4YZZA

Crystal structure of a trap transporter solute binding protein (ipr025997) from bordetella bronchiseptica rb50 (bb0280, target efi-500035) mixed occupancy dimer, copurified calcium and picolinate bound active site versus apo site
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
NPTVRWRMSTSWPKSLDTIYGSADELCKRVGQLTDGKFEIRAFPGGELVPSAQNMDAVSNGTVECNHVLSTMYIGKNTALTFDTGLSFGLNARQHNAWIHYGGGLQQLRELYKKYNIVNHVCGNVGVQMGGWYRKEIKSTADLNGLNMRIGGIGGMVLSKLGVVPQQIPPGDIYPALEKGTIDAAEWIGPYDDEKLGFNKVAPYYYSPGWFEGSASITSMVNDKAWEALPPAYQAAFEAACGEQSMRMLANYDARNPLALRKLIAGGAKVSFFPKEVMDAVYKASQQLWTELSEKNPDFKAIYPGWKKFQEDEAGWFRVAENALDNYTFAAVARAQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of a TRAP transporter solute binding protein (IPR025997) from Bordetella bronchiseptica RB50 (BB0280, TARGET EFI-500035) mixed occupancy dimer, copurified calcium and picolinate bound active site versus apo site
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bordetella bronchiseptica
molecule keywords TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN
total genus 133
structure length 336
sequence length 336
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4yzzA02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4yzzA01
2ALUA 4RXLA 3LSLA 3C34A 3E4RA 1P1OA 4IGRA 1Q1KA 1Y3QA 4DXCA 3SEWA 2I48A 2GFEA 4KYEA 3DP8A 1AMFA 4KD5A 5ICTA 1LFGA 3MZ1A 3OXNA 4Q30B 3IJXB 4RK2A 3FGSA 4MCOA 1D9VA 5I59B 4Z0IA 3WAFA 2R9JA 3GBAA 3AXFA 4P0IA 4PETA 1LAGE 4OVSA 1L5TA 1OQGA 1NNPA 4NF6B 3DM0A 4N91A 2NXOA 5TP9B 3JV9A 3TTKA 4RK9A 4EQ9A 4H65A 1XVXA 4G8NA 2REGA 4R6KA 3CVGA 1P1WA 4U4XA 1N84A 1QUIA 2XWIA 3SEUA 1UIUA 2Y7IA 5I56B 5F7VA 2HQ0A 4U4SA 3T9UA 3K0VA 2O7IA 5JK4A 4NF0A 5I59A 1RYOA 1S7YA 3B6QA 3TFLA 4ND9A 4N6DA 1B05A 4EXLA 2DWHA 3G3HA 3FATA 1B0HA 2HCAA 1XT8A 4NF6A 4YKIA 3TKDA 5KDTA 2NWJA 4PC9A 1PB7A 4G8MA 2YJPA 4C1TA 2VP1A 4EF2A 3KN7A 3TTNA 3PPRA 4H8IA 4IB2A 4PF8A 3TUSA 2D21A 3VVEA 1OLCA 4XIGQ 4OFLA 4NMYA 1N7XA 1VE4A 1PB8A 3FIRA 1FTOA 