4ZS9A

Raffinose and panose binding protein from bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04, bound with raffinose
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
384
structure length
377
Chain Sequence
QVTLDFFQFKAEAADWFKQAAQEFEKENPDIRININNLRTRFVKDRVPDVITFNGDYSFGTFAASGVFHDFTDDPLVSELNEGMVNIAKNLVQTSDPAKKRLYGLPFAGNASGYIYNKDLFRKVGLDPDNPPQTWDEFIAMLKKFRDAGINPVQATLADAWTTQAPLASLAGTLVPESEYAALKSGDTTFKQIWTEPIEKEIELFKYADSEKGVTYQQGTQNFAKGTAAIIPLGTYAIPQITMVNKDIDLGFAQMPATNDASKQILTAGDDVILTMGANSRHKEQSMRFIRFLMSKKQLENYADAQSAITPLKETYFGNKALEPVRPFFESNRVADFCDHYIPSSINIGGYLQSAIMSGNVNQFIDSMQNEWNKVQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An ATP Binding Cassette Transporter Mediates the Uptake of alpha-(1,6)-Linked Dietary Oligosaccharides in Bifidobacterium and Correlates with Competitive Growth on These Substrates.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04
molecule keywords Sugar binding protein of ABC transporter system
total genus 138
structure length 377
sequence length 384
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-05-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zs9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zs9A02
2V3QA 5H8NB 3H06B 5I2KA 2G29A 1WVJA 1GVCA 3TMGA 3KFMA 1SI1A 1Q35A 5K2XA 1BLFA 1NH7A 1GV8A 5CBSA 1B0LA 3OEKA 4OEVA 1WDNA 3O9PA 5CMBA 4QSDA 3FD3A 1ZU0A 2Y7KA 2HAUA 2PYYA 3CVGA 4GVOA 3Q29A 3H4ZA 2QS1A 2UVIA 2XXYA 2ONKE 1IQ7A 5FHNA 3QSLA 3MP8A 1H76A 1B32A 1A99A 4NTLA 4JXIA 1WODA 1AMFA 3KSJA 4QFOA 4XKPA 4X1BA 5A5XB 1Q1KA 2Q89A 1FTMA 3MVWA 3TEPA 3HPIA 3TTRA 3KJTA 4Q8RA 3T22A 4GF8A 4Q0CA 3RQTA 2F35A 4JWXA 4YB6A 2D21A 2QMXA 4RJZA 1SW1A 1B58A 4WEPA 3UORA 4FEDA 4ELRA 2A5TB 2GRVA 1MXUA 4R75A 4KCCA 3K2DA 3SEUA 3IB1A 1FCKA 1B5JA 1M5CA 1RYXA 4OQOA 3E3KA 1EH3A 4TOZA 4NWDA 2HZKA 3TTNA 1QUJA 2ZYNA 4QSCA 1M5DA 3E13X 3OD7A 