5B70A

Oxyr2 e204g regulatory domain from vibrio vulnificus
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
219
structure length
209
Chain Sequence
GAMMQGQLKLGCIPTIAPFLLCDLVQEINQRFPQLNLLLREDTTTNLLTALRHGELDVLILALPVEIDGMESRVVGQDPFKMVISRHQAGAIKVPIKYDDLPDESVFLLEKGHCLTEHAVSACKLTDKEKINPFSATSLHTLVQMVANGLGTTFIPQMAIDHGLLDNQNLVVIEPPGQQAYRDIGLVWRPSSSRSKTFNQLAEVVSELL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Vibrio vulnificus
publication title The hydrogen peroxide hypersensitivity of OxyR2 in Vibrio vulnificus depends on conformational constraints
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR family transcriptional regulator
total genus 58
structure length 209
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5b70A01
1FTLA 3Q25A 4IO2A 2ESNA 3VDFA 4YZZA 1DTGA 2XXVA 1RYXA 5I2NA 1MXYA 3EHUA 4ONYA 2V3QA 3UK4A 2ONSA 3MVXA 4KPTA 1OQGA 4RJZA 4HCYA 3T96B 4IB2A 4XXUA 1US5A 3FATA 4TQUQ 4MH5A 1OLAA 1FTMA 2HZKA 3O2AA 1PB8A 3O66A 4Z7EA 3O6HA 4OENA 1M5CA 2Z22A 1MH3A 1WVJA 3IAZA 3CFLA 3O6IA 4EQ9A 1M5BA 4G77A 4EXKA 3IR1A 4NF6B 5L9SA 1NL5A 3K6XA 3HHGA 2O7IA 4XIGQ 3OXNA 3GZGA 3S9EA 4OQOA 1TFAA 3MVYA 2O84X 1LSTA 4POXA 1NNTA 2F78A 4DLDA 2UVGA 3K1PA 3BFUA 4PETA 3TPAA 4F39A 5H8QA 3H3GA 1JVXA 4BLAA 2XXYA 4G68A 2XX8A 1RYOA 3RT6B 2OK2A 5F1QA 2F8DA 2F36A 1R9QA 1OLCA 1MXVA 1JQFA 4OVJA 5AA4B 1SI0A 3MQ9A 4MLQA 3H6UA 4RA1A 4HCWA 4EDPA 3C36A 1XC1A 3LSWA 5FTHA 4POWA 1N84A 1OMPA 2XXTA 2QPQA 5L9OA 1MRPA 3ONMA 5HBCA 4KI0E 5IKBA 4DZ1A 4E0XA 4C0RA 3O28A 3IOWA 4RY1A 1B3EA 4DCXA 1MY2A 4MF3A 3OELA 2NXOA 1MPDA 1NMUA 4MLVA 4Q5TA 1DOTA 2F34A 1MPBA 3RLFE 4YB6A 1B3FA 1JNFA 5H8NB 1LBBA 2ABHA 1QUKA 2Q8JA 4DXUA 2VP1A 1A40A 1SI1A 1OIBA 2E1SA 3LSXA 1A54A 2ANJA 4I9DA 4X9TA 3V83A 1YAEA 1N7WA 5A5XB 5I2NB 2RINA 4G4PA 