4Q0CA

3.1 a resolution crystal structure of the b. pertussis bvgs periplasmic domain
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
SQELTLVGKAAVPDVEVALDGDDWRWLARKRVLTLGVYAPDIPPFDVTYGERYEGLTADYMAIIAHNLGMQAKVLRYPTREQALSALESGQIDLIGTVNGTDGRQQSLRLSVPYAADHPVIVMPIGARHVPASNLAGQRLAVDINYLPKETLARAYPQATLHYFPSSEQALAAVAYGQADVFIGDALTTSHLVSQSYFNDVRVVAPAHIATGGESFGVRADNTRLLRVVNAVLEAIPPSEHRSLIYRWGLGSSISLDFAHPAYSAREQQWMADHPVVKVAVLNLFAPFTLFRTDEQFGGISAAVLQLLQLRTGLDFEIIGVDTVEELIAKLRSGEADMAGALFVNSARESFLSFSRPYVRNGMVIVTRQDPDAPVDADHLDGRTVALVRNSAAIPLLQRRYPQAKVVTADNPSEAMLMVANGQADAVVQTQISASYYVNRYFAGKLRIASALDLPPAEIALATTRGQTELMSILNKALYSISNDELASIISRWRGSDGDPRTWYAYRNEIYLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Virulence Regulation with Venus Flytrap Domains: Structure and Function of the Periplasmic Moiety of the Sensor-Kinase BvgS.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Bordetella pertussis
molecule keywords Virulence sensor protein BvgS
total genus 159
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.13.3: Histidine kinase.
pdb deposition date 2014-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA02
1YPNA 1QKBA 2I49A 3MZBA 3KFMA 3T9UA 3KG2A 2VHAA 1ELJA 3N6TA 2F6PA 5CBRA 1NNKA 3V5AA 4H65A 4RXLA 5I59A 3MP8A 3IX1A 5A5XB 4ZDMA 1Y1ZA 3C4MA 3PUWE 5K2YA 2HQ0A 4KHZE 3OELA 4NF4B 4ZEDA 4IO4A 1D4NA 5CRYA 3RNNA 3FV2A 2GFEA 5H8QA 4R2BA 4FE8A 5ICTA 5B7DA 3SEXA 1PDAA 3WAFA 2XXQA 3MZ1A 3BKIB 4X1BA 4DXUA 4HTGA 1Y9UA 4PFYA 1D9YA 2QRYA 3P7IA 2QMXA 4LATA 4U1OA 1LB8A 3RQTA 3TDJA 3IOUA 1QUIA 3HO7A 4NF8A 3CI8A 1N7WA 4POWA 4LQ2A 3IK6B 4YMBA 1MXXA 2DS9A 3O28A 5FHOA 3M8UA 1B52A 3IOTA 3CR9A 3CFLA 4NF5A 3OSRA 4OEVA 3O6IA 5CMCA 2HAVA 1XT8A 1DOTA 5DVFA 