5IKBA

Crystal structure of the kainate receptor gluk4 ligand binding domain in complex with kainate
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
TLVVTTILENPYLMLKGNHQDMEGNDRYEGFCVDMLKELAEILRFNYKIRLVGDGVYGVPEANGTWTGMVGELIARKADLAVAGLTITAEREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIESVDDLADQTAIEYGTIHGGSSMTFFQNSRYQTYQRMWNYMYSKQPSVFVKSTEEGIARVLNSNYAFLLESTMNEYYRQRNCNLTQIGGLLDTKGYGIGMPVGSVFRDEFDLAILQLQENNRLEILKRKWWEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Structure of a High-Affinity Kainate Receptor: GluK4 Ligand-Binding Domain Crystallized with Kainate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 4,Glutamate receptor
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 82
structure length 249
sequence length 249
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ikbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ikbA02
1PBQA 1N76A 3OEMA 4YU0A 4YKJA 2UVHA 1BP5A 3KZGA 1KWHA 2O84X 3HSTA 1LFHA 5JTYA 4BDOA 4ZEFA 4OFOA 2GHBA 3ILUB 3KSXA 4NWCA 3G3IA 2DWIA 5AA2A 3PV0E 3O28A 4PFYA 3UA8A 4KFQA 2Y7IA 3O6GA 1N7XA 2O68A 3MZ9A 2H5YA 1NFTA 2OWSA 5I2KB 5K2YA 5HPQA 3U1OA 2D21A 1LAFE 4E0WA 3H3GA 3O6HA 3TTKA 2YLNA 2DE4A 3H4ZA 4RPNA 1YTVA 5FTIA 1IIWA 1AMFA 2UVJA 3UP9A 1MXUA 4C1UA 3UORA 2UYEA 3KFMA 2HZLA 1QW0A 1N7WA 2ZYNA 2YPNA 2GRVA 1FQDA 4X9TA 2F34A 1RYOA 3OO7A 3C32A 2XXPA 4C1TA 2I6EA 1EU8A 4H6DA 4X48A 1B52A 4LUBA 2F78A 3SETA 5DEXB 1XT8A 1FQBA 1JQFA 5EHSA 3ONMA 4PFUA 4YB6A 3U8QA 3OXNA 2I58A 1B3HA 3VV5A 2QSXA 1P99A 3W9WA 1MY2A 5TU0A 4UA8A 3C4MA 1S7YA 3BFTA 1QULA 3SESA 2A5TA 3IX1A 3SDFA 3EQ1A 4NF6B 3IOVA 1QKAA 2R6GE 1LAXA 4DE8A 2PT2A 1AOVA 1US5A 4GXSB 3N26A 4I1DA 4DLDA 3RLFE 3PPOA 5BWJA 3K1PA 4PETA 2UXAA 2FA7A 5TP9A 2F6PA 1R9LA 4F1YA 1MXVA 4GL8A 1SI0A 3VDFA 1GVCA 4GVOA 3Q28A 5H8FA 