5L9OA

Crystal structure of agrobacterium tumefaciens c58 strain pbp soca in complex with glucopine
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
DNPLGLIDPTTISVGTMGDAKPYAFTTADGNFTGFDIELFLNVAGRLGFKKEQVVFTGQEFSALMPSVANGRFDVAAAAIGTTAKRKETVDFSDGYLAGFLSVLTSEAGITDAAGLKGKRLGVVQGTLQEIYAEKNFAGTDLVKFPDNNSAVSALNNGTVDAHFLDFEAAKDYSARYPALKIAVNIPSFDAPAGFVIRKGNDALRNALDKGLKEAMQDGTWKKLHEKWFPGTPMPAAYLPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Deoxyfructosyl-amino Acid Transporter Periplasmic Binding Pr
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
total genus 73
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9oA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9oA02
2ALUA 1NL5A 3IK6B 4FECA 3R26A 5HM4B 4R75A 2O51A 2GRVA 2Z23A 2HCAA 5CBSA 2DE3A 3FXQA 4BDOA 3H6TA 2XXVA 3L6GA 1MS7A 1FTMA 2YJPA 4QSDA 4YZZA 1VSOA 1FQCA 3MUQA 2DVZA 1OLCA 1IXGA 1O63A 2YLNA 1MQJA 1N3XA 5L9MA 1S9TA 1KWHA 4DXUA 1FQFA 1D9YA 2HZKA 1XT8A 3ZSFA 3CVGA 2OWTA 3M3LA 5CI5A 4NTLA 4JWOA 1HSEA 2OBGA 2XXXA 4DXCA 2OZZA 3M3FA 3CG3A 1IZ1A 4U1OA 2FA7A 1J1NA 4KFQA 3G3FA 5I57A 1WODA 1LFHA 2XXRA 1JNFA 3H6UA 2OCUA 4Q0CA 1LBCA 4LA9A 1Y3QA 2B65A 4ZE8A 3H7MA 4YKKA 2RKMA 2QJEA 3MPKA 5DEXB 4YKJA 3FV2A 2ONKE 1MQHA 1A54A 3I6VA 4ZEIA 5B7DA 3A3UA 3HO7A 3MVZA 1N84A 1TXFA 4KYSA 1OIBA 5EHSA 3KG2A 5FHOA 4IO3A 3QUFA 3PMXA 4TOZA 4YAHX 3MP1A 2PVUA 2D5WA 4NWCA 4KD5A 3HCQA 5CBRA 1ELJA 2M8CA 1B3FA 3MP8A 2I3VA 2QMWA 3MZ9A 2V3UA 4F3BA 1A8EA 3PUWE 1NMUA 1B3HA 4ZDMA 2Q9TA 2O7IA 3KGCA 2XHDA 5M2VA 4C1TA 1B1XA 3IOTA 5I56A 4JB7A 3AXFA 4E0WA 2UVIA 2XXHA 4WEDA 1VR5A 3JYRA 1MY2A 5ELVA 4BDQA 4NF4A 1P1OA 2B3FA 5CMBA 5DTBA 3IO4A 3IORA 3UP9A 1MRPA 3OELA 4F1VA 1QUJA 5K2YA 3OXNA 5LOMA 4JWYA 3EN3A 4R73A 4HCYA 4P0IA 3OSQA 1B5HA 1GGGA 1UTHA 