5K2YA

Crystal structure of m. tuberculosis uspc (monoclinic crystal form)
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
400
structure length
400
Chain Sequence
IVVTVRLWDEPIAAAYRQSFAAFTRSHPDIEVRTNLVAYSTYFETLRTDVAGGSADDIFWLSNAYFAAYADSGRLMKIQTDAADWEPAVVDQFTRSGVLWGVPQLTDAGIAVFYNADLLAAAGVDPTQVDNLRWSRGDDDTLRPMLARLTVDADGRTANTPGFDARRVRQWGYNAANDPQAIYLNYIGSAGGVFQRDGKFAFDNPGAIEAFRYLVGLINDDHVAPPASDTNDNGDFSRNQFLAGKMALFQSGTYSLAPVARDALFHWGVAMLPAGPAGRVSVTNGIAAAGNSASKHPDAVRQVLAWMGSTEGNSYLGRHGAAIPAVLSAQPVYFDYWSARGVDVTPFFAVLNGPRIAAPGGAGFAAGQQALEPYFDEMFLGRGDVTTTLRQAQAAANAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Structural and functional analysis of the solute-binding protein UspC from Mycobacterium tuberculosis that is specific for amino sugars.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable periplasmic sugar-binding lipoprotein UspC
total genus 133
structure length 400
sequence length 400
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5k2yA00
1GGGA 3PD8A 4HCYA 5AA2B 2YLNA 5I2NA 3CSGA 3P7IA 5L8DA 1ANFA 4ZEBA 4IO3A 3TFLA 1UTHB 2M8CA 3TTKA 1BIYA 5H8FA 4OWDA 4YKKA 3ECRA 3PPRA 1R9LA 2XD2A 1B7UA 3PGFA 1ZMGA 1B7ZA 4MFIA 4F3GA 2QL3A 4BDNA 1Z7ME 4QFOA 3SDFA 3OEMA 1SD3A 1EU8A 3U94A 3TTNA 3O6HA 4IB2A 4F39A 4HS7A 3CG3A 3QUFA 4HW8A 1N7XA 4EDPA 5AE4A 1IXGA 4NF8B 2V3TA 4QFPA 3QSLA 3S4UA 1RKMA 5JEIA 1EZ9A 5FTHA 1MS7A 4E0XA 1J1NA 4RY1A 3MUQA 1S50A 4GLIA 1USYE 4PP0A 1LBCA 3ZSFA 3RT8A 4LVQA 3CI8A 3PD9A 3FVGA 1USYH 4O3CA 4OEUA 1M5BA 2QMWA 1UTBB 5I57B 3PUYE 4KYDA 5ISUA 3CIJA 3G3HA 5JTYA 1M5DA 1LFGA 2ZNTA 4TQUQ 5CMMA 2DWHA 1MQHA 3RN8A 4R9FA 3K00A 4I8CA 2Z23A 3MVXA 1N84A 1BLFA 3V83A 4KYEA 4LA9A 5H8FB 3VLWA 1N0TA 4IGRA 4YU0A 3BFTA 2R9JA 2ALUA 1UIUA 1Z7NE 2DS9A 3U93A 4U23A 4P0GA 4FECA 1MPCA 4NE4A 4QFKA 1S7YA 2Y7WA 1TWYA 1R1NA 4U2RA 3E9XA 5FHMA 3O6IA 4F1VA 3LSLA 4GFRA 4YKJA 4MLQA 5CBSA 4ELOA 3V89B 2F97A 1M5EA 3FVOA 1JVYA 3BBRA 3EHUA 3SEVA 3K4UA 3OO9A 1FTMA 2XD3A 4NF5B 1DPEA 4YICA 1QULA 1FQEA 1IXCA 3OSRA 1O7TA 4OESA 3PV0E 4DZ1A 3ONMA 2XXYA 