The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
120
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sequence length |
299
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structure length |
296
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Chain Sequence |
ATTLKMGMQASVGSVEYNSAKMLADTLEEMSQGEIKLALYPSAQLGDDRAMLQLTLGDLDITYAEFGRMGLWIPRAEAVMLPYVAKDFDHLRRMFESDFGQGVRDEMLQKFNWRALDTWYNGTAETTSNRPLNSIEDFKGLKLRVPNAKQNLNYAKLSGASPTPMSFSEVYALQTNAVDGQENPLPTIKTMKFYEVQKNLAMTHHIVNDQMVIISESTWQKLSDTDKDIIQKAVQKVGDAHTQTVKTQEAELVSFFKSEGINVTYPLEPFREAMQPLYKEFDSNIGQPIVSKLAAM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
PELDOR Spectroscopy Reveals Two Defined States of a Sialic Acid TRAP Transporter SBP in Solution.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Vibrio cholerae
|
| molecule keywords |
C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein
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| total genus |
120
|
| structure length |
296
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| sequence length |
299
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-09-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03480 | DctP | Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NQ8 A; 2XA5 A; 2HPG A; 2HZK A; 4OVT A; 4XF5 A; 4PFI A; 4PCD A; 4MNC A; 4MX6 A; 4N17 A; 4N91 A; 4PFB A; 4OVP A; 4P8B A; 4DI3 D; 4P3L A; 2XWK A; 3U65 A; 5I7I A; 4PF6 A; 4NG7 A; 2ZZV A; 4YZZ A; 2WX9 A; 5IZZ A; 2ZZX A; 4UAB A; 4MMP A; 4PFR A; 4NHB A; 2XWI A; 2VPO A; 2PFY A; 4O8M A; 4PC9 A; 4N8Y A; 4X8R A; 4MNI A; 2XXK A; 4OA4 A; 4PBH A; 4PF8 A; 2CEY A; 4P9K A; 4MEV A; 4PBQ A; 4NAP A; 2WYP A; 5CM6 A; 4P56 A; 4OVR A; 5IM2 A; 4PET A; 4O7M A; 4LN5 A; 4PAK A; 4PDD A; 4O94 A; 4XFE A; 4N8G A; 4N15 A; 2ZZW A; 4MIJ A; 2HZL A; 4NF0 A; 4XEQ A; 2XWV A; 4MHF A; 4MAG A; 5IGA A; 4DI4 B; 3GYY A; 4OVQ A; 4PDH A; 3B50 A; 4P1E A; 4MNP A; 4PAF A; 4X04 A; 4OVS A; 4PGP A; 4YIC A; 4N6K A; 4PAI A; 4N6D A; 5LTC A; 2PFZ A; 4PGN A; 4NGU A; 2WYK A; 4P47 A; 4N4U A; 3FXB A; 4P1L A; 4MCO A; 2VPN A; 4OAN A; 5I5P A; 2CEX A; 2XWO A; 2V4C A; 4NN3 A; 