4Z7EA

Soluble binding domain of lmo1422 abc-transporter
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
270
structure length
270
Chain Sequence
EITIAGKLGAEPEILINMYKLVIEDETDLKVNVKPNMGKTSFVFNALKSGDIDIYPEFTGTVLETFLKENAKTHDPEEVYTQARDGLAKDFDMTYLKPMKYNNTYALAVSPEFAKENNLEKISDLGPVSDQVKAGFTLEFKDRSDGYKGIQDKYGLTFSNLKTMEPKLRYNAIKSGDINLLDAYSTDSELAQYKLKVLEDDQQLFPPYQGAPLMLTKTLDKYPELKKPLNKLAGKITDDEMRKMNYEVNVNGKSAYTVAKDYLKDQGIIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Lmo1422 protein
publication title Crystal Structure of the Substrate-Binding Domain from Listeria monocytogenes Bile-Resistance Determinant BilE
doi rcsb
source organism Listeria monocytogenes egd-e
total genus 98
structure length 270
sequence length 270
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4z7eA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 4z7eA02
2G93A 1ANFA 3QAXA 4OMBA 4NF4B 4ZZAA 4JWOA 4Z7EA 2XXVA 1ZKBA 1VFDA 4ZDMA 4P0IA 4R73A 3T9UA 5CBSA 1BIYA 5CMCA 4R2FA 2Y7KA 4GOTA 3MWBA 3LBSA 4ISUA 4ELQA 4KYDA 2F6PA 3VV5A 1IXHA 2XXYA 4QSEA 1D3KA 5B70A 1Y9UA 2PMSA 2OK2A 5I2NA 1VFEA 5TPAA 4FORA 2G29A 2QS2A 4F18A 2UVJA 1A54A 5IAIA 3TQWA 3MVZA 4H8IA 4R72A 4M4GA 3TEPA 1JVXA 1LCTA 2HXWA 1M5FA 2PYYA 3TQLA 3O28A 4BDMA 1JETA 2IEEA 4FAJA 3S9LC 5DVJA 1XOCA 3Q27A 3M3FA 5KDTA 1B1HA 1Y3QA 4IO2A 3CG3A 3DELB 3SKPA 4ZEBA 3C36A 2PT1A 3KBRA 3V83A 3UORA 3E4RA 1MY0A 1P1QA 4G77A 1SW4A 4H6DA 3K1NA 5I57B 1VE4A 3HHGA 1LAHE 3CVGA 2DOJA 2DSFA 2VD2A 1R6ZA 1OVTA 4ONYA 1PBQA 1B1XA 1QW0A 3OO9A 2UVIA 1XT8A 2F6GA 4JDFA 4QHQA 3M3LA 2D5WA 2F97A 3B7DA 4X1DA 4ZECA 4DXUA 1QUKA 2RKMA 4ZEFA 1QKBA 4F31B 1Y1MA 3GBBA 4BDRA 1B3GA 3KG2A 4OXVA 1LSTA 3KN3A 1DSNA 1AH5A 1OQGA 3FVNA 4EF2A 4L17A 1MPCA 2DS9A 1PB7A 3LSLA 4JSDA 4AQ4A 3MUQA 3RN8A 1DPEA 5CBRA 1P99A 1A40A 1RKMA 