4Q0CA

3.1 a resolution crystal structure of the b. pertussis bvgs periplasmic domain
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
SQELTLVGKAAVPDVEVALDGDDWRWLARKRVLTLGVYAPDIPPFDVTYGERYEGLTADYMAIIAHNLGMQAKVLRYPTREQALSALESGQIDLIGTVNGTDGRQQSLRLSVPYAADHPVIVMPIGARHVPASNLAGQRLAVDINYLPKETLARAYPQATLHYFPSSEQALAAVAYGQADVFIGDALTTSHLVSQSYFNDVRVVAPAHIATGGESFGVRADNTRLLRVVNAVLEAIPPSEHRSLIYRWGLGSSISLDFAHPAYSAREQQWMADHPVVKVAVLNLFAPFTLFRTDEQFGGISAAVLQLLQLRTGLDFEIIGVDTVEELIAKLRSGEADMAGALFVNSARESFLSFSRPYVRNGMVIVTRQDPDAPVDADHLDGRTVALVRNSAAIPLLQRRYPQAKVVTADNPSEAMLMVANGQADAVVQTQISASYYVNRYFAGKLRIASALDLPPAEIALATTRGQTELMSILNKALYSISNDELASIISRWRGSDGDPRTWYAYRNEIYLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Virulence sensor protein BvgS
publication title Virulence Regulation with Venus Flytrap Domains: Structure and Function of the Periplasmic Moiety of the Sensor-Kinase BvgS.
pubmed doi rcsb
source organism Bordetella pertussis
total genus 159
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.13.3: Histidine kinase.
pdb deposition date 2014-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA02
1MPCA 1YPNA 4IB2A 4OESA 2F36A 3KGCA 4MLVA 2A5SA 4FATA 2G93A 1MY2A 1DPEA 3MP6A 5L9OA 3FXRA 4TOZA 4QFPA 1B4ZA 4MH5A 2Q89A 4U23A 2OLBA 3T96B 2RCBA 1A99A 3ILUB 3G3FA 5CC2A 4Z7EA 4IO5A 5TP9B 4JSDA 1JVXA 2F78A 3E9XA 4P11A 3G3HA 3B7DA 1UIVA 4U1ZA 1IXGA 3PGFA 1EU8A 1IUDA 2DWHA 3D4GA 4OQOA 3C36A 5CMBA 3GBAA 1BLFA 1LCTA 1NKXA 5I58B 4R6HA 1UTBB 1Y1MA 4LZ7A 1TXFA 3LSWA 2R71A 3IOVA 4G68A 3R6UA 3IORA 3SDFA 4IO4A 2OJTA 3FXUA 1B51A 1S9TA 2HEUA 2UVJA 1LLSA 2QS1A 4ELQA 1Z7ME 4F39A 1Y3NA 1US4A 2FA7A 4JB7A 4IGTA 2V3TA 3UK4A 3CRBA 4OFJA 3PMVA 1A54A 1FQEA 5I2NB 2DXYA 