5K2XA

Crystal structure of m. tuberculosis uspc (tetragonal crystal form)
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
414
structure length
414
Chain Sequence
PRGGKIVVTVRLWDEPIAAAYRQSFAAFTRSHPDIEVRTNLVAYSTYFETLRTDVAGGSADDIFWLSNAYFAAYADSGRLMKIQTDAADWEPAVVDQFTRSGVLWGVPQLTDAGIAVFYNADLLAAAGVDPTQVDNLRWSRGDDDTLRPMLARLTVDADGRTANTPGFDARRVRQWGYNAANDPQAIYLNYIGSAGGVFQRDGKFAFDNPGAIEAFRYLVGLINDDHVAPPASDTNDNGDFSRNQFLAGKMALFQSGTYSLAPVARDALFHWGVAMLPAGPAGRVSVTNGIAAAGNSASKHPDAVRQVLAWMGSTEGNSYLGRHGAAIPAVLSAQPVYFDYWSARGVDVTPFFAVLNGPRIAAPGGAGFAAGQQALEPYFDEMFLGRGDVTTTLRQAQAAANAATQRKLAAALE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Structural and functional analysis of the solute-binding protein UspC from Mycobacterium tuberculosis that is specific for amino sugars.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sugar ABC transporter permease
total genus 141
structure length 414
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5k2xA00
4OTEA 3FJMA 4UA8A 1H43A 4FEBA 1B3HA 5B7DA 2A5SA 3K6XA 3UORA 4JDFA 4ZE9A 2DXRA 3G3FA 4ZS9A 1XOCA 5CBSA 3C33A 1TFAA 1ZBMA 1B3LA 4QFKA 5EHMA 4Z0IA 5EHSA 1P1NA 4OWDA 3ONMA 4JWXA 2O51A 1DTZA 2A5TB 3U93A 5ITPA 1DMBA 5HM4B 3TTKA 3K4UA 3B6WA 5H8QB 1A8FA 1MQJA 1NFTA 3K00A 2Y7KA 4F3PA 4ELRA 3OELA 3ZKKA 2ZYMA 4OETA 1B5JA 4LATA 1QVSA 1YAEA 2Q88A 2F7BA 1B9JA 1P1OA 3LSLA 1MQGA 4IGRA 3MPKA 4ZEDA 4QF9A 1TT1A 4O3BA 3VV5A 1EZOA 2F35A 4RPOA 2ZNSA 1RKMA 3TUSA 1S7YA 4PP0A 3VLWA 2NUVA 1LBCA 3USDA 4F1YA 2XXYA 2Y7RA 3G3KA 4U1ZA 3B7DA 3IO6A 4IO3A 3TTNA 4GIZA 4C1TA 4G8MA 3IORA 2W7YA 2XD3A 2HCAA 4M1VA 4OQOA 2Z23A 1D3KA 3O29A 3H03A 4MFIA 1MY2A 3CG3A 2RC8A 2HQ0A 3LC8A 5I57B 1B4ZA 2RCBA 4EQBA 1B7ZA 2I48A 3TYHA 3EHUA 5ICQA 3M8UA 1TXFA 1AOVA 4ZDMA 2VHAA 1B7HA 1PB9A 2F6GA 1ZJLA 3D4CA 5CMCA 3PU5A 4WXJA 1S9TA 3CI8A 1A55A 