4RPOA

Pcpr inducer binding domain (complex with 2,4,6-trichlorophenol)
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
RFDPGTSNRNFRIAASDFGQALMLPRLYATLEETAPQVRVTGVNLRHGPLVEELESGSIDIAFGGFPTLSAGIKTQTLFREEYVCVMRQSHPALTHGLDLEAFRQCRHIIVTAHEFNHVHEQVEARLLELLPPESIRFTTENFLVSAVIAEETDVILTIPSRLARWFANRGGLTIFPVPIELPSIEVKQYWHERYDKDPGNIWLRRVIAKIGFQNPPAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the Inducer-Binding Domain of Pentachlorophenol-Degrading Gene Regulator PcpR from Sphingobium chlorophenolicum.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Sphingobium chlorophenolicum
molecule keywords PCP degradation transcriptional activation protein
total genus 66
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpoA02
3T93B 3RPWA 3KJ7A 1FCKA 2F8DA 1B3EA 1ZMGA 2QS1A 2OBGA 3HHFA 3LSLA 4KR5A 4H8JA 1QKBA 1IXGA 3FASA 4ESWA 5KDTB 2O69A 3FD3A 3PUXE 4C1UA 5HM4B 4MH5A 4PP0A 1AMFA 2I4CA 5F1QA 2V3QA 1MM7A 3PPOA 2Y7RA 3FUZA 5H8HB 1N04A 5AA2B 3RN8A 4XKNA 3CG1A 1MPDA 2P1SA 3G7WA 1D9VA 2H25A 4G8NA 1MM6A 2DQVA 1MPCA 3OOAA 1M5FA 1NL5A 3I5OA 3UGWA 2VD3A 5B70A 3HSTA 1NNTA 4HW8A 4H6DA 1M5BA 2DE3A 3E4RA 4OQOA 1OQHA 2DYXA 3FXRA 3K02A 3W15C 4U4SA 3KOTA 1FQCA 4R6YA 1ANFA 4KCCA 5DEXA 1TWYA 3U94A 3MBPA 4G8HA 2D21A 1MY3A 4ZEBA 4F19A 2RKMA 4X1DA 3L6GA 3OO6A 3RT8A 1JW5A 1M5CA 1URGA 1QW0A 3MPKA 4WKMA 3K6XA 2QS3A 4R6KA 4YB7A 2ZYOA 2XXVA 5ELVA 5H8FB 5I59B 4C0RA 5ICTA 4OENA 4R74A 3BKIB 4KI0E 1N7WA 3B6TA 2O84X 1LBBA 3JZJA 3ZKLA 5JK4A 1PBPA 2NVUB 4JDFA 3VE1B 2O7IA 1RKMA 1SYIA 1B3FA 2I48A 1ZKBA 3B6WA 4ZDMA 3T22A 2OJTA 4NF8B 1Y9UA 3FATA 3N6TA 4GQOA 4GL8A 3O6HA 3O6IA 3V83A 2PBWA 3C9HA 3IR1A 1N7XA 4ZE9A 3EHUA 1US4A 2A5TB 4FECA 4RYAA 3BFTA 3T9HB 4R6HA 3Q29A 1BIYA 1P1QA 4KYEA 3FV1A 2Q9TA 4I1DA 2P2AA 3TYHA 5I2NA 