5CI5A

Crystal structure of an abc transporter solute binding protein from thermotoga lettingae tmo (tlet_1705, target efi-510544) bound with alpha-d-tagatose
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
393
structure length
393
Chain Sequence
SKTLTIWIGGQVAELDETWNSVIKTFEEKYGISVEVQLFGFDTYYDKLVTALQAGKGPDLAFADLGGWVPTFAEKGWLEPMEEHLKNWEGTAQIWPNLWPTVTYKKIRYGLPWYTDCRLLLYNKAMFEKAGLNPDNPPKTWDELLDAALKITDTKNRIYGYGVSGTKTEHTTLGYMMFLYAAGGKLLTDDYSKAAFDSPEGLKALKFYTDLAKKYNVSPNAIQYHEDDYRNMMAQNRVAMAIGGPWSFPLIEAANPDIAGKYSVALHPYDAKPASVLGGWALVIPSSSPNKEDAWKLAEYLTSFDVWMKWVEEKGGPMPTRMDVCKKSKLANDVKWQIIFETFPHAVARPPIPQYPQISEQIQTMVQRVLLGELTPEEAIKIAAENVNKILGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of an ABC transporter Solute Binding Protein from Thermotoga Lettingae TMO (Tlet_1705, TARGET EFI-510544) bound with alpha-D-Tagatose
rcsb
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 1
molecule tags Sugar binding protein
source organism Pseudothermotoga lettingae (strain atcc baa-301 / dsm 14385 / nbrc 107922 / tmo)
total genus 125
structure length 393
sequence length 393
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ci5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ci5A02
3PPQA 4LQ5A 4JWXA 2DQVA 3S9MC 2V3TA 3CVGA 1AIVA 3A3UA 4YAHX 3Q25A 4TOZA 1PBPA 4OXVA 3HPIA 3OO7A 4DE8A 3KSJA 3MC2A 4NF6A 1LFHA 2I4BA 1UIVA 4LATA 4FEDA 1B0HA 3U93A 1WODA 4ZEFA 5DVIA 1UTHA 1JNFA 1TFDA 3SEYA 1FQAA 1ZU0A 4MLQA 5KDTA 1MQHA 1M5CA 1URGA 2QJEA 1GVCA 4G68B 3DP6A 5CBRA 3N94A 2HFBA 4R74A 1P1UA 1MQIA 1N3WA 1A8FA 4YU0A 4UA8A 1POTA 5F7VA 3TMGA 4DCXA 2Y7KA 4IO7A 4Q5TA 3BFTA 1NH7A 3V8XB 3QSLA 4QF9A 4R6YA 3RGYA 2RF1A 4KQPA 4GF8A 3KOSA 3LC8A 4RNSA 2ZYNA 3OENA 2QS4A 1UTBB 