5B7DA

Oxyr2 e204g mutant regulatory domain from vibrio vulnificus (sulfate-bound)
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
219
structure length
212
Chain Sequence
GAMELSMQGQLKLGCIPTIAPFLLCDLVQEINQRFPQLNLLLREDTTTNLLTALRHGELDVLILALPVEIDGMESRVVGQDPFKMVISRHQAGAIKVPIKYDDLPDESVFLLEKGHCLTEHAVSACKLTDKEKINPFSATSLHTLVQMVANGLGTTFIPQMAIDHGLLDNQNLVVIEPPGQQAYRDIGLVWRPSSSRSKTFNQLAEVVSELL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The hydrogen peroxide hypersensitivity of OxyR2 in Vibrio vulnificus depends on conformational constraints
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Vibrio vulnificus
molecule keywords LysR family transcriptional regulator
total genus 63
structure length 212
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5b7dA01
4IY5A 2Q89A 4G2ZA 4ELOA 2I4BA 1S7YA 3H6WA 2Y84A 1B7HA 3MWBA 5FTIA 2REGA 4OENA 2NVUB 5AA4B 3TTMA 4Z7EA 3KN7A 1B2HA 3N26A 4N13A 3DP8A 5ICQA 4KD5A 1SQYA 5KCJA 1ZLQA 1B3FA 3IOVA 1AIVA 4YB5A 5DYHA 4XXUA 3FZVA 3SEVA 2ZNTA 3RQTA 1PB9A 3K6UA 4EQ7A 3KZGA 4H5GA 4F31B 4H65A 2H99A 4Q5TA 3T96B 1IUDA 4GQOA 3B6TA 4BDLA 2ZYNA 3Q27A 3TTLA 1BIYA 2OCUA 3VLVA 2Q9TA 4O3AA 4GIZA 3TKDA 1JEVA 4QSDA 1B0HA 1A8EA 3LR1A 2I58A 5I2NB 4OEVA 3MZ1A 1IEJA 3T9VA 3ILTB 4JXIA 3FJGA 1B7UA 5KDTB 3OO9A 3HPIA 3ZSFA 5HM4B 1UQWA 4R6HA 2RC7A 1B51A 1O63A 4OHNA 2HQ0A 3G3IA 2THIA 3OO8A 3CSGA 2DYXA 3H6TA 1SVXB 3IB1A 2XXHA 1Y3NA 1D3KA 3B6QA 1LLSA 3K0VA 1PB8A 3TAJA 1LGBC 4EF1A 2V25A 2P0SA 3QIMA 1N3XA 4BDMA 4U23A 4E0WA 4FEDA 3VXCA 4H1XA 1MQJA 5ICTA 4F29A 4IO3A 1II5A 3O6GA 4NF8B 2V84A 2REJA 3O6HA 3RT6B 1MPDA 4ZZAA 5F7VA 2A5TA 1SW2A 2B3BA 4HS7A 1B58A 3FASA 4IGTA 1Y3QA 3MC2A 4YZZA 1MXWA 1MDQA 1S9TA 3EHSA 2HFBA 4WXJA 3MP6A 1HSEA 5H8QB 3TDJA 3K2DA 4R74A 5DEXB 5CBSA 4OEUA 4F3PA 1URDA 