5J1DA

X-ray crystal structure of phosphate binding protein (pbp) from stenotrophomonas maltophilia
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
373
structure length
373
Chain Sequence
ATAVTGGGASLPADLYKGSADSILPANFSYAVTGSGTGKKAFLENNSALFSTTGTVHFAGSDSVLSSTELNTYNSTYNVSGDANRYGALVQIPSVATSVTIPFNKAGSAVDLSVTQVCGIFSGKITSWSQLAGLGRTGDIQVVYRGESSGTSELLTRFLTSACQPADVSSSNLKLTNGVPAFSVQSTFANLFTTVPSNFIAAPATGGTALYNAVYAIDGRVGYVGPDAIPSLTDATKVAKVKGFSPDEVSVQATLETAAPPTGAAAENPANWVPVFGNPSAGYPIAGYTNFVFGQCYKNATVGANVRGFLTKHYGSTVVNGVEQGPNDVAIRAHKFIPLTKAWRDAVRARFATATNAGAVNNPATCSGIGRPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Determination of crystal structures of proteins of unknown identity using a marathon molecular replacement procedure: structure of Stenotrophomonas maltophilia phosphate-binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Phosphate binding protein
molecule tags Protein binding
total genus 118
structure length 373
sequence length 373
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5j1dA02
3.40.190.260 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 5j1dA01
1H43A 2Z8FA 1B5IA 1LBBA 1BP5A 4NF4B 2VD2A 2REGA 2DWHA 5B70A 3MBPA 5TPAA 3LSXA 3IJOB 1IXGA 4XTCQ 4LZ5A 2DWJA 1JVXA 4HW8A 1MDQA 3ECRA 3OXNA 4F3GA 5FTHA 3IB0A 2I0CA 2REJA 1P1QA 1PBPA 3THIA 1A99A 1A40A 3Q28A 3H03A 5H8NB 1R9QA 4NWDA 4R73A 2O69A 2ZYNA 4H5FA 1EU8A 3SEXA 4AB5A 1LAFE 2DP8A 4P11A 3MPKA 4MF3A 2XD3A 1OIBA 1L5TA 3K2DA 2AL4A 1US5A 1A8EA 3DP4A 3CR9A 4HCYA 4FATA 5ELVA 3CFZA 2FA7A 1Q1KA 4KHZE 4OFJA 4GQOA 4TQUQ 3SEVA 2UVJA 1I6AA 1YPNA 1MH4A 3EN3A 3U72A 4LUBA 5TP9B 3RT6B 1TWYA 5EHMA 3S9MC 2YPNA 3G3IA 1O64A 3TQLA 4NF8A 5DEXB 2I3WA 1UQWA 5AA3A 2UVHA 3FZVA 2A5TA 1WDNA 2GHAA 2H25A 1B51A 3JYRA 4F31B 1UTHB 4I8CA 5AA2B 4F2QA 4H1XA 3KN7A 3FJ7A 2RCAA 2P2AA 3OSRA 2X26A 2PX1A 4YKKA 1I6BA 