4IY5A 1MDP1 3TPAA 1LAFE 1GV8A 3VFJA 2ONKE 2IA4A 5H8SA 1N3WA 4YKKA 2I0CA 5AA1A 2O69A 3EHUA 3TELA 2F7CA 4XXUA 1UQWA 3N6UA 3ZKLA 4ZEIA 1MH3A 4GF8A 3H7MA 1OQHA 3MBPA 3H03A 3KZGA 5AA3A 1ZMGA 4OQOA 4F1UA 1LAXA 1SI0A 1MXYA 3TCGA 1UTHA 3SEYA 3G7WA 3LSFB 2ZYOA 1P1OA 2RINA 5CMMA 5L9OA 2THIA 4F29A 4DLDA 2NOOA 1XS5A 2NUVA 3PUWE 1O64A 3FJMA 3CFZA 3TKDA 3QIMA 1GVCA 1FTOA 2HFBA 4R2BA 2Z22A 1MXUA 1N0TA 3DLNA 3KSJA 4FIMA 2ZNTA 3PMXA 5B7DA 2V84A 4F1VA 1MPBA 2ZYNA 1O7TA 1NNTA 2NWJA 1B3EA 4O3BA 4PFUA 4G8NA 1US4A 3ILUB 1N7XA 3IOWA 4YAHX 3OSRA 4IO6A 5I58B 2DP8A 3RTWB 1LBCA 5DVIA 4H5GA 4LATA 3UA8A 2DWAA 3H3GA 2XXPA 2ZMBA 3SEUA 2QPQA 3T93B 2ABHA 2DQVA 4YICA 4H0WA 3E3KA 4X48A 4NE4A 5I59A 1B32A 2XX7A 1NNFA 1Y4CA 3DP4A 3QSLA 3G3IA 3KEIA 1XVYA 2O1LA 4LP2B 4YB6A 4F3SA 1DPPA 2REJA 1NNPA 3TUSA 4DCYA 1FTKA 1II5A 4C0RA 4O3AA 2Z23A 3RGYA 1EZOA 5DEXA 3U72A 4LQ5A 1LAGE 3GZGA 1B58A 1EH3A 3N5LA 2X7QA 5H8QA 4OYVA 5JK4A 4U4SA 2DWIA 4RXLA 5L8DA 4FJPA 4NF8B 2DYXA 3K02A 3ODBA 1VSOA 4PFWA 2V3UA 2B3BA 3BFUA 2XXRA 1JW5A 1WDNA 1P1WA 5I2NB 4XKNA 1SW5A 5TPAB 1RYXA 4U21A 4N6PA 1MDQA 3OO7A 2A5TB 3QYTA 4PFTA 3MW0A 1LFIA 4XKPA 1A99A 5I56B 2FYIA 4OWDA 3UGWA 3EF7A 3MVYA 5DYHA 1OLAA 5I84A 1H45A 1PEBA 2DE3A 2E1SA 1ATGA 5ITPA 5DTBA 2H9BA 4F2OA 5KDTB 3B6TA 4ZEKA 1A55A 4IB2A 3TTMA 4P0GA 3VVFA 1MQDA 4MBPA 3S9MC 2H4IA 4RK9A 4EF1A 3RPWA 3HV1A 3T66A 3EHTA 4WXJA 3K1MA 2O84X 1Y3PA 1B0LA 4KYEA 4QF9A 3R6UA 5H8FA 1B9JA 2RF1A 3SDFA 2VHAA 5IKBA 1PB9A 1M5CA 1IIWA 4C1UA 2O51A 3RT8A 2I49A 3PPRA 4DCXA 4Q0CA 3UK4A 1KWHA 1B05A 1I6QA 1FTMA 1B3HA 2KLFA 2XXIA 3C34A 2F5XA 4LQ2A 4LUBA 3A09A 3OENA 4RYAA 4DE8A 1MQGA 1MY4A 3PPNA 5AA2A 5J1DA 1SBPA 3SERA 4QRZA 4OVJA 3Q28A 2QJEA 5KCJB 3K6VA 1MRPA 1MY3A 4DXBA 1IQ7A 3R26A 3LSWA 3VVEA 3BBRA 3CFLA 5KZTA 2XX9A 3OSQA 3TTRA 3E13X 4GXAA 5H8HA 