5DVFA

Crystal structure of unliganded periplasmic glucose binding protein (ppgbp) from p. putida csv86
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
396
structure length
389
Chain Sequence
NPGTVDVLHWWTSGGEAKAVETLKQQIQKDGFIWKDNAAAMTVLKTRAISGNPPSAAQIKGPDIQEWGALGLLTELDDVAAANKWDDLLPRQVADIMKYDGHYVAVPVNIHRVNWLWINPQVFDKAGAKVPTTLDELFAAADKLKAAGFIPLAHGGQPWQDSTVFEDLVLSILGPKGYHAAFVDLDEKTLTGPQMTEAFATLKRLGTYMDPNRAGRDWNIAAAEVINGKAGMQIMGDWAKSEWSAAGKVAGKDYQCVAFPGTQGSFAYNIDSLAMFKLKDANDIKAQNDLAKVALEPEFQTVFNQNKGSLPVRQDMDMSKFDACTQKSAADFKEAAKGDGLQPSMAHNMATTLAVQGAIFDVVTNFLNDPQAEPATAVKQLNAAIKAAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High Resolution Structures of Periplasmic Glucose-binding Protein of Pseudomonas putida CSV86 Reveal Structural Basis of Its Substrate Specificity
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas putida csv86
molecule keywords Binding protein component of ABC sugar transporter
total genus 140
structure length 389
sequence length 396
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dvfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dvfA02
3TDJA 1B5IA 4GL0A 5CMKA 3KSJA 2GHAA 1M5EA 3FVNA 2QS3A 1B9JA 2DXYA 1A55A 4YKIA 4H6DA 5ICTA 1B05A 4THIA 1UTBA 4DCXA 1OVTA 2X7PA 5CBSA 1I6BA 5ITPA 4K3FA 1MXUA 4QFKA 1DOTA 2P1SA 4G4PA 1QKBA 4WEDA 5I57B 5EYFA 1YAEA 1URGA 1FQDA 4C1UA 2DSFA 4NF8A 4OFLA 4P0IA 1BKAA 2P0SA 1NL5A 4ESXA 4R6HA 3THIA 1MY4A 1B1XA 1SVXB 2O51A 2VD3A 2PYYA 3UA8A 3IOUA 4NF6A 1CB6A 2G29A 2ZNSA 2PBWA 1ATGA 1JEUA 3HN0A 1CE2A 4WEPA 4XKNA 3S9EA 4JWXA 3BBRA 3TCFA 3GLBA 4NTLA 4ISUA 3ECRA 3TMGA 4XIGQ 4OQOA 2UVJA 3N26A 3B7DA 2E0SA 4DZ1A 1PB9A 3QYTA 4KPTA 3H4ZA 4ZZAA 5ELVA 3RTWB 3RUMA 1USYE 3CFZA 1NKXA 4HW8A 1MH3A 2Y7RA 4XKQA 2YPNA 3KSXA 1D9VA 4U4SA 5DVIA 3TZAA 5JEIA 1IUDA 1LSTA 1S9TA 2A5TA 4FEDA 3B6QA 1B0LA 5CI5A 3F11A 3R6UA 4GOTA 2R71A 1RKMA 1EZ9A 1F9BA 2IA4A 2F78A 3G3FA 3GZGA 3O6HA 1UTBB 3S9LC 1MQDA 2V3UA 1POTA 4RNSA 3SKPA 4U23A 3FXQA 4U21A 4UACA 3A09A 3UP9A 3O6IA 3QIMA 2QPQA 4GVOA 3O29A 3MZ9A 4NF8B 1II5A 2RKMA 3MQ9A 