5K2YA

Crystal structure of m. tuberculosis uspc (monoclinic crystal form)
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
400
structure length
400
Chain Sequence
IVVTVRLWDEPIAAAYRQSFAAFTRSHPDIEVRTNLVAYSTYFETLRTDVAGGSADDIFWLSNAYFAAYADSGRLMKIQTDAADWEPAVVDQFTRSGVLWGVPQLTDAGIAVFYNADLLAAAGVDPTQVDNLRWSRGDDDTLRPMLARLTVDADGRTANTPGFDARRVRQWGYNAANDPQAIYLNYIGSAGGVFQRDGKFAFDNPGAIEAFRYLVGLINDDHVAPPASDTNDNGDFSRNQFLAGKMALFQSGTYSLAPVARDALFHWGVAMLPAGPAGRVSVTNGIAAAGNSASKHPDAVRQVLAWMGSTEGNSYLGRHGAAIPAVLSAQPVYFDYWSARGVDVTPFFAVLNGPRIAAPGGAGFAAGQQALEPYFDEMFLGRGDVTTTLRQAQAAANAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and functional analysis of the solute-binding protein UspC from Mycobacterium tuberculosis that is specific for amino sugars.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable periplasmic sugar-binding lipoprotein UspC
molecule tags Transport protein
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 133
structure length 400
sequence length 400
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5k2yA00
2YJPA 1B40A 1M5FA 4G68A 4ZEBA 3T9XB 3VFJA 2VP1A 1B0LA 3PUYE 4EXKA 4DIGA 1LAHE 2PMSA 3PD9A 1MG1A 3EF7A 5HBCA 3PUZE 1IEJA 2NOOA 3MP8A 3U92A 1SD3A 2Q88A 3VDFA 2V93A 4JWYA 1NH7A 3VXCA 4R9GA 3TCHA 3FASA 4DCYA 4H0WA 1B7HA 3K1NA 2V84A 1URSA 1UTHA 2DWJA 2ZMBA 1ZKBA 2AL4A 4EXLA 2F35A 4YKJA 4KR5A 2Q8JA 3TCFA 3K2DA 1OVBA 4EUOA 4YZZA 4ZZAA 1B1HA 4PFWA 4TOZA 4G8HA 3SETA 4POXA 1PEBA 3QUJA 1MS7A 1URGA 3TFLA 4FATA 1OIBA 2Y84A 3ONMA 3RY3A 3VLUA 3GZGA 3RUMA 1OLCA 1DOTA 3T9VA 3V89B 1TT1A 1H3DA 4RXLA 5I57A 1FQBA 3SESA 1UIVA 5FHMA 3DELB 3CSBA 3R26A 2D5WA 1TFAA 3FVNA 2R71A 3WAFA 5I84A 1LFHA 1MM6A 2QS4A 4F1VA 4Q5TA 3PGFA 3I5OA 2OWTA 4JWOA 3T66A 1Y3PA 3KSXA 1MY2A 1J1NA 4OTEA 3G3FA 3THIA 4NF5B 1PBPA 4G77A 1A99A 3BFTA 2NVUB 2QMXA 3FIRA 1N7XA 