBA 3KN8A 3TQWA 3TELA 2I6EA 1POY1 4U23A 3R7XA 2V3QA 1NMUA 5CMCA 3M3KA 3H4ZA 3CIJA 1A8EA 2DQVA 3VLUA 1A99A 1FQDA 2ONSA 2LAOA 3O6GA 5I56B 3IOUA 4G8MA 3OEKA 4I1DA 2QPQA 2F34A 3GLBA 4EUOA 1USYE 3O97A 3AXFA 5ELVA 1I69A 2PYYA 5H8FB 4OMBA 2GH9A 4OESA 4TQUQ 5DVFA 3KSJA 1ZKBA 1UQWA 3OEMA 4RYAA 3K2DA 4YB5A 1N7XA 1EZ9A 3DELB 1FQAA 2Y7RA 3D4GA 3GBBA 5A5XA 1H44A 2PT1A 4EXKA 2ZYOA 1LSTA 1OMPA 1SI0A 5TP9A 4R6KA 2HEUA 3A09A 3K6UA 4IB2A 4GOTA 4U4SA 1GV8A 1DTGA 1M5BA 4KQPA 4JSOA 3MJNA 4YKJA 1Q1KA 4ELRA 5KDTA 1OLAA 2ZXTA 1US5A 2AL5A 1N3WA 3MZ9A 5H8HA 5CMKA 3GZGA 4QFPA 1P1QA 4JWYA 3RTFB 3EPEA 4LZ5A 3FV1A 5F1QA 3HSTA 2H99A 3UP9A 3HPIA 2RINA 3E13X 2HAVA 2ANJA 4MLQA 4X1BA 4NWCA 3FVNA 2XXTA 3RTWB 3PMXA 3CG3A 1FQFA 2GHAA 2V3UA 3MZ1A 1N76A 5AA2D 5HPQA 1LCFA 1MM6A 3KGCA 3JYRA 1B7UA 3PU5A 4YMBA 4ND9A 3Q26A 2HCAA 3DP8A 4H0WA 3E3KA 4H67A 1B5HA 2GRVA 4R75A 1A8FA 1Y1ZA 2X7QA 3M8UA 2I0BA 1SBPA 3S9NC 4ELPA 4F39A 1S7YA 4HTGA 1SYIA 1VSOA 3U93A 3FVKA 1S50A 3QSLA 3CSGA 1MY4A 4AQ4A 2VD2A 2WKYA 2QS2A 1DPEA 2NOOA 4KYEA 2XXIA 1UTHB 3KEIA 4XTCQ 1MH3A 4PQJA 4GFRA 2ESNA 2P1SA 3N6TA 3OMBA 4OXVA 4JXIA 1POTA 2FYIA 2RC7A 5H8SA 3OO8A 3Q28A 1O63A 3CRBA 5CMMA 3G3HA 2FNCA 2F7BA 3FIRA 5JEIA 1NNFA 2DS9A 2QSXA 2YLNA 1LAFE 4WEPA 5DVIA 1IIWA 3TTLA 1H3DA 2VOZA 3ZSFA 5H8QA 5CM6A 3BFTA 1M5FA 5DEXA 2A5TB 5I59B 2IEEA 2R71A 5CRYA 1OVBA 4OTEA 1YPNA 3KFMA 4EF1A 1XT8A 2QMWA 5I2KB 4FEDA 2DSFA 5AA2A 4NTLA 4OFJA 4ZZAA 3OSRA 3LC8A 2OCUA 3KN3A 5L9MA 4GXSB 4GD5A 1OLCA 4IGTA 1Y20A 3DLNA 5AA4A 5TPAB 1AL3A 2XXYA 2I3VA 3S4UA 3WAFA 4O3AA 3PPOA 2QS3A 4U4XA 4ZZEA 3PMVA 3FGSA 2RF1A 2F5XA 1GR2A 4ZEBA 4EF2A 3W15C 4ECFA 3KBRA 3T9XB 3VVFA 1P1NA 1I6AA 4KHZE 3K1PA 3IO6A 2HQ0A 4BDNA 4KCDA 4G8NA 1MPCA 3G3JA 4FEBA 3H03A 1XC1A 4WXJA 5L9OA 1P1WA 4UACA 1N84A 3MPLA 3T93B 5CI5A 2AL4A 1Y1MA 3IOTA 5JTYB 4U1ZA 4QFKA 3USDA 3H6WA 3UIFA 4GXAA 1ZBMA 3K6WA 1B32A 4GIZA 1P1OA 1B05A 4F1VA 1MQIA 3PUVE 3RN8A 4NF6A 1SW2A 2I58A 1NNPA 4ONYA 4XKQA 1OIBA 4FECA 3FZVA 1A40A 3BKIB 4NF5B 3FVGA 1FCKA 4P11A 1B0LA 3I5OA 4O3CA 1PB7A 2Y7IA 3SKPA 5FHOA 1MXUA 