3O28A 3UIFA 3ONMA 2I0BA 1QUKA 3LSWA 1ATGA 4UACA 2OCUA 1RYXA 3PD8A 4KR5A 3TCGA 3USDA 3TTRA 1VR5A 3TQWA 4F3SA 1DPPA 3TYHA 4H6DA 4NF6A 1MXWA 2E0SA 2DSFA 4GIZA 4FIMA 3MUQA 3T9XB 1I69A 2O7IA 4LZ7A 3C36A 4DXCA 2HEUA 5DYHA 2WKYA 2Q89A 4LATA 3FVKA 4OFLA 3RTWB 2XXIA 3RNNA 4H0WA 2I48A 2V3UA 1MG1A 1LAGE 1B7HA 2OJTA 1B0LA 3RUMA 2Q88A 2UXAA 2DXYA 4MLVA 5H8FA 1P1OA 4XIGQ 4NMYA 4U23A 1MXUA 1R1NA 3MJNA 5KDTB 4KCDA 2F7CA 1Y3QA 4C0RA 3QAXA 1EH3A 4WKMA 1SDXA 3UN6A 1S50A 3PGFA 4RYAA 1MY4A 1HSJA 4X1BA 3UORA 3SERA 3R7XA 4G8NA 4MBPA 4ZE8A 2D3IA 4N07A 3IO4A 4DCXA 4OEVA 5CI5A 3N6TA 3C9HA 3MW0A 3MWBA 1OQGA 2RKMA 4HTGA 3Q26A 3FJMA 3MP1A 1DTZA 2NXOA 4FEDA 2XX7A 4FJPA 1ANFA 3G3HA 3K00A 3CFLA 1NNTA 2ZYMA 3G3KA 1D9YA 1IITA 4DIGA 5H8QB 2F8DA 1FQFA 3DM0A 2Q9TA 2YLNA 3O6GA 3U1OA 3I3VA 2Q2CA 2B3BA 1GR2A 3O66A 4IGTA 2FYIA 3QIMA 3KG2A 2AL5A 4ZE9A 5I59A 3IK6B 4AB6A 4F19A 2UYEA 2NUVA 4ONYA 3PMWA 4YB7A 3SESA 2QJEA 4ISUA 3C32A 2W7YA 5TPAB 5FHMA 3VLWA 5DVIA 5I56A 4JB7A 3RGYA 3B7DA 3O2AA 5B7DA 1MQGA 3WAFA 4OWDA 1JEVA 3IOUA 4EUOA 3R26A 3ZKKA 5I2KA 2AIXA 3PUYE 4ELOA 2OWSA 3KOTA 4PP0A 2DWAA 1OQHA 5L9OA 3IO6A 2F6GA 1NKXA 2DE2A 3A3CA 1CE2A 3T66A 3LSLA 1DPEA 4BDMA 1SW4A 3ILTB 4KCCA 4N13A 4GL0A 1XT8A 3RTFB 4GD5A 4IGRA 3D4CA 1H45A 3TAJA 2XXUA 5BWJA 2Q8JA 2PT2A 3PMXA 1JW4A 1QUJA 1MRPA 3H6TA 3VXBA 3PPRA 3TMGA 3SEYA 1MY2A 4P0IA 5A5XA 2QS1A 3PPPA 4JWYA 1IXIA 4NWCA 1SI1A 1IIWA 4RJZA 1AL3A 1QW0A 2F78A 4ZEFA 3CG3A 4GOTA 1YAEA 2XXQA 4NF8B 1IXHA 4DZ1A 3IL1B 4L17A 4IB2A 2QPQA 3ODBA 4KYEA 1H76A 2A5TB 2RC7A 2O68A 2NOOA 2HCAA 3HHFA 1B3GA 3MQ9A 4DCYA 3B6WA 3HN0A 3TTLA 2XXHA 1MY0A 4N6PA 4QFLA 5AA4A 3TUSA 2M8CA 1JNFA 2I6EA 1MQJA 2ANJA 3H3GA 4FEBA 1B32A 1SYIA 1ZMGA 4Q5TA 1D4NA 1TXFA 1B3EA 4IO3A 2H4IA 1M5DA 2R9JA 4HCWA 1VSOA 1FTKA 4WEDA 3VDFA 2D21A 4NF6B 2QS2A 1LLSA 3HSTA 2O1MA 1B40A 2G93A 1SW5A 4BDQA 1PDAA 3FUZA 