1IITA 3G3JA 1B7UA 1BTJA 1D9VA 3K01A 2XD2A 5IKBA 2W7YA 3CG1A 1EZ9A 4OYVA 2F78A 1SW4A 3U72A 5BUUA 2ZNSA 2VGQA 2Y7PA 4N13A 1N7XA 4NF5A 3RNNA 1MM7A 4R2BA 3QXMA 1AIVA 3TTRA 4ECFA 3FD3A 1US4A 1XVYA 3O6GA 2ZMBA 1B52A 3E3KA 2ABHA 1LLSA 1VFDA 3IB2A 3C34A 3USDA 2F34A 3MZ1A 4OFJA 1H44A 4OQOA 4H1XA 5DVFA 3JV9A 4DXBA 3ZKLA 1IXHA 4TLLB 1B0HA 3SEUA 4IY6A 1B58A 5ICTA 1SYIA 2DSFA 4ISUA 3VXBA 3RGYA 3EHUA 4OEVA 1B5JA 1M5DA 3UK4A 2HXWA 2V84A 2Y7WA 3TAJA 3FVGA 1SYHA 1SW2A 2G29A 2GHBA 2OK2A 3S9LC 1DTZA 4GRKA 1LGBC 1QUIA 1B6HA 2F6GA 4MLVA 4YB7A 3T93B 4ELRA 3FATA 3QSLA 1POY1 4G8MA 1A40A 5ITPA 1MG1A 4KYDA 4F29A 4QSCA 1YPNA 2XXIA 4U2RA 4K3FA 3F11A 4KQPA 3N5LA 4F2QA 1B4HA 4RK9A 2THIA 1EU8A 3EQ1A 4JDFA 2DYXA 1TWYA 4C0RA 2UYEA 5H8QB 3PD8A 2RF1A 2X7PA 4X48A 3O6IA 4OXVA 5DEXA 2DOJA 3O6HA 4WEPA 4QFNA 4FATA 3FXRA 3T9HB 1PDAA 2R9JA 4MLQA 2A5SA 1Y3NA 3IOUA 4XKNA 4ND9A 1TFDA 5I59B 2HQ0A 1MPBA 3G7WA 4GF8A 3TODA 3RPWA 1FTLA 4RPNA 2IEEA 3K6WA 4U4SA 4EXKA 3T9VA 3UGWA 5F1QA 1MQGA 3TFLA 4F31B 4QF9A 4PFUA 3FGSA 3CFZA 2V3TA 4QFPA 4EDPA 3Q26A 4GQOA 4IB2A 1R1NA 4U23A 3VLWA 1ZLQA 3THIA 2E1SA 2Q2CA 4I8CA 3A09A 3Q28A 5TU0A 3TELA 1B7HA 1NH8A 1M5CA 4G68C 3KJ7A 3RN8A 2UYFA 3LSLA 4BDLA 1ATGA 3KOSA 3O97A 1FW0A 2H5YA 3FVKA 1IXIA 2H4IA 1N04A 3DP8A 1GVCA 3RT6B 1I6BA 3N26A 4FE8A 3TDJA 1MXUA 1SW5A 2QS4A 3TPAA 4QFLA 1WDNA 2ZXTA 4O3BA 3C31A 1ZU0A 2HEUA 1DSNA 1Y20A 4U1ZA 1BLFA 4F3PA 4P0GA 4LZ5A 5HBCA 1SD3A 4QRZA 1VE4A 3MWBA 3LBSA 3VVDA 4DLDA 1M5BA 1XHYA 1MH3A 5K2XA 4F1YA 4LVQA 4XIGQ 1EZPA 4DCYA 3K1NA 4BLAA 1N76A 2DS9A 4RPOA 5DVIA 2PBWA 3K6VA 2XX8A 2PT1A 4KYEA 4IO7A 1GV8A 4F19A 4RJZA 5I2NB 4IO5A 3DELB 2F36A 2H98A 1B3EA 3T66A 2RC7A 4G2ZA 4ZZAA 3D4GA 3H4ZA 4OVJA 3PMWA 5AA4B 1A8FA 1I69A 1LAGE 1LFGA 3DLNA 1B1HA 3FZVA 4EUOA 3LSWA 