3LSLA 4NMYA 1SQYA 4OWDA 1GV8A 2ZYKA 3M8UA 2PVUA 2Q8JA 5A5XB 2QMXA 2VGQA 2ANJA 5L8DA 5J1DA 1Y3QA 1CB6A 3PMWA 1FTJA 3C4MA 4OTEA 1P1WA 4GVOA 2GHAA 1ATGA 5EHMA 3PMVA 1R9LA 5AA4B 1TWYA 4LONB 2B3BA 5FHNA 1CE2A 2V3UA 3LSWA 5CMCA 2H25A 5I57B 2V25A 3Q28A 3RTWB 4G68A 4H6DA 1QJMA 2RCAA 4QFOA 3N6UA 3RT8A 4OEVA 4MBPA 2O6AA 4GOTA 4ESXA 1ZMGA 3OO8A 4I9DA 2ZYOA 1IEJA 4YMAA 4QRZA 4XXUA 3H4ZA 1Y1MA 4RY1A 4FORA 3FGSA 3JZJA 3T9HB 2W7YA 2OZZA 4U4SA 2XXHA 3K6UA 1P99A 4YKJA 1POY1 5A5XA 3KBRA 4G8MA 3SESA 3B6QA 4E0WA 1I69A 1N84A 4YKPA 4IO2A 5EHSA 4ELPA 2WKYA 3QUFA 4F22A 5AA4A 4OERA 3GBAA 3OSQA 1D3KA 2R6GE 1VE4A 3LUYA 1A99A 4IY5A 3I6VA 3CG3A 5I59B 2IEEA 3CRBA 2ZNUA 1QVSA 1JW4A 1MG1A 1MH4A 5I57A 4G4PA 3QYTA 4HCWA 2GHBA 1USYE 1QULA 3M3FA 3RT6B 5CMMA 3ECRA 1Z7ME 4OYVA 1YPNA 3MP1A 1B05A 1H45A 2F7AA 3MAMA 4FE8A 4YZZA 3OELA 3W15C 1LFGA 3KSXA 3IORA 1URSA 4BDOA 4X1DA 1N3XA 4F2OA 2Z8EA 2ALUA 2R9JA 1N04A 1MPCA 4F31B 3H3GA 5ISUA 1SD3A 1B3GA 4JXIA 4IGTA 3O28A 5FTHA 4Q30B 2I0CA 3SEVA 3TTKA 2QS1A 3K1MA 4X48A 1N7XA 1ZJLA 1IUDA 4FAJA 1S50A 2DE3A 3U8QA 3K6XA 4OESA 2Q9TA 4ECFA 2Q2CA 4XKQA 5I59A 3EF7A 2DOJA 3TKDA 1EZPA 4WKMA 2F78A 1B9JA 2O51A 2DWJA 2B65A 1LCFA 1QUIA 2RINA 4C1TA 2XXWA 3S9NC 2YLNA 2XXRA 2B3FA 3IAZA 4EF1A 2OWTA 3IO6A 4POXA 1M5BA 4AB5A 4YKIA 3I3VA 2FA7A 5F1QA 4H67A 1TT1A 3SEWA 2ONSA 3WAEA 1N7WA 4Q0CA 1XVXA 3D4CA 1EH3A 4PP0A 4F3SA 3VV5A 1B5IA 1O64A 2DSFA 2QS2A 4ZE8A 1S7YA 3U1OA 1Y1ZA 3G3KA 4KCDA 1JETA 3FVNA 1Y4CA 3MW0A 3DLNA 1RYOA 4Z7EA 2F34A 4OFLA 2NOOA 2DVCA 3FVGA 3K1NA 4QSCA 2DYXA 4YKKA 3UGWA 4U4XA 3FASA 1LAGE 4MH5A 1BIYA 5CC2A 1Z7NE 2Z23A 4ESWA 3E3KA 4ZZEA 3L6GA 3TYHA 2NWJA 3FIRA 4LZ8A 1B52A 3IR1A 4RA1A 2ESNA 1US4A 3RLFE 2V3QA 2ZXTA 3PD9A 3PPRA 2REJA 5FHOA 1NNTA 3MZ9A 3CI8A 