5M2VA

Structure of gluk1 ligand-binding domain (s1s2) in complex with (2s,4r)-4-(2-carboxyphenoxy)pyrrolidine-2-carboxylic acid at 3.18 a resolution
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
253
structure length
251
Chain Sequence
TLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Design and Synthesis of a Series of l-trans-4-Substituted Prolines as Selective Antagonists for the Ionotropic Glutamate Receptors Including Functional and X-ray Crystallographic Studies of New Subtype Selective Kainic Acid Receptor Subtype 1 (GluK1) Antagonist (2S,4R)-4-(2-Carboxyphenoxy)pyrrolidine-2-carboxylic Acid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor
total genus 72
structure length 251
sequence length 253
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5m2vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5m2vA02
4X48A 1MS7A 1PEBA 3FASA 2V3UA 1Y3PA 3CFLA 3SESA 3QIMA 3DP6A 3U93A 2Y7RA 2QPQA 4TLLB 5JTYA 3C35A 3FATA 4O3CA 1LAXA 4BDRA 3KZGA 1JEVA 3PUVE 3TAJA 1NL5A 3K1NA 2QS4A 4E0WA 3SERA 4RA1A 2H9BA 1D9YA 2REJA 1GTKA 3VLWA 5I59B 3VXBA 4EQ9A 3UGWA 3F11A 5AA4A 3U72A 4DXBA 4OVJA 3ILTB 1QJMA 3GXAA 4UA8A 1PB9A 4F1UA 1FTOA 4GD5A 1KWHA 4RK9A 4IO7A 4QHQA 1JVXA 3CG1A 1N3WA 4R74A 2VHAA 3SEYA 4M4GA 1SYHA 2DWHA 3HN0A 1GR2A 1ZMGA 3OEMA 1MQJA 2VOZA 3T9VA 3VLUA 2VGQA 2H98A 1SW5A 4AQ4A 4H8JA 3O6GA 3IB2A 3RT6B 1URGA 1Y4TA 3Q26A 1AMFA 1T0KA 3G3JA 1MXZA 1Y4CA 2P2AA 4F1VA 2FA7A 2YPNA 4LP2B 3O29A 1II5A 4THIA 3LSFB 1A40A 2PX1A 2E1SA 1US5A 5I2NB 2XX9A 2B3FA 4IO5A 4IY6A 2ZYOA 1LFGA 5L9SA 3QK6A 1ZIUA 4PETA 4JSOA 4U22A 4F3BA 2RF1A 2QS3A 3LC8A 1JQFA 4JB7A 1P99A 2HZKA 3LR1A 1VSOA 3SDFA 3THIA 2X7QA 5H8NB 2DSFA 2XXXA 3KN8A 2O68A 5ISUA 1UTHB 3IL1B 4X1DA 5H8HA 1ZKBA 4NMYA 2F78A 3PUZE 2Q8JA 2NWJA 1TWYA 4F19A 1LSTA 