5ITOA

Structure of the periplasmic binding protein m117n-noct from a. tumefaciens in complex with octopine
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
DYKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPNTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fitness costs restrict niche expansion by generalist niche-constructing pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
molecule tags Membrane protein
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
total genus 86
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5itoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5itoA02
3HN0A 2WKYA 3EN3A 2HAUA 1II5A 1QJMA 2F7AA 3C31A 5DVIA 3H03A 4JB7A 4GOTA 4NF8B 3S4UA 5JTYB 4OESA 3SEVA 3K0VA 4XTCQ 1ATGA 2ZYNA 4ELOA 3PUWE 4FATA 3OD7A 3MUQA 3KOSA 1O63A 3S9MC 2P1SA 2Z22A 3SEXA 2ONKE 4DE8A 4ESWA 1IXIA 3LBSA 3H7MA 3E4RA 4BDMA 3IB1A 4ECFA 3OEMA 2I3VA 1RYOA 3H4ZA 4KI0E 4JSDA 5L8DA 1MQHA 4H1XA 4R9FA 4OYVA 1XHYA 1MY0A 3BKIB 4Q8RA 2H99A 2I49A 4DXCA 5CMMA 3V83A 5I57B 2XX8A 4MH5A 2REJA 3OOAA 3WAEA 4LUBA 1MQDA 1XC1A 4R75A 3MJNA 1D4NA 3MVYA 3ZKLA 4NF6B 1BKAA 3V8XB 1AL3A 1LFGA 4R6KA 1H45A 3UORA 2W7YA 4OQOA 5AA4B 4EF2A 2X26A 3KN7A 5IAIA 3A3CA 1NMUA 3HV1A 3PUYE 2DE2A 2HZKA 3U93A 1QVSA 5JEIA 4X9TA 3THIA 3TPAA 3VE1B 1TXFA 3B7DA 4KPTA 1NH7A 5DEXA 1HSEA 3C36A 4YAHX 2Y7IA 1LB8A 1MXVA 4IGTA 3K4UA 1DPPA 4DLDA 4NF5A 4XKRA 1I6QA 4JDFA 4YKJA 1GR2A 3DP6A 3IORA 2PMSA 1WODA 3K6XA 4IO3A 3PUZE 3Q25A 1RKMA 5ICTA 1YCJA 3G7WA 4QFLA 1VR5A 3SERA 1MXYA 1PBQA 3I3VA 4OFLA 4RY1A 3G3IA 3SEYA 1PB8A 4AB5A 4QSCA 5I59B 1P1NA 2HEUA 3QUFA 3PPOA 4PP0A 4LA9A 1WVJA 5KCJB 3D4GA 3HPIA 4F22A 4JBZA 4UA8A 3FJMA 4U1OA 2ZNTA 3L6HA 4C1TA 1Y4CA 2F6GA 2V93A 5EHMA 5CMKA 5I58B 3HHGA 3HSTA 