4R75A

Structure of the periplasmic binding protein afua from actinobacillus pleuropneumoniae (exogenous sedoheptulose-7-phosphate bound)
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
KGRLVIYCSATNVMCENAAKTFEQKYDVKTSFIRNGSGSTFAKIEAEKNNPQADVWYGGTLDPQSQAGELGLLEAYRSPNIDQIMPKFQDPAKVKGNLSSAVYIGILGFAVNTERLKKLGIEKIPQCWNDLTDPKLKGEIQIADPQSSGTAYTAIATFAQLWGEDKAFDYFKHLHPNISQYTKSGITPARNAARGETTVGIGFLHDYALEKEQGAPLEMVVPCEGTGYELGGVSILKGARNLDNAKLFVDFALSKEGQETAWKKGQALQTLTNTTAEQSPLAFDLTKLKLIDYDFEKYGASDERKRLINKWVDEIKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Active Transport of Phosphorylated Carbohydrates Promotes Intestinal Colonization and Transmission of a Bacterial Pathogen.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Actinobacillus pleuropneumoniae
molecule keywords ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
total genus 117
structure length 318
sequence length 318
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r75A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r75A01
3A3UA 1JQFA 3QK6A 5LOMA 4G68B 2XXTA 3UA8A 3VVEA 5KDTB 4XKPA 1D9VA 3HCQA 1FQDA 1M5BA 3UP9A 1RKMA 4ZDMA 5I59A 3DP8A 2ZMBA 3MVWA 3FJ7A 2NWJA 3T9XB 4G68C 1OQGA 4EQ9A 2GH9A 3MZ1A 2H5YA 3RN8A 4U4XA 3PPNA 2QJEA 3HO7A 3PV0E 1A8EA 3C33A 3HPIA 3SERA 1Y1ZA 3TTLA 3C34A 3USDA 1P1OA 4UACA 3IO4A 1MXYA 4G2ZA 3C4MA 5KCJA 2RINA 1SYHA 4GWOA 1XVXA 2RCBA 4DE8A 1POTA 1YAEA 4H5FA 2F34A 2O69A 1DPEA 5ITOA 4F31B 1N7WA 5AA2D 2P2AA 4IO4A 4N6PA 2V93A 3TTMA 4M1VA 4G8NA 1NNPA 5BWJA 1N76A 4H8JA 5J1DA 4LZ8A 4PFUA 3M3LA 3KZGA 3O9PA 4LZ7A 5DTBA 5HPQA 4YKIA 4OFOA 3FXUA 1LAGE 3H7MA 2Y7KA 3KSJA 4MBPA 1JW4A 3K1MA 5TPAB 4TOZA 5EHSA 3T22A 1SYIA 4FE8A 4JWXA 2O68A 4ZE8A 3MBPA 1LLSA 4IO3A 4F1YA 2ZYNA 3VVFA 3C32A 3TPAA 4RK2A 1AMFA 2Z23A 3FD3A 1NNKA 1YTVA 3OD7A 3KEIA 3O6GA 1OLCA 4MH5A 