1ZTYA 5TPAB 2F6GA 3VVDA 4ZEIA 5CBSA 1XC1A 3IB0A 2DP8A 1FQDA 1SVXB 3KJ7A 3PUWE 1IITA 4G8HA 1Y3PA 4TQUQ 4MFIA 4H5FA 1B5HA 2V93A 1H44A 4L17A 3TODA 3V83A 2QRYA 1NMUA 1T0KA 1QUKA 5EYFA 5L9SA 1VR5A 2UVJA 1DPPA 3MVWA 2XXXA 4H65A 3SDFA 1MY3A 3HCQA 1NNKA 3P7IA 4YB6A 1VFDA 3PGFA 4DZ1A 3MVYA 3UN6A 4LA9A 1GR2A 1RYXA 1HSLA 3G3GA 1AH5A 2HZLA 2PYYA 3E9XA 4NE4A 1US5A 1TFAA 1B1XA 3RN8A 3E4RA 3QXMA 1JEUA 2P0SA 2XXYA 4EF2A 4G8NA 3S4UA 5HM4B 1NNPA 3T96B 4F39A 1I6BA 2R71A 3K0VA 3VXBA 1A40A 5CM6A 2FYIA 4GD5A 1XHYA 1FTMA 1M5DA 5CRYA 3T9VA 4R75A 3THIA 4ZEDA 2GFEA 5AA3A 1M5FA 4N13A 4GRKA 5TPAA 2D3IA 1GGGA 1QKAA 2H98A 1H76A 4XKPA 3IOVA 2NUVA 3CFXA 1MM7A 3FJMA 3QK6A 1FQEA 3PMXA 3TQLA 1J1NA 4P11A 3KN8A 2HEUA 1A54A 3PD8A 1AOVA 3FATA 3FD3A 5AA2B 1P1NA 4ZEKA 3O6IA 5CI5A 3SERA 1IXGA 3DELB 4QHQA 1SYIA 4U21A 3BBRA 2ZNTA 4F18A 2HQ0A 3CSGA 2G29A 4MLVA 1DPEA 5BWJA 5B70A 1B0LA 1JQFA 3OSRA 2DVZA 3JV9A 2RCBA 4OMBA 3H06B 3RQTA 4K3FA 5KCJB 4HS7A 3QUJA 3T22A 2F97A 5L9OA 1OVTA 4OHNA 3D4GA 2O7IA 3KN3A 3KGCA 2GH9A 3SEUA 3T9UA 3RNNA 3TEPA 3DP4A 4HTGA 4Z0IA 4FIMA 3N5LA 2X7PA 3MZBA 3O29A 3MPLA 2ABHA 3OD7A 2PT1A 4GXSB 1H43A 1Q1KA 4ZECA 1XT8A 3TFLA 3LBSA 1Y20A 1PB9A 4PFWA 4KR5A 1QKBA 2OCUA 3RTFB 5ICQA 3O6HA 2HCAA 4WEDA 1Y4TA 5AA2A 3DP8A 4P0IA 2Z8FA 3PUVE 3KZGA 3T93B 2Z22A 1DSNA 1UTBA 1B4HA 4IY6A 4GL0A 3T66A 3L6HA 3W9WA 4ZEBA 2HAUA 3FJGA 2DWHA 4KI0E 2Y7WA 4QSDA 5DT6A 4F3PA 2XXTA 1LB8A 2O7UA 3PPNA 5KCJA 4C1UA 3MQ9A 3N6TA 3U94A 3TUSA 2E0SA 3B7DA 4LQ2A 3K01A 4IGRA 4EXLA 4RPNA 1URDA 3TTRA 3EHTA 1BKAA 1ELJA 3K6WA 3V89B 1JVXA 3UORA 2RC7A 5H8NB 1DMBA 4KYEA 1LAHE 3H6VA 1NFTA 3QAXA 3UIFA 1SW5A 3KFMA 3PUYE 1LAFE 3CFZA 3TDJA 1B58A 2IA4A 2FNCA 3K00A 3GLBA 4GFRA 1LSTA 4OETA 4PE5B 4LVQA 5TP9B 4GIZA 4YICA 4OFJA 