3JV9A 5TPAB 2F34A 4EUOA 1A99A 3KN3A 2OWTA 4KHZE 5CC2A 3LSLA 3KEIA 5I58B 2PYYA 4X9TA 3CSBA 5AA2A 4I62A 1YAEA 1FQAA 1AOVA 4AQ4A 3HN0A 1D9YA 3PPNA 1B4HA 2XXXA 1QW0A 2Y7KA 4LQ5A 5I2KA 1OVTA 1JVXA 4HCWA 4JWOA 2ESNA 1FW0A 1GR2A 2B65A 3C34A 3DLNA 3G3GA 3QYTA 4PETA 3KJ7A 4IO2A 2IA4A 3RGYA 5CBRA 4GOTA 4DDDA 3KSJA 1LCTA 3K1NA 3CFZA 3T9UA 5I59B 1NH8A 3E4RA 5ISUA 1TXFA 2DE3A 1LBBA 2ZYKA 3RPWA 5TU0A 1ATGA 2Y7IA 4ESXA 4F18A 5JTYB 4OYVA 2VGQA 1UTHA 1HSJA 1N7XA 4BDQA 1O64A 1TWYA 1LFIA 1ZKBA 2UYEA 1XVXA 3MP1A 3ZKLA 3PUZE 3KN8A 1OVBA 5M2VA 3W9WA 3PUVE 1A54A 2XXRA 4PFTA 3W15C 2F5XA 3PD8A 3VDFA 2F7BA 4F1YA 1MPBA 1EZPA 3QSLA 2CMOA 4QFKA 2Z8EA 2DE4A 1LAXA 4HTGA 3L6HA 2X7PA 3FD3A 4KYEA 3MJNA 5AA3A 4O3BA 5H8NA 3IORA 3S9LC 1EZOA 2R6GE 2O6AA 1MY3A 3VV5A 3RLFE 1DOTA 3FIRA 4NTLA 5DVJA 4WEDA 1B1XA 3CG3A 4NF4B 4R6KA 3CRBA 3E9XA 3MVYA 3A3UA 4C1TA 3FGSA 4NF6A 4QFPA 4LATA 2UVHA 3L6GA 4IO6A 3RT8A 4L17A 2XXQA 2F8DA 3K00A 4ESWA 4FATA 1UIVA 3PPOA 1QUKA 2Q2AA 4WEPA 1N7WA 3MVWA 3M3KA 4OETA 4NEDA 4OQOA 2R71A 4KQPA 2RINA 2QSXA 3ODBA 1MXYA 4FIMA 1UTBA 2ZXTA 3EHUA 3GXAA 3BBRA 1B32A 3O2AA 2XXWA 1XC1A 2XXPA 3F11A 3O29A 3IR1A 2QJEA 1AH5A 3MVXA 2E1SA 3MVZA 4TLMB 1S50A 3M3FA 4I9DA 3UP9A 3GBAA 4KYDA 3SEUA 2Q88A 4LZ7A 3OO7A 4UACA 4GL0A 4POXA 3K01A 1I69A 4RPOA 4DXCA 4TOZA 1Y1ZA 3O6IA 3LUYA 4QHQA 4FEBA 1YPNA 3RTFB 4ZE8A 1MDP1 1QVSA 4X1BA 3H3GA 3EQ1A 1B3HA 3Q28A 4NE4A 1F9BA 4G8HA 4IO7A 2WKYA 1EU8A 1TFDA 2RKMA 3HV1A 3TODA 3IL1B 1BP5A 2OZZA 2DVCA 4GVOA 1ZIUA 2D3IA 3LSWA 1MY2A 4IY6A 3I3VA 1GGGA 1MXUA 1M5EA 1FTLA 3FVOA 2DOJA 1LB8A 4GFRA 4LZ5A 2QPQA 4QFOA 3FXUA 2NUVA 4GRKA 4H67A 2DVZA 2I3WA 2XHDA 4U4XA 3HHGA 1MQGA 3SEXA 3TELA 1MM7A 3HO7A 4YICA 3C4MA 3K1MA 4ZS9A 1B7ZA 3A3CA 3ONMA 5I84A 4ISUA 3U92A 2I4CA 4KR5A 4ZECA 2V3TA 4PFUA 4EF2A 3KFMA 