2OK2A 5L9OA 4GQOA 3L6GA 3EHUA 5DYHA 3R6UA 2AL5A 1H76A 2VOZA 2RC9A 4PBQA 2O68A 1B3LA 3VVFA 3H3GA 4N07A 1FW0A 3HHFA 3H4ZA 1YAEA 4LUBA 3HHGA 4PAFA 2Y84A 3SERA 4IY6A 4BDMA 3RQTA 3OENA 2THIA 3Q28A 1GR2A 3EQ1A 4YKJA 5K2XA 3OELA 2RC8A 4U1ZA 3PUVE 2OZZA 1LAFE 1I6QA 2PT2A 4ELQA 4MAGA 5IZZA 1B5JA 1CB6A 3B7DA 1OMPA 2H99A 2ZZVA 2UVIA 2I58A 1PBQA 4RNSA 5ITPA 1B4HA 3IOWA 2O1LA 3U93A 4OTEA 2B65A 2RC7A 5CMKA 1NMUA 4YB7A 5LOMA 4HTGA 4K3FA 1MH4A 5M2VA 1MY0A 2PX1A 4P1LA 1IITA 3UN6A 4PQJA 2OLBA 3V89B 3IL1B 1IXCA 1B3HA 1BKAA 4EUOA 4P56A 3S4UA 3KEIA 4NF5A 2R71A 2Q2CA 3FD3A 5A5XB 2P0SA 1B32A 4IO4A 4NX1A 3FXRA 1NH7A 1UQWA 4OMBA 1IQ7A 3TDJA 1OLAA 2DE3A 2V3TA 3BFUA 3MAMA 4MEVA 4O3AA 3N94A 4PP0A 2ZXTA 4QSCA 2QMXA 3TCFA 2WYKA 3TEPA 4OFJA 4FAJA 4RY1A 4DCYA 5BUUA 2F8DA 1I6BA 4OQOA 1IEJA 2M8CA 2CZLA 2UVHA 3K1PA 4QHQA 5A5XA 1MXUA 2F97A 3IB1A 3IB2A 3M3FA 2X7QA 4O94A 3HO7A 4BDOA 3RTWB 3QIMA 4XTCQ 1JW1A 1MY2A 4ZEDA 1GV8A 3F11A 3FVOA 4TLLB 3MZ9A 4E0XA 4KQPA 2DP8A 4QSDA 3V5AA 3H6UA 3N6UA 3HV1A 2Q9TA 2H5YA 2DVZA 3VVDA 2O6AA 1O63A 2ZNTA 1DPEA 1B51A 3TQWA 4RA1A 4JDFA 4H5GA 1SYIA 1SW2A 3U1OA 1T0KA 3MUQA 1ATGA 4GF8A 2F5XA 1VFEA 1LB9A 3MVWA 4PFUA 2GH9A 4OHNA 1USYH 1QKBA 4DI4B 2F78A 4M4GA 3SEVA 4G68B 4OWDA 4YMBA 4JBZA 4ESWA 4GXSB 1YPNA 5AA3A 2RKMA 3PD8A 4P1EA 2HXWA 2RINA 4QFPA 5KCJB 3OEMA 2PYYA 1II5A 4OETA 5JTYB 1NNFA 2QS2A 4BDRA 3N5LA 3E3KA 4IO3A 5CBSA 4ZDMA 3K01A 4F2OA 2QL3A 1WODA 2ABHA 4C0RA 2Z8DA 2XD3A 3CG3A 3EHTA 4PAIA 4DIGA 1HSEA 3OO7A 1LAHE 1MY3A 4Q0CA 4WEDA 4PFWA 3KGCA 2UYFA 2QS4A 4G68A 1MQHA 3KSXA 1XS5A 5DEXB 2ONSA 1OVTA 3C33A 5CI5A 3MVXA 4MNIA 1DSNA 4IGTA 4ELOA 2XXKA 4QFNA 4R2FA 2PFYA 5H8NB 4U2RA 5KCJA 4H1XA 3SEXA 3U94A 1OQHA 5JTYA 4KHZE 1M5EA 1NL5A 4BDQA 4NE4A 2DE4A 4OANA 2F35A 1A99A 2RCBA 1SDXA 3RTFB 5CC2A 4ZECA 2DXYA 5B70A 1DPPA 2I6EA 4FATA 1GTKA 3OSQA 3SESA 3OO9A 1P1UA 1QKAA 3PPQA 1MXYA 1Y4CA 4KR5A 1A40A 2H98A 1PBPA 3C4MA 2Z8FA 3ILUB 4AB5A 1Y1MA 2ZYKA 2XXVA 1LLSA 4RJZA 2I0BA 5DEXA 4EXKA 5TU0A 1B46A 1I6AA 3HN0A 1Q35A 