5LOMA

Crystal structure of the pbp soca from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with dfg at 1.5 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
DNPLGLIDPTTISVGTMGDAKPYAFTTADGNFTGFDIELFLNVAGRLGFKKEQVVFTGQEFSALMPSVANGRFDVAAAAIGTTAKRKETVDFSDGYLAGFLSVLTSEAGITDAAGLKGKRLGVVQGTLQEIYAEKNFAGTDLVKFPDNNSAVSALNNGTVDAHFLDFEAAKDYSARYPALKIAVNIPSFDAPAGFVIRKGNDALRNALDKGLKEAMQDGTWKKLHEKWFPGTPMPAAYLPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Deoxyfructosyl-amino Acid Transporter Periplasmic Binding Pr
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium fabrum str. c58
total genus 80
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5lomA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5lomA02
3TAJA 1N84A 2AYSA 4QSDA 2YJPA 2H5YA 5B70A 1M5EA 1HSJA 3KN3A 1LFHA 1H43A 3PPQA 2V25A 5IKBA 1Z7NE 4LONB 2D21A 3PMVA 1MQIA 2O6AA 2F35A 1B0LA 1MM7A 3PPRA 2O7IA 4U1ZA 3T96B 3Q26A 3T93B 1AIVA 5AA1A 3F11A 4IO4A 4KYSA 3G3IA 3C35A 3PU5A 2DSFA 5TPAB 2QJEA 1DPEA 1FQAA 2DWJA 3QXMA 2XXHA 1FTMA 4ELQA 3GBAA 4XKPA 4RXLA 2VD3A 4TQUQ 4DXBA 1F9BA 4YKJA 4G8HA 3Q29A 1LFIA 4GXSB 4MBPA 4FE8A 3UA8A 4F2OA 4BDRA 3KSJA 5I56A 3WAEA 4FJPA 4U4SA 4H6DA 4ZE9A 2PT1A 1P1OA 4R6KA 3I3VA 1H45A 3TCGA 4OYVA 1GTKA 2XXWA 3I5OA 3HCQA 5FTIA 4NMYA 2AIXA 3TQWA 1I6QA 1MXUA 2I0BA 3SESA 1UTBB 3K1PA 2B3FA 3KN8A 3TDJA 5AA3A 5EHSA 1B3GA 4EXLA 2PVUA 1UIVA 5DYHA 1VE4A 4JDFA 3LUYA 1N7WA 2OCUA 1SW1A 3KN7A 2P1SA 4ESXA 4U2RA 3WAFA 4ZDMA 4ZEBA 1Y1MA 4PP0A 5L8DA 1I6BA 1GGGA 1RYOA 3IR1A 2QMWA 4MLQA 3GXAA 1ZIUA 4ZZAA 4EF2A 1UIUA 3SDFA 3TUSA 1T0KA 4U21A 4OVJA 4OEVA 1Y3QA 2D5WA 2Z23A 2ANJA 1O63A 2A5SA 1QULA 4KR5A 3MAMA 1Y9UA 3T9HB 5M2VA 2IEEA 2XXPA 4PE5B 3FXRA 3L6HA 3O97A 1TWYA 3UP9A 5I58B 3M3LA 1XC1A 1FQDA 2RCBA 4Q0CA 1QUIA 2DXRA 1LB9A 4DIGA 1B3EA 1B7UA 2B3BA 1MPBA 3JZJA 2NVUB 1NFTA 1NNPA 1P1WA 1Y3NA 3T9UA 2IA4A 1VFDA 1Q1KA 1NMUA 3ODBA 3TQLA 3EHTA 4NF8B 3T9XB 3TMGA 4HW8A 2NWJA 2GFEA 4YICA 4QSCA 2FYIA 3H6VA 1SD3A 4LZ7A 2E1SA 3TFLA 