5F7VA

Abc substrate-binding protein lmo0181 from listeria monocytogenes in complex with cycloalternan
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
390
structure length
388
Chain Sequence
DKTEITYYQFSAPGKALDEMVKEFEKQNPDIKVNVQTIAFNDYFTKLQTQIAGGDAPDAFELNYETFMQYAEKGVLADLTSYIEKDKDFDPSTLNKQAYDAFKYDGKQYGMVESFSNVVTIYNKDLFDKAGVEYPTADWTWKDEEAAAKKLTDAKNKVWGTSQPVTMNEFYKVAAQNGGSIFNEDLTETTINSPENVEALTHLTNEVTDSKVAPSPADLSGQLPEDLFMNGQIAMLHTGIWLFDMFQDAPFKWDVQVEAGNTQKATHFFANGIGVSKDSDKKEAAFKFASFMSANEEAAKIRIDNNWELPATENKEILQPYLDATPPDNREAVFESLQYMVLPPVVKDWNKISDYTNSEFEKVLNGDSTPEKALKNSEDNINKTMGFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure to function of an alpha-glucan metabolic pathway that promotes Listeria monocytogenes pathogenesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lmo0181 protein
molecule tags Cycloalternan binding protein
source organism Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain atcc baa-679 / egd-e)
total genus 136
structure length 388
sequence length 390
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5f7vA00
1QUJA 2F7AA 2UYEA 1XS5A 1YAEA 3CVGA 1VR5A 3S9LC 4QF9A 4ZEKA 4X48A 3BFTA 1AOVA 3PMWA 2H4IA 4I62A 2AYSA 1D3KA 1QVSA 2M8CA 2RKMA 4YKJA 3MPLA 2OWSA 2QS4A 3MZ9A 2ZYNA 1VSOA 5I56A 1QKAA 4NEDA 3V5AA 5I57A 4NF6B 3CSBA 4ELQA 4UACA 3P7IA 1B7UA 1BIYA 4ZEBA 2ZNTA 5DVIA 1URSA 4ZECA 4GXAA 2Z8EA 1JW4A 5TP9A 1IUDA 1A8EA 1MY1A 4HW8A 2D21A 4JDFA 4YMAA 3FZVA 2VD3A 5CMCA 4NF5B 5AA3A 2Y84A 1OVBA 3DP4A 4U21A 3T93B 5F7VA 4U4XA 3IORA 3B6QA 4GRKA 2Q89A 4OEUA 1M5EA 2PX1A 1B5JA 4DIGA 1N0TA 4GD5A 1R6ZA 5H8SA 5M2VA 1AIVA 3K1NA 1JETA 1NL5A 5H8FA 2O7UA 1DPEA 3I6VA 4ZEIA 3PUZE 4C1UA 3N6TA 2ZYKA 2NXOA 4PFTA 3FVNA 4XTCQ 2YJPA 2ZYOA 3GLBA 5DEXA 4GIZA 3K2DA 1PB9A 1N76A 5TPAA 3N26A 1N7XA 2I48A 4IO2A 4EXKA 2F78A 2DWJA 4KYDA 4RPOA 3TTNA 1PDAA 3KZGA 2P1SA 1LFIA 4ZE8A 3FUZA 1LAXA 3V83A 3HPIA 3TTLA 2Y7RA 1DTZA 5KZTA 3WAEA 2XX9A 1FQCA 3H06B 2OZZA 2XXIA 4R72A 3FJGA 3SESA 1NNPA 2A5TB 3O9PA 4R9FA 4DCYA 1MY3A 4POXA 4YKPA 4F2OA 5I2KB 4XKPA 3G3GA 3W15C 