3TAJA 4OENA 4KYDA 1TFDA 1MRPA 4LP2B 2O6AA 4NF8B 1S9TA 4AB6A 1IXIA 4FECA 3H6VA 1UTHB 1NNPA 2ZNSA 3KGCA 3JYRA 2VD3A 1POY1 3O29A 1R6ZA 5H8QB 5CMCA 3GBAA 1LFIA 1R9QA 3Q25A 4XKPA 2ANJA 3VFJA 4JXIA 5KCJA 2VGQA 5H8NB 1I6BA 1Y3NA 3HO7A 1SQYA 1NNFA 2VD2A 3FVOA 3RT8A 3PGFA 4LZ7A 3CFZA 4ZE9A 4GOTA 3CRBA 4RK2A 1MQHA 3CR9A 3GZGA 1I6AA 3K1MA 3ZS6A 4KYSA 2A5SA 3IOTA 4THIA 1YPNA 2RC8A 1OQHA 4EDPA 4UACA 3G3JA 4RY1A 2PYYA 4KI0E 3RGYA 1Y4TA 4YICA 2AYSA 1DOTA 4U21A 1LAGE 3FVGA 4OWDA 3TTNA 5A5XB 4F2OA 4F1VA 3MVWA 5HBCA 3FIRA 3THIA 1B2HA 3RTWB 5I2NB 3USDA 2D5WA 3GLBA 3Q26A 4M4GA 4OFJA 3TQLA 3C9HA 1IZ1A 4ZZAA 1DTGA 4BDRA 1Y1MA 2XXTA 4YKKA 4EQ9A 4I8CA 1EZOA 2O1LA 5TPAA 3MQ9A 5DT6A 1CE2A 1I69A 3T9XB 1PB7A 3EHUA 4ZDMA 4F1UA 3RY3A 4G68C 4XKRA 1B7ZA 2G93A 2ONRA 5CC2A 1DPPA 3FJGA 4I62A 3DM0A 5I58A 3K02A 1P1OA 2AIXA 4FJPA 4YZZA 1GGGA 2GFEA 3TCHA 1MQDA 3FJ7A 4MBPA 1OVTA 5IKBA 4R2FA 3Q27A 1XS5A 3N6UA 4U4XA 5ELVA 3PD8A 4OETA 1NNKA 2ESNA 1LSTA 3TTLA 3O66A 1EZPA 5FHOA 3WAFA 5LOMA 1URGA 2Q8JA 4JWOA 3SEXA 3V89B 2HQ0A 3OELA 3KOTA 1UIVA 4R9FA 4F3PA 1N0TA 4IO5A 4ZE8A 1USYH 4WKMA 3VXBA 4IGRA 5CBSA 3QSLA 1MPBA 4NE4A 1B46A 3CFXA 1DTZA 4I9DA 4H5GA 3N6TA 4LQ5A 3T22A 3H6WA 2DVZA 2NUVA 3CG1A 3KJTA 4ZEDA 3IB2A 2OLBA 1MS7A 2Y84A 3MWBA 3F11A 4NF4B 2F7AA 2I0CA 1B5HA 4ELQA 4YB5A 3K01A 4U2RA 1LAHE 3MAMA 4OEUA 2HFBA 2DQVA 5ITPA 4IY6A 3T66A 2XXYA 4KCCA 3FV1A 1MY0A 3R26A 3P7IA 3U72A 1N04A 4L17A 3ZKLA 1R1NA 4PE5B 1JW5A 1QUJA 5L9MA 1UTBA 2Z8FA 4F19A 1OVBA 1XHYA 5DTBA 4EXLA 5IAIA 4BDNA 3N94A 2DWHA 2PBWA 2YJPA 4X1DA 4F18A 2F7CA 1B3EA 3LSFB 3PMVA 5CMKA 3G3HA 1IXHA 3KN7A 2H4IA 1PB8A 1SBPA 3MPKA 4EUOA 2OZZA 2GHAA 1ELJA 3KOSA 5I57B 2B3BA 5ISUA 4LZ8A 5AA1A 3OMBA 1QVSA 2XXVA 3FASA 5DVFA 1LGBC 5I59B 3ECRA 3VVDA 2NXOA 4F3GA 4G77A 2B3FA 4HCWA 2Z8EA 3S9EA 2XX8A 3U93A 1OLAA 