4ECFA 2I6EA 3RQTA 4QFPA 4KD5A 3MBPA 3MW0A 1GVCA 1OLCA 4F22A 1GR2A 3R6UA 3U93A 3RT8A 1H3DA 1ZU0A 1IUDA 3D4CA 3VFJA 2ZYMA 3FVGA 2DWIA 1MXXA 2VD2A 1B0HA 1MPCA 3FV1A 5CBSA 4F31B 1B2HA 1H76A 3P7IA 3MPKA 1Y4CA 5JK4A 3O9PA 3ILTB 3O2AA 2F78A 5BUUA 3C32A 4R72A 1B32A 4YZZA 2VOZA 4E0WA 4OETA 4WKMA 2I0CA 5EHMA 2ZMBA 1TT1A 3MP6A 5ICQA 4YB6A 2DOJA 3W9WA 1XHYA 4O3BA 5FHOA 1GV8A 3LSXA 3HV1A 4KCDA 1A54A 5I56B 1MH4A 1O7TA 3O6IA 4U23A 1P1QA 3U1OA 1FTOA 1DTGA 5CMCA 2QMXA 2Z8DA 4LP2B 4EQ7A 1JEUA 2DWAA 4MLVA 1R9QA 3ILUB 3OO9A 4KHZE 2YLNA 2XXYA 4RK9A 5B7DA 2VP1A 1MY0A 3FATA 1N3WA 2F97A 4HCYA 1N04A 1MQDA 1LFGA 3E9XA 3K1MA 3IB2A 4F2QA 2DYXA 1NL5A 1MQHA 1MQJA 1RKMA 4IO2A 1B1XA 1B3HA 3CG3A 2QSXA 2X7QA 1DSNA 3SERA 2OWTA 1LB8A 4MF3A 2O69A 4ZEDA 4YAHX 4PETA 1JW1A 5IAIA 4R6YA 1Q35A 3CRBA 1OLAA 3OMBA 5JTYA 5KCJA 1JETA 2H4IA 3GBBA 3KSXA 3PUVE 3E4RA 3KG2A 5CMMA 4TLMB 4FATA 4JWOA 3THIA 2ALUA 1B52A 4H8JA 4P0GA 5TU0A 3RGYA 2XXXA 3I6VA 1A99A 3L6GA 3N5LA 5CM6A 4BDLA 1B3LA 5I84A 2RF1A 1EZPA 2UVJA 3EQ1A 2RC7A 2W7YA 2UYFA 1N0TA 3K00A 5DEXB 3TTLA 2XHDA 5L9SA 3TTKA 1JW5A 4OESA 4LA9A 1FCKA 3SETA 2NXOA 1MH3A 1QKBA 3S9LC 3IOTA 1O64A 4IO3A 4R73A 5K2XA 3IB0A 3MP1A 4IGRA 5K2YA 3MVZA 4IB2A 4PFWA 1QJMA 1XT8A 4EQ9A 1MXZA 3T9VA 4NWDA 1BLFA 1ELJA 2V3TA 3HPIA 2REJA 3VVFA 2O84X 4F1UA 3UK4A 1FQFA 3RTFB 4BDNA 4AQ4A 1NH8A 3U72A 4QRZA 3QUJA 2I58A 2QS1A 5I2NA 1A8EA 4QFOA 1FTKA 3H7MA 2V3QA 3K6WA 1NKXA 1PBQA 5ICTA 2UVGA 2DWHA 3K02A 3T22A 1DPPA 1S50A 2Z8FA 2REGA 4YMBA 3LR1A 2V3UA 4X9TA 4F3SA 1IEJA 3FJ7A 4GWOA 3R26A 1MY1A 1B5IA 2NOOA 2M8CA 4BDMA 4NF5A 1PC3A 1QUJA 2HZLA 1II5A 5CMBA 1SW5A 5KDTA 1YPNA 4GF8A 2DQVA 3KJ7A 3RUMA 3TTMA 2A5TA 2ZNTA 5F1QA 4HS7A 2PX1A 2GH9A 4I62A 4RNSA 4HTGA 2XXIA 4H1XA 3SEWA 3FD3A 4KCCA 1P1UA 2ZNUA 1OMPA 2Q2AA 4NWCA 3FXUA 2Z8EA 4IO5A 2RKMA 4F1YA 4BDOA 4GXAA 3TTNA 1ATGA 1WDNA 4EF1A 3M3KA 5H8FA 2X7PA 5L9OA 1LBBA 3S9MC 1MPDA 3LSWA 4QF9A 1CE2A 3KZGA 3U8QA 1M5FA 5JTYB 5LOMA 5KCJB 1EU8A 4OQOA 4EUOA 5KZTA 2XXTA 1D9YA 1NNFA 3CFLA 