1LCFA 4ZEDA 5JTYA 2DXRA 4BDOA 3MP6A 3DP6A 5A5XA 1EZPA 4EXKA 4OEVA 2ZYMA 4H67A 3ZSFA 5DT6A 1UTBA 2XXUA 5H8NA 4ND9A 2XX8A 4GFRA 3IOUA 4YB7A 4GD5A 1UTHB 4HW8A 4GIZA 5BUUA 3TFLA 4KD5A 3C32A 4DXCA 2PT2A 4R9FA 1GTKA 2O7UA 4PE5B 2I4BA 4Q5TA 3JV9A 2ALUA 3C9HA 3FGSA 4OETA 5ICTA 4PP0A 1FCKA 3USDA 1PDAA 3IO6A 4U1ZA 3THIA 4KCDA 4G68C 1I6AA 2R9JA 3RQTA 1RYOA 3LUYA 2I58A 2YPNA 3FXUA 5HBCA 3FJGA 2ANJA 3LSXA 3FIRA 2HZLA 2BJJX 1IXGA 4NF6A 3UN6A 4OENA 2HAUA 1BTJA 2GHAA 4ELPA 1A7LA 2QRYA 2QSXA 3DP8A 2O6AA 2UYEA 4RK2A 3VXCA 1B4ZA 3TCFA 3IL1B 4NEDA 1IEJA 3OO6A 5FHMA 1ZJLA 3CG1A 4C1TA 2F7BA 5FHOA 5DVFA 4G8MA 4RJZA 1Y3NA 1URDA 3M8UA 3VXBA 4YMAA 3G3FA 1N7WA 2QMWA 3MC2A 4MH5A 3V8XB 1B46A 1CB6A 2ONSA 4QFNA 2DXYA 4RNSA 1MXVA 4NF5A 4U4XA 2OBGA 5AA2D 4Q8RA 4R6KA 5I2KB 4HS7A 3O97A 4TLMB 3S9NC 2REGA 3RNNA 3FV1A 5AA4B 3HCQA 4PETA 2CZLA 3TYHA 5FHNA 3CIJA 4POWA 2F35A 1MXZA 5TP9A 3FVKA 1JEUA 1LLSA 1POY1 2AIXA 3K1PA 3FZVA 2HAVA 3K2DA 4AB6A 2H5YA 3H6WA 3RLFE 1PBPA 5CI5A 1SQYA 1NFTA 1LFHA 1YAEA 2I6EA 4F19A 1XVXA 3N6TA 3DM0A 1B40A 2F34A 1QJMA 2Z8FA 1FQEA 3W9WA 2R71A 1D9VA 1B2HA 1YPNA 4GXSB 3MP8A 2Y7IA 4I9DA 5FTHA 2P1SA 1N04A 4Q30B 1MY2A 3FXRA 1FQAA 2HEUA 4QFPA 4TQUQ 3D4GA 2ESNA 3EN3A 3PD9A 1SW2A 1L5TA 4IGTA 3KN7A 3ECRA 2RCBA 4KHZE 3IORA 1MQHA 4FEDA 5I57A 1SDXA 4X1BA 1USYH 4FATA 4IO3A 3U1OA 2Z8EA 3M3KA 3PUVE 4GL0A 2Y7RA 3IJOB 4G8HA 1NNKA 3C35A 3FATA 1FW0A 3RTFB 4GQOA 2DE2A 3KOSA 1FQCA 4GLIA 3S2VA 4LA9A 3MP1A 4Z0IA 1GGGA 3UP9A 2Q2AA 5M2VA 1GR2A 1XHYA 4OFJA 2Q2CA 1HSJA 2QS3A 3O6GA 3C33A 1Y1ZA 5AA2B 1B7UA 3K6XA 1H44A 1ZIUA 4RA1A 1B3LA 3SESA 4MFIA 3TTLA 1IUDA 3S4UA 5L9SA 3IOTA 2XXQA 1N76A 3PMWA 3P7IA 5ITOA 5L9MA 3TMGA 2VGQA 3WAFA 4BDQA 1QUJA 3OELA 2OWSA 3H6TA 1I6BA 3TZAA 4XKQA 4JWYA 4PFYA 3FD3A 4NWCA 4KCCA 1R1NA 3PV0E 3TODA 1H76A 3CSGA 4ESXA 