3LSXA 4GXAA 1BP5A 4I8CA 4XKPA 4O3CA 4EQBA 4KCDA 1TFDA 4E0XA 1FTLA 3LSFB 1LAFE 1LBCA 4JWOA 3OXNA 4Q8RA 4Q30B 2H98A 4QRZA 1HSEA 2XXUA 4E0WA 3MWBA 3I6VA 4H0WA 4R75A 4U4XA 2REGA 2HAVA 2UVGA 3C32A 4IGTA 1OMPA 2Z23A 4F1VA 1JQFA 4ZZEA 3FIRA 4YKKA 2D21A 3PPRA 1SYIA 2YLNA 1SYHA 2ZYOA 3PUYE 2ZXTA 4FEBA 4P11A 2ZYNA 3H03A 3L6HA 2OWTA 2Q2CA 1Q1KA 1LAXA 1JEVA 3N94A 3OO7A 1M5FA 4G68C 1P1OA 5HM4B 3FV2A 4LZ8A 1S7YA 2HZKA 3TTKA 3QXMA 3N6TA 3W9WA 3VE1B 5B70A 4X9TA 1SW2A 3DELB 4G68A 4R72A 5AA1A 4OFJA 1B5JA 5DTBA 2Q9TA 3T9HB 3PD9A 5I2NA 4RPOA 3BFUA 3R26A 2UYFA 1B0HA 1MY0A 3DP6A 3ZKLA 3MJNA 4XXUA 1GR2A 4BDOA 1PC3A 4EQ7A 3TTRA 1Y3NA 1HSLA 2YJPA 4NE4A 3KOSA 1WDNA 3IB1A 1N3XA 3T9VA 2I48A 1TFAA 2DYXA 5TPAA 3SESA 3FVKA 4U22A 2PMSA 2DE2A 1BTJA 3C33A 1AIVA 1ZKBA 3QK6A 4DXCA 1WODA 4LUBA 3T9UA 2GHBA 4KD5A 1QW0A 1N7WA 3CR9A 5AA4B 1VFEA 1I6QA 1S50A 1TXFA 4G8NA 3D4GA 1TT1A 1HSJA 2I4BA 4IO5A 3KN7A 4H8IA 4C1TA 1LLSA 3JZJA 3S9NC 1H43A 1AL3A 1B58A 3KG2A 3SETA 3ZS6A 2H99A 2XXRA 1MG1A 3MAMA 4QHQA 5H8SA 3U8QA 5IAIA 4Q0CA 4G68B 1PEBA 3FXUA 5K2XA 2NOOA 2I3WA 2QL3A 4TOZA 3FXRA 1IXGA 3HHFA 5I2NB 2AL4A 3LC8A 1R9QA 2XX8A 1UQWA 3TKDA 3Q27A 4JWYA 3P7IA 3I5OA 4H8JA 4ELOA 3FJMA 2X26A 4IY6A 3TAJA 4MBPA 4EXKA 4GFRA 3RNNA 2G93A 5I57A 4IO2A 2DWAA 1POY1 1MRPA 1B7ZA 1SW1A 2V93A 1YTVA 1IEJA 5L9MA 1US5A 1MDP1 1D4NA 2VD2A 4G77A 2CZLA 2ZNUA 5FHNA 3IOWA 3TEPA 1USYH 2FYIA 3AXFA 5TPAB 4H65A 5AA2D 3N6UA 3FUZA 4RK2A 3IJXB 3MVXA 5CC2A 2F6PA 1ZBMA 4POXA 5TP9B 1XS5A 3K2DA 3V5AA 1FTJA 4DIGA 3RQTA 1DTGA 1PB8A 3K1PA 4F22A 1AH5A 1QVSA 5FHMA 3H6TA 3KFMA 3VLVA 3RN8A 2XXWA 3E3KA 4FE8A 1DPEA 3T93B 2F7BA 3SERA 1XC1A 2DQVA 3K6VA 3CSGA 2IEEA 4IO7A 4GWOA 4Z0IA 2NXOA 3M8UA 4R74A 2XXYA 1L5TA 3T96B 1XVYA 2VOZA 1B2HA 5TU0A 1LFGA 3A3CA 2QS2A 1B7HA 1SW4A 3PUXE 3KJ7A 1NNPA 3TPAA 2OCUA 1LAGE 1KWHA 2DP8A 3T66A 3PUWE 3KOTA 3OO8A 1UIUA 3FV1A 4ZEIA 3U93A 1MM7A 4EDPA 3O97A 1NNTA 5KDTB 4OZ9A 2GH9A 1NMUA 5CRYA 3C34A 1P99A 3B6TA 3FVGA 2OK2A 2ZMBA 3PV0E 3H06B 3EQ1A 1FQFA 1XT8A 2Q2AA 3EPEA 3ODBA 1OVBA 3KJTA 1IIWA 4IO3A 1DMBA 1SI0A 4O3BA 4ZEKA 3QSLA 5CBRA 