3OEMA 5M2VA 2DS9A 1B32A 5DTBA 5HPQA 5L9MA 4DXBA 3BFUA 1GTKA 2RC8A 1MRPA 3FV2A 3KG2A 3IO4A 4R72A 5H8QB 4LP2B 3KJTA 1NKXA 5IAIA 1MY4A 3C32A 1B2HA 4F3GA 3U72A 3FJ7A 3GBBA 4EQ7A 4YB7A 2UYEA 4RPOA 4M1VA 3VLUA 4LUBA 4KCCA 2I3WA 4O3BA 3H6UA 4XKRA 3C34A 1LLSA 1D9VA 1IQ7A 1OLAA 4OFOA 3MP6A 4TLMB 4BDRA 2ZMBA 4IO6A 4AQ4A 1OQHA 4ELQA 5K2XA 4U22A 1ZLQA 1MXVA 2PMSA 4JDFA 5H8NA 4FECA 4ELOA 1SW1A 2G93A 4R2BA 4LZ7A 4DLDA 2UXAA 2P2AA 4X1BA 1XVYA 5TP9A 1KWHA 3LSXA 4E0XA 4N07A 3FVOA 1R6ZA 4R2FA 2KLFA 5I58B 2V84A 1TXFA 4P0GA 2ONKE 5H8QA 2O69A 2H9BA 3EHSA 4RJZA 1SYHA 3EN3A 1MXXA 4DCYA 4H0WA 4BDNA 2AIXA 1FTKA 2XX9A 4RXLA 2AL5A 1HSJA 3T9XB 2QSXA 1SI1A 1D4NA 1MXUA 3IK6B 3VE1B 2XXIA 4PQJA 4PFUA 2XD3A 4FEBA 3TCGA 4F29A 1PDAA 2H99A 3Q29A 2O1MA 3EPEA 4DIGA 1USYH 2F5XA 1B5JA 4YMBA 1OQGA 3OO6A 4ND9A 3C35A 2RC9A 2VOZA 4JWOA 2DE4A 1II5A 3O6GA 1DTGA 1Q35A 3H7MA 1RKMA 5ITOA 3FUZA 1PB7A 1PB8A 4U1ZA 2X26A 4LZ5A 3Q27A 3IB2A 4DDDA 3G3FA 1B7ZA 4QFNA 1WDNA 3CR9A 2XHDA 3WAFA 5I58A 4C0RA 4AB6A 2RKMA 3B6TA 3HN0A 5FTIA 4Q8RA 1I6QA 4ZDMA 3CFLA 1MQGA 2Y84A 3H03A 3FZVA 4ZZAA 3KEIA 3M3KA 4NF5B 2I58A 2OJTA 3ONMA 1P1OA 4R73A 5JK4A 1R1NA 3G7WA 4QFKA 4IO3A 2Q88A 4NF8B 1IXIA 5H8FB 2P1SA 3O2AA 2DWAA 1P1QA 3UK4A 4HCYA 1FQFA 1LCTA 3MVXA 1JW5A 3JYRA 3G3HA 3O66A 4F1YA 4GLIA 4XKNA 2BJJX 2REGA 4QSEA 3A3CA 3OEKA 4IO5A 4U2RA 1AL3A 3VDFA 4OEUA 2XX7A 1ZKBA 3IJOB 5I2KB 1FCKA 1LGBC 1OVBA 1WVJA 3EHUA 2HAVA 4BLAA 3CSBA 4O3AA 3UP9A 2O68A 5ICTA 1B3FA 2Z8DA 3O9PA 4X9TA 4ISUA 1OIBA 4R9GA 3IL1B 3PUZE 1DOTA 5DVJA 2VP1A 1FTLA 3HSTA 2ZNSA 2I49A 5JTYB 4ONYA 4EQBA 4NF5A 3S2VA 1R9QA 4JWYA 1QW0A 2I48A 3OOAA 3TCFA 1FQCA 4NF8A 1UQWA 5IKBA 2I4CA 3PPOA 3K2DA 3C9HA 5H8FA 3IJXB 1MQDA 3TELA 3K4UA 3O97A 4OQOA 3W9VA 4FATA 1D9YA 4F1UA 