3TODA 1MRPA 2VD3A 3GBAA 1LB8A 3MZ9A 1CE2A 4XKQA 2D5WA 1XVYA 4ONYA 1OQGA 2Q8JA 4ZEKA 3K02A 2DWAA 2QS2A 4C0RA 2R71A 1MH4A 3SERA 4NF4B 4LQ2A 4H0WA 1JNFA 5AE4A 1MDQA 5K2XA 3S9EA 4FORA 1UTBB 1FCKA 3U72A 1B4HA 4BDNA 1NMUA 3IX1A 1F9BA 3U94A 3FXRA 3TQWA 2H5YA 4Z7EA 3S9LC 3G3IA 4JB7A 3H6TA 2REJA 2OCUA 1DOTA 1NNFA 3TKDA 5AA1A 4DCXA 2ONRA 1XVXA 2XX8A 3CSGA 4LONB 4MF3A 1H44A 4OYVA 5KZTA 4HS7A 1H76A 4M4GA 4BLAA 1A54A 1GR2A 3RT6B 4ELOA 2YLNA 4WEDA 3K6UA 4K3FA 1IXCA 5TP9A 2XXTA 3U92A 3QYTA 2YJPA 1AIVA 5L9OA 3E13X 5M2VA 4H65A 1KWHA 3OMBA 1O7TA 2I0CA 1SI1A 2QRYA 3OEMA 4HCYA 3S9MC 3RN8A 2HZLA 4F18A 4NF4A 1LLSA 3N5LA 4EDPA 5I56B 2XX9A 3L6HA 3RTWB 4MBPA 2RC7A 4E0WA 1UTBA 5BUUA 2RINA 1Y1ZA 4DDDA 2XX7A 3LSWA 4F2QA 1M5CA 1PB7A 3O2AA 1FTMA 3C34A 1USYH 4PFWA 3TPAA 1Y9UA 5I59B 4R72A 3EQ1A 1LAGE 5CM6A 3D4GA 4QRZA 3RPWA 1MXZA 5AA2B 3C9HA 2QPQA 1EU8A 1VSOA 3TCGA 1QKAA 5H8SA 2QJEA 4GQOA 5AA2D 3B6QA 3C35A 1RYOA 4DLDA 3K0VA 4U1OA 1OVTA 3CFZA 4BDQA 4ZEBA 4GL0A 3U1OA 1IITA 3OXNA 1YTVA 1PBQA 2GHBA 2OBGA 4G68C 4OHNA 3CG1A 1IQ7A 5AA3A 4X48A 5CMBA 4NF8B 1FTKA 2PT2A 2I49A 3HPIA 3MC2A 3TTMA 3FZVA 2IEEA 5I56A 1VE4A 2VOZA 1FQBA 3W9VA 5H8HB 4JWYA 3K1NA 5JTYB 3BFTA 4U22A 4F31B 1L5TA 1QUKA 1XHYA 4PFYA 5CRYA 3R26A 1B40A 3H6VA 3RLFE 2P0SA 3VVDA 3RQTA 3PMXA 4EF1A 3SESA 1FQEA 1PB8A 5AA2A 3UK4A 1I6AA 1US4A 3KOSA 2FYIA 3CFLA 4BDLA 4OFLA 2AIXA 3K6VA 3MWBA 2UVJA 3FV1A 2DWIA 3S4UA 2E1SA 4N6PA 5CI5A 1IEJA 3GZGA 1B05A 4NF6B 3TTRA 4RJZA 4G68B 3MJNA 3UN6A 3V89B 3IJOB 4N13A 4OXVA 3C4MA 3BBRA 3V8XB 3KN3A 3HCQA 2ALUA 2ANJA 3K01A 4YICA 1ELJA 3EHTA 2NXOA 1Y3QA 3FD3A 4KQPA 4KPTA 1JEUA 5BWJA 1Z7NE 1URDA 1BP5A 4TLLB 2CZLA 2PX1A 2OWSA 4KYSA 4GVOA 4HW8A 1EZ9A 5H8HA 2Y7PA 4LP2B 4THIA 4X9TA 5JTYA 1JVYA 4C1UA 3VXBA 3OOAA 4N07A 2DYXA 3O28A 2UYFA 1M5BA 4IB2A 3SEWA 4AB6A 4ELQA 2Y7WA 3MVXA 