4R73A 4XKRA 1Y3PA 3MZBA 4RY1A 1FQEA 4IB2A 3V5AA 3UGWA 3T22A 1VFEA 2V3QA 4MH5A 1QUJA 4YKPA 2QS3A 3KSXA 5BWJA 4Z0IA 4JB7A 2ZNUA 1ZU0A 2VP1A 3FVNA 1MY0A 4YB6A 2OBGA 4ZEFA 2VD3A 3LC8A 2H9BA 2D21A 3T9HB 3TYHA 3SEWA 4R2FA 3TEPA 4I1DA 3PUXE 4G4PA 3IB2A 3TCHA 4ONYA 1IXIA 5LOMA 1SI1A 3ZS6A 4F19A 4ECFA 3PPQA 1Y4TA 2ONSA 2Y7PA 4MLVA 4OXVA 2H5YA 4G68A 4MFIA 3AXFA 2O51A 4NWCA 3I6VA 4H6DA 1MQDA 5F1QA 1B0LA 3K02A 1N0TA 2PX1A 3PMWA 3TTRA 4KFQA 2I49A 3FUZA 2F7CA 1LCFA 2GRVA 4BLAA 1RKMA 1R9LA 4UA8A 4RYAA 3OMBA 4HW8A 4EDPA 3CR9A 2O7UA 4JBZA 1SW4A 3OEMA 4ZEDA 4IGRA 1B46A 1IZ1A 4P11A 3R7XA 4AB6A 2O1MA 1Q35A 4JWXA 4BDNA 4BDRA 5K2XA 5AA2B 1XS5A 3OSRA 2ALUA 3SETA 1B5HA 3UA8A 1GV8A 5I2KB 4JWYA 5EYFA 3S4UA 1O7TA 4OWDA 4RK2A 4LVQA 1IITA 2ONKE 4F3GA 5EHSA 1FQFA 2GHBA 2DQVA 2DWIA 1VE4A 4P0GA 3BKIB 1ELJA 1MQHA 4GWOA 3MAMA 1DTGA 3A09A 3ECRA 4MF3A 4JSOA 1NNFA 5KZTA 3K6VA 1UTHB 3OSQA 3IJOB 1MM6A 2QL3A 2QS4A 3DP6A 2ABHA 5DEXA 1XVYA 1NFTA 3C32A 3K6XA 3WAFA 3VLUA 2A5SA 4JDFA 3TCGA 3IB0A 5TPAA 1GVCA 3DP4A 4FAJA 5CRYA 4U1OA 1LBCA 1N04A 2ONRA 3SERA 1A8FA 2GH9A 5CI5A 5H8HA 2UVGA 3BFUA 1H76A 1B1HA 3G3KA 4IO4A 5FHNA 4H5FA 2F97A 1MRPA 3O28A 4OTEA 4F39A 4H8IA 3IJXB 5H8NB 2XXTA 2XD2A 4ND9A 4QRZA 2D5WA 5H8FA 1R6ZA 4O3CA 1SYHA 5AA1A 1TFAA 3IX1A 3OD7A 1P99A 1VSOA 4PE5B 1RYXA 1P1WA 3PMXA 5HBCA 3H06B 3VVEA 4ELQA 3RTWB 4GF8A 4NF6B 4RXLA 1PBQA 3OENA 2QMWA 4EXLA 1M5FA 4DXBA 2HEUA 5I57A 1OMPA 1ZBMA 1SBPA 4QF9A 1AL3A 4N6PA 2I6EA 3MPLA 3H6VA 4LUBA 5FTHA 3G3HA 4AB5A 1FCKA 4QFNA 4LA9A 2BJJX 4GLIA 1I6BA 3KGCA 4R6YA 4EQ9A 4G8MA 1H45A 2DWAA 4OFOA 4I8CA 2OK2A 1MY1A 4OFLA 4KI0E 1XT8A 4DZ1A 3PPRA 1OIBA 2FYIA 1IIWA 1UTBB 1P1QA 2V3UA 5H8SA 1XOCA 3M3LA 4Q8RA 2AIXA 3ZKKA 4R72A 3K6WA 3USDA 1MXVA 1B3EA 4ZEBA 1P1OA 3PMVA 2VOZA 5TP9A 1IXHA 3PD9A 3S9MC 1Z7NE 