4E0XA 2Y7PA 3GBAA 3BFTA 3TCGA 3B6WA 5I2NA 3C36A 1LCTA 3EHUA 2O7UA 4FECA 3THIA 4JWYA 1MPDA 3SETA 3MP1A 4YICA 4QFLA 1FTOA 3MPKA 3MZBA 5TU0A 2V84A 2F35A 3VE1B 3JYRA 4LQ2A 4RXLA 3G3GA 4F1VA 2XD3A 2X7PA 3UK4A 2XX9A 5CM6A 1Y20A 2UVJA 2XXYA 2VD3A 1RYOA 4IO5A 3T96B 3K0VA 1A8FA 2F6PA 2Q2CA 2UXAA 4ND9A 1B0HA 4ZEKA 3TODA 5CBSA 1MDP1 1N04A 4EXKA 1H44A 3PMVA 3G7WA 4Z7EA 2OK2A 3OO8A 1MY4A 3TKDA 4HCWA 2V3QA 4RPOA 5L8DA 1B32A 2AYSA 2Q9TA 2I3WA 2XXRA 4X1DA 1H45A 1BIYA 4JWOA 1JW1A 1IIWA 2DE3A 5TP9B 1B7UA 5DYHA 3QYTA 1QULA 1EZ9A 4IO6A 2ANJA 4GF8A 1B3HA 5AA3A 2E0SA 2ZNUA 1IXGA 3FXRA 2F5XA 3V83A 3T9HB 1XC1A 2R9JA 1UIUA 4LZ5A 1B7ZA 1UTBB 1PB7A 4OEVA 1I6QA 2UVGA 4OTEA 1B2HA 3O29A 4BLAA 2IEEA 1XHYA 3PUVE 2X26A 3C35A 3IB1A 3OMBA 2QL3A 2DSFA 3UORA 4R2FA 1SW1A 4R75A 3PPOA 5EHMA 5JTYA 3D4CA 2I0BA 3TQLA 4YB7A 3LSXA 3VLVA 4OYVA 5AA1A 3L6GA 3CFLA 5I58B 4ELOA 3EF7A 2O7IA 4GRKA 3PPQA 2NOOA 4DIGA 2PX1A 1Y3PA 1LAFE 4OMBA 1NNFA 4AQ4A 4R74A 1O64A 4U1OA 5K2YA 4WXJA 3FVOA 4ELRA 2ZYKA 2XXIA 1QVSA 4F2OA 4H5GA 3TCFA 4P0GA 2QS2A 3H4ZA 1XS5A 4H65A 3V8XB 3TMGA 3KGCA 2H9BA 3WAEA 4H0WA 5H8FA 4O3AA 1MH3A 4XTCQ 1FQAA 4F22A 3IX1A 3F11A 1N3WA 3V89B 1B1HA 1F9BA 4RNSA 4LATA 1IXCA 4NWDA 5ICTA 3BBRA 4NF5A 4NF4B 3W9VA 2OWTA 2XXVA 1OMPA 5FTIA 1VSOA 1T0KA 4OETA 4YAHX 3K6UA 1DTZA 1DPPA 4GXAA 2ONKE 5A5XB 1SQYA 4GOTA 3T9UA 2XXXA 5ITPA 1PB8A 2VP1A 2QPQA 1MS7A 1M5EA 1LFHA 2ABHA 4NF6B 3W15C 5B7DA 1NMUA 1BTJA 4JXIA 3WAFA 3H03A 3MVZA 3PMWA 1P1UA 3MP6A 1LCFA 2GRVA 3FXQA 4OHNA 4KFQA 4KHZE 1EZPA 3MUQA 4ELQA 1O63A 1SBPA 3LR1A 3QIMA 1H43A 5CC2A 3IO6A 1R6ZA 3QXMA 3CSBA 2F78A 1VFDA 3L6HA 2HCAA 1LSTA 3S9MC 4F3BA 1B4HA 1LGBC 1MY0A 2IA4A 5I56B 4OXVA 2YPNA 1P99A 2FNCA 3H6WA 2F8DA 2QMXA 2F7BA 1FQEA 5AA4B 1FW0A 5I2KA 3TYHA 1VE4A 5I57A 1IEJA 2DWAA 3RT8A 1I6BA 1PBPA 3K6VA 1Z7NE 5H8NA 3K4UA 4U1ZA 2Y7IA 1DOTA 