4X1BA

Human serum transferrin with ferric ion bound at the c-lobe only
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
677
structure length
650
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYNAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title "Anion clamp" allows flexible protein to impose coordination geometry on metal ions
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
molecule keywords Serotransferrin
total genus 197
structure length 650
sequence length 677
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4x1bA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4x1bA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4x1bA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4x1bA03
4QFNA 4NF5B 4X1DA 1LCTA 1B3LA 1XOCA 1B4ZA 4ZZEA 3G7WA 3KJTA 5EYFA 1S7YA 3R6UA 2D3IA 1LAFE 3LBSA 3VVDA 5ITOA 2VD3A 1IQ7A 2DWIA 4QSEA 5I56B 1LAXA 1DPEA 1JQFA 2DWAA 1B46A 1IITA 3N94A 3RT6B 1ELJA 1LB9A 1BIYA 1B05A 3AXFA 1N0TA 1S9TA 4OEVA 3M8UA 3IO4A 3PPQA 1LBCA 4GL8A 3RTWB 3IOTA 2YJPA 4NMYA 3U1OA 5CBRA 2Q2CA 2O84X 3FVNA 1GGGA 5KCJB 3IOWA 2FYIA 3KG2A 1SQYA 3L6GA 1Y1ZA 3IK6B 4KFQA 2D21A 3FXQA 3PUVE 4G2ZA 4LZ8A 3FV1A 3CSGA 3THIA 2ZYMA 1N84A 2QJEA 2ZMBA 2XX7A 4LVQA 4FATA 4H6DA 3FASA 5HPQA 2XXQA 1POTA 3A09A 1B7ZA 2E1SA 3E13X 1ZIUA 4FJPA 2D5WA 4NWDA 4QSDA 4IO7A 1II5A 3T22A 4GL0A 5DVFA 4ELQA 2UYEA 2WKYA 1A99A 4ZEFA 4H65A 4OEUA 1PBQA 1Y3QA 5K2YA 2F7BA 1ZBMA 4ELPA 1UTHB 1LFIA 1SW4A 4DXBA 1O7TA 4F29A 1R9LA 4R73A 2XD3A 2E0SA 3G3JA 5TU0A 1F9BA 1YAEA 2F34A 5H8SA 3TTRA 3MBPA 2DXYA 5I57A 3B6TA 3V83A 3WAFA 1NNFA 4H5FA 2IEEA 4I9DA 4QHQA 1YCJA 1FQEA 3TEPA 3C36A 1ZKBA 3MP8A 4G68B 3H6VA 3FXUA 2FA7A 4HCWA 1GV8A 2DP8A 2RF1A 4UA8A 3VXCA 1PB9A 1FQCA 1WVJA 2F7CA 3TAJA 3GXAA 4ZDMA 4G77A 5DT6A 3ECRA 1TFDA 3RLFE 3H6WA 2F6GA 2XXUA 2NUVA 1VE4A 2HZLA 3RNNA 5HM4B 3H4ZA 4KR5A 1B6HA 4H5GA 3IJOB 4JWOA 3MP6A 3V8XB 1N3WA 5ICTA 3HV1A 2THIA 2ZYKA 1Y3PA 1MDP1 2GHAA 2UYFA 4WEPA 4LQ2A 3FD3A 4R2FA 1SYIA 3MWBA 