1MY1A 5AA1A 2ONSA 3EN3A 4WEPA 4O3AA 1B3LA 4YMBA 4XXUA 1QKAA 2RCAA 1OVTA 3VVEA 1DPPA 2IA4A 4QSCA 4NTLA 3SEXA 4F18A 3FXUA 2CMOA 3H6VA 5AA3A 2G29A 4RA1A 1CB6A 4EQ7A 5TP9A 1NKXA 2XX8A 1DTGA 3FJGA 2HAUA 4ZE9A 3M3KA 2UVGA 1LGBC 3FJMA 1IQ7A 3CFXA 1MRPA 4JSDA 3PPOA 1KWHA 1A99A 2DVCA 3KOSA 4H65A 4G8HA 4R75A 3C33A 1R6ZA 3MZ9A 4O3BA 2O1LA 1B3FA 1H76A 3VVFA 4DE8A 1I6QA 1VR5A 5H8QB 1P99A 4I62A 3TQWA 3H3GA 3KSXA 1B4ZA 3H6WA 1Y3QA 3UGWA 3TKDA 4YB7A 4DIGA 4IO2A 4G68A 4OYVA 3CG1A 3AXFA 4ZE8A 2DE4A 1B5JA 1XT8A 2QS3A 3KN8A 2P2AA 2Q89A 3FXQA 1ELJA 2ZYOA 1IEJA 1QUKA 3M8UA 3LUYA 2D3IA 4N07A 4OVJA 1POTA 1IUDA 4YAHX 2AYSA 4POXA 3H7MA 3GBAA 4QRZA 3H6TA 4OFJA 3G7WA 1O63A 2XXVA 3U8QA 2H98A 3SEUA 4X9TA 1FW0A 1LAHE 4U4XA 3RTWB 3QYTA 1EZPA 1II5A 2R71A 2UVIA 4XTCQ 2F7AA 4GIZA 4Z0IA 4ECFA 2XXPA 1XHYA 4EXLA 3G3JA 4OQOA 1ZU0A 3EF7A 4XKPA 3V8XB 1ZBMA 3H06B 1PBQA 1D9YA 1OMPA 2O84X 3ZKLA 1AL3A 4F3PA 1B2HA 2I58A 4GD5A 2AL4A 4IO7A 4OFLA 1NL5A 1P1QA 1MM6A 1VE4A 1XS5A 1H44A 3K1MA 5AA2A 4KD5A 1A8EA 3T9VA 3IORA 1A7LA 1TXFA 1UTHA 3R6UA 4H67A 1SI1A 1ZJLA 3VE1B 2Y7PA 4H5GA 3W9VA 2PT2A 1BKAA 4RPNA 3VDFA 4GL8A 2I0CA 1A40A 1Y9UA 1B58A 3MPLA 2DYXA 3KZGA 3O66A 4EQBA 4AB5A 3SEWA 2UVHA 1RYOA 4G2ZA 4ELPA 1B52A 1DSNA 1JETA 1MQDA 3IR1A 5ICQA 3PUXE 1B6HA 1P1UA 3HV1A 3FZVA 3GXAA 3CR9A 4PQJA 2O6AA 3W15C 1N76A 2GFEA 2RF1A 1OLAA 3TQLA 3RGYA 1Y4TA 4OENA 3CFZA 2O7UA 1PB8A 3H03A 3MZ1A 1UTBA 1NMUA 1MY2A 1MY0A 4XIGQ 5CMBA 4F2QA 3N94A 3D4CA 5ITOA 4RYAA 3TEPA 3PMXA 3KN3A 2OWSA 4JDFA 5HPQA 3K6VA 2QS4A 3G3KA 3T9UA 2NVUB 1QVSA 1SVXB 3MJNA 4YMAA 3LR1A 3USDA 4R6YA 1FTKA 5TU0A 4H8JA 1BTJA 3CSBA 1OLCA 1SYHA 3VV5A 1XVYA 4NF6A 2H25A 5B7DA 3C4MA 5CI5A 3ODBA 3MBPA 3TUSA 4WXJA 3FJ7A 1LAXA 1UQWA 2DVZA 3MWBA 3TZAA 2QS2A 3ZKKA 2LAOA 2F35A 5I84A 4FIMA 3HHFA 2F5XA 4BDQA 1JEUA 4H8IA 2THIA 2XXQA 1EH3A 1B7HA 2A5SA 1H43A 2VHAA 4F2OA 4G77A 3K1PA 3IB0A 3IJXB 3U1OA 5KDTB 3SETA 3RNNA 1ATGA 1B32A 5L9MA 4NF5A 2O69A 2G93A 3VXBA 1D9VA 3VLUA 3QK6A 3BFUA 5DVFA 4BDMA 1B3GA 2B3BA 2KLFA 3CFLA 3HCQA 3DP8A 4RNSA 1MPBA 2OWTA 5EYFA 