4PE3 A; 4NX1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2RCB A; 3LUY A; 4WEP A; 2XA5 A; 3HCQ A; 4FEC A; 2RC9 A; 4Q5T A; 5IZ1 A; 3QSL A; 1GGG A; 4OEU A; 3SET A; 4MX6 A; 1XVX A; 4ZEF A; 1Y9U A; 5H8Q A; 3KJ7 A; 5ET8 A; 1B3L A; 3E13 X; 2Y7R A; 3QK6 A; 1MDP 1; 2P3V A; 1SDX A; 2QS3 A; 2UYF A; 5I57 A; 4DLD A; 5HPQ A; 4THI A; 1IXI A; 3G3F A; 1MXU A; 1Q1K A; 1B2H A; 5F7V A; 1UTH A; 3VXB A; 2H5Y A; 1FBC A; 4MNI A; 1MS7 A; 4KCD A; 1POT A; 5KCJ B; 3OO6 A; 5ET7 A; 1NH7 A; 2L5V A; 4XTC Q; 4ESX A; 1P1N A; 3G3I A; 3SDF A; 1B6H A; 2XXP A; 4NF5 A; 1KWH A; 2NXO A; 4HS7 A; 2XXU A; 3SEU A; 1JNF A; 3LSL A; 4M4G A; 3RTF B; 2Y7W A; 2P3N A; 3D4C A; 3MBP A; 2B4M A; 3H7M A; 3PPO A; 2XXT A; 5FHO A; 2F5X A; 4KFQ A; 4IO5 A; 3PD9 A; 1MQH A; 5DEX A; 1EU8 A; 3C33 A; 1NNT A; 1I69 A; 5LTC A; 3W15 C; 3OEN A; 1IMD A; 1JP4 A; 2ANJ A; 4PFY A; 5ICQ A; 4POW A; 1AL3 A; 5I2N A; 1INP A; 4JB7 A; 5I5P A; 4XKQ A; 3UOR A; 1JEU A; 1S7Y A; 3I6V A; 4YMA A; 2V3T A; 1UIU A; 4RXL A; 4XF5 A; 3F11 A; 1YYZ A; 1FJ9 A; 5CBR A; 1Y3P A; 1B40 A; 4PFB A; 4AQ4 A; 1DBZ A; 1YAE A; 2ZNT A; 3TZA A; 2XWK A; 4POX A; 4PF6 A; 4G8N A; 2V3U A; 4GLI A; 4FJP A; 3C4M A; 1XT8 A; 1I6B A; 4PFR A; 2VHA A; 4EF1 A; 4KR5 A; 4X9T A; 3WAF A; 2FHY A; 4JWO A; 3LSX A; 4X8R A; 3A29 A; 3N94 A; 3A3U A; 2D3I A; 2D5W A; 4H5G A; 4IR8 A; 4GVO A; 4R9F A; 1P1O A; 2R8T A; 5DYH A; 1BIY A; 1SQY A; 1FQE A; 2AL5 A; 4R6K A; 3MPL A; 4G4P A; 4MF3 A; 1PBQ A; 3K6X A; 2RC8 A; 4QFK A; 2H99 A; 4YKJ A; 5BWJ A; 5H8H A; 2ONK E; 1ZJL A; 5EQ9 A; 4QRZ A; 2A5S A; 3IX1 A; 3K2D A; 2UVJ A; 5ET5 A; 5F1Q A; 4X1D A; 3VVE A; 4G2Z A; 2GHA A; 1OLC A; 2XXQ A; 1T0K A; 1DMB A; 1ANF A; 4RYA A; 1AOV A; 4OYV A; 1MY2 A; 3B6T A; 1NUZ A; 3ILU B; 3JV9 A; 3QIM A; 2ZXT A; 4N17 A; 4ELP A; 2D21 A; 3PUV E; 4LUB A; 1TXF A; 4U1O A; 2Z8F A; 2O7I A; 2WX9 A; 1H45 A; 1NUY A; 3VLV A; 4MLV A; 4QHQ A; 4ELR A; 2GRV A; 3SER A; 3DEL B; 1NV1 A; 2UYE A; 3R7X A; 2F36 A; 2Z22 A; 4AS4 A; 1NNK A; 4FOR A; 1B0L A; 1EZO A; 3O9P A; 4N8Y A; 3CG3 A; 1BP5 A; 1MQI A; 4JVC A; 1SI0 A; 4NF4 B; 3TQL A; 5I84 A; 1B1X A; 3DLN A; 4XIG Q; 1SYH A; 3TTR A; 5T3J A; 3T1B A; 2WKY A; 1B5J A; 