4R72A

Structure of the periplasmic binding protein afua from actinobacillus pleuropneumoniae (apo form)
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
KGRLVIYCSATNVMCENAAKTFEQKYDVKTSFIRNGSGSTFAKIEAEKNNPQADVWYGGTLDPQSQAGELGLLEAYRSPNIDQIMPKFQDPAKVKGNLSSAVYIGILGFAVNTERLKKLGIEKIPQCWNDLTDPKLKGEIQIADPQSSGTAYTAIATFAQLWGEDKAFDYFKHLHPNISQYTKSGITPARNAARGETTVGIGFLHDYALEKEQGAPLEMVVPCEGTGYELGGVSILKGARNLDNAKLFVDFALSKEGQETAWKKGQALQTLTNTTAEQSPLAFDLTKLKLIDYDFEKYGASDERKRLINKWVDEIKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Active Transport of Phosphorylated Carbohydrates Promotes Intestinal Colonization and Transmission of a Bacterial Pathogen.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Actinobacillus pleuropneumoniae
molecule keywords ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
total genus 120
structure length 318
sequence length 318
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r72A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r72A01
1JEVA 4P0GA 5CMKA 4RY1A 2XXRA 4H6DA 5FHNA 3FD3A 3S4UA 2Z23A 4NF6A 5AA4A 2R6GE 3M3KA 5TP9A 3TCGA 3U92A 1LFGA 3IORA 3KJTA 4OHNA 3IO6A 1LAHE 3UIFA 2RC8A 1OLAA 4R9GA 3FUZA 2P0SA 3H3GA 2HAVA 4NEDA 3BKIB 5CBRA 1MPBA 1M5BA 1P1NA 2DE3A 3WAFA 3MVZA 3UP9A 3T93B 2RC9A 3T9UA 4OEVA 3N6UA 3MP8A 4ZE8A 4IY5A 1QKBA 2ABHA 1SW5A 2GRVA 1KWHA 3TODA 3EF7A 3MPKA 5ELVA 4QFNA 3MP6A 1F9BA 3SEWA 4IGRA 2V25A 3K6WA 3RNNA 3C9HA 5HPQA 3DP4A 4LUBA 4R72A 4LZ5A 1LAXA 3K1PA 4Q5TA 1P1QA 3ODBA 4DIGA 4YMBA 2PT1A 4WXJA 3QAXA 2Q8JA 1EH3A 4GL8A 3W9WA 1D3KA 4UACA 3OO8A 5I58B 3MP1A 1UTHA 3QYTA 5B7DA 5I2NA 3PD9A 2XX7A 3CI8A 1NNKA 3R6UA 4FORA 2GH9A 3RTFB 1VSOA 5H8QB 3VLWA 2ZNUA 5JEIA 2I0BA 2Y7RA 3RGYA 3VFJA 3TFLA 4EF1A 3FJGA 3JYRA 1US5A 3FV1A 3U1OA 4DCXA 4MBPA 1RKMA 1B40A 3JZJA 1M5DA 2XXXA 1FQFA 2RF1A 1EU8A 