4F3GA 3IJOB 2E1SA 3OELA 3RNNA 1GTKA 2HQ0A 1US5A 3HN0A 5TPAB 3SESA 3H6UA 3ILTB 1TT1A 3KFMA 2XD2A 1YAEA 1FTKA 5I84A 3FGSA 1LB8A 4KQPA 3LC8A 4OETA 4FAJA 2THIA 1IQ7A 3PPRA 1BKAA 4DLDA 4YICA 4PFYA 5CMMA 4QSEA 1NNPA 2X26A 3EHSA 4IO7A 3U94A 3HPIA 2Z23A 3LSLA 1UTHB 4PP0A 2XXQA 4F1YA 2ABHA 1D9YA 3O6IA 4PETA 3GXAA 2DSFA 3QIMA 3H7MA 3OXNA 3H06B 4QRZA 3MVZA 3H3GA 3M8UA 3RPWA 1IIWA 3TCFA 4N6PA 3O28A 4P0IA 2O7IA 4NE4A 5TP9A 4QSCA 3MQ9A 3O9PA 5DEXB 4I9DA 4XIGQ 1ZIUA 1ZBMA 2I4CA 3K02A 2XXYA 3K2DA 5CMCA 2Z8DA 4LONB 2RF1A 3CR9A 5I58A 2PX1A 3FJ7A 2HXWA 1UTBA 3TODA 2GFEA 1H45A 1NL5A 2DWJA 2QS2A 5EHSA 3OENA 3RY3A 1ANFA 1GVCA 2F7BA 3A3CA 3TCGA 1LBBA 2H98A 2ZYKA 4TLLB 3PPPA 2NWJA 4NF6B 1D3KA 4KCDA 3LSFB 5LOMA 1NNFA 4G8MA 2F6GA 3G3KA 1P1WA 4KYEA 3HSTA 1R6ZA 1PDAA 3TYHA 5CRYA 1IXIA 3MC2A 3VLWA 5I2NA 3EN3A 4FJPA 1XOCA 3IB0A 2LAOA 3MVYA 4NTLA 1TWYA 3QAXA 2NVUB 5TPAA 4ECFA 5BUUA 5CBRA 3VVEA 2W7YA 1SDXA 2ZNTA 1MM7A 4QSDA 2YJPA 2V3UA 1URSA 5AA4B 5A5XB 4PFWA 4HCWA 4JWXA 3OSRA 3WAEA 3V8XB 4OEVA 4GRKA 1VE4A 4FEDA 3G7WA 3O2AA 2H5YA 5H8FB 1B3FA 1MY3A 5H8SA 3E13X 3Q28A 2I0CA 3MJNA 5L8DA 1B9JA 3HO7A 1UTHA 2VGQA 4YKJA 4DIGA 1P1OA 1ZJLA 1ZU0A 1Y4CA 1B52A 4LA9A 2HCAA 2NOOA 4YB7A 4EQ7A 2NXOA 3EHUA 5DYHA 4JWYA 1LAGE 5HM4B 1N3XA 1LFHA 3VV5A 2ZNSA 2Y7RA 4L17A 4F31B 4OERA 4ND9A 1FQCA 4FE8A 5DEXA 1Q1KA 2I48A 2D21A 1Y3PA 4BDNA 4BDOA 3T9XB 2P2AA 3OO7A 4F2OA 2O6AA 4ESWA 4YB6A 2F7CA 4YAHX 4JDFA 4LUBA 2UVHA 4P0GA 1H76A 4X48A 4F22A 3Q25A 3TTLA 4F2QA 2XXWA 4GFRA 4NF6A 1MY4A 4GWOA 1B3LA 1FQAA 1SVXB 1WODA 1FW0A 3HCQA 4I62A 4U4SA 5I56B 3TTMA 3FV2A 3IR1A 1SD3A 3PUXE 4LQ5A 1M5BA 4WEDA 4U2RA 1MY1A 3CI8A 4OZ9A 2Q2AA 3MP8A 1SI1A 4RPNA 3V5AA 3CFZA 3C34A 1OQGA 1PB9A 3JV9A 4ZZEA 4ELOA 5K2YA 