4ZZAA

Raffinose and panose binding protein from bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04, bound with raffinose, selenomethionine derivative
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
380
structure length
364
Chain Sequence
VTLDFFQFKAEAADWFKQAAQEFEKENPDIRININRVPDVITFNGDYSFGTFAASGVFHDFTDDPLVSELNEGMVNIAKNLVQTSDPAKKRLYGLPFAGNASGYIYNKDLFRKVGLDPDNPPQTWDEFIAMLKKFRDAGINPVQATLADAWTTQAPLASLAGTLVPESEYAALKSGDTTFKQIWTEPIEKEIELFKYADSEKGVTYQQGTQNFAKGTAAIIPLGTYAIPQITMVNKDIDLGFAQMPATNDASKQILTAGDDVILTMGANSRHKEQSMRFIRFLMSKKQLENYADAQSAITPLKETYFGNKALEPVRPFFESNRVADFCDHYIPSSINIGGYLQSAIMSGNVNQFIDSMQNEWNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An ATP Binding Cassette Transporter Mediates the Uptake of alpha-(1,6)-Linked Dietary Oligosaccharides in Bifidobacterium and Correlates with Competitive Growth on These Substrates.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04
molecule keywords Sugar binding protein of ABC transporter system
total genus 122
structure length 364
sequence length 380
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-05-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zzaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zzaA02
3VFJA 3G3IA 4OWDA 2XXWA 2DE2A 4OETA 3HHFA 4X48A 2I48A 2V93A 1ZMGA 3FATA 2E0SA 4ZE9A 3PPOA 4F18A 1AOVA 4QSDA 4H67A 3HHGA 3QAXA 1NNPA 1MXZA 4RA1A 3TKDA 3IOTA 3TPAA 4EQBA 3FXUA 1H45A 1PDAA 4F22A 1TFDA 1N7XA 2X7QA 3KFMA 4JSOA 3V8XB 3RGYA 3KN8A 5JK4A 3I5OA 2RCBA 3KJ7A 4H1XA 3TQLA 3OD7A 3VE1B 3K6VA 1Y1ZA 4Z7EA 1IXHA 1I6AA 2H25A 4I1DA 4JDFA 4JB7A 2ONRA 2VD2A 4H8JA 2F7CA 2A5SA 2O69A 1LGBC 1MPCA 5L9MA 2OK2A 4NF8A 1B3FA 2VP1A 3K6WA 5AA2A 1POY1 3FUZA 4F1UA 1URSA 1NNKA 3K02A 3SKPA 3U1OA 4I9DA 2DVZA 3O6IA 4XKQA 2ESNA 2I3VA 4N6PA 4YMAA 1PBPA 4OVJA 2P1SA 4PETA 4ESWA 2ALUA 1Z7ME 4LUBA 5ISUA 1MQHA 3LBSA 1JVYA 