4KYDA 3SEYA 1N7XA 1IXIA 5AA4A 3CG1A 1LAHE 1NNPA 4G2ZA 1S9TA 3RUMA 1R6ZA 4QF9A 1B9JA 2B65A 3RLFE 4PFUA 2GHBA 1UTBA 4G4PA 1NH8A 4NF6A 3U8QA 1MQDA 5ELVA 2RINA 4BDMA 3N6UA 1SW2A 1F9BA 1BIYA 1B52A 2RCAA 3TELA 2HCAA 3QAXA 4U4SA 2RC7A 5DEXB 4Z7EA 5HBCA 3UGWA 2XXVA 1LGBC 1DPEA 3RN8A 4LQ2A 3LC8A 3N26A 2RC8A 3MZBA 3N6TA 2ZXTA 3OENA 1TFAA 4U22A 1PB9A 3MC2A 1AIVA 2W7YA 1HSJA 3FJMA 2F6GA 3T9UA 1D4NA 1LCTA 2YLNA 1FQAA 3DELB 5TP9B 3S9EA 4QHQA 1VFDA 2I49A 2B3FA 3GZGA 4BDLA 4KCDA 5I84A 2O1LA 3FIRA 4JBZA 1JEVA 3K02A 4LONB 3FV2A 4H5GA 3Q27A 1UIVA 1I6AA 3SEXA 4ZEFA 5CC2A 4ELOA 1I6QA 3TTLA 4DE8A 3LR1A 5AA3A 4N6PA 3G3GA 3ECRA 1NNFA 3K6UA 3OOAA 4FE8A 3UN6A 4NF4B 5H8QB 3IJXB 1OLAA 1PBQA 2Q9TA 3FXRA 5I57A 5TPAA 4KD5A 4ONYA 4LZ8A 3IORA 3B6QA 4BDQA 3H6VA 4R6YA 1TXFA 3EHUA 3K1NA 4HCWA 1MDP1 3LUYA 1MXWA 3V89B 4EUOA 3DLNA 3MVYA 1QUIA 1FQCA 3ZSFA 1MXVA 3IR1A 3RNNA 2XXTA 1NFTA 4EXKA 4DXCA 4PFTA 5I59A 1RKMA 1ZIUA 3TAJA 3KN7A 4KFQA 4K3FA 4BDNA 1R1NA 3UIFA 4UACA 4RYAA 2REJA 4GQOA 2O7IA 2F36A 4KPTA 2XD2A 3O66A 4YMAA 1O7TA 5I2NB 3OO6A 3CIJA 2HFBA 2QL3A 4U2RA 2P2AA 5HPQA 3GXAA 3BFTA 3CFXA 1FTKA 4F3SA 3L6GA 4H8JA 3I6VA 3MZ9A 2DWIA 1H43A 3PMVA 4RK2A 4HCYA 4Q5TA 1MPCA 3PPNA 4XIGQ 3OELA 4JSDA 1FTOA 3PUXE 2O69A 5DEXA 1SW5A 4LQ5A 1UQWA 2BJJX 4ZZEA 1SW4A 3T66A 5H8FB 2H9BA 1MY2A 3K01A 3H7MA 3IB2A 1B3HA 4GXAA 2F8DA 4LZ5A 2H4IA 4XKNA 2H98A 4G68A 1B6HA 1P1OA 1MS7A 4OZ9A 2AL4A 1N0TA 3IAZA 3K6WA 4OENA 3CG3A 3U94A 3T9XB 4F19A 3EHTA 3G3JA 5L9MA 4OXVA 5KZTA 1VFEA 3OO8A 3OSRA 1EZPA 1VR5A 4G8NA 2DSFA 2CZLA 2Y7WA 1O64A 1MRPA 3JZJA 4MF3A 1Y3PA 2HXWA 1LAXA 2R71A 3MPLA 2RCBA 3TPAA 2XXIA 2QS4A 1LAGE 4KYSA 3FXUA 1NKXA 4IO7A 3MP1A 3S4UA 4IY6A 5B7DA 1B51A 2HAVA 2F34A 3M3KA 2Y7IA 3TQWA 1OQGA 4O3CA 1B4ZA 4ZE9A 4U4XA 1IXCA 4LP2B 2Q88A 1I69A 1QVSA 3IL1B 3MUQA 5FHMA 4O3AA 4R9FA 4F3BA 1MM6A 1B3GA 2F78A 2V3UA 3M3LA 2XXQA 5CI5A 3C9HA 