3MW0A 2VGQA 2Z22A 5F7VA 3TCHA 3I3VA 3T66A 2OCUA 3C32A 3OO6A 3TTRA 5FHNA 3EQ1A 4NF4B 2HZLA 1YPNA 3B6WA 4R6KA 3N6TA 4EQ9A 1AOVA 4NF6B 2PX1A 4OHNA 1MM7A 4NEDA 1I6BA 4DXUA 2RKMA 1VSOA 3KEIA 1IITA 1BP5A 3MVZA 2I3VA 1LFHA 3C36A 1Y3NA 1LAGE 1P1NA 3E3KA 1RYXA 2BJJX 3KOTA 1AIVA 2VP1A 4IGTA 2WKYA 3FVNA 3IL1B 3ILTB 2HEUA 3B6QA 3HO7A 4JWOA 1FQFA 3HPIA 1WDNA 3TPAA 4OEVA 4ZECA 3MVWA 4NWDA 5H8QA 4F29A 1JNFA 1QUJA 3G3GA 4DDDA 2V3QA 1I6AA 1PC3A 2DQVA 1TFDA 3U72A 2Y7IA 4EXKA 1B0HA 4ND9A 4OTEA 3UP9A 5I58B 4I1DA 5TPAB 1VFEA 1MQJA 4JWXA 2HXWA 2FYIA 3GZGA 3FXRA 4G68C 4ZZAA 2CZLA 3QIMA 2FNCA 3IOUA 4LP2B 3R26A 1GVCA 3JV9A 3IK6B 1IXIA 4GF8A 3F11A 1HSEA 1NH7A 1Y1MA 2H9BA 2DXYA 1M5FA 1R9QA 4F1YA 3PPNA 1L5TA 4YKPA 3OMBA 3TODA 5AA2D 5DYHA 2Y7RA 3RT6B 1MPDA 5JK4A 3FUZA 2W7YA 4U1ZA 1FQDA 1MG1A 4BLAA 1MQIA 4F1UA 4ZEDA 1XVXA 3JYRA 4XKNA 3GLBA 3IO6A 4RJZA 5L9SA 3RTFB 3B6TA 1LB9A 4JSOA 1SQYA 4GVOA 4ZEKA 1SW1A 3TTMA 5CMKA 3UK4A 1B1HA 2X7QA 1POY1 2QRYA 3OEKA 2DSFA 3S9LC 3K01A 4GL0A 1NFTA 2XX9A 4F31B 3MZBA 2I4BA 1Q1KA 4FJPA 2I6EA 4G8MA 1ZKBA 4Z7EA 4LZ8A 4R74A 1B4HA 3S9MC 3B7DA 2AIXA 2RC8A 5L9OA 3OELA 3HN0A 5FTIA 5H8HB 3H6UA 4YZZA 3TELA 4FAJA 1PBPA 4BDLA 4TLMB 3C9HA 4KI0E 3IB1A 4QSEA 3L6GA 3N6UA 1JW1A 3KJ7A 1FTJA 1HSJA 2DWIA 3O6GA 1QJMA 1SYIA 3O28A 4PFTA 3VFJA 2DE3A 2Q2AA 1PB7A 1MXUA 2Y84A 2E1SA 1SW2A 3IO4A 3ZS6A 5H8NB 2NWJA 1H45A 2QMXA 3PUWE 4X1DA 3A09A 3CRBA 2D21A 3HSTA 2O1MA 2XXHA 3T93B 3OO7A 2GH9A 4IY6A 4U4SA 2H5YA 4IO6A 4GWOA 1ZIUA 3G3FA 3JZJA 4QFNA 5FHOA 3THIA 1AH5A 3I5OA 1URGA 4R2FA 3TMGA 2Q2CA 4F3BA 3EHTA 1GV8A 2A5TB 5DVIA 3S9EA 3A3CA 4OFOA 1FCKA 3RLFE 2Q9TA 3T9XB 4NMYA 3V5AA 3WAEA 1DMBA 3TTLA 4YB5A 3H4ZA 4K3FA 4TOZA 2VD3A 4RK9A 1MDQA 2B65A 2REJA 4R72A 2O7IA 4U21A 1MQGA 4M1VA 2X7PA 5I2KA 3FD3A 3PMVA 1IIWA 4YB6A 4C0RA 4KYSA 4FEDA 1B40A 4QSDA 4WKMA 2I48A 3Q27A 1NNTA 4E0WA 4IO5A 2I4CA 4DLDA 3TCGA 4AB6A 4LZ5A 1B1XA 5A5XB 1I69A 3L6HA 3DELB 4Q30B 3UA8A 4LZ7A 1US4A 3FV2A 5CC2A 4F19A 4Q8RA 4MLVA 1B46A 3TDJA 3PPQA 5B70A 5KDTA 1OIBA 2GRVA 2RCBA 3IOVA 5I59B 3RY3A 4JB7A 