4WEPA 1JEVA 4NWDA 1MM6A 1CB6A 5KCJB 3PPNA 5I2NB 4IO4A 2D21A 2AL4A 2QS1A 1ZKBA 3T93B 4MH5A 1MY3A 4DZ1A 4PE5B 4LQ5A 4ELPA 3LBSA 3QXMA 1URSA 1MY0A 4YKKA 1USYE 4P0GA 4OERA 3O6GA 1P1UA 1N7XA 4P11A 4NF6A 1QJMA 4QSEA 4G68A 3PUWE 4RY1A 3O97A 1MDP1 5A5XA 2I0BA 3TZAA 2FNCA 1IXIA 4YU0A 4JBZA 5I58B 3AXFA 3SEXA 3IJXB 4OENA 1ZLQA 4I1DA 5TPAB 5I2KB 3G3GA 2HFBA 1N04A 2O1LA 1SDXA 4GRKA 5H8NB 3IO4A 3HHFA 2Q2AA 3MQ9A 5CMMA 2V84A 4FATA 1GTKA 2E0SA 4NF5A 1AH5A 1LAFE 3SETA 4OFOA 2F97A 2Z22A 1SI0A 4FEDA 4RXLA 3ECRA 4G77A 3OSRA 4FAJA 3Q25A 4Q0CA 1Y3PA 1LBBA 5LOMA 5KCJA 5I2NA 1OMPA 2GHAA 2I4BA 3DP8A 3IL1B 2OJTA 3QIMA 4KCCA 3DP4A 3C36A 5ISUA 3FXUA 1LFHA 2B65A 1B58A 2IA4A 1O63A 1FQFA 3IB1A 3TDJA 4H5GA 4E0XA 4OEUA 4OMBA 4GOTA 2BJJX 4GFRA 2UVGA 4R9GA 2O1MA 2A5TA 2DE3A 3IOUA 3FXQA 5I58A 4FE8A 5H8QA 5L8DA 1SW1A 2R6GE 3PUZE 5TPAA 3U8QA 3R7XA 2QS4A 5H8NA 4MLQA 4NEDA 3VLVA 1MXWA 4OFJA 1R9LA 1N0TA 4OVJA 3CSBA 4XKPA 4H67A 3G7WA 1POTA 2OWTA 3GLBA 5FHMA 2XHDA 3H3GA 1LSTA 5F7VA 1MY1A 3O6HA 1ZTYA 2Z8DA 4EUOA 2XXUA 2F7CA 4ESXA 1I6BA 2PYYA 4R9FA 5CBRA 1OQHA 5J1DA 1FQCA 1NNTA 2F78A 4YMBA 4ZE8A 3A3CA 4YB7A 3H6UA 2Z8FA 5HPQA 3KN8A 1GV8A 1B2HA 3TQLA 3OEKA 1N3WA 2REGA 1MPCA 4F2OA 3FJGA 1SBPA 5FHNA 2Y84A 1MXYA 4ND9A 1H45A 2XXQA 1A40A 3BKIB 4QFNA 3THIA 5I57A 1A99A 1POY1 5IAIA 3PUXE 4NTLA 2XXPA 2H98A 5L9SA 5AA4B 1R1NA 4RK9A 4XKRA 3TFLA 3RT8A 1I6QA 1B3GA 4U4XA 4GXSB 2DVZA 4EQ9A 1NKXA 2PMSA 2X7PA 3FVGA 2NVUB 1ZMGA 3PPPA 1ZIUA 4FIMA 3K6WA 2OZZA 2AL5A 4BDRA 2XXRA 2UYEA 3B6TA 1AL3A 1JQFA 3UIFA 5F1QA 3H4ZA 4YZZA 1IXGA 2ONKE 2DQVA 1NH8A 5IKBA 1PBPA 5DVFA 3PPQA 3T9UA 3IK6B 4O3CA 2DWJA 4RK2A 4O3AA 3E9XA 3IB2A 3T9VA 3GXAA 3MP8A 3QSLA 2O69A 4GXAA 1B7UA 4DCYA 4FJPA 4IY6A 1M5DA 3N6TA 4IO2A 2O68A 4IGTA 3F11A 1ANFA 4KYDA 1URGA 2G93A 4LZ7A 3LSFB 2I4CA 3DELB 1SW2A 3L6GA 3FVOA 5L9MA 3RY3A 