4Q8RA

Crystal structure of a phosphate binding protein (pbp-1) from clostridium perfringens
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
SVSISGSTSVGPVMEAEAEAFKTKKPDVSIEINQIGSSAGIKNAMEGVSEIGMASRDLKGEEKQAGLKEVEIAYDGIALITHKNNPVKDLTLVQIKDIYTGKITNWKELGGNDAPIVVVSREDGSGTRDAFQEIVGFKAEELTVNSQISDGSGNIKSLVQGNENAIGYISFSYVDDSVSAVKVDGVEATPENVLNKSYKVSRPFLAVYKEENLTESGKSFIDFILSEEGQDIVAKEHLIKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein
publication title Crystal structure of the phosphate-binding protein (PBP-1) of an ABC-type phosphate transporter from Clostridium perfringens.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium perfringens
total genus 86
structure length 241
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA01
3H4ZA 4N6PA 4GFRA 1URDA 1Q35A 1PC3A 3LSXA 3IAZA 3VLWA 4G2ZA 1ZJLA 3C9HA 1B3HA 3B6WA 2OWSA 4FE8A 1B5IA 3T9HB 3C32A 3EPEA 3TPAA 3OMBA 1QUJA 2QS1A 2PMSA 3N5LA 2G93A 4NF8B 1LLSA 2ONKE 3CFLA 5KDTB 3OO9A 4F22A 3THIA 1USYE 2H98A 4R72A 5FTHA 4OERA 2Z22A 1MH4A 4G4PA 4H1XA 2E0SA 4NF4A 1NKXA 3QUFA 4DE8A 3N94A 4Q8RA 1SQYA 3IL1B 2P2AA 3JV9A 3PUXE 1LFHA 5FHOA 4GXSB 2ZMBA 4F39A 2I6EA 2ZXTA 4GLIA 2NWJA 3CFZA 1B3GA 2UYEA 3PPOA 3T9XB 1MY0A 2YPNA 2OBGA 1XC1A 4BDQA 4PFUA 4LQ5A 3ILTB 3IB2A 1LSTA 2AIXA 2VD3A 4KHZE 2HCAA 3FVNA 1UIVA 3FD3A 2F6GA 3S9EA 4YKJA 4PFYA 3OO6A 1WDNA 1O7TA 4OHNA 1D4NA 2PBWA 2ZNSA 2XXWA 5CMBA 1JVYA 3W9WA 3CR9A 5J1DA 3RLFE 1O63A 2GHAA 5JTYA 4OEUA 1QKBA 3E3KA 3IORA 3O97A 3FXUA 3H6VA 5I57A 3FJGA 2Y84A 4R9FA 4M1VA 1CB6A 2Q89A 4ND9A 4FEBA 5I56A 1MS7A 3UA8A 3TTKA 4NF6A 3K6XA 2ABHA 2QMWA 2R71A 1US5A 2XXYA 4JBZA 4I1DA 4DZ1A 5I2NA 3KSJA 4R6KA 2KLFA 3VVEA 5B70A 4XIGQ 3FJMA 5I2KB 1MXYA 3RTFB 3Q28A 4U22A 3VFJA 4RA1A 2YLNA 3M8UA 1B0LA 3ODBA 5K2YA 4ELPA 3G7WA 