4IO6A 1AOVA 1EZOA 1JW1A 3RT6B 2QS4A 3OSQA 3RLFE 4BDRA 4NMYA 2F35A 4AB6A 1FQEA 4HCWA 5I58A 2ONKE 1IXHA 2I6EA 3PUVE 3OELA 2VGQA 3OOAA 4YMAA 4ZEDA 5I84A 5A5XA 3MPLA 1Y4TA 2THIA 4R9GA 3PUZE 3C4MA 3G3GA 1IXIA 3HO7A 2B65A 4U1ZA 2V25A 2RC7A 4KYEA 2PT2A 3K1NA 1NH8A 1YCJA 4GL8A 3PD8A 1MQGA 1VSOA 4TLLB 1XHYA 2QMWA 4F1YA 2Z8EA 4MH5A 5I56A 4PE5B 3S2VA 1MQJA 5I2KA 4QSEA 3MBPA 1US4A 4G8MA 4QFNA 3CFLA 4M4GA 2NVUB 2I58A 5AA2B 5KCJA 1A8FA 3DP4A 1MM6A 2HEUA 5EHMA 4H5GA 3R7XA 1GGGA 4LZ7A 3FJGA 3MZ1A 3QUJA 3E4RA 3U1OA 4OENA 3CVGA 4KCCA 5HBCA 4H5FA 4DDDA 1QKAA 2PX1A 3FD3A 1N76A 4EXLA 4BDMA 3LR1A 4ECFA 4X1DA 4DXUA 4RPNA 3OMBA 2AYSA 3SDFA 2O84X 5CMBA 1ELJA 2BJJX 3TTNA 2Y7IA 1OIBA 3LUYA 3MW0A 3Q25A 3MUQA 5L9SA 4OFOA 2Y7KA 2XXQA 2B3BA 5DYHA 5AA4A 1SW5A 2D5WA 4KFQA 3FGSA 3UN6A 3G3IA 1H76A 1FCKA 3C35A 5IKBA 2O6AA 4I9DA 1Y9UA 5I58B 3SEWA 3CSBA 2DS9A 2XXVA 1OQHA 4GRKA 5A5XB 3CI8A 2V3TA 3IJOB 1UTHA 4OERA 4EF2A 3GBBA 1M5DA 3U72A 4F3PA 1H3DA 4FATA 3KBRA 4F2OA 4F18A 2XHDA 1NFTA 5I56B 4PETA 4GQOA 2A5SA 5I2KB 2KLFA 2ZNTA 3CRBA 5FTIA 3H3GA 4GD5A 1PBPA 2GRVA 3K02A 3M3KA 1JW5A 3D4CA 4HCYA 1N04A 5KCJB 3S9MC 2H9BA 1SQYA 2REJA 3EHSA 3MVZA 4OEVA 4YU0A 3LSWA 4R73A 2OBGA 1B4HA 5EHSA 5HPQA 4F1UA 2UVHA 3OEMA 1Y4CA 2I0BA 4OXVA 1QUIA 1FQAA 1JVYA 2I49A 3KZGA 3TQWA 3DP8A 3EHUA 1PBQA 3IO4A 1NH7A 4LP2B 3K0VA 5FTHA 3PMVA 4QSCA 5L8DA 3VVEA 2DVCA 4PFTA 4LZ5A 3EN3A 1B3HA 1FW0A 4ZS9A 2XXXA 3IL1B 5TP9A 3Q28A 1GV8A 3VV5A 4JSOA 4JSDA 1B5HA 2DOJA 3IAZA 3TTMA 3N5LA 4BDLA 4NF5B 4EQ9A 4EUOA 2XD2A 3OSRA 1Y1ZA 1O7TA 3T9XB 3TELA 1J1NA 5DEXB 1EH3A 3FVOA 5B7DA 4QFOA 1SI1A 1IITA 2CMOA 5H8NB 1UTHB 3PPNA 3S4UA 1QULA 4F3SA 2W7YA 4NWCA 3C9HA 3G3KA 1T0KA 3VLUA 3CG3A 5KZTA 1MY2A 3RPWA 3FASA 3BKIB 2HFBA 3I3VA 4WKMA 2OZZA 4G8HA 4M1VA 2Z22A 5CMMA 3FZVA 4JXIA 1JVXA 3JYRA 3OEKA 3V8XB 4XKRA 4YZZA 4OMBA 5KDTA 4OESA 5F7VA 2HXWA 3G7WA 1B1HA 2F36A 3G3JA 1MXYA 5H8QA 4TLMB 1H45A 4ELPA 1PDAA 1I6AA 1P1QA 1B3EA 4BDQA 3EF7A 3PPOA 5JTYB 4ZECA 4GLIA 3FATA 3ILUB 4ZE9A 4MLQA 1B32A 4KYSA 3ILTB 4KI0E 4DXBA 3PPPA 1H44A 5AA3A 4HTGA 1WVJA 4F2QA 3HPIA 