3SEYA 3HHGA 1MG1A 1MXUA 2YLNA 4F3GA 1FCKA 1JVXA 2F7AA 4ECFA 1QKAA 4JB7A 1TFDA 3TTLA 2QJEA 3K6XA 1OVBA 1S9TA 5I2KB 3PPRA 2O6AA 3T9HB 3UK4A 1UTBA 2WKYA 2D21A 3IJOB 3BFUA 3OO6A 2XHDA 3V89B 3KBRA 4BLAA 2ONSA 4Z7EA 1O63A 1B3HA 3H6VA 3MAMA 4LVQA 3UN6A 3ZKLA 1A8EA 2VGQA 4FIMA 3VLVA 4YMAA 1FQCA 2PYYA 3DP8A 2QSXA 3K2DA 2Z22A 2RC8A 4RNSA 4YU0A 1OQHA 1Q35A 3TZAA 2ONRA 2AYSA 4KQPA 1NNFA 5H8QB 4X1DA 1CE2A 4IB2A 3T9VA 1DTZA 4P11A 2DQVA 1B0HA 3MWBA 3FD3A 3O9PA 4JBZA 4QRZA 5I2NA 1SI1A 3C36A 3RN8A 4GF8A 1MY2A 3D4GA 1A7LA 1MQGA 2I4CA 4PP0A 4PFTA 3FVKA 4G68C 4HCYA 3PUVE 4O3AA 2Y7RA 1POTA 4PFWA 3SEUA 2O51A 5TPAA 2XX7A 2OLBA 1FQEA 4IY6A 5KDTB 3PPPA 2I0BA 4R6HA 5I84A 4LONB 1HSLA 4NF5B 4XIGQ 4EDPA 4K3FA 1OIBA 1B1HA 5DVIA 1LB9A 3TAJA 3TCGA 1LBBA 3G3HA 2O68A 1FQFA 2Y84A 5JTYB 3L6HA 4ESXA 1MY1A 3TUSA 1P1OA 1ZU0A 2H9BA 1SD3A 2H99A 4OESA 3KN7A 4KD5A 3C34A 2XX8A 4KCCA 3EQ1A 3ZSFA 1JEVA 3KSJA 4M4GA 2RF1A 3U93A 1EZPA 1MM7A 1NL5A 1R6ZA 1SYHA 4H6DA 5KCJA 4Q30B 2HXWA 1BLFA 3KSXA 5DEXA 5ISUA 2AIXA 4U23A 4I62A 1LFGA 1EH3A 3R6UA 5I56B 3IL1B 4MLVA 2F36A 1PB8A 1AL3A 4QSEA 2E1SA 4HS7A 4DXBA 2OBGA 3V8XB 2QPQA 2R6GE 5AA2D 2A5TB 4N07A 1Y4CA 4LUBA 5L9MA 5H8SA 2X26A 4ZEFA 1MPCA 4H5FA 2VOZA 1M5CA 1XOCA 3CFXA 1II5A 2E0SA 1FW0A 1A8FA 3SEWA 2VD2A 3N5LA 4EF2A 4YZZA 1OVTA 1AIVA 1A55A 2RKMA 3VLUA 3PMVA 4AB5A 3ZKKA 3VVDA 4DE8A 3IR1A 1XHYA 4UA8A 4IO2A 1M5BA 1VFDA 3GBAA 2F35A 2F97A 4R6KA 3E4RA 3FXRA 1D9VA 1N3WA 4OERA 5DYHA 2B3BA 1M5EA 1URGA 4LQ5A 4QFLA 3QSLA 2QS3A 2D5WA 1NH8A 1A54A 1I6QA 3CFZA 1LSTA 4R73A 4FJPA 2P0SA 1GVCA 4ELRA 1JQFA 2RINA 5AA2A 5CMKA 2XXIA 2OZZA 3H6UA 5KCJB 3SEVA 1EZOA 5AA4A 4NTLA 2Q2CA 4OVJA 3TMGA 1FQDA 3B6WA 1T0KA 1XC1A 4THIA 2VP1A 3O6GA 3H7MA 2IA4A 1P1UA 3N94A 2UXAA 