4ZEIA 1YTVA 1OQHA 4H65A 5CC2A 3HV1A 4OYVA 5CM6A 3M3FA 3G3FA 1N3XA 4RXLA 3RQTA 5HM4B 1NH7A 3T9VA 3VVDA 1LFIA 2Y7PA 3I5OA 3CSGA 4U2RA 3U92A 3RT8A 3SEUA 5L9SA 3O9PA 1DSNA 4EF2A 2RCAA 2FA7A 1XOCA 2DE2A 2Q9TA 1LBBA 4F3BA 3H3GA 1Y1ZA 4DIGA 3CI8A 4EXKA 1MY4A 2DYXA 2OZZA 1LCTA 3G3IA 2NVUB 2XXIA 4XXUA 2UXAA 1I69A 3FVGA 2DE4A 2F78A 1MXVA 2QRYA 2ZNUA 2O1LA 1PDAA 3SKPA 3GZGA 1B2HA 3VE1B 4POWA 5FHNA 5L9OA 4G8HA 3MWBA 3Q25A 3RTWB 3T22A 2F97A 3RT6B 2VD2A 3EHTA 1B7ZA 3SETA 3FXQA 5TP9B 1NL5A 2XXTA 1MH3A 3K6WA 3VDFA 4P11A 2REJA 1SVXB 2A5TB 4E0WA 4PFWA 3DM0A 4NF8A 2QS4A 3S9MC 5KDTA 2F7CA 1DMBA 2Y7WA 4QSEA 1SI0A 4F19A 3MVXA 4UACA 2V3UA 4GL0A 2DE3A 1MDQA 4F29A 4NE4A 3QIMA 3MZ1A 3QAXA 3KOSA 1EZPA 5KZTA 1LFGA 3TCFA 1H43A 4NWCA 3TQWA 3TELA 3SEYA 2XX9A 2V93A 4IO5A 2VP1A 1FTKA 1N84A 1NNKA 3MVWA 4I62A 1MXWA 4KQPA 3DP8A 4H6DA 5TU0A 3FV2A 2FNCA 3FVOA 3C31A 4I9DA 1DPPA 2P1SA 1XT8A 2F7BA 3JYRA 3QK6A 3EHUA 3TEPA 1FCKA 5L9MA 2AYSA 2Z23A 3MP8A 2XXXA 4YZZA 1BKAA 1FQCA 3K1PA 3HN0A 1Y9UA 1FQDA 1H3DA 3O6HA 1Y3QA 5M2VA 2GH9A 3OOAA 3MJNA 4Z0IA 1MPCA 1P1UA 1VFDA 4IO3A 2QL3A 2OWTA 3MPKA 1KWHA 1O64A 5EHMA 1LCFA 1N7XA 1Z7ME 4I8CA 2DXRA 1B05A 3DP4A 4OEVA 2D3IA 4OESA 3E4RA 1M5FA 1B40A 3A3CA 1OLAA 3T96B 2D5WA 1P1OA 4KD5A 4ZZEA 3ZS6A 4Q5TA 2DOJA 1FQBA 3TTLA 4M4GA 4EUOA 3FZVA 3TZAA 2D21A 4KR5A 5H8QA 3TUSA 5AA3A 4UA8A 3O6GA 1A8EA 1EU8A 4GXAA 3PMXA 2Q2AA 1B5JA 1P1QA 1I6BA 4PP0A 5I2KA 1VFEA 3QYTA 1F9BA 1A99A 3LBSA 4DXCA 2VOZA 5H8NA 4NMYA 1SYHA 4EXLA 4F2QA 3PPQA 4XTCQ 2M8CA 3V89B 2IEEA 1OQGA 5FHMA 1URGA 4JB7A 4FECA 2V3QA 4KFQA 5CMCA 5K2XA 4C1TA 3B7DA 4R2BA 2WKYA 4XKPA 4LP2B 1P99A 1VSOA 4Q30B 3KJTA 1QKAA 3IK6B 1DOTA 1MXUA 2Z8FA 4U4SA 4RK9A 2F6PA 4IO2A 3ZSFA 3TTMA 2ONSA 3CFXA 3TMGA 5AA1A 4PFTA 4NF5B 3I6VA 3Q27A 1IXGA 4EDPA 1JEUA 1ZLQA 