5DVFA

Crystal structure of unliganded periplasmic glucose binding protein (ppgbp) from p. putida csv86
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
396
structure length
389
Chain Sequence
NPGTVDVLHWWTSGGEAKAVETLKQQIQKDGFIWKDNAAAMTVLKTRAISGNPPSAAQIKGPDIQEWGALGLLTELDDVAAANKWDDLLPRQVADIMKYDGHYVAVPVNIHRVNWLWINPQVFDKAGAKVPTTLDELFAAADKLKAAGFIPLAHGGQPWQDSTVFEDLVLSILGPKGYHAAFVDLDEKTLTGPQMTEAFATLKRLGTYMDPNRAGRDWNIAAAEVINGKAGMQIMGDWAKSEWSAAGKVAGKDYQCVAFPGTQGSFAYNIDSLAMFKLKDANDIKAQNDLAKVALEPEFQTVFNQNKGSLPVRQDMDMSKFDACTQKSAADFKEAAKGDGLQPSMAHNMATTLAVQGAIFDVVTNFLNDPQAEPATAVKQLNAAIKAAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High Resolution Structures of Periplasmic Glucose-binding Protein of Pseudomonas putida CSV86 Reveal Structural Basis of Its Substrate Specificity
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas putida csv86
molecule keywords Binding protein component of ABC sugar transporter
total genus 140
structure length 389
sequence length 396
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dvfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dvfA02
1FQBA 3KOSA 2H9BA 2AL5A 4X48A 1XT8A 1DPEA 3U72A 1LAGE 3IOVA 3MC2A 1POY1 4XIGQ 1MQGA 1Z7ME 5H8HA 2V93A 3UA8A 2AIXA 5ITOA 3H6WA 4N6PA 1US4A 3CG1A 4EF2A 4U4XA 4KD5A 2B3FA 2O6AA 3K1MA 3T22A 3MVYA 4HS7A 2CMOA 1H43A 4ZS9A 3VVDA 5A5XA 2RC9A 4F3GA 1QULA 1QW0A 2PX1A 4NEDA 4RYAA 3JV9A 2HZKA 5DVIA 1PB9A 1MDQA 2A5TA 3S2VA 5H8HB 4DCYA 3SKPA 1KWHA 1EZOA 2KLFA 2DE4A 5CMCA 5I2NA 3CVGA 3RPWA 4AB5A 3VXCA 4OXVA 1EH3A 5FHMA 1DSNA 3HSTA 5DYHA 3M3LA 5A5XB 4KR5A 1LSTA 2XXPA 5JK4A 1XS5A 5CMBA 1OLAA 3TTLA 1WDNA 3IJOB 2UYFA 4RNSA 1IXGA 4U22A 1B4ZA 1TFDA 3Q28A 2A5TB 3UP9A 1NL5A 2I49A 2Y84A 3IJXB 3FIRA 1DPPA 4PQJA 4FATA 1H3DA 2NWJA 4OFLA 1LAXA 2XXQA 1MPBA 5I2NB 2X26A 3GZGA 1O64A 2B3BA 4DXUA 2F5XA 4G8NA 3IO6A 4F29A 3S4UA 5HPQA 4YMBA 3B6QA 1PEBA 1TXFA 3SEYA 1N0TA 3O29A 4OEUA 3OENA 3VLVA 4XKQA 1B52A 2ANJA 4G68A 5EYFA 5I2KA 4DDDA 1B1HA 1J1NA 4MLVA 1B40A 2OJTA 1SI0A 3U93A 5I58A 4DIGA 4LZ5A 2QS4A 1M5EA 3RTWB 