4FAJA 3QYTA 3C32A 1IEJA 4FORA 3PUVE 4U2RA 2A5SA 1A8FA 1XS5A 2RF1A 2GHBA 3KBRA 1USYH 3ILUB 4GF8A 5B7DA 4L17A 4G8MA 4BLAA 2IEEA 1N0TA 2RCAA 3FVNA 1NNFA 4THIA 3TTNA 3U72A 1H3DA 2QMWA 2PT2A 4YB6A 3O28A 4GLIA 4IY5A 3QK6A 2XD3A 3OO9A 5A5XA 1MDP1 3U1OA 1NNPA 3E13X 3W9VA 5I84A 2Z8FA 5DTBA 4KFQA 4POWA 4ZEIA 4Z0IA 2DWHA 3N26A 4YB5A 2HAVA 1MDQA 1Q35A 2O7IA 3IOVA 1GV8A 4ZEDA 4X1DA 3KSXA 2DXRA 2QMXA 3TYHA 4G2ZA 3EHSA 2G29A 3OO7A 2QS1A 4OTEA 3TDJA 4I9DA 3RTFB 3O6HA 5H8NA 4LZ7A 3VVFA 3ZS6A 4BDLA 2AL4A 1KWHA 3RQTA 3IL1B 1SW5A 2Q88A 1Q1KA 2QPQA 4NWDA 2OCUA 3T66A 3FD3A 4OHNA 2PYYA 2Y7WA 5CI5A 4U23A 4O3AA 1IUDA 3U8QA 3OXNA 2B65A 2UYEA 1LGBC 3MW0A 1B2HA 1MPCA 3TQWA 2UVJA 4GWOA 3Q27A 3VLWA 4GXAA 1JVYA 3RPWA 3W15C 1B32A 5TPAB 4ESXA 4OXVA 3TEPA 3G3GA 4QFNA 4I62A 2H25A 4IO4A 1UTBB 1JEUA 3OO6A 1S50A 1LAXA 4HS7A 2XXWA 1FTOA 3LR1A 1SW1A 1BP5A 2O84X 1QKAA 1N84A 2Y7RA 3U94A 2VGQA 1OIBA 3MZBA 1JQFA 4WEPA 3UA8A 5DT6A 2HFBA 1N04A 1MY3A 2B3BA 5CM6A 1MM6A 4LZ8A 5CBSA 2X7PA 1LBCA 2XXRA 3T93B 3VXBA 4RNSA 1EZOA 4PE5B 1A54A 4HCYA 3C4MA 1FCKA 3IR1A 3FXUA 4FJPA 3FVKA 1JEVA 5KDTA 2OWSA 4XKNA 4YZZA 1DOTA 1UTHA 1B0HA 2DS9A 2RC7A 3TTLA 1MY4A 1FTMA 2DOJA 2I4BA 1XT8A 1D9VA 4K3FA 3TELA 4XKPA 4BDRA 4HTGA 4DXBA 4ZE9A 3TCHA 2GRVA 3PMVA 5HBCA 1P99A 4MLVA 3ONMA 3PV0E 3EQ1A 5L9OA 4FEDA 3K2DA 5HM4B 4G68C 1N3WA 3KGCA 4IGRA 1P1QA 5FHNA 1MXXA 4MFIA 4R2BA 3M3FA 3K02A 1AH5A 4P11A 1Y3QA 1B5IA 4F29A 4YU0A 2DYXA 4LONB 4H67A 3LSLA 3OSRA 5H8FB 2O7UA 3E3KA 4GL0A 4U4SA 3RLFE 3IOWA 2QL3A 2YJPA 4NF4B 4G4PA 3TFLA 1O7TA 2RC9A 3MVXA 2AL5A 1P1WA 3LSXA 1B3FA 1M5EA 2XXHA 4ZE8A 1PEBA 3O9PA 4EXLA 1PBPA 4H5FA 3UK4A 1ZTYA 4KQPA 5I56A 4OEUA 3UIFA 2D3IA 3PD9A 4N6PA 1B1HA 2I58A 4M1VA 1ELJA 4G68A 3K1MA 3M3LA 5AA3A 5DYHA 4TOZA 5AA1A 2I0BA 