1NFTA 3K01A 1FTMA 1I6QA 3M3LA 1JQFA 3OSRA 4O3AA 2O69A 1QUKA 4LATA 1RYXA 1MY1A 4DXBA 1LGBC 4KCCA 1UTBB 5BWJA 3IO6A 1S9TA 4R73A 1FW0A 4G68B 1SW5A 1BIYA 3PMWA 3PUYE 3O6IA 4RNSA 3DELB 4ZZAA 3C34A 3CRBA 3O66A 3FIRA 3C4MA 2DXYA 3IJOB 1B7UA 2DVCA 1R6ZA 1ZKBA 4HTGA 4KPTA 5TP9A 4F3GA 1QULA 4TLMB 2DSFA 3H03A 1LBCA 1XS5A 4XKQA 4MF3A 5ITOA 1SW4A 3HPIA 4QFPA 2F36A 3PPPA 1GGGA 3KJ7A 1JW5A 2PT2A 4ZEDA 4YU0A 2Q8JA 3AXFA 2H99A 2UVIA 1B3LA 4H8IA 4JXIA 4QHQA 1ATGA 1UIUA 2HAUA 1JETA 5HPQA 3LSLA 2I48A 1N76A 4YICA 4OVJA 4X1DA 3IX1A 1TT1A 5DEXA 1FQFA 2HQ0A 1B4ZA 4GVOA 3FVKA 5ICTA 3BFTA 1R1NA 3K0VA 2HFBA 2PX1A 2F5XA 1SDXA 1R9QA 3MC2A 1OIBA 4IB2A 4XKNA 4GRKA 2OCUA 2DWHA 2GFEA 4ESXA 1OVBA 1N3WA 3VLVA 3A3UA 1M5CA 3SESA 1TFDA 2QMXA 1MQJA 3MVYA 3N6TA 4FAJA 3R6UA 3N6UA 2E1SA 2I0CA 3PU5A 2H5YA 4LZ5A 5ISUA 4JSOA 3TFLA 1UTHA 4BDOA 1S50A 1H44A 2XXUA 3RN8A 1L5TA 4TLLB 3MBPA 1Y1MA 2ANJA 3T66A 1IXIA 2O68A 4E0XA 5BUUA 3FGSA 3C33A 3N26A 1Z7NE 4BDNA 1PEBA 4YB6A 2RINA 1MG1A 1SYIA 1RYOA 4Z7EA 1OVTA 5DYHA 4EF1A 1MXXA 1USYH 1Y4TA 4NEDA 4U23A 1II5A 4FEDA 1ZTYA 4F1VA 3UP9A 1ZIUA 2ZNTA 2Z8DA 4DCXA 2ZYNA 4GF8A 1JEVA 4F3SA 2DQVA 4R6HA 3T93B 3TTNA 5I58B 4MLVA 3B6QA 4OZ9A 4X9TA 1A7LA 3ZKKA 3GBAA 3VXCA 4LUBA 5IAIA 3SEXA 3GBBA 2XX7A 4ISUA 3KGCA 1URSA 5ITPA 3C35A 1POY1 3GLBA 3SERA 3H6WA 3KZGA 4YB5A 5DVJA 3IR1A 4R74A 5DT6A 4LONB 1WODA 3O28A 1ANFA 4ZEKA 2B3BA 1M5EA 3U94A 4EQ9A 1LAFE 2I49A 4NF4B 1IIWA 1MY3A 1P1NA 3LUYA 3PUZE 3EF7A 4YMBA 1UTBA 4G68A 1B3EA 4MFIA 3E9XA 3K4UA 3SEVA 1LAHE 5ELVA 3E13X 3QUJA 3BKIB 1MY2A 2DVZA 3K02A 4OWDA 4JWOA 4P0GA 3ILUB 1B0HA 1MPBA 2A5SA 3IJXB 5F1QA 5CBSA 2DP8A 2RF1A 4RPNA 3V5AA 1US4A 2UVJA 3MP1A 4P0IA 2XXHA 1SI1A 3IOWA 5LOMA 3EN3A 1H45A 3JZJA 4ZEFA 4GIZA 4OMBA 4MBPA 4F2OA 3B6TA 3TCGA 5AA4B 1MQGA 4WKMA 3OELA 