1JEVA 2PT2A 2VD2A 1ANFA 1N0TA 3TZAA 3H6TA 4NWCA 3IOTA 2XXUA 2QPQA 5CMBA 1FW0A 3ZSFA 3SKPA 5I2KA 1EZ9A 2XD2A 5I84A 5HBCA 2X7QA 3C31A 3VVFA 3HO7A 4F19A 4PFYA 1Y3NA 1JW1A 3VLWA 3R26A 3RUMA 1DTZA 3GXAA 2OBGA 2Y7IA 1JVYA 2D5WA 2AL4A 4RK2A 1YAEA 5JTYA 3I5OA 4KHZE 4M4GA 3G3JA 3HHFA 1XS5A 1MQJA 2VHAA 4ZS9A 1SBPA 3PV0E 4GWOA 2F8DA 5AE4A 3GZGA 4O3CA 1SDXA 3KOTA 4EUOA 2THIA 1A8EA 4R9FA 1B7HA 4JB7A 3TTNA 5H8SA 2XXVA 4G68C 2YPNA 3G3IA 1OMPA 2H5YA 3F11A 4QFPA 3TQWA 4GL8A 3IOWA 3RPWA 3VFJA 3MVZA 4PFTA 4OZ9A 1IZ1A 2XXQA 3LSFB 4ZE9A 3BKIB 3CG1A 3N26A 2PX1A 2A5TB 1YTVA 5TU0A 1B3EA 1F9BA 2I0BA 3USDA 5CMKA 4F3BA 3RY3A 1MPDA 2F7BA 4NF4B 2QMWA 3OO9A 4EXKA 4THIA 1M5EA 3ILUB 4MF3A 2A5SA 3TPAA 4I8CA 1MS7A 3ILTB 1LBCA 3KN7A 3MPKA 1PBQA 2UVGA 1B46A 2OK2A 2F6PA 5ELVA 2UYFA 5I2NB 1A7LA 2UVHA 1EZOA 3R6UA 2DXYA 2NXOA 5I56B 3IOUA 2OLBA 2OWSA 3AXFA 2E1SA 3FXUA 3B6WA 4H1XA 4EDPA 2XX8A 3HV1A 5LOMA 4R6HA 3E13X 2DWIA 4HW8A 3C36A 5DYHA 1NL5A 5K2YA 2CZLA 2Q89A 2D21A 4OENA 1NNFA 1BLFA 3ODBA 2YJPA 4I62A 1MXWA 3VXCA 3SEXA 4FJPA 3QIMA 4R6KA 4ELRA 4PETA 1B7UA 1MXYA 4G2ZA 3FVKA 1A55A 2A5TA 3TTLA 1AMFA 2Y7PA 4F1VA 4KYDA 3ZKLA 1MY0A 4NF4A 3VVEA 4N6PA 3MWBA 1MPBA 2GRVA 2LAOA 2Y7RA 1LFIA 4KFQA 1VSOA 4RYAA 2O84X 2HZKA 4G77A 5FHMA 1PC3A 4IO4A 1XOCA 1HSEA 2AYSA 4KYSA 5I2NA 4BDMA 5I56A 4WXJA 3EQ1A 4TLLB 4NWDA 4H8JA 1L5TA 3UA8A 4GQOA 1EU8A 3HHGA 3S9EA 4RK9A 1NH8A 1ZIUA 2ZYMA 3OMBA 2DE2A 3CIJA 1B3HA 4XTCQ 3TAJA 4I1DA 4U23A 1I6AA 2DXRA 1BTJA 3U92A 3VLVA 2I3VA 1O7TA 2PBWA 3A09A 3IX1A 4OVJA 3LR1A 1B3LA 3IB1A 1MDQA 1IXCA 1VFEA 1SI0A 5JEIA 1B1HA 1N76A 3TCHA 1MM6A 4H8IA 1MDP1 4IB2A 2O1LA 3Q26A 2XXPA 1Y9UA 1MXZA 2HXWA 2F36A 1UIUA 3R7XA 5B7DA 4KD5A 5DEXB 3OXNA 3SETA 1BP5A 3MZ1A 2NVUB 3PUXE 3S9LC 1IIWA 2M8CA 