4N13A 2NVUB 2DOJA 3C35A 1SBPA 3PPOA 3E3KA 4ESWA 3FVKA 1HSEA 1GR2A 2F7BA 1FQCA 4LP2B 3PU5A 1H45A 1D3KA 1B3HA 1N04A 1A40A 3W9WA 4IO3A 1S9TA 4G68B 4ZEBA 2DVZA 5I2KB 2Y7WA 3Q27A 4ELQA 2QSXA 5KCJA 5DTBA 4F2OA 1MY4A 1DTZA 3I5OA 1SYHA 4EQBA 1LGBC 5I58B 2DQVA 4LVQA 2O84X 1MQDA 3VXBA 3FJGA 3T96B 4QFNA 1AL3A 3H03A 3RUMA 2DXRA 1LCTA 1ZTYA 3ECRA 4RA1A 3CSBA 1MY3A 1FTLA 4U1OA 3UORA 5LOMA 2RC7A 2XX7A 3CI8A 1QKBA 2HAUA 4H5GA 1M5BA 3QK6A 4YKPA 3CR9A 3Q29A 4POXA 3R26A 4IGRA 5KCJB 3PMXA 4R2FA 3A3UA 4ZZAA 4QFLA 3PPPA 2I58A 3KFMA 3IO4A 5L8DA 5CMKA 2R71A 4OEVA 1CE2A 2F78A 3PV0E 1YPNA 4IO5A 1T0KA 3QAXA 4OENA 4KFQA 1MPDA 1B5JA 4F2QA 1N7XA 2QS2A 5EHSA 3CRBA 3H7MA 1R1NA 4GL0A 1QUIA 3TCHA 3N94A 2AL4A 4F39A 3PMWA 3SEUA 2RF1A 2Y7KA 4MBPA 1B51A 3FJ7A 4YKJA 1JVXA 4F1YA 2Z8DA 3KG2A 4WKMA 3K0VA 3VLUA 2FYIA 1OQGA 3RLFE 1I6AA 4XXUA 4BDRA 2DWAA 3OO9A 5BWJA 4IO2A 4I9DA 4NE4A 3MQ9A 3VDFA 2OCUA 5HM4B 1FCKA 4DXBA 4FORA 1IXIA 3G3GA 4PE5B 1I6QA 2Y7PA 1D9YA 2OZZA 4QSEA 3OELA 4R2BA 1PB7A 1N84A 2QL3A 4GFRA 1RKMA 1Q1KA 3OXNA 3KGCA 2YLNA 4FAJA 3GXAA 3U1OA 4F18A 1JETA 3WAFA 3UIFA 1IQ7A 3VVFA 1P1NA 2I0CA 5B70A 4LZ8A 2V25A 3KN7A 4NF4A 2ONSA 3T66A 2VHAA 4XKPA 3FJMA 4YICA 3MZBA 2F6GA 2REJA 2ONRA 4G77A 3B6TA 4TOZA 2Q89A 3USDA 4ESXA 4XKRA 3TUSA 1OQHA 3VE1B 3LSLA 3LSXA 3MZ9A 3RQTA 3TEPA 3BBRA 1IXCA 4O3BA 1MM6A 4NF5A 1YAEA 4QFOA 4BDNA 4NF6A 1S50A 3MWBA 2E0SA 3MP6A 3SESA 3M8UA 3DP8A 4WXJA 4OZ9A 2XXUA 3SEVA 1FQAA 1WVJA 4NF4B 1UIVA 1USYE 4OFOA 3O97A 2PMSA 3CG3A 4MFIA 1S7YA 2PYYA 3K2DA 4ELOA 1MM7A 3B7DA 1P1OA 3IK6B 3Q26A 5I59A 1Y1ZA 1YTVA 3CFLA 1B7ZA 3RT8A 1FQEA 4NF5B 1FW0A 3M3FA 1P1WA 3K00A 5TP9A 3KBRA 3E9XA 4H0WA 2UVGA 1VSOA 4NF6B 2OWTA 3H4ZA 4YB7A 3KSJA 4ISUA 3OSQA 4OQOA 1IITA 2OK2A 1N3WA 4ZE8A 5KZTA 4QFKA 1VR5A 2V84A 2I0BA 1B05A 1QJMA 4KYSA 2H25A 4ND9A 4FJPA 1URGA 2QMXA 1USYH 1PBQA 4HTGA 2GRVA 5IAIA 4Q5TA 5I59B 2QS1A 3MVZA 1MQIA 3DP4A 3V83A 1DMBA 1B32A 5M2VA 4R9FA 4R6HA 3KSXA 5TP9B 3L6HA 3SETA 2QJEA 4GF8A 5EHMA 2XXHA 1HSJA 4P0GA 4R72A 4GIZA 4NTLA 3W9VA 3C34A 4KI0E 1FTOA 3ZSFA 4QSCA 1MS7A 5I84A 3TQLA 1NNPA 2XX9A 