5ITOA

Structure of the periplasmic binding protein m117n-noct from a. tumefaciens in complex with octopine
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
DYKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPNTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Fitness costs restrict niche expansion by generalist niche-constructing pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
molecule tags Membrane protein
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
total genus 86
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5itoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5itoA02
2XXVA 5ISUA 3LSLA 3LUYA 4F3PA 1Q35A 3CI8A 4IO4A 2QL3A 3UP9A 3BKIB 1P1WA 4G8NA 3K0VA 1B7HA 1R6ZA 3E3KA 2RC7A 3CFLA 3U1OA 2QS3A 4IY5A 1O63A 4NF6A 2G29A 3IR1A 3FUZA 4X1BA 1SDXA 2Q9TA 4OEVA 1NMUA 4YU0A 5F1QA 4I1DA 4G68C 1DTZA 4O3CA 3N26A 2F6PA 4GXSB 2I3VA 1BKAA 1QVSA 2UVIA 4R9GA 3KSJA 1B1XA 3Q29A 1AIVA 3QYTA 1IXGA 3VVEA 1JQFA 2A5TA 3ECRA 3I6VA 2I0CA 3MVYA 3V89B 4ZE9A 2R71A 4ZEDA 3HSTA 2XXRA 3M3FA 4F29A 5ITPA 4U23A 2NVUB 1MXWA 4GFRA 3MW0A 2UYEA 3DP8A 4JWOA 4MLQA 3D4GA 2V3TA 3MZBA 1MH4A 5BUUA 2O6AA 1MQHA 1OLAA 3MBPA 3VDFA 3I3VA 3CSGA 1N7WA 3QK6A 4MLVA 3IOVA 4UA8A 2DWAA 1MXZA 2RCAA 3FATA 4KCCA 1Q1KA 5CMMA 3IORA 2H4IA 3G3IA 5AA2D 3OD7A 4R72A 1M5CA 3H4ZA 4NF5A 5I57A 3WAEA 3R6UA 3C31A 5LOMA 4IO3A 1B3LA 1I69A 3KFMA 4OESA 2QRYA 4FEDA 3S9MC 4F1UA 1SQYA 3PUZE 2DSFA 3MVWA 3H6VA 4N07A 1TT1A 4EQ9A 3MZ1A 4P11A 1D4NA 3M3LA 1NFTA 1BTJA 1Y4TA 3A3CA 3Q28A 3SEYA 4M4GA 5AE4A 2DWIA 2AL4A 4LONB 1GGGA 3K6XA 3TEPA 2GHAA 3V83A 2YJPA 1LFIA 3CSBA 5H8HB 3RT8A 2NXOA 4DDDA 4WXJA 1LLSA 1ZIUA 2KLFA 3KG2A 4ZS9A 3KOSA 3H03A 3CG1A 4OHNA 1O64A 4KHZE 1SBPA 1US5A 3PUXE 1GTKA 4QFKA 4IO2A 3LR1A 1Y20A 3DELB 1MXXA 3IOUA 2ZNSA 4NF8A 3HHFA 4ZEFA 4E0XA 3S2VA 2PMSA 4ELOA 3IB1A 4H65A 1JW4A 1MY2A 2OK2A 5JTYB 5J1DA 3WAFA 5KDTA 1IIWA 1XC1A 2I58A 1RKMA 1P99A 2F7AA 2DP8A 2UVJA 2Q8JA 1VE4A 4PFTA 4H67A 1GR2A 