4H0WA 3EQ1A 4R9FA 4RY1A 2ZMBA 1MY0A 3FGSA 4LA9A 3RNNA 5I58B 2XXTA 4WEDA 3PPNA 1MH4A 4F18A 3RUMA 2E0SA 2I6EA 3U8QA 1MQGA 4MLVA 1OVTA 4NE4A 4LUBA 4LP2B 3IOWA 2X7QA 3N26A 1BKAA 1VFDA 3K4UA 4DZ1A 4EF1A 5TU0A 3EHSA 1URSA 1MXZA 4XTCQ 1MQHA 3DELB 3E3KA 2DE2A 3U92A 3G3IA 1LGBC 4DE8A 1NNPA 4R73A 3FXQA 1UTHB 2R71A 2HAUA 2XX7A 1FTOA 3ECRA 2XXWA 3HPIA 3PMWA 3G3GA 5EYFA 1B6HA 1Q35A 3S2VA 1TT1A 4YMBA 5AA2D 4GOTA 5KDTA 5M2VA 1XOCA 3FVKA 4G68C 2XXXA 1B40A 1MY4A 2I49A 4YAHX 2XXUA 3RLFE 2ABHA 1Y4CA 3K6WA 1AL3A 2CZLA 5H8HA 5TPAB 5L9SA 5JTYB 3N6UA 1EZOA 1UQWA 3I6VA 3IB1A 2ZNUA 2ONSA 4Z0IA 1FTJA 3DP4A 3B7DA 4PFTA 2YLNA 2V3UA 2W7YA 2OCUA 1XVYA 1B1XA 2GHAA 4JBZA 1UIVA 1EU8A 1I6AA 3T66A 3IAZA 1IITA 1POTA 3LBSA 4Z7EA 3IOTA 4TQUQ 3TTNA 4YB5A 4NMYA 3SEXA 4Q8RA 5AA4B 2I3WA 2F5XA 4GVOA 1Y20A 2DWHA 3H6WA 1SD3A 3OXNA 1PEBA 2ZNTA 5AE4A 5CM6A 2A5SA 3PPPA 1FQFA 4KD5A 3TODA 1II5A 2F78A 1LCTA 1FQDA 3S9LC 3VLUA 4OHNA 3BFUA 4ISUA 2GFEA 3MVYA 3PV0E 1B52A 1BP5A 4QSEA 3IO6A 3UIFA 3K6VA 3DLNA 5H8FA 4G68A 1NMUA 2WKYA 3WAEA 4IO5A 1LFGA 1B4HA 3D4CA 3TTLA 4LZ8A 4OMBA 4R75A 1KWHA 3LSFB 3RY3A 3U72A 5TP9A 3QYTA 3M3LA 1M5DA 1MXWA 4OEUA 1DTZA 4OEVA 3R26A 1DPPA 1PB8A 3KSJA 2O1LA 3K01A 3DP6A 2OK2A 1N76A 3RTFB 3TKDA 4DXUA 5IKBA 3C32A 1JVXA 4ZZAA 4GD5A 2V25A 1ZLQA 4POXA 2PT2A 2VGQA 4G77A 4Q5TA 1USYE 3GBBA 2GRVA 4X9TA 3MP8A 5HPQA 3TZAA 2A5TA 3SEYA 2Y7IA 4H5GA 4IGRA 1O63A 2RF1A 4RPOA 2XXIA 4F1VA 4LONB 1DMBA 4HCWA 5I56B 5H8NA 4P0GA 4R72A 3IO4A 5J1DA 3RQTA 4KYDA 3C31A 4PETA 4XKQA 4RJZA 3IB2A 4R2BA 4IO7A 1GGGA 2DWIA 5I58A 1Y1MA 1MQIA 1H45A 1J1NA 4FEBA 2AL5A 3LUYA 5LOMA 1B0HA 4BDNA 5CRYA 3DM0A 3Q27A 1GR2A 3CFLA 1QKAA 1ZTYA 1Z7ME 4ELPA 1P99A 1MXUA 4JWXA 1BTJA 3UK4A 1Z7NE 1UTHA 3FZVA 4EXLA 5ITOA 2H5YA 4GFRA 2R9JA 3OSQA 3MZ9A 4RPNA 1LAHE 