3CG3A 3PUXE 2DWJA 1EZ9A 1KWHA 1HSJA 2D3IA 2ALUA 5CC2A 1JW4A 4WXJA 4F1VA 3VDFA 1MQHA 4OWDA 5CBSA 4NMYA 5TP9A 3TPAA 2IEEA 3RT6B 4C1UA 4YKPA 2UVHA 3G3IA 3IAZA 1B32A 2I48A 1FTMA 2H98A 3C31A 3Q29A 4Q0CA 4F31B 1LAHE 2RCAA 1VE4A 4GLIA 3M3FA 3K1PA 2ONKE 1MDQA 3RTFB 1PB7A 4U22A 4GIZA 5J1DA 4NWCA 1Y20A 3RT8A 3FV1A 4OETA 1XVXA 1QUKA 1JVYA 2ZNTA 3LSFB 1P1QA 3W9WA 5H8FA 5EYFA 1DPPA 2XXTA 1LFHA 2Y7IA 4OEUA 3H03A 2PBWA 4NF6A 5HBCA 3LC8A 4ZE8A 5AA2B 5LOMA 1SQYA 3H6TA 4O3CA 1NNTA 2F8DA 4RY1A 3VXCA 3OO9A 2V25A 1RYXA 3UGWA 4EQ9A 1MPBA 4ZEBA 3SERA 3LUYA 4QFNA 4KCDA 3FJ7A 3K00A 4EUOA 3SETA 1MH3A 1OLAA 3OEKA 1GR2A 4DXCA 2HFBA 3VFJA 1PEBA 3CG1A 3TQLA 2FYIA 1IQ7A 2ZYKA 1MDP1 2OWSA 1B3EA 4OFOA 3MJNA 3LR1A 4F39A 2QS2A 3S4UA 3VVFA 1R9LA 2F34A 3IB1A 1PBPA 4P0IA 5H8NB 1ZMGA 1B5JA 3MVYA 4H8IA 3OD7A 3EPEA 3ONMA 4DCXA 3MUQA 3FVNA 4R6YA 1P1NA 4Q8RA 5FTIA 3FVGA 5I58A 5DTBA 4FEDA 2NWJA 1ZJLA 2O1LA 1SVXB 3N6UA 4QFKA 2QS1A 3CIJA 3T66A 2RCBA 3VXBA 4HCWA 4OFJA 3EHUA 5H8FB 4N13A 3PMXA 1IXGA 3W9VA 3QIMA 3O2AA 4LP2B 2NUVA 1S7YA 4G68A 1Q1KA 3K0VA 1QULA 4F1UA 4NWDA 4DZ1A 2RC7A 4LA9A 1TWYA 3MVWA 4WEDA 5TU0A 3FIRA 4F19A 1USYE 3EHTA 4ESWA 5F7VA 3FJMA 5I59B 5JK4A 2FA7A 2F7CA 1B4HA 5HM4B 2CMOA 1AOVA 3OENA 4KYSA 2DWAA 4JWOA 1FQAA 3C35A 1VSOA 1B3GA 1LCFA 1M5DA 4ONYA 4G2ZA 2X7PA 1B05A 4H5GA 3R26A 1CB6A 2UYEA 3TELA 3G3GA 4E0XA 2PVUA 5FHNA 4ELPA 1OLCA 5ITPA 2HAUA 1QJMA 3B6QA 3PD9A 4WKMA 4H67A 4TLLB 4PE5B 4FATA 3K1MA 5BUUA 1JEUA 2P1SA 1N76A 3MW0A 5KZTA 1B51A 4EQ7A 1DPEA 1B7ZA 3DELB 3HHFA 4ISUA 2H5YA 4NF8B 4ZZEA 3T96B 2P2AA 1IEJA 2Z8DA 1B1XA 5I58B 4F3PA 3TFLA 3QAXA 3GXAA 5I57A 2R71A 1UIVA 4ELOA 1LAFE 2GH9A 3EF7A 1MY0A 4I1DA 1QUJA 3LSWA 1R9QA 1ZTYA 2DWHA 3DP6A 4BDNA 1LAXA 1ZBMA 4POXA 3TODA 