3N6UA 5ITPA 1AMFA 3DELB 3VVFA 4G77A 3FV1A 1IXHA 5I2NB 3SERA 1SBPA 5H8NA 4O3AA 1IXGA 1UIUA 3K02A 1TFAA 5LOMA 4MLQA 1B1HA 2QS2A 2ZNSA 3M3LA 3KSJA 3U93A 2AL4A 3CSGA 1PBQA 1B7ZA 2D3IA 2Z23A 1II5A 4KCCA 3RNNA 1B46A 4MH5A 3PPQA 2XXRA 5AA2A 1XHYA 4DLDA 3UA8A 5JEIA 1SI1A 4EF1A 2F6PA 1Y1MA 4DCXA 1B4ZA 3MP1A 2F5XA 3HO7A 1SW1A 2O84X 3B6WA 2Z8DA 2O1MA 3IB1A 2O69A 4XKNA 5H8QB 4GF8A 4Q30B 3H6WA 1B6HA 3OSQA 4LZ8A 1UTBA 3IO4A 1LBCA 4BLAA 4X1DA 4OERA 2B3FA 3ODBA 2DWAA 5EHMA 2HEUA 1LSTA 5JTYA 1N3WA 5L9MA 3DP8A 4KI0E 3U72A 2OCUA 4GLIA 3VLVA 3RUMA 4ZE9A 3TZAA 2RC8A 2ZYMA 3PUYE 1ZBMA 4RJZA 3GXAA 3TTKA 2F7CA 4QSCA 2I3VA 5CI5A 3TAJA 4DXCA 2DE2A 3PMVA 3ZKKA 5IAIA 2I58A 4RXLA 3PU5A 3N94A 3MWBA 1LGBC 2ONSA 1TWYA 2GRVA 2OK2A 1N04A 1XC1A 2OJTA 2B65A 4HS7A 4F18A 1MXUA 3T9HB 1MXZA 3TFLA 4K3FA 2VHAA 2Q2AA 3T9UA 1UTHA 2G29A 2E1SA 3RN8A 3EHSA 4XKRA 4H65A 3DLNA 4ZZEA 4LZ7A 4QHQA 4XXUA 2OWTA 2H98A 2QL3A 1DMBA 4QSDA 3UORA 4ZEDA 3O2AA 1ATGA 1I6AA 1A40A 4ND9A 1PC3A 3HSTA 2DS9A 1XVXA 3FGSA 3OEKA 3C35A 2IEEA 2NVUB 5DVJA 1US4A 4TOZA 1LCTA 4LONB 4YB6A 3VXCA 3CFLA 4KHZE 2PT1A 2XXHA 3IJOB 2IA4A 3LBSA 4DZ1A 3QXMA 2RC7A 4TLLB 4ZDMA 1EZPA 1MDQA 2QSXA 1XOCA 1B2HA 4G4PA 3LSWA 3MAMA 1ZMGA 3ZS6A 1B0HA 4BDLA 2I0BA 1MQDA 4IO7A 4N6PA 4LVQA 1ZLQA 2ALUA 2AL5A 4QFLA 1URGA 1XVYA 1MPDA 4ZS9A 4NF4A 5I59A 4MFIA 1SI0A 2XX7A 3H03A 4ZZAA 5A5XA 2G93A 3MC2A 4OFJA 3O29A 3Q25A 1ZJLA 2RF1A 4OEVA 1MDP1 3MPKA 2V25A 4BDOA 1HSEA 1HSJA 1EU8A 1SW5A 4WEDA 4R75A 3T22A 1O7TA 4NWDA 2XHDA 2Y7PA 2NWJA 2DSFA 1MM6A 3KN8A 3RY3A 3RT6B 1OLCA 3T9VA 2QMXA 2XXYA 1MPBA 1YTVA 1AH5A 2A5SA 4RNSA 2O68A 5J1DA 2OBGA 4OETA 5CC2A 2ZNUA 2X26A 3SEYA 4YKKA 1ZU0A 3TKDA 3BKIB 2QMWA 3C32A 1MXXA 2HAUA 1B5IA 1HSLA 4BDRA 3G3JA 3SEUA 3KJ7A 1B51A 3KJTA 3UGWA 2UVHA 3VV5A 4R2BA 3B7DA 4H5GA 1MXYA 2R9JA 1LB9A 3ILTB 4JSOA 4OZ9A 4H0WA 3T66A 3LR1A 3W9WA 3SEXA 1MXVA 1FQFA 2UVIA 4PETA 1IEJA 3KBRA 3K01A 4G8NA 1Y3PA 1B4HA 3GBAA 5I58A 1NFTA 4QFOA 4IO3A 3OO8A 4LZ5A 1MY0A 3IB2A 4U22A 4ECFA 3K6VA 3DM0A 3IX1A 3ZSFA 2DVCA 3LUYA 2F7BA 3Q27A 4LQ5A 3QK6A 4FE8A 4PP0A 2PT2A 