5B7DA

Oxyr2 e204g mutant regulatory domain from vibrio vulnificus (sulfate-bound)
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
219
structure length
212
Chain Sequence
GAMELSMQGQLKLGCIPTIAPFLLCDLVQEINQRFPQLNLLLREDTTTNLLTALRHGELDVLILALPVEIDGMESRVVGQDPFKMVISRHQAGAIKVPIKYDDLPDESVFLLEKGHCLTEHAVSACKLTDKEKINPFSATSLHTLVQMVANGLGTTFIPQMAIDHGLLDNQNLVVIEPPGQQAYRDIGLVWRPSSSRSKTFNQLAEVVSELL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The hydrogen peroxide hypersensitivity of OxyR2 in Vibrio vulnificus depends on conformational constraints
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Vibrio vulnificus
molecule keywords LysR family transcriptional regulator
total genus 63
structure length 212
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5b7dA01
1TFAA 1D4NA 5AA2B 2AIXA 3MVZA 4U4XA 3UORA 1IIWA 4ELOA 3HCQA 2OJTA 1ZKBA 2DE3A 2I3VA 1US4A 2F6GA 2RCAA 1O7TA 1N3XA 2UVHA 4BDNA 3HHGA 4PETA 2XXYA 3TTMA 1DPPA 1LAXA 4ISUA 4OEUA 1S7YA 3QUFA 5I59B 3VFJA 4F3SA 2O51A 4NF5A 1Q1KA 4YKIA 3V5AA 3FJ7A 3MVXA 4GIZA 2I48A 2RC9A 4NEDA 2ONKE 4NTLA 1SW1A 4DLDA 2I49A 1FW0A 2HAVA 3DELB 2R6GE 3FXRA 1MY0A 5FTHA 4LUBA 4U1ZA 1OVBA 5L9SA 2B65A 2X7PA 4KPTA 3E3KA 1FTJA 5FHOA 3C35A 4EF1A 4R73A 4DE8A 3TTNA 3N6UA 4X48A 1LCTA 3O66A 4MF3A 1B05A 2D5WA 2Y7KA 3D4GA 3M3FA 4G4PA 4G8MA 4UACA 3VLUA 2QS2A 3IJOB 3UA8A 1MQDA 2XXWA 3SEXA 1EZPA 4R9GA 4QSEA 3UIFA 4QRZA 2KLFA 5DTBA 4QFNA 4R6KA 4KYSA 1DPEA 1Y20A 5TPAB 1B52A 3PUWE 4OHNA 3EPEA 3IL1B 3C31A 3V8XB 1SBPA 5HPQA 3AXFA 4G2ZA 1VR5A 2YJPA 3H6TA 4EXLA 4JXIA 3G3HA 4ND9A 2OZZA 3S4UA 2UVGA 1VFEA 3O6HA 1B0HA 1LAGE 4F3PA 3FXQA 4JWOA 4NF6A 1N7WA 4RPOA 3ECRA 2DE2A 3K6UA 3CFXA 3PUXE 4GRKA 2I58A 5DVFA 3CG1A 4GVOA 3Q25A 3FD3A 1B6HA 1FQAA 1XVXA 4ELQA 3EHUA 3W9VA 4BLAA 1ZIUA 3FGSA 