5A5XB 4YKPA 1O64A 1XVYA 2I48A 5F1QA 1PBPA 4BDMA 4XTCQ 3PU5A 1JETA 3TAJA 1SW1A 4RPOA 1GR2A 1II5A 2RKMA 3MJNA 4PFYA 1LBCA 3SEXA 4AB5A 4NWDA 2Z8EA 4Z7EA 2A5TA 1A54A 4F19A 4U1OA 1I69A 4HCYA 1PBQA 4ZZAA 4PFTA 1N04A 4G8HA 4OEUA 1FTOA 3CFZA 2W7YA 4DE8A 4R6KA 2VOZA 3OD7A 4QFOA 5H8FB 2Q9TA 4NF4B 4OTEA 1OQHA 1B3LA 2DWIA 2XXUA 1HSEA 1RYXA 3IB2A 5I2KA 3O9PA 4I62A 1PDAA 1Y1ZA 5H8HB 1MH4A 2LAOA 3JV9A 2PMSA 1XHYA 2D5WA 4IO3A 2HEUA 1IXGA 1B1XA 2V3TA 4OQOA 1R9LA 2HZKA 2HAUA 4XKQA 5AA2B 1I6BA 1MY0A 1H45A 1Y3PA 1AMFA 3VLUA 3OSQA 1WVJA 2XXWA 4N13A 2QS2A 2ZMBA 4F2QA 3IOUA 4KPTA 1LGBC 5HM4B 4ISUA 3PUXE 1B9JA 1JW4A 3GZGA 3HCQA 3OMBA 1AOVA 2I6EA 3D4GA 2I3WA 3CG1A 2RINA 2H4IA 4FATA 1UTBB 5K2YA 1URSA 1ZKBA 3LUYA 4P0IA 3TTMA 2F5XA 4ZEIA 5CRYA 4UA8A 3FVOA 3I5OA 2NXOA 2XXIA 2D3IA 4NF8A 3C31A 1IIWA 4ZEKA 3IB1A 3ILUB 1US4A 3DP8A 2F7AA 1A8FA 2UYFA 2Q88A 4LA9A 5K2XA 3CG3A 2QS1A 3L6GA 2V3QA 1USYE 3TTNA 1AL3A 1S9TA 1H43A 3MC2A 3FZVA 2Q89A 2V3UA 1MXWA 2VP1A 1ZU0A 1IITA 2XXTA 5EHMA 4U23A 4RK9A 4G2ZA 4IGTA 3I3VA 2Y84A 5ITOA 3M3LA 3C36A 3KN7A 5BUUA 1UQWA 2VGQA 4EQ7A 1WDNA 3UGWA 4R74A 2DE4A 4NF5A 2PT2A 4ZE9A 5KDTA 4EQBA 1FTKA 4XXUA 2O7UA 1LBBA 4JWOA 3E13X 3ILTB 3TCFA 3QXMA 4MH5A 1TWYA 4QHQA 3HHFA 3N94A 1MPDA 3KEIA 1MXVA 4R75A 3MVXA 2O1MA 5TP9B 3PPRA 2B3BA 5DEXA 1SI1A 3U94A 3K0VA 2OLBA 4FEDA 3EQ1A 5DT6A 3S9MC 1B2HA 2ZYOA 1OMPA 3TZAA 3OELA 4YB5A 4F1UA 1IXIA 4JSOA 2Z8DA 4ESXA 3K01A 4ELRA 4G68A 2NVUB 1XT8A 3KOSA 1EZPA 3S9NC 1UIVA 4O3CA 2Y7IA 3K2DA 2P2AA 3FJ7A 3M3FA 3TYHA 1PEBA 2G93A 4MLQA 4DDDA 2H9BA 5JTYA 1PC3A 2RC7A 3EN3A 1DSNA 1NH8A 5H8NA 3HO7A 5L9SA 1B7UA 5TPAA 4WEPA 1DOTA 5AA3A 2O7IA 3MWBA 2BJJX 1BKAA 2FA7A 3IJXB 2REJA 4U4SA 4LONB 2QMWA 1UTHB 2D21A 1PB8A 3TKDA 1JVYA 4ZEBA 3FIRA 2ZYMA 1YPNA 5FHOA 2UXAA 4HW8A 1YCJA 2AL5A 1R9QA 4GQOA 4ECFA 4NMYA 4F3SA 4OFOA 1Y20A 