5CRYA

Structure of iron-saturated c-lobe of bovine lactoferrin at ph 6.8 indicates the softening of iron coordination
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
Knots found
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of iron-saturated C-lobe of bovine lactoferrin at pH 7.0 indicates the softening of iron coordination
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 111
structure length 348
sequence length 348
chains with identical sequence B
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2015-07-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cryA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cryA02
3KGCA 3H3GA 5JEIA 5JTYA 3RUMA 4QSDA 3V5AA 3N5LA 5EHSA 4H8IA 4JXIA 3AXFA 4ZECA 4ZZEA 4IO4A 2XXHA 3RTWB 4JWOA 3K6XA 1MPDA 2Q9TA 2ABHA 2ZYOA 4H65A 1ZJLA 4JSOA 4YICA 3GXAA 1SI0A 2H5YA 2HAUA 5M2VA 3N6UA 2R9JA 3TYHA 2OCUA 5AA2D 4LQ2A 1MY4A 5I2NA 3PUZE 3T9HB 4FORA 5CMMA 2QSXA 4QFOA 1B05A 1D9YA 3PUYE 4RPOA 5AE4A 3T93B 3R7XA 5AA2B 3WAEA 3HO7A 4PQJA 3BBRA 5I84A 3I6VA 3O6HA 2REGA 3E3KA 5K2XA 2F5XA 4F18A 4PFUA 3KBRA 3E9XA 2PVUA 2V93A 3E13X 1P1NA 2THIA 5H8FA 1AL3A 4YB5A 2HEUA 3FJMA 1POTA 1UTHA 1HSJA 1URGA 4G68B 3MZ1A 2QRYA 3GZGA 2NVUB 3IB1A 4M4GA 1IQ7A 3IR1A 3LC8A 4FAJA 4EXLA 2XXXA 2XXPA 3IJXB 4NWCA 4OQOA 1WDNA 3S4UA 3T66A 5L9SA 4ZEFA 1MXUA 4FIMA 4RA1A 1O63A 1P1UA 4BDQA 3SERA 1P1WA 2ZXTA 3MW0A 3K1NA 4IO7A 5FHNA 1LCFA 4XKPA 4DLDA 5H8SA 5FTIA 2ZNUA 4U1OA 4ZE9A 1B3FA 3M3FA 2O68A 3KOSA 4G8HA 5CC2A 3RT6B 3PPPA 1NNPA 3OXNA 4OVJA 3H7MA 2O69A 2QPQA 1LAGE 3KN8A 1JQFA 3PGFA 2I58A 3CG3A 4AQ4A 1ZU0A 3OO6A 4WEPA 3K02A 2DE3A 3U92A 4ISUA 2I3VA 4LQ5A 4N07A 4F29A 3MP6A 3ZKLA 2O7UA 1ZKBA 4UACA 1Q1KA 1ATGA 2ZYKA 1O7TA 2PBWA 4QFKA 1B46A 5B7DA 4POXA 3OSQA 