1MQHA 2Q89A 1SVXB 2B65A 1LB8A 1JW5A 1I6BA 4H1XA 1WODA 4ONYA 1HSLA 2B3BA 2F35A 4WKMA 1DTZA 1OLAA 3RY3A 2NOOA 5H8FA 5ITPA 4IO6A 4PFYA 1NL5A 3PPNA 1ZLQA 4H8JA 3VFJA 3FIRA 1MY2A 4KD5A 3DP6A 3UN6A 4EQBA 4RA1A 3ZKLA 2ZYNA 3DP8A 4R75A 1UTBB 1Z7ME 4GF8A 1PB7A 3H3GA 1OLCA 4Q30B 2F97A 1FW0A 4HCYA 3SEVA 1UIVA 4OQOA 4ESWA 1P1NA 1SDXA 3DM0A 5CMKA 2Z22A 1Y4CA 5I2KB 1B1HA 4R2BA 3RT8A 3R7XA 4C1TA 4FEBA 1VSOA 3K2DA 3EN3A 3TELA 1POY1 4EF1A 2VOZA 3SESA 2OCUA 4TOZA 2Y7IA 4DZ1A 4LONB 4NF6B 3LSWA 1AL3A 3IX1A 3ODBA 4JSDA 4RNSA 4BDRA 4RY1A 4BDQA 5B70A 5JTYB 3HPIA 4QRZA 2HQ0A 2VGQA 1YTVA 3A3UA 2YLNA 2KLFA 1P1QA 2XHDA 5DEXA 3OELA 1RYXA 4JB7A 4XXUA 4DXCA 1MH3A 4YKKA 1KWHA 3RQTA 3PGFA 3FJMA 4NF8B 3MVYA 4H8IA 1Y20A 3UGWA 4IO3A 3FV2A 3PD8A 4I8CA 1R1NA 5AE4A 2OK2A 1IXCA 3U93A 4POWA 4F2OA 2I3WA 3IORA 4RYAA 2UVIA 3O29A 2QS1A 4YKPA 3MPKA 1AOVA 1IUDA 2O7IA 3E3KA 2I48A 2Y7RA 4F18A 2X26A 2HCAA 1D9VA 3U94A 4OFOA 3S9LC 1NNKA 2R71A 4ZS9A 4PFUA 3BFTA 2REGA 1FTLA 3CR9A 4K3FA 2RC7A 2ESNA 1TXFA 4NF4B 3VLWA 1N7XA 1JW1A 4JWXA 2RC8A 1L5TA 1MY4A 4YMAA 2HEUA 4X1BA 2HZKA 4DCXA 3S9NC 4U4SA 3HCQA 3UP9A 2I4CA 4KYSA 2OZZA 1T0KA 1MXWA 4POXA 3T9HB 1MY0A 1D9YA 4RK9A 3K4UA 3ZSFA 2I0CA 4O3AA 1UQWA 1B0HA 3S9EA 2HFBA 2QMXA 1MRPA 4ZEDA 4X48A 3FVOA 1B51A 3TFLA 2DWHA 1DOTA 3KSJA 3OO6A 1M5EA 4L17A 2P0SA 3LSLA 5CMBA 3CVGA 1QW0A 1RYOA 3RUMA 2V3QA 4ELRA 2DE2A 3O28A 3TDJA 4F1VA 4NTLA 2XX8A 4ZEKA 3MVZA 3CG1A 2F36A 5H8QA 1IXGA 4OFLA 3TUSA 3JV9A 3O6IA 1QUKA 2ONRA 1XVXA 3R26A 5L9OA 3D4GA 1B3FA 4DE8A 4ZE8A 3Q25A 3HHFA 3SEWA 3G3GA 1S50A 5DTBA 5ISUA 4OVJA 2AYSA 3FJGA 3GBAA 1B1XA 2UVJA 3I5OA 1PB8A 1P1UA 4EQ7A 3VXBA 1TFAA 3C35A 4ESXA 3CFLA 4GXSB 1BLFA 2YPNA 3HHGA 2I58A 4OWDA 1D3KA 2W7YA 1SI1A 2OJTA 2Z8EA 3IAZA 3O9PA 5KZTA 2GHBA 2FNCA 2PT1A 4GD5A 4OTEA 2DVCA 3IJXB 3N6UA 5IKBA 1P1WA 1XS5A 2DYXA 5CRYA 1AIVA 4F1YA 5I2NB 2O1MA 3OSQA 3ZS6A 3UORA 3MC2A 1R9QA 2PYYA 3OD7A 1NH7A 4XKPA 3KN7A 2XXHA 1FTOA 1B5HA 1IZ1A 1QUIA 1B3HA 5H8HA 4ZEBA 4DXUA 1URGA 4Q8RA 2QS3A 4NEDA 