4AB5A 1BP5A 1B7ZA 2X7QA 4QFKA 4BDQA 1VFDA 4PP0A 3VDFA 2XD2A 4ELRA 1QULA 2DWAA 2UYEA 1QW0A 3RT8A 3A3CA 3K1PA 1OLCA 2HZLA 3T66A 3S9EA 4R2BA 3O6IA 1OQGA 1POTA 4EXKA 3RGYA 1HSEA 2DXYA 3U1OA 1M5CA 3W9WA 2LAOA 4H1XA 1EH3A 3U72A 3LUYA 4U22A 5H8NA 5L9MA 4QSDA 2H9BA 1Y3NA 3T96B 2IEEA 5CMBA 5L9OA 4DXUA 1QKAA 2NUVA 4ZEDA 1WVJA 4KCCA 3IOTA 5H8QB 1FCKA 1R6ZA 3O9PA 1NMUA 1A55A 2PVUA 1MXUA 2NVUB 4H67A 2I6EA 5AA1A 4QF9A 4LQ5A 3MW0A 3H06B 1TXFA 3LR1A 4I8CA 3GBBA 2ZXTA 3E9XA 1QUKA 1SYIA 2QJEA 3Q26A 3QAXA 5FTIA 4IO7A 4Q8RA 4DDDA 3MJNA 1GTKA 2X26A 2F7AA 4KFQA 2HCAA 1AIVA 1B58A 3H6UA 3K01A 3Q28A 4P0GA 2XX8A 4BDLA 4IO4A 4ZEBA 2HAUA 1LBBA 1GVCA 4JB7A 2HQ0A 1H44A 4HTGA 1JW5A 1QUIA 3LSLA 1EU8A 4RA1A 3C32A 3R6UA 1MQHA 4XKRA 3SEUA 2PT1A 2VOZA 1N04A 1USYE 2QL3A 1FTMA 3H4ZA 2RKMA 5CBRA 4Z7EA 2B3FA 4TQUQ 4AB6A 2OCUA 3IK6B 5H8HB 4F31B 1BTJA 4GWOA 5H8FB 2Q8JA 3T9VA 1B5JA 1MG1A 2XXTA 3HO7A 4ZZAA 4KI0E 1SW5A 5A5XB 1PB8A 4MLVA 2YLNA 4G8HA 2P1SA 1L5TA 4LQ2A 4G68B 4HCYA 1JNFA 4XKNA 2DVZA 2DE4A 3PPRA 3H6VA 4H8JA 3VLVA 3MWBA 4WKMA 3OD7A 4C0RA 2HFBA 4OQOA 1LFHA 3WAFA 3HV1A 3K1NA 3TMGA 3VLWA 2OLBA 1AMFA 2RC7A 3FVNA 1MY2A 3DM0A 1IXCA 2AL4A 3H3GA 4XXUA 4NWCA 2HXWA 5J1DA 3VVFA 5LOMA 5I56B 1TWYA 4RJZA 3HPIA 5KDTB 3DP4A 2ABHA 5KCJA 1LFGA 2CMOA 4F39A 1JVXA 1UTBB 4C1UA 1P1WA 3FJMA 3GLBA 1ZTYA 4XIGQ 3FVGA 3CVGA 1S50A 3GXAA 2WKYA 4UA8A 2D21A 3G3FA 2V3TA 4POWA 3TEPA 1MXYA 2VHAA 4IO6A 3CSBA 4OESA 1Y1MA 2QSXA 1Y1ZA 4Z0IA 2E0SA 4YICA 1EZ9A 1B3GA 3JV9A 1JEVA 1YPNA 4OETA 2H4IA 3K6XA 2GHBA 4HS7A 1MH4A 3H6WA 3CFZA 1MH3A 1DMBA 1CB6A 2HEUA 3SDFA 2DVCA 2XXQA 3BBRA 3OMBA 2QS1A 1HSJA 2DXRA 4NF8B 5JTYA 1N84A 2R71A 5I57B 4H6DA 3SEVA 1NNKA 1IUDA 4QHQA 3ZKKA 5TU0A 3LC8A 3KN7A 2V84A 3K02A 4E0WA 5CMCA 4KR5A 4KYEA 3EF7A 3G3KA 4JSDA 2VP1A 3WAEA 4AQ4A 