1OQHA 2DP8A 5KCJA 4OESA 4POWA 3MQ9A 3S2VA 2PBWA 3OEKA 1EZOA 1ANFA 4ZEFA 4DCXA 3ODBA 1H43A 1MY0A 4Z7EA 1BKAA 3PPRA 4BDLA 3SETA 1AOVA 3S9MC 4OXVA 2UVIA 4R2FA 5AA4B 3K1PA 3CSBA 1Y20A 3EN3A 4TLMB 2HAUA 2ONSA 3MJNA 4YAHX 3TQWA 2HZLA 1VE4A 2O7IA 1CE2A 3SEWA 3MVXA 1Z7ME 1VFEA 1NNPA 2LAOA 5I57A 5ELVA 5ICTA 1P1NA 1B3GA 2DYXA 4HCWA 3RGYA 2ZYKA 4H6DA 2Y7KA 5CMKA 3JV9A 3PMWA 3PGFA 4KCCA 2QS2A 4HTGA 4YICA 2HCAA 2GHAA 2ZXTA 4Z0IA 3PU5A 4OEVA 4MFIA 2XXYA 5EHMA 1MY1A 1HSEA 2P1SA 4ND9A 3CVGA 3N6UA 3T66A 3VV5A 5CBRA 2Z23A 3C34A 1US4A 1BTJA 4IGTA 3IOUA 2HEUA 2FYIA 5K2YA 3EPEA 1N76A 3FVNA 2ZNSA 4K3FA 1BIYA 5KZTA 1HSLA 1XOCA 1DOTA 1Y1ZA 2NOOA 2O6AA 2RCBA 3W9VA 3TEPA 4LATA 3HHFA 3RLFE 1QULA 4PFUA 4I9DA 4IGRA 1Z7NE 2GFEA 2XXUA 3HSTA 4KQPA 3OO6A 4LQ5A 2W7YA 3TDJA 3PPQA 1SQYA 2ZYMA 1IQ7A 2O51A 4ECFA 3CFXA 3B7DA 4XXUA 1JW4A 1DPPA 5H8HB 3KEIA 1MG1A 2RKMA 4G8HA 5JEIA 4LZ5A 3KSJA 4GIZA 4F3GA 3OSRA 4IB2A 1BP5A 5KCJB 1H3DA 1RYOA 1MH4A 5I84A 4XKPA 3ONMA 1LLSA 3G3IA 4NTLA 2RC7A 3QUFA 4KYDA 1NNFA 3T9XB 3D4CA 1B05A 3IORA 3QAXA 1B7UA 4O3AA 4C1UA 1ZLQA 4I1DA 3D4GA 5AA2D 1R1NA 4FEDA 2UYFA 4Q5TA 3HO7A 2H99A 4GXAA 1B4HA 2G29A 3C33A 3H03A 4QFKA 1UTBA 4JWOA 3A3UA 2D5WA 2O1LA 5M2VA 4OEUA 1SYIA 2DXYA 5I57B 2DE4A 2A5SA 3IB1A 2I49A 4U4XA 1MH3A 5H8QB 1A8FA 3O97A 2D21A 1LGBC 1SW4A 2DS9A 3TPAA 1ELJA 4WEDA 3K4UA 2H25A 3IOVA 3EQ1A 1NNTA 4H5FA 3FJGA 3DM0A 4GXSB 3ILUB 1LAFE 1QUJA 1N0TA 3T9UA 3E4RA 3A3CA 1A8EA 2F97A 4EXKA 3Q27A 1SW1A 1I6QA 2E0SA 5A5XA 2ALUA 3RT8A 5F1QA 1MPBA 4ELPA 3CIJA 4QSCA 3ZKKA 1Q1KA 2AIXA 1MPCA 1PB8A 1M5FA 4YB6A 4Q0CA 3PMXA 3CSGA 3PD8A 4LZ8A 3OENA 3KGCA 5I2NA 4KR5A 4I62A 4EF1A 2OCUA 4P0GA 3FD3A 4EQBA 4Q30B 4OFJA 3H6VA 1EZPA 4ZEBA 4YB5A 4NF5B 4LUBA 1B5IA 4PFTA 3DP4A 4ELQA 1N3XA 3SKPA 1B7ZA 1H44A 5BUUA 3CI8A 4AB5A 5H8NA 3EHSA 2XXPA 