3IJOB 4M4GA 4U21A 1Y9UA 3KN3A 4IO6A 5TP9B 1QKBA 1P1UA 3QAXA 3R7XA 2M8CA 5H8HA 3K6WA 3CFZA 2A5TA 3CSBA 5I2NB 3ILTB 3K01A 2BJJX 3RT6B 4C1UA 1HSJA 2DSFA 1TFDA 4EQBA 3MP6A 3P7IA 3PPRA 3LSFB 1DTGA 3KJ7A 1CE2A 1NKXA 2V3QA 4PETA 3QXMA 1OLAA 3HO7A 4IO5A 4NF8A 3MP8A 2AYSA 5JTYA 4YMBA 1B7UA 3PPQA 1OQGA 2I6EA 3UGWA 3MWBA 3TCGA 1EZPA 2DP8A 5H8QA 3W9WA 1SBPA 3T9HB 4POXA 1GGGA 4QSDA 3H06B 3VDFA 1UIVA 1SD3A 1MXZA 4U4XA 3VFJA 4ZDMA 2QS4A 1SQYA 2XXIA 3D4CA 2F36A 2GHAA 5TU0A 4NE4A 4ZZAA 2Q2CA 3CFXA 3S9LC 2ZNUA 1QUKA 2ZYKA 2GFEA 3O66A 1I69A 1B9JA 1FTKA 3TODA 3FGSA 1B05A 4F3PA 1FW0A 4TLLB 4Q5TA 4OERA 3GXAA 4F31B 1B1XA 3KN8A 1LAFE 2P0SA 4RPOA 5L9MA 4H5GA 2DVZA 5CBRA 5I57A 3O6GA 2RINA 4DCXA 5EHSA 1NL5A 3TMGA 1SW2A 2CMOA 4N07A 2H98A 1QULA 3O2AA 3OSQA 3EHTA 3IX1A 3U92A 1FQBA 1MY1A 2FYIA 5FHMA 2V25A 1DMBA 1Y1ZA 1SW4A 4R2FA 5AA2B 2R71A 5AA4A 2FA7A 2H4IA 4DXUA 1B4ZA 3MAMA 1LAHE 1POY1 5IKBA 1M5DA 4ZEKA 2DXYA 2NWJA 1EU8A 1Y3NA 3OENA 4C0RA 1LBBA 4WXJA 3S9NC 3JYRA 4H8JA 3KOTA 3ZKKA 1B5JA 3TAJA 2NUVA 3H6TA 4ISUA 4E0XA 4WEDA 3LC8A 4YKPA 3FV1A 3RN8A 2ONRA 1TT1A 2Z8EA 1MPDA 2QSXA 1R9QA 4F3GA 4F2OA 2XXYA 3WAFA 1B7ZA 5ICQA 2DWJA 3TTMA 3VXCA 2XXXA 3G3JA 1US4A 2XXUA 4XXUA 1SI0A 4EUOA 1FTLA 3O97A 2OK2A 4G8NA 2DQVA 3CFLA 3TTRA 1SI1A 4PFUA 5K2XA 1Z7ME 1MH4A 4ZEFA 4F19A 1H44A 1UIUA 1B52A 5I59A 1SYHA 3CG3A 1JNFA 5KCJA 1WDNA 2THIA 3JZJA 3N94A 3GZGA 4IY6A 4F3BA 1B5HA 3BBRA 2RKMA 4MBPA 3T9UA 1J1NA 4KCCA 4DDDA 5I58A 1I6BA 2F97A 2HXWA 1B3LA 4Z7EA 3KFMA 4WKMA 2OLBA 4JXIA 4EQ7A 4U22A 3GBAA 1FQAA 4G8HA 4YB7A 1A55A 4EXKA 3KG2A 2GH9A 3IAZA 1QUIA 2OBGA 5I2KA 2Q9TA 2DVCA 2XXPA 3TKDA 1T0KA 1SDXA 4EF1A 4TLMB 2ZMBA 4KYSA 4R72A 1EH3A 5AA2D 4ZEBA 2I0CA 4HW8A 3A09A 1F9BA 4FE8A 2ESNA 3C33A 1MPBA 1B40A 5DVFA 3FUZA 