1OMPA 4RNSA 2YPNA 2DWJA 1LLSA 4G68C 3BFTA 3O29A 3PU5A 4RPNA 3S9NC 2PYYA 1GGGA 3OO6A 1A7LA 5DVJA 1N76A 3A09A 3OELA 3C36A 1MPCA 2PMSA 3T9HB 1H76A 1NH8A 1UTHA 4PE5B 3KG2A 3MAMA 3S9LC 4MH5A 4E0XA 1R9QA 2QMXA 3FUZA 3IOVA 4F1YA 4MFIA 1PB7A 3M8UA 3TTLA 2O1LA 1SI1A 3LSXA 2OBGA 1NH7A 1NFTA 3ZSFA 2ESNA 4F1UA 4ZS9A 4YB5A 2M8CA 4NF5B 4LZ5A 4IGRA 3L6GA 2H5YA 1P1NA 3N26A 4PFTA 1YCJA 3EQ1A 4YB7A 1PEBA 3L6HA 4OFJA 2UVJA 3RUMA 4BDMA 4F2QA 3RTWB 3V89B 1YTVA 3KN3A 1MPBA 2REGA 4XKQA 3RT6B 3QXMA 4H8IA 2THIA 3I3VA 1UIUA 5DYHA 5I58A 2XXIA 1B1XA 1NNFA 4JBZA 3U93A 1MY3A 2F34A 1QUJA 3B7DA 4IO5A 1SDXA 4GLIA 4IY5A 4GF8A 1B7HA 5I58B 4KQPA 4OEVA 4YMAA 4EQBA 5CI5A 2Y7RA 3LSWA 2GH9A 3PMVA 3FVKA 1NNPA 3EHTA 4POXA 4P11A 3RQTA 5I2NA 1J1NA 3IB1A 5F7VA 1R1NA 4PQJA 3K1MA 2ZNUA 2XX9A 2I4BA 2REJA 2RF1A 3M3LA 4C1TA 4QFLA 5TP9A 3KOSA 4NF6B 5AA3A 4ZE9A 1LSTA 4RXLA 5DVIA 3PMWA 4QSCA 3B6WA 1RYXA 2Y7IA 3P7IA 1A8EA 1A99A 2E1SA 3FV2A 4F2OA 5I2KA 1URSA 3U94A 4TLLB 4EQ9A 3D4CA 3UGWA 3N6TA 3SERA 4L17A 5FHNA 4XTCQ 2NOOA 4IGTA 4XKPA 1AH5A 3H03A 3K6WA 1B3FA 4FORA 5DT6A 4GFRA 3B6TA 4ZEKA 3V83A 4BDOA 3DP8A 1M5DA 5ICQA 1SQYA 2OWSA 4WEPA 3EN3A 1LAFE 2Z8DA 4DXCA 4FECA 2UVIA 2GHAA 3MZ9A 4ZECA 5H8NB 1ELJA 1S9TA 1N3WA 4ZE8A 2DQVA 4X1DA 1MQJA 4F22A 1PDAA 1BKAA 2XXXA 1MS7A 2Q2CA 1BIYA 2P0SA 2ZNSA 4GXAA 4DXBA 4M4GA 4I62A 4WXJA 4JWXA 1TT1A 4ECFA 4QFOA 3UK4A 2I4CA 1PBPA 2ALUA 1LB8A 1ZU0A 5HBCA 1IXIA 5KZTA 4EQ7A 1II5A 1D9VA 2F36A 1VE4A 5ITOA 3BFUA 4DZ1A 2Z22A 5CM6A 4H5GA 2ZYNA 3I5OA 4ESWA 3K6VA 2F8DA 2Z8FA 2UXAA 3TCHA 4LONB 4RYAA 1MXWA 3A3UA 3S2VA 3OEMA 3Q27A 2O7IA 3MZ1A 5JEIA 3IO6A 4QFPA 3PV0E 3SEWA 5CRYA 1FTOA 4OERA 1SW2A 5IKBA 3KJTA 4F3BA 4R9FA 1URDA 3OO7A 2F35A 5DEXA 3S9MC 1EZOA 3RNNA 5AA4A 4DCYA 4LA9A 1MY4A 2DWIA 3IOWA 2DYXA 2H99A 4YAHX 1P1OA 3RPWA 