2VD3A 1FTLA 1DPEA 4GFRA 2DWAA 2F7CA 1Y3QA 3FXQA 3SEUA 4R9FA 1UTHA 2OZZA 3N26A 3P7IA 3Q29A 1DMBA 4JWXA 3QSLA 2I58A 2Y7PA 4F3SA 4ZECA 2CMOA 2Q2AA 4DIGA 3MPKA 3DP8A 4R6KA 2I3WA 1Q35A 1QW0A 1P1QA 4EDPA 3HV1A 4O3BA 1IITA 1JETA 1I69A 1FCKA 4ZE9A 5HBCA 3HHGA 3K00A 4U1ZA 4OFOA 2QSXA 3MP8A 4YKPA 4RNSA 5FHMA 4GRKA 1D4NA 1SI1A 3IJXB 3IO4A 2UXAA 1UTBB 4BDOA 1RKMA 1RYXA 1YCJA 1R9QA 2Q9TA 3MUQA 1SD3A 4R6YA 1MXXA 1GV8A 1O63A 3KBRA 4IO4A 4BDQA 4N13A 1O64A 1MXVA 4KHZE 2XXTA 1MY2A 3RTFB 4G68B 1AIVA 4QFPA 3RNNA 3TCHA 4JDFA 1QKBA 4OENA 1B1XA 4TOZA 1GVCA 2ABHA 2BJJX 5CI5A 1QKAA 1OQGA 3H4ZA 2XXRA 1NMUA 5TP9B 4F29A 2Y7WA 4BLAA 1R6ZA 4XIGQ 4G8MA 2OBGA 4U23A 1OVTA 3TZAA 1FW0A 5A5XB 3O2AA 1FQCA 4G4PA 2X26A 3PUWE 4YU0A 4I8CA 3V89B 2I4CA 3FIRA 4FAJA 3K1MA 2DE2A 3I6VA 1XT8A 1CB6A 4F18A 4EXLA 3KJ7A 1Y3NA 3O66A 3KJTA 1FTKA 1TFDA 3MP1A 3PMVA 4ZZAA 1DSNA 1XVYA 3VE1B 4NF4A 1MY4A 3LSWA 4FE8A 3K0VA 1ZJLA 4TQUQ 4C0RA 4GL8A 3QUJA 2QRYA 1FQDA 3AXFA 2XX8A 2Z8DA 1L5TA 1ZU0A 3KOTA 1OIBA 3TTRA 2V25A 3B6WA 1B6HA 1B3LA 1UIVA 4XKNA 1B32A 1YAEA 5KDTB 1JNFA 3MVZA 3RY3A 2I48A 3H6WA 3H3GA 1LBCA 1URSA 3MWBA 4Q8RA 4GF8A 3BBRA 1SI0A 3E13X 3MBPA 1D3KA 4G68C 1OVBA 4U2RA 4QSDA 5AA1A 4AB6A 3UP9A 3IOTA 1IXIA 1OMPA 1IEJA 3MP6A 5FHNA 2NUVA 1ZBMA 4FORA 1POY1 3IR1A 1P1OA 2HXWA 2FNCA 4H5GA 2Q89A 3TQLA 5JK4A 1FTJA 3V8XB 4FJPA 4R72A 2ESNA 1VFDA 3Q28A 5H8SA 1SDXA 5H8QA 2QJEA 3IAZA 4R6HA 2OWTA 4R9GA 1H45A 1S9TA 3K02A 2OLBA 3B6QA 1I6BA 4HCYA 1IXHA 1B9JA 2P0SA 3IO6A 4H8IA 5AA3A 2DQVA 1LB9A 2DOJA 3RTWB 3VDFA 5CRYA 1SBPA 3PPNA 1LCFA 3GZGA 1H76A 3FGSA 4LQ2A 4F3PA 4GQOA 5HM4B 2F35A 2Z22A 4R75A 4OERA 4G77A 3IOWA 3C4MA 4WXJA 1HSJA 1N7XA 2KLFA 2HQ0A 1PC3A 4NEDA 3TKDA 1I6AA 4RK2A 4LA9A 1B5JA 5I2KB 1QVSA 2M8CA 3EHTA 4YB7A 4KD5A 1B3FA 2F7AA 4NF4B 1QUKA 4NF5A 3VVDA 3UORA 1WDNA 