4F29A 1F9BA 1DPPA 1B7HA 3FVGA 1QULA 4NTLA 3Q26A 3FXRA 5DVFA 2F34A 1QKBA 1GVCA 1OQHA 3V89B 4IY5A 4FAJA 2PBWA 1MY4A 2FNCA 1POY1 1BP5A 1PEBA 2O1LA 1ZIUA 1JNFA 4U1ZA 3IJXB 3WAFA 1N7WA 4MLVA 3H3GA 5CBRA 5KDTB 3OELA 1RYXA 3FATA 4X1BA 3TYHA 1S50A 3M3KA 3TTMA 1GV8A 2O7IA 2V84A 3FJMA 4BDQA 4KQPA 1FQEA 3CIJA 2O51A 2YPNA 3MVYA 3PD9A 1A8FA 3MJNA 3S9MC 1Y3NA 3IAZA 4DDDA 1LCFA 3TCHA 2E0SA 4R9GA 4R74A 1USYE 3HV1A 1H44A 5EHSA 4FORA 2ZMBA 4O3CA 3K6WA 5L9OA 3PMXA 3OO6A 2Q9TA 5H8HB 3A3UA 4OHNA 4G68B 4H5FA 3RTWB 1A7LA 2I6EA 1EZ9A 1NNKA 3CR9A 4EQBA 4NF8B 4Z7EA 4N07A 4E0WA 1TXFA 3U1OA 4F22A 4ESXA 3C33A 3MBPA 4FIMA 1MH4A 5AA4B 1P1QA 2O6AA 5ITOA 3ONMA 5L9SA 4OTEA 4NF6A 2FYIA 4I1DA 3GBBA 2V93A 4E0XA 5CRYA 1LAGE 3TELA 3TUSA 1B1XA 3EHUA 3RT8A 4OVJA 5CMBA 4RK9A 4NF5A 4G8MA 2I3WA 3BBRA 4JWOA 5K2YA 4EDPA 3N5LA 3SDFA 3S9EA 1VE4A 4FEDA 2QS3A 5TU0A 3KG2A 1JEUA 5FTHA 4H6DA 3TCGA 5KCJB 1IQ7A 1MQGA 4RK2A 3R7XA 2HAVA 3QUFA 3PPPA 3VVDA 4AQ4A 2GH9A 4RYAA 3F11A 4R2FA 4FJPA 1MRPA 4FECA 4JB7A 3EF7A 2RCAA 5BWJA 1MG1A 2W7YA 2DE3A 4JWYA 3OSRA 1OVTA 1IITA 5AA1A 1MQIA 4OMBA 4POWA 4IO5A 4NF4B 1NNTA 4I9DA 3JZJA 1VFDA 1B3LA 3HHFA 3O97A 4KYSA 4XIGQ 1PB7A 1Y3QA 4P11A 3VE1B 4TLMB 2XXWA 4RPNA 2THIA 2V3UA 2REJA 2A5TA 2B3BA 3KSXA 4GQOA 2XXPA 1MH3A 1US5A 4IO6A 1NH8A 1FQDA 3OMBA 4GFRA 2RINA 3OOAA 5I2KA 1P1OA 2HQ0A 2REGA 1OLAA 5AE4A 4WEPA 3RLFE 4R6HA 2XXVA 3IB0A 4M1VA 2UVGA 3TTRA 4IGRA 2P2AA 3RTFB 2PVUA 4EF2A 4EQ9A 5I2NA 1KWHA 1DTGA 3FJ7A 4Q8RA 1IIWA 2I0CA 3E9XA 3C36A 1RYOA 5DT6A 5FTIA 1FTKA 3H6UA 3CG3A 5DYHA 3K0VA 3K6UA 1GR2A 4OFOA 3PV0E 4Q5TA 1P1NA 4WXJA 2HZLA 3H4ZA 3U8QA 4JBZA 2BJJX 5B7DA 2V3QA 4IY6A 4F31B 1PB8A 1GGGA 1Z7NE 1B05A 5I56B 3KOSA 4F1UA 3OD7A 5I57B 1Q1KA 3H6VA 3IOWA 3O66A 3V8XB 5H8QA 2Q8JA 3VXBA 2HXWA 1JW5A 4JSDA 4G8HA 3IK6B 1A54A 1PBPA 3Q28A 5TP9B 3TDJA 4KD5A 3QYTA 4THIA 1MS7A 1B3HA 1WODA 5B70A 3K1MA 3L6GA 1T0KA 1JEVA 4PFUA 3CG1A 3OO9A 4ZEFA 3LSXA 2PYYA 5HBCA 5FHMA 2XD3A 3THIA 3LSLA 5H8FB 1B32A 4YU0A 3OENA 3KOTA 4QSEA 3O6GA 4GVOA 3OEMA 1BTJA 4LATA 4X9TA 4F3BA 2NUVA 2QPQA 1XT8A 4OFLA 4MBPA 