5B7DA

Oxyr2 e204g mutant regulatory domain from vibrio vulnificus (sulfate-bound)
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
219
structure length
212
Chain Sequence
GAMELSMQGQLKLGCIPTIAPFLLCDLVQEINQRFPQLNLLLREDTTTNLLTALRHGELDVLILALPVEIDGMESRVVGQDPFKMVISRHQAGAIKVPIKYDDLPDESVFLLEKGHCLTEHAVSACKLTDKEKINPFSATSLHTLVQMVANGLGTTFIPQMAIDHGLLDNQNLVVIEPPGQQAYRDIGLVWRPSSSRSKTFNQLAEVVSELL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The hydrogen peroxide hypersensitivity of OxyR2 in Vibrio vulnificus depends on conformational constraints
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR family transcriptional regulator
molecule tags Transcription
source organism Vibrio vulnificus
total genus 63
structure length 212
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5b7dA01
1B7HA 2RKMA 3KEIA 1P1QA 2UVHA 4G8NA 1SVXB 4ISUA 2Y84A 1UTHA 1M5BA 4R73A 4OMBA 1PC3A 3N6UA 1URDA 4HW8A 1LAHE 4YICA 3K4UA 1BP5A 1XVXA 2H25A 4I62A 2GHBA 3PMWA 4U21A 1RKMA 4ZZAA 4POWA 5I57B 3LC8A 1NH7A 3Q25A 2F34A 5L9MA 1M5FA 2QS2A 3VFJA 1JETA 3K6UA 1P1OA 4KYDA 1XOCA 2H99A 2XXXA 1MY2A 1AMFA 3T93B 1EU8A 2QPQA 2I49A 3TCFA 3LBSA 4OWDA 3UGWA 2UYEA 4XKQA 1EZ9A 5DTBA 4G77A 3TUSA 3FASA 1MQIA 3MC2A 3PPOA 1ZMGA 2OCUA 2NUVA 4OERA 2VHAA 3VLWA 3U8QA 3EHSA 2I3VA 3MBPA 2A5SA 2DE3A 4RY1A 3QXMA 2D3IA 3PUXE 5FHOA 1SW1A 4BDLA 3S9MC 4I8CA 3D4GA 3LSFB 2PMSA 4ZDMA 3MP1A 5AA2D 3MP8A 2ZYNA 4LZ7A 3KOTA 4LZ8A 3OMBA 3H3GA 1NL5A 2DVZA 4X1BA 4GL8A 1JW4A 4OEUA 4QFOA 3UIFA 2HQ0A 4AB6A 4IB2A 1N84A 5I84A 3PU5A 4DXUA 4F2QA 1EZPA 1B3GA 4F1YA 1LFIA 4MF3A 2HAVA 3FVOA 3RPWA 5H8FA 1SI1A 1M5CA 4JSOA 1N0TA 3FZVA 3V83A 1P99A 3T9XB 4FE8A 1OMPA 1B4HA 1B2HA 1FQFA 1OVTA 1LSTA 4KCCA 3RT6B 5F7VA 5H8QA 4H65A 3G3IA 5H8NA 4RK9A 3FGSA 4NF6A 3TKDA 1CE2A 3K1PA 2DP8A 2VP1A 4ZEBA 2XXYA 5ICQA 4ZECA 3K2DA 1S7YA 1B7ZA 4G68A 4X9TA 1Z7NE 5AA2B 5TP9B 3MVWA 4ZZEA 4Q5TA 3QUJA 4KFQA 4JB7A 2O84X 2Z8EA 1I6BA 4PFUA 1WODA 2OK2A 3F11A 2F35A 3MUQA 1D9VA 4P0IA 2GHAA 2OWTA 5ITOA 2V25A 1FQDA 