1B2HA 2F7BA 1UIUA 1NH8A 1IIWA 1A54A 2R9JA 4RJZA 3N94A 3M3KA 5CC2A 2WKYA 1B46A 3TCFA 3TTKA 2IA4A 2UYEA 3V5AA 2V93A 4NF6B 1YTVA 4EQ7A 3G3GA 1B40A 5L8DA 1LB8A 4MH5A 2CZLA 1IXGA 3FXUA 3TYHA 2DWIA 4QFOA 1URDA 3MPLA 4PFWA 3O6HA 3CRBA 1B4ZA 1MDQA 4IO3A 4OWDA 3UK4A 3WAEA 4ZS9A 4H0WA 2XD3A 5K2XA 4EUOA 4F1YA 4RXLA 3TTNA 5IAIA 2D3IA 3TFLA 3UIFA 2THIA 1P1UA 2F6GA 4ONYA 3M3LA 4JSDA 2V3QA 3TUSA 1WODA 4OTEA 4MLVA 3DELB 5FHOA 3LUYA 4QFLA 4R73A 3S9LC 5I58B 2YJPA 4HS7A 1MQHA 3FUZA 1PBPA 1SW2A 5EHSA 4G68A 5TPAB 4H67A 1B7HA 3TTLA 1PDAA 3OMBA 4F22A 5TP9A 4QRZA 3B6TA 3SEXA 4WEPA 2R6GE 3E9XA 4FATA 1MM7A 4DE8A 3CG3A 3ZKLA 1NKXA 5H8FB 1DTZA 1JVYA 1AH5A 3FVGA 2UVHA 2RINA 1BLFA 5DTBA 3K6UA 4ESWA 1MXWA 3T22A 2DWJA 4ISUA 4P11A 2G93A 4YZZA 4JBZA 5EYFA 3OELA 1MQDA 2ZNTA 3MVWA 4OQOA 4JXIA 4F31B 3VVFA 2OWSA 5CM6A 5CMBA 3I3VA 3K6VA 1D9VA 3LSLA 1O7TA 1A55A 2NXOA 1FQFA 2ZMBA 1XVXA 3N5LA 4ZDMA 2QL3A 3BFTA 3C36A 3TTMA 1OLAA 4YKJA 2ZYNA 3KSXA 3MW0A 4X1BA 2I4BA 5ITOA 3QXMA 2F8DA 5KDTA 2XXHA 2PYYA 2XXIA 2YLNA 3CR9A 3ZS6A 3MC2A 4KCDA 3R7XA 1PBQA 5ICQA 1POTA 4ZEKA 2XX7A 2O84X 1M5CA 3JYRA 2QMXA 4IY5A 4L17A 5DVFA 1XHYA 2PT2A 1B5HA 1MRPA 4DLDA 1MY3A 3RN8A 4YKIA 3E3KA 1MQIA 5I56B 3PPPA 1N7WA 4DXCA 1Y1MA 3LSXA 4IO2A 2I0BA 4C1TA 3OOAA 5DEXB 1F9BA 3O28A 2Q88A 3U8QA 3PUYE 2GH9A 4MF3A 2H5YA 3C32A 3G7WA 1AL3A 1FQBA 5L9MA 2XXWA 1YPNA 4FIMA 1FTMA 3R26A 3KN3A 3FVKA 1ZTYA 3V83A 4NWCA 4OETA 2V84A 4U4SA 3FV1A 4F39A 4OHNA 4E0XA 5DYHA 1USYE 3K6WA 4ZEDA 3W9WA 3IX1A 2A5TB 1J1NA 1ATGA 2Z8FA 3ZSFA 2AL5A 4KYSA 5AA2B 2I0CA 4KFQA 3M8UA 4N07A 4NE4A 1IZ1A 3S4UA 4ELRA 3K2DA 4M1VA 2B3BA 1IXCA 5I2KA 2UVJA 2HAVA 2RCAA 3H7MA 4GOTA 2Y84A 4MBPA 3L6HA 3TMGA 4QFNA 4HW8A 2IEEA 4GWOA 3VXCA 4GVOA 3O6IA 4NF8A 4U1OA 4YMAA 3TCGA 5B7DA 2ANJA 2Z8EA 2Y7IA 2I3VA 3UA8A 4UACA 1M5BA 2GRVA 