5DEXA 5CBSA 1NNPA 1MQJA 2RF1A 4ZZEA 5L9OA 4YU0A 4H67A 4JDFA 3CFXA 1I6AA 4FIMA 4XXUA 3H6UA 4THIA 4U21A 4G68C 2OWSA 4H65A 3LSXA 5I58B 4EQBA 4H1XA 4MF3A 2DWAA 4NF6B 1VSOA 4NMYA 2F6GA 4UA8A 4FAJA 2OLBA 1R9QA 3K6XA 2GRVA 2HZLA 1AMFA 3W15C 4JXIA 1LCTA 3IR1A 4X48A 1I6QA 5I2NA 3E3KA 1SYIA 1GV8A 2DVCA 4R73A 4EF2A 1B9JA 1PC3A 1LAFE 1N7WA 4C1UA 3K01A 1FQCA 5H8HB 3O2AA 1MH3A 4F3BA 2FYIA 1S7YA 1IIWA 4QSEA 2V3QA 5AE4A 4Q8RA 2DVZA 3OOAA 5JTYA 3G3IA 4F3PA 4ESXA 2PBWA 3FATA 4O3CA 5L9SA 4UACA 4LZ5A 4OVJA 2NWJA 3H3GA 1LFGA 4EQ7A 5L8DA 3BKIB 3PUVE 4ONYA 3PPNA 3LR1A 2ESNA 2I4CA 4YKKA 1M5BA 2F7AA 1Y4CA 2XD3A 3IO6A 1N0TA 4RNSA 1YTVA 3IJOB 4FECA 2UVHA 3HN0A 4HCYA 5B70A 4MLVA 5H8SA 3VVEA 2Q89A 2XXUA 3GBBA 4KPTA 2RC8A 1B4HA 1LB9A 3B6QA 1JETA 1A8EA 2ZNSA 1RKMA 5CBRA 5A5XB 2HZKA 2HCAA 5AA3A 3H03A 3KN8A 3CI8A 2RC9A 3OEKA 4LONB 5ICQA 3HO7A 2QL3A 4N6PA 2VHAA 3MPLA 1ZLQA 5J1DA 2V3UA 2PX1A 3TQWA 2PVUA 1LGBC 4EQ9A 3TCGA 4OMBA 3UORA 3B6TA 3RTFB 2HEUA 1MPDA 1M5DA 2H99A 2RCAA 4JSOA 5CMKA 4RY1A 4FE8A 1MM7A 3OO8A 4ZEFA 5DTBA 1UTBB 1P1NA 3W9WA 2DE2A 3TEPA 1QVSA 2ABHA 3OSQA 4MH5A 1FQDA 2UXAA 1A7LA 3G7WA 4OFJA 3B6WA 3PPRA 1SW5A 3EN3A 4ZECA 1B5JA 3OD7A 1O63A 4YMAA 3V8XB 4GL0A 4I8CA 2XXIA 2HFBA 5KDTB 1H43A 1B58A 1XT8A 4ZEDA 3G3JA 3RQTA 3TKDA 3CVGA 4GOTA 2Y7PA 5DT6A 3N6UA 3FUZA 3D4CA 4DXUA 2RC7A 4QFKA 4U23A 1DSNA 3OO7A 5HM4B 5M2VA 4YKPA 1QUKA 1N3WA 1YAEA 1NMUA 1USYE 1HSJA 2D3IA 3MAMA 2RCBA 3BBRA 1YPNA 3TAJA 3K6VA 3FV1A 3CG1A 2OBGA 1N3XA 2H9BA 5EYFA 2I4BA 1PDAA 2XXTA 4TQUQ 4L17A 3IOTA 3EHSA 1EU8A 3CRBA 4KI0E 3VVDA 4GWOA 1S50A 4QFLA 4LQ2A 2XXXA 3PPQA 4RPNA 3FGSA 5I56B 2I49A 4NF8B 1D4NA 4OERA 3H6VA 5FTHA 2XXVA 3RT6B 3IOVA 1FTLA 4LQ5A 3IO4A 4RK2A 1B0HA 3Q25A 2BJJX 3Q28A 2ONRA 4GL8A 3FD3A 4R75A 1MQIA 1MQGA 3GXAA 4RA1A 2XD2A 2Y7WA 1QULA 3HHFA 1XVYA 5IAIA 2DE3A 5DYHA 2H5YA 3O29A 1KWHA 3T96B 