3N26A 1MY1A 4F3PA 3K02A 3UORA 3RY3A 3IOVA 1POTA 3TELA 5CM6A 2F6GA 3B6WA 1B46A 5L8DA 4U2RA 2DP8A 2X7PA 4FJPA 4H5FA 1EZOA 3KGCA 1Y9UA 1I6AA 2QJEA 3V83A 3N6TA 3KJ7A 3VLVA 2H98A 2HCAA 3VVFA 3O66A 1I6QA 1SW2A 4H65A 1B4HA 3THIA 1A99A 4LP2B 3QUFA 1USYH 5AE4A 1GGGA 4GLIA 1LLSA 2A5TB 2E1SA 3K1MA 3S9LC 1NNFA 3N5LA 4JDFA 4X9TA 1LCFA 1IUDA 3B6QA 4Q0CA 1HSJA 4OFJA 2OCUA 4C1TA 2O1LA 1MM6A 2YLNA 2RCBA 3IR1A 1MXXA 3O6GA 3MVWA 4KQPA 5ITPA 1CB6A 3FGSA 3RTWB 2OWSA 4HTGA 4KR5A 3VVDA 5I2KB 4PETA 2QMXA 3MQ9A 1FQBA 1A40A 3MVYA 1FW0A 3O6HA 5FTHA 1Y1MA 2IEEA 2I4BA 2NOOA 2QSXA 3O97A 2THIA 4JB7A 3E3KA 3GBBA 3T9XB 1GVCA 3H6VA 1QW0A 2HQ0A 1B0HA 4F22A 3PMVA 1IEJA 3DLNA 2REGA 4ELQA 3V89B 2F8DA 5I57B 4WKMA 4M1VA 4QSDA 1FQCA 5CC2A 3FXQA 1H44A 3H06B 2B65A 4DZ1A 2ONSA 1AH5A 1TFDA 1MRPA 3HV1A 3OOAA 1LB9A 4R6YA 3SEYA 4NF8B 1ZTYA 3SKPA 3BFTA 2PBWA 2YPNA 3PPQA 1MQJA 4GRKA 3MZ1A 3LC8A 3K6VA 1Z7ME 4RK2A 4X48A 4H67A 4R2BA 1BIYA 4BDLA 3W15C 1QKAA 3SETA 3IL1B 4RYAA 4XKPA 4F18A 4OENA 4F29A 4ONYA 1P99A 3A09A 4YICA 1MXZA 4Q30B 3G3KA 1MQIA 2RCAA 1URGA 3G3FA 1QJMA 2ZNSA 3VXCA 3FJMA 3G3GA 4IO2A 3CSBA 2ZYNA 4HCWA 1B52A 4DXBA 3OEKA 4O3BA 2OWTA 4H5GA 1B1HA 1QUKA 1VFDA 1SD3A 3EPEA 2CMOA 4EXLA 4POXA 3VVEA 1B0LA 4YB7A 5H8SA 3K4UA 1B4ZA 3RT6B 3RQTA 4QF9A 4YU0A 4C0RA 3KSXA 1B51A 5I58A 4YMAA 1SBPA 5L9MA 3MW0A 3U72A 2VHAA 4ZDMA 1EZ9A 1N3WA 4BDRA 1T0KA 5IKBA 3KFMA 3G3JA 4K3FA 2I3VA 4OFLA 2H25A 3TMGA 2OK2A 3LSWA 1B7ZA 2G29A 4L17A 3PGFA 5DEXB 3T9HB 2XX9A 3PUVE 1Y4CA 3Q29A 4LATA 3PD8A 3SEVA 3F11A 5TU0A 3MAMA 4I8CA 4IO6A 2X26A 5I59A 3IJOB 3QIMA 5J1DA 1XS5A 4G68B 1B5JA 1D9YA 3PPNA 1B5HA 3C4MA 3MZ9A 2V84A 4JWXA 2HZLA 1FTJA 4ND9A 3TDJA 2O51A 4XKNA 3USDA 3FATA 1L5TA 1J1NA 3ONMA 1O63A 4H1XA 4ELOA 3SDFA 1AIVA 2VD2A 3GXAA 4R73A 2AYSA 3B7DA 5H8NB 5CMCA 3DELB 3PMWA 1SW4A 3OO9A 1P1WA 1POY1 5I84A 2XD2A 