2V93A 4IB2A 4F2OA 4BLAA 1UTHB 4RPOA 4FJPA 4BDRA 3QSLA 3G7WA 3O97A 4P0GA 2PT2A 3C4MA 4YAHX 1JVYA 1POY1 3ILUB 5EHSA 2Z8EA 4IO6A 2HQ0A 4RA1A 4F39A 1J1NA 1MY4A 2I48A 1LAXA 4XKNA 2HZKA 4OWDA 2E0SA 1Y1ZA 4THIA 1MDQA 3HV1A 2HXWA 1EZPA 3LSXA 3RPWA 2DE2A 1MQIA 3VLWA 4LP2B 1I6AA 2DS9A 1FW0A 1ATGA 4OEUA 2A5TB 2QMXA 3I5OA 4NTLA 2LAOA 2ONSA 4ZECA 4ELPA 1IXIA 3U93A 1PDAA 4XKQA 4NWCA 2Z23A 3B6QA 2OCUA 1B3FA 1IZ1A 4GF8A 3MZ9A 3K1NA 3DM0A 3TELA 3UORA 1UTBB 2O69A 4H5FA 3TMGA 1UIUA 4OERA 3GBAA 1T0KA 1OMPA 1NNFA 3L6GA 4LZ7A 3TPAA 1LFGA 3T9VA 4NE4A 3R7XA 1Z7ME 1XHYA 3OENA 3QIMA 4X48A 5TP9A 1B1HA 2XX8A 3TDJA 2O7UA 3O6GA 3SESA 4AQ4A 1EZ9A 2DXYA 3OXNA 1B5JA 5CI5A 1ZLQA 2ZNUA 3USDA 5I57B 1B0LA 4FORA 2R9JA 2X26A 1YPNA 3U92A 5DVJA 4JXIA 1URDA 2H99A 3OELA 1DPPA 4R9FA 3RQTA 2ONKE 5CMCA 1LBCA 1B40A 1N04A 5H8QB 2W7YA 1LCTA 5EYFA 4F22A 3V8XB 1M5FA 3CR9A 2F36A 4O3AA 1A8EA 3OSQA 3FJGA 4OTEA 4U21A 4ND9A 1US4A 2DVZA 3PGFA 3O29A 1RYOA 4NEDA 4N13A 4F3SA 4H0WA 1XOCA 1MXVA 3THIA 2O1LA 1HSJA 3EHSA 2ABHA 1S50A 5AA1A 4F18A 1B05A 3OEKA 1FTOA 3RTFB 4YMAA 4QFPA 2RCBA 3KEIA 3TTMA 5H8HA 3RT6B 3GZGA 3ZS6A 4ZE8A 3ZKKA 2B3BA 4R6KA 4OMBA 4GQOA 3C32A 2DQVA 3CFXA 4ZEKA 4GOTA 4NF8B 1B4HA 4Q8RA 1P1OA 3EPEA 2VHAA 4KD5A 2UYFA 3O66A 1B2HA 4ZZAA 3BBRA 1M5EA 3OO6A 4U22A 2E1SA 3QAXA 3TZAA 2RINA 5I58B 3IOWA 3JV9A 1OVTA 1B0HA 3TKDA 3DP4A 2CZLA 4DXBA 2NWJA 5A5XB 2Z22A 4OXVA 4X1DA 3W9VA 2QJEA 3SKPA 3FVGA 4LATA 4I8CA 4MH5A 2P0SA 3RN8A 3VFJA 1JW1A 3SEWA 1AL3A 4H8JA 2B3FA 1SW5A 3MPKA 2RC9A 3LSFB 3Q27A 3K6VA 1MQDA 1UTHA 4KI0E 5EHMA 3EQ1A 4H1XA 1B5IA 1MDP1 1DMBA 1QUIA 4AB6A 2Q88A 1BLFA 3KOTA 1FQAA 1Y4CA 2BJJX 3SEUA 2ANJA 3PPQA 1TFAA 4ZEBA 4MFIA 1XVYA 3EHTA 3IX1A 4F2QA 2FA7A 3EN3A 2D5WA 2XXWA 1D3KA 5L9SA 4OQOA 2ZNTA 2XXYA 4O3BA 2XXPA 3HPIA 5I56B 3RGYA 4EQ7A 3HCQA 5DT6A 1Y3NA 1GVCA 4QSDA 1M5DA 2VD2A 4OETA 5K2YA 2Z8FA 3MP6A 4BDNA 2QSXA 4U4SA 1UTBA 5TP9B 4IO7A 2Y7PA 1PB9A 4DCXA 2QMWA 3OOAA 3MP1A 4QSCA 1SI1A 3MAMA 3PPNA 4EF1A 5CBRA 5B7DA 