4YICA

Crystal structure of a trap transporter solute binding protein (ipr025997) from bordetella bronchiseptica rb50 (bb0280, target efi-500035) with bound picolinic acid
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
344
structure length
344
Chain Sequence
ANPTVRWRMSTSWPKSLDTIYGSADELCKRVGQLTDGKFEIRAFPGGELVPSAQNMDAVSNGTVECNHVLSTMYIGKNTALTFDTGLSFGLNARQHNAWIHYGGGLQQLRELYKKYNIVNHVCGNVGVQMGGWYRKEIKSTADLNGLNMRIGGIGGMVLSKLGVVPQQIPPGDIYPALEKGTIDAAEWIGPYDDEKLGFNKVAPYYYSPGWFEGSASITSMVNDKAWEALPPAYQAAFEAACGEQSMRMLANYDARNPLALRKLIAGGAKVSFFPKEVMDAVYKASQQLWTELSEKNPDFKAIYPGWKKFQEDEAGWFRVAENALDNYTFAAVARAQAKAENLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM BORDETELLA BRONCHISEPTICA RB50 (BB0280, TARGET EFI-500035) WITH BOUND PICOLINIC ACID
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bordetella bronchiseptica
molecule keywords TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN
total genus 135
structure length 344
sequence length 344
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4yicA02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4yicA01
2XWKA 2CEXA 4PE3A 4YKIA 3U93A 1DTGA 3QSLA 3E13X 4NF4A 3T96B 1H45A 3MVWA 2ZZWA 3U1OA 1M5EA 1I69A 2QS4A 1FTJA 2DSFA 1CB6A 3RLFE 4F29A 3N94A 2H25A 1URSA 3G3HA 4THIA 4DZ1A 2GRVA 3IOTA 2RF1A 4PAIA 2QSXA 1QULA 1JETA 1IXGA 3H7MA 3K00A 4FJPA 4E0XA 2OK2A 1FQFA 4U2RA 3BFTA 3MZ1A 1RYOA 3P7IA 1B3HA 2R9JA 4IO4A 5I2NA 1II5A 5KCJA 2ANJA 4OANA 1NNKA 3DELB 2X7QA 3TKDA 2UVIA 1B5HA 3FJ7A 2Z8EA 2I4BA 4MLVA 3IOUA 4MMPA 2RC7A 3HPIA 4NE4A 2OZZA 2QS2A 1P1OA 1QJMA 5FHNA 1XS5A 3N5LA 4DCXA 3OELA 1B0HA 1MS7A 3ODBA 4NF0A 4KPTA 2ONSA 3CSBA 1FCKA 4QFLA 1WODA 3TUSA 1LLSA 1ZLQA 2D5WA 1SI0A 2RKMA 4F18A 2F7CA 4RPNA 3L6HA 3R6UA 3DM0A 1BLFA 4LONB 3GYYA 2DE4A 5I2KA 4POXA 3PGFA 1N04A 1MXZA 4FECA 1A99A 1FTKA 3TQLA 4BDQA 4EXLA 2XXIA 2XWOA 5KZTA 1VSOA 3D4GA 4ZEFA 1FW0A 2G93A 5CMBA 1ZBMA 4XFEA 4U22A 4MBPA 5L8DA 1B1XA 1EZPA 3PPOA 4KR5A 5EHSA 4KI0E 