2CMOA 1ZKBA 3MVZA 4JSOA 2HAVA 3GXAA 3H4ZA 1URSA 2ABHA 2Y7RA 3U8QA 4FORA 4QFNA 4OQOA 4I62A 3CFXA 1LCTA 4QFKA 2PMSA 4YICA 4YB5A 3FGSA 4R2BA 1POTA 3TEPA 2BJJX 2OBGA 3L6HA 1UTBA 3T93B 1IXCA 2DQVA 3M8UA 3VV5A 5JEIA 3KN8A 4M1VA 1FTJA 3TODA 1SQYA 3WAEA 1QULA 4MFIA 4JWXA 1QJMA 4XXUA 3UGWA 1PC3A 3VVEA 5I58A 3TDJA 4RNSA 4X9TA 5M2VA 3BFTA 4OTEA 2Z8DA 2Y7KA 3K4UA 2YJPA 3KSJA 5H8FB 2QMWA 5ICQA 4EF2A 1PEBA 2OWTA 5I57A 4Q0CA 2Y7WA 1EZ9A 3QSLA 3PU5A 4Q30B 2XXWA 1HSEA 3W15C 3K02A 1Z7ME 1QKBA 4U4SA 4R6HA 1FTMA 4F22A 3MZ9A 1LGBC 4WEPA 4QSCA 3CSGA 1RYOA 1B2HA 3OELA 4KQPA 4ZS9A 4LQ2A 3O9PA 1NMUA 1B46A 5K2YA 3IB2A 3TZAA 3I6VA 1MS7A 4RPNA 2OK2A 1Y4TA 4NTLA 4F29A 5JTYA 1Q35A 1NNKA 2F97A 2ZYOA 3ILUB 3K1MA 4G4PA 3OEKA 3CG1A 4O3AA 3TTMA 3PMVA 4H5GA 4R6KA 1MY1A 3G3GA 1GV8A 2F7BA 3PUZE 4KI0E 2I4BA 4IO5A 4ELPA 2X7PA 1A55A 5H8HA 1AH5A 3EPEA 3V5AA 1ZU0A 4EQBA 5CC2A 3IOTA 1B3FA 2D5WA 3Q27A 4O3CA 5I59B 4POWA 4ESWA 1BLFA 1XOCA 1HSLA 3FXUA 3GZGA 5I2NA 1AMFA 2OZZA 3EHTA 5F1QA 2XXTA 1M5FA 1DOTA 4OHNA 3KEIA 4ZZAA 4YMBA 5EYFA 3P7IA 4U4XA 3IORA 2OLBA 1WODA 2O7UA 3SEUA 5I56B 3ZS6A 2DVCA 2IEEA 1B7ZA 2VGQA 4ZEBA 1LFGA 3O6HA 1S7YA 4DXUA 1SI0A 2XX8A 3MVXA 2O84X 2QS3A 4IY5A 5CMBA 1XVXA 1A8FA 3KZGA 1XVYA 2IA4A 1FCKA 5BUUA 4F39A 1URDA 3JV9A 2F36A 3JZJA 3M3LA 2DE4A 3PD9A 3E3KA 1I6QA 4TLLB 4F1VA 4H8JA 1FQCA 5EHSA 1URGA 1O7TA 5JK4A 1J1NA 3Q29A 1MXYA 3OO6A 3H6VA 4IY6A 1USYH 2RC8A 1TFAA 3KBRA 4QFPA 3K6WA 1PB9A 4LZ8A 1PB8A 3RPWA 1B3LA 3QYTA 5A5XB 3IB1A 3OSQA 5IKBA 1T0KA 4P0GA 2HAUA 4JDFA 4EDPA 1PB7A 5IAIA 1EZOA 4RK2A 4DDDA 4PFTA 2Z22A 4IO7A 1BIYA 4FAJA 3T9HB 3RT8A 1BKAA 5KCJA 1FTOA 3HHGA 4LONB 3PV0E 2ONRA 1Y3PA 3DLNA 1FQDA 1Y1ZA 1JETA 2THIA 2ONSA 2I58A 4Z7EA 5AA4B 1ZJLA 1Y4CA 3OD7A 4R9FA 5DEXA 3H06B 1H3DA 1OVBA 4ZZEA 5F7VA 4R6YA 1N84A 1P1WA 2HZKA 3LR1A 3PPOA 1F9BA 4BDRA 4R9GA 1OLAA 1SD3A 1MQHA 1EZPA 2H99A 