5M2VA

Structure of gluk1 ligand-binding domain (s1s2) in complex with (2s,4r)-4-(2-carboxyphenoxy)pyrrolidine-2-carboxylic acid at 3.18 a resolution
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
253
structure length
251
Chain Sequence
TLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and Synthesis of a Series of l-trans-4-Substituted Prolines as Selective Antagonists for the Ionotropic Glutamate Receptors Including Functional and X-ray Crystallographic Studies of New Subtype Selective Kainic Acid Receptor Subtype 1 (GluK1) Antagonist (2S,4R)-4-(2-Carboxyphenoxy)pyrrolidine-2-carboxylic Acid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 72
structure length 251
sequence length 253
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5m2vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5m2vA02
3HHGA 3QXMA 1YPNA 3TELA 3TKDA 2Z8EA 1OLAA 3G3KA 3RT6B 2PMSA 4AB5A 4E0WA 1N3XA 3FJGA 1R9QA 1S9TA 1B2HA 3S9LC 3IO6A 5EHSA 2OLBA 2O6AA 4O3BA 2HFBA 1US4A 2O7UA 4PETA 3MJNA 3BBRA 4IB2A 1PBPA 2F6PA 3K1NA 2DE4A 5AA2D 1H43A 2UXAA 1IXIA 1LAHE 4IO6A 3PPQA 3IB1A 4BDLA 2DSFA 4EDPA 4JSDA 1B4HA 4Q30B 5DYHA 3M3FA 1MDQA 3KSJA 1VE4A 5KCJB 2XX8A 4F3PA 3D4CA 4U21A 1BIYA 3A09A 4DE8A 4IY6A 1SBPA 4ONYA 5CBSA 4DDDA 3USDA 1MPBA 4KYSA 4RPOA 5L9MA 5HBCA 1B3EA 4WEDA 4I62A 5H8HB 1MY4A 2OCUA 2XXXA 2Y7KA 2VP1A 3V89B 2P0SA 3TODA 1ZKBA 3IO4A 3I6VA 4R75A 3TTKA 3PUXE 1HSLA 1EZPA 2R71A 4OMBA 2I0BA 3PPNA 3LSLA 4NTLA 4KD5A 2CZLA 1SW1A 3QAXA 1WODA 3DP6A 1A7LA 1FTJA 4PFWA 5DTBA 2RCBA 2XX7A 2LAOA 2HAVA 3LSXA 3M8UA 3DM0A 3S9EA 4UACA 3OO8A 5DVIA 4F31B 4JDFA 2H25A 3MC2A 4KI0E 3VVEA 4F29A 3OO6A 3E9XA 3D4GA 1Y20A 3PMXA 2FYIA 2PT2A 3PUYE 3PD8A 5H8NB 5ISUA 2DWAA 5AA1A 3GBAA 2DXYA 3SERA 3MPLA 2VD3A 4R9FA 4R2BA 2F36A 4LATA 1H76A 1O64A 1POTA 1EH3A 5CMMA 3OOAA 2I6EA 4U1OA 1H3DA 4NEDA 1MY2A 1JEVA 3GLBA 3V83A 3UORA 5KCJA 5L9SA 4OWDA 4H65A 2F5XA 3V5AA 2OWSA 1D3KA 1NNFA 3SEUA 3PPRA 3SEYA 1MQIA 3IJXB 4IO7A 4C1UA 3RN8A 3QIMA 3PV0E 2ZYKA 5H8HA 