5TPAA 3E3KA 2O1LA 3WAEA 3T9XB 5CMMA 3TFLA 4R72A 3BKIB 3G7WA 2CMOA 1LAHE 3VVFA 5CBRA 4FIMA 4GRKA 5ICTA 1FW0A 3H06B 5FHOA 4ZEFA 4IO4A 4G2ZA 4H5GA 5EYFA 1R9LA 5ITOA 1Q35A 4NF8B 1MXUA 1ZKBA 3S4UA 3SDFA 4F2QA 3KN7A 3S9LC 3GXAA 4WEPA 4ISUA 5I57A 4ELOA 1H3DA 5HPQA 1MDQA 1URGA 1DMBA 4TLMB 1R6ZA 1POTA 3V5AA 4X1BA 1AH5A 2I49A 3G3KA 3TUSA 2DWAA 2W7YA 4H0WA 2H4IA 2OCUA 4OZ9A 4OHNA 3RY3A 1YTVA 1B2HA 1UTBB 1A99A 4R73A 4KYDA 5CI5A 5F7VA 3V8XB 3OO7A 3FJMA 4QSCA 2PMSA 1M5EA 4AQ4A 3GBBA 2GFEA 2OLBA 3QK6A 4OWDA 1B5JA 3QUJA 4BDNA 3K1MA 3BBRA 4H8IA 3C9HA 5BWJA 4RK2A 3VE1B 3MBPA 4F18A 2XX9A 3FXQA 1IEJA 1LB9A 4XKPA 4ZEBA 3Q29A 1LAFE 1XT8A 3N26A 3ZSFA 3FJ7A 2OWTA 4F3PA 2F7CA 1H44A 4H8JA 1JVYA 3FASA 1MY0A 5TP9B 1MY4A 3RGYA 2OJTA 3C35A 3LSFB 2H25A 1S9TA 3THIA 3ODBA 1Y3QA 4KCCA 4G8MA 4GF8A 3OEKA 2P1SA 1SD3A 1MQGA 1URSA 4NE4A 4NF6A 4ZS9A 1FTOA 4EQ7A 4OFJA 1MQJA 3U72A 1PC3A 5CRYA 2ZYOA 2I3VA 3T66A 3E13X 4P11A 3W9VA 3KN3A 2RC9A 1D9VA 2P0SA 1ANFA 3SEWA 2F35A 3TTKA 1HSEA 1Q1KA 1JW5A 3S2VA 3DP6A 3W9WA 1I69A 1I6BA 3CIJA 2GRVA 1EZOA 3OSQA 3DLNA 3O6GA 3KZGA 1SYHA 3A09A 4NWCA 2GHBA 2DS9A 4R74A 3MZBA 3MAMA 3LSLA 2H98A 2THIA 1A8FA 1DPPA 1FQDA 2ZNSA 2DYXA 3FGSA 5DVIA 1BIYA 1XVYA 3DP8A 5AA4A 1LAGE 1NFTA 5H8HB 4JWYA 3SEUA 2BJJX 4I1DA 1JW4A 1B7UA 4X48A 2DWIA 3UGWA 4N13A 2Z8DA 4XKRA 4FE8A 4ESXA 3HHFA 5AA3A 3A3CA 3M3FA 2X7QA 1O7TA 2Y7WA 5LOMA 3TKDA 2G93A 4NWDA 3HSTA 3U1OA 1II5A 3PPPA 1IXGA 3E4RA 3LUYA 4UACA 2DVCA 4NF4B 2O6AA 2UVJA 3G3JA 1AMFA 3HCQA 1Z7ME 3FXUA 5B70A 1SQYA 1SW5A 3EHTA 5H8NA 1FQAA 3P7IA 3DP4A 4LZ5A 2DSFA 1JETA 2UVIA 4ZDMA 4RYAA 5L8DA 3W15C 4KCDA 3CSBA 4U22A 2DE3A 2Y84A 1LGBC 3VFJA 4OETA 2WKYA 3G3HA 4LZ8A 3H6VA 3DM0A 5A5XA 4YMBA 2DXRA 4BDQA 4KYEA 1IXIA 2ALUA 4LVQA 3WAFA 3R26A 1B46A 4PFYA 2PX1A 2VOZA 2F5XA 