1B4ZA 4AQ4A 1UTBB 3KJTA 4G4PA 3Q25A 1AH5A 5FTHA 3PV0E 3OXNA 4MBPA 2AL4A 5L9OA 3G3FA 2O84X 2XD2A 2XXYA 4KYDA 4U4XA 4BDLA 3VLWA 4PFUA 1R1NA 3QYTA 4F3BA 3UA8A 1MY4A 2V84A 3RUMA 3HSTA 4ZE9A 3T22A 4ZS9A 2ESNA 1WODA 3IJXB 1OMPA 2UVGA 4IY5A 4ZEKA 3RGYA 1FTLA 4DDDA 3IO6A 2UVJA 2M8CA 3EN3A 4EQBA 3OO7A 2RC9A 3U1OA 5I2NB 4NE4A 4KFQA 3MQ9A 3MC2A 2ZMBA 4N6PA 4QFOA 4RA1A 3KN8A 2W7YA 4TLMB 5TPAB 4UACA 4MLQA 2ZNUA 5DT6A 3PGFA 1RKMA 2Q88A 1D3KA 3PU5A 1H76A 1LAGE 3EHSA 1BKAA 3N26A 1TFAA 3H6WA 4C0RA 1O64A 3PUYE 2XX9A 2DE2A 4R75A 3C33A 2DP8A 1NMUA 2YJPA 5CMMA 3IB2A 2DE4A 2DVZA 3RLFE 2Y7KA 4JXIA 3PPQA 3RY3A 2OJTA 4I9DA 1RYOA 4U2RA 1MXYA 1I69A 2ZYMA 2NXOA 1NFTA 3MZ9A 3U8QA 4XKRA 2QS4A 3ILUB 3R7XA 3TQWA 2CZLA 3USDA 4GRKA 4R74A 3KGCA 3K4UA 4OYVA 4XXUA 5DEXB 3W15C 4FEBA 3V83A 3K6UA 1B7UA 4GL8A 4HW8A 4P0GA 3CSGA 4YKKA 5EHSA 1UIUA 1NNPA 4L17A 1JW5A 1EU8A 1HSEA 2V93A 3CSBA 3FVOA 2X7QA 4OXVA 4YB5A 3UORA 3KN3A 4FAJA 5AA3A 2PT1A 5CMBA 2NOOA 4H8JA 1ZKBA 4OHNA 2Q9TA 1US5A 2XXXA 3IB0A 3VE1B 3M3LA 3SDFA 2UVIA 1Z7ME 2REJA 4F2QA 1TT1A 1MH4A 3QUFA 4OQOA 3E13X 3S9MC 2B65A 2VD3A 1OQGA 3ODBA 3K01A 4JWYA 1MS7A 2OK2A 2ZYNA 4QFPA 2DYXA 4U21A 4DLDA 4QF9A 4U1ZA 2Y7WA 4OTEA 1SI0A 2A5SA 3U92A 3Q26A 4FORA 3FASA 4ELQA 2XXPA 2H4IA 4ND9A 4GL0A 2AL5A 3QK6A 4XTCQ 1JETA 2Y7PA 4MF3A 2Z8EA 1M5FA 2ANJA 3Q27A 4RYAA 3RTWB 2I3VA 4JSOA 5AA4B 1BP5A 3O66A 3THIA 5L9SA 2Q8JA 1USYH 4QSDA 2LAOA 5I2KA 3SKPA 1B40A 2F78A 3JV9A 1IXHA 2F7BA 4KPTA 3FJGA 4G8NA 1QVSA 3K6VA 4OMBA 1SW5A 3LSLA 3ILTB 1B2HA 4F22A 4X48A 4EXKA 2OCUA 3TKDA 4RPOA 4BDRA 1FTOA 3OMBA 5IKBA 2I0CA 4H1XA 3VVEA 4YB7A 1PBQA 4BDOA 1LFIA 1GGGA 1QW0A 2ZXTA 1VFEA 4PQJA 5TP9B 4M1VA 3GBBA 3MVXA 1UTHA 2V3QA 4F18A 3KEIA 1LBCA 1SDXA 3E9XA 1MPDA 3DLNA 