3BFTA 4R9FA 5H8NA 4ZEBA 3U72A 3PMVA 3KJTA 4TLMB 4OVPA 3S9MC 3K6UA 3UGWA 3MP1A 3O9PA 3FV1A 3PUXE 4N15A 3FZVA 4EQBA 4MF3A 3LR1A 2DE2A 3MP6A 4JSDA 3OD7A 3LSWA 3A3UA 2A5TB 3DELB 3G3KA 4R2BA 4HCWA 3PU5A 1FQDA 1USYE 3IORA 4G8HA 2YPNA 4NN3A 3R26A 3GBBA 5IGAA 2Z8EA 4JWYA 1US4A 3HPIA 3FXBA 1QUJA 1ZLQA 3FVGA 2HAUA 3C32A 4RYAA 4OENA 2OBGA 2IA4A 5HPQA 3QUFA 2ZMBA 3ECRA 4YU0A 2OWTA 3CRBA 2PMSA 2FNCA 4KFQA 2XXXA 4OYVA 1SVXB 1URSA 2QS1A 3UA8A 1JEUA 5CMCA 3CG1A 1JEVA 2W7YA 3Q25A 3TZAA 4P0GA 1O7TA 4P3LA 3K2DA 2A5TA 3TCHA 3RGYA 1M5FA 4FJPA 1A54A 1H3DA 1IUDA 4XKQA 5CRYA 1A55A 2F7BA 4YAHX 5I58B 1AOVA 3ZS6A 3FVNA 2Q88A 2H9BA 1MQGA 5I57B 5TP9A 1MQDA 3MW0A 3B6TA 3O28A 5DTBA 1FTJA 1PDAA 1R1NA 1QJMA 3IOUA 2NOOA 3KG2A 3W15C 5FHOA 4ELPA 3EHSA 4X1DA 3IOTA 1PEBA 1JW4A 4U21A 5I56A 1TWYA 3DP4A 5H8QB 4XXUA 1F9BA 1EZOA 1IXGA 4AB6A 1ZTYA 2NUVA 2Q89A 1MXWA 1LBCA 1NNTA 5B7DA 4MHFA 3PGFA 4HCYA 3C35A 3PUYE 4YKPA 1N3XA 1EZPA 4R6YA 3T22A 2ZNUA 4FEDA 4IY5A 3EN3A 1FQCA 2I4BA 5FHMA 1LAXA 4F2QA 1B52A 4OEUA 2VHAA 3KOSA 4IO5A 4RPOA 1B9JA 4ELRA 4G4PA 3O6IA 4GLIA 4WXJA 3IAZA 4IO6A 5CMBA 2Y7RA 3E13X 3QK6A 1MXXA 5DT6A 4MNCA 1XC1A 3Q27A 5H8QA 5I2NB 3KBRA 3T93B 3VLUA 1B4ZA 3DLNA 2KLFA 3O6HA 3MJNA 4TQUQ 3KOTA 3R7XA 4M1VA 1SW1A 2R6GE 2ZZXA 5AA4B 4YKKA 3P7IA 3KFMA 4C1UA 1GGGA 5EHMA 1POY1 1JVYA 3K02A 3A3CA 1QULA 2VD2A 2Q8JA 4XFEA 2AYSA 3I6VA 3O6GA 3K1MA 4ZEFA 4ZZAA 1CE2A 1AIVA 2Y7WA 2XX9A 4F1VA 3ILTB 3G7WA 5AA2B 4LZ8A 3I5OA 5CBRA 2UXAA 4N4UA 4PFIA 1BLFA 1JW5A 3MPKA 2XX7A 3S9EA 3EPEA 1FCKA 4PFBA 4MLQA 1B6HA 4OERA 4ZE9A 2I49A 5I2KB 1SD3A 1LFHA 3MC2A 4POWA 3B50A 1TFAA 3HCQA 2PT1A 2XXQA 5AA4A 1GVCA 4GOTA 5ISUA 3FJMA 3PPPA 1N3WA 4O7MA 4NAPA 1SW5A 1A7LA 1H43A 1SI0A 4N8YA 1WDNA 4P8BA 2WX9A 3G3JA 5ITOA 3TTMA 4R72A 3BBRA 3ONMA 5AA2A 3T66A 4YMAA 3M3KA 1MM6A 2XA5A 1QVSA 1Y1ZA 5AE4A 4Q8RA 5H8SA 4NQ8A 2AIXA 3RT8A 5I2KA 2IEEA 2QRYA 4OZ9A 4QRZA 3JYRA 1ZBMA 3U8QA 3CIJA 1MH3A 3TELA 2B3BA 1BTJA 1MY4A 4ZE8A 3RY3A 1N0TA 2XHDA 1Y20A 2XXHA 1FQEA 3UORA 1I69A 1LCTA 