3MUQA 3C35A 3EF7A 1H44A 4G77A 2I4BA 3K4UA 4ONYA 4KYDA 3K2DA 3CVGA 3QUFA 2DE4A 3CRBA 2H5YA 5ICQA 2V3QA 3FASA 4HCWA 1QUKA 4LUBA 2YPNA 2REJA 4JSOA 4FECA 4FAJA 1USYE 3LBSA 3MC2A 4ZZEA 2Y7KA 3PUWE 1URGA 5H8QA 3IB2A 2DXRA 3AXFA 5I2KA 4Q30B 2UVHA 5H8NA 1MS7A 4HTGA 1CB6A 3HO7A 3PMXA 3EHUA 1PB8A 1ZBMA 1QW0A 4WKMA 1PEBA 1SVXB 2GFEA 5AA4A 3OEMA 3IB0A 3T9XB 4QFNA 2OBGA 1F9BA 1MQJA 1Y3QA 1PC3A 3K01A 2PBWA 3H6UA 5CC2A 5ICTA 4TQUQ 4X9TA 4WEPA 1DOTA 2UXAA 4GWOA 1S9TA 3MJNA 2HAUA 2NUVA 2QPQA 3DP6A 2Q2AA 1MH3A 2XD3A 1LGBC 3SERA 4C1TA 2A5SA 5AA3A 5M2VA 4I9DA 3IJOB 1QKAA 1FQDA 4G2ZA 1SYIA 4RYAA 5I58A 2XXXA 1VSOA 4JSDA 1FTJA 1I6QA 1R9LA 4Z0IA 4RPNA 5A5XA 3IL1B 4MF3A 4BDQA 5DYHA 3S4UA 2QS4A 1UIVA 1TWYA 1B4ZA 3B6TA 3KSXA 5DVFA 3H6TA 4G68B 3KJ7A 2PYYA 4DIGA 4IGTA 3O6IA 3G3GA 4QFOA 2V84A 2P2AA 1B32A 1MPDA 1D9YA 2HFBA 2O1MA 2YLNA 2G93A 1LB9A 3VV5A 1AH5A 4PFUA 3UN6A 4ECFA 4RNSA 4YMBA 3UK4A 4I62A 1H43A 4R2FA 3F11A 3C36A 3FZVA 1B51A 2FNCA 3S9LC 2F8DA 3KGCA 2GHBA 4MBPA 2H98A 4LQ5A 5I56A 1OVBA 3CG3A 4G4PA 2ZYNA 5H8FB 5JK4A 1B3HA 1MG1A 1SD3A 3FXRA 3O28A 1NH8A 4KPTA 1SW2A 1FQCA 4EQBA 4XIGQ 4E0WA 3TTLA 4PFYA 2DE3A 3R26A 1IXCA 3FGSA 1Z7NE 3RUMA 4RXLA 2H9BA 2Y7WA 2O84X 4R75A 1QUJA 3T22A 1NL5A 2X7PA 4R6HA 3N5LA 3Q26A 2CMOA 5CMKA 3A09A 4Z7EA 4WEDA 3ZKLA 1HSEA 3OO8A 5FHMA 1MXYA 5I2KB 1DPEA 5H8NB 4KR5A 3RLFE 3L6HA 4PQJA 3TTRA 4G8HA 2UVGA 1IQ7A 3IJXB 3E13X 4GRKA 4PETA 1B3EA 3RY3A 2OLBA 3TCGA 1A54A 2DYXA 1OIBA 5AA4B 4R74A 2GH9A 3C33A 1SI0A 4OFJA 4PE5B 1SW4A 2I4CA 4IO5A 2XXIA 3T66A 3P7IA 3PD9A 1RYXA 2D3IA 3MP8A 2V25A 1XS5A 4H5GA 4YKIA 3RTWB 4POWA 4YKPA 3O2AA 3G3FA 5DEXB 4OZ9A 5HPQA 2Y84A 5CMBA 5I84A 5IAIA 1OQGA 4U4XA 3KJTA 1R1NA 4XKRA 2F7BA 1KWHA 3BFUA 2O51A 3VXCA 3G3HA 3K6WA 2VGQA 4DXCA 4AB5A 5DVIA 4HW8A 1WDNA 1Y3PA 2HAVA 1ZTYA 5AA2B 5ITOA 4FE8A 3GLBA 3GBBA 3V5AA 4U2RA 1YTVA 4YB7A 3FVNA 4QRZA 1I6BA 4BDOA 2I6EA 3PMWA 3FXUA 1IXHA 1TFDA 1MY3A 3KZGA 4DZ1A 4F1YA 2AYSA 4XKPA 4GVOA 2H25A 2F35A 3O6HA 2Q2CA 