2F8DA 4POXA 1B0HA 3KSXA 1FQFA 1H43A 4LZ7A 2B65A 3KN8A 3RT6B 1B52A 2Q89A 4I62A 3LR1A 4OHNA 2E0SA 1NL5A 3MVXA 3W15C 4XTCQ 1TT1A 3A3UA 2HZKA 1NKXA 5EHSA 3RY3A 2PBWA 4YMBA 1QUIA 4NWDA 4WEPA 5HPQA 2VD3A 3FV2A 3A3CA 3SEXA 3B6QA 3H6VA 3I5OA 3EQ1A 1DMBA 4JBZA 3OEMA 4H5FA 1JVYA 1LFGA 5JEIA 3PD8A 4TLLB 3MPKA 3G3GA 4DDDA 3PPOA 4E0XA 4YKJA 3R7XA 3K6UA 4QSDA 4I8CA 2QS1A 1J1NA 3C31A 1Z7ME 3FJ7A 3UIFA 2FA7A 2X26A 3T9VA 2O68A 1M5DA 2RC9A 4QFLA 1FTJA 4OFLA 3ILTB 3QUJA 1MXXA 4H65A 3IB1A 1MQIA 3KOTA 1MY1A 1SYHA 1JW1A 4I1DA 1AMFA 4MF3A 4LVQA 3IB2A 4G2ZA 4OTEA 2XXTA 4HCYA 2F7AA 3OMBA 4ZE8A 2UYFA 1POTA 4EQ7A 4HTGA 4WKMA 1HSLA 1B7HA 5EHMA 2V3QA 1SVXB 4LZ5A 1F9BA 3G3KA 1NH7A 4QFOA 4YB5A 2Q9TA 3TDJA 3PMVA 4ELRA 3T22A 2H99A 5I58A 4KPTA 1M5BA 5F7VA 4U23A 2X7PA 3ONMA 4F22A 1A8FA 5F1QA 2UVGA 2XXWA 3MAMA 3Q26A 1BLFA 3PPQA 5ICQA 3FXQA 1A8EA 4FE8A 3LC8A 3TAJA 4NF5B 1AL3A 1IITA 2Z8DA 3PGFA 3IB0A 4K3FA 2XD3A 3SEWA 4GRKA 1B3FA 3FVOA 1P1NA 3VVDA 2OLBA 1URGA 4YZZA 3U8QA 4LZ8A 1Q35A 4U1OA 4JWXA 3OXNA 3MPLA 1M5EA 4FEBA 5TP9B 2QMXA 4BLAA 4NF8A 4YKIA 3O9PA 1WVJA 3HPIA 1MQJA 1OMPA 2ZXTA 4R6HA 2A5SA 3KJTA 3ZS6A 1LGBC 2OZZA 3O66A 1ZBMA 4U22A 4TOZA 3TTKA 4KFQA 2UXAA 3K00A 1QKAA 1MM6A 4XKRA 3TCHA 3VE1B 2AL4A 4IO5A 4AB5A 2A5TA 5I56A 4RPOA 1LB9A 3MZBA 3OO8A 5EYFA 3D4CA 3G3HA 4KQPA 3L6GA 1B6HA 2M8CA 4G68A 4GWOA 3SETA 4ECFA 3VLWA 1PB8A 2YJPA 1MG1A 4RY1A 2DVCA 3FVGA 4LONB 3W9VA 2OJTA 3TTNA 2PX1A 2QS4A 4JSOA 3S9EA 3IJXB 1BP5A 3OOAA 2I4CA 1YCJA 1B5IA 2HCAA 4F1YA 3K6WA 5CMKA 4PQJA 1FTLA 3IK6B 2ONRA 2H25A 3K4UA 4IO4A 1TFAA 3CSBA 1S7YA 1DTZA 1LB8A 4KR5A 1PC3A 2P0SA 3T96B 2XXHA 1JW4A 3CI8A 1TWYA 1B4HA 2O7IA 1N3XA 3IX1A 3RUMA 3PUYE 1IXCA 1UIUA 4IO7A 2CMOA 5I59B 4FECA 3JYRA 3MJNA 1EZ9A 4R75A 1ZTYA 4IGRA 4KYSA 4NTLA 5CM6A 5FTIA 1D4NA 4H1XA 2I48A 2V25A 2PVUA 