4ZDMA 2V25A 2PBWA 5DTBA 1CE2A 4PFYA 4OZ9A 2ZXTA 2RC9A 5EHSA 3PUZE 5DVJA 2PYYA 3FGSA 2Z8DA 3KFMA 2HCAA 4ESXA 2VD2A 4OERA 3FVKA 2XHDA 2Q8JA 3LSXA 5BUUA 4U22A 3RQTA 5K2YA 3T22A 1NNKA 2F36A 1MDP1 5M2VA 4DCXA 3EPEA 2OJTA 2UVJA 3HHGA 1LCFA 4FE8A 4NF4A 2H4IA 3IB2A 1EZOA 1MXVA 4GXSB 1P1WA 4FEBA 2ABHA 4KPTA 5I2KB 2FA7A 5DT6A 3RUMA 4OMBA 4ONYA 3IOWA 2V93A 2DWAA 4PFUA 4DCYA 4H0WA 3K02A 5AA4B 3MQ9A 3MAMA 5ITPA 5F1QA 2HQ0A 3TCFA 4RXLA 1FTLA 2OK2A 3K6XA 2F6GA 5CBRA 3ILUB 1URSA 3MVYA 2RC7A 3MP1A 1TFAA 2UYEA 5DEXB 4L17A 3U92A 3OOAA 2I49A 4EUOA 3IX1A 5KCJB 4F3SA 4X1BA 4C1TA 3VLVA 1US5A 3QXMA 2Q88A 3FIRA 3K6UA 2ZYNA 1MXZA 1LLSA 3O9PA 1GR2A 4KFQA 4WEDA 4YKIA 3E13X 3DP6A 1D4NA 4QHQA 2ANJA 1NH8A 5I58A 5CRYA 5TPAA 1NNPA 3UN6A 5K2XA 1XOCA 4FATA 4KCCA 4ESWA 3SERA 1MH3A 3D4GA 5CMCA 3GBBA 1A8FA 2QPQA 4JXIA 4QF9A 1PB9A 1UIVA 5I2NB 2XXUA 3C34A 5J1DA 3KSJA 2NOOA 2XX7A 3QAXA 3MP8A 3MC2A 4DXCA 4EF2A 2UXAA 1F9BA 1B3EA 4LATA 2R6GE 3LBSA 3N5LA 1IZ1A 3O97A 4HCWA 1SW5A 4PETA 4OXVA 1Q35A 5H8SA 4G8NA 1Y1ZA 2NXOA 4EF1A 1PEBA 1OQHA 2P1SA 2XXWA 1S9TA 5EHMA 2QJEA 3A3UA 3K6WA 4MBPA 1JW5A 2RINA 1LBBA 4IY5A 3KGCA 5HM4B 3OSQA 3Q29A 1WVJA 4HTGA 2F34A 4ZZEA 4M4GA 3PUVE 3O2AA 1XC1A 3I6VA 1D3KA 4LUBA 2XXXA 1Y20A 4UA8A 1N04A 2F7CA 1B0LA 4LQ5A 3SEYA 1AMFA 1A55A 4BDRA 2ZNSA 3IAZA 4RK2A 1T0KA 5H8HA 2GHAA 2XXTA 4Q5TA 1LSTA 2P0SA 4X48A 1MXXA 3LSWA 4I9DA 2I3WA 1URDA 1JQFA 4THIA 1TT1A 4ZEFA 3W9WA 5JTYB 4POWA 3DM0A 2VOZA 1YTVA 5LOMA 1JVXA 2OLBA 3VVDA 3OO8A 1QW0A 1MXYA 1LCTA 2ESNA 3M3LA 2ONRA 3TAJA 4KQPA 4C1UA 3UORA 3PMWA 1IXHA 4KR5A 5H8NA 5ICTA 3T96B 3E4RA 5CM6A 5KZTA 1H3DA 4F22A 5IAIA 2O51A 2NUVA 3Q28A 3T9HB 1ZTYA 1HSLA 3CVGA 4RPOA 4R6HA 2B3FA 1B9JA 2XXIA 4LONB 2F78A 1B51A 4NWCA 4BDOA 1QUIA 2A5TA 2YPNA 1SBPA 2Z8EA 3G3IA 1LAFE 4MF3A 4MH5A 3OD7A 2XXRA 1QKBA 4JBZA 4GOTA 3KJTA 3C31A 1N3WA 2QS1A 3OENA 4QFLA 2X26A 4KHZE 4N6PA 4GQOA 4N13A 2PVUA 1N3XA 2F8DA 4ISUA 3VXCA 3KBRA 1YCJA 2DP8A 4U1OA 4GRKA 4XKRA 3FASA 2PMSA 2HZKA 2QSXA 3PU5A 1LB8A 3FV1A 1DOTA 3BKIB 3EHSA 4G4PA 2DWJA 3SKPA 5A5XA 2YJPA 