4BDLA 3OO9A 1FQAA 1MXYA 1Y9UA 2NUVA 3FIRA 4DXBA 4YKKA 5IKBA 1H3DA 4IB2A 4IGRA 3S4UA 1TT1A 4E0WA 1BKAA 4Q5TA 1DPPA 3EHUA 1JETA 2OWTA 4ELOA 5CBRA 4KYSA 3PUZE 1UTHB 1M5CA 3JV9A 2ZNUA 2DS9A 3O6GA 3PUYE 3MAMA 3KGCA 4FORA 4GXAA 3OMBA 1A54A 5I2NB 3HSTA 1N3WA 1GR2A 3H6UA 4R6KA 2CMOA 3VVFA 1JW5A 1D3KA 2THIA 2XXPA 4G68C 3KG2A 1S9TA 3OSQA 4LATA 5I2KA 4HTGA 2XX7A 1GTKA 4RYAA 4R2BA 4WEPA 1B2HA 1H43A 4FAJA 1FW0A 3DP6A 5JEIA 2ZYKA 1B0LA 1NH7A 2Y7RA 3B7DA 4GWOA 3E3KA 3R26A 3OELA 4OEUA 1FQDA 4F3BA 4F1YA 2B65A 2QMWA 3FV2A 4G77A 2ZMBA 3H4ZA 3MVWA 3V83A 4MLQA 4KHZE 3MZBA 3PUVE 5TP9A 1B0HA 3AXFA 3WAFA 1O64A 3CFLA 4NWDA 4MF3A 3E13X 4XXUA 5L8DA 1Q35A 1USYH 3FD3A 5H8NA 4PFWA 3KN3A 2DWIA 4UACA 4Q8RA 3LC8A 1AH5A 2O7UA 3FV1A 2DWHA 1JVXA 2H4IA 1B46A 4FATA 3TYHA 1A55A 1H44A 4F39A 3IB0A 2HXWA 1FTJA 3IO4A 3G3FA 3T93B 2HEUA 4OFOA 3UIFA 5KCJB 3TDJA 3RQTA 3GXAA 3K0VA 1QKAA 4KI0E 4Q30B 3VLUA 2GHBA 3O66A 3G3GA 3RNNA 4I62A 1LFHA 5HM4B 2PBWA 1MG1A 5BWJA 1LBCA 4LZ7A 3T66A 3W9WA 1US4A 2A5TA 4R72A 1Y3QA 3T9UA 1N3XA 5HPQA 3CSGA 1NFTA 1PB7A 3U72A 3B6QA 4C1TA 3HO7A 5H8QB 4OHNA 3V89B 4RK9A 3T9XB 1MQJA 3RN8A 4IO5A 2PT1A 2DP8A 4XKNA 2IEEA 4DZ1A 2DYXA 2F7BA 4IO2A 4EF2A 5K2YA 1VE4A 3RPWA 1KWHA 1YCJA 5I57B 4WXJA 1B52A 4XKRA 1MQGA 3U94A 1A7LA 4JXIA 5H8HB 1WDNA 3OEMA 5AA4A 3M8UA 5AA3A 4DXCA 3MC2A 2P2AA 4C0RA 3K1NA 3RLFE 2O7IA 3VLVA 1B4HA 3GZGA 2LAOA 2Q2CA 5ICQA 2DE4A 2QPQA 2Z8EA 3TCFA 4H0WA 1B05A 1GGGA 2XXUA 1B3LA 3T9VA 4YB6A 1DOTA 1S7YA 1LAXA 3K4UA 1ZTYA 3LSWA 3ZKLA 3MP8A 5H8FB 3SERA 3K00A 1CB6A 2XX8A 1ELJA 4LQ5A 3G3HA 4DLDA 1F9BA 3PV0E 2XXVA 3HN0A 4YAHX 1Y3PA 3HV1A 2XXRA 4BDRA 1JW1A 4DCXA 4IO4A 5F1QA 4P0IA 3G3KA 5CBSA 2GFEA 1MDP1 4YKJA 1LAGE 1SVXB 3U92A 4RJZA 1UIVA 2I0CA 3JZJA 1R9LA 3KZGA 1QUIA 1M5BA 1ZIUA 4NF4B 4YB5A 3IB1A 1DMBA 3VDFA 2VD3A 4H6DA 3MPLA 1IIWA 1EZ9A 2NWJA 1NMUA 4WEDA 4QSEA 3E9XA 2Q9TA 4OFLA 3BBRA 3THIA 