3MUQA 2XXUA 3VVDA 1UQWA 1LAHE 2QS3A 3SETA 1FQEA 3M3KA 4F1VA 1POY1 4I1DA 2V3UA 3TFLA 5B7DA 5M2VA 1NKXA 3CIJA 1Y9UA 2GRVA 3RTFB 3RLFE 3U92A 4EDPA 1KWHA 1QJMA 3VVEA 5ITPA 2XD3A 3PPNA 4TOZA 1LFIA 2QPQA 3TDJA 1NNTA 1P1QA 4U1OA 1Q35A 3MZBA 2B3BA 1WDNA 2FYIA 2A5TA 1XS5A 3MC2A 1P1UA 2CZLA 4IO3A 2O68A 1O64A 1MDP1 2O84X 1OQHA 1Y3PA 1WODA 3FV1A 1Z7ME 3FATA 4K3FA 1MM7A 1QVSA 1RYOA 3TAJA 4MLQA 5KCJB 4LATA 5HM4B 4H65A 3R7XA 2DSFA 1B9JA 2RCBA 1DTZA 4HCWA 1MY1A 1B40A 2RINA 3H7MA 3OOAA 2Q9TA 1FQCA 4U21A 1JVYA 3TPAA 1ZLQA 4RK9A 4I9DA 4YKKA 4ZZEA 3SEYA 3U8QA 3IB2A 4FATA 2BJJX 1M5EA 1ZJLA 1B3HA 3IAZA 2A5SA 2O6AA 3K0VA 1A40A 1MPDA 2Q89A 1B2HA 3KEIA 4YZZA 3ZKLA 3OSQA 2VGQA 3OXNA 1D9YA 2O7UA 5AA2A 1GV8A 3C4MA 1NL5A 4NE4A 4H0WA 1H45A 5K2XA 3T93B 1IXGA 3TTRA 2P2AA 3ODBA 1YAEA 2Z23A 3O6GA 5L8DA 5JTYB 4DCXA 3G7WA 3JYRA 5ICTA 2Q88A 3QSLA 2V3QA 2GFEA 4HW8A 4LZ8A 2I0CA 4KD5A 5I59A 1LBCA 4OENA 3BKIB 3LBSA 3MBPA 2H25A 1MQGA 4O3CA 1HSLA 5EHSA 2V93A 1OIBA 3TCGA 4OMBA 2F78A 3UP9A 4OFOA 2ZYKA 3G3GA 2O69A 3MP6A 3THIA 1IEJA 1UTHB 4YKJA 1DTGA 5ELVA 2VD3A 4IB2A 3O2AA 4LVQA 2XXHA 1SI0A 2R9JA 3O97A 4JSOA 3C34A 1I6QA 4M1VA 4IO2A 5CC2A 1B3LA 4FEDA 4ONYA 4U4SA 1RKMA 4JDFA 4OVJA 3MPLA 3IB0A 3OENA 4G77A 4F3GA 1H43A 3OO9A 3IORA 2Z8EA 3K4UA 4ZEFA 5F1QA 3PUVE 1US5A 2ZMBA 4NWDA 1JW1A 4N13A 3MVYA 2Y7PA 1P99A 2ZNTA 3TCFA 3PMXA 1F9BA 4LP2B 1JEUA 5TPAA 3TZAA 3MP1A 2Y84A 3ILTB 4F18A 3PPOA 1I6BA 4R75A 4F19A 1BLFA 3C33A 3EHSA 3CSGA 3PGFA 1GR2A 2UYFA 2ONRA 1SVXB 1B5IA 2G93A 4NF4A 1O63A 1I69A 1IXHA 3T9XB 4DIGA 4GL8A 3HSTA 4OTEA 4RY1A 1OLAA 2XHDA 4Q5TA 3IJXB 3MQ9A 2XX7A 3MP8A 1USYH 2I3WA 4NF4B 4YU0A 3IR1A 1FTLA 2PT2A 3O28A 3TUSA 3KN8A 2PX1A 5BUUA 3VXCA 4FIMA 1PBQA 2F7BA 5I2NB 1B3EA 3VE1B 4OFLA 1SW4A 2HZKA 4P0IA 4PFWA 3G3JA 3TQLA 3GZGA 1SYHA 2QS4A 