4EXKA 3O29A 3LC8A 4OERA 4WEPA 3T96B 3C35A 1D4NA 4F3PA 4NTLA 4KQPA 3OO8A 4RK2A 4L17A 1SYHA 5TPAA 4IO6A 2GHBA 5ITPA 5JTYA 1QULA 1M5EA 1ELJA 2PYYA 3GBAA 2G93A 3AXFA 4GRKA 4R9GA 5KCJB 4U23A 3SEVA 2NXOA 1B4ZA 2VHAA 2FA7A 1WVJA 3O9PA 4DXBA 1B5JA 1OMPA 3OO9A 3MZ1A 4GWOA 2F34A 3MP1A 5DVIA 3JYRA 3QIMA 4ESXA 4O3CA 1A40A 1VE4A 3S9EA 3T9UA 3O97A 2KLFA 4GXSB 5BUUA 1PB7A 3V89B 4G4PA 1YAEA 1ZBMA 4Q0CA 1D9YA 3VXBA 2XHDA 3OO7A 1MDQA 2ANJA 4JSDA 4X48A 4NF5A 3E13X 3KEIA 2OWTA 4OFJA 1DPEA 2F36A 1MRPA 1ATGA 2Z8EA 1MY1A 1VFEA 4H1XA 1URDA 1TFAA 4UACA 4JXIA 2NWJA 1XS5A 3PU5A 3R7XA 4EDPA 3IB0A 3T9VA 1Y3PA 3ONMA 1FW0A 2QMWA 4C1TA 1B3HA 5L9OA 3MUQA 3K0VA 4YKKA 3L6HA 4JWOA 4HTGA 4NWCA 2RINA 4ZE8A 1DSNA 1P1OA 4ELRA 2Y7WA 4YU0A 4OTEA 3CSBA 4DLDA 5H8SA 4U1ZA 1QUIA 2DE4A 5I56A 3W9WA 4OFLA 3HN0A 1NFTA 2RCBA 4NF6B 3V8XB 1MQJA 1PBQA 3PD8A 4FAJA 4YZZA 1A8EA 3K2DA 4OWDA 4IB2A 3TCHA 1XHYA 1N3XA 3LSWA 1H76A 1D3KA 2PVUA 1B5IA 3K1NA 3KJTA 4YICA 4KFQA 4U1OA 3UN6A 1LBCA 3ZS6A 1FTLA 4BLAA 3OEMA 4U4XA 1S9TA 1H43A 2BJJX 4F2OA 3IL1B 3C36A 2Y7PA 3VDFA 1R1NA 2XXYA 1A55A 2REGA 4YMAA 4X1BA 3P7IA 3O6GA 4MFIA 4KPTA 4ZS9A 2UXAA 1B32A 3O66A 3OELA 1T0KA 1POY1 3PUWE 5B7DA 1PDAA 3MQ9A 3ODBA 5A5XB 2CMOA 4I8CA 1RYXA 3TELA 3VVDA 2DP8A 1S50A 4FE8A 1FQBA 1SI0A 1Y3NA 5KCJA 3Q28A 4Q30B 3OEKA 3FJ7A 4XKPA 4AB6A 1LB9A 1N84A 4DCYA 3QAXA 3O2AA 3QUFA 4U21A 3FVNA 3TQWA 2OWSA 3GXAA 1EH3A 5AA2A 3CG3A 3OENA 1Q1KA 1LSTA 1OLCA 3M3FA 3RTWB 4OYVA 3TQLA 2O6AA 2YJPA 2ZNSA 4P0IA 3M8UA 3USDA 1B58A 4HCYA 2UVJA 4BDMA 2HAVA 2D3IA 3QXMA 3QUJA 3VLWA 4EF2A 2XXRA 2DXRA 2VD2A 3H6VA 3ILUB 2F97A 2Q2AA 2Z8DA 2HEUA 4BDRA 3TDJA 3N5LA 1LLSA 4K3FA 4H5FA 3QK6A 3W9VA 3TPAA 3TAJA 3F11A 1QUJA 3U1OA 3SETA 4UA8A 5DTBA 4OXVA 1UTBB 4IO4A 1P1NA 2XXHA 5I59A 3OD7A 3B6QA 4JB7A 1VR5A 1I6BA 