4KQPA 3FVNA 3EPEA 2ZNUA 5JK4A 2ALUA 1MQGA 3MZ1A 1IXGA 2ZYMA 3IL1B 2IA4A 3DP8A 4LONB 1M5FA 5BUUA 1FTKA 1D3KA 2R71A 2G29A 5H8HA 4NF5B 3DP4A 3H06B 3MP1A 2R9JA 5AA4B 4BDMA 1N3WA 3KJ7A 4P0IA 1ZLQA 3RPWA 3U92A 2HXWA 3MW0A 3SEVA 2CMOA 1EH3A 4ZZEA 1FQAA 3G3KA 3PUWE 1A40A 3D4GA 1USYE 1FTMA 2XD3A 4R75A 5DVJA 1J1NA 1NMUA 1URDA 3VXCA 1Y20A 3RUMA 3ILTB 3DELB 4KD5A 1Y3PA 3KBRA 4XXUA 1MPCA 3B7DA 1ZMGA 1VSOA 2OJTA 1A8FA 1TFAA 1LB8A 3L6GA 4GRKA 3RTFB 1O64A 1QUKA 2ZMBA 4H67A 5I56B 4OTEA 2HEUA 2F97A 1TT1A 3HHFA 4YKIA 1JW1A 1HSEA 1H45A 1JNFA 3TODA 2XHDA 3TFLA 4F3SA 3K6XA 1MM6A 3E9XA 4N6PA 3MC2A 1BLFA 4YB7A 3PUZE 3QUFA 1P1UA 3FZVA 1ANFA 3A09A 1L5TA 4QFNA 1Y4CA 4OZ9A 3TDJA 3M3KA 2ZYOA 1RKMA 3T9HB 3T9UA 2V93A 3Q29A 1NKXA 1SYHA 4OVJA 4ZEBA 3TZAA 3RT6B 3KSJA 3S4UA 5AE4A 2QS4A 4U23A 3TMGA 2QL3A 5KDTB 2OWTA 3OSQA 2D3IA 4OESA 2Z23A 2NOOA 4YKPA 5L9SA 1MM7A 4QFPA 1ZKBA 1PEBA 1JETA 1D9VA 5EHMA 3FXQA 3BFUA 1UIUA 1FQFA 4DCXA 1B5JA 4EF1A 3K6WA 4E0XA 2DSFA 1B32A 2Q2AA 4RJZA 4JDFA 5F1QA 3MZBA 2F6GA 4FEDA 1MXYA 4OQOA 2IEEA 1P1NA 1SW4A 5JTYB 2HZKA 4R2BA 1H44A 1B1HA 1O63A 2THIA 2Q2CA 2XX9A 4AB5A 4XIGQ 4MH5A 3MVXA 4RA1A 1US4A 3IO6A 1OQGA 3O6IA 1HSLA 4P0GA 5AA2B 3IOWA 4G4PA 4GIZA 3K6UA 1QUIA 1P1QA 3A3UA 3CFLA 1AL3A 2ZYKA 4QFKA 4XKQA 4QF9A 2I4CA 4G68A 1CB6A 1VFDA 5CRYA 1M5EA 4H65A 4G8HA 1FTJA 3DLNA 4PP0A 5K2XA 2Z22A 1LBBA 1PB9A 1B0LA 3UK4A 4F31B 4QHQA 1B6HA 3T96B 5ICQA 1MXZA 5FHNA 2QS2A 1POTA 2BJJX 2I4BA 4OFLA 3KN3A 4IO4A 3TELA 4GF8A 1B3FA 4IO7A 1B4HA 4NTLA 1NNTA 2F5XA 4IGTA 3TPAA 5DYHA 5CMMA 1OMPA 1VFEA 2DWAA 2ZXTA 1FQCA 1B51A 2REGA 3FUZA 2Y7RA 1VR5A 1Q1KA 2ABHA 5H8SA 5CMBA 3I5OA 3G3FA 2QPQA 4AQ4A 2I3WA 2VHAA 5AA3A 1B3LA 5I2KA 3H03A 2XXWA 4U1ZA 4Q0CA 3T93B 4MLQA 3G3GA 2I0BA 3MPLA 1YCJA 5CBRA 1TXFA 3RQTA 2OBGA 3M3LA 3K1NA 3SEUA 3ODBA 1AIVA 1SW5A 