1NNTA 1NH7A 2O51A 4X9TA 1UIUA 3BFUA 3C35A 3CFXA 4YMAA 4PFUA 3FATA 3TPAA 4G68C 2XHDA 1QUIA 1N0TA 5L8DA 2F97A 1MPDA 1B58A 3TUSA 1Y3PA 2H5YA 4MFIA 4R6YA 1MDQA 4JBZA 4THIA 3TKDA 1O64A 4H1XA 4ZE9A 4GLIA 1FTMA 4OEUA 4PFYA 5K2XA 2G93A 1SDXA 3FVOA 4UA8A 3C34A 4YB6A 2Z23A 5I58A 5ISUA 2F78A 3RQTA 1MQDA 1QJMA 3OSQA 5H8NA 1MXXA 3RPWA 2RCBA 3QAXA 2ZYKA 1AH5A 5LOMA 4DXBA 3TCGA 3PV0E 4K3FA 1QW0A 1O7TA 2H25A 1II5A 1MXYA 4N07A 3QYTA 4IO4A 4OQOA 1B0HA 3QUJA 1XHYA 3B6TA 3T96B 4DCYA 2ZYNA 3FXUA 3C4MA 1IXGA 2XXUA 3EN3A 1DMBA 4FATA 1J1NA 3TTKA 4R2BA 1SYHA 3LSLA 1ATGA 3RGYA 5I2NA 4F2QA 2QL3A 3T66A 3VLWA 4R2FA 2QMXA 1URSA 3U92A 3KSXA 1UTBB 2Y7WA 1XOCA 2QS1A 1MDP1 2HFBA 4HW8A 3R26A 1MH4A 1LBBA 1Y3QA 2D5WA 3OXNA 4Z0IA 1D3KA 1JW5A 2VGQA 1JVYA 3H6UA 1B3LA 5CBRA 2DE2A 4MF3A 2DE4A 1JEVA 3EHUA 4Q5TA 4OEVA 3CFLA 3G3FA 2I0CA 1SD3A 2UVIA 5I57B 5BUUA 2E0SA 3MUQA 3CI8A 1SW5A 2Q2AA 1MS7A 3U72A 4C1TA 4NEDA 2V84A 4BLAA 2Y7KA 1TWYA 4EQ7A 1JETA 2F8DA 5F7VA 4C1UA 4M4GA 3LSFB 2DYXA 4U21A 4EQBA 4R6HA 1LCTA 2UYEA 4G68B 2NXOA 4GL8A 1UIVA 5KZTA 1T0KA 4YKPA 4NF4A 3PUXE 5FHNA 3UA8A 3EF7A 4F2OA 3LBSA 4AB6A 1FTJA 3K0VA 3SEYA 3PUYE 4OERA 3N94A 3TQLA 3B7DA 3Q27A 2PMSA 4LZ8A 3L6GA 4AB5A 3OD7A 3UORA 2YPNA 1DSNA 4GRKA 1F9BA 3UK4A 1JW4A 4LVQA 2CMOA 1LLSA 2RCAA 3ZKKA 4I8CA 4JWXA 1RKMA 3GBAA 3C33A 3MVWA 3O2AA 2I49A 4RJZA 2XXVA 4HS7A 4BDLA 1QULA 4RK9A 4IGRA 1NH8A 1IZ1A 4F1YA 1CE2A 4G4PA 3ZKLA 1LAHE 1WVJA 4F22A 4YB7A 3CG1A 2QS4A 3K6VA 5KCJA 3RLFE 1NNKA 1MY2A 1RYXA 4P0GA 3TDJA 1MXVA 3QXMA 2PT2A 4EDPA 3E9XA 3M3FA 3TODA 3Q29A 1P1UA 1KWHA 1LAXA 2O1LA 1QUJA 3TCFA 2HZKA 4R72A 3CFZA 3PUWE 3WAEA 4ZEDA 2H4IA 1B7ZA 3C31A 3HN0A 2R6GE 5I56A 2O1MA 2I4CA 1MY3A 1ZIUA 4KI0E 3CVGA 3MP1A 5FTIA 2Z8DA 4ZEKA 4G77A 1GGGA 4IO5A 2Z8FA 4R73A 2DVZA 4DDDA 1MPBA 2ZMBA 3FJGA 3MP6A 4F18A 5H8FA 4GF8A 3PD8A 5B7DA 1IXCA 4QRZA 2M8CA 2D21A 4PETA 4F1UA 3R6UA 3K01A 2HAUA 3K1NA 1B5IA 4NF8B 3VXBA 4DZ1A 4QFLA 4MLVA 1ZLQA 3I3VA 3EQ1A 5CBSA 3PGFA 2UVGA 4H8IA 3A3UA 4L17A 3H3GA 4R74A 3VV5A 3LR1A 1SI1A 3SEVA 3HHFA 4GQOA 5HM4B 2Q9TA 3KOTA 1US4A 