1MH3A 4JSOA 4R73A 3N5LA 4N13A 4F1YA 3CVGA 1IXCA 3PUXE 3MVWA 3SETA 4GXSB 4IB2A 4P0GA 2P2AA 3FXQA 3SESA 2AIXA 4H0WA 4MLQA 1OVTA 1IXGA 1IZ1A 3PMWA 3SEUA 4LZ5A 3MQ9A 4NMYA 1JW4A 3FIRA 3LSWA 4KR5A 3H6VA 4PFWA 2O6AA 1DSNA 4ONYA 4RK2A 1Z7NE 1B6HA 1NFTA 4KHZE 1FQCA 4ZZEA 4QFKA 2E0SA 3EPEA 4RK9A 3R6UA 3FATA 1XVYA 4Q30B 2Z8DA 2ZYMA 2Q8JA 3HHFA 2NXOA 1H43A 1ZMGA 2UVGA 4QFPA 2O51A 2VD2A 5CRYA 3EHUA 1OLCA 1UTBA 4BDNA 5ELVA 1B7HA 1CB6A 1JW5A 1QW0A 4ELRA 3GBBA 1N7XA 1NNTA 3FVGA 4MF3A 2B3FA 2G93A 1MRPA 2XD2A 2RCBA 3RGYA 1ZIUA 2DE4A 4DIGA 4U1ZA 3IB2A 3MPKA 2Q2AA 1IQ7A 1USYE 3B6TA 2O68A 4O3BA 1FQEA 2QRYA 4QF9A 1LSTA 4XIGQ 2A5TB 1B51A 1Y4TA 3K6UA 3FVOA 3OEKA 4JWXA 3K6VA 1Y3PA 2UXAA 2XXVA 4I1DA 3O29A 5BUUA 4H65A 2I48A 2QJEA 3K00A 4DCYA 1TFAA 3DELB 1R1NA 1LB9A 2I3WA 4OEVA 4F1VA 3KSJA 1FQFA 1N76A 4BDOA 2I4CA 2KLFA 4NWCA 1PB9A 3BFTA 1XOCA 5AE4A 3TUSA 5H8QB 3A3UA 3KEIA 4OVJA 2V3UA 4GIZA 3ODBA 2VP1A 1IIWA 4RPNA 3G3HA 3Q26A 1OVBA 1YAEA 1ZKBA 2Q89A 4KYDA 5H8FA 5ITPA 3RNNA 5DEXB 1RYXA 3QIMA 3OELA 2IA4A 4TQUQ 4XKQA 3PPPA 2ABHA 3MBPA 4NF4A 5EYFA 2F7BA 2CZLA 2F78A 3PPNA 4JWOA 2NVUB 4NF5B 4LVQA 4RJZA 4GQOA 3PGFA 3VV5A 2OZZA 5DVJA 4F2QA 4F39A 4LP2B 4R6YA 1MQJA 3VLUA 5ITOA 5FTIA 5CC2A 2XX9A 4IO7A 1A99A 1VE4A 1Y20A 2QS2A 2ALUA 2ZNSA 4X1BA 2E1SA 4AQ4A 4LQ5A 5F1QA 2FNCA 4LATA 4KYEA 4RA1A 3C35A 2LAOA 3I6VA 2O1MA 1MM7A 1LFHA 3IO6A 4QFOA 5TP9A 4BDQA 1LCFA 1MS7A 2F7CA 2DE3A 5I2NA 4OENA 1JETA 1D9YA 3B6WA 3IK6B 4PFTA 4QRZA 3JV9A 3SKPA 3DP8A 1B3HA 4KCDA 4QHQA 4EDPA 3USDA 1B4HA 2HQ0A 4RXLA 1ZJLA 3T9VA 3FJGA 3ECRA 3G3KA 2ANJA 2H5YA 1YTVA 1JVXA 1DTZA 4NF6A 1B3GA 3CRBA 4OMBA 1PB7A 3TTKA 5CMBA 1VFDA 5JK4A 3MZ9A 5A5XB 1FTJA 2F8DA 1URGA 4OFJA 3AXFA 1R9LA 1N3XA 3F11A 1EZ9A 1M5CA 2F5XA 1YPNA 3Q29A 3FV2A 3IO4A 