5KDTB 2NVUB 5FTIA 2HAVA 2GH9A 5JK4A 3C32A 5AA3A 1MY3A 2O68A 4R72A 3ILUB 3LR1A 4OHNA 1BKAA 2V84A 3IB2A 4EQ9A 5H8FB 4YKJA 3B6QA 3S2VA 3PUZE 4P0GA 2R6GE 3TKDA 1HSJA 2Y84A 4M4GA 3FXRA 5I56A 3U8QA 2V3TA 3CFZA 3SKPA 1URDA 2RINA 4R74A 3BKIB 4YMBA 4F3GA 4JXIA 2XD2A 1MPDA 2QS4A 4LUBA 4M1VA 4YZZA 4RPNA 2DE4A 1D4NA 4QFPA 5ICQA 2RCBA 2VD2A 3QSLA 5A5XB 4HS7A 3O2AA 4EF2A 3EF7A 2H98A 3TPAA 3MZ1A 3PUWE 2ANJA 3K1MA 1MH4A 4LZ7A 2REJA 5CC2A 1OQHA 3V5AA 1NKXA 4PQJA 1R6ZA 5AA4B 5CI5A 3H6UA 5IAIA 1ZJLA 4ZEIA 3N5LA 1B3EA 4IO5A 1LFGA 5H8NA 3ZKKA 2RKMA 1DMBA 2V3UA 3W9WA 4KYEA 4P11A 2NXOA 1SW5A 3I3VA 4WXJA 2UXAA 4F3SA 4NE4A 4ND9A 3ONMA 2Z23A 4KYDA 2NWJA 5DVJA 5BUUA 3MW0A 5CMMA 1QKBA 3FGSA 1QKAA 4DLDA 2G93A 3T9XB 1JW4A 5ELVA 4AB6A 3PUXE 3IB0A 1N04A 1ZU0A 2ALUA 1IXHA 3M3KA 1URSA 5I59A 4KI0E 4Q0CA 1SD3A 3JZJA 3K02A 4IB2A 4LP2B 3Q29A 1USYH 1DPPA 3EHUA 3EHTA 5AA2D 1LFHA 4U4XA 3C31A 3CI8A 3PV0E 1Y1MA 1N7WA 3O97A 3PUYE 3RTFB 2Q9TA 2XXVA 1LSTA 2O51A 3QXMA 1A8EA 2Y7KA 1DTGA 4G8HA 3KFMA 2QMWA 1GTKA 3Q27A 1QJMA 5BWJA 3KGCA 1NNTA 3UK4A 2O7UA 2DWJA 4XIGQ 3IL1B 5TP9A 3IR1A 4QF9A 4G68A 3FVKA 3HSTA 2Y7WA 5AA2A 2A5TB 3IOVA 4H0WA 1EU8A 4GXAA 3T93B 3ILTB 1H43A 4GVOA 2H4IA 3CG3A 2ZYOA 2ZNTA 1MPCA 3T9UA 4DDDA 1Q1KA 3RN8A 1JVYA 3C9HA 3TQWA 4KPTA 3VLVA 3C33A 1P1OA 2RC9A 3K6VA 3C34A 1FTJA 1LLSA 2OWSA 1PBPA 3S4UA 4QSCA 1UIUA 5B7DA 3TODA 1M5DA 3IOUA 3BFUA 1AMFA 3QYTA 3PD9A 3MQ9A 3S9MC 4ISUA 4TLLB 1FTMA 1OQGA 3PPRA 3JYRA 1EZOA 3IB1A 2A5SA 4OMBA 2B3FA 2DOJA 4PETA 4THIA 5M2VA 4FECA 3DP4A 1XVYA 2DSFA 3HN0A 1B52A 2Q8JA 3A3CA 1IIWA 1LBBA 4YKIA 4RPOA 4F3BA 4OYVA 4F2QA 4OFJA 3O6HA 4YB7A 4OXVA 4Z0IA 1UTBA 4I1DA 1FTKA 1LGBC 2XXYA 3B6WA 4JDFA 4FORA 2V25A 3VE1B 5CBSA 3KOTA 1TT1A 1N76A 2I0BA 3TYHA 5EHMA 2PMSA 1ANFA 2XXTA 3DLNA 4BDNA 4IO2A 2CZLA 3CSBA 4I62A 1A55A 4F3PA 2ABHA 1QUJA 4TQUQ 3G3FA 4ECFA 1B0LA 3F11A 3P7IA 1TWYA 4NF6A 1O64A 1B7HA 3UIFA 2DS9A 1A40A 2XXRA 2QRYA 4LZ5A 3EPEA 1O63A 2PBWA 1H44A 2AL4A 1OMPA 5JEIA 2ZNSA 3W9VA 1MM6A 1GVCA 1FQBA 2QSXA 