1US5A 4E0XA 5F1QA 3PD9A 4ZEBA 3OSQA 3JYRA 1XVXA 4MFIA 4P0GA 4AQ4A 3RTFB 1UIUA 1BP5A 3H6TA 4P11A 5JTYA 3ODBA 5DVIA 3FVOA 3FV1A 4YU0A 2AYSA 5DVFA 3O29A 1UTHB 4G68C 1JW4A 4PETA 3QUFA 1I6BA 3IOWA 2OJTA 5DT6A 4G8MA 4DCXA 4OVJA 5KCJB 1JETA 1B1XA 4H6DA 5DYHA 4RA1A 3OEMA 3S9MC 1PEBA 4GFRA 1L5TA 3HCQA 4GXSB 2HEUA 5I56A 5IKBA 3QUJA 4O3BA 3T93B 4IO3A 4DIGA 1QKBA 3LSFB 5KDTA 3D4CA 2QJEA 3TCGA 4C0RA 4ECFA 2OWSA 3TCHA 3T9HB 3H6UA 1POY1 5JEIA 1LB9A 4R6HA 3B6WA 3M3FA 3N94A 2YJPA 4PP0A 4ZEDA 3VDFA 1FQDA 1Y4CA 2LAOA 4QSEA 2OBGA 3U72A 2VD2A 2I48A 3VFJA 4KYEA 3RT8A 2QS3A 4IO2A 1DTGA 3TTKA 4OYVA 3RT6B 3T96B 1IITA 4F29A 3PPPA 4JWOA 2QRYA 2XXUA 1YTVA 2X7PA 3USDA 1N7WA 3KSXA 1LB8A 4IO4A 3VXCA 3OO7A 1JNFA 2I0CA 1EZOA 5L9OA 2GH9A 1B1HA 2RKMA 2FYIA 1OLCA 3TCFA 3O6GA 3N5LA 4IGTA 3QK6A 3MQ9A 3FJ7A 3SEWA 3UA8A 3U1OA 1Y4TA 3VLUA 2QS2A 3M8UA 4I62A 4OMBA 4XKQA 2RC9A 1ZJLA 4PFYA 4YKJA 5AA1A 1VSOA 4U1ZA 4FORA 2OWTA 3MP6A 1A40A 2ZYOA 3F11A 5EHMA 1A8EA 1EZ9A 1B2HA 4IB2A 2THIA 3Q28A 4N07A 3R7XA 2R6GE 4G77A 5H8NA 1YAEA 2KLFA 1PBPA 5M2VA 1DTZA 4H5FA 1SI0A 4WEDA 2ONSA 4EQ9A 1R9LA 4HS7A 2O7UA 3VVDA 3VV5A 3K4UA 1LFGA 4LVQA 3TUSA 2H5YA 1MH3A 1IUDA 2DQVA 2ZNTA 3IO6A 1OVTA 4QRZA 1JVXA 3K6XA 1AH5A 3PMWA 4GOTA 1MY4A 1QJMA 2XD3A 1JVYA 1ZKBA 2CMOA 3TZAA 5ISUA 3KG2A 1HSEA 1YPNA 5A5XA 5CBRA 5HM4B 1IEJA 1Y9UA 3C35A 3SESA 3IOTA 1Z7ME 1PC3A 2F6PA 5AA2B 1CE2A 4H0WA 4RK9A 2I6EA 3ONMA 2A5TA 3S9LC 1LAFE 5H8HB 3KEIA 3SERA 2DS9A 2GFEA 4ESXA 2XX9A 3V8XB 2E0SA 4MH5A 2UXAA 4KR5A 2UYFA 3IO4A 1B3LA 1P1QA 3CR9A 3O6HA 4NF5B 2I0BA 2NXOA 4OFJA 1PB7A 4NEDA 3LSXA 5FTIA 2H25A 2HZLA 2YPNA 4JB7A 3VLVA 1QKAA 3RY3A 4QFNA 4EQBA 5DVJA 1ZBMA 1LLSA 1Y1ZA 3ZKKA 4FATA 2A5SA 3EPEA 1GGGA 5K2YA 1IXHA 2XXRA 3W9WA 5L8DA 4XTCQ 1A55A 1A54A 1N3XA 3MJNA 3W9VA 1CB6A 1P1NA 4OESA 3K1MA 3I3VA 5F7VA 4FAJA 2XX8A 3RTWB 4G8HA 3A3UA 4RXLA 1KWHA 3H03A 1D3KA 5I58B 1FQBA 