4G77A 4OENA 1YCJA 1XVYA 1IIWA 4GVOA 3I5OA 1B58A 3OOAA 1SYIA 2O1MA 4KR5A 3TTKA 1ATGA 1PC3A 3M3KA 4OFLA 1P1WA 4GXSB 1URSA 2V3UA 3MP6A 2Z23A 3U94A 4YB6A 3S2VA 3MVZA 5KDTA 4RK9A 1MXVA 2O7IA 1MM6A 3T9XB 1IXIA 3HN0A 4NF6B 2DXYA 1IXCA 5IAIA 3MPKA 1FTJA 1LCTA 1DTGA 3B6TA 1IUDA 1YAEA 3FUZA 1POY1 5JTYA 4R9GA 5ELVA 2DE3A 1B7HA 1S50A 3JYRA 1B5IA 1IITA 1Z7NE 3A3CA 3BFTA 4YAHX 4IO5A 3UP9A 3K02A 2R9JA 4RPNA 1H3DA 3IOVA 1P99A 5ITOA 4KI0E 1MY3A 4OZ9A 1LGBC 4GFRA 4GD5A 1UTHB 3IORA 1Y1MA 4EXLA 5I56A 3RPWA 3C9HA 3S9NC 2GHAA 2V3TA 3OSQA 3PPNA 4NEDA 4F29A 1MQIA 5K2XA 4G8MA 4Q5TA 3FGSA 4R72A 3HPIA 2A5TA 5H8HA 3QXMA 2DOJA 5HPQA 4IGRA 2I6EA 3JZJA 2PT2A 3BBRA 2PX1A 2THIA 3F11A 4WEPA 1FQBA 3KJ7A 3O6HA 4F2OA 4QHQA 2NVUB 1ANFA 3OEMA 3FATA 3OO8A 1N3XA 2B3FA 4LZ8A 2HZKA 4IO6A 1MRPA 3VV5A 2UYFA 4ZECA 1Y3QA 3B7DA 1MXWA 4EF1A 3A3UA 3D4CA 5FHMA 3TCFA 1B6HA 5B70A 2O69A 4E0WA 3LSXA 1JW1A 4G68B 5AE4A 4F1YA 3SESA 1ZLQA 4XKNA 2XXHA 3G3KA 3O97A 4YKJA 3GLBA 4X9TA 1BTJA 1JNFA 1WDNA 2I4BA 3CVGA 2ZYOA 1Y4TA 4YKIA 3PUZE 4GWOA 1ZIUA 4LZ7A 2F5XA 2GHBA 1MQDA 4DIGA 3PD8A 4BDQA 4MH5A 1LLSA 1H45A 1US4A 4RJZA 1N04A 2DWIA 4JSDA 1A40A 5BWJA 2KLFA 3ECRA 3H06B 2DVCA 3ZS6A 3WAEA 3FXUA 1VR5A 3MPLA 4H0WA 1BIYA 3AXFA 4R2FA 3G3JA 3HCQA 1MXZA 5H8HB 2HEUA 1I6BA 2FNCA 5EHMA 1MQJA 3U72A 1WVJA 4ZEIA 2XXRA 1SW2A 4C1TA 4TQUQ 2YPNA 3KZGA 3LBSA 1B3FA 3PPOA 5I57B 2I58A 1GV8A 1N7XA 1PB9A 4XKPA 4ZZAA 4QSCA 4IO7A 2Q89A 2Q2AA 3O29A 1DMBA 3C32A 3MP1A 4DCYA 2REGA 1N0TA 4KYEA 2F6GA 1YTVA 1N84A 2XD3A 1SBPA 1DSNA 4FECA 3FZVA 1H44A 1Y3NA 3FXQA 1H43A 5CI5A 4IO3A 1GTKA 3K1NA 2XXUA 4XKQA 5ICQA 1I6AA 1B46A 2BJJX 2OWTA 2Z8FA 3I6VA 2PMSA 1XS5A 3S9EA 3G7WA 5M2VA 3PMWA 1UQWA 1F9BA 1NKXA 1B0LA 1TXFA 4Z0IA 3T93B 4U4SA 1J1NA 