3KZGA 5AA4A 5A5XA 3DP6A 4E0XA 3B6TA 4EXLA 3FXQA 4QFLA 1JW1A 1MDP1 2OCUA 5H8FA 3V89B 3V83A 2OK2A 1B7UA 3IB2A 4KR5A 3VDFA 1PC3A 1Y9UA 3RGYA 5ISUA 1SYHA 4RK2A 1M5FA 4DCXA 2X7PA 2Y7PA 4EQBA 3RUMA 4F1UA 4R9GA 2XX9A 2B3BA 2F35A 3N94A 3THIA 3CSGA 1POTA 3SEYA 1MS7A 4POWA 2CZLA 3IJXB 3Q27A 1VFDA 1EZOA 3KJ7A 1D9VA 3LUYA 5DVJA 3IO4A 4R6YA 5B7DA 1A55A 1O63A 1SW4A 1RKMA 2OZZA 3PPOA 1POY1 2I4BA 4BLAA 2H25A 3S9MC 4ISUA 1LAFE 3UP9A 2Z8FA 4EDPA 3TZAA 2O51A 3VE1B 4F1VA 4NF8B 2I58A 2PBWA 4YU0A 3LR1A 3U72A 3KOTA 5CBSA 4F3PA 1NNTA 1VSOA 5I56A 4ZECA 4KI0E 3O29A 1O64A 2RINA 3W9VA 3K6WA 1SYIA 2OWSA 3O97A 1MPBA 3MPKA 4G77A 2ANJA 3TELA 4H65A 5EHMA 4Q5TA 3TTKA 1EH3A 1JEVA 2O84X 1DPPA 4YMBA 5I57B 3U92A 1B0LA 3CSBA 2Y84A 3OMBA 4KPTA 2GHBA 3FJGA 1QUIA 2QMXA 1OQHA 2NUVA 3TUSA 3ZSFA 1ELJA 1MXXA 2UXAA 4LP2B 5L9SA 3FD3A 3GBBA 2B3FA 3MZBA 4N07A 3S9NC 1A40A 3KN7A 1LAXA 4NMYA 2UYFA 3CVGA 3PUYE 3MZ1A 5ITOA 4U22A 3RTWB 1FQFA 5AA1A 1Y1ZA 1JW4A 4R2BA 4N13A 1JW5A 3TAJA 4H5GA 2R6GE 3S9LC 4R2FA 3IOWA 4MBPA 4F3BA 3IAZA 5HPQA 3L6HA 3N6TA 1AH5A 1QUJA 3T9VA 5F7VA 4MFIA 5BWJA 4LATA 1II5A 3E3KA 3PPQA 5FTIA 4IO6A 5H8NB 2AIXA 3RQTA 3UIFA 3MWBA 1MQIA 4OFOA 4XKRA 1YTVA 2DOJA 1H43A 4NF8A 4U21A 4RK9A 2VD3A 4BDLA 1YCJA 1ZTYA 2XX7A 5CMKA 3P7IA 5ITPA 5IKBA 1R9LA 1MXUA 3CIJA 2XXPA 3IO6A 1OIBA 2V3QA 4OXVA 3I5OA 4WXJA 2GH9A 3M3FA 4OVJA 2X7QA 3DLNA 3IK6B 4FEBA 3PU5A 3TMGA 2GHAA 2V93A 3UORA 1B3EA 1Q35A 1LSTA 4IGRA 3RN8A 2QS3A 3ECRA 1XHYA 2PVUA 2Z22A 1MXVA 5JEIA 5H8QB 5I57A 2ONKE 4ZE8A 3JZJA 3S4UA 1H44A 2DXRA 1M5DA 5JTYB 3VLUA 3F11A 4QHQA 1SBPA 2O7UA 5JK4A 4F18A 1LAHE 2E0SA 1NH7A 3USDA 2Y7KA 4MLQA 4EUOA 1R1NA 1M5CA 4H67A 4Q30B 1N0TA 3HV1A 4BDRA 5DVFA 1H3DA 3SKPA 4EXKA 3PMWA 2RKMA 2OBGA 4DDDA 2VHAA 