2GFEA 3TYHA 1OMPA 4YU0A 5AA4A 4QF9A 2A5SA 2LAOA 3G3IA 4U4SA 3E4RA 2ONKE 2QMWA 5ELVA 1EZ9A 1I6BA 1B2HA 4QRZA 4YAHX 3HO7A 2XD2A 3CSGA 3QYTA 2F7CA 5AA2A 3CFZA 4RXLA 1B3FA 3IOWA 3SEWA 1R9LA 1Y9UA 1LBBA 4BDOA 4N07A 3C33A 4YB6A 2H99A 4ZEFA 4LQ2A 2YJPA 5AA4B 1AMFA 4Z7EA 1H44A 2NOOA 1OLCA 2PT2A 2IA4A 2W7YA 4QSDA 3PPQA 3LR1A 1SW2A 1YCJA 5DVFA 2O1MA 3TFLA 4YKIA 4M1VA 4JDFA 1B5IA 3N26A 3TKDA 1O7TA 3RNNA 3P7IA 1FTMA 3H6UA 3EQ1A 5AA2B 2V3QA 1Y4TA 3T9UA 4ZDMA 2QRYA 4R73A 1JW5A 5AA1A 1A8FA 2DP8A 2NXOA 5ISUA 2HAVA 2B65A 2BJJX 1LFHA 1B7UA 3KOTA 2I6EA 4GVOA 4OFJA 3F11A 1LBCA 2XHDA 3OEMA 4WEPA 5F7VA 4P11A 2PT1A 5ITPA 1XOCA 3VVEA 2F35A 4BDMA 2DS9A 3K1PA 3TPAA 4LUBA 4OTEA 3R6UA 3HPIA 1MXXA 4JSDA 5IKBA 1VFEA 1A7LA 3FV1A 4YMAA 2PBWA 1RYOA 4POWA 4F3BA 1MXYA 3O6IA 4H1XA 2OBGA 5DVJA 1SYIA 3N5LA 4OETA 2DSFA 3I3VA 1L5TA 4PP0A 3V8XB 4UACA 3RY3A 3T9VA 4DXCA 3QUJA 2Y7IA 1PB8A 1Y3NA 4C1UA 3T93B 3PUXE 1NH8A 1TFAA 4C1TA 4KCDA 2ZYMA 1B0LA 4JWYA 4H6DA 5K2XA 3O6HA 2IEEA 1VE4A 1Y20A 4DCXA 4G2ZA 1ZLQA 4BLAA 2OWSA 2F34A 3EN3A 2ALUA 3TCFA 3FGSA 4FE8A 5J1DA 5HBCA 3OEKA 3V89B 3FATA 1MH3A 3TTRA 2HZLA 4YZZA 2XXIA 4EF1A 3MVWA 3G3HA 5H8QA 3HCQA 3FVGA 3QIMA 4LATA 1EZPA 3FXQA 4F3PA 3FVOA 4Q0CA 4F1VA 1QUKA 2REGA 3A3CA 4H67A 2Z23A 1R9QA 2NUVA 1NNTA 3SEXA 3IORA 4FEBA 4G8HA 1QUJA 3OSRA 1A54A 5ICQA 5B7DA 3VLWA 3ZKLA 1P1UA 4ZECA 5TU0A 3DM0A 1LB8A 3IX1A 3JZJA 4GLIA 5H8SA 5H8QB 3IAZA 1A55A 1PBPA 4NMYA 4RK2A 4QFPA 5FTIA 3S9NC 1URDA 1D9VA 2G93A 1LAFE 3TODA 1IUDA 4IO7A 4GWOA 3PMVA 3PUYE 4RY1A 4E0WA 2O51A 5AE4A 1LAHE 1LFIA 1MXVA 1UIUA 5CM6A 3BKIB 2GHAA 2HEUA 3CIJA 1URSA 5CBRA 4U2RA 1ZIUA 3E13X 1Y3QA 2XX8A 4EXKA 2ZNSA 1ZJLA 3EHSA 2Q2CA 3R7XA 4U21A 1JEVA 3AXFA 2RINA 4TLMB 4MH5A 1ZKBA 4JWXA 3OO8A 4IY5A 4OVJA 1MY0A 3IR1A 4NF8A 2VOZA 4BDLA 2FNCA 3FXRA 3KN3A 4R6KA 4BDQA 1R6ZA 2XXTA 4HCWA 3U94A 4E0XA 1BKAA 3D4GA 1B3LA 4OERA 4F22A 3RGYA 2DWJA 2UXAA 3PD8A 3H3GA 3Q25A 3JYRA 2F36A 1M5FA 3O28A 2I48A 2RCBA 4AQ4A 2E1SA 3V5AA 1FQDA 5KDTA 2UVHA 1LFGA 3KJ7A 1IEJA 4ZEIA 2XD3A 3LUYA 2I4CA 1XC1A 4NF8B 1MRPA 4WEDA 3GBBA 4PETA 4FIMA 