3GXAA 2DWHA 3PMWA 1LAHE 3K6UA 3C31A 3IO6A 3MP8A 3MP1A 5ICQA 4PFYA 3LSLA 1I69A 1JETA 1RYXA 1URDA 1FQCA 4PQJA 3GBAA 1ZU0A 2R9JA 3PGFA 3E13X 4IB2A 4FAJA 1Y3PA 5JK4A 3HSTA 2UVIA 2DE3A 4AB5A 3BFTA 4KYDA 3TCHA 3VVFA 1MS7A 1VFDA 4O3AA 1Z7NE 5I59B 4NF4A 4DLDA 1R9LA 4I1DA 4JBZA 2VHAA 3RT8A 2FA7A 1Z7ME 2FNCA 4ELQA 3Q29A 2AIXA 3TUSA 2O1LA 5AA2A 4L17A 4UA8A 1LCFA 1MQIA 4I62A 4MF3A 2DXRA 4ONYA 3JV9A 5H8FA 2XXHA 1MXWA 2I3VA 1ZLQA 4OETA 5ISUA 3W15C 3ONMA 4QSDA 5H8QB 1LCTA 3A3UA 4PP0A 4TQUQ 4YKPA 3MVWA 2V84A 2ZYMA 4FORA 3KN3A 5K2YA 3B6WA 3Q26A 1B3GA 2B3FA 5L9OA 1M5CA 5BWJA 2X7QA 4F31B 1XVXA 3HV1A 4JDFA 1MXVA 5BUUA 4EF1A 3T22A 4YMBA 1DSNA 4PFUA 4F19A 5F1QA 5H8HA 2RF1A 1B6HA 1R1NA 2RCAA 1Y20A 3PU5A 1LB9A 2RC8A 5DT6A 2H25A 2OJTA 4FIMA 4G2ZA 4FJPA 3ZSFA 1OLAA 2ALUA 2Y7PA 1ZTYA 3K6WA 2NUVA 3FJ7A 2RC9A 3H6VA 1IQ7A 1ZIUA 1LB8A 2OWSA 1B3FA 2ONSA 3MPKA 3H7MA 2QSXA 4ELRA 2F5XA 1Y3QA 2E1SA 4LATA 2F34A 3PMXA 4YKJA 4NF4B 3H6UA 4F3BA 2F97A 3VFJA 1SDXA 1A99A 3O28A 1ZJLA 4ZEFA 2VP1A 2Y84A 2GFEA 4OHNA 1EU8A 2V3QA 2Q8JA 5H8FB 3MZBA 4IY5A 2DVZA 1MPBA 2F7AA 1DTZA 4OWDA 2R6GE 2H5YA 4FECA 4R9FA 1Q35A 1SBPA 4JB7A 2OLBA 2XXTA 2F6GA 3CIJA 3DM0A 3RY3A 2O69A 3HHGA 4MLVA 2DWJA 3UGWA 2XX7A 1ANFA 4QFPA 3WAEA 4H67A 4LQ2A 4IGRA 3VLWA 2AL5A 1LFHA 1EZPA 1MH4A 3TTLA 3PPQA 4R6KA 2I4CA 3IORA 4NF6B 4U2RA 4IO4A 3IOVA 5H8HB 1GVCA 4Z7EA 5CM6A 5LOMA 1QUJA 3H6WA 4NF5A 4N13A 3K1MA 3IX1A 4ND9A 2DE4A 3KGCA 2UYEA 3TCGA 1M5BA 1OLCA 4RY1A 1FTOA 1QJMA 5DEXA 1FTMA 5DVJA 5H8NA 3SEXA 1NNFA 2XX9A 3MVYA 4KHZE 2O68A 2QRYA 3QUFA 2P2AA 3RGYA 1O63A 1VE4A 3UORA 4P0GA 2D3IA 4RA1A 2ESNA 4LVQA 4LQ5A 1B52A 5AE4A 3CG1A 2NWJA 4HS7A 4F29A 2Y7WA 3K01A 3K00A 4YB5A 1RYOA 2A5TB 3UK4A 4DE8A 3V83A 1P1NA 1A8EA 2UXAA 3IB0A 3MP6A 3VXBA 2Q89A 4ZEBA 5FHOA 3VXCA 3K4UA 4OEUA 3MC2A 4OYVA 1B3LA 2QJEA 1PB7A 3O9PA 3IOTA 5JTYA 5CMCA 4LA9A 2XXIA 2I0CA 4YICA 4NEDA 4RYAA 1N0TA 3SEUA 2PT1A 1O64A 3M3LA 1D9YA 2LAOA 4NWDA 2ANJA 2HQ0A 3G3HA 1SD3A 1N7XA 4BDNA 2O7IA 3CFXA 4QF9A 3U92A 3OO6A 4OVJA 3DLNA 1D3KA 4OTEA 1ZMGA 1MXZA 4YB7A 3HCQA 3VDFA 1MY1A 3USDA 1A40A 