2ZXTA 4G8NA 1BIYA 1B5IA 2F6PA 3H7MA 4NE4A 3MZ1A 1GVCA 4RYAA 1B3EA 3QAXA 1MM7A 2V25A 3FATA 3EN3A 3EPEA 2VP1A 4KFQA 3KJTA 4R2FA 4LZ8A 1P1QA 1SVXB 2HZKA 2ZYKA 3LR1A 4I9DA 4P0IA 4RA1A 4JXIA 3DP6A 3KGCA 4EF2A 3IR1A 4X1DA 4NMYA 3KFMA 3T66A 1AMFA 3VXCA 1LAXA 4KI0E 1DTGA 3C31A 3EHSA 1SW5A 2QMXA 1LFGA 3W15C 3KG2A 5I59A 4JSDA 1MQHA 3EF7A 2D3IA 3ZS6A 2F5XA 2DWHA 3KSJA 1MQIA 4XKNA 3OO6A 1B1XA 1IXHA 3I6VA 3CFXA 1UTHB 3FIRA 3TELA 2VD2A 4Q5TA 4H1XA 1NH7A 3T22A 2RCAA 3PV0E 3VFJA 2XXWA 4QHQA 3MP1A 4MLVA 2H4IA 2ZYOA 1B5HA 3SEVA 5FTHA 4JWOA 4QSDA 3PMVA 3OD7A 1VFDA 3ILUB 1JW1A 2YPNA 3K2DA 1LB9A 4NF8A 3H6WA 2P2AA 3KEIA 2AYSA 1P99A 4OZ9A 5B70A 4IO7A 5CC2A 2DS9A 3M3KA 2QS3A 4NWCA 4G2ZA 2XXIA 1JW5A 3R6UA 3ILTB 1A8EA 1Z7ME 2H25A 3Q27A 1YPNA 2PT1A 5EYFA 4GD5A 2H99A 2H9BA 3K1MA 3RTFB 3IAZA 2I6EA 4UACA 1B1HA 1R9QA 1LFIA 3HN0A 1DPEA 3O9PA 2RF1A 1TFDA 4QFPA 3N6UA 1B51A 1SYHA 3QUJA 1Y4TA 1XS5A 2FA7A 3RGYA 1ATGA 1D4NA 1N84A 3KZGA 1FW0A 3ZKLA 2XXXA 3VE1B 3VDFA 1MXUA 3WAEA 1UIUA 4F1VA 1BTJA 1LAHE 1SYIA 1US5A 1Y3NA 3PUVE 4TLMB 4DIGA 5ITOA 1PDAA 1IIWA 3SEYA 3TTLA 4GL8A 4LZ5A 2F36A 3JZJA 2Y7IA 1FQDA 3T9XB 2PBWA 2GH9A 1OLAA 5FTIA 1TWYA 1LGBC 5DYHA 4XIGQ 3HSTA 4YKPA 3KJ7A 3C32A 3PUYE 3MW0A 2XXVA 3IB0A 4U4SA 4F1UA 3MBPA 2Q2CA 4RNSA 3V5AA 4YKJA 2CMOA 2QSXA 4XTCQ 3FASA 4YAHX 3PGFA 3FJ7A 3P7IA 1B0LA 2ZNUA 2F7AA 2I58A 4QFOA 1MS7A 2B3FA 1RYXA 4PFUA 2KLFA 4GLIA 3A3UA 4QSCA 1WVJA 3FGSA 3DLNA 4TOZA 3KBRA 1BLFA 5JEIA 3TMGA 1B3FA 3S2VA 4F3SA 2UVHA 3H06B 3MP6A 4EXKA 2RKMA 1M5EA 4ZECA 4KYEA 4G8HA 2UVIA 4YKIA 1LCFA 2X7QA 5I2KA 4F29A 2B3BA 3T9HB 1S50A 4L17A 3N94A 3FVNA 4H5FA 4HTGA 1MH3A 5DT6A 3DM0A 2G29A 2OK2A 3HO7A 3G3JA 1EZPA 1MPBA 2V93A 1NNPA 3TCFA 3W9WA 1UIVA 2DE2A 4X1BA 2Z8EA 2O6AA 5TP9B 1II5A 1D9VA 5KDTB 4YB6A 3JV9A 2NOOA 3OO7A 3FUZA 2GRVA 1B52A 3UP9A 3O66A 4ZZEA 4I8CA 