1MDP1 3M3LA 3TQLA 2V3QA 1FTLA 2ONRA 3EF7A 2H4IA 2ESNA 2V84A 3M8UA 1B1HA 4I8CA 3N26A 4OVTA 3SDFA 4F1UA 2CMOA 4OXVA 2V25A 3VFJA 4EF1A 4OVJA 5BWJA 1D9YA 5H8HB 3TPAA 3IK6B 5I7IA 4YZZA 4PDDA 1M5BA 3QAXA 4HW8A 4YB5A 4WKMA 2I0CA 3BKIB 3OOAA 4NWCA 4ZEKA 4AQ4A 1B2HA 5H8FB 2G93A 2H25A 3SETA 1ZJLA 4N17A 2I3VA 4X9TA 3VXCA 4F3SA 1B7ZA 3ODBA 1R9LA 4PE5B 2DS9A 4XKPA 2XXIA 4QSEA 1SBPA 4JXIA 3VLWA 3MP8A 4FEBA 4F18A 4OFOA 1MY1A 3TTLA 4QFLA 1DTZA 3K6XA 2ZYOA 5H8HA 3SEYA 3H6VA 1P99A 5KZTA 1SYHA 4UACA 1IZ1A 2DOJA 2F7CA 1HSLA 4KYDA 3S9LC 3PPOA 3RT6B 5TPAB 5H8FA 3K1NA 4MH5A 4XKNA 2GHBA 4ZZEA 4MNPA 3UK4A 3VV5A 1RYXA 3CR9A 3A09A 2QPQA 1FQFA 4F22A 3H7MA 4KCDA 2DXRA 4NF8B 1EH3A 1MDQA 4EQ7A 4I9DA 4BDNA 3IX1A 2UVGA 2XXWA 4PE3A 2VPNA 2P1SA 4OESA 2F6GA 2O69A 4DXBA 3D4CA 4DZ1A 2REJA 3PV0E 2P2AA 1IXIA 1MXZA 3HSTA 3LC8A 3B6WA 4O8MA 3T9XB 1WVJA 1H45A 4H0WA 1B1XA 5FHNA 1EZ9A 4PGPA 1SQYA 4U23A 4IO2A 4JWOA 3MWBA 4PDHA 4OVRA 3H6TA 1LCFA 5TPAA 1SI1A 3LSXA 4LVQA 4FIMA 4ONYA 3LUYA 2OJTA 2XXTA 4MFIA 4ESXA 1N7WA 2PBWA 3C36A 1O64A 4E0WA 3T9HB 1Z7ME 3V8XB 4NF8A 1RKMA 3G3IA 3MVYA 2DYXA 5FTIA 1B3FA 2O51A 2OCUA 4F29A 4MIJA 3CFLA 3KN8A 1M5DA 3Q29A 2I3WA 3N6TA 4P11A 1YCJA 2D5WA 2RCAA 3FVKA 2A5SA 3GZGA 2F36A 1M5CA 1XOCA 1QW0A 3H03A 5KDTB 1ELJA 2DQVA 3OO6A 1JVXA 4DI3D 4HS7A 2ZNSA 1MPCA 3V83A 4DCXA 1B5HA 1N76A 1PC3A 1B3EA 4PAKA 3W9WA 2XWOA 1H44A 1D4NA 4QFOA 3USDA 5JEIA 4N8GA 4Q5TA 2ZYMA 4X8RA 1QUKA 4N6KA 3FV2A 4I1DA 4X48A 1KWHA 3E9XA 4GL0A 4GD5A 1S50A 5F1QA 1UIVA 2LAOA 4LP2B 1LBBA 2DWAA 4JSOA 3OEKA 1MRPA 1TXFA 3PUWE 4O3BA 4JWXA 1BIYA 4POXA 3LBSA 2HZKA 2HZLA 2UVJA 3K6WA 4PBHA 2HPGA 1MG1A 1Y4TA 2DWIA 5ELVA 4I62A 2Z22A 4Z7EA 2V4CA 5DVIA 3K4UA 2VPOA 4NGUA 4F39A 4JB7A 1A8EA 3MPLA 2RF1A 3GYYA 2QJEA 4BDLA 2UYEA 4THIA 1IIWA 1JNFA 4N6PA 1MS7A 2E1SA 1AL3A 4XF5A 2XWKA 1NH8A 4MMPA 4NG7A 4DE8A 1ZU0A 5I58A 3OO8A 1MPDA 1VSOA 3SKPA 4H6DA 4ECFA 1UTBB 2XXYA 3O66A 5I57A 3ZKLA 1DMBA 1AH5A 3OSRA 4PGNA 4DLDA 2F6PA 3ZKKA 4GVOA 4LZ5A 3RLFE 2QMWA 2F7AA 5L9MA 4NEDA 4OVQA 