3SDFA 3PD9A 1AOVA 2B3BA 4WEDA 5EHMA 1LBCA 5ITPA 4YICA 1FTLA 4RK2A 3VE1B 1NFTA 3H7MA 4NMYA 4QSDA 1JW1A 1BLFA 4IO7A 5CC2A 2QJEA 4NWDA 3SESA 3PUZE 4I9DA 3TTMA 2ZNTA 5A5XB 3V5AA 3QUFA 1B4HA 1N04A 3VDFA 5TP9B 1GVCA 5AA3A 3KOSA 3SERA 1Y9UA 1P99A 1PB8A 3TAJA 3G3KA 4R9GA 4EQ9A 2F35A 2OWTA 1PDAA 4XXUA 3C9HA 1LFGA 2F6GA 4PE5B 4ZDMA 3MAMA 1I6QA 3ONMA 3FJMA 3W9WA 3THIA 1Z7NE 3W9VA 1BIYA 5FHMA 2XXWA 1R9LA 5KDTB 1UTHA 3O6HA 4KD5A 1DOTA 4HCYA 4XKPA 1EH3A 3S9EA 5H8HB 3O66A 3FXQA 1AMFA 3T9UA 3G3IA 2THIA 2Y7PA 2O68A 3TYHA 1SQYA 3MWBA 1PB9A 3IOVA 3MQ9A 4KYDA 3V89B 3VLVA 1ZU0A 4H6DA 2RC9A 3TCHA 4EXLA 4OWDA 3ZS6A 3K00A 3MVYA 2Q2CA 2Q89A 2D3IA 2REGA 4OFLA 3H06B 1LFIA 4QSEA 2ZYMA 4NE4A 4ZS9A 4ELOA 2I4BA 3OOAA 4QHQA 1RYOA 2A5TA 5I59A 2F36A 2VP1A 5DTBA 4KFQA 4X1DA 2DXRA 1B4ZA 2DOJA 4F3SA 1HSLA 1B2HA 3KZGA 4BDOA 5I2KA 3I6VA 4OYVA 1NKXA 3U8QA 1VFDA 3GXAA 4H65A 4ELQA 4F3GA 4Q30B 3DP6A 3FXRA 3MP8A 5HBCA 3IB0A 4H8JA 1XS5A 3MPKA 4JB7A 4Q0CA 1DPPA 1FQBA 5BWJA 3DM0A 3D4CA 3ODBA 1B46A 4FORA 4RA1A 1QUKA 2QRYA 4KCCA 2F7AA 5TPAA 4DXUA 1B3FA 1A7LA 1BTJA 3T22A 3IOWA 2ONRA 2XXRA 2XXQA 3MVZA 1H43A 3ILUB 3KN7A 4PFTA 3DP4A 2CZLA 2O69A 3FASA 2AIXA 3F11A 3G7WA 3TMGA 4C0RA 3P7IA 2F7CA 4F3PA 3MVXA 5ICTA 4RPNA 4I62A 3KJ7A 5H8QB 1BKAA 2O7IA 4KR5A 2XXHA 4IO3A 2XD2A 3HV1A 5DEXB 1B51A 2P0SA 1TFDA 1QKAA 2V3TA 2HZLA 1A55A 4DE8A 5B70A 1MY0A 3ECRA 5JTYA 5J1DA 2RKMA 3FJ7A 4RY1A 2GFEA 3MC2A 2FA7A 3H6VA 2UVJA 4POWA 1LGBC 3QIMA 5AA2B 1B40A 3OO6A 2UYFA 3BBRA 1IXHA 3L6HA 1Z7ME 2RC8A 1URDA 4PP0A 2YJPA 2O84X 3PPQA 1TFAA 2XX8A 2NWJA 3HCQA 3RY3A 5DT6A 1MQJA 4NF5A 4TOZA 5AA4B 2X7PA 2ABHA 1MRPA 4YZZA 4KPTA 1YCJA 1Q35A 1VFEA 1YAEA 5CMBA 3O28A 1TT1A 2B65A 4OETA 3FD3A 4BDMA 4GVOA 3RT6B 3OENA 1B52A 2OK2A 1URGA 3SEXA 4FE8A 1R6ZA 1SVXB 4H5FA 4TLLB 3RUMA 1XVYA 2G29A 2KLFA 2XD3A 4IY5A 1H45A 3K4UA 4DCXA 1IUDA 1HSEA 3IB1A 3TZAA 2Z8EA 3E4RA 1I6BA 1IXIA 4IO2A 2DXYA 1GTKA 1LAGE 1QKBA 1DTZA 1YTVA 3VVDA 2Q8JA 3OO7A 5EHSA 3UN6A 4G8HA 4JWOA 2H98A 1M5DA 4OFOA 1WODA 4JDFA 3C36A 4LUBA 3IORA 4FJPA 4JSDA 4NF6B 3VXCA 4QSCA 