2ESNA 4F3PA 5FHMA 2DWIA 1Y1MA 3M3KA 3K01A 4PE5B 1B52A 5KDTA 3PPRA 2CMOA 4M4GA 2A5SA 1TT1A 3S2VA 3K02A 4FJPA 3K1PA 1JEVA 3E3KA 1JNFA 5H8HB 1AOVA 2DYXA 2DE4A 1NH8A 2XXPA 2O1LA 5IKBA 2I48A 1LB8A 1P1NA 2XX7A 3O6HA 4NF8B 4X48A 4GD5A 2F7CA 4F3GA 3PPPA 5IAIA 5AE4A 3Q25A 3VLUA 3MPLA 3HN0A 3RTFB 4ZS9A 2ZYMA 1HSEA 1A40A 4YB5A 4UA8A 2HZKA 2NVUB 3EHSA 3LC8A 2OBGA 1MQDA 3K6XA 3E9XA 4IO2A 2Z22A 1A54A 1LBBA 4XXUA 1TWYA 4HCYA 1B5HA 1QJMA 5ISUA 3KN3A 1N84A 4QSEA 4K3FA 3KG2A 3G3JA 3QAXA 2WKYA 5CMCA 1MXWA 1SD3A 1MRPA 5F7VA 3RLFE 3QSLA 2XXHA 2P0SA 4QFKA 1QUKA 2RC7A 1B51A 4R2BA 4BDQA 1QKBA 3PUWE 2XD2A 5TPAA 3TEPA 2I4CA 1NH7A 5HM4B 1UQWA 1ANFA 1VR5A 3PUXE 2DQVA 1SW4A 1FTKA 1S7YA 1MH4A 4ZEIA 3MW0A 4O3CA 4PETA 4WEDA 4NWCA 2PBWA 4U22A 3GZGA 1MPBA 2QSXA 4POWA 2HEUA 3R6UA 4GL0A 1DMBA 5M2VA 2RC8A 3OO7A 2AL5A 5H8QB 2I58A 3ILUB 2HXWA 1JETA 1HSJA 1MY2A 3N94A 3CFZA 3U93A 3MVYA 4X9TA 1Y3QA 1IUDA 2QS4A 5DEXA 4ISUA 4BDRA 1MXXA 4OESA 1Y4TA 4KR5A 1FTJA 2QRYA 4ESXA 3IAZA 2GHAA 2R6GE 2Q8JA 3OEKA 2YJPA 4EQBA 2VOZA 4NE4A 4OWDA 3PUZE 3IJXB 2F36A 2YLNA 3UN6A 1USYE 2PYYA 3RPWA 3T66A 3ODBA 1ZJLA 1B1XA 3TDJA 3OO9A 1MM7A 5KZTA 3ZS6A 1MQIA 2I49A 1LFGA 3N6TA 4PFTA 4U21A 1R9LA 3H6UA 1BLFA 5TP9A 4EQ7A 3PD9A 4EF2A 2DP8A 1IXIA 3Q28A 2G29A 3SEUA 1DTGA 1BP5A 4HTGA 1US5A 1USYH 1FQFA 4Z0IA 2O51A 2GHBA 2ZYOA 3U72A 3KJ7A 1UTBA 3IK6B 1L5TA 4THIA 1NKXA 1URSA 3LBSA 1CE2A 3JV9A 3OEMA 1BKAA 3E13X 4KCDA 1B0LA 1SVXB 3IB2A 3ZKLA 4JBZA 4F3SA 3QUJA 3N26A 3MJNA 2H99A 1WVJA 4Q0CA 2Q89A 1Y9UA 3FVNA 1AL3A 2DS9A 3EHTA 2PMSA 1UTHA 2GFEA 2A5TB 1SW5A 4OEUA 2Q2AA 1HSLA 3ECRA 4Q30B 3RGYA 1OQHA 2DVZA 3IB0A 3RUMA 1VFEA 1MXVA 4F1UA 2F6GA 1SI1A 2OZZA 1B3LA 4KYEA 1YPNA 4LUBA 3EPEA 4R6YA 2VGQA 4LP2B 3K1NA 3VFJA 3S9EA 1PBQA 5FHOA 4YMAA 4ELPA 2REGA 3OENA 1PC3A 3M3FA 3B6TA 4JSOA 1A99A 4LQ5A 5CI5A 2UVIA 4NMYA 5DT6A 3TAJA 