5H8QA 1URSA 1PB7A 4GRKA 2V84A 5J1DA 1ZU0A 4H0WA 3KZGA 3MZ1A 2ZYNA 2PT1A 5ICQA 3FVOA 1JW5A 2B3FA 4YZZA 1PC3A 5ITOA 1B40A 5FHNA 1LGBC 4X1DA 4L17A 1H45A 2Y84A 3MW0A 1O7TA 3TCFA 2NWJA 4JWXA 3VLVA 4MBPA 3ZKKA 2QMXA 3P7IA 3E4RA 5DEXB 3T22A 2G93A 3G3JA 2B3BA 2FA7A 1RYXA 1B3HA 4WKMA 3TUSA 1QKBA 2FNCA 1XHYA 4YKJA 1MQDA 4QFOA 1S50A 2ONKE 3HN0A 4DLDA 5CBRA 4KCDA 3T9HB 4LZ8A 3C36A 4KCCA 5AA4A 5B7DA 5B70A 4IGTA 1H44A 3PU5A 1OQGA 2ZXTA 1B52A 3MVXA 2GHAA 3A3CA 4OFJA 4LZ7A 4AQ4A 1B46A 4EF2A 3THIA 1RYOA 4ZE8A 4JBZA 4G2ZA 2DVZA 3OO9A 2D5WA 3HV1A 3K2DA 4MLVA 3SEWA 3OSRA 4H8JA 1LAXA 3T96B 1WDNA 3K4UA 1MXWA 3G3IA 3KJ7A 1LFIA 2REJA 3Q29A 4GLIA 2OZZA 4KR5A 4QHQA 2UVHA 3TAJA 2A5TB 3PUVE 2XXUA 1MM7A 1OLCA 2XD3A 5I84A 2Q88A 1Y3NA 1UTHB 4OZ9A 2V3UA 1A8FA 3SEVA 1EZ9A 2PVUA 2QPQA 4F1YA 1SVXB 4DZ1A 4BDNA 4G4PA 4I1DA 3OSQA 2XXHA 4PFUA 3FV1A 4IGRA 1MG1A 3TDJA 2IEEA 5L8DA 3W15C 4X1BA 2O1MA 3KG2A 3MP8A 1WVJA 3T93B 4P0IA 1ZLQA 2DP8A 1JW4A 3TEPA 2H5YA 5JTYB 3RUMA 2A5SA 1I6BA 1B5JA 4HTGA 3C31A 2F8DA 1NFTA 3PUZE 2HZLA 1TFDA 1ELJA 3G3HA 2VGQA 4IY5A 2F34A 2VHAA 1A54A 1MY1A 4QFLA 1SW5A 3QUJA 3RNNA 2CMOA 4NWDA 2QS1A 4N13A 2P1SA 3PPOA 4GL8A 3H06B 3IOWA 1QUIA 3O66A 4LZ5A 3VVDA 3Q28A 3TMGA 3ZS6A 4R2FA 1M5FA 3ONMA 3MZBA 5DVJA 4FAJA 3IOTA 1XS5A 1BLFA 3F11A 4FECA 4TQUQ 1P99A 3FV2A 5I59B 2QS2A 4XKRA 5KDTB 3HHFA 1Y1MA 2UVGA 2ONSA 2Z8FA 1NH7A 2ESNA 5CM6A 4OVJA 1CB6A 1MXXA 3PPPA 2A5TA 2Y7PA 1LFGA 2QJEA 2H99A 3C32A 1AH5A 3CSBA 2RC7A 2IA4A 3N6UA 3CR9A 3DP4A 2I58A 1Y4CA 4ELRA 3EHSA 2XXYA 5I57B 1ATGA 1LAFE 2I0CA 4RYAA 2OJTA 4F3SA 1UIUA 1MQJA 1KWHA 4WEPA 4H5FA 4KYDA 3GXAA 1QULA 2QL3A 2XX9A 3OO7A 4F3BA 1PB9A 5AA2B 4PQJA 3VXCA 4QFPA 3EQ1A 5H8SA 3MVZA 3CG3A 4YKKA 2H4IA 1DTGA 2B65A 4Q5TA 2Y7WA 4RK9A 1B32A 1D9VA 1TFAA 3R7XA 4PE5B 3FJMA 1UIVA 3RT8A 5I56B 4GFRA 1UQWA 2RCAA 3QUFA 5CMKA 1IZ1A 4F19A 1B1XA 3FJ7A 2F97A 3ILUB 3EPEA 1M5CA 2XHDA 2THIA 2X26A 3U94A 4Z7EA 5F7VA 2NVUB 4GXSB 1ZTYA 1BTJA 4OFOA 3CFZA 3CSGA 2Q8JA 3LBSA 4POXA 3K6VA 1US5A 4ZZEA 3IOUA 2X7QA 4NWCA 4LP2B 