2Q2CA 4ELRA 1JEUA 1AH5A 1ZBMA 2R6GE 2XHDA 1Y1MA 1XHYA 2ANJA 3M8UA 3O9PA 3G3HA 1B05A 1ZMGA 4U1OA 2IEEA 2LAOA 3IK6B 4FEDA 4KYSA 4NEDA 4NF5A 2F7BA 1R9LA 3MZ1A 4O3BA 1ZJLA 3O6GA 4U4SA 4R6KA 1ZU0A 3RTWB 4KFQA 1B7UA 3L6GA 1B6HA 4H8IA 3H6WA 1LLSA 2I3VA 1JEVA 3N94A 1MPCA 3MP6A 4ECFA 2REJA 4GVOA 1N84A 5TPAB 3OENA 4H8JA 2KLFA 3RT8A 4QSCA 2Y7IA 4PETA 5ITPA 3S4UA 1GGGA 3N5LA 5I58A 2DXYA 2V3TA 3F11A 4NF6A 3ECRA 4F2QA 1NL5A 2O6AA 3IOUA 3KJ7A 4ZEIA 3K0VA 5L9MA 2QSXA 1OVTA 1A55A 3FXQA 1XS5A 2ZYNA 4R72A 3C36A 5AA4B 4R6HA 5H8HA 2ZYMA 3SKPA 3QYTA 2F7CA 2DSFA 1WDNA 1JVYA 4MFIA 2O84X 3SEVA 4BDLA 4FEBA 5CRYA 3OSRA 1DTGA 3TTNA 1MXYA 4PFYA 2X7QA 3DP4A 1D3KA 4GFRA 2IA4A 3S9MC 4BDRA 3O66A 4YMBA 5K2XA 4DDDA 2F78A 3UN6A 3IX1A 1NFTA 2Q9TA 1P1UA 1OLAA 4ZDMA 5FHNA 2A5TB 4XKRA 1B52A 2XX7A 1QKAA 3PU5A 1OQGA 5LOMA 1MY3A 5A5XA 1H76A 2XXPA 4F22A 2DWHA 5KCJB 2OK2A 2F36A 1I6BA 4ND9A 1Q1KA 4KYDA 3QXMA 4H5FA 1ELJA 5H8FB 1SW2A 1USYH 4XKNA 1MY1A 4M1VA 1M5CA 3CR9A 1AL3A 5FHOA 4DLDA 1JW1A 1XVXA 4LA9A 3PUXE 1A54A 3EHTA 1UIUA 3USDA 1R6ZA 3EQ1A 2P0SA 4QHQA 2FNCA 1UTBA 4XTCQ 4P0GA 3M3KA 1CE2A 4IO6A 1F9BA 1T0KA 3K02A 3RNNA 1NNFA 3TDJA 1B3HA 1EZOA 1LBCA 3TYHA 5IKBA 4HW8A 2GHBA 3K6UA 1Z7ME 4RK9A 4G4PA 4WXJA 4XIGQ 5KDTA 4NWCA 3HPIA 2Q2AA 1S9TA 1BP5A 2PT2A 2G29A 1SI1A 4QFNA 5I2KB 1O7TA 2ZXTA 4ELQA 3FXRA 3DP6A 1EZPA 3LSWA 2HXWA 5DVFA 3K4UA 3TELA 2HAVA 5FTIA 3IOWA 4KCCA 4LZ7A 3IL1B 1P1WA 2Z8FA 3EPEA 4YB6A 2YLNA 2O7IA 1OMPA 3ILTB 2AIXA 1MY0A 1EZ9A 3N6TA 1P1QA 3UK4A 1DPEA 2E1SA 4QFOA 3CFZA 1Y20A 3FXUA 2ZYKA 4IGTA 3C31A 1POY1 4ESWA 2AYSA 2XXQA 1RYXA 3EHUA 1BTJA 3KBRA 1RYOA 2F5XA 5TP9B 4GXAA 3PD8A 3C33A 4POWA 1H45A 5I56A 3TPAA 4NF8A 2GH9A 4OFLA 4HS7A 3MZBA 1GVCA 3N26A 1WODA 3DM0A 2WKYA 4G2ZA 3HV1A 2VOZA 2PT1A 3ILUB 1NH8A 1B1XA 4LUBA 4GIZA 3AXFA 4KD5A 3E9XA 4RJZA 1P1OA 4OEVA 3IB2A 2QRYA 1VR5A 