5AE4A

Structures of inactive and activated dntr provide conclusive evidence for the mechanism of action of lysr transcription factors
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
SFDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRTRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFSELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEARH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
publication title The Solution Configurations of Inactive and Activated Dntr Have Implications for the Sliding Dimer Mechanism of Lysr Transcription Factors.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia cepacia
total genus 60
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ae4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ae4A02
2B3FA 4LATA 3TAJA 2XXYA 2HAUA 1A7LA 1Q1KA 2F97A 1DPPA 1AMFA 4JWXA 3QK6A 1H3DA 4NMYA 4QF9A 4RY1A 4AB6A 2QRYA 5I56B 1M5FA 3KN7A 3JV9A 4YMAA 3KSJA 4N13A 2DS9A 3VVDA 4OWDA 3V5AA 3RPWA 1SVXB 1UIUA 1A54A 3E13X 5J1DA 5CMCA 1B2HA 4R6KA 1JETA 5F7VA 1XVYA 4G8MA 4OTEA 2VOZA 4TLLB 1MXXA 2Q2CA 4IO2A 4ELOA 3PU5A 1I69A 5CMKA 3GZGA 1DTGA 4QSCA 4RNSA 2UXAA 4BDMA 4PETA 2OCUA 5CMMA 3BFTA 2YPNA 5IAIA 2OJTA 4JWOA 1B0HA 1B3HA 3T66A 1DMBA 2RCBA 1ZJLA 4XXUA 4R9GA 1GTKA 2GHAA 3OEKA 2FA7A 2RF1A 4F1YA 5BUUA 1MH4A 4U4XA 5I57A 2XX7A 5I57B 3OO6A 1MPBA 4GFRA 5I2KA 4C1TA 1H43A 5I2KB 3PPRA 2ALUA 1GR2A 1FCKA 1IXIA 2XD3A 3PUXE 4PE5B 4YICA 1IIWA 3TDJA 4R2FA 3T9VA 3VVFA 2F78A 4XKPA 3TTLA 4I62A 4YKPA 2DXYA 1LB8A 5ITPA 3CG3A 4KYDA 1OLCA 3W9VA 4F39A 5AA3A 3MZ1A 3PUZE 1IQ7A 1D9VA 3ZKLA 3Q27A 1PBPA 4X1BA 2UVGA 1CB6A 3MZ9A 1PB7A 1MQIA 3IOVA 3UP9A 1NMUA 1T0KA 4ZE9A 2B65A 3CIJA 4XKNA 3G3GA 3N94A 3QAXA 4U4SA 1IXHA 3GBBA 4ELQA 3K1MA 1XHYA 5FTHA 3UORA 4LQ2A 4EUOA 2W7YA 3B6QA 3UN6A 3G7WA 2IEEA 1H76A 2OK2A 4XIGQ 4FEBA 1XT8A 5ISUA 3TCFA 4NF6A 2F8DA 2XD2A 4JB7A 4NF6B 5KCJB 1D9YA 3S9EA 4F3PA 5HPQA 1S9TA 1TXFA 4WEDA 1JEVA 2FYIA 4ZEKA 4JWYA 3SEUA 4KCDA 1MQGA 4NF8A 1R9LA 3TEPA 4M1VA 4NF8B 2YLNA 3CR9A 2DYXA 4LUBA 1NH7A 1WODA 