1LBCA 4GWOA 3T9VA 2QS4A 4TOZA 5I59A 4C0RA 1DTZA 5HM4B 5FTHA 4MH5A 2QSXA 1JW1A 5IKBA 3U72A 1B0HA 4XIGQ 4GL0A 3WAFA 1FTMA 4LONB 4RNSA 4FJPA 3FASA 4NF5B 4QRZA 5CRYA 5H8FB 3VDFA 3N26A 1R9LA 4OEUA 4DCXA 4RY1A 1JVXA 2O69A 5I57A 3FXQA 4BDMA 2XXQA 1ZBMA 1FTLA 3H6TA 2H98A 5FHMA 4POWA 2DWHA 3PMVA 1GV8A 2ZMBA 1OQHA 1TXFA 1NNPA 2RF1A 1N7WA 4YB6A 5AA2A 2HQ0A 1D4NA 2RKMA 4LUBA 3SEXA 3S4UA 1A8EA 1MXVA 4ZE9A 3K1MA 4ELOA 3T9UA 1A55A 3T66A 3HPIA 2W7YA 2F7CA 3K1PA 4ZECA 5I56A 4ISUA 2Q2AA 4X48A 4ECFA 4OETA 2Z8DA 1PBQA 3JV9A 3IX1A 3CVGA 4PP0A 3TTNA 2Z23A 4ZEIA 3IK6B 2ONRA 3MBPA 3N6TA 1MXUA 3IOVA 1NNKA 3MUQA 3C33A 4QSEA 4DIGA 1QUJA 4RXLA 1OMPA 3UA8A 4BDRA 4EUOA 1F9BA 3KFMA 1AL3A 5BWJA 1OIBA 3PMWA 3QK6A 4YMBA 3K6XA 3O29A 3CIJA 3H4ZA 1FCKA 4G68C 1SQYA 4BDQA 1LCFA 3OMBA 4H6DA 1N3WA 1DPPA 1POY1 5FTIA 1B5HA 3H6UA 2XD2A 3EHUA 2V93A 3WAEA 4R73A 4BDOA 3M3KA 3H6VA 1FQCA 3TTLA 4BLAA 4NF5A 3MQ9A 1XVYA 3N5LA 3OEKA 4HS7A 5A5XB 4Q0CA 4ESXA 3KN8A 3MPKA 1VFDA 4EQBA 4QF9A 2HEUA 4ELQA 2I48A 3LUYA 2DWJA 3W9WA 3OD7A 4IO4A 2GRVA 1DOTA 3JYRA 1AOVA 2D3IA 3LSFB 2Q89A 3MP6A 1SD3A 4QFNA 1VFEA 4GQOA 5AA3A 3CFLA 3ODBA 3KSXA 4TLMB 5TPAB 4ELPA 4ZEDA 3S2VA 5I2NB 1Y3PA 3BFTA 4ESWA 1SI1A 2HCAA 3O6HA 2RC8A 1LB9A 3K00A 2ALUA 1TWYA 2R9JA 5TU0A 3IAZA 2GHBA 3EF7A 4OXVA 3O2AA 5H8NA 4KHZE 3R26A 3ZKLA 5EHMA 3DELB 1JEUA 2VOZA 3L6HA 4NF6B 4ZS9A 4EXKA 1FQAA 1JVYA 1MPDA 1Q35A 4YU0A 2XXWA 3S9NC 1MPCA 3SESA 5TP9B 1JETA 4M4GA 2GFEA 4G68B 4FIMA 4JWOA 2OBGA 4YICA 5DT6A 5ICTA 3VXBA 2DYXA 3H3GA 1LAGE 2I4CA 1QKAA 2DOJA 2ANJA 4THIA 1DSNA 1EU8A 1B7ZA 3DLNA 5DVFA 1R1NA 2QMWA 4AB6A 4R9GA 4R6HA 4NF8B 4DXUA 1QW0A 2RC9A 1IITA 4NMYA 5FHOA 1LSTA 3CFXA 4RJZA 2NXOA 3KOTA 5A5XA 4E0XA 2RINA 3SDFA 3FD3A 4DXBA 2Q2CA 1PB8A 2R6GE 2AIXA 1XVXA 4N07A 5DEXA 1MH3A 4IO3A 1I6QA 2D21A 3OXNA 1P1QA 2F78A 4XKQA 1HSEA 4Z0IA 4EQ7A 1OVTA 4R72A 2NUVA 3GBBA 4XKPA 2G29A 3TFLA 3RLFE 4ZEFA 4FE8A 3K6WA 1B3LA 3HCQA 1B51A 3EHTA 3T9XB 5KZTA 1RKMA 3TQWA 3FVKA 4GXAA 1LLSA 4U1ZA 4QFKA 4P0GA 1L5TA 1IUDA 1GVCA 2ZNSA 