4KYSA 3VXCA 2Z8FA 3VLVA 1XHYA 2Z22A 2V3TA 5I58A 4ZEKA 4TOZA 3CFLA 3HO7A 4ELOA 2ONKE 4E0XA 2Y7KA 4H0WA 1A99A 3PUZE 1I6AA 4HTGA 3H6TA 4R2BA 1B6HA 4MLVA 2E0SA 2ANJA 1Y4TA 3OO7A 1QJMA 3BBRA 4ESXA 2UVGA 1B0HA 4KYEA 3IL1B 3T22A 3C31A 4E0WA 3SEVA 2O69A 5CBSA 3CG3A 3PUVE 3VE1B 2QS1A 4XKRA 5H8HB 5CMCA 1WVJA 4NE4A 1UIVA 3BFUA 3PUWE 3MVXA 1A8FA 2H98A 3FVNA 1UTBB 5KCJA 1XC1A 4DE8A 4Z0IA 1JVXA 3Q29A 1MPDA 2XXHA 2I4CA 4EQ7A 4BDQA 4JWYA 4F31B 1CB6A 4JDFA 5A5XB 1IEJA 3K00A 1A40A 3KSXA 1MM6A 1ZTYA 2O7IA 2IA4A 1Z7ME 4TQUQ 3OO8A 1USYE 3PMXA 4NWCA 3KFMA 3A3UA 4GD5A 3ILTB 4DIGA 3MP6A 2HEUA 3PPQA 4R6KA 2GH9A 3PV0E 3ODBA 1B5IA 3IJXB 1IUDA 3T9UA 1SDXA 5LOMA 1QUKA 4KCDA 3MWBA 1P1WA 3PPNA 3C4MA 5AA4A 3A3CA 1RYXA 1N7XA 2OZZA 3TYHA 2DWIA 2QRYA 1US5A 2OLBA 4PETA 2AIXA 3N6TA 3CG1A 4NF5B 3PMVA 5K2YA 5CI5A 2QMXA 4ELPA 3OENA 3RTFB 1YAEA 3AXFA 1R9QA 3K1NA 1DTZA 2DSFA 4GIZA 3VV5A 3QAXA 3CIJA 3C36A 4DLDA 3LUYA 3IX1A 3UA8A 1YCJA 3O9PA 1NNFA 3M8UA 1H43A 1S9TA 3EHUA 4JWXA 3S9NC 2UVIA 4GOTA 4H5GA 4RYAA 4YB6A 2H4IA 4N6PA 1O63A 4H1XA 5CMKA 4H6DA 4O3CA 1SW4A 2RCAA 4EUOA 4LA9A 1ZIUA 1ELJA 1SD3A 3O6IA 3KZGA 2H5YA 3KOSA 3MZ9A 2UXAA 4EQBA 1MH3A 1QUIA 1QUJA 1B52A 4DXCA 2R71A 3OEKA 1LCFA 4IO5A 4M1VA 4ONYA 3RNNA 3G3HA 5ICTA 4Z7EA 1IXGA 2I4BA 5I2KA 3TODA 5ISUA 1AOVA 2XHDA 2Q88A 2ALUA 3HPIA 3IJOB 1MXUA 3OSRA 2PYYA 4YKPA 1NNPA 5I2NB 1MM7A 3FVKA 3S4UA 4F18A 3PD8A 1MPCA 2RC8A 1ZLQA 2XXTA 5ITPA 2W7YA 3C34A 3R6UA 1AL3A 4ECFA 5I57A 4Q30B 4ZEDA 1LFHA 1H3DA 4DZ1A 5EHSA 4G4PA 4NMYA 1N04A 1R9LA 1A8EA 4KPTA 1SYIA 1A55A 1Y20A 4DXBA 4NF4B 1FTKA 3BKIB 3MPKA 1RYOA 2B3FA 1ZKBA 1JEUA 3O28A 1N3XA 2YLNA 4LVQA 1S50A 1WDNA 1MY3A 3KBRA 3B6TA 2ONSA 4WEPA 3C32A 4GXSB 3E13X 4LQ5A 5JTYB 5TPAB 1SBPA 4ZEFA 1F9BA 3DM0A 2HAUA 3G3FA 3IO6A 3OXNA 3SDFA 2I48A 4YZZA 1YPNA 3PUYE 1Y1MA 4N07A 4ND9A 4IY5A 2F6GA 4Q0CA 2BJJX 3V89B 4RPNA 2XD3A 1GV8A 5CC2A 5TU0A 2O1MA 3EF7A 2E1SA 4ELRA 1DSNA 3H6WA 3N5LA 3KN8A 4QFPA 4QSEA 2P1SA 4RA1A 3TMGA 3KSJA 1IITA 4WKMA 1GVCA 1TXFA 4OFOA 1B4ZA 3K6WA 