5FTHA 3FV2A 2IEEA 3N6TA 4YB6A 2DOJA 1B58A 4G68A 3GXAA 3HN0A 4OYVA 1UQWA 4HCYA 3HHGA 1OQHA 1EU8A 4L17A 2Y7IA 4KQPA 3VVDA 1A40A 4YB5A 3ODBA 1YCJA 2PX1A 5B70A 3MPLA 4HS7A 1SW1A 5K2XA 4OENA 1QJMA 3M8UA 4DCYA 2RF1A 3KN3A 1B7UA 5TPAB 3CIJA 1B3GA 2DVCA 4BDLA 3FXQA 5L9OA 2THIA 3TUSA 3JZJA 2I0BA 3OO7A 1FTKA 1H45A 5CBSA 2O7IA 1DTGA 3SEXA 3N6UA 1AMFA 4NMYA 1TXFA 3H06B 1NH7A 3ILTB 3ONMA 5ELVA 1M5BA 4YKKA 4JDFA 1LBBA 3M3KA 3VLUA 5H8FA 5HM4B 3U8QA 3TAJA 3H3GA 1JW5A 1XT8A 5I59B 1LAGE 2VD3A 1B46A 4RK9A 5JEIA 1FTLA 2D21A 2X7QA 4ELQA 2REGA 1EZOA 5IKBA 3OSRA 2Z8DA 4NWDA 4EXKA 2DWJA 5FHOA 3TTNA 1VFDA 1ZU0A 4JB7A 4GD5A 3K1MA 1SYHA 3O9PA 2VP1A 1IEJA 3PPRA 1ANFA 5I2NB 2ZYKA 4XXUA 1B9JA 4JBZA 4Q5TA 2HCAA 4DLDA 1P1NA 3TYHA 3MVZA 4R6YA 1USYH 5L9MA 1BP5A 4IY6A 3C34A 1NKXA 3T96B 3W9WA 2ALUA 3TQWA 3VXBA 1XVXA 2I3WA 3Q25A 1A99A 2ZYOA 3KBRA 3KN7A 4TLMB 2F5XA 4LZ5A 3K6UA 3QXMA 1OLCA 4LA9A 4JWYA 1LCFA 3KN8A 3FD3A 1POTA 5DEXA 1JEVA 1QULA 1FQFA 4F1VA 4EUOA 3VLVA 1P1UA 2ONRA 2IA4A 3VVFA 4BDMA 1LSTA 5KCJB 4ZEIA 3TODA 4EDPA 2F34A 4XTCQ 4QF9A 3U94A 3IO4A 5CM6A 1URSA 1N7XA 1FTMA 2ZMBA 2OWTA 2XHDA 4GL0A 1H76A 3B7DA 1A8FA 2XX9A 4KFQA 4F19A 4R2BA 2QS2A 3FV1A 1B7ZA 1MPCA 3E9XA 4OVJA 4M1VA 4QFLA 1PBQA 2Q89A 5AA2A 2B65A 3N94A 2O68A 1MPBA 3LC8A 2RC8A 1MM7A 5CRYA 2XXQA 3E4RA 2F97A 4EXLA 4NF4B 3S9EA 4TLLB 2PT1A 3MVXA 2P1SA 3C9HA 1MY1A 3IAZA 1B52A 3IOTA 4FIMA 1NNPA 1H3DA 3PU5A 2Y7RA 2F7CA 1N0TA 1A7LA 2XX7A 2HEUA 3G3KA 5FTIA 4EF2A 4NF6B 1PB7A 4UACA 2WKYA 4F31B 1VR5A 3FJMA 3PV0E 4K3FA 4ESXA 2XXUA 4H6DA 4YZZA 5TU0A 4OFOA 2ZYMA 1MXUA 1N3XA 3SETA 5TPAA 1IUDA 3QUJA 1MQGA 3JYRA 4Q0CA 4IGRA 2AIXA 3FVKA 2XD2A 1LAHE 3RNNA 4C1UA 4PFWA 3TFLA 1CE2A 2ZXTA 2HZLA 1ELJA 3B6WA 1PBPA 3MWBA 5L8DA 3CFZA 1DSNA 1JVXA 1B6HA 3TTKA 4LQ2A 1WVJA 1N84A 4QHQA 2PVUA 4U1OA 3TQLA 2OZZA 5F7VA 1ZJLA 3H7MA 3MQ9A 1MM6A 3IK6B 5I59A 1R9QA 4G8MA 1WODA 2QS1A 4JWXA 4PP0A 4YICA 3PMVA 1N76A 1NNKA 1JETA 3TCFA 2I49A 4GIZA 3OO9A 1O7TA 2DWHA 3FIRA 5BWJA 