1MXXA 1FTJA 2H99A 1B7ZA 4KR5A 4RNSA 3SDFA 2NWJA 1MPDA 2I49A 3OMBA 1LSTA 3S9EA 3T9XB 3EF7A 3MBPA 3E4RA 3SETA 4Q30B 1B4ZA 3VLVA 4F3SA 2F97A 1O7TA 2QRYA 3K6UA 4IO2A 1EH3A 2NUVA 3PPNA 1IIWA 3MPLA 3TQWA 3BKIB 3IJXB 1T0KA 1LCFA 2AYSA 3UIFA 3E9XA 4Q8RA 1QJMA 5BWJA 1ZKBA 5TP9B 5H8HB 3U1OA 3IX1A 3CFLA 4R6YA 2CZLA 4IO4A 4RA1A 3WAEA 4H0WA 3KN7A 5L9OA 4RK2A 4P11A 2FYIA 3K6XA 5H8QA 4H67A 1P1UA 1FTKA 1NFTA 4OWDA 5CRYA 3SEXA 4R74A 5FHNA 2RINA 5I84A 3TEPA 4OFOA 2Z8FA 1SI0A 1Y9UA 3MW0A 2DWIA 4NEDA 2FNCA 4O3CA 2REJA 1S7YA 2VD3A 1N3WA 3KN3A 1MXYA 4F3GA 3K4UA 4EQ9A 5KCJB 3U8QA 3PUYE 3T96B 3IOWA 1SDXA 5I59A 3ILUB 3DP4A 1EZOA 4LZ8A 3ECRA 1US5A 3EHTA 3RQTA 2Z22A 3KZGA 4C1UA 4KPTA 3TQLA 2XX7A 2OJTA 2DQVA 4I9DA 4LQ5A 1LB9A 1D3KA 1UQWA 3FASA 2KLFA 3ILTB 1A55A 1JQFA 3U94A 3EHSA 5TPAB 5AA3A 1JVYA 1Y3PA 4M4GA 1L5TA 1FTOA 1SBPA 3LUYA 3PUXE 2RCBA 4LP2B 3KN8A 3S4UA 2O1MA 2F5XA 1Q1KA 5H8FB 5L8DA 4NF8B 4H65A 1MXZA 4YU0A 3SKPA 1RYXA 2ONSA 5H8SA 3HHFA 2DWAA 3HPIA 2ANJA 4EXLA 4RYAA 1SQYA 4X9TA 2UXAA 3TYHA 3HHGA 5J1DA 3N6TA 4PE5B 3OO6A 3C9HA 1GTKA 1MY3A 4POXA 4X1DA 3RLFE 4HW8A 4OETA 1URDA 1SI1A 4WKMA 1UIUA 1OQHA 1ZMGA 2PX1A 1ZTYA 3EPEA 2DE2A 2AIXA 4R6HA 4OFLA 3C35A 4ELQA 1QKAA 2HAVA 2UVGA 2O69A 4OMBA 1H45A 3PU5A 3B6TA 4OZ9A 1Q35A 1JW1A 5CMCA 5DT6A 3MJNA 1YTVA 5I2NA 3G3HA 3T22A 2LAOA 2F35A 3BFUA 5JTYB 3SEWA 2P1SA 3T9UA 3K1MA 5IAIA 4XKPA 1QW0A 3RUMA 4F2OA 4QFKA 2GH9A 5AE4A 1DPPA 5I58B 4PFTA 1USYH 4LQ2A 5AA4A 2Q2AA 1Z7ME 3FJGA 3JZJA 3W15C 2ZNUA 3CSBA 4ZEFA 1LFIA 3B7DA 2AL5A 1WVJA 3FUZA 1OMPA 1B5IA 2DWHA 1FQAA 5KZTA 3O9PA 1PBQA 4EF2A 4HS7A 3KSJA 4GIZA 1AL3A 5H8NB 3S2VA 2XXUA 4FIMA 3UORA 4EF1A 2QL3A 3H6WA 3MAMA 3TUSA 1I6AA 2ZYNA 3K0VA 1H3DA 4AB5A 5ICQA 2REGA 2HZLA 1MXWA 1B05A 3PD9A 2ONRA 2NVUB 3PPQA 5HPQA 4X1BA 