4PFWA 3HSTA 3ZSFA 4DXBA 1XVXA 4OMBA 2DWIA 4FIMA 4HCWA 4GXAA 3R7XA 3IAZA 3I6VA 1AH5A 4YKIA 4PFYA 1LAGE 3MQ9A 5H8FA 4GL0A 2ZNUA 2H25A 1HSJA 4GLIA 2PMSA 1MG1A 3K6WA 4EXKA 1ZBMA 1A55A 3EQ1A 3G3HA 1P99A 3MP8A 4M4GA 3HO7A 5H8HB 1YCJA 1QVSA 1DSNA 4RXLA 4ND9A 1YPNA 1MQDA 3H6VA 1AOVA 1FQAA 4KFQA 3TODA 4NF5A 1OVTA 3VXCA 1MPDA 4ZEDA 5A5XA 4NF5B 5A5XB 4I9DA 1JVYA 4U2RA 2DXRA 3HN0A 3HPIA 1LAFE 3TCGA 4KI0E 3T22A 1JVXA 3MPKA 3H6WA 4BDNA 1B3GA 1IZ1A 2Z8FA 1S50A 4JBZA 1II5A 4OESA 2I0BA 1KWHA 3HHFA 2VHAA 2Y7WA 1SW5A 2ONRA 4F18A 3IORA 3GXAA 5H8NA 3THIA 3FVNA 4HS7A 3EHUA 5H8NB 4ZE8A 2B3BA 5FTIA 4DLDA 3BBRA 5K2XA 3U1OA 3MC2A 2DWJA 5H8SA 3QYTA 3SERA 1SI0A 2FNCA 3OSQA 4E0XA 4YB7A 1B6HA 1B9JA 2H98A 3LSXA 4QHQA 3ONMA 1MXUA 4THIA 3CSGA 4DDDA 3K6VA 2NWJA 1Y1MA 3TYHA 4G8HA 3H7MA 3EN3A 4F3SA 5CRYA 3O6HA 2ZNTA 2PX1A 3O29A 2O1LA 2Y7IA 4GRKA 4RYAA 2ABHA 2RCAA 4F1VA 1BTJA 2RC7A 4GD5A 5TP9A 4QFOA 1HSEA 3P7IA 5TP9B 4X9TA 3VDFA 3W15C 4AQ4A 5CM6A 1MY2A 5B70A 4R6YA 4NE4A 1SBPA 2A5SA 1BP5A 4EXLA 4EDPA 1POTA 1NNKA 2YJPA 3ILUB 3K1NA 5BWJA 3SEYA 3IJXB 2X7QA 4OXVA 3MVYA 3FXRA 3ZS6A 4ZS9A 2ZYKA 3LR1A 3PPQA 2O6AA 4LVQA 3CRBA 3HV1A 1B4HA 2ANJA 4ESWA 3TTRA 2I0CA 4GVOA 1PDAA 3L6HA 3A3UA 3K0VA 5DVFA 1SW4A 1LFGA 4ONYA 1OVBA 3C31A 3CG1A 3CI8A 4R74A 4G4PA 4O3AA 3OSRA 3M3KA 5ELVA 1FTOA 2PYYA 4BDQA 4RK2A 3IOUA 3PMXA 4YB5A 2F6PA 3QIMA 2OZZA 3TTNA 1S7YA 4JSOA 4QFKA 1QUJA 4IO3A 2H99A 1Y3NA 3N26A 5TU0A 1BLFA 4LQ5A 1OQGA 4Q30B 2LAOA 1MQJA 3KJ7A 2F35A 1J1NA 4FECA 4OHNA 2OWSA 2P2AA 3TCHA 4R73A 4AB5A 3G3IA 3V8XB 4I8CA 5L9SA 3UA8A 3Q26A 3OXNA 1UTBA 4NF4A 1LFHA 1UTBB 4NF4B 3KOSA 1TFAA 2NXOA 4IY6A 3CSBA 4IGTA 3QUJA 5H8QA 1NKXA 3OELA 4IGRA 3OO8A 5H8QB 3FVOA 2XXIA 3E3KA 1FQCA 4EF1A 3IR1A 2QS1A 2DQVA 3EHSA 3RNNA 3TKDA 2Q8JA 3WAEA 3KJTA 4Z7EA 4P0IA 2DE2A 3BKIB 3I3VA 2Q2AA 4RPOA 4G2ZA 1QULA 1EU8A 2HEUA 2P1SA 4K3FA 2O51A 4F31B 4WXJA 1RYXA 3RQTA 2I48A 4XKQA 3R26A 4R9FA 1QW0A 1YAEA 1LB9A 4QSEA 3OMBA 2I6EA 5ICQA 4OEUA 3EF7A 1OMPA 5JTYA 2I3VA 3KOTA 3EPEA 1ZMGA 5JTYB 5KDTA 1MPCA 4DE8A 5KDTB 3PMVA 