2RCAA 4PFTA 4O3AA 4O3CA 1UTHB 2H4IA 1MQJA 3FD3A 3K6UA 4C0RA 4H8JA 3EPEA 4U1ZA 3O6GA 2RKMA 3K1NA 2V3UA 1TT1A 1Y4CA 5KDTB 3H6VA 3GLBA 1QVSA 1GVCA 1LLSA 4I62A 3W15C 2UVJA 1MG1A 1SW5A 4ECFA 1FQFA 4OMBA 1ZBMA 3FXUA 1SI1A 4JXIA 3S9EA 3C31A 5CRYA 1BP5A 2ZNTA 1B3GA 1M5CA 3IB2A 2D21A 3MBPA 2H5YA 1QKAA 4ZZEA 4Q30B 1NNKA 1MXUA 2DE2A 2PVUA 3DP6A 1F9BA 3PUWE 2D5WA 1SW4A 2G29A 2XXYA 1Y3PA 2VP1A 3RTFB 4RJZA 5AA3A 4DLDA 3G3JA 1XVYA 2P2AA 3TTMA 4KCCA 1GV8A 4IB2A 2ABHA 3G3FA 4EQ9A 3N6TA 3C9HA 4JB7A 3H6TA 5JEIA 1JEUA 1M5DA 4PFUA 4G8MA 4H5FA 3C32A 1P99A 3FV2A 3DELB 2ZYKA 3I6VA 3IB0A 2F7AA 2WKYA 3C4MA 3RN8A 2THIA 3WAEA 2XXXA 4EUOA 1NMUA 4TLLB 4OYVA 1OVBA 5H8NA 1B5HA 1B4HA 5DEXA 5JTYA 4HW8A 5TPAA 2HFBA 1B3EA 2QPQA 3LSWA 2ZXTA 4OWDA 4KPTA 2CZLA 3RT6B 3T9XB 4NWDA 4FECA 5BUUA 1LCFA 1MPCA 3MP8A 1GTKA 1AOVA 1MH4A 5CC2A 2HCAA 4KQPA 3HV1A 3T9HB 3FZVA 3KEIA 1ATGA 2HQ0A 1B0HA 1BLFA 5H8NB 5DEXB 4YB5A 5JTYB 3KJTA 5FTHA 5TPAB 1JNFA 1MY1A 5K2YA 2P1SA 1IXHA 1SVXB 2X7PA 2Q88A 1UTBA 3IL1B 1LB9A 3HHGA 5L9OA 3MUQA 4H65A 3MZ1A 2HXWA 1JW4A 2UYEA 5ICTA 3MPLA 3LC8A 3FASA 4HCYA 4LONB 1B58A 2X7QA 3MPKA 4KYDA 1SD3A 3VFJA 2DXYA 4OESA 3K4UA 2Y7RA 3PUVE 4RPNA 2O7IA 3PPRA 2GH9A 1NKXA 1MXWA 4EDPA 3TCGA 1IIWA 4X9TA 1UTBB 4LQ5A 1ZU0A 3K02A 1DTGA 3G7WA 4Z0IA 1MXZA 1AH5A 2I3VA 3N6UA 2O69A 3UGWA 4LA9A 4R9GA 2DE3A 3S9MC 1NNFA 4TQUQ 1P1QA 1PDAA 5DT6A 4G68C 2DYXA 1Q35A 3KN8A 4GD5A 4I1DA 3LBSA 4F19A 2M8CA 1A8EA 2H98A 3IOUA 3TTKA 1Y1MA 1WODA 4RK9A 4IY6A 3TZAA 1XVXA 1N7WA 1MDP1 3IB1A 2Q8JA 3K6XA 4X1BA 4Q8RA 1D4NA 2DVCA 2OLBA 1BIYA 4IO4A 4NWCA 5CMMA 3GBAA 2ESNA 1ELJA 3K6WA 1FTJA 4F31B 1PC3A 3H06B 5F1QA 4EQ7A 3EHUA 1FTKA 3EF7A 1I69A 1HSLA 2Z22A 3PUZE 3UK4A 3MP1A 2I3WA 3BFTA 1A99A 4XKNA 3SERA 5L9SA 1H76A 2FA7A 3O9PA 2F8DA 4IGTA 3THIA 3IOTA 2Z8FA 4U23A 3HN0A 1B7HA 3MVXA 3HHFA 1SDXA 1VFDA 4R6YA 3TQWA 1POTA 4ELRA 4MLQA 5L9MA 4L17A 1BTJA 4QHQA 2P0SA 3FVNA 3L6GA 1UQWA 3KZGA 3A09A 3OO7A 2UVIA 1N3XA 1TWYA 4RPOA 2AYSA 3D4CA 2RC8A 3ZS6A 2VD3A 2ZMBA 1OIBA 3O66A 5CBSA 2Z8EA 3OOAA 1GGGA 4FEDA 2VD2A 1IZ1A 1Z7NE 4JSOA 1CB6A 2O1LA 