2Q2CA 4ONYA 2VD2A 3A09A 4HW8A 4X9TA 4MF3A 3OO6A 3FZVA 4H5FA 4GF8A 4WEPA 5KDTB 2DWAA 4G8HA 3FUZA 3VXBA 3LBSA 3FVNA 2D3IA 1FCKA 5H8NA 2HAUA 2QS4A 1Y4TA 1F9BA 3C32A 1LBCA 3G3GA 3KOSA 4RY1A 1P1NA 4PQJA 1A7LA 4TLMB 1IITA 1A8FA 4OTEA 4WKMA 3T9HB 4KFQA 3PV0E 4GIZA 4AB6A 5I2KB 4Q8RA 3SERA 2KLFA 3G3JA 4GL0A 4DZ1A 1S7YA 2Q88A 1XC1A 5ICTA 4GXAA 4GQOA 1IXCA 1URGA 3K1MA 3TKDA 4DXBA 3C31A 1OVTA 4BDMA 4ESXA 1B5JA 4HTGA 1MRPA 2HAVA 3EF7A 4OWDA 3QXMA 1ZLQA 3K6VA 3KEIA 2DYXA 1DTZA 3BKIB 3PUZE 2A5TB 4R73A 3VLVA 1FTJA 4KD5A 2QMWA 4NEDA 1LFGA 4K3FA 4G8NA 2Q8JA 5H8QA 3GLBA 1I69A 2P0SA 1FQDA 2I6EA 3K1PA 5AA2D 5JTYA 4PFUA 4E0WA 5I59B 4OHNA 4YKPA 4JSOA 5FTHA 3K4UA 1AMFA 3VVDA 3CFXA 2ESNA 1WDNA 4H0WA 5DTBA 3TCHA 1PBQA 3U8QA 3QUFA 3FVKA 3K1NA 3SEUA 3PUWE 3OSQA 4NWCA 2RC8A 3ODBA 1AL3A 1CE2A 3UA8A 3KSXA 2UVIA 1MG1A 2PT1A 1L5TA 1B4HA 2Y7IA 2ZYNA 5KDTA 3L6GA 5CI5A 4DXCA 2ALUA 4QFKA 3TQWA 1MXYA 5KZTA 3EQ1A 3TPAA 2QJEA 4KYDA 2YPNA 5ICQA 2Z8EA 5B70A 4BDQA 1OLAA 1JQFA 1UIUA 3T9UA 2PT2A 4QFOA 2DS9A 3FIRA 1B58A 2H4IA 1B0HA 2HZKA 5H8HB 1URDA 1ATGA 1UQWA 3M3LA 4O3AA 1QJMA 4ELRA 2AYSA 4OFLA 2QRYA 2B65A 2VP1A 5I2KA 3K00A 4OEUA 3W15C 3C35A 4RYAA 4I8CA 4RJZA 1P99A 1BP5A 1N76A 3PD9A 4Z0IA 2ZXTA 2PMSA 2HZLA 1B1HA 2ZNUA 4GL8A 4UACA 4YZZA 2A5TA 4PE5B 2ZYOA 2PYYA 2YLNA 3ONMA 3FASA 3PMXA 3OOAA 4THIA 2XXTA 5FHNA 2XX8A 3D4CA 3ZS6A 3GZGA 2M8CA 2XXRA 3SEWA 4XTCQ 3UN6A 1FTMA 3UGWA 3SEXA 3KBRA 5I59A 2XXXA 4HCYA 3TQLA 4LZ5A 2VOZA 4U1OA 2DP8A 4ZEIA 2R9JA 1GR2A 3DELB 3K01A 4NF4B 4G2ZA 1TFDA 3FJMA 4O3CA 3VFJA 1B2HA 1MQDA 3DM0A 1JETA 1VR5A 4RNSA 1QUKA 2ZYMA 3I6VA 2IEEA 3B6WA 3S9EA 2G29A 3I3VA 5J1DA 2I49A 2UYEA 1BTJA 3O6HA 4LVQA 1XVYA 4RXLA 1BIYA 4UA8A 1N3WA 2XHDA 2ONSA 1T0KA 4NF5B 2QPQA 