5JTYB 1M5BA 2P1SA 1AH5A 1B51A 4RK9A 4GFRA 3UORA 1XOCA 2HFBA 3LSFB 1P99A 1N3XA 2FA7A 2E1SA 2OWSA 4ONYA 3SEVA 5KDTA 3TPAA 1B3HA 3B6QA 1OLCA 3OELA 1Y4TA 2F36A 2DWIA 4JBZA 4PFYA 1OVBA 2DS9A 2HZKA 3LSXA 1DMBA 4KFQA 1GVCA 5I2NB 3RY3A 3L6GA 3CSBA 1ZLQA 5KCJA 2O7IA 3RGYA 1NFTA 4ELQA 3F11A 3L6HA 4Z7EA 1B6HA 3O9PA 1JEUA 3TCHA 5DVJA 1XT8A 1IITA 1B7ZA 2UVHA 3LUYA 1DPEA 3OO9A 4G4PA 2QL3A 1AIVA 4LP2B 4X48A 1NKXA 3FJGA 4MH5A 4DCYA 1FQAA 5HM4B 3SKPA 1IXHA 5I58A 3BFUA 2AL4A 5TU0A 5H8FB 3ONMA 4HW8A 1UTHB 4QFPA 2ONSA 2YPNA 2UVJA 2H25A 3UP9A 2R71A 1BLFA 5ITPA 1RKMA 3Q26A 2QS1A 2HQ0A 3C32A 3CFXA 3CSGA 1LAFE 3IX1A 1DOTA 1N84A 2RKMA 4R6YA 5I59A 2V3TA 1NNKA 3OMBA 2HZLA 5H8NB 1JVYA 1XC1A 1IXCA 3PMXA 3A09A 1FQDA 1QUKA 4F19A 4NTLA 1MPBA 5TP9A 3LBSA 1MXVA 3QXMA 3ZKKA 3A3UA 1H3DA 3EF7A 3PD8A 3S9LC 4QRZA 1PB9A 4NF6A 2VD2A 5CM6A 2Z8EA 3MQ9A 4FJPA 4OESA 3P7IA 3HPIA 2GRVA 4LZ8A 3D4CA 2V3UA 3T9XB 2XXUA 4HS7A 4IO6A 4FATA 4GQOA 3IO6A 3KG2A 4N6PA 2DXRA 3S9NC 1NNTA 2A5TA 4G77A 1FW0A 1N7WA 4LZ5A 1S50A 1FQCA 3OENA 2HCAA 2V84A 3I3VA 2H99A 2H4IA 1FTKA 4OXVA 4PE5B 4KD5A 1POY1 3T9UA 1FTOA 1MG1A 4LATA 1NH8A 3MC2A 4DZ1A 3H6TA 3PPQA 4NF4A 3I5OA 2NWJA 4X9TA 2QMXA 4KHZE 4L17A 5KDTB 2FYIA 2VD3A 3ILUB 4TOZA 4KQPA 1I6QA 3FATA 4O3AA 2HAVA 3PU5A 3HN0A 1VSOA 2AYSA 1B40A 4JWXA 3B6WA 5KCJB 2GHAA 4RNSA 3R6UA 1PDAA 2GH9A 3JYRA 3VXCA 2UVGA 3Q27A 3V8XB 4ELPA 1QULA 3ILTB 3IB2A 3IOTA 4LVQA 4F1YA 4G68C 1LGBC 4BDMA 2E0SA 5L9OA 3MUQA 3TFLA 1ANFA 1D3KA 3GBAA 1RYOA 3EHTA 4IB2A 1B1HA 1A40A 1MH3A 2UYFA 1SD3A 4GXSB 4HTGA 1R9QA 4WEDA 2I4CA 3PMWA 4O3CA 1US5A 1B0LA 3KSJA 4KYEA 2RCAA 3CI8A 4EQ9A 3UN6A 2ANJA 1S7YA 4Q5TA 2NOOA 3HV1A 5I59B 4F3BA 2W7YA 3VV5A 4MLQA 2YLNA 4RY1A 5AA1A 5DVFA 1I6BA 5TP9B 1YAEA 4BDLA 3MZ9A 5F1QA 4ZS9A 3OOAA 4JB7A 