3USDA 1A54A 5H8HB 3V89B 4F22A 1JEUA 3DELB 1JETA 4XTCQ 5TPAA 4NF8A 4OERA 4MBPA 2Y7PA 3UA8A 3H7MA 3GZGA 3GLBA 3L6HA 4BDMA 1N3XA 3MZ9A 3W15C 1NH8A 4JWYA 3C4MA 4MFIA 3KOSA 4ZE9A 1ATGA 2VHAA 2ZNUA 3KBRA 4NWCA 3KN8A 1B7UA 4P0IA 1I6QA 5I57B 1Y9UA 3U92A 4KQPA 3K00A 1J1NA 3H03A 3K6UA 3OO7A 5EHSA 1FQAA 3TQLA 2Q88A 4HTGA 4MLQA 4RK2A 4IGRA 3N26A 1OIBA 3OMBA 3PMWA 1DSNA 3QK6A 2Q2AA 5FHOA 1EZPA 2R9JA 5I58A 1A8FA 4PE5B 3O66A 1LCFA 4NF4A 2X7PA 1H3DA 1ZMGA 3VVFA 1MQGA 4OESA 3CIJA 1B5JA 2O69A 3VLUA 3KN3A 5AA1A 3T9VA 4C1UA 5H8NB 3FATA 1US5A 3I6VA 3MVXA 2BJJX 5L9MA 3U72A 4GFRA 4U21A 5DYHA 4DIGA 3LUYA 3VV5A 1B40A 1SW1A 3N6TA 5LOMA 1RKMA 2HAUA 1MM7A 1EH3A 3TZAA 3FUZA 3KEIA 1P99A 4NF5A 2UVGA 3PPOA 4GLIA 2XXXA 4QFKA 3MPLA 4BDOA 1A7LA 4LA9A 3SERA 1VFDA 5FHNA 3O6GA 5I59B 3LC8A 1OVTA 4O3CA 3K0VA 3WAEA 4F19A 1MQJA 3T96B 2H9BA 4BDLA 1IXIA 2H99A 3H06B 3RGYA 5I84A 4FE8A 4ZZAA 1US4A 4YB5A 3SEUA 4GQOA 1B58A 3EQ1A 5FHMA 2H25A 4OETA 2QPQA 4N07A 2VP1A 2XXWA 4KHZE 1SBPA 3IO6A 1LAHE 2P1SA 2DE3A 2F8DA 2DVZA 2M8CA 5J1DA 4OZ9A 3OEMA 3OEKA 4EDPA 4HW8A 3FJ7A 4YAHX 1AH5A 5TP9B 2Z8DA 3OO9A 2V93A 5KCJA 3G3IA 4G4PA 3KJ7A 1MXXA 4U2RA 4JBZA 3QAXA 4OENA 5AA2B 4QFLA 2CMOA 1OVBA 4F31B 3OSRA 1QULA 3KSXA 2QS2A 4YB6A 3TMGA 3OOAA 1MQIA 4G8NA 3G3KA 2OLBA 1SI0A 3VVEA 4XKRA 5I2NA 1MPBA 3K6WA 1B3GA 4G68C 3MUQA 3LSXA 4LATA 5DEXB 1PC3A 2ONSA 1SYHA 4E0WA 2RCAA 4F1UA 4N13A 2O1LA 1I6AA 3Q28A 4WEDA 1MXVA 4U1OA 3T66A 4R6KA 2I49A 5KDTA 4R6HA 4MF3A 3Q26A 2GRVA 2HXWA 1UTHA 4GWOA 4DCYA 1MY1A 1QVSA 4AB5A 3QIMA 4IY6A 1MS7A 1H45A 3TTNA 3G3HA 2F5XA 4O3BA 2I4BA 2X7QA 4KCDA 1MDQA 2I6EA 3TTMA 5L8DA 2AIXA 4FEDA 1MQDA 2UVHA 3QUFA 3MJNA 3K01A 4FIMA 4XKNA 1NFTA 3K1PA 4IO4A 5A5XA 2ZXTA 1Y3NA 4F39A 4YU0A 1SW2A 1XT8A 3SEYA 1GR2A 3TTLA 4RXLA 1Q35A 3MP1A 2XXIA 1XHYA 3HO7A 2PT2A 5AA4A 3SDFA 1XC1A 1EZ9A 2O6AA 4PP0A 1VR5A 1Y4TA 2H5YA 1H76A 4RJZA 4BLAA 4U23A 3CFXA 2G29A 2ONKE 1BTJA 4UACA 1FQFA 3TTKA 2XXPA 4IY5A 4R9FA 2XX9A 2DQVA 3SETA 3MAMA 3PPPA 3OO8A 3K1NA 3OENA 5F1QA 