4F3SA 3S9EA 2ZXTA 3QUJA 4FEBA 3O6IA 3SDFA 3TQLA 3FASA 1BIYA 3R26A 1OMPA 3ZSFA 4PQJA 4H8IA 3KJTA 3IB0A 4F18A 5H8NB 1BLFA 3IOTA 1AOVA 2Y7KA 1NNKA 1ZBMA 2F34A 2O1LA 3PD8A 2UVIA 2F35A 3K1NA 3T96B 5LOMA 3C34A 2PBWA 1FQDA 4AB6A 3MZ1A 1M5FA 3E9XA 1GTKA 3CIJA 1TWYA 3FJ7A 2X7QA 3UP9A 5I2KB 3VVDA 2NOOA 2O69A 3PMXA 2R9JA 5B70A 1BTJA 3EF7A 2HCAA 4YICA 3T9XB 3TCFA 1MQGA 1HSLA 4OZ9A 1XVXA 2ZYOA 4ZECA 5AA2A 2DWIA 5FHOA 3L6GA 3FXRA 3V89B 4ELPA 3CR9A 4FIMA 2QS3A 3DP4A 4P0IA 3RT8A 5F7VA 2H9BA 4YMAA 4R74A 3H6WA 3IOUA 4UACA 4OETA 1QUJA 1SYIA 2HZLA 1SVXB 4HCWA 2VD3A 2XHDA 1A8EA 1IITA 2PVUA 2YPNA 4KD5A 1JW1A 4EQ9A 5J1DA 1IXHA 1L5TA 3LUYA 1URDA 2V84A 3M8UA 3H3GA 1OQHA 4GFRA 3T22A 1NH8A 3H6UA 5K2YA 4RYAA 1S7YA 1B58A 4ZS9A 3CI8A 1US5A 2YLNA 3DM0A 5KDTB 3MC2A 3FZVA 4NEDA 1UTHB 3N6TA 4JWYA 2F6PA 1PDAA 4YKIA 1POTA 2Z23A 2Y84A 3HCQA 2UYFA 4GL8A 1MXUA 1B0LA 1URSA 2D5WA 2UVHA 1GVCA 3VVEA 4DZ1A 4ELQA 4Q0CA 5ISUA 1P1OA 2OJTA 3QSLA 5H8SA 3I5OA 2Y7PA 4X48A 1D3KA 5M2VA 1PC3A 3OO8A 2XXQA 1B3EA 1S9TA 1A7LA 3GLBA 1B46A 3M3KA 3C9HA 1LFIA 1LLSA 4QSEA 2RC8A 3CSGA 5KZTA 3V5AA 4F1UA 1ZLQA 1H76A 2V3TA 2XXTA 1UQWA 3RY3A 4OFOA 5TPAA 3SEWA 4NTLA 4H6DA 2ONSA 1AIVA 4OWDA 3N6UA 3G3FA 4YKKA 3UN6A 1LCTA 4I8CA 1DPEA 4E0WA 4IO2A 1AMFA 3RTWB 3Q28A 3B6QA 4R6HA 5HPQA 5FTHA 4FECA 3KZGA 5I56B 4PFYA 1VFEA 1MXWA 1R6ZA 2DWAA 1I6AA 1VSOA 3VLVA 5BWJA 2VOZA 3MP1A 1N7WA 1Y1MA 2REGA 4G68B 4GVOA 2OWTA 1LAGE 4LQ2A 3DLNA 1MG1A 3RUMA 3PU5A 4G77A 4ND9A 3K1PA 4R9GA 2VHAA 2PT1A 1A40A 1M5BA 1MY2A 1MQIA 3IJXB 3MVZA 1ZU0A 5H8HB 1ANFA 3OMBA 3MPLA 4O3CA 2PX1A 4GD5A 3BFUA 3S2VA 4GRKA 3TZAA 2R6GE 3CG1A 2D21A 2XX7A 1O64A 5CMCA 5L9SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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