2OBGA 5I59A 1UQWA 1M5CA 4JWXA 4I8CA 1PB8A 3PPPA 1B7HA 5J1DA 4IGTA 3FV2A 5DVFA 2H9BA 3G3GA 5HPQA 4GRKA 4R75A 1MXWA 3PUWE 2QPQA 3KBRA 3LC8A 5CI5A 4X1DA 4F3GA 2OWSA 1XS5A 1IXHA 3A3UA 1B4HA 1PB7A 2I4CA 3BBRA 3Q25A 3Q27A 3MUQA 4GIZA 3IJXB 3H03A 1MRPA 3G3FA 4DLDA 3BFUA 1A55A 4X1BA 1BKAA 3DLNA 4OFLA 4O3CA 4KYEA 3VDFA 1LAXA 4WEDA 4OZ9A 4H8IA 2ZNSA 4GL0A 3RTWB 1KWHA 4DCYA 3E3KA 2V84A 1SVXB 1I69A 2DS9A 3SEVA 5I2NB 5DT6A 1POY1 2O51A 1AL3A 1MQGA 4KI0E 2PBWA 4ELOA 3N94A 3H6WA 3UORA 1ANFA 1FQCA 1MDP1 3KFMA 3PMXA 1OVBA 2O7UA 1OVTA 2F6GA 3IO6A 4IO7A 1VR5A 3UGWA 3LSLA 3EF7A 5TP9A 3PUYE 1SW2A 4NF5B 2OLBA 4IY6A 2R6GE 3H6UA 3K6XA 5DEXA 3PV0E 4DCXA 2O68A 3VXCA 1MXYA 3S9NC 2X26A 2NUVA 5KDTB 4DZ1A 3CR9A 3OEKA 1D9VA 5A5XA 1ZMGA 2A5TB 4G2ZA 1LCTA 4R9FA 1MM6A 2AL4A 2I4BA 3O28A 2CMOA 3CSGA 4H65A 5ELVA 1ZBMA 2DE2A 3HSTA 2RCAA 4X48A 3JYRA 2G93A 1MG1A 1LAGE 5H8FB 1IITA 4NF6B 4F3PA 1UTHA 2I48A 4I1DA 3VLUA 1H44A 1B5HA 1AOVA 3IX1A 4GOTA 2HXWA 3LBSA 2GHBA 4LVQA 2XXQA 2XX8A 4PFUA 4QFLA 4C1UA 2Y7KA 2VGQA 1NNKA 1MY3A 4POXA 3S9EA 2OJTA 4ZEIA 1HSEA 5I59B 1J1NA 1IXCA 2PT2A 2QS4A 4OWDA 1B4ZA 1N76A 3KOTA 1IZ1A 3G3KA 4G68C 3IORA 3GZGA 4UACA 4RY1A 2FNCA 1DOTA 2AL5A 3SKPA 2GHAA 4NEDA 3CFXA 4RPNA 3N6TA 1AMFA 4OEUA 5JEIA 5AA4A 4I9DA 4Q5TA 4Q8RA 4ZZEA 1YCJA 3OSRA 4P11A 1WODA 3FGSA 5FHNA 1L5TA 1Y1ZA 1B40A 1B7ZA 3C31A 3CIJA 4IO6A 2P2AA 3TTRA 1IQ7A 4ESWA 3C9HA 4YU0A 2DVZA 1I6AA 1B6HA 4GL8A 1SBPA 3H4ZA 4NE4A 2XXVA 1SYIA 1SI1A 2PMSA 3HHGA 2ONRA 3O66A 1N3XA 1MXVA 4H5FA 3VV5A 4QFKA 3IK6B 2Z22A 3FIRA 5I57A 3MWBA 3C33A 1IXGA 1A8FA 3OEMA 4OMBA 1VFEA 5TP9B 4GD5A 1VSOA 4R9GA 3OXNA 2HEUA 3QSLA 4L17A 1AH5A 4OHNA 2QS3A 3QUFA 1R9LA 4YKKA 5CC2A 1EZOA 2Y7RA 1JEVA 4ZECA 1MY4A 5EYFA 2Y7WA 2XD3A 3HN0A 5A5XB 1PEBA 1P99A 5H8NA 4G8NA 3V5AA 2I49A 1TFDA 3N26A 1URSA 3PGFA 1FQEA 3A3CA 4EQBA 4WEPA 1SYHA 5BWJA 2Y84A 4XKRA 4KPTA 3PD9A 3ZSFA 3HO7A 1R1NA 1PB9A 4G68A 3MZ1A 3DP8A 2QS2A 2RC9A 1JVXA 3K6VA 5CMKA 1EH3A 2F36A 1LGBC 2HZKA 1UTHB 3G3HA 4LQ2A 2GRVA 2RINA 