5TP9A 1CB6A 5H8HA 4ZEBA 3U93A 5B70A 2O7UA 3LSXA 4GXSB 1H76A 3S9MC 3MVXA 3CFXA 4QSEA 2ZYMA 1O64A 4YMAA 3TTKA 1N0TA 4H5FA 4R6KA 5EYFA 2YPNA 3LR1A 1MY0A 1URSA 1RYOA 4ONYA 1Y4CA 2I0CA 2Y7IA 2V25A 4H5GA 3HV1A 3K02A 2O84X 4F18A 3V83A 2ZYKA 1URGA 3FJ7A 4NF6A 3IAZA 3O28A 5KCJA 3SERA 3ONMA 2DP8A 2Q8JA 4XXUA 4ZEDA 3KSXA 4ESXA 1BKAA 4R72A 1SW1A 4U21A 4ZECA 4PETA 1LBBA 1CE2A 4PFYA 3D4CA 4GFRA 4I62A 3VDFA 1IQ7A 4F39A 3O2AA 1B0LA 3B6QA 1Y4TA 4OESA 3FVOA 1NNTA 4G77A 3CI8A 4LZ7A 2I0BA 3IL1B 5TPAA 3TKDA 1F9BA 2PT2A 2X7QA 2Q88A 2VOZA 3UN6A 5H8FA 2F6PA 3LC8A 4NF8A 1OLAA 1JEUA 2DXRA 4GVOA 4TQUQ 4THIA 4YMBA 3W9VA 2P0SA 1LAXA 3G3IA 4MF3A 4NWDA 4M1VA 3TCHA 4BDRA 3PPPA 1QVSA 4BDMA 3RT8A 3B6WA 2V3QA 5AA1A 3M3KA 4HCWA 2IA4A 4UACA 4DCXA 3OEKA 1MDQA 3QYTA 3DM0A 2F8DA 4OHNA 3KFMA 1LCTA 5ITOA 4YB5A 2R71A 4H6DA 3SEYA 2QS1A 3GLBA 3IB1A 3FV1A 3VVFA 1NNPA 2RC8A 3E13X 3PV0E 1JW4A 2Y7KA 3H3GA 1UIVA 2X26A 4PFWA 3K2DA 5JTYA 1MH4A 2RCAA 3OSRA 3TTLA 3CRBA 3L6HA 3UA8A 1LB8A 1DMBA 4LUBA 3G3GA 1PB9A 5I58A 3IJOB 1PC3A 4FORA 3BBRA 5DVJA 2XXWA 1M5EA 3GXAA 3TCGA 1TFAA 4FJPA 1B9JA 1XC1A 1UTBA 3ODBA 2Y84A 3K00A 2F7AA 3TTMA 1S50A 1OQGA 1JEVA 2OLBA 2QPQA 2WKYA 5H8NA 4Z0IA 4IGTA 3ZKKA 4XTCQ 4KCDA 3MP6A 3HN0A 2XXPA 4OTEA 3TMGA 4OEUA 1MY1A 3QK6A 1NNFA 3FVNA 1FQBA 2I4CA 3V5AA 4JSDA 3OO8A 4H8JA 4NE4A 5KDTA 1Y1ZA 1NH7A 1FQEA 2I48A 4RXLA 3C4MA 3MZBA 2O68A 1B46A 4E0XA 2DVCA 1NKXA 4NF6B 4QFOA 1JVXA 4PQJA 3CR9A 1HSJA 2RC9A 3GBAA 2XX9A 4N6PA 3A3CA 3R6UA 3O29A 1MDP1 3Q29A 3Q27A 2I58A 1IXCA 5I2KB 4EQ7A 2UVHA 1AOVA 4F1UA 2QMXA 3MVWA 5A5XB 4U22A 2A5TB 3MQ9A 1B3GA 1B3LA 1MY4A 4ELOA 1MPCA 4ZZEA 1IUDA 3TZAA 1FQDA 5CM6A 4MH5A 2VD2A 1GR2A 2F7BA 3OD7A 2GHAA 4G68B 4GLIA 1LAHE 1LAFE 4OERA 2QS2A 3K1PA 4GD5A 1N7WA 2I6EA 5EHMA 1QULA 1PB8A 3PGFA 