3RQTA 3OXNA 3N6TA 1QW0A 4ESXA 2HFBA 1SW2A 4OFJA 4PFBA 5TP9A 2H9BA 4NWCA 4ZZEA 3TCFA 3S9LC 4NMYA 3VXBA 1OVTA 1ZTYA 3PUWE 3GXAA 1MXUA 1ZKBA 4QSEA 4DI4B 1J1NA 1FTOA 4XKQA 1NFTA 3PUYE 3TELA 1OLCA 2R71A 1H44A 4TQUQ 5FTHA 1QKAA 3KSJA 4RK2A 2IA4A 1B7UA 4F39A 5LOMA 1Z7ME 5TPAB 3TFLA 4KD5A 1A7LA 4I1DA 2P0SA 4OFOA 1LFHA 1MXYA 4FEDA 1NL5A 3FVNA 4DI3D 3RY3A 1IXHA 2UYFA 1F9BA 4F2QA 2P2AA 1R9QA 2ALUA 2DXRA 2VPNA 5EYFA 4Q8RA 1MH3A 3G7WA 1MY0A 4IGTA 3OO7A 4PFYA 4O3CA 4EUOA 1LCFA 2F8DA 1URGA 3DP6A 4U1ZA 4GF8A 5L9SA 4L17A 3B50A 2O84X 3I6VA 4R6YA 1B05A 1JW4A 1SYIA 2ZYOA 2ONKE 2GH9A 3LBSA 1B7HA 2I49A 4R73A 1HSLA 2I6EA 1USYE 3VVFA 1I6AA 3EPEA 1SW4A 5H8QB 1MRPA 2DE3A 2NWJA 3HSTA 3M3LA 3GBBA 2I3VA 2V84A 1MXWA 4KYDA 3W9WA 4IO6A 4E0WA 2Y7KA 2F7AA 4BLAA 2Y7RA 4H8IA 2QL3A 3FVOA 4RYAA 2XXVA 1UTBA 4M4GA 1MXVA 4IB2A 3K2DA 4QSCA 4EF1A 2DWIA 3HV1A 3KFMA 3CFZA 4RY1A 4ESWA 2F7BA 4R75A 4YKJA 2AL5A 3BKIB 4HCYA 2THIA 5I84A 4K3FA 2OBGA 3RNNA 2YPNA 5HM4B 4FORA 4RK9A 3ILUB 1IUDA 3TODA 2UXAA 3FJMA 2A5TB 4JWYA 3T9HB 2A5SA 1FQBA 3TMGA 2I4CA 5JTYB 4MNIA 3V5AA 3D4CA 5K2XA 4JXIA 3AXFA 3SETA 1O64A 3KJTA 3BBRA 2REJA 2UVGA 3ZKKA 4MH5A 2QJEA 4U1OA 3TTMA 4N15A 4NN3A 3O6IA 5I58B 4GXAA 4ND9A 4X1DA 3VVEA 2RINA 1R6ZA 2BJJX 5ITPA 2ZZVA 4JB7A 2XXXA 1P1QA 3F11A 4N4UA 3UIFA 1LAFE 3GLBA 4TLMB 2HEUA 4OERA 4N91A 3MUQA 4KFQA 4ZEIA 2V25A 4FEBA 4PC9A 3VLWA 1OQGA 4BDLA 2B3BA 1URDA 3JV9A 3FXBA 5H8QA 3EHTA 4X1BA 4O8MA 4IY5A 3FGSA 3OMBA 1ZU0A 1SW1A 1DSNA 4O94A 1FQCA 1IIWA 3OSRA 4MCOA 4QFOA 3TYHA 4QFNA 1TFDA 4TOZA 1YTVA 3PU5A 2ZZXA 3MBPA 2DYXA 3G3JA 1GVCA 4XKNA 3V83A 3PD8A 4F22A 1IZ1A 3B6QA 4DLDA 4ELQA 1CE2A 3UK4A 3IJXB 2Y7WA 2Z8FA 4OWDA 4FAJA 1SYHA 3O2AA 4G68B 3QUJA 4NTLA 3SESA 4N6DA 4H6DA 1LAHE 2A5TA 2QMXA 1HSJA 3GBAA 2PFYA 4FE8A 2V3UA 4F31B 2Q9TA 3W15C 3H6UA 1MG1A 1YCJA 3VLVA 4O3BA 3TQWA 1MQGA 4YMAA 5I58A 3PUZE 4NF5A 1SW5A 3CIJA 3CVGA 1TT1A 4UACA 3SEXA 3A3UA 2E1SA 4U4XA 1D9YA 2O69A 4OENA 1S50A 4PE5B 4LZ8A 1Y9UA 1ZMGA 4XF5A 