1Y4TA 2GHAA 3KGCA 1D9VA 3KN3A 4I9DA 3SEUA 3MWBA 3U72A 3SDFA 1DTZA 2XX8A 3T9UA 3SEYA 1VFEA 3SERA 4IO2A 4ZEKA 5AA2B 1I69A 2P2AA 4JBZA 4TLMB 1IZ1A 2UYEA 4ELPA 2ONKE 1L5TA 2THIA 3OO6A 1R1NA 4TLLB 1H44A 4X1DA 3UP9A 2QS2A 5JK4A 2X7PA 3FV2A 1PB7A 5TPAA 3T9HB 3V5AA 4JWXA 3D4GA 1B5HA 3QIMA 1FTJA 2I58A 5ITOA 3LBSA 2XXHA 4DXBA 1LCFA 3ODBA 2O7UA 2F34A 3S9EA 1NNKA 1SYHA 2UVJA 1FQFA 2DXRA 3DP8A 5CM6A 2GFEA 2HAUA 3QK6A 1TFDA 1IQ7A 4OENA 3VE1B 1VFDA 3ZSFA 4F2OA 3KOTA 1OQHA 3TTMA 2O51A 1QUIA 5AA4A 1DPPA 4AB6A 4NTLA 2DQVA 4HTGA 2O1MA 3O28A 4ZS9A 4PFTA 2OZZA 1FW0A 1B46A 1BIYA 1FQAA 1HSEA 2XXYA 1MRPA 4WKMA 1JW5A 3T93B 2AL5A 4OZ9A 1B3LA 4OQOA 4I1DA 1SVXB 3S9LC 1EH3A 5F1QA 4Q30B 4RPOA 1QKBA 5BUUA 3C34A 2XX9A 4R2BA 5H8NB 3KZGA 1GR2A 3MZ9A 2DOJA 4BDOA 3M3LA 1TXFA 2QPQA 2O69A 3JZJA 4PP0A 2B3BA 4IO7A 3LSLA 1ATGA 4C1TA 1B4ZA 2A5TA 3A09A 4EDPA 4X9TA 3K1PA 4KHZE 2F6PA 1D9YA 3HCQA 2G93A 4F1UA 1HSLA 3RLFE 2DE4A 3W9VA 4BLAA 3ZKKA 3O6IA 1FTMA 2A5SA 3KJTA 1IITA 1PB8A 4PFUA 3VV5A 3H7MA 5KCJA 4DXCA 3U8QA 4R2FA 3U93A 3K1MA 1LB8A 5H8FA 2DYXA 3Q29A 5I59B 3A3UA 4DE8A 1WVJA 3FVGA 1B5IA 1YCJA 4LVQA 4R74A 5H8QB 4Q0CA 2ZYOA 4FORA 1BKAA 4MBPA 3CG3A 3R7XA 2CZLA 1QUJA 3PUWE 4YB5A 2VGQA 3O6HA 1SW1A 4IO3A 4QSDA 1JVXA 1ZTYA 2D21A 1B2HA 1GTKA 2B3FA 3QSLA 3UA8A 3KG2A 4BDMA 1B3FA 4GQOA 4OESA 4K3FA 4JSDA 1SBPA 2F8DA 4GRKA 1DMBA 1IXIA 3RPWA 5F7VA 4XKQA 3G3GA 3OO9A 3I6VA 2HQ0A 3P7IA 3MVZA 4OXVA 1MXVA 3C32A 3LC8A 4GXSB 1US5A 4NF4B 1II5A 5I2KA 3H06B 4QFPA 1JNFA 1XC1A 4YAHX 2Y7RA 4G68B 3VLVA 4F3SA 2REGA 1Q35A 2I48A 1PBQA 4AQ4A 4P0IA 1QW0A 4F39A 5ELVA 4OHNA 4F19A 2QS3A 1MY4A 4IY5A 4OEUA 3MW0A 2RINA 1FCKA 3TQLA 4U4XA 3UGWA 2I0BA 2Z23A 2M8CA 3JV9A 4QF9A 4RYAA 5EHMA 5TP9A 2XXRA 3PPOA 2ZNUA 1P99A 2XXWA 3E4RA 1UTHB 1NKXA 3GBAA 1Y3QA 4LATA 3H4ZA 1IXGA 4ZE8A 1MDQA 1Y1ZA 2I3WA 4OFOA 3MVYA 1ZIUA 1N76A 1POTA 