2ZNSA 3K00A 4WXJA 4IGRA 1Z7ME 5I56A 1PB7A 2XD3A 1GTKA 4KCCA 4F3PA 1SW4A 3KN3A 2PT1A 4I62A 3CIJA 2AL5A 1M5DA 3IO4A 5CI5A 2Y7RA 4IGTA 1Y3NA 1Y1ZA 2OK2A 4F31B 3K1PA 2G93A 1VR5A 1LFIA 2PYYA 4F3GA 4QFLA 3T9VA 4QHQA 3THIA 1TFAA 4OYVA 3KEIA 3OO8A 4GF8A 3FGSA 1YCJA 2QS3A 2A5TB 2OLBA 2I3WA 3K0VA 4F39A 3K1MA 3TKDA 1LBCA 4PFTA 1R9LA 3TEPA 1FTLA 3BKIB 1ZMGA 4OENA 2Q88A 3ECRA 4F1UA 4G8MA 4IY5A 4KYSA 4NF4B 4R9GA 4R2FA 1NH7A 2ALUA 4R2BA 4U4XA 4DCXA 1YTVA 4GRKA 3PD9A 4KCDA 4EF2A 5CRYA 4ZEDA 3CR9A 3IOUA 1S9TA 3PUWE 1MQGA 3ZSFA 4BLAA 2LAOA 4YAHX 3OD7A 2OWTA 2ZYMA 2G29A 3C35A 4RYAA 3DLNA 1EZ9A 1D4NA 3MPLA 5ICQA 1QUJA 4POWA 4F2QA 2CZLA 3FIRA 3FZVA 3EHSA 3V89B 3QIMA 2FNCA 5CBRA 1B9JA 3Q25A 1SYHA 1AMFA 4U1ZA 3OSRA 1R1NA 3QYTA 3MJNA 1QUIA 4XTCQ 4P0IA 2Q2AA 4R73A 3TTNA 3VVDA 1IEJA 3UK4A 4XKNA 3K6WA 1QKAA 1Y3QA 5DVIA 2Y7IA 2XXYA 1ELJA 2VOZA 3QUJA 3FVNA 2F7BA 2Q2CA 4KR5A 4OEUA 1WVJA 4GIZA 4ZE8A 1OMPA 2RCBA 2M8CA 1SYIA 2GHBA 3PPOA 2NUVA 2QS2A 3PPNA 2OJTA 2Y7WA 2BJJX 1QJMA 2Z23A 3FVKA 3S9MC 1B5HA 3IAZA 1LAHE 3U1OA 5H8QA 1UTBA 2Y7PA 3BFTA 1F9BA 1UIVA 4XKRA 5EYFA 4DXBA 3USDA 4WKMA 2A5SA 3C31A 5I56B 4BDRA 3EPEA 4E0XA 3N94A 4GOTA 3OEMA 3FVGA 3O28A 4GL8A 4K3FA 1SDXA 3S9EA 1MRPA 3IOWA 4ND9A 4ESXA 3ODBA 2ONKE 4MBPA 4EXKA 1USYH 2X26A 5H8HA 1Y4CA 4G8NA 2IEEA 4LUBA 1XVXA 3MPKA 1B4HA 3G3GA 2RC9A 2O1LA 4NF5A 3N26A 1DPPA 4H0WA 4BDNA 4HCWA 4GL0A 5JK4A 1PBPA 1J1NA 1B0HA 2DWAA 3PV0E 1JW4A 4OEVA 4TLLB 4R75A 3MVWA 2DXYA 4MFIA 3FD3A 1MY2A 1EZPA 5ELVA 1LBBA 3B6TA 1B52A 4GWOA 5F7VA 2OBGA 2DWJA 3FVOA 3FXQA 3DM0A 1JEVA 1N76A 2B65A 3FXRA 1Y3PA 4X1DA 2XX7A 2Y7KA 2DQVA 4HCYA 5B70A 1DTGA 5FHOA 4P0GA 1WODA 4E0WA 4YB7A 3O6GA 4FEDA 1FTJA 4OTEA 4C0RA 3EQ1A 3LSWA 1Y1MA 3U93A 2F8DA 1PBQA 1A7LA 1MQJA 2O1MA 4OFOA 1L5TA 