1B52A 1GGGA 4PE5B 1VR5A 2RC9A 3ECRA 5JTYB 1MM6A 4NF6A 3EF7A 1WVJA 4YMBA 1OLCA 4P0IA 2VD2A 2PMSA 3C31A 5HPQA 1FQEA 2I6EA 4ZZEA 3M3FA 2VP1A 1XC1A 4BDNA 4X9TA 4OMBA 5TU0A 4QF9A 5CBSA 3H06B 4KI0E 3MAMA 1B3HA 3A09A 3G3KA 3W15C 5B70A 2B65A 1JW5A 3LBSA 2DVZA 4G8NA 2XXVA 2GHBA 5I58A 3MZ9A 4PFYA 4RPOA 3PV0E 1B51A 3L6GA 5DVIA 3IB0A 5TPAA 4XTCQ 1B58A 1EZ9A 2F6PA 4RY1A 3UN6A 1MQGA 1M5DA 4MLQA 2O7UA 1B3EA 2AYSA 1UQWA 2RC8A 3KFMA 1LCTA 1MXYA 3FV2A 3FJ7A 2AL4A 5CMCA 2XD2A 1MDP1 3Q25A 4XKQA 5DT6A 4RYAA 1R9LA 1A7LA 4ESXA 1S7YA 2HFBA 5H8FA 1FQAA 3MZBA 3FJMA 3TODA 3OO7A 4N6PA 1EU8A 4H1XA 3QYTA 3N6TA 3GLBA 4QSEA 3U94A 3T93B 5FTIA 3VLVA 4DCYA 1JEUA 3U1OA 4YKKA 3IJOB 4FEBA 4DZ1A 1USYH 3S9EA 3DLNA 3OXNA 2QMWA 2OJTA 1IUDA 3RPWA 1B0HA 4NF8B 4OZ9A 3BFUA 2O1MA 3I5OA 2REGA 4ZE8A 3T96B 5F7VA 3EHUA 2QS1A 1Y9UA 1S50A 1LBBA 1NFTA 5ITPA 1M5EA 3O9PA 2F5XA 3PPOA 1NNKA 5CMMA 3K6XA 1TT1A 3MVYA 4FECA 4PQJA 3CFZA 1DTGA 3FZVA 2DE3A 1NH7A 1SVXB 3GBBA 3USDA 2PVUA 3HPIA 3KN7A 3OO9A 3RQTA 4LVQA 4G2ZA 4NWDA 3WAFA 3HCQA 3GBAA 2DVCA 2O69A 3SEVA 5I59A 2X7PA 3T9HB 3K01A 2UVGA 5LOMA 5I56A 4H65A 1P1WA 3U92A 4WKMA 4XKRA 4F2QA 4LZ7A 2R71A 1MXUA 3KG2A 4LONB 5DEXA 5J1DA 1TFAA 3OSQA 4EF2A 3KOSA 3OD7A 4PP0A 3G3HA 3H6TA 4GLIA 4ELOA 2ZNUA 1XS5A 1TXFA 4JWYA 3FXRA 5L9OA 2XHDA 3FVOA 4POXA 1B0LA 4U21A 3PUXE 1LAGE 3OO8A 3VVEA 2XXQA 3JZJA 1A99A 4R2BA 2NVUB 4DDDA 4F2OA 2V3TA 2F36A 2DXRA 4KPTA 1JW1A 4OYVA 1N84A 3H6UA 2OK2A 5AE4A 5DVJA 4ZEIA 1PB7A 3MZ1A 1B1HA 4OFLA 2Q2CA 2F34A 2A5TA 3IK6B 5FTHA 5IKBA 2H4IA 3VFJA 3R6UA 4GL0A 3RUMA 1LFIA 3PD9A 4BDMA 5BWJA 3TELA 5AA2A 2ONKE 3G3FA 2PT1A 1MPDA 3BKIB 4IO6A 4RPNA 1N04A 1EH3A 1QUIA 3C9HA 1LAHE 1LFHA 4KYEA 2ONRA 4DXUA 3S9NC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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