2H9BA 3IK6B 1EZPA 3CI8A 4YB7A 1USYH 4U21A 1HSLA 3UIFA 3IO4A 2Y7KA 3EHSA 3VLUA 4YMAA 1FTJA 1PEBA 4I62A 4NF8A 4XKQA 3Q28A 2PVUA 4F2OA 2QS3A 4GQOA 4F3SA 3T9UA 4RXLA 3OOAA 3CR9A 3M3LA 2XXUA 4LQ2A 3TAJA 3QAXA 3C31A 1ZBMA 3MP8A 1B4HA 2AL5A 4IGTA 3TCFA 2B65A 4EUOA 4G68C 3MJNA 4OTEA 1S7YA 1LAXA 2DQVA 4JWXA 1B6HA 2XHDA 2VD2A 5FHNA 1UTBA 2V93A 1US4A 3F11A 3PUZE 2G29A 1B0LA 1XS5A 3PPRA 2HCAA 5KCJB 1XVXA 3H6TA 2DVZA 2QS2A 2FA7A 4K3FA 2GHAA 3KJ7A 2R6GE 2UVHA 4RPNA 2QS1A 3K4UA 4PFUA 3IB2A 3K6WA 5IAIA 2OZZA 1BKAA 1FTKA 1MY1A 2OBGA 3RNNA 4JSDA 3KGCA 1MQHA 3TTMA 2DOJA 4QHQA 2OWSA 2Z23A 3KN8A 5TP9A 3FXRA 5H8FB 1MS7A 2F7BA 3RPWA 3CG1A 3FVOA 3MZ9A 3K01A 2NVUB 2UYEA 4U1OA 5TU0A 1P1QA 4H6DA 1F9BA 1FCKA 5I2KB 1XOCA 3KSXA 2V25A 4YB5A 2RC7A 1P1UA 3SETA 1PDAA 1FQFA 1Y4CA 3EQ1A 5AE4A 4R9GA 4YKIA 5JTYB 4DE8A 1LLSA 4Q0CA 4R2FA 3GBAA 3T22A 4F29A 5KDTB 3KOTA 4G8NA 3K02A 1YCJA 1P99A 4WEDA 5KZTA 2D21A 4H1XA 4U1ZA 4ZEKA 5CM6A 3R6UA 2XD2A 4JSOA 4YKJA 4R6KA 1LB8A 2DWJA 2GH9A 4PQJA 2M8CA 3FV2A 4F1VA 4OFOA 5CC2A 3TZAA 2D5WA 1L5TA 1SW4A 3TQWA 1EH3A 4YKPA 5DEXB 4QFPA 5H8HA 3AXFA 1N7XA 1VSOA 3PUXE 4ESWA 1VFEA 3FV1A 4PFTA 2I0BA 5FHMA 2Q2CA 3DELB 4BDRA 4OEVA 4ELQA 2XD3A 1SDXA 1UQWA 3G3IA 1UTHB 1WDNA 4NF5B 4DIGA 3TELA 4OMBA 1O63A 4ZZAA 3VVEA 1VFDA 1QUJA 4FAJA 3PUVE 4PFWA 1BLFA 3PU5A 2V84A 3I5OA 2I4BA 1TT1A 4NF4A 4F3GA 3VXCA 1B3GA 3MP1A 4R6HA 3UA8A 3SESA 1GV8A 3SEVA 3N94A 1B5IA 5I56B 1BTJA 3MW0A 1SVXB 2O7UA 4NTLA 3M8UA 3OENA 1P1NA 3U92A 3B6TA 4JB7A 3S9NC 3RTFB 3HPIA 2O1MA 3FUZA 2QS4A 1TWYA 1MM7A 2XXXA 2QRYA 4IO5A 2B3FA 3MZ1A 3O9PA 2AYSA 1A7LA 1BP5A 4RPOA 4LA9A 4YICA 4GOTA 3TEPA 1IXCA 5CMKA 2B3BA 3FVNA 5CMBA 1B3HA 1QW0A 1N04A 1ZTYA 3T93B 1TXFA 1USYE 2Z8FA 2RC8A 3HO7A 3ECRA 1D4NA 4XTCQ 4IO7A 4Q30B 4N6PA 5EHSA 1LFHA 3K2DA 4U23A 