2UVIA 3AXFA 5AA2A 3MVWA 1A40A 3K2DA 2OK2A 3ZS6A 4U4XA 5L9MA 3DELB 5DVJA 3VLWA 4ELPA 3RY3A 3PUZE 4G4PA 2HQ0A 3MZ9A 4RPOA 4ND9A 1YTVA 2O1MA 1LAFE 3V83A 4F3BA 1B51A 2VHAA 4ZE8A 3UIFA 5DVIA 4LATA 1BIYA 3PMWA 4ZEKA 4C0RA 3A09A 3RNNA 1LLSA 3FASA 2XD2A 1Y3PA 4M4GA 1XVXA 5AA4B 1FW0A 2ZYKA 4MFIA 3TPAA 1QUKA 1PBPA 4OERA 3K4UA 3FZVA 3N6UA 3FVNA 4OFOA 1QVSA 1XOCA 1ZKBA 3FVOA 3MC2A 4EDPA 4ZEFA 4K3FA 3VLVA 1USYE 3W9VA 4XIGQ 1ZTYA 4QHQA 3K6UA 4RA1A 4KFQA 3CVGA 3FXQA 4NF6A 3O29A 1MY2A 3TCFA 3H6TA 4POWA 4M1VA 1Z7ME 2E0SA 2QL3A 3O6HA 4FORA 4O3AA 1HSLA 2R71A 3IOWA 5FTHA 1LAHE 2HAVA 3C34A 2DXYA 3EHUA 2PYYA 1ZJLA 4TOZA 4R6HA 5I57B 3OO7A 2H25A 2B65A 3H06B 3MQ9A 2RC8A 3BFTA 4XKNA 3K0VA 3TYHA 1XVYA 2QRYA 3MZBA 5DTBA 2O1LA 3CSBA 3BKIB 3B6TA 2YPNA 3QAXA 5ITOA 4AB5A 5H8QA 4WXJA 5H8NB 4GFRA 2Q2CA 3TKDA 1MS7A 1PDAA 4YMAA 1OIBA 3M3FA 4U1OA 4OFJA 2XXUA 2ESNA 4YKIA 3D4GA 4P0IA 5AE4A 1LSTA 4G77A 1DTZA 4F39A 4DXCA 3DP6A 1N7XA 4G68B 5I2KA 1FTLA 2DVCA 4N6PA 3MPLA 2G29A 4R2FA 2HCAA 2ONSA 3QIMA 3OOAA 1SDXA 4FEDA 2I3VA 5AA2B 2DP8A 4NTLA 4NF4A 4OXVA 1NNTA 4F29A 4EXKA 4YKPA 2UYEA 1JW4A 2DE4A 4LUBA 1P1NA 3H3GA 3U92A 1JVYA 1CB6A 1EZ9A 4FIMA 1LBCA 4RK2A 1A7LA 2THIA 1URDA 3KJTA 2ABHA 3U94A 5FHMA 3KGCA 3RT6B 3DP4A 2F5XA 1RYXA 1TFAA 3IAZA 2Y7IA 1USYH 2V93A 4LQ5A 4FEBA 3K1NA 4H5GA 4U22A 5AA2D 1JQFA 4OENA 3PD8A 4Q30B 2F34A 2F7BA 3PPNA 1QKAA 2XXRA 2XX9A 3VVDA 4N13A 3ZKLA 4BLAA 3MVXA 2KLFA 1B58A 3SEXA 4PFTA 3OSQA 3E13X 4H67A 4KYDA 4XXUA 1B3FA 4ISUA 2Q89A 3JV9A 3ONMA 1QW0A 5ITPA 3G3JA 1B46A 4DDDA 4C1TA 2Y7PA 2ZYNA 3V8XB 1S9TA 3K01A 4RJZA 4DE8A 3V89B 1Y4TA 3O6GA 1D4NA 4GLIA 1JNFA 3C36A 2I3WA 2Q88A 1NH7A 4G8MA 3W15C 3HHFA 4JBZA 3VVEA 5H8HA 1FTJA 4KQPA 4N07A 3UN6A 3EHSA 1B9JA 1US4A 1R6ZA 3Q28A 3FUZA 2R9JA 3OELA 2Q8JA 2OZZA 3FJMA 5H8QB 1B05A 2LAOA 1DMBA 2Q9TA 4IY5A 4UA8A 2ZXTA 3VXBA 3FVKA 5H8SA 2HFBA 4XTCQ 3SEUA 2UVHA 4DXUA 5I2KB 4H0WA 1POTA 1SI0A 4HCWA 3RN8A 3T66A 1S7YA 4ONYA 1B1HA 1SW4A 1BP5A 3PUXE 1Y20A 4MH5A 3S2VA 4OTEA 1OQGA 5TPAA 