2O68A 1P1WA 3CSBA 4KCCA 3K2DA 2F35A 1MY0A 1N0TA 1MXWA 1QKBA 1SBPA 3PMVA 1MM6A 3KN7A 4NF5B 3V5AA 4JWOA 4GFRA 5ICTA 4LONB 1FCKA 2QS3A 4IO3A 3QXMA 4OMBA 3PD8A 4ZEBA 3N6TA 3FXQA 1Y4TA 5EHMA 2XXHA 3N5LA 2OBGA 3OO6A 1B4ZA 4F2OA 4ZS9A 3N26A 4PFUA 2F78A 4G8NA 1N84A 1MY4A 3KJTA 2GRVA 3QIMA 3UN6A 5AA2D 3H3GA 5FTHA 4ZEKA 2QS1A 5AE4A 1QJMA 1ZLQA 2ZYOA 2R9JA 4LZ5A 1TFAA 2UVGA 4OERA 3MJNA 2Z8FA 3K1PA 1R1NA 3SEVA 1RYXA 3IK6B 2QJEA 1NH8A 3IR1A 3TAJA 5I58A 4KFQA 4PFTA 4G2ZA 1B5JA 2XXTA 2M8CA 3KOSA 2GHAA 2V3QA 2O51A 2DSFA 2ZYNA 1B40A 4LP2B 3ODBA 2Z22A 5AA2B 4F19A 1MM7A 1JNFA 2DXRA 1GV8A 3SESA 2VHAA 4IO6A 3M3LA 1FTMA 3MW0A 3PPQA 2RC9A 3IOVA 4QFNA 4U4SA 3T22A 1OVBA 4R6YA 4HW8A 3IJXB 3OENA 4XTCQ 4G68A 4TLMB 1B58A 3TTMA 3QUFA 1Y20A 2PYYA 3VXBA 5KDTA 1SI1A 1N7WA 1FTLA 5A5XB 3TCGA 5CMCA 4GXSB 3FVGA 3SDFA 1MY2A 2YPNA 3IL1B 4F1VA 5TPAA 4WKMA 3L6GA 5IAIA 1ANFA 5FHNA 4EUOA 2Q89A 5CM6A 3RT8A 2V3TA 2ZXTA 1P1UA 1ZU0A 1MH4A 5CMKA 3TTLA 5I2NA 4F29A 5DTBA 4H65A 1A40A 4PFYA 1Z7NE 1YTVA 2H5YA 4ISUA 2UXAA 1B1HA 4JBZA 4XKPA 2QRYA 1ZJLA 3B6TA 3KEIA 2XXXA 4RY1A 1OQHA 3PGFA 4POXA 3EHTA 1XVYA 4U2RA 2XXYA 3C32A 2Y7KA 3IAZA 4H5FA 2E1SA 1UQWA 3MP6A 3IOWA 2XD2A 4LVQA 3DELB 2F6GA 1VFEA 3MPKA 1I6BA 4RPOA 1LCFA 2O1LA 1PC3A 2KLFA 3H03A 1GVCA 3RTWB 2D5WA 2YJPA 1LBBA 1L5TA 4N07A 3TODA 5CMMA 1MPDA 1MXUA 3U8QA 3MVYA 4RPNA 2F7AA 5I84A 1Y4CA 1BIYA 2QSXA 1OQGA 4ZZEA 3OEKA 3MZ1A 4R6HA 1CE2A 1MPBA 3FVOA 3H06B 4RK2A 3QUJA 1ZKBA 1OIBA 3IJOB 4U1ZA 1WVJA 1SYHA 3OXNA 4ZZAA 3TTNA 3KSJA 1DSNA 2Q2AA 3DP4A 3D4CA 4LZ8A 5TP9B 4NMYA 3S9MC 2Q88A 4JWYA 5I56A 1Y1MA 1MRPA 1IXIA 4NF6B 4O3CA 1MH3A 1VR5A 4AB5A 3G7WA 4ELQA 1SQYA 2OZZA 1UTBA 5BUUA 2RINA 3OOAA 4PQJA 3K6XA 3TQWA 5H8NB 1MQIA 3LSXA 5DVJA 4MFIA 1R9QA 1QW0A 5KCJA 3EPEA 4OZ9A 3SETA 4NTLA 1NL5A 3TMGA 2NVUB 3BKIB 4KD5A 1EH3A 2XXQA 2PT2A 2UYFA 2I58A 4H5GA 1NNTA 4G4PA 3K01A 1EU8A 3VVDA 