5HBCA 3N26A 4H5FA 4TLLB 2ZMBA 2AL5A 3O29A 3S2VA 2E0SA 3MP6A 2PT1A 4ZS9A 5TP9B 3UIFA 4FORA 1B3HA 2V3UA 3KG2A 1PDAA 4LQ2A 3IOTA 4P11A 1OQGA 5I56A 1GTKA 1A54A 2ZYMA 3PPPA 2OBGA 5I59A 1MY3A 1JW4A 1SW4A 3K0VA 3OXNA 2F7BA 4JWYA 1Y3PA 3DLNA 1VFDA 4R2BA 1LFIA 4H1XA 2OZZA 3TYHA 2UYFA 1MY4A 2HFBA 3K2DA 4ELQA 1SDXA 2IEEA 2D5WA 3C35A 1B5HA 4IO4A 2H99A 4ZEIA 2REGA 4UACA 2Z8FA 5BWJA 3DP4A 4AQ4A 1FQAA 1MH4A 4P0IA 4G68B 3S9NC 3MPKA 3IJOB 1O64A 3K1NA 2DOJA 3QUJA 5AA4A 2ONKE 3Q25A 2DXRA 1FQBA 4ELRA 3KN7A 2O68A 4H6DA 1B05A 1P1OA 1N7WA 4R9GA 1B5IA 1JEVA 3R7XA 1DTZA 5IKBA 1OVBA 5DEXA 4R73A 1WODA 2F6PA 5ELVA 3LSFB 3WAFA 5KCJA 4PFWA 1FTOA 1FQCA 4DXBA 3Q26A 4PE5B 4NF8A 1Y4CA 5I56B 2V84A 4OETA 4GXAA 2DE2A 3SESA 4KCDA 2I0BA 2ZYKA 2Y7KA 1SI0A 1ZLQA 4XKQA 1NNFA 1M5CA 2GHBA 3RPWA 2ZNUA 3M3FA 2HAVA 3LC8A 5I57A 4Q0CA 1YAEA 3FATA 1MXWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GGGA 3PD8A 4HCYA 5AA2B 2YLNA 5I2NA 3CSGA 3P7IA 4XF5A 5L8DA 2R8TA 1ANFA 4ZEBA 4IO3A 3TFLA 1UTHB 2M8CA 3TTKA 1BIYA 5H8FA 4OWDA 4YKKA 3ECRA 3PPRA 1R9LA 2XD2A 1B7UA 3PGFA 1ZMGA 1B7ZA 4MFIA 4F3GA 1IMBA 2QL3A 4BDNA 1Z7ME 4QFOA 3SDFA 3OEMA 1SD3A 1EU8A 3U94A 3TTNA 3O6HA 4IB2A 4F39A 1NV6A 4HS7A 3CG3A 3QUFA 4HW8A 1N7XA 1NV4A 4N6KA 4EDPA 5AE4A 1IXGA 4NF8B 4XEQA 2V3TA 4QFPA 3QSLA 3S4UA 1RKMA 1EYIA 5JEIA 1EZ9A 5FTHA 1MS7A 4GBWA 4E0XA 1J1NA 4RY1A 3MUQA 1S50A 4GLIA 1USYE 2QVVA 4NF0A 4PP0A 1LBCA 3ZSFA 3RT8A 4LVQA 3CI8A 3PD9A 3FVGA 1USYH 4O3CA 4P47A 4OEUA 1M5BA 2QMWA 2CZKA 1UTBB 5I57B 3PUYE 4KYDA 5ISUA 3CIJA 3G3HA 5JTYA 1M5DA 1LFGA 2ZNTA 4TQUQ 5CMMA 2DWHA 1FBDA 1MQHA 3RN8A 2WBBA 4R9FA 3K00A 4I8CA 2Z23A 3MVXA 4H45A 1N84A 1BLFA 1FPFA 3V83A 4KYEA 4LA9A 5H8FB 3VLWA 1N0TA 4IGRA 4YU0A 3BFTA 2R9JA 2ALUA 1UIUA 1Z7NE 2DS9A 3U93A 4U23A 4P0GA 4FECA 1MPCA 4NE4A 4QFKA 1S7YA 2Y7WA 2JJKA 1TWYA 1R1NA 4HXVA 4U2RA 3E9XA 5FHMA 3O6IA 4F1VA 3HFUA 3LSLA 4GFRA 4YKJA 4I40A 4MLQA 3FBPA 4JVDA 5CBSA 4ELOA 3V89B 2F97A 3ISPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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