1XOCA 4OEUA 1SBPA 1A8FA 3LC8A 1BP5A 1JVYA 5H8HB 4GLIA 1IITA 1DPPA 2M8CA 2O1MA 2Z23A 4GWOA 2X7PA 2D3IA 2FYIA 4NF8B 2ZNSA 1FQAA 3KZGA 2QS1A 4OZ9A 4P1EA 1US4A 3PPPA 5I56B 3USDA 1B3FA 1O63A 3KGCA 5CMMA 1EZ9A 4RNSA 2QS3A 1JEVA 2DWHA 3RGYA 4F3PA 4JSDA 3S4UA 4YB6A 2QPQA 3OD7A 5CM6A 1B58A 1H43A 2ZYNA 3C31A 3UP9A 4ZZAA 4RA1A 3RTWB 1D3KA 3CG1A 2DWAA 2DVZA 1OIBA 5BUUA 3H6VA 4PFRA 4F3BA 4H0WA 1MXXA 1QUJA 3IORA 5DVFA 3C35A 3KN3A 1OMPA 2F36A 1R9LA 4LZ7A 3RN8A 1XVYA 4F19A 4NF6B 4WEPA 5I5PA 4G2ZA 4MNCA 4WXJA 1Y3NA 4IO7A 3R7XA 3MC2A 2WKYA 2H99A 4YU0A 4DE8A 4PGNA 4OTEA 5L9MA 3VE1B 4OETA 3QUFA 2ESNA 4U4SA 3H6TA 1JW5A 3TAJA 4QSDA 3KBRA 3KOTA 3WAFA 4R6HA 2AL4A 1S7YA 3T22A 4Q0CA 2I3WA 5AA2B 5KDTB 1PB7A 2Q8JA 3RT6B 3OOAA 3V8XB 4PQJA 4PFIA 4ZDMA 5DTBA 1P99A 4DXBA 4HW8A 2RC8A 5H8HA 3EQ1A 2OJTA 1AL3A 3O9PA 4BDMA 5CBSA 2RC9A 3ZS6A 4GQOA 3B7DA 3FUZA 5I56A 3SERA 5H8SA 3OSQA 4EDPA 4H5FA 1LCTA 1B6HA 4LVQA 3ILTB 4P1LA 1QUIA 4FATA 5ITOA 5DEXB 4R74A 4KCDA 4XKRA 3GZGA 1DTZA 2XWVA 1LFIA 5I57B 1B52A 3SKPA 1P1UA 4G68C 5IM2A 1AH5A 4F2OA 3MJNA 2HZLA 2Y7PA 1PEBA 4LZ5A 3O66A 4QHQA 4Z0IA 1XC1A 4F3GA 4QFKA 3TZAA 1N76A 3MPKA 3K6UA 1FTLA 1GGGA 4I8CA 3E9XA 1NMUA 3OENA 3I5OA 4IO2A 3PMVA 2KLFA 2Q88A 4NF6A 4AB5A 3S9MC 1B1HA 4O3AA 2F34A 2PT2A 2XXYA 1B4HA 2HAUA 2V3QA 5TU0A 4PFTA 4F1YA 5AA1A 4LP2B 4YICA 1USYH 4C0RA 3HN0A 3FZVA 3MP8A 3H6WA 5JEIA 4R2BA 1N84A 4F1UA 4XEQA 4UA8A 3H03A 4ELOA 5KDTA 1OVBA 4PDHA 2REGA 1UIUA 4MX6A 4PETA 1SI1A 2DVCA 3C4MA 4OYVA 4P8BA 2F5XA 3FV1A 2FA7A 2O7IA 4C1TA 3PPNA 1JEUA 1DMBA 1XT8A 3CFXA 1MPDA 2VP1A 1LB8A 3JYRA 3K0VA 4EQBA 3C36A 2RCBA 3TDJA 5AA4B 4KYSA 5FTIA 2DQVA 4EQ9A 4OFLA 3M8UA 4ZE8A 2PYYA 2O68A 4F1VA 4ZEDA 2I48A 4BDRA 3K02A 5CBRA 1GR2A 5I57A 4P0IA 4NEDA 1NNTA 5TPAA 5IAIA 1P1NA 2B65A 4YKPA 1QUKA 1S9TA 5ICTA 1Q35A 3DP4A 1WDNA 2XHDA 3DP8A 3SEVA 5L9OA 4G8HA 1Y3PA 1YAEA 3MVYA 1NKXA 5CI5A 1N7XA 3KJ7A 4PAFA 3JZJA 4AQ4A 3C34A 4R72A 1RKMA 3KSXA 3T66A 3TTNA 4ELRA 4EF2A 1PBQA 2NVUB 1B3LA 2DXYA 