4R73A 1DSNA 2XXWA 3D4GA 4NF8B 1XHYA 3OXNA 2DP8A 1ATGA 4C1UA 4Q30B 3P7IA 1B3EA 3O6IA 4OFLA 2OK2A 3GLBA 4YKIA 1Y3QA 5I2KB 4THIA 4GL8A 3MZ1A 1NNTA 1B5IA 2OCUA 1XC1A 1TT1A 3C4MA 3E4RA 2F97A 1SDXA 5TP9A 2FA7A 3UP9A 5FTHA 4QFPA 3I5OA 1LBCA 1B0HA 3S9NC 4EDPA 4GD5A 1URGA 4IY5A 3TTMA 2ABHA 4EF1A 2UVJA 4R72A 4YKKA 4F1VA 1NNKA 3R26A 2Z8DA 3DP8A 3GBAA 3IB0A 3FUZA 4I8CA 4YICA 1N04A 1B4HA 4UA8A 4OFOA 4NF4A 3CFZA 1ZMGA 5H8QA 1MQGA 1J1NA 1DPPA 4GIZA 4NE4A 1SYIA 3H6WA 3BKIB 4GRKA 2P0SA 3BFUA 4Z0IA 1JEUA 4KI0E 1P1UA 2F7AA 5CMMA 4OETA 4R9GA 3QXMA 1TWYA 2D3IA 1JW1A 4NMYA 3T9VA 4DLDA 4I9DA 3K00A 2Q2CA 3K6VA 3EQ1A 4X1DA 2NVUB 1MY1A 4MBPA 5AA4B 3G7WA 5LOMA 1XT8A 4H65A 5ITOA 3OMBA 4DXBA 1GTKA 4F31B 1IIWA 3PU5A 3FVNA 4TLMB 4F18A 3H3GA 4JWYA 5I2NA 4WXJA 1UTBB 2PT2A 1B05A 3PMXA 2GHAA 3PPQA 4RNSA 4NF6B 4RPOA 1B3FA 4F39A 1P1WA 2HQ0A 1EU8A 4ELPA 1URDA 3FVGA 1Y3NA 3R6UA 4YMBA 1MXXA 3ILUB 4ELQA 2PT1A 1ZLQA 3KBRA 3MVZA 3PV0E 2Z22A 4M1VA 2VHAA 1S50A 5H8FA 4I1DA 4GLIA 5BWJA 1H3DA 2Q2AA 2H99A 1P99A 3KN8A 2VOZA 4QFLA 3FJGA 4AB6A 4U23A 3IJOB 4NWCA 3VVEA 3A3CA 2D5WA 4BLAA 2Z23A 4F1YA 3FZVA 2ZMBA 3CRBA 3K1PA 3C34A 2Q8JA 2QSXA 4IO6A 4H67A 3CI8A 3U92A 4H8IA 2XX7A 2O51A 5CMCA 3KOTA 3CSGA 1US4A 1MY3A 1PB8A 4F2OA 3W15C 4MLQA 2X26A 3S2VA 1FW0A 3Q25A 4R2BA 1MPBA 3V5AA 1MQIA 1Z7NE 1ZTYA 4PFWA 2VGQA 4BDRA 3MVXA 4C1TA 2E1SA 4RY1A 1NL5A 3DP4A 1XOCA 2Y84A 4U21A 1QW0A 2QPQA 4F3GA 1II5A 4ZECA 5I57B 2ONRA 4ZZAA 3LSWA 5TPAB 4YB5A 4F3PA 2F7BA 2UYEA 4ZEKA 1FQFA 3KOSA 4MLVA 1POTA 1N76A 5H8SA 2ZYMA 1SVXB 3HO7A 3UK4A 1BTJA 2DWAA 1M5FA 2V25A 2V84A 5I59B 2XXXA 1B7UA 1XS5A 2IEEA 3GBBA 1BKAA 3G3HA 2PVUA 1FTLA 3RGYA 3B6TA 2V3TA 2ZNUA 2UVGA 4QFKA 2O84X 3HHGA 2I58A 3A09A 2QMWA 2F5XA 4XXUA 5J1DA 3TDJA 3KZGA 3FVKA 2I3VA 1H45A 1USYH 2DYXA 4JSOA 2OZZA 3SKPA 3EHSA 1OIBA 3IX1A 3VLWA 2X7QA 2ZYKA 2M8CA 3TFLA 3VXBA 1JW5A 1LSTA 4ISUA 2DOJA 