2NOOA 2RC8A 2O7UA 1PBQA 4KYSA 1QVSA 1MM7A 2G29A 4IY6A 4HS7A 4QF9A 1MQDA 3O29A 3CG1A 3TODA 3R26A 1AOVA 3TQLA 3MQ9A 1OLCA 1H76A 4QFLA 4ELOA 3U72A 3HO7A 3MVZA 2O7IA 1D9VA 5I56B 1CE2A 1A55A 4H5GA 4F1YA 4DXUA 4LZ8A 3U8QA 1WVJA 2XXRA 5H8SA 1MRPA 4C1UA 5H8FB 1QUIA 4X1BA 2Y7RA 2IA4A 4QFNA 2RCBA 2DWJA 3MPLA 3DP6A 4FORA 2X26A 5I2NB 3G3GA 4H5FA 1Y3PA 1Q1KA 1A54A 2B65A 4YKKA 2ONRA 1JW1A 3RGYA 4R9GA 2V3TA 2CZLA 1YCJA 2CMOA 4MLQA 3FASA 1XHYA 4RYAA 4F1UA 1ZU0A 1B1HA 4OETA 1TFAA 3KBRA 3FJ7A 1NNPA 2I0BA 2Z8EA 2ALUA 5ICQA 3LSFB 3MAMA 3USDA 2XXPA 1J1NA 4O3BA 4OFJA 1SD3A 1NH8A 4OFOA 4DDDA 1XVXA 1IQ7A 2GRVA 3IO4A 3HHGA 3KEIA 3MP6A 4IO7A 1B4HA 3RPWA 3HHFA 1B6HA 3H7MA 1B51A 5CBRA 3Q26A 4QSCA 1M5BA 1SW2A 5TPAB 1NNTA 4IGTA 1PB7A 1B32A 1GV8A 5B7DA 3CG3A 3DLNA 1HSLA 5L8DA 4PETA 2REGA 2RKMA 2V25A 3VVFA 5AA2B 2VGQA 4EQBA 1M5DA 1IEJA 4H67A 3UK4A 5IKBA 3O2AA 1RKMA 2XD2A 1DTGA 2QS3A 1AH5A 2XXVA 4YAHX 1TXFA 5CMMA 4G8NA 5EHSA 4U21A 1ZMGA 2Y7KA 1AL3A 1IZ1A 1IITA 2HXWA 3KN3A 3OO8A 4FJPA 3MW0A 2F8DA 4OXVA 5DVIA 2UVHA 3ONMA 3PPRA 3MUQA 3P7IA 2X7QA 4BLAA 2F35A 3SEWA 2Y7IA 4QRZA 5I59B 1B52A 3U93A 4IO6A 5CMKA 3QXMA 5JEIA 1GVCA 2O51A 1B1XA 2HEUA 2A5TA 4IGRA 2PYYA 3U1OA 1BTJA 2O84X 3I3VA 1OMPA 2I4CA 3K6VA 3KG2A 4YMAA 2R9JA 4POXA 4LA9A 4NTLA 4L17A 1FQEA 4K3FA 3PGFA 2W7YA 1I6AA 4ELRA 1NMUA 3OD7A 1FQAA 4R75A 3S9NC 2OK2A 4IY5A 2QPQA 2ZYKA 4ELQA 3CSBA 2XX8A 4HCYA 4ZECA 2V84A 5AE4A 2UVGA 3K1NA 4JSDA 3TKDA 3GXAA 5AA4A 3PD9A 4GL8A 3KSXA 4G77A 2OLBA 3LR1A 2XHDA 1GTKA 3ZKLA 1B58A 2P0SA 4F31B 4GQOA 3PV0E 4EQ7A 4AB6A 3K2DA 1EZOA 5KCJB 3EHSA 2I58A 3PPNA 1IUDA 2RC9A 5H8FA 3K6UA 1DTZA 1LAGE 3G3JA 4GWOA 2QSXA 1FTLA 3PUWE 5EYFA 1A40A 5H8QB 4DLDA 4KCDA 1POTA 1P1WA 4TOZA 3G3KA 4WEPA 3V83A 1B7HA 2AL5A 2OJTA 3IB1A 4YB7A 4LQ2A 1XVYA 2ESNA 