5FHMA 3SESA 1M5FA 3VLUA 3S9NC 4FAJA 1IEJA 3MC2A 4F22A 3C33A 3KBRA 4AB6A 1ZJLA 4POWA 3TTNA 1FCKA 2PMSA 3DP6A 1R9LA 4ELPA 2BJJX 4DZ1A 2VHAA 2Y7RA 5JK4A 3N94A 4JXIA 3KJTA 2D21A 4XKRA 3P7IA 3FIRA 3U92A 3LSFB 3OEMA 1PEBA 5AA2B 3C32A 1DOTA 2CMOA 5CMKA 3IOVA 2GFEA 3KEIA 4ZE9A 3RTWB 1MM6A 2QS3A 4PP0A 2XD3A 1NNKA 4GL0A 3GZGA 3I3VA 1BIYA 1JETA 1XVXA 1XOCA 4G8HA 4GXAA 3H06B 3N6UA 4YICA 4KCCA 1VFEA 2NOOA 2Q89A 2H9BA 5ISUA 3O66A 1YAEA 4FEBA 1TT1A 1AMFA 3PMVA 1P99A 4U4XA 1USYE 3FXUA 3H03A 5DYHA 3PUVE 3KOTA 1H43A 1QUKA 1UTBB 4WXJA 5AA2D 4IY5A 1OVBA 5CMMA 1AH5A 2OWSA 3R7XA 3OO9A 1ZBMA 2V93A 5L9SA 5I57B 1ANFA 4G8NA 1R9QA 4IGRA 1ZIUA 3ZS6A 3RY3A 1RKMA 1I6QA 1DPEA 3TCFA 4YKPA 2DWJA 4R9GA 5F7VA 2XXYA 4NMYA 2F7CA 1P1QA 3WAFA 3VXCA 2O1LA 4G4PA 2P2AA 3Q25A 3IO6A 3V8XB 1B2HA 1PB7A 5FTIA 4MBPA 3OENA 4YB6A 5JEIA 4HTGA 4GWOA 1A99A 4L17A 4DIGA 3H6VA 4ESWA 5KDTB 1HSLA 1B51A 3SEVA 4AQ4A 2DE4A 3M8UA 3VVEA 3VE1B 2G93A 1JW5A 4FEDA 1P1NA 1QKBA 2HFBA 2ZYOA 3MVYA 4QHQA 3FJMA 4I1DA 1MQDA 3IR1A 2ZNTA 4R2FA 3PUZE 3CIJA 3VV5A 1POTA 3OOAA 1B40A 4JSOA 1B32A 5I56B 3GBBA 4EQBA 2D3IA 1BP5A 4NF4B 4ZEKA 4ZS9A 1SVXB 5I2KA 3QIMA 4DE8A 3V89B 5A5XA 2A5TA 1Y1MA 4TLMB 4OENA 3VFJA 1II5A 4LONB 3PPRA 2PYYA 3QUJA 1XS5A 1MXVA 2I3WA 3HSTA 3PPOA 2ESNA 3G3KA 4DDDA 2O6AA 1D4NA 3RTFB 4YKIA 1UTHB 4G68A 4KI0E 4RY1A 3CSGA 4UA8A 1P1WA 4JBZA 4Q5TA 4XKQA 3W9WA 2VP1A 2R6GE 3OO7A 4IO6A 2XXQA 2XXTA 4H8IA 4GL8A 2DXYA 2B3BA 4MFIA 2UVJA 2H25A 1A7LA 4NF5B 2Z8EA 2NXOA 4GOTA 2HAUA 3C36A 1R6ZA 5CC2A 1OVTA 5FTHA 4Z7EA 4KHZE 1Z7NE 4JWXA 3I5OA 1YCJA 4N07A 2I4BA 1MQIA 2E0SA 1PBPA 3IB0A 4R9FA 3QAXA 3BFTA 4O3AA 4LATA 2Z8DA 4BDNA 1DTGA 2AL4A 5AA2A 2QSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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