3LSLA 1P1OA 4PP0A 4MF3A 3TTKA 3KJTA 5LOMA 3TQLA 4F2OA 5BWJA 4Q30B 1RYXA 3EN3A 1SW2A 3IOVA 4BDOA 3PPRA 2Z8DA 4QFNA 4YZZA 3SEYA 1I69A 1TXFA 5KZTA 2XXQA 5K2YA 1Q35A 1A8EA 5EHMA 1FQFA 2I6EA 3TELA 4RK2A 3MZBA 1MDQA 2QS4A 1TT1A 3HHGA 3OO7A 4RJZA 4GD5A 1ZTYA 1QW0A 2DWHA 2B3BA 5H8QB 1UTBB 3MBPA 1H45A 4IY6A 1H44A 3MP1A 1MQIA 3DP8A 3FXUA 5I2KA 4DIGA 1MXXA 4FE8A 2YJPA 4YMBA 4I1DA 1USYE 3HSTA 1ZIUA 1B7UA 2QMWA 3M8UA 4H1XA 4YB6A 4R74A 3KZGA 3C34A 1MH4A 1OIBA 4PFWA 4UA8A 4YKIA 3VLVA 1MQHA 2XXWA 3UA8A 1VE4A 1FTMA 1EH3A 3VE1B 3QAXA 3VDFA 2F78A 5H8HB 5I58B 3IK6B 4U2RA 4OMBA 3Q29A 2AIXA 3O2AA 3KJ7A 4EUOA 3H03A 4NF5B 2XD2A 1TFDA 1N0TA 1XHYA 3W9WA 2PX1A 1URDA 3TCFA 2XXRA 4FEBA 1PB8A 1SW5A 1VFDA 3RPWA 4U22A 4AB5A 4RXLA 1B2HA 4NMYA 1B5JA 3K2DA 4AB6A 2B3FA 2VGQA 4JWYA 3Q28A 4EDPA 1B3EA 3TMGA 4R72A 3VLUA 1SBPA 2Q89A 3TUSA 4DE8A 1CB6A 4EQBA 2DSFA 1JW1A 3TZAA 3JZJA 1LLSA 4NWDA 3H6VA 1A54A 3TDJA 5FHMA 2OZZA 2PMSA 3CVGA 1LFHA 1YPNA 5TPAA 4QF9A 4NF6B 3R26A 4RPNA 4ELOA 3IB0A 2O6AA 2F34A 1B7HA 1O64A 4PETA 4U21A 5DEXA 5IKBA 1URSA 2RINA 5L9MA 4OERA 4EQ7A 2H9BA 4R9FA 4ELRA 2I48A 1MPCA 2UVIA 1MM7A 3FV1A 1Z7NE 2Y84A 4LONB 3VXBA 1B5IA 3FUZA 3HCQA 1MDP1 1PC3A 3IL1B 2Z8FA 2ONRA 4YKPA 3TTRA 3N6TA 2XX9A 5ISUA 1SVXB 2F6PA 1H43A 1I6AA 1GV8A 4NEDA 3CRBA 1A8FA 1LB8A 3O66A 5I57A 2O84X 5ITOA 3MWBA 4H6DA 4I8CA 4Q0CA 3A3CA 3RLFE 4YU0A 2O51A 4TLMB 3VVFA 3LR1A 3MP8A 4THIA 2RC7A 5CBSA 5ICTA 3O6IA 5HBCA 2VP1A 4DXCA 4R6KA 5L8DA 3HHFA 3UIFA 4C1TA 2XHDA 2XXVA 1MY0A 4ZEKA 3C9HA 3U72A 2I4BA 4NE4A 1QKBA 2NXOA 3UGWA 3DP6A 3C36A 1DTZA 5I2KB 4ZEBA 2ZNTA 3SDFA 1XS5A 4ZDMA 5H8NA 3TTMA 1EU8A 1HSEA 1MXWA 3SEUA 5A5XA 3KSXA 2V3QA 1N04A 3OEKA 3IORA 5CMBA 1OLAA 5HPQA 5IAIA 4I9DA 3KFMA 3QUFA 4YKJA 3WAFA 2H98A 3TQWA 2D21A 3MVZA 3KN7A 