4UABA 3UA8A 2AIXA 5F7VA 3U8QA 1VFDA 3PPRA 2XXUA 1OLAA 4PFUA 4OXVA 1JNFA 4PFWA 3VV5A 3EF7A 3ZSFA 1L5TA 1OQHA 2G29A 1SQYA 3VFJA 1VR5A 5F1QA 2QRYA 3I3VA 1EH3A 3MQ9A 3S2VA 2GHBA 5J1DA 4ZEBA 1MH4A 5A5XB 4NX1A 4M1VA 4OA4A 4RJZA 1MDP1 1HSEA 5B7DA 2IEEA 4KHZE 4DCYA 1UTHB 1PC3A 1D4NA 4NF4B 4NG7A 4WEDA 4YMBA 4YB7A 3W9VA 1MQHA 1EU8A 2FNCA 1PB8A 2I0BA 2XXHA 2H98A 4QFPA 5I7IA 4X04A 3O6HA 3G3KA 5AA4A 1MQJA 4NAPA 2ONRA 2DS9A 4U21A 4YZZA 1A54A 3Q29A 3OO9A 3TPAA 1NH7A 2O6AA 1A55A 1B3EA 1MPCA 2AYSA 1B32A 4LQ5A 2ZYKA 2V93A 2HAVA 5I2NB 3FXUA 2LAOA 3LSLA 3MP6A 3IOVA 5ISUA 2ZMBA 4GD5A 4GOTA 5JK4A 4P11A 4OVJA 2VGQA 1R1NA 1A8EA 1MM7A 4EXKA 2UYEA 3PMWA 5H8FB 2ZYMA 4PDDA 2H4IA 1LBCA 3K6WA 5JTYA 2OWSA 3Q26A 2F97A 1FQEA 3TEPA 3UN6A 3LSFB 5BWJA 2O7UA 4EQ7A 3KEIA 3OO6A 3A3CA 4MIJA 3QIMA 5I2KB 3K6XA 4OQOA 1H76A 3MP1A 3VDFA 5LTCA 2NUVA 5I59B 2P1SA 1JQFA 5A5XA 2HZKA 4WKMA 3IK6B 2R6GE 1VE4A 2H5YA 3UORA 1N3XA 2F35A 2HQ0A 1UTHA 1NH8A 3C33A 1WVJA 3K4UA 3C9HA 1LGBC 3U65A 4LN5A 3VXCA 1M5BA 3B6TA 2O51A 1TFAA 4R2FA 4P56A 4RPOA 4GXSB 3MAMA 2DWJA 4RXLA 4X8RA 3VLUA 3IL1B 5TP9B 4I62A 4C1UA 2HXWA 1PB9A 1B7ZA 4KCCA 3C32A 1AOVA 4LQ2A 3PUVE 3RTFB 2XWIA 1I6BA 2GHAA 1I6QA 1US5A 1NNFA 5DVIA 3HCQA 4MEVA 1B51A 3IB0A 3R26A 3T9XB 1IXCA 5IKBA 4MAGA 1DOTA 1B5IA 4PBQA 4Q30B 4H65A 2YLNA 3VVDA 2XXWA 1FQDA 4G68A 2D21A 1JW1A 1ATGA 1BKAA 2ZNTA 1GV8A 5FHMA 5H8FA 1IXIA 2Q89A 3G3FA 1TWYA 1B9JA 3LR1A 3QYTA 5IZZA 2XXRA 1MPBA 2OCUA 2Q2AA 1MY1A 1FTMA 3SEUA 1M5DA 4X48A 3O29A 3IOWA 4YB5A 4OVRA 1MQDA 1PDAA 5AA2D 1VFEA 2XX8A 1XVXA 5I59A 1Y4TA 4R9GA 3H4ZA 1SVXB 4IO5A 3S9NC 5EHMA 4H67A 4KYEA 4P47A 4Z7EA 3FV2A 4PGPA 2PT1A 1BTJA 2Q2CA 3FXRA 4NF8A 1QVSA 2E0SA 2Y84A 3CG3A 1IEJA 2XD3A 3T9VA 1N7WA 2WYKA 4JBZA 4DXCA 3FATA 1MY3A 1LSTA 4ISUA 4N8YA 4NHBA 3MVXA 4H8JA 1LAGE 2UVHA 4TLLB 2XXQA 1H3DA 4H1XA 1MY4A 3LSXA 1GTKA 3H06B 3TCGA 5DT6A 1Y1MA 2CMOA 2VD3A 3OO8A 4XTCQ 2WX9A 2V4CA 2OWTA 4GFRA 5FHOA 1UTBB 1Y1ZA 2HCAA 5DVJA 1SD3A 3PUXE 1Y4CA 2XA5A 2XXTA 