2QS3A 3ILUB 1AIVA 1ANFA 4JWOA 2XXRA 5CI5A 3TELA 4YKKA 1B6HA 4R74A 4MF3A 4ELPA 2XXWA 3TAJA 3PD9A 2F6PA 3B6WA 1EU8A 1XHYA 1O63A 4ZEDA 3QUFA 2O68A 4EXLA 3UN6A 4F3SA 2ZYOA 3C36A 3K01A 3SDFA 3OO6A 4P0IA 4G4PA 5H8FA 2Q9TA 3U8QA 4F1UA 4GRKA 4THIA 1B46A 1ZMGA 4KHZE 4ONYA 1RYXA 4M4GA 1B9JA 3MJNA 4X1DA 4H8IA 4I8CA 1UTHA 4ZEKA 3ODBA 5I57A 2Q2AA 3ZKKA 1OVTA 2DWHA 5AA2D 2GHBA 4UA8A 1B1XA 1N76A 4R75A 4PFWA 3TDJA 3LSFB 3QXMA 4DZ1A 4GXAA 1II5A 2ZNUA 3U92A 5H8FB 4IO6A 2ZYNA 2R9JA 4GQOA 2VGQA 2DWIA 2F97A 3BFUA 4PFYA 2O7UA 1US5A 3K6VA 3PGFA 5FHOA 1SQYA 5FHNA 4OHNA 3TMGA 3TTNA 5I56A 4K3FA 1SW1A 3ONMA 1JQFA 4GOTA 3OMBA 3PPNA 3EHTA 5I57B 4XTCQ 3DLNA 3MAMA 2YPNA 3M3KA 3MW0A 1JVYA 3G3KA 4KYEA 2XXVA 1DOTA 3FUZA 2I4BA 2D3IA 3VV5A 3OD7A 4LZ7A 3CFXA 3S9LC 4JBZA 4GXSB 1NH7A 4AB6A 4ZE9A 1NFTA 4DE8A 4GL8A 3QSLA 3ILTB 1MQHA 5I56B 1JW1A 2R6GE 2V3TA 1MY2A 3O2AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FQBA 3KOSA 2H9BA 2AL5A 4X48A 1XT8A 1DPEA 3U72A 1LAGE 3IOVA 3MC2A 1POY1 4XIGQ 1KZ8A 1MQGA 2R8TA 2VPOA 1Z7ME 5H8HA 2V93A 3UA8A 2AIXA 5ITOA 3H6WA 2XWIA 4N6PA 1US4A 3CG1A 4EF2A 4U4XA 2L5VA 4KD5A 2B3FA 2O6AA 5EQ9A 3K1MA 3T22A 3MVYA 4HS7A 2CMOA 1H43A 1FBFA 4ZS9A 4I40A 3VVDA 5A5XA 2RC9A 3T0JA 4F3GA 1QULA 1QW0A 2PX1A 4NEDA 3KBZA 4RYAA 3JV9A 2HZKA 5DVIA 4MNIA 1PB9A 1MDQA 2A5TA 1NUXA 3S2VA 5H8HB 4DCYA 4NX1A 3SKPA 1KWHA 1EZOA 2KLFA 2DE4A 5CMCA 5I2NA 3CVGA 3RYDA 3RPWA 4AB5A 3VXCA 2WYPA 4OXVA 4MNPA 4P1EA 1EH3A 1NV4A 5FHMA 1DSNA 3HSTA 5DYHA 3M3LA 5A5XB 5I5PA 4KR5A 4N81A 1LSTA 2XXPA 5JK4A 1XS5A 2FHYA 5CMBA 1OLAA 3TTLA 1WDNA 3IJOB 2UYFA 4RNSA 1IXGA 4U22A 4N4UA 1NV5A 1LBXA 1B4ZA 1TFDA 3Q28A 2A5TB 3UP9A 1NL5A 2I49A 2Y84A 3IJXB 3LUZA 3FIRA 1DPPA 2CZIA 4PQJA 4FATA 1H3DA 2NWJA 4OFLA 1LAXA 2XXQA 1NUWA 1MPBA 5I2NB 2X26A 3GZGA 1O64A 2B3BA 4OVPA 1FPEA 4DXUA 1G0IA 2F5XA 4G8NA 3IO6A 4F29A 3S4UA 4P9KA 4YMBA 5HPQA 3B6QA 1PEBA 2JJKA 1TXFA 5ET7A 3SEYA 1N0TA 2OWZA 3O29A 4OEUA 3OENA 1K9ZA 3VLVA 4XKQA 1B52A 2ANJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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