4YMBA 3V89B 4QFLA 3DELB 1EZ9A 2DWJA 1PC3A 3IOWA 1NNKA 3LBSA 1QULA 2RCBA 3HHFA 4U2RA 1US4A 2ZMBA 1POTA 2W7YA 5I56A 1Z7ME 5JK4A 1FTMA 1YCJA 3SEYA 1SDXA 1ZTYA 2Q8JA 3GLBA 4KCDA 1JETA 3FXQA 2PT2A 3V83A 2B3FA 5JEIA 3T9XB 3G3JA 3G7WA 3GZGA 4YKKA 1A40A 1USYE 1JW5A 2RC8A 4NF5A 3H7MA 2GHAA 2H25A 1QKAA 4U22A 2QS1A 3OXNA 4K3FA 1NL5A 4OESA 3FXRA 5HPQA 1USYH 4FE8A 1NNTA 3N5LA 1BLFA 4OZ9A 1MQIA 4QSEA 3N6UA 1FTOA 1Y9UA 1A7LA 1M5BA 1DPEA 3VXBA 3RNNA 3E3KA 5KCJB 2XX8A 3MUQA 3M8UA 2DSFA 4X48A 2Y7WA 2OWSA 2R9JA 2I3VA 2XX7A 3U94A 4PP0A 3RY3A 4DE8A 3PUWE 2DXRA 1N84A 4FORA 4RNSA 4P0IA 3D4GA 3PUYE 1B3GA 4C1UA 5A5XA 4XKQA 3FV2A 2RCAA 4F1VA 2CZLA 4G77A 2O84X 2X26A 1MPCA 4EXKA 5L9OA 1B6HA 2OJTA 2QRYA 3KJTA 3QUJA 2I0BA 3MW0A 4GD5A 1FQCA 2XXUA 2XD3A 4U4SA 3TMGA 3V8XB 5BUUA 1PB7A 2ZNSA 1DSNA 1WVJA 4LP2B 1IXCA 1NNPA 4ZEKA 2DE2A 2HXWA 1NH7A 2P2AA 3PPPA 3KG2A 3O66A 3SESA 4DCXA 3CFLA 5L9SA 1IQ7A 2V93A 3PV0E 5FHOA 1UIUA 5AA4A 3UIFA 3KOTA 5CMKA 2I48A 2F35A 4H8JA 1GTKA 1FQDA 1LFHA 4Q0CA 2E0SA 1LAHE 3GBBA 4OERA 3EN3A 3R26A 2G93A 4G68B 3OELA 4FECA 2AYSA 2Z8DA 2ZYOA 3TTKA 1DMBA 4U1ZA 1LSTA 3TPAA 3C36A 4F2OA 1FTKA 3U8QA 3JYRA 5IKBA 4GL8A 3TCFA 3UORA 4DLDA 5CMCA 1MY4A 3TZAA 1NKXA 4OFJA 3Q26A 2X7QA 3T66A 2A5TB 3QUFA 1PDAA 1Q1KA 1L5TA 4ELPA 2QS2A 3MZ9A 3VE1B 4ZDMA 1R9QA 1WODA 4YU0A 3EF7A 3QK6A 1JQFA 4YKJA 5DT6A 5I2NA 3O97A 5J1DA 2HCAA 3PU5A 3S2VA 4GXAA 5KDTA 4KYSA 3W9VA 1NMUA 2UVJA 3U93A 4G8NA 5CMBA 1VR5A 3SKPA 1SW5A 3VVFA 3KBRA 3UK4A 3MPKA 3PGFA 4F1UA 1T0KA 5ELVA 4U21A 1MXZA 5ITPA 2FNCA 3EPEA 3TFLA 5AA2D 1JNFA 1B3LA 3FVGA 4EQBA 5IAIA 1SI0A 4HCYA 3VVDA 2PT1A 1A55A 3LSXA 2Z8FA 1MH4A 2XX9A 3T93B 3H6UA 5B7DA 3K1PA 1JVYA 3C33A 3K4UA 4WKMA 4RA1A 1Y4CA 5K2YA 3MBPA 4PFWA 4YB7A 3TUSA 4KPTA 4C0RA 4NF8A 1VFDA 1D4NA 1H3DA 2O1LA 2P1SA 1SD3A 