2VHAA 1DMBA 4KFQA 4YZZA 1B5JA 2HFBA 4F1UA 4F2OA 2KLFA 3CVGA 2NVUB 3S4UA 4AQ4A 4BDLA 3PUVE 4MH5A 3KFMA 3IOWA 4KYSA 4THIA 4QRZA 2AYSA 3SETA 2XXYA 4RY1A 4H67A 1MY3A 3MZ1A 4TLMB 1UTBB 2VP1A 3KGCA 2V3QA 3C4MA 1SW2A 2I49A 5CRYA 4ZEKA 3K6XA 4KD5A 1MXVA 3E13X 5I58B 5K2XA 3KSXA 1OLCA 4OZ9A 2XXPA 3VVDA 3MVWA 4ELQA 2V25A 3GBBA 4IO2A 1N04A 3B6QA 3E9XA 2XHDA 4KYDA 1B5HA 3U93A 2ZXTA 1QUIA 3ZSFA 1LFHA 2I4CA 3PPQA 4R2FA 5J1DA 1JVYA 3W9VA 5HBCA 4QFOA 4NEDA 4KPTA 3LSFB 2DS9A 3N26A 4U22A 1FTLA 5KDTA 4GLIA 4PE5B 3KJ7A 2XD2A 3SEWA 3OO7A 3G7WA 4IO4A 1B52A 1R6ZA 1M5EA 4DLDA 1XHYA 3RQTA 4ND9A 1TT1A 4RA1A 2PVUA 2ZMBA 1ELJA 4GXAA 3QUJA 1FQAA 3EQ1A 5AE4A 1R9LA 3IOVA 3KN3A 4YKPA 2UVIA 5L9SA 3O29A 4OMBA 4G68A 2DWIA 3IX1A 3FV2A 3CIJA 4C1TA 2HZLA 1FQBA 2Y84A 1NNFA 5ITOA 3TKDA 3TCHA 3QK6A 3S9EA 3VLUA 4XKRA 3BBRA 1Y1MA 4YU0A 3CRBA 4M4GA 5AA1A 1XC1A 3QUFA 5H8QA 2PT1A 4PFWA 4TOZA 5I2NB 3FVOA 2V3TA 5ITPA 2P1SA 1KWHA 4YKJA 4ZDMA 3FD3A 1N7WA 1O63A 4QSEA 3U94A 4LP2B 3PPNA 2Y7IA 5TU0A 1JW5A 1MDP1 4GXSB 3M3FA 5ICTA 4X1DA 4FECA 4F1YA 4MLQA 5DVFA 4OESA 1IZ1A 5I84A 2G29A 1LAHE 1XS5A 4E0XA 2DYXA 3T9UA 3FVGA 1NH8A 1N3WA 1MM7A 1NFTA 3C35A 2Y7PA 3LUYA 1B58A 1P1NA 4IO6A 1US4A 3GLBA 3MP6A 4G8HA 4GWOA 5CMKA 3RN8A 3OOAA 1IEJA 4WXJA 5HPQA 3L6GA 3LBSA 3U92A 4RPOA 3I5OA 1AIVA 2QMXA 4C1UA 1MQDA 5KCJB 4EQ7A 2QSXA 4Q8RA 3FATA 3D4GA 4F3PA 4UA8A 3O97A 3VLVA 3SDFA 3N6UA 1VFDA 2V84A 1VE4A 2VOZA 1LCFA 4E0WA 4JXIA 4FE8A 3DELB 3TELA 3MPLA 2O6AA 5CMCA 1LB9A 5DVJA 4BDNA 4PQJA 3BKIB 4OFOA 1Z7NE 1LBCA 1D3KA 1MXXA 5FTIA 1JEUA 4EF1A 2ZNSA 3MP8A 1MM6A 1GTKA 2GH9A 1LAXA 3K1PA 4LA9A 3S2VA 4ECFA 2XXXA 3G3JA 3PUXE 1FW0A 3T96B 2ZNTA 4NF5A 3VXCA 1JW1A 3HO7A 3HCQA 4XKNA 2DVZA 2ZYKA 5DTBA 3R6UA 5CBRA 2Q2AA 4RK9A 3E4RA 3H6UA 3QXMA 4EXKA 1A54A 1YTVA 4PETA 2QL3A 1P1UA 2X7QA 5L8DA 1RKMA 2H9BA 1ZIUA 4GL8A 1NL5A 2RINA 4OETA 1B7UA 