1PB7A 1B9JA 1GVCA 1M5FA 3H03A 4EXLA 1P1OA 3QXMA 2Q2AA 2V3UA 3KBRA 3G3FA 2HXWA 2ONRA 3IOUA 2RF1A 2PYYA 1Y1MA 5AA1A 2VD3A 1OVTA 3U93A 2FYIA 4JBZA 5K2YA 4OEUA 1JEUA 1MH4A 3PGFA 2XXIA 3FJGA 3SEYA 1GR2A 4OXVA 3CVGA 3K0VA 4P0GA 1MQIA 2VHAA 5DVFA 1N76A 3LBSA 4DXCA 3L6GA 5KCJA 4THIA 1ZIUA 4F31B 1GGGA 4AB5A 4UA8A 4RNSA 4QRZA 3I6VA 3ZS6A 3CFXA 4OESA 1IUDA 1MXXA 5I59B 1LCFA 4KQPA 1H45A 1NH7A 5H8FA 3RT8A 1QULA 4FEBA 1B52A 4QSEA 3TMGA 1B58A 1Y9UA 4YAHX 1WODA 3OO9A 1HSJA 1UIUA 4F19A 2DXYA 2UXAA 3KG2A 1IZ1A 4QFNA 4YU0A 4EF1A 3GLBA 5I2KA 3UP9A 1B0HA 4GL0A 3JZJA 1AL3A 3HN0A 1SBPA 2X7PA 1A55A 4RK9A 3SERA 5DTBA 1EZ9A 2I3WA 3K6UA 3CSGA 2RKMA 2HEUA 5JTYA 4P0IA 4ELPA 1Y1ZA 5J1DA 5KDTA 3ILTB 1MG1A 2R9JA 4H5FA 4ZZEA 3O97A 3CFZA 1AIVA 1B1HA 4U2RA 3N5LA 2XXRA 1CE2A 3E9XA 3OEMA 2RCAA 2DE4A 2O69A 4QF9A 2ZNTA 3IOTA 3PD8A 2CZLA 2Q9TA 4QFLA 5DVJA 2REGA 2PBWA 4LZ7A 3FD3A 2XXHA 1B4ZA 5DEXA 2UYFA 4Q8RA 1N3XA 3IB0A 2NWJA 1VE4A 2Y7PA 5M2VA 2XXPA 1N0TA 4MBPA 2KLFA 3T9HB 3RN8A 4LONB 1B05A 1Y3PA 1T0KA 1UIVA 3OO8A 5I58B 1D9YA 1QKBA 3PPNA 4IGRA 4BDOA 1UTHA 4NF5A 4GXAA 4QFOA 1H76A 2O68A 2I6EA 4TOZA 1SW2A 3TTLA 1URDA 4YKKA 3O29A 3N6UA 2E0SA 2Z8EA 2Q89A 2ZYKA 3D4GA 4KR5A 3PPOA 2RCBA 4R9FA 3EN3A 3G3GA 2I0CA 1CB6A 4M1VA 1MM6A 3UORA 3TODA 2F6PA 5I56A 2X26A 4U4SA 2I48A 3FZVA 2F7AA 2ZYNA 2ZMBA 4OFLA 3EF7A 1ZMGA 3A3UA 2HAUA 4JDFA 1KWHA 4GLIA 3QIMA 1DTZA 3VLWA 4QSDA 5B7DA 3PUWE 3MWBA 1ZLQA 3ZKKA 2HAVA 1IXHA 4ZEDA 4DDDA 4E0WA 4LUBA 2YPNA 3T9VA 5ELVA 4ZECA 1B5HA 1OVBA 4FECA 4GVOA 1MY3A 2PT1A 5AA2B 4EF2A 1FQEA 1LBCA 4EQBA 1OQHA 3IB1A 1Y20A 2QJEA 3IX1A 2ZNUA 3PV0E 2Q88A 2PT2A 1QJMA 4Z0IA 4LATA 3RUMA 2R71A 5CBSA 2F97A 1P1WA 5HM4B 3C4MA 4R75A 2QMWA 3FVKA 3RQTA 3B6QA 4G8HA 3KJTA 3ILUB 3TQLA 1MXZA 5H8SA 4L17A 4HTGA 2HFBA 3VXBA 4F1YA 2AL4A 