1N0TA 3IL1B 4KPTA 4FORA 4GFRA 2BJJX 1GR2A 3TQWA 3SEYA 2NUVA 1PEBA 1ZBMA 2D21A 2B3FA 3VVDA 3PMXA 4ECFA 4KI0E 4DCYA 3ILTB 3TCHA 4OVJA 2ZNSA 2RKMA 3H3GA 4KD5A 1M5CA 3PUYE 1IITA 2HQ0A 4QF9A 3KBRA 3RT6B 2REJA 1D9YA 2O84X 4EF1A 1OIBA 1ZU0A 3GLBA 1ZMGA 3IJOB 4FEDA 3BFUA 2OWSA 1D3KA 4XIGQ 1N3XA 4AB5A 4NF4A 4C0RA 2Z8DA 3RY3A 4GL8A 1MQJA 4YKJA 5DVJA 1TFDA 2H4IA 4RK9A 5B70A 5A5XA 2KLFA 1AH5A 3KJTA 4ZZAA 5AA2A 2AL4A 4MF3A 4JDFA 4PFWA 1PB9A 3N5LA 3FV1A 4MFIA 1B3FA 5HBCA 3FJGA 1B40A 4YKPA 1P1QA 4YKKA 2P1SA 3T9VA 2ZXTA 2H25A 3C9HA 4DDDA 4NF6A 4RPNA 1MY1A 5BUUA 1TXFA 3LSFB 1MG1A 3K2DA 1JVXA 4BDOA 1LB9A 2CZLA 4QSDA 5ELVA 2QS3A 2VD2A 4R9GA 1H76A 2HAUA 4H1XA 4RY1A 3EQ1A 1TFAA 2XXUA 3D4GA 3U8QA 4OENA 1B3EA 3S9NC 1MDQA 4L17A 3GBBA 4X1BA 2OLBA 3KSXA 4BDNA 3DP4A 2M8CA 5CBRA 3SESA 4HS7A 5I57B 2I6EA 1WODA 3I6VA 3CG3A 2B65A 2OJTA 1OVTA 3W9WA 3FVKA 4N13A 1LAXA 3BKIB 1JEUA 5ICQA 4G8MA 5L9OA 3TELA 3V5AA 4KQPA 4IB2A 4G68A 4I8CA 1XOCA 2PT1A 4OZ9A 3OSQA 5L9MA 5I59B 4I1DA 1CB6A 3MC2A 4R6KA 4GIZA 4IY5A 1EU8A 4H6DA 3T93B 2OCUA 2UYFA 2ONSA 2DVCA 1IZ1A 1S9TA 5CMKA 3R7XA 4C1TA 3FZVA 3VV5A 2H98A 4TLMB 3S9LC 3EN3A 4R6HA 5H8HA 4OERA 4DXCA 4POXA 4BDMA 2F97A 2I3VA 5DVFA 3CRBA 4QSCA 4TQUQ 3IOVA 1I69A 1Y4CA 4FIMA 3CIJA 1GVCA 5KCJB 4NTLA 1SDXA 3G3IA 4NF8A 2Z8EA 4E0WA 5L9SA 2G93A 2PT2A 1OLAA 4KYDA 1MQHA 3Q26A 1GTKA 3IOWA 3MZ9A 5JK4A 2HAVA 4ZZEA 3S4UA 1I6AA 3FATA 1QW0A 1LFIA 3KN7A 1J1NA 3OO6A 3FJMA 4OFJA 2RC9A 4ZEFA 3CSGA 3O97A 2PVUA 3Q29A 2XXQA 2O1MA 2Y7WA 4N07A 4XKQA 2W7YA 1LAHE 1DSNA 4FAJA 5H8SA 3PGFA 1WDNA 2XX8A 3KN8A 4Q8RA 1SI0A 4RJZA 1POY1 4F19A 3A3CA 5CRYA 4IO7A 1B58A 4LA9A 1P1WA 4O3BA 1M5FA 2V25A 1N7XA 3IORA 2Y7RA 3SEVA 4U2RA 4XKRA 3TFLA 3SDFA 3K6WA 2I4BA 5I2NB 3IOTA 1B4ZA 1KWHA 2B3BA 5I84A 3HSTA 1MY3A 2X7QA 1URDA 2DWHA 2R71A 2RCAA 1XVYA 2V3TA 4QHQA 4ZEDA 4QRZA 1A55A 5H8QA 