4EXLA 3FATA 5EYFA 1B5IA 1URGA 4I9DA 3B6TA 4ND9A 2DXRA 3UK4A 1O63A 4G8HA 3KN7A 4NF6A 1XC1A 3ZSFA 1B1HA 3DP8A 1XOCA 3MVYA 5TP9A 1FTOA 4JXIA 4YB7A 3B6WA 4G68A 1Z7ME 4WXJA 1VR5A 2I4BA 2YPNA 4JB7A 2ZYOA 4XKNA 3MP1A 2UYFA 3FVGA 1N76A 1UTHA 3SKPA 4KQPA 4RPNA 1USYE 2GH9A 2XXVA 1J1NA 3G3FA 4YMAA 3FXUA 4G8MA 1QUKA 1B7HA 2F7BA 3C4MA 4NF8A 3LC8A 3QYTA 2PBWA 3UP9A 5JTYA 4HW8A 3BKIB 1B3FA 1IXCA 2ZNTA 4QSCA 1I6AA 4IO2A 4F1UA 1B6HA 1MQHA 5JEIA 1M5DA 2V3QA 1USYH 4RK2A 2UVIA 5LOMA 3I3VA 1T0KA 1JQFA 1S7YA 2PYYA 4OHNA 4F3GA 2DS9A 3IL1B 2I3WA 1LFHA 2F7AA 1QVSA 3FXRA 3RGYA 1SYIA 4YB5A 3TZAA 2O84X 3V8XB 3KJTA 4F1VA 2AYSA 3K01A 4OERA 1IEJA 5JK4A 2E0SA 4HCWA 4P11A 1CE2A 5KDTA 1OVBA 2E1SA 2V25A 4G77A 3H7MA 5CMCA 1N84A 3MVWA 1MXYA 1LCTA 1R6ZA 4ZEBA 1DMBA 4ZZAA 1FQEA 5H8QB 4EQ9A 1B9JA 1P1NA 3C34A 3H03A 1B4ZA 3MZ9A 2BJJX 4LVQA 2OK2A 1QJMA 3S9MC 3RTWB 1FTKA 4EF1A 2YJPA 3A3UA 5ITPA 3CG1A 3O97A 2REGA 4N6PA 3OELA 4NE4A 2H9BA 1SDXA 3C35A 3RPWA 3U93A 1MM6A 1MDP1 1SYHA 4XTCQ 3Q25A 1Y9UA 2M8CA 2QRYA 1IXHA 4RA1A 4F18A 3PD9A 2HAUA 3MWBA 2KLFA 4U23A 3K6UA 3FZVA 3G3GA 2Z22A 1XT8A 1NMUA 3PUWE 4HCYA 1FQFA 4LQ2A 5AA4B 4ZDMA 1N7XA 4FORA 5K2YA 4GOTA 1MXZA 2XXTA 3L6GA 4I8CA 4OENA 2V3TA 4Q8RA 5I58B 1EZOA 3UIFA 4YKPA 1HSJA 3EN3A 3VLWA 5BUUA 3FIRA 1UTBB 1YTVA 3RY3A 3TTRA 1NH8A 1N0TA 4UA8A 4XXUA 3RTFB 4IO5A 1M5BA 3FVNA 4F2OA 1AMFA 3LSWA 2O1LA 1YCJA 1Y3QA 3Q27A 1Y4TA 4U2RA 4MFIA 3TTMA 2I49A 4JWYA 4U22A 5K2XA 5H8FA 4MF3A 3VFJA 3KEIA 3VVFA 3GZGA 2VD2A 2F35A 1VSOA 4F22A 3B7DA 1FW0A 3HSTA 3UGWA 4GIZA 4KFQA 5I2KB 4FATA 3H6WA 5CMBA 4OYVA 3IORA 3IB0A 3TYHA 3U1OA 2DVCA 1MRPA 1IIWA 4H67A 4TLLB 3BFUA 1Y1ZA 3K02A 1SI0A 3KBRA 4PFTA 2O51A 3KN3A 4MLQA 3VLUA 3ILTB 3ECRA 4DCYA 4QSDA 3M3LA 1SW2A 3MAMA 5M2VA 1LB8A 4KYEA 3VV5A 1B3GA 5L9OA 3TCHA 4OQOA 1PEBA 2PX1A 3E3KA 5I58A 1URDA 2Y7IA 1P1WA 4OFLA 2HXWA 5CC2A 1A40A 3IR1A 1FQBA 1M5EA 1FQDA 3B6QA 1D9YA 1II5A 1P1UA 3JZJA 4OESA 3TQLA 3U92A 1UTBA 1ANFA 4FEBA 3W9VA 1Q1KA 2ABHA 3K0VA 2WKYA 1IXGA 3SETA 1IQ7A 1I69A 4X9TA 4H1XA 