4HS7A 3TKDA 2P2AA 1BTJA 3IAZA 1MY1A 3HHGA 2NVUB 2Z8DA 3QIMA 2A5TB 4JWYA 2FNCA 2UYFA 2O7IA 1FCKA 4DXUA 1ATGA 4OMBA 4OEVA 1PBPA 3LSWA 5DEXA 5TP9B 5FHMA 2DXRA 3TCFA 2P1SA 4ELRA 4JWXA 3LUYA 1Q35A 4QSDA 3SKPA 3LR1A 2OCUA 5H8FB 4C0RA 4F2QA 1FTOA 1IEJA 4R6KA 3R6UA 4PQJA 1B40A 1GR2A 1JEVA 4U1OA 2PT1A 1MG1A 3GBBA 4HCYA 4ZS9A 2V3QA 5ICTA 3UGWA 3KN8A 2DE3A 4DDDA 4NF6A 1H76A 4H8JA 2M8CA 2HCAA 1MPDA 4QFLA 3BBRA 3K6VA 2O51A 2DOJA 4WEDA 1JVYA 2H9BA 4XTCQ 1BKAA 3UIFA 3K00A 4F29A 3JZJA 5KCJB 2QS1A 1SW2A 1EZ9A 3MP6A 3OOAA 4NMYA 1SD3A 4K3FA 2VOZA 2WKYA 1MY3A 4WEPA 3OENA 2F8DA 4FIMA 4GLIA 3HN0A 3N5LA 3PD9A 3CG3A 2QJEA 4NF8A 3QYTA 1MH4A 3EHSA 1UTHA 4FORA 3PPRA 4MF3A 2DVCA 5EYFA 3L6HA 4GWOA 3GXAA 2V25A 2V3UA 4KYEA 4NWDA 4DCYA 5H8QA 3LSXA 4MLVA 4Q30B 1Z7NE 4H0WA 1H43A 3R7XA 2F36A 3CI8A 2DE2A 2DYXA 3MBPA 4TOZA 4ESXA 3I3VA 3D4CA 4IB2A 2H25A 4DIGA 1D9YA 4FATA 5H8NA 3B6TA 3EF7A 3AXFA 3PUYE 1LCFA 1A8EA 1JEUA 1B58A 1ZIUA 2B65A 3IJOB 3IK6B 3MVZA 3TUSA 4ISUA 4OHNA 4IO2A 4O3AA 2LAOA 3SERA 3K2DA 1QJMA 1TWYA 5FTHA 3O2AA 5TPAB 1XVYA 4RK9A 4TQUQ 3CIJA 3OO6A 4GXAA 1LCTA 4ZECA 1WDNA 5A5XA 1LLSA 3IO4A 3ZSFA 3V8XB 4F3BA 3HV1A 2GH9A 2UVIA 5I58B 3B6WA 1MXXA 3C34A 5I2NA 3E4RA 1A99A 4EF2A 4F39A 1PC3A 3W15C 1SVXB 1WVJA 5ITOA 4OXVA 5L9OA 3LC8A 3CSBA 3C36A 2XXRA 3E3KA 3TTRA 4X1BA 1D4NA 2RCBA 2OK2A 3M8UA 4YMAA 3S2VA 3FD3A 1B1XA 2RKMA 2RCAA 2V3TA 4DXBA 1JVXA 4R9GA 4R72A 5B70A 3VLWA 2FYIA 2Q89A 3OO9A 3OEKA 1Y1ZA 1Z7ME 5M2VA 3DP6A 3V83A 1LB9A 4LQ2A 2QS3A 3PMXA 3WAEA 3VLUA 2I48A 1LBCA 4G8MA 2I49A 3RN8A 1A55A 1XOCA 4GD5A 4IO3A 4FAJA 4LVQA 1DMBA 1P1WA 4ESWA 4LA9A 3FXUA 4H1XA 4EQ7A 3CSGA 2Y7WA 3MVYA 4H8IA 1A54A 1IQ7A 2DXYA 2DWJA 3QUJA 4WXJA 2XXUA 1GTKA 3FGSA 5L8DA 4ZEKA 3MJNA 4PFTA 3ZKKA 2XX7A 1SI1A 4OERA 1I6QA 3QXMA 3TQWA 1BIYA 2QMWA 1SW1A 4DZ1A 3E13X 3V5AA 