3ILTB 1A99A 3SEXA 4BDMA 4OEVA 4QRZA 4X1DA 3TFLA 4ZEDA 5DEXA 2X7PA 3CG3A 4DXUA 3USDA 5LOMA 2X26A 3Q25A 2FYIA 1PB9A 2H98A 1B9JA 2F97A 4JWXA 2OCUA 3ZS6A 2A5TB 1BLFA 3S9EA 1DTZA 4U21A 4EF1A 1O7TA 4O3AA 4EDPA 2O6AA 2I3WA 3OO8A 4GL0A 3KSXA 2R71A 5H8HA 1USYE 2QS4A 1P1NA 1MXVA 3FJ7A 1N04A 3EN3A 1XHYA 1PB8A 4AB6A 2ZYMA 5I59B 4R9FA 4NE4A 1B32A 3CRBA 3U93A 3OO7A 1D9YA 4EQ7A 4YMBA 3TZAA 2DOJA 4F3SA 5AA4B 1SI0A 2Z23A 1LFGA 1URDA 2PVUA 3T9HB 3C35A 1B5IA 4F2QA 1YPNA 1LFIA 3CR9A 1SW2A 4GOTA 4KYEA 1NNFA 1LAFE 1O63A 4ECFA 3SEYA 2RF1A 3R6UA 5AA1A 2FA7A 2I6EA 4ZDMA 1HSEA 4GRKA 3K6UA 1B3EA 1OLCA 3MBPA 1D4NA 3W15C 1ZBMA 2OJTA 1SW4A 3RY3A 1IXGA 2ONKE 3VLWA 4FEBA 3IORA 5L9SA 2B3FA 2VOZA 1IUDA 2DXYA 1BP5A 2G93A 1JQFA 4BDNA 4IY6A 3GBBA 3RTFB 2RKMA 4QFKA 3C33A 5FHMA 5EHSA 4DDDA 1XT8A 1T0KA 5JTYB 3CVGA 5ITOA 4BDQA 4GVOA 3BFUA 4U23A 1FTKA 1LSTA 3B6WA 4UA8A 3MWBA 2NOOA 3MVZA 3DP8A 4NF5A 2XX9A 4F31B 4FECA 1IITA 2DWJA 2Y7IA 4R74A 3M3FA 1JW4A 1UIUA 1D9VA 1B1XA 3S2VA 2DQVA 5B7DA 3FJMA 1QUKA 5J1DA 5KZTA 4G8HA 4IY5A 1M5DA 4YKIA 3VXCA 2P0SA 1FQFA 3S9NC 2F6PA 1SYIA 3C31A 1YAEA 3C4MA 2Y7PA 1SDXA 3VV5A 3H6VA 2I49A 4PE5B 4I8CA 1P1OA 4DCYA 3ZSFA 4M4GA 1IEJA 3TELA 4ELPA 4C1UA 1QVSA 2V3UA 1DTGA 2R6GE 1XC1A 2OWSA 1M5EA 4R9GA 3MVXA 3MQ9A 1POTA 3PPRA 1JEUA 2B3BA 4H8IA 3IX1A 3I3VA 1XS5A 5DVFA 1Q1KA 4E0XA 3MUQA 4XIGQ 4OENA 2ABHA 1MY3A 3LUYA 3SEWA 2Z8DA 2CZLA 1A8FA 4NF8B 3TUSA 3C34A 3MZ9A 3O97A 3WAEA 2V84A 3EF7A 1AMFA 4ND9A 4GF8A 3Q29A 1US5A 1IXCA 3Q27A 4FE8A 5I58B 4X9TA 3RT6B 1P1QA 4R2FA 1II5A 4QFLA 1HSLA 5CMBA 2UVJA 3FASA 3PD9A 3GLBA 4EQ9A 1B6HA 4IGTA 2Q8JA 2QMXA 3W9VA 4AQ4A 4X1BA 5A5XA 4ESXA 3TCHA 4ZE8A 5CC2A 3A09A 3CIJA 2RC8A 2H99A 4U1OA 1B3HA 2DE3A 3FZVA 1LAHE 4G68B 1OVTA 1JEVA 4K3FA 2IA4A 3SEUA 4MH5A 1UTHA 1BTJA 2F5XA 5KDTB 4TOZA 1LCTA 1H76A 3DM0A 1WODA 3H6TA 4FJPA 2DVCA 1HSJA 3FVKA 1I6QA 2HCAA 5HBCA 4OFJA 4HCYA 