4U4SA 3R6UA 3KGCA 1TT1A 1P1OA 3OEMA 1MQGA 1DPEA 2UYEA 4M1VA 1MS7A 1ZJLA 1B58A 3O6GA 2DWIA 4NF4B 2OWTA 3G7WA 1Z7NE 1AIVA 1MY3A 1LBBA 3VE1B 2F6GA 4GVOA 1BP5A 4KPTA 4F39A 3I5OA 1N04A 1MH4A 3O28A 2O7IA 3Q26A 1ZMGA 4FEDA 5I2KA 3HO7A 4YKIA 2Q9TA 4LA9A 5AE4A 1B7UA 4C1TA 1B0LA 3U8QA 4U4XA 3IJOB 5ELVA 1A99A 1SW4A 2Y7RA 4GD5A 1ZIUA 4GF8A 5TPAA 5I2NA 3C9HA 4DXCA 1JNFA 3E13X 2ZYMA 3TPAA 1GR2A 4H8IA 4ZEKA 3TCGA 3LR1A 1YAEA 3IB2A 4R6YA 1B05A 5IAIA 2XXPA 2X7PA 2ZNUA 3UN6A 1GGGA 2NOOA 2QS3A 4LQ5A 3CRBA 3O9PA 2P2AA 3KOSA 3O6IA 2UVJA 1NNTA 3QSLA 4YAHX 2HZKA 4H5GA 2DE2A 1NKXA 4R74A 3AXFA 3RQTA 4K3FA 1PDAA 3OENA 4JSOA 4OEVA 2YLNA 4OTEA 3FUZA 2DE3A 5CI5A 4PFYA 3PGFA 1GTKA 2O68A 4NF4A 1NL5A 1BKAA 2DQVA 1MY0A 2XXRA 5HPQA 4O3CA 3FGSA 4R6KA 2I3VA 4F2QA 4O3AA 2XXIA 4G8NA 3N94A 2AL5A 3CI8A 5F1QA 2AL4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I40A 3HHGA 3QXMA 1YPNA 3TELA 3TKDA 2Q8MA 2Z8EA 1OLAA 3G3KA 2GQ1A 5EQ9A 4OA4A 3RT6B 2PMSA 4AB5A 1NV1A 4E0WA 1N3XA 5IZ1A 4X04A 3FJGA 1R9QA 1S9TA 1B2HA 1IMCA 3S9LC 3IO6A 4KXPA 4N8GA 5EHSA 2OLBA 2O6AA 4O3BA 2HFBA 1US4A 2O7UA 4I3EA 4PETA 3MJNA 3T1BA 3BBRA 4IB2A 1PBPA 2F6PA 3K1NA 2DE4A 5AA2D 1FBDA 1H43A 2UXAA 1IXIA 1LAHE 4IO6A 4N15A 3PPQA 3IB1A 4BDLA 2DSFA 4EDPA 4JSDA 1B4HA 4N17A 4Q30B 5DYHA 3M3FA 4PAFA 5LTCA 1MDQA 3KSJA 1VE4A 5KCJB 2XX8A 4F3PA 3D4CA 4U21A 1BIYA 3A09A 4DE8A 4IY6A 1SBPA 4ONYA 5CBSA 4DDDA 3USDA 2Y5LA 5IZ3B 1MPBA 4KYSA 2WYPA 4RPOA 5L9MA 5HBCA 1B3EA 4WEDA 4I62A 5H8HB 1MY4A 4P3LA 2OCUA 2XXXA 2Y7KA 2VP1A 4JVIA 1KA1A 3V89B 2P0SA 3TODA 1ZKBA 3IO4A 3I6VA 4R75A 3TTKA 3PTYA 3PUXE 1HSLA 1EZPA 2R71A 4OMBA 2I0BA 4P56A 3PPNA 3LSLA 4NTLA 4KD5A 2CZLA 1SW1A 4I3YA 3QAXA 5A5LA 1WODA 3DP6A 2HHMA 1INPA 1A7LA 1FTJA 2XWOA 4PFWA 4PAKA 5DTBA 2RCBA 1FTAA 2XX7A 2LAOA 2HAVA 2QVRA 3LSXA 3M8UA 3DM0A 3S9EA 4UACA 3OO8A 5DVIA 4PF6A 4F31B 4JDFA 2H25A 3MC2A 4KI0E 3VVEA 3BIGA 4F29A 3OO6A 3E9XA 3D4GA 1Y20A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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