5I2KB 4NF4A 1B0HA 1N7XA 1POY1 3UA8A 4QSDA 2H98A 1FQEA 5H8SA 3CSBA 3DP6A 1ZLQA 4LQ5A 2F6PA 4X48A 3V8XB 4ZECA 1QKAA 5KZTA 1BTJA 1B05A 4NE4A 2LAOA 1B1XA 5DT6A 2UYFA 4U1OA 2PBWA 3FJGA 1MH3A 5H8NA 4BLAA 3GBAA 2R71A 3F11A 2B3FA 1SVXB 2ALUA 4YB6A 1DTGA 4H8IA 1LSTA 2B65A 3B6TA 4EQ9A 3H7MA 3N94A 3K6VA 3VE1B 2V93A 4BDOA 4XKQA 2O51A 3RLFE 1H44A 4LVQA 3OO9A 4GF8A 1AOVA 1ZBMA 1B4HA 1IQ7A 5ISUA 4G68C 4ELRA 2R6GE 3IJXB 3OO8A 1OVTA 4GFRA 3UK4A 3K6UA 3FV1A 4U1ZA 3TTNA 3C31A 1NH7A 4Z0IA 1OMPA 1M5BA 4PFYA 1Y9UA 2DOJA 4ESXA 1B1HA 1PBQA 3FVNA 5HM4B 4R75A 5LOMA 4OXVA 3C33A 5TP9A 1N0TA 4G77A 4QF9A 4I9DA 1IUDA 4R72A 4XKPA 1B9JA 4ZEIA 3IR1A 5CMMA 2DE3A 4G68B 4GVOA 2RC9A 4JBZA 5CM6A 2XXVA 1B4ZA 4H65A 3M3KA 4JWOA 4G8MA 1UTHA 1SYHA 5AA2A 2QRYA 4JSDA 2HQ0A 1B3HA 1B6HA 3S9LC 2Z8EA 1LFIA 3EF7A 2A5SA 1YCJA 1MQIA 2E1SA 1WVJA 4POXA 3IAZA 3O6IA 4G2ZA 4QHQA 2F5XA 4F3BA 3ZKLA 4DE8A 5AA2D 3BFUA 2RF1A 3MZBA 3FIRA 2H5YA 3K0VA 5FHNA 3HV1A 5FHOA 1UIVA 3V89B 1USYE 3SKPA 2GHBA 3A3UA 3MC2A 5L9MA 2P0SA 3TTKA 3OMBA 1MPDA 2RCBA 3A09A 3TCFA 4YMAA 2GRVA 4I1DA 3TFLA 3C34A 2DXRA 3UP9A 3OENA 4YKIA 3KOSA 3VVFA 1GGGA 4PFUA 2XX9A 2XXRA 3KJTA 1S9TA 3V83A 1SBPA 3FXQA 2ONKE 2F35A 2F34A 3EHUA 3OEMA 1N76A 5I57B 2FNCA 2HXWA 1GVCA 1QVSA 3AXFA 3VFJA 1MXZA 3W9WA 2ZNUA 4O3BA 4GRKA 3S9NC 2CZLA 4YAHX 2PYYA 4OENA 1CB6A 4OVJA 1VFEA 4EXLA 3HPIA 3K1NA 1Y3NA 5JTYB 1M5CA 4OEUA 3LC8A 3DP8A 3CI8A 3H6WA 4U2RA 1LB8A 2GFEA 2ESNA 3T22A 4ZEDA 1A7LA 4U21A 1DSNA 3Q25A 2UVGA 4RXLA 2VD3A 4OYVA 1JQFA 1ZTYA 4K3FA 1SW1A 5CBSA 3T9VA 2F7AA 1N3XA 4HS7A 1MPBA 5H8HB 1UIUA 3PUWE 1NNPA 1Y20A 2I3VA 4NF5B 3N5LA 3FASA 1P99A 3MVYA 3K01A 1D9VA 2NWJA 3EHSA 1TFDA 4F18A 2Z23A 4DXBA 4R74A 2QS4A 1MPCA 1II5A 3G3FA 4OERA 3FXRA 3MAMA 3RY3A 2O1LA 3TPAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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