4G8HA 5CM6A 1SW4A 2ABHA 3IO4A 4GXAA 4I8CA 4AB6A 4F3SA 3L6GA 3DM0A 2G93A 3H4ZA 5F1QA 3TTMA 3DP4A 3TTNA 2GRVA 4YICA 5A5XA 2XXWA 2H25A 4JWXA 3E3KA 4NF4A 3IOWA 1B9JA 1Y3PA 2DXRA 5L8DA 4LZ5A 1O7TA 5AA1A 3MBPA 3HV1A 5H8NA 3TTRA 4TOZA 1SW1A 4PETA 1B5HA 2G29A 2XXVA 3KOTA 4JDFA 2HCAA 4GOTA 4R9FA 3QUJA 3I3VA 4MFIA 5JEIA 1A99A 3GZGA 2ZNSA 1B3LA 2DSFA 4O3BA 3TYHA 3KOSA 2O7UA 3CRBA 3S9LC 1L5TA 2HZLA 3K6WA 2QL3A 3Q28A 1IZ1A 2QMWA 1FTKA 5DVJA 1URDA 4RK2A 1AMFA 4BDMA 3A09A 4GQOA 4IGTA 3TEPA 2I3WA 1NH7A 3UIFA 3TCHA 3H3GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YPNA 4PE3A 1QKBA 2I49A 3MZBA 3KFMA 3T9UA 3KG2A 2VHAA 1ELJA 3N6TA 2F6PA 5CBRA 4PAKA 1NNKA 4PGPA 3V5AA 4H65A 4RXLA 5I59A 3MP8A 3IX1A 5IZ3A 5A5XB 2Y5KA 4ZDMA 1Y1ZA 4NAPA 1EYKA 3C4MA 3PUWE 5K2YA 2HQ0A 4KHZE 3OELA 4NF4B 4ZEDA 4IO4A 1D4NA 1NI9A 5CRYA 3RNNA 4JVDA 3FV2A 2L5VA 2GFEA 5H8QA 4R2BA 4FE8A 5ICTA 5B7DA 2CZKA 3SEXA 2CEXA 4QXDA 1PDAA 2ZZWA 3WAFA 2XXQA 5T3JA 2XA5A 3MZ1A 3BKIB 4X1BA 4MHFA 4DXUA 4HTGA 1Y9UA 4MIJA 4PFYA 1D9YA 2QRYA 3P7IA 4GBWA 1NV3A 2QMXA 2Y5LA 4LATA 4U1OA 1LB8A 3RQTA 3TDJA 3IOUA 1QUIA 3HO7A 4NF8A 3CI8A 3KC1A 1N7WA 4POWA 4LQ2A 3IK6B 4YMBA 1MXXA 2DS9A 3O28A 3FXBA 1NV4A 5FHOA 3M8UA 1B52A 1NUZA 3IOTA 3CR9A 3CFLA 4NF5A 3OSRA 4OEVA 3O6IA 1KZ8A 5CMCA 2HAVA 1XT8A 1DOTA 5DVFA 3SEYA 3HHGA 4PAIA 1MG1A 1MXUA 2YLNA 4F3GA 1FCKA 1JVXA 2F7AA 4ECFA 1QKAA 4JB7A 1TFDA 3TTLA 2QJEA 3K6XA 1OVBA 1S9TA 5I2KB 3PPRA 3RPLA 2O6AA 3T9HB 4GX4A 3UK4A 4N15A 1UTBA 2WKYA 1QGXA 3KC0A 1NV7A 2D21A 3IJOB 3BFUA 3OO6A 2XHDA 3V89B 3KBRA 2QVVA 4BLAA 2ONSA 4Z7EA 1O63A 1B3HA 3H6VA 2CEYA 3MAMA 4LVQA 4P8BA 2VPOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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