1LB9A 1MXYA 4H5FA 4KPTA 1OVTA 5AA4A 3TCGA 3DELB 1NL5A 1N3WA 1XVYA 4YKKA 1IIWA 3ZS6A 2F6GA 1JNFA 1KWHA 4ECFA 3RN8A 4ESWA 4KI0E 3T22A 1M5EA 1B1XA 2IA4A 2V25A 4Q8RA 4TQUQ 4GLIA 4JSDA 1AOVA 2DE2A 1B4ZA 1P1QA 4DXUA 2VHAA 4QSEA 3B7DA 2D3IA 4XIGQ 1OQHA 3IJOB 3G3JA 5CMCA 1NNFA 4F22A 2UXAA 3FV2A 3RNNA 4N13A 5TPAB 4O3BA 4DDDA 4R6HA 3VFJA 5DYHA 1IZ1A 4M1VA 1MY3A 1GGGA 2KLFA 3TTLA 1LFGA 4QSCA 3VVEA 5DEXB 3O29A 2X7PA 4P11A 4U4SA 2XX8A 3MVYA 2X7QA 3RT8A 5J1DA 3MVXA 4LZ7A 2DVCA 3SEXA 2UYEA 5FTHA 3TAJA 3U8QA 1MM6A 4NF8A 5AA3A 4EF1A 1UQWA 1SI1A 3V83A 3K01A 5DTBA 4F1VA 5I57B 1FQEA 2F7AA 1BIYA 1EZOA 4ZZAA 1LAXA 1R6ZA 2CMOA 4OFJA 4Z0IA 2PT2A 4H67A 5BUUA 4OZ9A 3K4UA 3JV9A 1II5A 2I0BA 4OHNA 1TWYA 1B3GA 3W15C 1DSNA 4KYDA 2D5WA 1SQYA 1M5CA 3PUXE 3M3KA 3VLWA 3PUVE 2Q8JA 1VFEA 3G3HA 1LSTA 3RTFB 1B58A 1A99A 2ZMBA 3W9VA 3SESA 3S2VA 3TODA 2DVZA 1Y9UA 1BP5A 1FQBA 5A5XB 2HXWA 4LA9A 1LCTA 3G3IA 1H76A 3G7WA 1N7XA 3DP4A 4FECA 2F7CA 3KOTA 5AA2A 2I0CA 4YMAA 4H8JA 1MQDA 3C4MA 2GFEA 3GBBA 1MY1A 1OQGA 1MS7A 5AA4B 1UIUA 3H6WA 2R6GE 3SEWA 1IXIA 2RC8A 4GXAA 1BKAA 4XXUA 3U94A 1HSLA 4G68A 1Y20A 2I49A 1FCKA 3EHUA 4ZEIA 2WKYA 2F97A 4C1UA 1T0KA 4IO5A 2REJA 3K6VA 5DT6A 3MAMA 1CE2A 2DE4A 3QK6A 1MXZA 2Z22A 1A55A 2DP8A 1JETA 2P0SA 1SW1A 1US4A 1IUDA 1JW5A 3H06B 3K6UA 3QSLA 4H5GA 3G3KA 1NMUA 1D9VA 3G3FA 3M3LA 2ESNA 1GR2A 2XXIA 4IO3A 3D4GA 3T96B 4GVOA 3H6UA 2DYXA 3RQTA 1M5FA 2ZYNA 3CG1A 3FASA 1IXGA 3CFZA 1QVSA 5CMKA 3H4ZA 4F3SA 2RF1A 4XKQA 2P2AA 3E4RA 1B32A 3SETA 4OWDA 3CFLA 4IO2A 4JDFA 4X1BA 1PEBA 4OETA 3O97A 1BTJA 3PMVA 4NF8B 3C33A 2XXTA 4G2ZA 1B3LA 1JVXA 2QJEA 4MLVA 4U23A 1ZBMA 2F35A 3GLBA 4OFLA 2DOJA 3FJ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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