1QUIA 1D9YA 5DEXB 4KPTA 1B3EA 1B40A 1TT1A 1TFDA 3RPWA 5IKBA 3A09A 3CI8A 4I8CA 3TQLA 4BDNA 5TPAB 3S4UA 3C31A 4C1TA 1M5BA 3TODA 4OENA 4YAHX 2LAOA 3VFJA 2H5YA 1NMUA 4KR5A 4UA8A 4Q0CA 4R73A 4F3SA 4NWCA 2H25A 4KYEA 4BDMA 3EPEA 2H99A 3UIFA 2F8DA 3KEIA 4OESA 1BKAA 3KFMA 1B3FA 2HCAA 2F35A 3IOTA 3EHTA 4PFYA 1BLFA 1Z7ME 4WKMA 2V3TA 1O63A 1I6BA 4YB5A 4Z0IA 3G3FA 4JXIA 3TQWA 4MF3A 1SQYA 4G2ZA 2P0SA 4LP2B 2X7QA 3TEPA 3IOUA 1B3GA 1A55A 1R9QA 3K00A 5H8NB 4PQJA 4ELPA 2YLNA 1ZTYA 1S7YA 2UVJA 1JVXA 5BUUA 1DOTA 1MY2A 3VVEA 3LSFB 4NMYA 1NH7A 1CE2A 2F36A 3QIMA 2VP1A 1FTJA 1D4NA 1A99A 3TPAA 5AA2B 2QJEA 1Q35A 1M5CA 1Y1ZA 3CRBA 3OO7A 4F19A 2I4CA 1J1NA 5FHNA 3FVOA 4YMBA 3BFUA 1P1WA 1FTOA 4TQUQ 3C34A 4GXSB 3S9NC 3U92A 2ONRA 2D5WA 5FHOA 1N84A 1USYH 4AB5A 1MM7A 3FASA 3OXNA 3AXFA 1ANFA 1UTBB 1H45A 4PE5B 3MP8A 4HCYA 5CMMA 3TMGA 1LLSA 4YKIA 1QJMA 3L6HA 4H8IA 2CMOA 3EN3A 5JTYB 2XXUA 2WKYA 4FEBA 4GL0A 1L5TA 5DTBA 1OMPA 3DP6A 4DXBA 4DXUA 4F3PA 3KGCA 4R6KA 2R71A 3ILUB 5JK4A 4M4GA 4P0IA 1B0LA 1FQAA 3FD3A 4YZZA 4QFKA 5ISUA 1SVXB 1UQWA 3W9VA 1LFGA 2VOZA 1M5FA 1I69A 3C4MA 3UN6A 3PUWE 1B52A 3SKPA 4OWDA 3PPRA 4ISUA 2UYFA 2Q2CA 4O3BA 1JQFA 1QW0A 1MQJA 4H1XA 3E13X 3TCFA 4F2QA 4XKQA 2DWIA 1I6QA 3PD8A 1UTHB 3JV9A 4LA9A 4AB6A 1MQHA 2DWHA 2H9BA 1MXWA 2KLFA 5EYFA 1B58A 1P99A 1D9VA 3ZKLA 3MVZA 5AA2D 2ZXTA 4U2RA 4R6YA 3S2VA 4EQ7A 1N3XA 4IGTA 1H43A 4L17A 2Q88A 1Y20A 1EH3A 2GFEA 5ELVA 5I84A 1QUKA 1JVYA 4GL8A 1OIBA 5CM6A 3KN3A 1H3DA 3G3HA 1SW4A 4F1YA 3A3CA 3FVKA 1LAHE 4EXLA 3SEVA 3IO6A 2DQVA 1CB6A 2I4BA 1FTLA 1LFHA 4NE4A 2R6GE 3PPNA 4ONYA 1ZKBA 3Q29A 2ESNA 1UIVA 4IB2A 2OLBA 4FATA 3I5OA 2HFBA 1SD3A 5KDTA 3G7WA 3QSLA 1Y9UA 1LAFE 5HPQA 2QRYA 5HM4B 1URDA 3G3IA 3MVWA 3U94A 3FXUA 1FCKA 2GHBA 4LQ2A 4G68C 3T9XB 2XXXA 3UP9A 5F1QA 3D4CA 2DE4A 2XXQA 1GTKA 5I59B 4U23A 3MVXA 3MZBA 4F3GA 4OXVA 2QS1A 2HZKA 1FW0A 1M5DA 5A5XB 3PGFA 4RA1A 1ELJA 2VD2A 4IO4A 4ESWA 1NNFA 4YICA 3E4RA 3PPOA 4HTGA 3K4UA 3T96B 5H8HA 2DYXA 3GZGA 3JYRA 1FQBA 3RGYA 4H8JA 2NOOA 5K2XA 3EQ1A 3MZ1A 4G68A 3SETA 3K1PA 3MUQA 3FIRA 2Y7IA 1JW1A 3QAXA 4YB7A 