4R73A 3KFMA 4U4SA 4QFNA 3U92A 2QMWA 3GXAA 3SKPA 3DLNA 3HHFA 5DEXB 1FQBA 4IGRA 1NFTA 3TZAA 3M8UA 3VDFA 4ONYA 4YB6A 1GGGA 2FYIA 1MXUA 3P7IA 1B05A 3C31A 1NNTA 1XT8A 1GV8A 3FVGA 4GVOA 3TTKA 3E4RA 3RTWB 1QKAA 1H3DA 4YU0A 4TLLB 3HHGA 4YMBA 4MLVA 3MQ9A 4KCCA 3LSWA 4PFYA 4KYSA 5FHNA 5F1QA 3DP6A 4P0IA 4LVQA 4ESWA 1B5JA 5JEIA 4Q5TA 3CR9A 4IY6A 2Y84A 3AXFA 4G77A 4FATA 2V3UA 4HW8A 1B5IA 4I62A 2THIA 3FGSA 1B6HA 3MP8A 1IXHA 3Q27A 3HV1A 3G3FA 3LUYA 4WKMA 1NL5A 1B9JA 1R1NA 1M5DA 3A09A 2LAOA 2ONRA 2F7AA 4G4PA 3H6TA 2D5WA 1LBCA 1B3GA 4NEDA 1EZOA 2E1SA 2XHDA 4GQOA 3IOUA 3B7DA 4H67A 3FIRA 3FASA 2DXYA 4OFLA 4RA1A 3PU5A 2ALUA 3U94A 3O28A 5JTYB 1ZIUA 3B6QA 4AB6A 3TUSA 2DWJA 2AIXA 2FA7A 1RYXA 1UTHB 4FEBA 1ELJA 1D4NA 3QUFA 4EUOA 4ZECA 2Z8FA 4QFPA 1URGA 2RF1A 2A5TA 4LONB 3RQTA 3IR1A 1A7LA 2DOJA 1B46A 2I0CA 4GLIA 4RYAA 3K00A 1AIVA 5I58A 2HZLA 5K2XA 4ZEBA 4I9DA 2Q88A 1ZLQA 3UGWA 3FV2A 4GXSB 1QUJA 3KOSA 4YZZA 1O7TA 4ZE9A 2UVHA 1OVBA 5CMBA 1QUIA 5FTHA 3H6VA 4G8HA 3G3HA 3TTRA 1PDAA 3OSRA 2DE2A 3TTNA 5DVIA 4F18A 1Y3NA 3OXNA 4H8IA 3I5OA 4MLQA 4IGTA 3O66A 5H8FB 4EDPA 3N6UA 4DZ1A 3SEXA 4U23A 1MXZA 1ZTYA 4JB7A 1JVYA 3RNNA 1MM6A 2UYEA 3OELA 4NF5B 3JZJA 4F29A 1S50A 4F39A 4PQJA 2DXRA 3MAMA 4DXBA 4OQOA 1MPCA 3PD8A 4JSDA 3OOAA 4R72A 1SW2A 3MWBA 4DXUA 3MVXA 2HFBA 2XXWA 1YCJA 3O2AA 1B7HA 1FQCA 1II5A 1Q35A 2QS1A 2VHAA 3VXBA 5AA2B 3O6IA 1ZKBA 2O6AA 1R9QA 1ATGA 3KOTA 3UIFA 4PP0A 3H06B 3FUZA 4WEPA 3CI8A 3R26A 1US4A 1FTMA 3I3VA 1FCKA 3SEWA 2D3IA 4C1UA 3CG1A 2ZNTA 1FTLA 3CVGA 3ONMA 3DELB 1EH3A 2NXOA 3ZSFA 3ZKKA 4XKNA 4DLDA 1UIVA 5CMMA 4DCXA 1JW5A 3U1OA 3CFXA 3VLWA 3DM0A 5EYFA 5I56A 4EXLA 4R9FA 1MQGA 4F2QA 1IQ7A 3G3KA 1Q1KA 3LSLA 5I2KB 1Z7ME 5AA4A 3VXCA 4QFOA 5H8NB 4P11A 4BDLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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