3QYTA 2F5XA 5TP9B 1JW4A 4R74A 4FEBA 5B70A 2DP8A 1IQ7A 5BWJA 5CBSA 5FHMA 4ZDMA 1B0LA 5I2KB 3DLNA 5CMMA 2XXPA 1N7XA 3PUZE 3R26A 2F7CA 4EUOA 3QUJA 5CMKA 3CI8A 1LGBC 4YB6A 3RY3A 3OO8A 2ZYMA 1A8FA 1PC3A 1MXZA 2XXVA 3JZJA 4O3BA 4YMBA 3SKPA 1LB9A 1PB9A 4EF2A 4KYDA 3KBRA 4TLMB 4OYVA 1B5HA 4FE8A 4R6HA 3KZGA 5H8QA 2PBWA 2XXRA 2O1MA 3T22A 3B6QA 3LSFB 4THIA 4U2RA 2NWJA 3KFMA 1T0KA 1ZMGA 3PPPA 3SESA 4X1BA 3QIMA 4N07A 3FZVA 2ANJA 2DS9A 3W15C 1DSNA 1FQDA 5I84A 2F97A 3E13X 1B4ZA 5ISUA 3KJ7A 1MRPA 2QMWA 5H8SA 3OSRA 4ELPA 1FQFA 4WEDA 3ZS6A 4IY6A 2NXOA 2ZYOA 3RN8A 2QRYA 2Q2AA 1Y4CA 3TODA 2DOJA 3USDA 4MBPA 1Y3QA 3IO4A 1IZ1A 4BDRA 4G8NA 1XVYA 3QK6A 4JWYA 1ATGA 3N5LA 4LZ7A 1N0TA 4KCDA 4FAJA 4YKPA 4OXVA 3FVOA 1FQBA 1IITA 5AE4A 1SD3A 2FNCA 1AL3A 3IOUA 3K2DA 5AA2D 1Y4TA 5H8HA 2DWHA 3KSXA 5H8FA 4FJPA 3PUYE 1D3KA 1MM6A 3F11A 3CG3A 1MXXA 2AL5A 5A5XA 1VSOA 3FJGA 3ONMA 3HN0A 5DEXB 4G68A 4Q30B 3MVWA 3K00A 5AA4B 2V25A 1B7UA 3PPQA 4H5FA 3ILUB 3Q29A 1MQIA 2Y7WA 4OWDA 4N6PA 4PFUA 2F6PA 4GQOA 3DP6A 2ONSA 3CRBA 3IX1A 5I56A 3CFLA 2FA7A 1XT8A 2I0BA 3VV5A 1AOVA 3MPKA 5KDTA 3N94A 2OWTA 5IAIA 3OEKA 1ANFA 4KHZE 1UTBA 1I6AA 4U23A 4ESXA 1M5FA 5JK4A 3T9UA 2W7YA 1M5BA 3GBAA 2G29A 4OZ9A 1B46A 4NMYA 4O3AA 1XOCA 3TELA 5EYFA 3C9HA 1B51A 2H98A 2A5TB 4GL0A 4R2FA 1FTKA 1XHYA 4RK2A 3TYHA 2OK2A 3FXUA 3HHFA 2AYSA 3TTKA 4Q0CA 3VXBA 1ZBMA 3G3IA 3TQWA 4GXSB 3E4RA 3CR9A 1B1HA 1DOTA 1XC1A 4PFYA 5EHMA 3I6VA 1MDQA 1A54A 1CE2A 2RC8A 1B32A 4R6YA 3KOTA 1B4HA 1Z7NE 1UIVA 1JETA 4F29A 1JQFA 3TKDA 4GOTA 4NF8A 3FIRA 4ZEIA 5I57A 5K2YA 3FASA 1LCFA 1H3DA 4R72A 1MXVA 3UN6A 1R9LA 2IA4A 4GD5A 1OVTA 1QKBA 3PD9A 1URGA 3KGCA 3KSJA 3PD8A 2D3IA 2VD2A 4X9TA 1TFDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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