2AL5A 4M4GA 3OOAA 3BFTA 2RF1A 1OLCA 4ELRA 1POY1 4THIA 1DPPA 3C9HA 5DVFA 3E13X 2VD2A 4LZ8A 3N6TA 1LB9A 3ILUB 3Q25A 4POWA 1R1NA 2DS9A 2GFEA 3MQ9A 2Q2CA 4TQUQ 5B70A 4KCCA 1DTZA 3OEKA 4OVJA 5H8HB 2G29A 2HZKA 1B4ZA 1QKBA 3U72A 3HSTA 1BKAA 4GXSB 2YJPA 5H8QA 1HSLA 3KOSA 1ZMGA 2RC9A 2UXAA 2XXIA 3CIJA 4FJPA 4XIGQ 2UYFA 3EHTA 5H8FB 1URSA 4TLLB 3FV1A 5DVIA 1TT1A 3C31A 1JW4A 4PQJA 2DXYA 3FVKA 4DCYA 1D9VA 2VHAA 1US5A 5I58A 1SYIA 4RJZA 2PMSA 1OLAA 3MP8A 3H4ZA 3O9PA 4JSDA 2QMXA 4ZZEA 1XHYA 4G68C 1H44A 4LONB 3CVGA 4XKPA 1ANFA 3DM0A 5I57B 5ITOA 1MXXA 4F22A 2DWHA 1BTJA 1I6QA 4NWDA 4ZE9A 2O7IA 4DXUA 1B52A 3C35A 3U1OA 3S9NC 3VLWA 2F6PA 2O68A 1I6AA 3B6WA 5FHMA 3WAEA 2OLBA 3IOUA 1EH3A 5I59A 4PFYA 2YPNA 2PBWA 3D4CA 5DTBA 5JTYA 4BDOA 3UN6A 1B9JA 3IO4A 4YAHX 3S9EA 4YMAA 1LAFE 1AMFA 4ZEIA 5TP9B 2AL4A 3OO6A 2UVIA 4Q30B 1N76A 1QUIA 4LQ2A 1OQHA 4N07A 2LAOA 3B7DA 2M8CA 4NMYA 1Y20A 4XKNA 3JZJA 3R6UA 3LSFB 4F3BA 3RN8A 3P7IA 1M5CA 2HAVA 2NWJA 3RUMA 2XXYA 4X1DA 1LFGA 5I56B 4RPNA 2O69A 1RYOA 3TTNA 2H98A 3G3FA 3SDFA 2Y7RA 1WDNA 4R9FA 2PVUA 3CG1A 5CMMA 5L8DA 3THIA 1MS7A 1CB6A 4H0WA 2XXVA 3IAZA 4NF5B 5EHMA 1QJMA 4YKIA 2ZYMA 2F78A 1PEBA 3CFXA 3TQLA 2HZLA 1B5JA 1P1UA 4IO5A 1MH3A 1FQBA 1OQGA 4MBPA 1JEUA 4OMBA 5CM6A 4NF4A 3CI8A 2NOOA 2F7AA 1CE2A 1P1NA 3TQWA 1SW1A 2NXOA 2F6GA 2I0CA 1B5IA 1KWHA 3Q29A 1IXGA 4M1VA 4F2QA 3N94A 2H4IA 4DIGA 1PBPA 1H43A 1Y1MA 1J1NA 1JW1A 3HCQA 3IK6B 1MG1A 3QXMA 3FJ7A 2Z23A 5A5XB 3VFJA 1ZJLA 2ANJA 2F36A 2KLFA 3I5OA 4XTCQ 3H03A 1N3WA 1URGA 1B40A 4RK9A 4R9GA 3FJMA 4R2BA 1YTVA 1B05A 2YLNA 3FATA 5L9MA 2IEEA 4E0XA 2DP8A 2Z22A 4F3SA 5AE4A 1M5DA 3IO6A 2FA7A 4QSCA 4R75A 1FTJA 3IOTA 4MLQA 1LAGE 3QAXA 2HAUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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