4N13 A; 4O7M A; 4H65 A; 4PAK A; 2O6A A; 4JWX A; 1NL5 A; 3RQT A; 3MWB A; 4N8G A; 4TQU Q; 5H8F B; 4NF0 A; 1LEV A; 2Q2C A; 5IGA A; 3O66 A; 1B3E A; 4XKR A; 4U1Z A; 1SW1 A; 2IEE A; 3TKD A; 4YKI A; 2ZYM A; 2H4I A; 4MBP A; 4EUO A; 4NED A; 1OQG A; 4OES A; 3O6H A; 1URG A; 2Q88 A; 5JTY A; 3MVY A; 3G3H A; 4FAJ A; 4N4U A; 3V8X B; 4ZEB A; 4BDR A; 2CMO A; 3KJT A; 2QJE A; 1O63 A; 3ZKK A; 2YLN A; 4WED A; 2I4B A; 1NUW A; 3CHG A; 4O3B A; 2DOJ A; 3HO7 A; 3T66 A; 1I6A A; 3CSB A; 2B3F A; 1N04 A; 5AA2 A; 3QUF A; 1VFD A; 4P0G A; 4ZEI A; 3IB0 A; 3IOR A; 2JJK A; 4NF6 A; 1RDZ A; 1WDN A; 2OK2 A; 5J1D A; 3TTM A; 1FCK A; 2F6P A; 4FBP A; 4F18 A; 2REJ A; 3S9L C; 4MMP A; 1TT1 A; 1IXC A; 1YPN A; 2VPO A; 1K9Y A; 2QS4 A; 4KCC A; 3PUZ E; 4PP0 A; 1B3H A; 4HCY A; 5M2V A; 2XXK A; 3E79 A; 3EHS A; 1EH3 A; 5FHN A; 2QRY A; 5DW8 A; 2QVV A; 3PMX A; 4GX4 A; 2CZL A; 3RPL B; 3HHF A; 1ZLQ A; 1MM6 A; 2UVI A; 4PET A; 4RNS A; 3MZ1 A; 4PDD A; 1MXY A; 2XD3 A; 3RGY A; 3L6H A; 5CC2 A; 2HEU A; 3B6Q A; 4MFI A; 1LBY A; 3LR1 A; 4FEB A; 3MP1 A; 5IKB A; 1KZ8 A; 4GWY A; 2BJI A; 3H03 A; 5FBP A; 5K2X A; 2DE3 A; 1TWY A; 3GZG A; 4P1E A; 4YKK A; 1DPP A; 5H8N A; 2ZYN A; 3VDF A; 1ZIU A; 3CSG A; 1A54 A; 2CZK A; 2B4L A; 3TDJ A; 2X7P A; 1NV3 A; 4FE8 A; 4ELQ A; 5CBS A; 2V4C A; 3BBR A; 3TUS A; 4G61 A; 4LA9 A; 1H76 A; 1FW0 A; 4PFT A; 1FBP A; 4OVT A; 2NUV A; 4PFI A; 4H67 A; 3USD A; 1FTK A; 3KN3 A; 1PB8 A; 1WVJ A; 3FJ7 A; 1FPF A; 5A5L A; 2WEF A; 4DE8 A; 4XXU A; 4R9G A; 1PEB A; 2F34 A; 1FPB A; 2RIN A; 3TCG A; 3I3V A; 3T9X B; 1UIV A; 5DT6 A; 4ZS9 A; 4WXJ A; 5EQ7 A; 3D1R A; 5IZ3 A; 1CE2 A; 4R74 A; 1NV7 A; 2FA7 A; 2M8C A; 2O69 A; 4IY6 A; 5I58 B; 5H8S A; 2F97 A; 3V5A A; 1FRP A; 1Y20 A; 3TTN A; 4R2F A; 2XHD A; 4NAP A; 3UK4 A; 4AS5 A; 1QGX A; 4OVR A; 2O51 A; 3K6W A; 3T22 A; 2A5T B; 3ONM A; 4OHN A; 3UN6 A; 2V93 A; 1JQF A; 5I2K A; 5FTH A; 3Q26 A; 3OSR A; 2XXW A; 4DCX A; 5CMC A; 4H6D A; 4DXU A; 3KC0 A; 4LZ5 A; 5CMB A; 5TPA B; 1UTB A; 3U94 A; 4IB2 A; 4WKM A; 3LUZ A; 4Q0C A; 3QAX A; 1NKX A; 3TOD A; 1B52 A; 2ONR A; 1J1N A; 2Y5L A; 1P1U A; 4U4S A; 3VVF A; 3CFL A; 5KDT A; 2B65 A; 2RC7 A; 3PPP A; 5A5X B; 2VPN A; 4EQ9 