2GRVA 4GL8A 3IO6A 4NF5B 3FJ7A 5DTBA 5FHNA 1LB8A 5KZTA 4RY1A 3K1PA 3PUYE 3S9NC 1D9VA 4FATA 4ESWA 1L5TA 4DE8A 4P0IA 2FYIA 5I2NA 1FCKA 1II5A 4KYSA 4F3GA 1LFHA 1ZMGA 4YKJA 4C0RA 1VFEA 2XXHA 3PUVE 1LAFE 3VE1B 3SDFA 1Y1MA 3UA8A 2VOZA 3LSWA 1MY0A 2OWSA 3FVOA 1S7YA 3D4CA 3PD8A 4RJZA 2NOOA 4H8IA 1QKBA 3T9UA 2XXTA 2RKMA 1Y9UA 3U72A 3K00A 5HBCA 2R6GE 3G3JA 1HSLA 4ELRA 2F6GA 3SEVA 3K02A 3DLNA 4KYEA 4KCDA 3ZSFA 3H6WA 1AOVA 1EH3A 4LVQA 3PPPA 5KCJA 3UGWA 4OFLA 1B5HA 5H8SA 1N3WA 2OJTA 3BFTA 2V3UA 4LZ8A 3A3UA 1YAEA 1A55A 4GLIA 4GXAA 1GV8A 5KDTB 4R73A 1MRPA 1BIYA 4DXUA 2ESNA 4TOZA 4RK2A 4QSEA 4ZDMA 1JEUA 1ZKBA 4POXA 4ISUA 3PPOA 5JTYA 3UIFA 1JNFA 4FEBA 1IITA 4F3BA 3W15C 2AL5A 1NNTA 3TCHA 1FQBA 3T93B 3T9HB 1FQEA 4U1ZA 2F78A 4NF4A 1P1QA 2M8CA 3OMBA 4N6PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XXVA 5ISUA 3LSLA 3LUYA 4F3PA 1Q35A 3CI8A 4HXVA 4IO4A 2QL3A 3UP9A 3BKIB 1P1WA 4G8NA 3K0VA 1B7HA 1R6ZA 3E3KA 2RC7A 3CFLA 3U1OA 2QS3A 4IY5A 1O63A 4NF6A 2G29A 3IR1A 3FUZA 4X1BA 1SDXA 2Q9TA 4OEVA 1NMUA 5IZ3B 4YU0A 5F1QA 4I1DA 4G68C 1DTZA 4O3CA 3N26A 2F6PA 4GXSB 2I3VA 1BKAA 2L5VA 1QVSA 2UVIA 3KC0A 4R9GA 3KSJA 4X8RA 1B1XA 3Q29A 1AIVA 3QYTA 5ET7A 1IXGA 3BIGA 2JJKA 3VVEA 1JQFA 2A5TA 3ECRA 3I6VA 2I0CA 3MVYA 4H46A 3V89B 4ZE9A 2R71A 4ZEDA 3HSTA 4JVCA 2XXRA 3M3FA 4MNCA 4F29A 5ITPA 3HFUA 4U23A 1MXWA 4GFRA 2NVUB 3MW0A 2UYEA 3DP8A 4JWOA 4MLQA 3D4GA 2V3TA 1JP4A 3MZBA 1MH4A 1K9YA 5BUUA 2O6AA 1MQHA 5ESYA 1OLAA 3MBPA 3VDFA 3I3VA 3CSGA 1G0IA 1N7WA 3QK6A 1IMAA 4MLVA 3IOVA 4UA8A 2DWAA 1MXZA 4OVPA 3RPLB 2RCAA 3FATA 4KCCA 1FPIA 4UABA 1Q1KA 5CMMA 3IORA 2H4IA 1FPEA 3G3IA 5AA2D 3OD7A 4R72A 1M5CA 3H4ZA 4NF5A 5I57A 3WAEA 2GQ1A 3R6UA 4GWZA 3C31A 5LOMA 4IO3A 1B3LA 1I69A 4N8GA 3KFMA 4OESA 2QRYA 4FEDA 3S9MC 4F1UA 1KA0A 1SQYA 3PUZE 2DSFA 3MVWA 1D9QA 3H6VA 4N07A 1TT1A 4PDDA 4EQ9A 3MZ1A 4P11A 1D4NA 3M3LA 1NFTA 1BTJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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