4ZECA 4POWA 2HPGA 2VOZA 3U94A 4LA9A 4ONYA 4JWXA 1ANFA 3IB1A 3K6VA 3KN7A 4MFIA 4G77A 2V3TA 4QF9A 4OEVA 1DPEA 4PP0A 5ICQA 1MY2A 2OLBA 1N0TA 4QRZA 3G3GA 2XX7A 4PCDA 3RT8A 2I0CA 4JDFA 1Q1KA 1B2HA 4ELPA 1LAXA 3L6GA 3T9UA 4HCWA 4FIMA 1A40A 5ELVA 3Q25A 3LUYA 5AA2A 3H3GA 3K1NA 3PV0E 3DLNA 4MF3A 3MWBA 3E3KA 3T93B 2F6PA 1D9VA 3O28A 2VPOA 3QXMA 1B0LA 5M2VA 5B70A 4IGRA 4IO3A 3OEKA 2X26A 1ZJLA 4N13A 2UVJA 4PBHA 3UGWA 3FIRA 1LFGA 3SEYA 3IB2A 3IX1A 4JWOA 1T0KA 3M3KA 2F6GA 3PD9A 4P0GA 3LSWA 1BIYA 3FD3A 3Q27A 3EHUA 3WAEA 4G8NA 3HHFA 2RCAA 5CMKA 4IY6A 5DEXA 2NXOA 2B3FA 3OEMA 4HS7A 4X9TA 2ZXTA 2DP8A 3HO7A 4MLQA 2W7YA 5H8NB 1MM6A 4P3LA 4ZEKA 1B46A 1MQIA 3ECRA 1Y3QA 2Z8DA 3MW0A 3PPQA 5K2YA 1JVXA 3FXQA 5CRYA 3TTKA 1Z7NE 3IAZA 4P9KA 3M3FA 4N8GA 4DIGA 1B4ZA 1N3WA 1MDQA 3KOSA 3O6GA 3MZ9A 3THIA 3TTRA 4N17A 4N6KA 4NWDA 1B3GA 4KQPA 5HPQA 4XXUA 3O97A 3V89B 3SDFA 2ZNUA 3CSGA 2ABHA 3MVZA 1SDXA 5AE4A 1AMFA 3CFLA 5CMCA 3MPLA 3B6WA 1UIVA 4U23A 1NNPA 2QMWA 2GFEA 1O7TA 3MZBA 4OVTA 1P1WA 1ZIUA 4Q5TA 1M5CA 2XX9A 2XD2A 3EHSA 3FASA 4GVOA 4R6KA 1Y20A 3KN8A 5CC2A 3K01A 4NF5B 3QK6A 4PF6A 1KWHA 3PMXA 3KG2A 1B40A 2PX1A 5HBCA 3G3IA 1AIVA 3IO4A 3HHGA 4YKKA 4MNPA 3EN3A 4ZE9A 4N6PA 3IO6A 3U92A 3FVKA 2XXPA 1UQWA 4XIGQ 4NGUA 5DYHA 2CZLA 3K1MA 4H5GA 3ZKLA 4JSOA 4ZS9A 3TTLA 1TXFA 3U72A 5AA3A 2PBWA 4OMBA 4DXUA 4PAKA 2F78A 1POTA 5H8NA 4OVSA 2VHAA 4ECFA 4N07A 1IQ7A 4BDNA 1POY1 4AB6A 5KCJB 2Y7IA 4F3SA 1YPNA 2XXKA 4G4PA 1PBPA 4OVPA 1B5JA 1ELJA 4I9DA 2VD2A 3CRBA 3TCHA 1LBBA 3BFUA 3N26A 4DDDA 4YAHX 5IGAA 2PFZA 2CEYA 3Q28A 4GRKA 4GL0A 4BDOA 1RYXA 2I58A 1XHYA 3N6UA 3IJOB 2DE2A 4PF8A 4LUBA 4NQ8A 4OVQA 2PMSA 3RPWA 3FJGA 4LATA 3CI8A 3SEWA 1LB9A 3K1PA 3IR1A 4R9FA 4O7MA 2Z22A 3RUMA 3QAXA 2YJPA 1EZOA 3S9EA 2DOJA 2NOOA 3E4RA 4OHNA 3A09A 2PVUA 3CR9A 2O1LA 3FVGA 4OESA 4HTGA 4GL8A 1QKBA 3ONMA 4G8MA 4GIZA 4MHFA 4XKPA 2WYPA 1M5FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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