A; 3OEM A; 3MQ9 A; 2MKZ A; 4H5F A; 2B3B A; 1NFT A; 1S50 A; 3IK6 B; 3K0V A; 4NMY A; 5ITP A; 4R72 A; 3VLW A; 2VT5 A; 2OWT A; 1A55 A; 2O84 X; 2P1S A; 3DP8 A; 3VE1 B; 4F22 A; 3O2A A; 1DTG A; 3U65 A; 4MLQ A; 2I6E A; 4ISU A; 1LFI A; 4GBV A; 1POY 1; 4YU0 A; 3K6U A; 4JSD A; 3TQW A; 2W7Y A; 4RA1 A; 2GQ1 A; 4JBZ A; 3RTW B; 4BDM A; 2RF1 A; 1OQH A; 1LAX A; 1D4N A; 2PFY A; 4OMB A; 1CB6 A; 2DS9 A; 3E4R A; 1OMP A; 1NNF A; 1FBE A; 2OBG A; 3MVX A; 4U21 A; 2G93 A; 4QSC A; 3FZV A; 3G3J A; 1M5E A; 3M3F A; 1FBG A; 3FBP A; 2ZYK A; 4R73 A; 2QMX A; 4L17 A; 1G0I A; 2QVR A; 2Z8E A; 1YTV A; 2GHB A; 1O64 A; 4LN5 A; 4JVD A; 4KXP A; 4LON B; 3Q25 A; 1B4Z A; 3GBA A; 5ITO A; 5DVJ A; 2G29 A; 1N3X A; 3WAE A; 1UQW A; 4X04 A; 2GFE A; 4GWZ A; 2Q9T A; 2PT2 A; 3CRB A; 2KR0 A; 4P47 A; 2DYX A; 4ND9 A; 4P1L A; 1MY1 A; 5AA4 B; 2QVU A; 4OEV A; 2HPG A; 1D9Y A; 5AA3 A; 1BKA A; 4NF8 A; 3T9U A; 4JVI A; 2PCR A; 1OIB A; 2OJT A; 3TYH A; 3FJG A; 4JSO A; 4DIG A; 1VDW A; 4KHZ E; 1FQC A; 4KYS A; 1LST A; 1LBC A; 3TCF A; 5TP9 A; 1QKB A; 1R9Q A; 5F24 A; 5LOM A; 3IAZ A; 1D3K A; 1LBB A; 5I59 A; 3C35 A; 3RUM A; 3A3C A; 3EQ1 A; 4I3Y A; 2QL3 A; 4O8M A; 2I58 A; 4Q30 B; 1Y3Q A; 4HE0 A; 5EYF A; 1YZ0 A; 1QW0 A; 3IO6 A; 3MVZ A; 4PF8 A; 3EF7 A; 3MJN A; 4PBQ A; 5EHS A; 2ZNS A; 2IA4 A; 4HCW A; 1JW1 A; 4P11 A; 2DXY A; 2QS1 A; 4YKP A; 5L8D A; 4G8M A; 1LBV A; 3MAM A; 1MH3 A; 3N26 A; 3QYT A; 4KPT A; 2X26 A; 3MP6 A; 4BDL A; 1DCU A; 3S2V A; 1YXI A; 1USY H; 4R75 A; 4DI4 B; 4N07 A; 2DE4 A; 1AWB A; 3KFM A; 4JWY A; 4OZ9 A; 3Q28 A; 4UAC A; 3O28 A; 3K4U A; 3RPW A; 4BDN A; 4YIC A; 1IME A; 2V84 A; 1P1W A; 4X48 A; 3MPK A; 3KC1 A; 1MXW A; 1XOC A; 3PUY E; 4C1T A; 1MY4 A; 2RCA A; 1A7L A; 5JK4 A; 1OVT A; 3FXU A; 2O1L A; 3TCH A; 2E1S A; 1A99 A; 1B05 A; 1FTJ A; 4I62 A; 4H8J A; 3UP9 A; 5IAI A; 3N6T A; 4FAT A; 5AA2 D; 1LB8 A; 2DWA A; 4N91 A; 3H6V A; 4OVP A; 3S9N C; 1A8F A; 1FPK A; 1LFG A; 2I48 A; 1IMF A; 1Q9D A; 3D4G A; 4X1B A; 3LBS A; 3K01 A; 4PE5 B; 2QFL A; 2UXA A; 4OTE A; 3E3K A; 3P7I A; 1AMF A; 3FXR A; 1QVS A; 3FV2 A; 1FPI A; 4MJO A; 2XWI A; 2PT1 A; 1IXH A; 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