5TPAB 4IO5A 4NF4A 3C33A 4F31B 4GXAA 2NWJA 3O6IA 3HPIA 1PB7A 2UVHA 5CMMA 3ZS6A 4TLLB 5KCJB 3KG2A 1JVXA 1M5EA 3KN3A 3VXBA 2XXYA 1IZ1A 1B6HA 5M2VA 3IOWA 3HN0A 5AA2A 4DXUA 3A3CA 2O68A 3QSLA 1M5FA 4NF6B 5AA4B 3LSFB 3ECRA 4H0WA 4O3AA 4TOZA 3CR9A 1ATGA 2YJPA 4GXSB 3IK6B 1B32A 4LZ7A 3FV2A 2ZXTA 1DPPA 2UVGA 1MY3A 1JW1A 5DVIA 1XVXA 4R9FA 2Z8FA 1NKXA 3RT8A 1UTBA 3BBRA 1TFAA 2GFEA 4LQ5A 4IO7A 1SYHA 1MDP1 1ZIUA 3S2VA 5DVFA 2A5SA 2HFBA 1R6ZA 4FE8A 5KZTA 2DYXA 4JWYA 3VDFA 4PP0A 3FVGA 2F35A 4KHZE 5EYFA 5F7VA 1B5IA 1LFHA 3G3IA 1DTGA 2IA4A 3E4RA 5CBSA 4BDQA 3CIJA 2AIXA 3OENA 4X1BA 4MF3A 3VV5A 4RPNA 1Y3NA 3DM0A 4OWDA 2Z22A 4H8JA 4QSCA 2ESNA 3RUMA 1MXUA 3PUYE 1UIUA 3RLFE 2ZYKA 3IX1A 3KZGA 1OLCA 2F7CA 3CRBA 5I2NB 4F1VA 3B6TA 2DOJA 4YKIA 1FTMA 3LSLA 3V8XB 4G77A 1SI0A 4MFIA 3GLBA 4OYVA 3AXFA 4GOTA 1MDQA 4OMBA 1D4NA 4KCCA 2DVCA 1B3FA 5DVJA 4NTLA 2F7BA 2E0SA 4R6HA 1TXFA 3LR1A 4E0WA 3R26A 5BWJA 3G7WA 1XOCA 1ZMGA 1P1OA 3KN8A 2H99A 4YAHX 4DXCA 3PPPA 2WKYA 4PE5B 1B3EA 1URDA 3PMXA 2DQVA 5I56A 4ESWA 2XD3A 4Z0IA 3C32A 3HHGA 1M5CA 3MUQA 2DXRA 1QULA 1CE2A 2Y7PA 3T66A 2QS3A 1SVXB 4YKKA 3BFUA 1NNPA 2XXVA 3FXUA 1SQYA 3OEMA 4U22A 5AA1A 4Q8RA 3K00A 4F3GA 2F97A 4FIMA 5B70A 4U4XA 1PB9A 1MM7A 3HSTA 4IO4A 2NUVA 3FASA 4C1UA 1DPEA 4KYDA 2DWAA 3TUSA 1Q1KA 3G3HA 4EQ9A 3PV0E 4PQJA 3MPLA 2HXWA 2GHBA 1YAEA 1Y3QA 4OESA 1FTLA 1H3DA 2O69A 3FVKA 3L6HA 1B58A 1IXHA 2FNCA 2KLFA 2M8CA 1BTJA 4QSEA 2AL4A 1ZLQA 2QRYA 5FTIA 3OXNA 4LZ8A 2DWJA 1Q35A 1LSTA 3IO4A 4DLDA 3U93A 2GHAA 3GBAA 1MY2A 3K6XA 5FHMA 3UA8A 1MG1A 3SERA 4U1ZA 2XXQA 4IB2A 4OERA 1OVBA 3A3UA 3DP6A 1XC1A 3S9EA 3TTRA 4EF2A 1N3XA 4TQUQ 1N7XA 3ZKKA 4BLAA 1HSLA 3ZSFA 1MPCA 4I9DA 4ELPA 4ZS9A 5EHSA 3K6UA 1ELJA 2F36A 3EHTA 1Y4TA 1FCKA 3TTKA 5I59B 3EHSA 2R9JA 4G8NA 3QUJA 2ALUA 4GL0A 1GV8A 4THIA 4OVJA 3Q26A 3TCHA 4M4GA 1NH7A 2O6AA 3OO7A 