3USDA 4XKRA 1SW1A 3EHTA 1CE2A 1FQBA 2XXXA 4G8NA 4YKJA 3B6TA 1SI1A 4ESXA 5DYHA 4H65A 5JEIA 4F29A 1A99A 3LC8A 3FVKA 1LBCA 3IL1B 2M8CA 2GRVA 3FVGA 5L9MA 4QFNA 3VLUA 1VSOA 3ECRA 3IO6A 1Y4CA 3S2VA 2RINA 1MXWA 2V3TA 1USYE 1MS7A 3SEVA 4EQBA 4H8JA 3IOWA 2AL5A 3TQLA 2G29A 3KG2A 1LCFA 1Y4TA 2QS2A 2O7IA 1B5HA 2DWHA 1PC3A 3C9HA 3IB0A 4G68C 5DTBA 4DCYA 1MY0A 1Z7NE 5DEXA 2XHDA 2I3WA 3IX1A 3GLBA 5DEXB 4YB6A 1JW4A 5AA2A 3FUZA 3O6IA 4ZECA 5LOMA 3MBPA 4R6HA 4NWCA 5IKBA 2Z8EA 3FIRA 4GQOA 4KR5A 4DXUA 2OLBA 2NOOA 2R6GE 2VD3A 3M3LA 3VE1B 2DVCA 3R6UA 2Z22A 3K01A 2PBWA 2HZKA 2GH9A 3V89B 1Y1ZA 4ZEFA 4POWA 1VFEA 3ILTB 4BDOA 3PUWE 3C34A 1UTHA 4QFLA 5AE4A 3PD8A 4TLMB 1UTHB 2D5WA 5AA4A 5AA4B 1AL3A 4UACA 4F1UA 1P1NA 2QS3A 3Q29A 5H8FB 3KEIA 1MXVA 2X26A 2HFBA 3OO9A 1N7XA 2QMWA 4BLAA 1LBBA 3RUMA 1GV8A 4PFUA 2F7CA 3E9XA 4X1DA 3RT8A 2H9BA 3O97A 3TTMA 2QL3A 3TTKA 1RKMA 3S9NC 4FE8A 1A8FA 1QUIA 2PT1A 1M5DA 3FJMA 1SW2A 2QJEA 4YZZA 2AIXA 2UYFA 3L6GA 4DZ1A 3A3CA 3U72A 2D21A 3FATA 3KN3A 3O6GA 4HCYA 2DWAA 1B5JA 1MY3A 1B7UA 1MDQA 2R71A 2G93A 2H4IA 1D3KA 3FJ7A 5DVIA 1B3LA 1LAXA 3SEWA 3DP6A 1N3XA 5I2NA 2F36A 4LZ8A 5I2NB 3TMGA 2XX9A 3K6UA 4P0GA 4EF2A 3OENA 2O84X 4IO7A 3TZAA 1SYHA 2QSXA 3PPPA 1Y9UA 2XXPA 1LLSA 1URDA 4IO4A 4O3BA 1B51A 2Z8DA 3E4RA 4ISUA 3SKPA 2UVJA 3FASA 2V3QA 3CFLA 3TUSA 3I5OA 4YKKA 1JQFA 3K1PA 3G3KA 2O68A 1XS5A 5B7DA 1US5A 3IB1A 3AXFA 4C0RA 2HQ0A 3C32A 1IXGA 1JEUA 1OIBA 4GWOA 1LFIA 2QMXA 1MDP1 2O7UA 5CBSA 1ZIUA 5ICTA 3U93A 4MH5A 2HCAA 3H4ZA 1ZLQA 2XXVA 2BJJX 3FD3A 3H3GA 1TWYA 4XTCQ 3MJNA 4JXIA 1DPEA 3MAMA 1NL5A 2THIA 2HXWA 3SESA 3LUYA 2UYEA 4R2BA 3RTWB 2F7BA 3RT6B 2Q89A 4MLVA 3S9MC 1JW1A 4O3CA 3QXMA 3OD7A 3ZKKA 2OBGA 3O9PA 1ZKBA 5EHSA 4IY5A 1WDNA 1LAHE 1GVCA 3C36A 3D4CA 1P1UA 1B3FA 4WEPA 1XC1A 3MVWA 2IA4A 3WAFA 2ONKE 1HSLA 1B3EA 1O7TA 4OZ9A 3KBRA 4F19A 3RTFB 4RA1A 4FEDA 4DXCA 1QJMA 4ZZEA 3T9UA 2F6GA 2ZYOA 4OEVA 3DLNA 5CC2A 3T9XB 3MW0A 3CVGA 3FV2A 3Q25A 3MWBA 3FJGA 4NTLA 2Q9TA 2R9JA 4NEDA 4RK9A 1B5IA 4TOZA 4ELPA 4N07A 5I59A 1FTMA 1FTKA 3DP8A 5CMBA 