5DVIA 4X9TA 3K6XA 1HSEA 4EUOA 1NNPA 1USYE 1IEJA 3MZBA 4PFTA 4E0XA 3EHSA 2PVUA 4U22A 5TPAB 5H8QB 5K2XA 3D4CA 1M5FA 2I3VA 4KCCA 1JNFA 2OBGA 4G8MA 3H6TA 1MG1A 2OWTA 4GOTA 1B5IA 3GBBA 1I69A 2Z8FA 4C0RA 3E9XA 4H67A 4GRKA 3RPWA 1FCKA 1BP5A 3PMVA 3CRBA 1CB6A 2PX1A 3FVGA 4IGTA 4R6YA 4YICA 2F78A 1VFEA 1Z7NE 3PMXA 1WDNA 3B7DA 4EXKA 3KZGA 4QFOA 4U1ZA 1MXZA 5CMCA 1ZTYA 5I2KA 5CM6A 4EXLA 5FTHA 4Z7EA 2IA4A 2F6PA 3PU5A 1JEVA 4Q5TA 3TCHA 5I58B 5L9SA 2A5TA 1CE2A 4PFWA 4MH5A 4ZECA 3TCFA 1MXUA 1PEBA 3QUJA 5HBCA 1B4HA 1M5CA 2P2AA 4AQ4A 1PDAA 2LAOA 4ELOA 2AL5A 3LSFB 3M3LA 1B9JA 4GIZA 3TCGA 1YPNA 3MVWA 4R9GA 4LQ5A 1B32A 4N6PA 1B2HA 1MXYA 2GFEA 1NMUA 1M5BA 5JTYA 2QL3A 4JSOA 4FAJA 3BBRA 1JVXA 1FQDA 3E4RA 3M3FA 3SEXA 2DXRA 3OXNA 4XKQA 3FZVA 5F7VA 4MLVA 3VDFA 1LAGE 4TLMB 2F7AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PFIA 4MNIA 4QFNA 4NF5B 5IZ3B 4MIJA 4X1DA 1LCTA 1SPIA 1B3LA 1XOCA 1B4ZA 4ZZEA 2Q74A 5I5PA 3G7WA 3PTYA 3KJTA 4P9KA 1S7YA 3R6UA 5EYFA 2D3IA 1LAFE 3LBSA 3VVDA 2HHMA 5ITOA 2VD3A 1IQ7A 4MJOA 2DWIA 4QSEA 5I56B 1LAXA 1DPEA 1JQFA 4O7MA 2DWAA 2PCRA 1B46A 1IITA 5A5LA 3N94A 3RT6B 1ELJA 4N6KA 1LB9A 1BIYA 1B05A 3AXFA 1N0TA 1S9TA 4OEVA 1D9QA 3M8UA 3IO4A 3PPQA 1LBCA 4GL8A 3RTWB 2XWKA 5ET7A 3IOTA 2YJPA 4NMYA 3U1OA 5CBRA 2Q2CA 2O84X 3FVNA 1RDXA 1GGGA 5KCJB 3IOWA 2FYIA 2OWZA 3KG2A 1SQYA 3L6GA 4PF8A 1Y1ZA 3IK6B 1RDYA 4KFQA 2D21A 2V4CA 4G61A 3FXQA 2GQ1A 1BK4A 3PUVE 4G2ZA 4LZ8A 1RDZA 3FV1A 3CSGA 3THIA 2ZYMA 1N84A 4P8BA 4OVQA 2QJEA 2ZMBA 2XX7A 4LVQA 4FATA 4H6DA 4PGPA 3FASA 5HPQA 2WBBA 2XXQA 1POTA 3A09A 1B7ZA 2E1SA 3E13X 1ZIUA 1FPKA 4FJPA 2D5WA 4NWDA 4QSDA 4IO7A 4QXDA 1II5A 3T22A 4GL0A 5DVFA 4ELQA 3NOHA 2UYEA 2WKYA 1A99A 2QVRA 4ZEFA 4H65A 4OEUA 1INPA 1PBQA 1Y3QA 5K2YA 2F7BA 1ZBMA 4ELPA 1UTHB 1LFIA 1SW4A 4DXBA 1O7TA 4F29A 1R9LA 4R73A 4H46A 2XD3A 2WX9A 2E0SA 3G3JA 5TU0A 1F9BA 1YAEA 2F34A 5H8SA 1LBWA 3TTRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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