5CRYA 4NF4B 4JB7A 1LCFA 2ZYOA 1B5JA 3KEIA 3B6WA 3R7XA 5HBCA 1BTJA 1FQBA 4YB7A 4JWYA 4LZ5A 4LZ8A 1YAEA 3EN3A 2XX7A 3OO6A 4F18A 2UXAA 3OO8A 3MP8A 1M5BA 1OQHA 3PPOA 3KOSA 3VE1B 5HM4B 4JSDA 3IB1A 3OD7A 1URGA 1US5A 2H99A 3SEYA 4Z7EA 4F1VA 4JSOA 4JXIA 1UTBA 2ONKE 4FECA 4THIA 1ZLQA 3GLBA 1MDQA 3RPWA 3QK6A 3MVYA 4XKQA 2H98A 4AB6A 4FAJA 3IOUA 4F19A 2D3IA 4Z0IA 2DE3A 3CG1A 2WKYA 3ZKKA 1M5DA 4TLLB 3TELA 4R2BA 4YB5A 1IIWA 1IXIA 4ZS9A 4R74A 1TXFA 3RLFE 3USDA 4E0XA 5CBRA 2CZLA 3G7WA 3ECRA 2P0SA 3EPEA 3IL1B 3DM0A 3TZAA 5ISUA 4RYAA 3TEPA 2FA7A 3MJNA 5I58A 3IJOB 3LSFB 2BJJX 3TCHA 3B6QA 2F8DA 3C4MA 3CI8A 3CFZA 4BDQA 4QFNA 3S4UA 2HAUA 4GVOA 2F7AA 3OENA 3QYTA 2F6PA 3FJGA 2F7CA 1WVJA 4GQOA 3M8UA 4NF8A 1D3KA 3IOVA 5H8HB 4PFYA 3IO4A 4ELRA 3TODA 4QSEA 1SQYA 3B7DA 5F7VA 4PQJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TAJA 4N91A 1N84A 2AYSA 1IMEA 4QSDA 2YJPA 5EQAA 1NV6A 2H5YA 4N17A 5B70A 2ZZWA 1M5EA 1HSJA 1FBFA 3KN3A 1LFHA 1H43A 3PPQA 2V25A 5IKBA 1Z7NE 4N8YA 4LONB 2D21A 3PMVA 1MQIA 2O6AA 2F35A 1FBPA 1B0LA 1MM7A 3PPRA 2O7IA 4U1ZA 3T96B 3Q26A 3T93B 2FIEA 2R8TA 1AIVA 5AA1A 3F11A 4IO4A 4PAKA 4KYSA 3G3IA 3C35A 3PU5A 2DSFA 5TPAB 2QJEA 1DPEA 1FQAA 2DWJA 3QXMA 2XXHA 1FPEA 1FTMA 4ELQA 3GBAA 4XKPA 4RXLA 2VD3A 4TQUQ 4DXBA 4P1LA 1F9BA 1LBXA 4YKJA 4G8HA 3Q29A 1LFIA 4GXSB 4MBPA 1YZ0A 4FE8A 3UA8A 4F2OA 4BDRA 3KSJA 5I56A 3WAEA 4FJPA 4U4SA 4H6DA 4ZE9A 2PT1A 1P1OA 3D1RA 4R6KA 3I3VA 1H45A 3TCGA 1FPGA 4OYVA 1GTKA 2XXWA 3I5OA 4HE0A 4NG7A 4X04A 3HCQA 3B50A 4GBWA 5FTIA 4NMYA 2CEYA 2AIXA 3TQWA 1I6QA 1MXUA 2I0BA 3SESA 1UTBB 4PDHA 3K1PA 2B3FA 5F24A 3KN8A 3TDJA 5AA3A 5EHSA 1B3GA 4EXLA 2PVUA 1UIVA 5DYHA 1FPFA 1VE4A 1FPDA 4JDFA 3LUYA 1N7WA 2OCUA 1SW1A 3KN7A 2P1SA 4ESXA 4U2RA 4O7IA 3WAFA 4ZDMA 2FIXA 4ZEBA 1Y1MA 4PP0A 5L8DA 1I6BA 1GGGA 1RYOA 3IR1A 2QMWA 4MLQA 3GXAA 4PGPA 1ZIUA 4ZZAA 4EF2A 1UIUA 5A5LA 1FPKA 4JVCA 3SDFA 3TUSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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