1QW0A 4R74A 1N84A 4JWOA 2RC7A 1LB9A 3H4ZA 4DCYA 4IY6A 2F97A 2H9BA 2F7AA 1SW2A 2ONRA 3IB1A 1MQJA 4TQUQ 5H8HA 1B5IA 3U93A 3MUQA 5FHMA 5DVIA 3RLFE 2DVCA 5HBCA 3CG3A 3C33A 1I6QA 1MH4A 5F1QA 1EZPA 1MM6A 2F5XA 3C4MA 4EQ9A 1MDQA 1AOVA 5KCJB 4ZEKA 3O66A 1B1XA 1LCFA 4ZEBA 1P1QA 2FNCA 3PD8A 1NNKA 3QSLA 5FHOA 4GD5A 3KN8A 2P1SA 4C1UA 4KHZE 4C0RA 1SQYA 4R6KA 1QULA 3G3IA 3BBRA 4LQ2A 1MQHA 2ZMBA 3E4RA 3OEMA 1OMPA 3ZKLA 4ZEDA 1M5EA 3CFLA 3WAFA 3IOTA 1LFIA 2XXHA 2QSXA 2DE4A 4H1XA 1EZ9A 3Q26A 1SW1A 2QL3A 3W9WA 3LSXA 4QFNA 4C1TA 2Y7WA 4OENA 1P1UA 3BFTA 3T66A 4PFTA 4XKPA 2H99A 2I0BA 5AE4A 4R75A 4ZDMA 3MBPA 1MPDA 4NF4A 4YKKA 3TTRA 4F29A 2XXUA 1J1NA 4GVOA 3KN3A 1XVXA 3TEPA 3FATA 4GOTA 2O69A 1RYXA 4XXUA 3C9HA 2I3VA 2F6PA 3CG1A 3QUJA 3H6WA 3EPEA 4GXSB 3MP1A 1HSEA 1A8EA 1B6HA 3BFUA 1CB6A 3K6XA 3VVFA 3MZ9A 4FORA 4R72A 1PB8A 4ZE9A 2IA4A 4NF5A 1GGGA 1FTOA 3KSJA 1MQGA 2DWIA 1SW5A 1B3HA 2F8DA 4KCCA 3HHGA 3HHFA 4LZ8A 1B3GA 3MVXA 1GV8A 3K6UA 1IXHA 3SEVA 1R9QA 1D4NA 2FYIA 1ZMGA 1Z7NE 1TFAA 2XXVA 1USYH 3MPLA 3H03A 3EHTA 1DTGA 3RTFB 1OLCA 1B40A 1NMUA 4M4GA 4QF9A 3S2VA 1O7TA 1I6BA 3KJTA 1IEJA 4Q0CA 1JVYA 2AL5A 1FTLA 2XXIA 4F3SA 1Y20A 4OMBA 5TU0A 3AXFA 5KCJA 1MY0A 1SI0A 1B7HA 2OWTA 3U1OA 5IAIA 2WKYA 4KYSA 1JNFA 4DE8A 3PUVE 1MXWA 2O68A 2D5WA 3PPNA 3MW0A 4O3BA 1N04A 2REJA 2V84A 1HSJA 2RC9A 3ZKKA 2REGA 2O1MA 4FECA 3MAMA 4NWDA 1FQBA 1N7WA 4ZS9A 5AA2B 3IL1B 3A3UA 3OO9A 4M1VA 4IO2A 4XKQA 4AQ4A 4EF2A 5L9MA 3OEKA 4G4PA 3FVGA 3RT8A 1XS5A 5CM6A 1OVBA 2UVGA 2BJJX 4R9FA 3JYRA 1NFTA 3DP8A 3SETA 1S50A 3TFLA 4X1BA 5K2XA 1B7ZA 4U4XA 1N7XA 3R26A 3TTNA 1MH3A 1RYOA 4RPOA 3VXCA 2DVZA 2F34A 1JEUA 4JBZA 3OD7A 4FIMA 3N6UA 1DSNA 5EYFA 2DQVA 2O1LA 3O6GA 4I1DA 4XKNA 1USYE 3TDJA 3MVWA 4IY5A 