1Y9UA 2E0SA 1UTBB 1RYXA 2CZLA 1H3DA 2XXIA 4NF4A 1T0KA 1B3GA 1MY4A 1PDAA 3KG2A 1M5BA 4G8NA 4R74A 1B0HA 1B9JA 2Y7PA 1F9BA 4RPOA 1S50A 4HTGA 2Q9TA 4F22A 3OO8A 2H99A 1IITA 2O1MA 1B4ZA 4POWA 1WODA 4XKNA 4BLAA 5CM6A 4Q8RA 2ZNTA 4R73A 3IOUA 1ZJLA 2RF1A 2AL4A 3S9LC 1N84A 4HW8A 4QSCA 1SDXA 5JEIA 3PPQA 3A3CA 1M5CA 1MQJA 1ZTYA 4BDQA 5KZTA 4RNSA 1ZU0A 2F7BA 4OYVA 4KCDA 3T9VA 4POXA 5F7VA 2X7PA 3G7WA 2NWJA 3C33A 1URSA 3H6UA 1DPEA 4RYAA 3S9MC 3TTMA 2V84A 3SEWA 5H8HB 4R6HA 3IJXB 3O9PA 4U22A 1OLCA 2QRYA 3O97A 3PMWA 5I57A 3IB0A 2XXXA 1A7LA 2XD2A 3UN6A 1DSNA 4JSDA 4EXKA 4ND9A 5I59A 1HSJA 4FE8A 4KPTA 4KHZE 3JV9A 3QAXA 4YAHX 3TEPA 1FW0A 2Q88A 4M1VA 1B5IA 3FXRA 4N07A 4P11A 2XXQA 3VLVA 3EN3A 4KR5A 4ONYA 1IXCA 4O3CA 4TLLB 3H6TA 3VVFA 3PU5A 4QFOA 1B7UA 2W7YA 4LZ5A 3W9VA 4JB7A 2XXHA 4NF5A 2X26A 2UVGA 4Z7EA 5I84A 5AA2D 5AA4A 4ECFA 3PPNA 3S9NC 3BKIB 3CVGA 3K4UA 4YMBA 3IR1A 1MH3A 1JW4A 1XC1A 3H7MA 2X7QA 5CI5A 1NH8A 4QSEA 2HAUA 4O3BA 4N13A 4MFIA 1N3XA 2PX1A 3VE1B 1FTLA 3QK6A 2AL5A 1MDQA 1O7TA 5J1DA 1MDP1 3M3FA 1NH7A 4JBZA 4U4SA 3PUXE 3EHTA 3K0VA 3IORA 2RC7A 3MP8A 2DS9A 1GV8A 2I3VA 1AH5A 3FJMA 5B7DA 2Y7KA 4RXLA 3PPPA 3VVEA 3IB1A 1UQWA 2H98A 3TCGA 3HPIA 3OD7A 5I56A 1VE4A 4Z0IA 3PUVE 1MQIA 3U94A 2ONSA 4GQOA 2F35A 2PVUA 2O69A 4R6YA 1XVXA 2HAVA 1NL5A 3C31A 4Q5TA 4IO6A 1YAEA 4NEDA 4ELOA 1OIBA 4TLMB 2O7UA 4PFWA 4LATA 3FVKA 3HCQA 1M5DA 4DXCA 5HM4B 3TYHA 2KLFA 4ELPA 4IY5A 4FEBA 3RNNA 2VP1A 3B6QA 3LSLA 1B05A 4G2ZA 1FQEA 3KEIA 4BDLA 2ONKE 2QMXA 3LBSA 1LFGA 1B7HA 1II5A 2RC9A 4JSOA 4GFRA 1QKBA 4H5FA 1ZBMA 2PMSA 3FV2A 3C35A 4ZEIA 5DVIA 1Y3QA 5KDTA 2E1SA 1SYIA 2REJA 3I6VA 3SEYA 3MUQA 2P0SA 3OSRA 4GL0A 4EQBA 1IUDA 3FATA 2DP8A 2RINA 4G68B 4QRZA 1MXWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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