4OQOA 1TWYA 5H8NB 1AIVA 5A5XB 2NUVA 3H6UA 5DVFA 2HZKA 3F11A 1MQIA 4Q0CA 1FTJA 1MQHA 3BBRA 4RY1A 4H8JA 3TCHA 1BP5A 2H4IA 1YPNA 4XKRA 4DCYA 5DTBA 1D3KA 5AA2D 1YAEA 3MZBA 3BFUA 3VLUA 2XD3A 4ZDMA 1N0TA 1B3FA 5H8HB 5TPAA 4LVQA 3KN7A 3KN8A 4BDRA 4RJZA 4WEDA 4U4XA 4NWDA 2RC7A 4F3PA 3R7XA 3KOTA 3KFMA 5AA2A 1IXCA 4O3CA 1LB9A 2PT1A 4ZE9A 4NF5A 1IXHA 3OSQA 1JVXA 1N7WA 3UIFA 3W15C 4QFKA 5F7VA 4BDLA 4OTEA 4GOTA 1UQWA 2BJJX 1Y3NA 4MH5A 2THIA 1HSEA 2Q2CA 4U1ZA 3K00A 3IOVA 3LC8A 3T9UA 2O1MA 2I4BA 4FIMA 1B46A 3K1MA 1ELJA 1MDP1 4KYEA 3WAEA 1S7YA 2NXOA 5I59A 2XXQA 4H0WA 1MM6A 3HSTA 3OENA 3H06B 3ECRA 3OEKA 3S9LC 1JNFA 1Y20A 4G68C 1B5HA 3FXRA 4R6YA 3RY3A 3TAJA 4YKPA 3HCQA 1SBPA 3CVGA 2LAOA 1N04A 3PUVE 3C36A 2ZYOA 3UGWA 4R2FA 3A09A 5DEXB 2PVUA 2F34A 5JTYB 3TTRA 2FYIA 3UORA 3VXBA 2GHBA 1GR2A 1QW0A 4F18A 2I3WA 5I57B 1FTOA 1PB8A 1VE4A 4HCWA 3RUMA 4ESWA 2VHAA 3SDFA 3FATA 3PD8A 4WXJA 4AQ4A 4U1OA 4X48A 1LB8A 4THIA 4HW8A 3TDJA 4NF6B 4TQUQ 2DWIA 4GD5A 3H6TA 1T0KA 3LSWA 1VR5A 1HSJA 4PQJA 1A8FA 2HAVA 4JWXA 1UTHB 5JK4A 3TYHA 4QFOA 1EH3A 4IO4A 2B3FA 3FV1A 3OEMA 4N07A 4BDMA 1MXZA 2QS2A 2AL4A 3L6HA 5KCJA 2DWAA 3G3HA 4OFLA 4PE5B 2YJPA 4ZE8A 1EZ9A 1QJMA 3IB0A 3WAFA 3IOTA 1LAXA 4KI0E 2O6AA 2Q88A 3W9VA 1Y4CA 3FUZA 1PB9A 2HZLA 1JW4A 3OXNA 2H9BA 3S2VA 3EQ1A 1MPDA 3CIJA 4OENA 3M3KA 3RNNA 2ZYMA 3L6GA 3QSLA 4YKIA 4FATA 3OO7A 2R6GE 5CRYA 3Q29A 1R9LA 2I3VA 4JWYA 1AMFA 5A5XA 4AB5A 5FTIA 1B9JA 4KYDA 4QSDA 3UN6A 5HBCA 4RPOA 5CI5A 5I58A 3D4GA 3MZ9A 1BLFA 3PMVA 2UYFA 4G8MA 1NNFA 3IOUA 4ZEBA 4JDFA 4ONYA 5I84A 4LZ7A 3VV5A 1DPEA 2DS9A 3D4CA 4RK2A 2QJEA 2H25A 1SW1A 4ZS9A 1D9YA 1ZBMA 4C0RA 3V8XB 2X7PA 1PBPA 5H8HA 4N13A 4ECFA 3S4UA 2F7AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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