1D9VA 5ITOA 3T9HB 4GWOA 1SW1A 2ONKE 5L9SA 1JNFA 4LATA 3U94A 4ZEFA 3LSXA 3M3LA 1N3XA 3K6XA 4H5GA 3T9VA 3S9LC 3SEWA 2NUVA 3JV9A 2DWHA 3IAZA 4YAHX 4U22A 3IK6B 3JZJA 5TU0A 4F31B 2VHAA 3PMWA 5AE4A 1EZOA 1A54A 1LB9A 1B1XA 1LB8A 2UXAA 1B6HA 4LQ5A 2DWJA 5IAIA 1UTBA 2R9JA 1PBQA 1CB6A 4YKIA 2B3FA 3U1OA 5K2YA 2W7YA 5I58B 4ZECA 2DWIA 2OZZA 2H9BA 3IX1A 5H8NB 4PFWA 4R9FA 1FQCA 4OENA 4POXA 2OLBA 1TXFA 4Z7EA 1D9YA 5IKBA 2XX7A 4HCWA 5ICQA 5I57A 1IQ7A 5EYFA 1MXWA 1FTKA 1QVSA 4LZ7A 1L5TA 2PBWA 1OQGA 1IEJA 3O9PA 4YU0A 3SETA 2ZNSA 3LSWA 3OO9A 2DVCA 3A3CA 1PC3A 4DIGA 2DP8A 3PPNA 2V93A 3N26A 1PBPA 4XKRA 3IJXB 4TLMB 3B6WA 1FTOA 1B7HA 2XXXA 1ZTYA 3FUZA 5I2NB 3UGWA 1N7WA 4G68A 1EU8A 4RXLA 4QFOA 5M2VA 3IJOB 3OELA 1ZJLA 3MBPA 4G2ZA 3C32A 4MBPA 3EHTA 1JQFA 1R9QA 4RNSA 1ZMGA 1NL5A 4GL0A 4U2RA 1Y3NA 2X26A 4OZ9A 5I84A 1M5EA 4U1OA 1VE4A 2DWAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F6PA 2HXWA 1MY1A 1FBPA 1IITA 2QVUA 3PPRA 2AYSA 4E0WA 4ESWA 2OWSA 3KG2A 3IB2A 3K02A 1Y4CA 2BJJX 2PX1A 4XIGQ 5FTHA 3MZBA 3O6IA 3Q25A 4F19A 1MXZA 3IO4A 5DYHA 1LFHA 4IY6A 1USYH 2XWIA 3K1MA 5AA1A 1AIVA 1OVTA 3HHGA 3KC1A 4LA9A 4DLDA 1B3HA 5DVJA 4RPOA 1XVXA 2QFLA 3RYDA 4XF5A 4P3LA 3LUYA 1FW0A 2NVUB 4BDQA 2R8TA 1FQEA 4QXDA 3IL1B 4FIMA 3VVEA 4LONB 4PCDA 3N5LA 1B5JA 2VD3A 2PVUA 1IMFA 2IA4A 4XKNA 1VR5A 3G3GA 4Q8RA 1HSJA 3LUZA 4X48A 1MQGA 3FV2A 4ISUA 1B1HA 4YKKA 1S9TA 1WDNA 4MH5A 4MNCA 2XXPA 1MG1A 4IO6A 3SEUA 2ZNUA 3T0JA 1K9YA 2O6AA 3KJTA 3TEPA 1R1NA 2P2AA 4NF4B 3MW0A 3ILTB 1D4NA 1SW4A 4MNIA 5A5LA 2Q88A 3RNNA 3TTNA 3PTYA 1JVXA 2ZZVA 4DXCA 1NV1A 4ZEIA 5IZ3B 1H76A 3VFJA 3O29A 4E0XA 2I48A 1B3GA 2CZHA 2UVHA 3IR1A 4WKMA 2OBGA 4P0IA 3TTRA 2REJA 2QVRA 2E1SA 4KYSA 2Z22A 2HPGA 2GHBA 1MM7A 4ZE8A 4OVJA 4F29A 2XX9A 4AS4A 1BP5A 3HO7A 4N6PA 1ELJA 1SPIA 3GYYA 4LQ2A 4QFNA 1M5CA 1MQHA 4OHNA 1RDYA 2I3WA 4O3BA 1EZPA 2XWOA 4F3BA 1OQHA 3B6QA 3CR9A 3PPPA 1B9JA 3RT8A 2DE3A 4M1VA 4FAJA 2OJTA 4NF8A 4N13A 1ANFA 4ESXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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