1P1UA 1B4ZA 3TQLA 1B46A 3U94A 1MQHA 5M2VA 4N07A 1JW4A 2WKYA 3M3FA 4ZDMA 3OENA 4F3GA 3OO9A 5DVFA 1A7LA 2ONRA 5J1DA 4MFIA 1A54A 5I59A 4R2FA 1QUKA 3TYHA 3SEVA 1UIVA 4POWA 2F7CA 4BLAA 5ITOA 1N3WA 4LONB 2QMXA 1MDQA 3WAFA 2DWIA 3V89B 1MY3A 4QFLA 3QAXA 3SEYA 1LGBC 2HAUA 4YB6A 4RK9A 1N84A 2Z8DA 1VR5A 3TODA 1AMFA 1LFIA 1B7UA 1FQBA 3O6GA 4GIZA 4N6PA 1FTKA 3KN8A 1DPPA 4WXJA 4KQPA 1NNKA 4AQ4A 4X48A 2O1MA 2Z8FA 4H1XA 2XD3A 2XXPA 4YAHX 2ABHA 4ZE8A 3KEIA 3K6XA 3EHTA 3UIFA 4GF8A 4C0RA 1JNFA 3LBSA 4DCYA 2O7UA 4RJZA 1OQGA 4F39A 4R6YA 2RCBA 3VVDA 2M8CA 4GXSB 4Q5TA 3RTFB 3E9XA 3C36A 3TFLA 3O2AA 4X1BA 2HZLA 1XOCA 1LBBA 1YPNA 4U1OA 1B51A 2Q88A 4R2BA 4PFWA 3IR1A 2RINA 2PVUA 1MXXA 1MPCA 3IK6B 3L6GA 2ZYKA 1TWYA 2QS1A 4RXLA 1GTKA 1BLFA 1URSA 2HCAA 3O66A 1IXCA 3W9VA 4KR5A 1B40A 2H4IA 2F8DA 1R6ZA 1BIYA 3OD7A 4XTCQ 1MPDA 3IB2A 1Y1MA 3ZKKA 1IZ1A 1P1WA 4ESWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MHFA 3TDJA 1B5IA 4GL0A 5CMKA 3KSJA 2GHAA 1RDZA 3LUZA 1M5EA 3FVNA 2QS3A 3MSTA 1B9JA 2DXYA 4N4UA 1A55A 4YKIA 4H6DA 5ICTA 2Q8MA 1B05A 4PF6A 4THIA 1UTBA 4DCXA 1OVTA 2X7PA 5CBSA 1I6BA 4UABA 5ITPA 4K3FA 1MXUA 4QFKA 2GQ1A 2XA5A 1DOTA 2P1SA 1YYZA 4G4PA 1QKBA 4WEDA 1IMEA 5I57B 5EYFA 1YAEA 1URGA 1FQDA 4C1UA 2DSFA 4NF8A 4OFLA 4P0IA 1BKAA 2P0SA 1FPJA 1NL5A 4ESXA 4R6HA 3THIA 1MY4A 5DW8A 1B1XA 1SVXB 2O51A 2VD3A 2PYYA 3UA8A 3LV0A 3IOUA 4JVCA 2PFYA 4NF6A 1IMDA 1CB6A 2G29A 2ZNSA 5I3SA 2PBWA 1ATGA 1JEUA 1FSAA 3HN0A 1CE2A 4WEPA 4O94A 4XKNA 5A5LA 3S9EA 4JWXA 4I3YA 3BBRA 3RYDA 3TCFA 3GLBA 4NTLA 4ISUA 3ECRA 3TMGA 4XIGQ 4OQOA 2UVJA 3N26A 3B7DA 2E0SA 4DZ1A 1PB9A 3QYTA 4KPTA 3H4ZA 4ZZAA 5ELVA 3RTWB 2B4MA 3RUMA 1USYE 3CFZA 1NKXA 4HW8A 1MH3A 2Y7RA 3NOHA 4XKQA 1FPDA 2WYPA 2YPNA 3KSXA 1D9VA 4U4SA 5DVIA 3TZAA 5JEIA 1IUDA 1LSTA 1S9TA 4MNCA 1FBCA 2A5TA 4FEDA 3B6QA 1B0LA 4GBWA 4GWUA 3FXBA 5CI5A 4MAGA 3F11A 3R6UA 4GOTA 2R71A 1RKMA 1EZ9A 1F9BA 2IA4A 2F78A 2P3NA 3G3FA 3GZGA 3O6HA 1UTBB 3S9LC 1MQDA 4GX3A 2V3UA 1POTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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