5H8HB 4H5GA 2F35A 4YB5A 1PEBA 2CMOA 1OLCA 3FXRA 5DVFA 3MJNA 4BDLA 4F2QA 1B51A 3DM0A 4NEDA 4NTLA 3V5AA 3PPPA 4U1OA 2I6EA 1LBBA 5AA1A 4XIGQ 5ITPA 2F7CA 3K1PA 1MH3A 3PU5A 3ZKKA 4NF6B 1LB9A 3K6VA 1QUJA 2VD3A 1MY2A 2Q2AA 1B6HA 1IXHA 2QS3A 1UTHB 2ONRA 3MBPA 4BDQA 4JSOA 4POWA 1B40A 1FTOA 3M3LA 2UVIA 2H4IA 5KDTB 3H6WA 1H3DA 1YCJA 5DEXA 4QFLA 1O63A 5BUUA 1LAXA 4DXCA 5AA2D 3MP8A 4EQ9A 1FQBA 1B4ZA 3MUQA 4JSDA 5KZTA 4DXUA 5H8HA 3TTMA 2QL3A 1S9TA 4KPTA 4JBZA 1MY1A 1SW4A 4WEPA 3K02A 3FXQA 1SW2A 3FV1A 3ZS6A 3C33A 4GXAA 4UACA 1ZBMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PPQA 4LQ5A 4JWXA 2DQVA 3S9MC 4O7IA 2V3TA 3CVGA 1AIVA 3A3UA 4YAHX 3Q25A 4TOZA 1PBPA 4OXVA 3T0JA 3HPIA 3OO7A 4DE8A 4N91A 3KSJA 3MC2A 4NF6A 1LFHA 2I4BA 1UIVA 4LATA 4FEDA 1B0HA 3U93A 1WODA 4ZEFA 5DVIA 1UTHA 1JNFA 1TFDA 3SEYA 1FQAA 1ZU0A 4NGUA 4OA4A 4MLQA 5KDTA 1MQHA 1M5CA 5EYGA 1URGA 4O7MA 2QJEA 1GVCA 4G68B 3DP6A 1NV2A 5CBRA 3N94A 2HFBA 4AS5A 2B4MA 4R74A 1P1UA 1MQIA 1N3WA 2Q8MA 1A8FA 4YU0A 4UA8A 1POTA 5F7VA 3TMGA 4DCXA 1NV1A 2Y7KA 4IO7A 4MX6A 4Q5TA 3BFTA 1NH7A 2F3DA 3V8XB 3QSLA 4QF9A 4R6YA 3RGYA 2RF1A 4KQPA 4GF8A 4I3EA 3KOSA 3LC8A 4RNSA 2ZYNA 3OENA 2QS4A 1UTBB 4MIJA 3LSLA 4NMYA 1YZ0A 2WYPA 1SQYA 4OWDA 1GV8A 2KR0A 2ZYKA 3M8UA 2PCRA 2PVUA 2Q8JA 5A5XB 2QMXA 2VGQA 2ANJA 1VDWA 5L8DA 5I3SA 5J1DA 1Y3QA 1CB6A 3PMWA 1FTJA 3C4MA 4OTEA 2FHYA 1P1WA 4GVOA 2GHAA 1ATGA 5ET5A 5EHMA 3PMVA 1LEVA 1R9LA 5AA4B 1DCUA 4GX6A 2CZKA 1TWYA 4LONB 2B3BA 5FHNA 5EQ8A 5IZ3B 1CE2A 2V3UA 3LSWA 5CMCA 2H25A 2HHMA 1KA0A 5I57B 2V25A 3Q28A 3RTWB 4G68A 1AWBA 4H6DA 1QJMA 2RCAA 4QFOA 4GX4A 1IMAA 3N6UA 3RT8A 4OEVA 4MBPA 2O6AA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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