5EHSA 5JK4A 1SBPA 2XHDA 2DVZA 1USYE 1UTHA 4ZS9A 3IOVA 4TQUQ 3SETA 2DVCA 1S7YA 4PQJA 4DXUA 1M5EA 4WKMA 1A8FA 5KCJA 3MW0A 2XXPA 5ICTA 1A7LA 3KN3A 4EXLA 1URSA 3U93A 3O28A 1AL3A 3KGCA 4G68B 3MWBA 2ZNSA 2DE3A 5CMKA 3PUWE 3V83A 1Y1MA 2I3WA 2DWHA 3O97A 4N13A 4GWOA 5ITPA 1YCJA 4F22A 4TLLB 3Q26A 3CFLA 2AL5A 2ANJA 1SYHA 1XVYA 4R2FA 4DZ1A 2UVHA 5IAIA 2PMSA 2DXRA 3RPWA 1MQJA 1N3WA 1ELJA 1LFHA 3ZKLA 3K0VA 3THIA 1MM7A 1SQYA 2ALUA 4RPNA 3FATA 4ZDMA 4XKRA 2AIXA 3PUVE 3FXQA 4YKPA 3MBPA 4FEBA 3HSTA 2I4BA 3TYHA 2O6AA 2VP1A 3FGSA 3PD8A 1MXYA 2PX1A 4P0IA 1LFIA 4ZEIA 4R6KA 3KJ7A 3C31A 3PUYE 3PGFA 1Y20A 4BDOA 4POWA 3ILTB 2I4CA 1OQHA 3CSBA 2ESNA 4IO5A 2Z8FA 5TU0A 3HN0A 1RYOA 4KHZE 1O63A 3EN3A 4OEUA 1NMUA 3WAFA 2OLBA 5AE4A 2G93A 2R9JA 3MPKA 3SDFA 2Y7PA 2B3BA 5CM6A 2PBWA 5CRYA 1SD3A 4L17A 4DDDA 4IGRA 3L6HA 4F1UA 5EYFA 1MPDA 4U1OA 5JTYB 4ESWA 3O2AA 4YB7A 2NOOA 3C36A 1AOVA 4YZZA 1MY0A 2DWJA 1IXGA 3QYTA 4OWDA 2IA4A 2VD3A 3TKDA 4OERA 1GR2A 4FECA 4KQPA 4LUBA 1ANFA 5BUUA 5B70A 3TQLA 3FASA 1VE4A 2WKYA 3E9XA 3IK6B 3B7DA 4POXA 3DM0A 3G3IA 3BBRA 1B40A 5I56B 4LZ7A 4E0WA 4EQ7A 2NWJA 3VVFA 4PE5B 2F7CA 2FNCA 4EF2A 4H1XA 4M4GA 5KDTB 4YAHX 1D9VA 2O68A 3TODA 2NUVA 3HHFA 1T0KA 3IOUA 1R9QA 1N84A 5ICQA 2P1SA 3PPRA 3G3FA 4HW8A 1FQEA 3PPOA 1FTJA 1OVBA 2REGA 2RF1A 4X48A 1QULA 1B5HA 5AA2A 1LCFA 3MAMA 1IZ1A 3ZS6A 2Y7RA 5H8HA 4OHNA 3QIMA 3VE1B 2Z8EA 4FIMA 3JV9A 2DE2A 4DCYA 3LBSA 4HTGA 4LATA 4NF5A 4AB5A 4R74A 3SEVA 4ND9A 1JQFA 5AA2D 1D9YA 4X9TA 1MG1A 3HV1A 5DTBA 1MXZA 1OMPA 2DXYA 1MDQA 1QUKA 1B7ZA 1LBBA 3DP6A 3PUZE 1DMBA 3WAEA 3C32A 1B7HA 3C33A 1M5BA 5FHOA 3EF7A 3LSLA 1HSLA 4GL0A 4JDFA 4FJPA 4LA9A 4OTEA 2O1MA 5I58A 2DE4A 2XXHA 4ZE8A 3OO9A 1MQHA 1H44A 1B46A 4NF8A 1TFDA 3AXFA 1DOTA 2V93A 1MH4A 5L9SA 3G3KA 1PDAA 4F2QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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