2O51A 2X26A 3ZS6A 3SKPA 4HS7A 3CSGA 4O3BA 4ESWA 2I3WA 5KZTA 2VOZA 3BFTA 1H45A 4QFNA 3JZJA 1MXZA 4H8JA 5ELVA 5AA2A 5TP9A 2V93A 4DCXA 2DQVA 2DWJA 1AH5A 1DPPA 1MXWA 4PFYA 2XX9A 3WAEA 1Y3PA 2DE2A 2ZMBA 4IO3A 3IOWA 4X1DA 3O2AA 1USYH 2GFEA 4HCWA 3CVGA 2GRVA 1URSA 2WKYA 2VD3A 3L6HA 3GBBA 3IO4A 3TZAA 4G68C 2QMWA 1PB7A 1BIYA 1QULA 1NFTA 4YKJA 2I0BA 5CRYA 4BDRA 2D21A 3IOUA 2B3BA 3C35A 3CSBA 3OO6A 2F78A 2P2AA 1GGGA 1DTGA 4HCYA 4IO2A 4F3GA 4KQPA 4ELQA 4QSCA 2PVUA 2Z23A 4R2FA 1ZJLA 1A54A 4YAHX 4F2OA 1OLCA 4R6YA 3RUMA 3FV2A 3MVZA 4OHNA 5F1QA 2Y7RA 2HZKA 2Y7PA 3IAZA 3O29A 4OESA 3GXAA 3SEUA 2OJTA 4C1UA 5H8HA 3I6VA 4F3BA 3SETA 2I58A 1FW0A 3M3FA 1UTBA 2CMOA 3SEXA 4NF8B 4IO6A 4FIMA 1B51A 2R9JA 2RCBA 5B7DA 5A5XA 1Y3NA 5AE4A 1ANFA 1NNTA 3ZKKA 3TTMA 3G7WA 1VFEA 4F3SA 4R9FA 2F8DA 3OO9A 4G2ZA 4KR5A 3CR9A 3O6HA 4FAJA 1OVBA 3TEPA 4G8HA 3OEMA 3K6VA 4BLAA 1IXHA 5DEXB 3WAFA 5IAIA 1T0KA 3SESA 1O64A 1M5DA 3KJTA 4FORA 4FECA 3SEWA 5DT6A 1IQ7A 1B0LA 5CMBA 1B3FA 2UVJA 3B7DA 1R1NA 3R7XA 1PBQA 4EXKA 4OVJA 1NNKA 2O6AA 4YMAA 3HSTA 4MH5A 3TTRA 2XXRA 3W15C 1UIUA 4XTCQ 1TWYA 4DCYA 3MZ1A 2NOOA 3E4RA 3O6GA 1B1HA 1OQHA 1P1UA 2XXIA 5FHNA 3M3KA 4DDDA 1MQJA 1B40A 2XXQA 3TCHA 1ZU0A 3H7MA 1BKAA 3PD9A 3M3LA 1I6QA 3HHGA 4U1ZA 4GWOA 3FJGA 3KN7A 1IXIA 1B5HA 3K0VA 5FTHA 1MRPA 1IIWA 2QL3A 1YTVA 4PFWA 5JK4A 1B9JA 2ZNSA 3FXUA 1BTJA 1FTOA 5M2VA 1D4NA 3LSLA 5HBCA 3W9WA 3MZBA 3OOAA 1IZ1A 2R6GE 3EN3A 4K3FA 1PEBA 3CRBA 5I59B 2O7UA 3MAMA 3RGYA 3IR1A 2ESNA 1POTA 4FJPA 5H8SA 2QS3A 3RQTA 1FQCA 1VFDA 4EF2A 3ECRA 2VD2A 5I2NA 2HCAA 3FD3A 3TCGA 4MBPA 2I0CA 2ZNUA 5IKBA 4LATA 4QHQA 1XS5A 5FHMA 2QJEA 4FATA 4IY6A 4POXA 2DS9A 4F19A 5DVIA 2OWSA 4AQ4A 4OETA 3K02A 1J1NA 3QK6A 1FTLA 5DVJA 1PB8A 3ZKLA 3TDJA 3KN3A 5L9SA 4NF4A 5EYFA 1FTMA 1N76A 4XXUA 3PGFA 1D3KA 2F5XA 3A09A 1XT8A 3O66A 1JEVA 4JWOA 1Q35A 4O3AA 4P0GA 4GXAA 1POY1 4GVOA 3TQLA 3H4ZA 4OQOA 4F3PA 3VVEA 5TPAA 5JTYA 2NWJA 4QF9A 1EZOA 4GQOA 4C1TA 1N3WA 5L9OA 4IGTA 2DOJA 1B5JA 4F22A 1Y1ZA 2G29A 1MXXA 4BDNA 2ZYKA 4WEDA 