3OO6A 3TPAA 1B3HA 1IQ7A 2OBGA 5L9OA 4KYSA 2XXPA 4QFLA 4G4PA 3UN6A 3P7IA 1N76A 2B3FA 4U21A 1P1UA 3TQLA 1SDXA 4KFQA 5IAIA 4NE4A 4F3BA 4QRZA 3T9VA 4BDOA 1MQDA 1VFEA 3H6WA 1MXYA 3I6VA 3T96B 4ZEFA 1ZBMA 1MY4A 1MH3A 4NF5B 4XIGQ 5KDTB 4F39A 2UYEA 2FYIA 1OIBA 1S50A 2I58A 2PYYA 2H5YA 2X7QA 3H4ZA 5JK4A 1MQGA 5ICTA 1MS7A 2CZLA 4KD5A 3R7XA 2R71A 3O28A 3VE1B 3TQWA 3CFXA 1NMUA 2ANJA 1A8EA 5H8QA 4YB6A 4PFUA 1QVSA 2ONKE 1YTVA 4ZZEA 1OVTA 2DSFA 1JW5A 5I57A 3TEPA 1JQFA 5DYHA 4P11A 2OJTA 3WAEA 3LSXA 1SYIA 3PUZE 5A5XA 3MZBA 4LVQA 2PX1A 4XKRA 2ZNTA 3U8QA 4KYEA 4POWA 3QK6A 1VR5A 2UVIA 4AQ4A 4BDNA 4F2OA 4GVOA 5ISUA 2O84X 1ZJLA 2VD3A 2Y7KA 1IXCA 1O7TA 2XXHA 1QUIA 3TTLA 4DCYA 2DE2A 3ZKLA 5JTYB 1DTZA 1FQAA 3IAZA 1TT1A 4E0XA 3MBPA 4RA1A 2F78A 2XHDA 4EDPA 4PFWA 1DMBA 4I1DA 5H8FA 1MQHA 1ANFA 2PVUA 1B05A 1D9VA 1FQDA 4GF8A 1B3GA 2XX8A 1Z7NE 3C34A 1FQEA 1BP5A 3EHUA 3H6UA 3V5AA 4RNSA 1B7HA 4N6PA 1N7WA 1JEUA 4MLVA 5H8HA 1N84A 3LBSA 4AB6A 1N0TA 3CVGA 3H7MA 3IOTA 4GFRA 5AA2D 2I49A 3KSJA 1BLFA 3K1NA 4JXIA 5HBCA 5CMBA 3PPOA 3CFLA 1A7LA 2ONRA 5LOMA 4JSDA 4OXVA 3FVNA 3RPWA 4GIZA 4KCDA 2Q2AA 2I4CA 1A55A 3Q25A 3E9XA 4RXLA 4IY6A 5DTBA 2UVJA 3PUWE 1LCTA 2QS4A 1JNFA 3Q28A 5I56B 3CSGA 4GWOA 1GTKA 2V93A 3FXRA 4RJZA 5CI5A 4FEBA 4ZEDA 2F34A 1LAFE 1WODA 3KBRA 4G68C 3D4CA 3SESA 3O29A 4QFKA 4EUOA 4JBZA 2QL3A 3SEUA 3RN8A 4KI0E 4X1DA 3M8UA 4QFPA 4OZ9A 1R1NA 1LB8A 4FECA 4NWCA 4YZZA 3UK4A 1H76A 1RYOA 4LQ2A 4EXKA 3W9VA 3Q27A 2F6PA 4H8IA 1S7YA 2I0CA 3H6TA 4R2FA 4N07A 2DWHA 4F1YA 4ZECA 1NNTA 3H03A 3O2AA 4GD5A 4WEDA 3T22A 1NL5A 1QUJA 2DS9A 1NFTA 3C35A 5ICQA 3OSRA 4YKJA 1LFIA 3IB0A 4HS7A 2OZZA 2DXYA 4OETA 4G8MA 4FAJA 2Q2CA 5KCJA 2Y7WA 4TLMB 2DVZA 1LAGE 1VE4A 2P1SA 2QPQA 1OQGA 3KOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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