5DT6A 4EXLA 1LLSA 5TPAB 1XVXA 2ZNTA 3IB2A 3FXRA 3LR1A 5CRYA 1J1NA 3UGWA 5FHOA 2HAUA 4YKPA 5DVIA 4MBPA 2RC7A 1OLAA 2PX1A 3C9HA 2REJA 4ONYA 5EYFA 2PMSA 3K1MA 4OQOA 1Y3NA 1LB9A 1MXXA 3JYRA 3UA8A 3CG1A 3HCQA 3G3JA 3KBRA 3C36A 5I2KB 3D4GA 1AIVA 1MDQA 2YLNA 3PPPA 4GLIA 3CFZA 4F3GA 2I4BA 4DIGA 3TTRA 4U4XA 1B7ZA 3A3CA 5FTIA 1M5FA 3P7IA 3S9LC 4P11A 3CFXA 2BJJX 2ONSA 4KPTA 1MS7A 3M3KA 4NWCA 2HZLA 2NXOA 3IO6A 4GIZA 3UORA 4YZZA 3Q26A 4BLAA 3LSLA 4HS7A 1TXFA 1R6ZA 3IOUA 2F34A 4OXVA 5L9OA 4HCWA 1IZ1A 4OTEA 1SW1A 4BDOA 1QULA 3PMXA 3HPIA 3OSRA 3GBAA 2HFBA 1B3GA 4R73A 5B70A 3QYTA 4NF6A 4QFOA 1S50A 4IO7A 4L17A 4GD5A 2Y84A 4JSDA 2RCAA 3H6WA 3O29A 1ATGA 4ELRA 3UP9A 1RKMA 1EZPA 1VFDA 5I56B 3RUMA 4QSCA 1OMPA 4U22A 4KCDA 1EZOA 4GQOA 2V25A 1SW5A 1UTBB 3R7XA 4G8MA 4TQUQ 4YB7A 4ZEFA 2VGQA 4O3BA 3Q28A 5DYHA 2W7YA 2WKYA 2XHDA 3A3UA 3PU5A 4LA9A 4KQPA 4Z0IA 1QUJA 5H8SA 3T96B 4Q0CA 2O1MA 3ONMA 5H8QA 1FQEA 2O84X 3PUWE 3I6VA 3H7MA 2QS2A 1NKXA 1B5HA 4QF9A 4KYDA 1RYOA 4RXLA 2XD3A 1LB8A 1MY1A 3KOTA 3N94A 2UYEA 1DPEA 4OYVA 3QK6A 4MLVA 2ZNSA 2G29A 2D3IA 2ANJA 3UK4A 1PEBA 4DE8A 5DEXB 4QHQA 3N6UA 2F8DA 2I0BA 4ZECA 5I57A 3O2AA 1FQBA 1XOCA 2HQ0A 3PUXE 5I59A 1N76A 3F11A 1PBQA 5F7VA 4ZEIA 2AL5A 1P99A 3BFTA 4NEDA 2FNCA 1B7HA 3EHSA 4YU0A 3TTKA 1B51A 3DLNA 3ILUB 2Y7WA 5TU0A 5ELVA 1URGA 5M2VA 3EQ1A 2UVIA 4QFPA 5H8FA 2I4CA 2OLBA 3QSLA 3O28A 1FTOA 2REGA 4FIMA 3ECRA 4GL8A 5K2XA 1SD3A 1A8EA 3FVNA 4FEDA 4F3PA 1B7UA 3FJGA 4M1VA 1FQCA 2AL4A 4THIA 3VVEA 1VSOA 1I69A 3PMWA 4YICA 4EXKA 2UVHA 4KR5A 3PPNA 4NF4A 3CI8A 2F36A 3E4RA 5ITPA 4RNSA 4OESA 4PP0A 1TWYA 2AYSA 1AL3A 2XXIA 2AIXA 2GH9A 3MP1A 4LQ2A 4R75A 4N13A 5JTYA 2D21A 4POWA 1MQDA 2HAVA 3ZKKA 3L6HA 3LSFB 2QL3A 5CI5A 2H9BA 3TEPA 2DWAA 4TLLB 2HZKA 3FGSA 4P0GA 3O9PA 3O6HA 1IQ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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