3VVDA 1NH8A 1VSOA 2UYFA 1GR2A 1XVYA 1SQYA 1MH4A 1MQHA 4OFLA 2G93A 1LB8A 2YJPA 2F7BA 4JXIA 3FXQA 4LONB 3JYRA 4M4GA 5J1DA 4RPOA 3QIMA 3RLFE 3VLUA 1GTKA 2QS4A 3HV1A 2ZXTA 3KG2A 4OEVA 3QUFA 4EXLA 3VDFA 2A5TB 2PX1A 2VGQA 3ZSFA 1B05A 5KDTB 4BDOA 3Q26A 3B6QA 3T9HB 1LBBA 2DXRA 2F7CA 3QSLA 3IK6B 2LAOA 3CI8A 1HSLA 4U4XA 4LP2B 3S9LC 2REJA 2PBWA 5I56B 2ABHA 1B3HA 3LSWA 5B70A 1O7TA 1BLFA 1LLSA 3W9VA 1TFDA 3MJNA 3S9EA 3UP9A 3U72A 1LFGA 4GFRA 1UTHB 3I5OA 1I69A 1MS7A 4OYVA 3RT8A 2FNCA 4GF8A 4LQ2A 4BDMA 2XD2A 3R26A 3HN0A 1US4A 3UK4A 2AL4A 3MW0A 5AA3A 4R6HA 2D5WA 4JBZA 4OFJA 4F29A 1LAGE 2XXPA 1B7UA 1Y3QA 4R9GA 3OSQA 3VVFA 1H76A 4RNSA 3T66A 4U22A 1MXYA 1VR5A 3K1MA 3IB1A 2Q8JA 2XX8A 2B65A 3TFLA 4RK2A 4R72A 4THIA 2F97A 2X7QA 4EQ9A 1MXVA 4TLMB 1MY1A 5FTIA 2XX7A 3TELA 4YKKA 1LCTA 3FIRA 4MLQA 4OXVA 4KI0E 2NXOA 4U2RA 4YB7A 2RINA 4LZ5A 1MY0A 1OQGA 3L6GA 5DYHA 1FCKA 2PT2A 3GLBA 3C33A 3LR1A 2X7PA 4EF1A 3TQWA 1L5TA 4NF8A 3T9VA 3TAJA 2DE4A 3CFXA 3FJ7A 3U92A 3B6WA 2Q89A 1Q1KA 1QKAA 3DP6A 1JNFA 1N7WA 2PT1A 1JQFA 1II5A 1NKXA 3Q27A 1Y4CA 2XXUA 1LBCA 2RC7A 5H8FB 3O97A 4GL0A 3DP8A 2Y7WA 3MVYA 2F36A 4N13A 4LUBA 2DXYA 3LSXA 5H8QB 3IB0A 4U4SA 5DEXA 3V8XB 5H8NB 4R75A 4NF6B 3PPPA 1URGA 1SW5A 1NMUA 1TT1A 1TFAA 1B3LA 4FEBA 4XKPA 3Q28A 1KWHA 1LB9A 4TLLB 4G68B 5HM4B 3H03A 2Z8DA 3CFZA 1JW5A 1R6ZA 4KHZE 3RY3A 4OTEA 1VE4A 3EHTA 5JEIA 1PB9A 3MQ9A 2ZNTA 4G8MA 3RTWB 3TTLA 4OZ9A 1UQWA 3G3JA 4XKNA 4QRZA 3MPLA 4WXJA 3FUZA 1B1XA 1JW1A 1FQAA 2V3UA 2YPNA 3DELB 4AB5A 4IGRA 2OBGA 5K2XA 2Q9TA 3G3KA 2XXVA 4YKIA 1LGBC 1P1NA 5I58B 2ZYMA 1MPBA 4NF5A 3TTKA 1EH3A 1MG1A 2H9BA 3D4CA 1SI0A 2THIA 2CZLA 4R74A 4RXLA 4PE5B 4XIGQ 4OENA 2RF1A 1HSEA 5HPQA 3PPRA 3U93A 4ZS9A 3EQ1A 1FTJA 5DVFA 5I59A 1QKBA 1B58A 1FQEA 3THIA 5BUUA 1QVSA 1B46A 4U1OA 5KCJB 3H06B 3SEYA 1DMBA 1MDQA 3H6VA 3P7IA 3DP4A 5BWJA 4IO7A 1JVYA 3FATA 2RC9A 3K6XA 3HCQA 3E9XA 1DPEA 2AL5A 2O68A 3FV1A 1OLAA 3GBAA 3UN6A 3USDA 1ATGA 4H8IA 4F1UA 3GZGA 4EDPA 3FXRA 3EPEA 2AYSA 4QFLA 3JV9A 1HSJA 2XXWA 2HZLA 5CBRA 