3CG3A 2NUVA 4R6YA 3Q27A 3I3VA 2A5TA 3B6WA 1NNKA 2O51A 4GFRA 3U94A 3JYRA 1Z7NE 1Y4TA 3MVWA 1ZJLA 5I59A 5DYHA 4N07A 4MFIA 3VLVA 2ONKE 4NEDA 3B7DA 3OD7A 4O3CA 5I84A 3N6TA 5ISUA 1IITA 3C34A 4IY6A 1M5DA 3K1NA 4O3AA 1LCTA 3OO6A 3PMXA 4ZE9A 3S9MC 4U4XA 3TDJA 4IY5A 4GWOA 1LFIA 1B3LA 5JK4A 2Y7RA 1O64A 1B51A 1POY1 3L6HA 3EPEA 3CRBA 4GD5A 2XX7A 2D3IA 3FIRA 4H67A 2VGQA 4GXSB 2FNCA 4WKMA 3KEIA 4IO3A 4KD5A 1NKXA 5ICQA 1DPEA 1QVSA 2P2AA 4KFQA 3C32A 4C1UA 3IL1B 1TFDA 2AIXA 3H7MA 2XXQA 4DXBA 5JEIA 1EU8A 1Y3NA 2I58A 2DE2A 3TTNA 5H8QB 2IA4A 3MVZA 1QUIA 4G68B 4OERA 1JEVA 1SYIA 3BFTA 1IQ7A 4O3BA 3PD9A 4ECFA 3FVGA 3SEXA 4NMYA 1FQCA 3ZKLA 5DT6A 3MPLA 1NNPA 3IJXB 1MXWA 1LFGA 1ZU0A 3IOVA 1MDP1 2HQ0A 4XKNA 2QMXA 4F1UA 4LP2B 4HS7A 1MPCA 3H6WA 4F3BA 5I58A 4BDMA 3SKPA 4QFKA 1MQDA 1R1NA 2A5SA 3U8QA 2F6GA 2XXWA 2ZXTA 3QUFA 3M3KA 3PUYE 2REJA 4C1TA 3IORA 3RTWB 4BDLA 1B40A 3VV5A 4IO6A 3TYHA 4PP0A 3PPQA 4FJPA 1NH8A 4PE5B 1S50A 1RKMA 5CMCA 3PMWA 4ELRA 3IJOB 2DP8A 4R2BA 2I4CA 5FTIA 4WXJA 1B7ZA 4KYSA 4JXIA 2A5TB 1QKAA 1YPNA 1A8EA 4ND9A 1SW1A 3LR1A 3R7XA 2HZLA 4ZE8A 5TPAB 2QL3A 1J1NA 4GIZA 3IO6A 3KSJA 2ZYMA 3TTRA 1D3KA 3D4CA 4KHZE 1ELJA 3USDA 1IIWA 1PBPA 5EHMA 4FEDA 1H43A 3TCHA 4JWOA 3C33A 5AA2A 4FORA 1NNFA 4GL8A 2H5YA 2H99A 1AOVA 3LC8A 4HW8A 1VR5A 2LAOA 1PB9A 5ITPA 3K6VA 3UN6A 5AA2D 5L9MA 5I57B 3KFMA 3HV1A 1FQBA 4F22A 5BUUA 3VVDA 4FATA 1JW1A 3V89B 4TLLB 2YLNA 4DCYA 2V3TA 3Q26A 3OSRA 2QSXA 1B32A 1N3WA 3OMBA 4ZEIA 3QYTA 5K2XA 1GTKA 3KOSA 4OYVA 4AB6A 2DWHA 1ATGA 2NOOA 3MUQA 3MP6A 1DSNA 3MPKA 3MC2A 1B7HA 3TCGA 1I6AA 4X1DA 2YJPA 3JV9A 3PMVA 2IEEA 1PBQA 3K00A 4M4GA 3QSLA 4I8CA 4H65A 3H4ZA 1I6QA 1B1XA 1XHYA 2Y7IA 4LQ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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