2CZLA 2RC9A 2XXTA 3ECRA 1SYIA 4NF8A 2XX8A 3CFZA 2F6GA 1B9JA 1NKXA 3IR1A 5AA4A 4GOTA 4HCWA 1B5HA 2DVZA 3MP6A 3C9HA 2Z8FA 2Y7WA 3FV2A 4P0GA 1SW2A 2Y7KA 3H6TA 1DSNA 2X7PA 4RY1A 1YCJA 3O28A 4JWXA 1R9LA 2ANJA 5CBSA 1WVJA 1YPNA 4OQOA 4OYVA 5I58B 2VGQA 3IL1B 3MW0A 5L8DA 1IZ1A 3R26A 1S9TA 5KCJA 3IOVA 4U4SA 1VFEA 2XD2A 2DOJA 3O6HA 3CFXA 1AL3A 3PUVE 4ELRA 3HN0A 4GWOA 4H67A 1SYHA 3M3FA 3QUJA 3USDA 2F97A 3MQ9A 1LBBA 2PMSA 1MPCA 1POTA 2ABHA 1O64A 4EUOA 4N13A 3VLUA 3D4GA 3O6IA 1Y4TA 1R1NA 3M8UA 5ICQA 3R6UA 3VLWA 3H7MA 3KN7A 1IXCA 4QRZA 2FA7A 1IXIA 1LB8A 4QFPA 3G3KA 2RCBA 1P1UA 5CMKA 2DXRA 3PUXE 4LUBA 4PFWA 4F1VA 4C0RA 1Y4CA 2Z22A 2DP8A 4QFNA 2GHAA 3FXQA 1OQGA 2ONKE 2DXYA 3B6TA 3RQTA 3E3KA 3LC8A 2AIXA 4ELOA 1WDNA 2UXAA 4DE8A 4KCDA 1FTMA 3I3VA 3HHGA 3VDFA 3K6XA 2I49A 3HCQA 3UK4A 1RKMA 3SEWA 1SDXA 5ICTA 4U1OA 1H76A 4F39A 4KFQA 1EZOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QUJA 5LTCA 1FBEA 2F7AA 2UYEA 2P3VA 1XS5A 1YAEA 3CVGA 4OVSA 1VR5A 3S9LC 4QF9A 1NV5A 4ZEKA 4X48A 3BFTA 1AOVA 3PMWA 2H4IA 4I62A 2AYSA 1D3KA 1QVSA 2M8CA 2RKMA 4YKJA 3MPLA 2OWSA 2QS4A 2OX3A 3MZ9A 5ET6A 5J16A 2ZYNA 1KA0A 1VSOA 5I56A 4NF0A 1KA1A 1QKAA 4NEDA 3V5AA 5I57A 1YYZA 4NF6B 3CSBA 4ELQA 4P9KA 4UACA 3P7IA 4PTKA 1B7UA 1BIYA 4ZEBA 2ZNTA 5DVIA 1URSA 4ZECA 4GXAA 2Z8EA 1JW4A 5TP9A 3LV0A 1IUDA 1A8EA 2ZZWA 1FSAA 1MY1A 4HW8A 2D21A 4JDFA 4YMAA 3FZVA 2VD3A 5CMCA 4NF5B 5AA3A 2Y84A 1OVBA 3DP4A 4U21A 4HE0A 3T93B 5IM2A 5F7VA 4U4XA 1NV4A 3IORA 3B6QA 4GRKA 2Q89A 4DI4B 3IFAA 2FBPA 4OEUA 3CHGA 1M5EA 2PX1A 1B5JA 4DIGA 3BIHA 1N0TA 4GD5A 1R6ZA 5H8SA 5M2VA 1AIVA 3K1NA 1JETA 1NL5A 5H8FA 2O7UA 1DPEA 3I6VA 4ZEIA 3PUZE 2P3NA 4C1UA 3N6TA 2ZYKA 2NXOA 3FBPA 4PFTA 3FVNA 4XTCQ 4N4UA 2YJPA 2ZYOA 3GLBA 5DEXA 1FPEA 4GIZA 3K2DA 1PB9A 1N76A 4N17A 5TPAA 4O7MA 3N26A 1N7XA 2Q8MA 2CEYA 2I48A 4IO2A 4EXKA 2F78A 2DWJA 4KYDA 4RPOA 4PDDA 3TTNA 1PDAA 3KZGA 2P1SA 1LFIA 4ZE8A 3FUZA 1LAXA 3V83A 3HPIA 3TTLA 2Y7RA 5DW8A 1DTZA 5KZTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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