2O1LA 2F6PA 2M8CA 5L8DA 2QSXA 4NEDA 4U23A 1LAFE 1ZBMA 1B3EA 1PDAA 4UACA 4X48A 1SW2A 5CM6A 2DYXA 3U1OA 2FA7A 1H44A 4GLIA 4NTLA 4PQJA 3V5AA 2ZYOA 1D9YA 5AA4B 3DLNA 4QFKA 1PBPA 1LAXA 4KD5A 4F39A 4ZE8A 4H67A 2DWHA 2HFBA 1A7LA 3IOTA 3H6UA 2Q2CA 3U94A 4MFIA 1MQGA 2V3QA 3E3KA 2V84A 1OIBA 3QYTA 1IXCA 3ILUB 3IORA 2IEEA 2ONRA 4P11A 3OELA 4YMBA 1MY4A 4QSDA 1AIVA 2HXWA 1MDP1 2DVCA 3VXBA 4UA8A 3K01A 3TPAA 4IO4A 3FJMA 1B32A 4I1DA 4Q8RA 3KGCA 3SERA 2DWAA 4FEDA 4I9DA 4ZEIA 3IB2A 1DOTA 4ZE9A 3S2VA 1FQBA 3G3GA 4GRKA 4F1VA 2REGA 2FYIA 5AA1A 3N94A 1SYHA 3T96B 4PFTA 4C0RA 3RN8A 2P0SA 4L17A 2Q2AA 2F7AA 3ONMA 5EHMA 3HHFA 4NWDA 4H5FA 3KJ7A 4YU0A 2I6EA 4RJZA 1QW0A 5CMMA 3C9HA 2A5TA 2KLFA 3FVGA 1MQDA 2Y7IA 5KDTA 2NVUB 4JSDA 3TTNA 1M5EA 3IOVA 3N26A 3OD7A 3I3VA 3UORA 5I2KB 4PP0A 1Y9UA 5I56A 4YB5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q74A 1FBGA 4PFIA 4XFEA 1B7HA 2RKMA 3KEIA 1P1QA 2UVHA 4G8NA 4HE0A 1SVXB 4ISUA 2Y84A 3GYYA 4PFBA 1UTHA 1M5BA 4R73A 4OMBA 1PC3A 3N6UA 1URDA 4HW8A 1LAHE 4YICA 3K4UA 1BP5A 1XVXA 2H25A 4I62A 2VPOA 2GHBA 3PMWA 4HXVA 4U21A 1RDYA 1RKMA 4ZZAA 4POWA 5I57B 3LC8A 1NH7A 3Q25A 2F34A 5L9MA 2QVRA 1M5FA 2QS2A 3VFJA 1JETA 3K6UA 1P1OA 4KYDA 1XOCA 2H99A 2XXXA 1BK4A 4I3EA 1MY2A 1AMFA 3T93B 1EU8A 2QPQA 2I49A 3TCFA 3LBSA 4OWDA 3UGWA 2UYEA 4XKQA 1EZ9A 5DTBA 4G77A 4OVPA 3TUSA 3FASA 1MQIA 3MC2A 3PPOA 1FBDA 1ZMGA 2OCUA 2NUVA 4OERA 2VHAA 1FPBA 3VLWA 2XXKA 3U8QA 2CZHA 2I3VA 3EHSA 3MBPA 2A5SA 2DE3A 4RY1A 3QXMA 1NV3A 5IZ1A 1NV7A 2D3IA 3PUXE 5FHOA 2L5VA 1SW1A 4BDLA 1FBFA 4PFRA 3S9MC 4OVSA 4I8CA 4G61A 3D4GA 3LSFB 2PMSA 1FPDA 3LV0A 4ZDMA 3MP1A 5AA2D 4OVQA 3MP8A 2ZYNA 4LZ7A 3KOTA 4LZ8A 3OMBA 3H3GA 1NL5A 2DVZA 4X1BA 1FJ6A 1JW4A 4GL8A 4OEUA 4QFOA 3UIFA 2HQ0A 4AB6A 4IB2A 1N84A 5I84A 3PU5A 4DXUA 4F2QA 1EZPA 1B3GA 4F1YA 1LFIA 4GX6A 4MF3A 2HAVA 3FVOA 3RPWA 5H8FA 1SI1A 1M5CA 4JSOA 1N0TA 3FZVA 3V83A 1P99A 3T9XB 4FE8A 1OMPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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