2REJA 2DVZA 4F2QA 3PPQA 5DEXB 1A54A 1LFHA 3CFXA 5EHMA 1MY2A 1P1UA 4DIGA 2QSXA 1JETA 5I2KB 1B46A 1SW4A 3VVEA 4NF8A 4O3BA 4F3BA 4GXAA 1IIWA 3EF7A 1R9QA 1PC3A 1B9JA 1FQEA 2ZYMA 1DOTA 4NF6A 4U22A 4F29A 1YPNA 3KN7A 3K00A 1JEVA 1CB6A 1NNFA 3ZSFA 2H9BA 4EUOA 1AH5A 1B7UA 3VV5A 2QL3A 1FTMA 2X26A 3C33A 4IY6A 3FVOA 1NNKA 3MWBA 5AA1A 3FV2A 3LR1A 1Y1ZA 4U2RA 5FTIA 3MVZA 4RK9A 2XXQA 3HHGA 1IQ7A 1ZU0A 3FIRA 4EQBA 3D4GA 3EPEA 4TLLB 1YCJA 1AOVA 3H7MA 4ZEFA 2F7AA 1B51A 3K1PA 2DS9A 1H3DA 2VOZA 2V3TA 4PFYA 1JQFA 3PMXA 1MH3A 2NOOA 4LVQA 2O1MA 5CC2A 3CI8A 5KZTA 3QSLA 2Q89A 4DDDA 2DWAA 2B65A 4R2FA 5CMCA 2RC8A 5A5XA 3G3KA 5DVFA 1B3GA 5JEIA 2B3FA 1OVBA 2ONRA 4N6PA 1QUKA 3I3VA 4KHZE 2QJEA 5H8QB 1LAGE 3A3CA 2UVGA 2Y7KA 1IXCA 4ECFA 1LB8A 1EZPA 3KOSA 3SESA 1LAFE 3RT6B 4G8MA 1O7TA 2NUVA 2HZKA 3H6TA 4QHQA 3TUSA 1HSEA 3MPLA 2PT1A 4FATA 5FHNA 3IORA 1USYH 2O68A 4RA1A 2F35A 2XX8A 3TFLA 5ISUA 2XD2A 1FTKA 1NH7A 2QS4A 3E9XA 4XKRA 5K2XA 4DCXA 2XD3A 5CMBA 4ELQA 3FXUA 5AA4A 2H4IA 4XIGQ 1HSLA 3UA8A 1B5HA 2Q2CA 4F1UA 3LSXA 3N94A 5F7VA 1IUDA 1OQGA 1RYOA 3SERA 1IXIA 1MXVA 4JWYA 4JSOA 3KN8A 2DXYA 5ICQA 4IGTA 5IAIA 1UTBA 3MVWA 5FHMA 2DOJA 2ZYNA 3OMBA 2LAOA 1IZ1A 4GF8A 1MG1A 3PUZE 2Z22A 3HV1A 4NF4B 4KYSA 4QSCA 1MDP1 4O3AA 3FVGA 2IEEA 3TCFA 3MP6A 2E1SA 1JNFA 3PPRA 4TOZA 3H03A 3PGFA 4QFKA 3PUVE 1Y3QA 5I2KA 3IOUA 1A8FA 3FJGA 1GTKA 4ONYA 5FHOA 3WAFA 4LQ5A 3JV9A 4QFLA 2R6GE 4ZZEA 4BDLA 1MS7A 1SW2A 1IEJA 3TEPA 4G68B 4QFOA 4YKIA 4F3GA 1TXFA 1L5TA 1SDXA 1R6ZA 4H8IA 1N3WA 2QS2A 3THIA 5FTHA 5TP9B 4NEDA 4YKPA 4N07A 2UVIA 3RGYA 5HBCA 4RXLA 3PUYE 1I6QA 2G29A 3K1MA 1O64A 3KGCA 3EN3A 3TTKA 4ZECA 3K6UA 4OVJA 1UIUA 1TFDA 1US5A 4F31B 1WODA 4P11A 5L8DA 1XT8A 4I9DA 1F9BA 2OZZA 2RCAA 4THIA 4H65A 1MPBA 2Y84A 3C34A 2GH9A 3ZKKA 4IO2A 3CIJA 3FJMA 