1TWYA 4U2RA 4IGRA 1A8FA 4WEDA 4AB5A 4KQPA 3LSFB 1AOVA 1LBBA 3B7DA 4N13A 1FTOA 1MQHA 5AA1A 4F3GA 3KSJA 4GD5A 4IY6A 4R6YA 3SEXA 1M5EA 4YKIA 5I57B 3CSGA 3VVFA 1SW4A 3FVKA 1AIVA 3PMWA 5DVJA 3FVOA 3MBPA 3WAEA 3IB1A 2H25A 4PE5B 1XOCA 1URDA 3CFLA 2Z8EA 3TTRA 1A40A 3LUYA 3TTLA 1FQEA 5AA2A 1MXUA 4OETA 3BFUA 2NUVA 4M4GA 4N07A 1JQFA 1LAGE 3ZS6A 4F29A 4H6DA 2W7YA 4E0WA 1ANFA 4QRZA 1B51A 3FZVA 4MLQA 3SEWA 2ZNTA 5DEXB 1IXHA 2Z8DA 4U22A 3MPKA 3GLBA 2RKMA 3KEIA 3TODA 3PV0E 5K2YA 4DCXA 3RN8A 3MVWA 3MUQA 4LZ8A 2YPNA 2R9JA 5HPQA 2QJEA 3VXBA 4ELOA 1MPBA 1B7ZA 4C0RA 2ALUA 2F97A 4ISUA 4IO4A 2PYYA 2UVGA 3V83A 3KFMA 3M3FA 3JYRA 3G3KA 3Q27A 2B65A 2ONSA 3TMGA 3OELA 2QMWA 3CIJA 5I2NB 1MXXA 3TTKA 2X26A 3A3CA 1VE4A 1MH4A 3HSTA 2NXOA 1LSTA 3PPPA 4BDNA 2QS1A 4JB7A 3C4MA 3MC2A 3OMBA 1LFIA 5CMCA 3S2VA 1IUDA 3R6UA 1Y9UA 4R9FA 1B3EA 3H6TA 2UYFA 4YB7A 5JEIA 1LAXA 5JTYB 3TUSA 3E13X 1Y3NA 2O1LA 4XKPA 4E0XA 3DLNA 1SI0A 2E0SA 4F31B 3KN7A 5H8NA 5TU0A 1O64A 3UIFA 3L6HA 3MP1A 2CMOA 2I0CA 3PMVA 2DP8A 2Z22A 4Z0IA 4P11A 4ZE9A 1SDXA 3S9NC 1MQDA 1MDP1 3T22A 1CB6A 1PB9A 1IXCA 3IORA 4LP2B 4DZ1A 5DVIA 3MQ9A 2H4IA 3QAXA 2DWIA 5ICTA 2OCUA 1B32A 1BLFA 3OXNA 5B7DA 3VLWA 1NNTA 5ISUA 4X1BA 1N04A 3I3VA 4G8NA 4BDQA 3IAZA 1MXZA 3TZAA 2I6EA 1FTKA 3FJ7A 4YICA 4GLIA 4NWDA 3FJMA 5I59A 3FJGA 3K6WA 1US4A 3KOSA 1JW4A 4I62A 3OEMA 4O3AA 2FA7A 5H8QA 1SQYA 3U1OA 5CC2A 5CMBA 4Z7EA 3O97A 5CMMA 1MXWA 5AA2D 3RGYA 2O68A 3PMXA 3IJXB 1UQWA 3Q26A 4IB2A 4EF1A 3HHGA 2H98A 3U94A 4F1YA 2V25A 4HCWA 1QJMA 3QUFA 4WEPA 2OJTA 5BWJA 4IO5A 3IB0A 2UVIA 1B3GA 2VD3A 3MVXA 4G8MA 4PQJA 4KCDA 3K00A 2DS9A 4KYEA 2VD2A 4GF8A 1Z7NE 4U1ZA 5EHSA 3MJNA 3C9HA 4H5GA 4OYVA 4NE4A 5CI5A 3C35A 4F18A 4FJPA 4NF4A 3ZKLA 5KZTA 4OWDA 2Y7KA 2P1SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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