3T9HB 5DEXB 1ZU0A 3IOVA 2V3TA 1B5HA 3AXFA 4JB7A 5H8QB 4RPNA 2V93A 5KCJA 1MXWA 4NF4A 3GXAA 3KFMA 3WAEA 1SYIA 1CE2A 4R74A 2I3VA 3O6IA 1NMUA 3BKIB 5K2XA 4JXIA 1FQBA 1JEVA 1SW1A 1TXFA 4G4PA 2ZYKA 3GBAA 3JZJA 3U93A 1DTGA 3VLVA 4U2RA 2P2AA 3HN0A 3VLUA 2W7YA 1P1UA 3U94A 3B6WA 4ZE9A 2VP1A 3CRBA 3MVWA 3OD7A 2GH9A 1Z7NE 4OZ9A 5BWJA 2HQ0A 1MS7A 4OFOA 3HO7A 2GFEA 1SI1A 2Y7PA 1XC1A 3FUZA 2I0BA 1BKAA 2F78A 3U92A 4GVOA 1DOTA 2F36A 1Y4TA 2R6GE 2YLNA 5CRYA 4DZ1A 3I3VA 3CR9A 4M1VA 4DIGA 4GL8A 3FASA 4ESWA 3VDFA 3IAZA 4EQ9A 1JNFA 3O6HA 1O63A 1OVBA 3QUFA 3QXMA 4N13A 4BDNA 4OERA 2AL5A 1IXIA 1URSA 5H8FB 1TFDA 4XIGQ 1T0KA 1H3DA 4BDLA 4O3CA 1Q1KA 3Q25A 4KI0E 3T9XB 3H4ZA 5LOMA 2DWHA 2Q88A 1S50A 3L6HA 4IY6A 3QK6A 5AE4A 3PPPA 1D9YA 1B51A 3H6UA 5CMBA 5CC2A 5K2YA 3MZ9A 3O29A 3H06B 4R6YA 4UACA 1R9QA 3V89B 3EHSA 4H8JA 2D3IA 2LAOA 4UA8A 1MH4A 2Y84A 4R9GA 1YTVA 3OEKA 1AIVA 1US5A 1OLCA 3PUZE 1QVSA 3PU5A 4F3BA 5H8HB 5JTYB 5I2KA 4ZS9A 4WEDA 5A5XB 1ZLQA 3HSTA 4F3GA 4HCWA 1ELJA 2Q8JA 2RC8A 5AA4A 4YU0A 1MM7A 1UTBB 3EPEA 3F11A 5H8NB 3SEVA 3MZ1A 2Y7WA 2ZNUA 4EXLA 3CFXA 2DVZA 1S9TA 3N94A 1N84A 5ELVA 2OCUA 2I3WA 4F3PA 2FNCA 2H98A 4ZZEA 1WODA 4ELOA 2QL3A 5HM4B 1JQFA 2XD2A 1EU8A 1IZ1A 4YKPA 2XXXA 1R9LA 3I6VA 5TU0A 1QULA 3BFTA 4G68B 3K0VA 2ZNSA 3KGCA 2AYSA 3K01A 2DE4A 2RCAA 3V5AA 2GHBA 3C4MA 1I69A 4EUOA 2NVUB 2RC7A 3E9XA 5ISUA 4F2QA 3O2AA 3G3JA 3PUXE 4MLQA 4NMYA 2OWTA 2VOZA 2B3FA 3N26A 4OESA 3IR1A 4NF6B 1VR5A 2GRVA 4THIA 3ZKKA 4EQBA 1AOVA 1HSEA 4N07A 1UIVA 3GLBA 4E0WA 1SD3A 2DWJA 2NXOA 1B5JA 2XHDA 4P11A 2D21A 3HHFA 3Q29A 2WKYA 2O1MA 3MQ9A 4MLVA 4F39A 1LBBA 4X9TA 2UVHA 3IO4A 3KJ7A 4QSCA 1USYE 1MPDA 4EDPA 4QFKA 1OIBA 1NH8A 1FQDA 1B7ZA 1Y20A 4OEUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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