2I4BA 2DWJA 2M8CA 4OZ9A 1B7HA 3MW0A 1PB9A 1N0TA 4GL0A 5H8NB 5I57B 2AYSA 2ESNA 4KCDA 2P0SA 1P1WA 2F6GA 1GVCA 1MQDA 1XC1A 4PQJA 2PX1A 2ALUA 3CFZA 5H8QA 2F7CA 1QVSA 3UP9A 2I0BA 3HO7A 3IJOB 2V84A 3M3KA 2ZYKA 3VXCA 2QPQA 3H4ZA 3Q26A 3GLBA 1OIBA 1S7YA 4ZEKA 3A09A 4LZ5A 3TTRA 1IXHA 2O7UA 2Z8FA 4EQ9A 2THIA 2AL4A 5DVJA 2QMXA 2HZLA 5BWJA 4YB6A 2B3BA 4M4GA 4QRZA 5CMMA 3SEUA 1CE2A 2ZXTA 5EHSA 2AIXA 3G3FA 4G2ZA 3PMVA 4OFOA 3VLVA 2YPNA 2I58A 2DSFA 4F1YA 2H98A 1JW4A 1B0LA 1BLFA 1GV8A 2HQ0A 3CVGA 4POWA 3MC2A 3S9NC 3TTMA 3TMGA 4ZEDA 3KZGA 2HXWA 1B1HA 1WDNA 4E0XA 2HCAA 2Z23A 5AA3A 2DVCA 1SVXB 2OLBA 2XXPA 3Q25A 3DP8A 4BDOA 3R6UA 3KSXA 4MF3A 5DT6A 2UYEA 1LFIA 1SQYA 1LCFA 3CSGA 3MVXA 4WXJA 5CBRA 4AB5A 3KN3A 4IO3A 3U93A 1HSJA 2F6PA 4DXCA 4NF4A 4H67A 3EHTA 4F3SA 4PFWA 3G3HA 1JW1A 4GIZA 3A3UA 2D5WA 4QF9A 3H6UA 4AQ4A 2O51A 1Y4TA 4YKJA 2VP1A 4E0WA 1B2HA 4NF5B 4QFPA 1SBPA 2X7PA 1I69A 3HCQA 3BBRA 1B3LA 5K2YA 3H06B 3VFJA 4N13A 1EZ9A 4FEDA 1QJMA 4IY5A 3MJNA 1NH8A 4ZEIA 1YTVA 4EQ7A 2I3VA 3S4UA 1FQAA 3CRBA 2Q88A 4MLQA 3H3GA 1VSOA 1SW1A 3CR9A 3OSRA 4LZ7A 4XXUA 2ONKE 3C4MA 3GZGA 2XX9A 1B7ZA 1NKXA 3SKPA 3IJXB 2FYIA 3KG2A 3KFMA 1MXYA 3IOVA 5CMKA 1A7LA 4FIMA 5I84A 1XVXA 4HS7A 2V93A 1H44A 2RC9A 1DTGA 1MXXA 3KBRA 5DYHA 5I57A 2FNCA 2Q8JA 4QSDA 4M1VA 1R9LA 4FORA 4ELOA 2QRYA 4RNSA 3TCGA 3IK6B 1A99A 2HFBA 4OESA 3G3JA 1JVYA 5CI5A 3ILTB 5CBSA 4PFUA 4QFNA 2IA4A 2F7BA 2PMSA 4OETA 3UORA 1ZIUA 2I0CA 3SDFA 5I2NB 1B05A 1SI1A 4PE5B 4BDQA 3T9XB 3VVFA 3MAMA 2UYFA 2UVHA 4MBPA 4NWDA 2RC7A 3O28A 3IX1A 4LATA 4F22A 3V5AA 1LAXA 1ZJLA 4LQ2A 1SW5A 4FJPA 3MZBA 3SEWA 1JEUA 4I62A 1OLAA 1AIVA 4ND9A 4GLIA 3PD9A 5L9MA 4TLMB 2H99A 3S9MC 4F39A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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