3QYTA 2RCAA 3N26A 1MXZA 4ZZAA 1ZKBA 4RA1A 1NH8A 4JXIA 2XD3A 4GLIA 3IX1A 1IZ1A 3H6TA 4OYVA 4DXUA 4F19A 1QKAA 4YKIA 1QVSA 4G68B 3KG2A 4AB5A 2GRVA 2DE3A 3RT6B 1XT8A 2AL4A 4H8IA 3Q29A 1I6AA 1B32A 3T22A 4YMAA 1DOTA 1KWHA 1AIVA 1LGBC 4ELPA 4ZEFA 2HFBA 3OO8A 1DMBA 1QKBA 1PEBA 4G68C 5ELVA 4YB5A 3H6VA 2DE2A 4H8JA 1B46A 2CMOA 3T93B 1WVJA 3QK6A 1PB7A 3DP4A 3K0VA 4IO3A 4EF1A 4H6DA 5AA3A 1B05A 3IOUA 3B6QA 5AA2A 2I3WA 5DT6A 1HSLA 1B5HA 5M2VA 4HS7A 2Q9TA 3FV1A 3N5LA 4X1DA 3FVOA 2V25A 4POXA 1VFEA 3M3KA 1Y3QA 1PBPA 3R7XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MPCA 1YPNA 4IB2A 4PF8A 2P3VA 2WBBA 4OESA 2F36A 3KGCA 3D1RA 4MLVA 2A5SA 4FATA 2G93A 1MY2A 1DPEA 3MP6A 5L9OA 3FXRA 4TOZA 4QFPA 1B4ZA 4MH5A 2Q89A 4U23A 1FPFA 3BIGA 4I3EA 2OLBA 3T96B 2RCBA 1D9QA 1A99A 3ILUB 3G3FA 5CC2A 4P47A 4Z7EA 4IO5A 4HXVA 5TP9B 4JSDA 1JVXA 2F78A 3E9XA 3A29A 4P11A 3G3HA 3B7DA 4N91A 1UIVA 4U1ZA 5EQ8A 1IXGA 3PGFA 1EU8A 1IUDA 2DWHA 3D4GA 1RDYA 4OQOA 3C36A 5CMBA 3GBAA 1BLFA 1LCTA 1NKXA 5I58B 4R6HA 1UTBB 1Y1MA 4LZ7A 1TXFA 4NG7A 3LSWA 3NOHA 2R71A 3IOVA 4G68A 2HHMA 3R6UA 3IORA 3SDFA 2Y5LA 2OJTA 4IO4A 1FBCA 3FXUA 1B51A 1S9TA 2HEUA 2UVJA 1LLSA 2QS1A 4ELQA 1Z7ME 4F39A 1Y3NA 1US4A 2FA7A 4IR8A 4JB7A 4IGTA 1FTAA 2WX9A 2V3TA 3UK4A 3HFUA 3CRBA 4OFJA 3PMVA 1LEVA 1A54A 1FQEA 5I2NB 1NV4A 2DXYA 4F3GA 3IJOB 2E1SA 3OELA 3RNNA 1GTKA 2HQ0A 1US5A 3HN0A 5TPAB 3SESA 3H6UA 3ILTB 1LBYA 3IFCA 1TT1A 3KFMA 2XD2A 1YAEA 1FTKA 5I84A 3FGSA 1LB8A 4KQPA 3LC8A 4OETA 4FAJA 2THIA 1IQ7A 1Q9DA 3PPRA 1BKAA 4DLDA 4YICA 4PFYA 5F24A 5CMMA 4QSEA 1NNPA 2X26A 1IMFA 3EHSA 4IO7A 3U94A 3HPIA 2Z23A 3LSLA 1UTHB 4PP0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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