1ANFA 3FJ7A 4F3GA 5FTHA 1D3KA 4NHBA 3I3VA 3MQ9A 3THIA 2ZYNA 4EDPA 3U92A 4GFRA 2FYIA 3C9HA 2NVUB 4F1YA 4DXUA 1NKXA 3QUJA 3ZSFA 2G29A 4KI0E 4LONB 1FTMA 4LN5A 3TCGA 1FTKA 4X1BA 4G77A 4R74A 4TOZA 5EHSA 1MQIA 4R6HA 1TFDA 3QYTA 4R9GA 1VR5A 1R6ZA 4LA9A 4GIZA 1ZIUA 4GWOA 2ANJA 2AL4A 4NF5B 1NNKA 3K00A 4PCDA 1UTBA 2XXRA 2CEXA 3O97A 4R73A 2VD3A 4YICA 1US5A 5DVJA 3IJOB 1MPBA 4QF9A 4LQ2A 4MX6A 2Y7KA 3KZGA 4P9KA 2I4CA 4KCCA 3D4GA 4OEVA 1P1QA 1UTHB 5AA2D 3MBPA 5I2NA 1B0LA 1LSTA 3IO4A 1URGA 2WYPA 3CFZA 1URDA 4KPTA 4F3PA 2V3UA 4XEQA 2Q2AA 4YB6A 1B7UA 3DP6A 2DVCA 2XX8A 1B5IA 3CFXA 3W9VA 3O2AA 4F19A 1N04A 4O3CA 4FE8A 2QSXA 3G3FA 4OA4A 3QSLA 3VXBA 1B40A 1DOTA 3RN8A 4DDDA 2WKYA 2D3IA 4LZ7A 4U22A 4U1OA 3TTRA 2XXUA 3CSGA 4NF4B 4R75A 1LGBC 3GXAA 3FJGA 4UABA 1UTHA 3FXQA 1Y3NA 1A8FA 2F34A 2X26A 3O29A 5L8DA 2QS3A 5DVFA 3T96B 3KSJA 5J1DA 4PFYA 2ZZWA 2PVUA 3IO6A 2X7PA 3CI8A 2BJJX 4H5FA 3K6VA 3TAJA 2B3FA 5ICQA 3QXMA 4GL8A 5AA1A 1S9TA 4FECA 3G3GA 2O7UA 5K2YA 4F31B 3L6HA 2GHAA 1XVYA 3VDFA 2E0SA 4G2ZA 3KN3A 1B58A 5L9SA 3H6WA 4MBPA 4IO7A 4NF4A 2CEYA 4PF6A 3FASA 1TT1A 3UIFA 2YLNA 2VGQA 1DTGA 1OVBA 3MZBA 4LATA 2XXPA 4LQ5A 2HFBA 3MVZA 1VFDA 1Y3PA 4P47A 4N13A 4GXAA 3PUZE 3RUMA 4PFRA 3FXUA 3IB0A 5HM4B 3VLVA 1JETA 1Y9UA 4NTLA 3U65A 4F3BA 2HEUA 2DWJA 3KJ7A 3Q26A 3S9NC 3JZJA 1B7HA 2PFZA 4RPNA 5CMMA 4BLAA 4ZS9A 4NWDA 4MLVA 1FQBA 1PB9A 5IKBA 1IXHA 1EU8A 2ONKE 4ISUA 4GRKA 1P1NA 5EYFA 1SW4A 3H06B 3WAEA 2Y7PA 3T9VA 4G68C 3VE1B 4X04A 1JQFA 3CSBA 4H8JA 2XD2A 3TODA 1NFTA 4UA8A 1OIBA 4XKRA 3TYHA 1MQJA 1R9QA 4KYSA 2GRVA 1LB8A 5IM2A 1MXVA 2FA7A 1POTA 3IR1A 2O1MA 5LTCA 3C31A 5HBCA 4H67A 1ZMGA 3RNNA 2XWVA 2Z23A 2HAVA 3TMGA 1ZKBA 2V93A 3OMBA 3FUZA 5IAIA 4PFTA 2O84X 3GLBA 3PMWA 4WEPA 1LFIA 1J1NA 1FQAA 1MM7A 5I5PA 3S2VA 1BP5A 4FORA 1XHYA 3PPNA 3UP9A 1HSJA 2DSFA 5CM6A 3RPWA 1B3GA 3PD9A 1Z7NE 1YTVA 3LSFB 4ZEIA 3PMXA 5I84A 3IOVA 4QFKA 4L17A 2OWSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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