4Q8RA 3V83A 1EH3A 4F3GA 5ICTA 1MY4A 2O7IA 3LSXA 3M3FA 1SD3A 1A7LA 1NNKA 1OLCA 3FVKA 1MQDA 1Y20A 2V3UA 1M5FA 3E3KA 2DE4A 1HSLA 4KD5A 1QKBA 1IZ1A 1XT8A 2DXYA 4KCDA 1D9YA 4ZEIA 3MVYA 1PC3A 2R9JA 2OLBA 3OSQA 3M3LA 1IUDA 3Q26A 2HAUA 3PPRA 5FHOA 3SKPA 3O6IA 4I62A 3QK6A 4QFLA 4OEVA 3OO8A 3CVGA 1B32A 1JW4A 4IY5A 4AQ4A 4F19A 5CMKA 3S9NC 3I5OA 2M8CA 4LA9A 2NWJA 5KDTA 1MXVA 4ZZAA 4PETA 4EXLA 4LVQA 1Y4CA 5ELVA 4DXBA 4YMAA 1WODA 1QUIA 3CR9A 5JK4A 2ZMBA 4F39A 2ABHA 1N76A 2I3WA 3WAFA 3I3VA 3ODBA 2V3TA 1XC1A 3HV1A 2DP8A 5DVJA 3VVFA 3MAMA 1MG1A 1N3XA 2F8DA 1JVXA 2VGQA 2ONSA 4R73A 1NL5A 3OO9A 1HSJA 2Q9TA 1T0KA 4BDMA 1OVBA 3JYRA 3K1PA 2HXWA 3A09A 2HAVA 2QL3A 3QUFA 4ECFA 2XXHA 2QMWA 3HHGA 3T96B 1O64A 5AA4A 4OESA 4R2BA 2O7UA 5K2YA 4YB5A 4FECA 3KSXA 2LAOA 4KR5A 3TAJA 3Q29A 3PPOA 3MZBA 4U21A 5DEXB 3OENA 5TU0A 3MVWA 5DVIA 4POXA 1J1NA 1N7WA 2O84X 3IOVA 2F34A 4H8JA 2DOJA 3IOTA 4R6KA 2ESNA 4R74A 1UQWA 1VR5A 3E4RA 3VLUA 1Q35A 4IO5A 1FTOA 5H8FB 4H6DA 1B6HA 1MPDA 3N26A 1OIBA 4Q30B 1MXXA 4WKMA 2ZYNA 4ISUA 2GFEA 2DVCA 2V3QA 2XD2A 1QW0A 1WDNA 4LUBA 4R6HA 4G4PA 2THIA 3BFUA 4ESWA 3SEUA 3PMWA 4HCWA 1Q1KA 3PD9A 1DSNA 1FTJA 4KHZE 4PFTA 1SW4A 3GBBA 3CIJA 1GGGA 4GF8A 4ZEFA 1HSEA 1DPPA 2PVUA 4POWA 4IO6A 1QUJA 2DSFA 1PEBA 2ZNTA 4H8IA 5DEXA 3VVEA 4DXCA 1FQAA 2I3VA 1R6ZA 5DTBA 3G3HA 1B46A 2P1SA 3KN7A 5A5XB 3TCHA 4R6YA 3RUMA 1H3DA 4DE8A 2X26A 3CRBA 4AB5A 3MPLA 4PQJA 1VFEA 3PD8A 2Q89A 3MVZA 4GWOA 3ZSFA 1B0HA 2RC9A 4U23A 4EQ7A 1I69A 4DXUA 4F3BA 1JETA 4BDOA 2UXAA 4RPNA 5H8FA 4R75A 3IOWA 2HEUA 5I84A 3RNNA 5HBCA 1FTLA 1ZU0A 4JSOA 4NF5B 3MUQA 4F22A 1BKAA 1LCTA 1YCJA 3SDFA 3KOTA 4U2RA 1Y1MA 1QULA 4TQUQ 1UTHA 4XXUA 3UA8A 1P1WA 1SQYA 3Q28A 3UGWA 3FV2A 3TEPA 3LUYA 2WKYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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