4ECFA 3LSWA 4KYEA 5FHNA 4R72A 2CZLA 2D3IA 4MFIA 1B4ZA 1NNFA 3RLFE 2I4BA 3O66A 1EH3A 3KFMA 2GHBA 3PUVE 4OETA 1H44A 5CBRA 5I58A 4PQJA 1BIYA 3LSFB 5I58B 4YAHX 1FQEA 1TFDA 1IITA 3RY3A 1Y20A 2I58A 4U1ZA 3JYRA 3OO7A 3IO4A 3FV1A 1FW0A 4QRZA 1AIVA 2DP8A 3MVZA 4PFTA 4U23A 1EZPA 4N6PA 1ZTYA 4I1DA 1LCTA 3O28A 3C35A 4MBPA 1POY1 3OOAA 4ZEBA 1B52A 1N0TA 4LZ5A 4Q0CA 1IEJA 1DOTA 4TQUQ 5I56A 1ZU0A 1MY4A 4KPTA 3K4UA 3SETA 4H67A 5DVJA 1B58A 3RN8A 1VFDA 1XOCA 1FTLA 1PB8A 3PGFA 3VLVA 4GOTA 4ZZAA 3T93B 3MP1A 3MVXA 1N3WA 4WKMA 2VD2A 2Y7PA 2P0SA 1IXCA 1MXZA 3T96B 2VP1A 4FJPA 3FZVA 1ANFA 4OENA 2RC9A 4HW8A 3G3JA 4GF8A 1B7HA 3W9WA 4JDFA 1N7WA 3LBSA 3IJOB 4H8IA 3QUFA 1B32A 2ONSA 1MY1A 1NNTA 3DP4A 2Y7KA 3TELA 1OLAA 1QKAA 4YMBA 1VE4A 2F7AA 4F3GA 4QSDA 1I6AA 2Q88A 2ZYMA 2ESNA 2VGQA 4U21A 1MRPA 2V93A 1P1WA 2UVIA 4LP2B 1B1XA 3KSXA 3O2AA 4H0WA 4F22A 3IB2A 4GL8A 1I6BA 1EZOA 2V25A 4F3BA 4FATA 3KGCA 2O1MA 3B6WA 2XXWA 3MP6A 1SD3A 1RYOA 1TT1A 3LSLA 2Y7RA 4IO5A 2Z23A 5HM4B 3C4MA 3GBAA 4QFPA 2AYSA 1A8EA 5F1QA 1B40A 3UK4A 4MLQA 1NH8A 3A09A 4ELRA 5EHMA 3B7DA 4LONB 3UGWA 4C1UA 3BFUA 3V83A 4KYSA 1B0LA 3S4UA 3TFLA 3H6UA 5AA2B 2RKMA 4H6DA 4F2OA 2E1SA 4OQOA 4Q8RA 3U8QA 5KCJA 1FTJA 2QS4A 4FAJA 5ITOA 5CI5A 4FORA 1Z7ME 3UIFA 1N04A 5DT6A 1UQWA 1R6ZA 3VV5A 1Y3QA 2PVUA 3CFXA 1WVJA 3OEMA 4OERA 1JW5A 3DELB 4RPNA 4EQ9A 4UA8A 1URGA 2PT2A 2I4CA 4BDRA 1LGBC 4P11A 1MXYA 3U92A 1R1NA 1OQHA 1O64A 2DE4A 3H03A 4HTGA 3KN8A 2A5TA 2A5TB 2V84A 3FXQA 4IO6A 2REGA 3SDFA 3CFZA 2XXUA 1O63A 2GFEA 1US4A 2WKYA 4H5GA 3VLWA 3K00A 3N5LA 5FHMA 1SQYA 4GIZA 1URSA 5H8HA 1B1HA 2OWTA 3M3FA 4POXA 4F2QA 3SEXA 1M5CA 3PPNA 2O69A 1ELJA 2UVHA 5EYFA 1SDXA 5I84A 1I6QA 3MUQA 3PMWA 4Q5TA 3ODBA 1ATGA 3KZGA 4DIGA 3K02A 1LSTA 1MM7A 3K2DA 4OYVA 1B05A 2V3UA 4H1XA 1NNPA 4DCXA 1A40A 2ZNSA 4G77A 3T9HB 3PD9A 4KD5A 1MQHA 2XXRA 4G68A 4G68B 2NVUB 1QKBA 1M5BA 2F5XA 4YU0A 2XXHA 5FHOA 2Y84A 2RC8A 5KZTA 1MH3A 1DTZA 3HCQA 4U1OA 1H45A 3VFJA 4Z0IA 3N6UA 3HHGA 1P1OA 1YTVA 2KLFA 1GGGA 1Y3PA 1IUDA 1P1QA 2CMOA 3D4GA 3MPLA 1PB9A 1M5EA 2QPQA 3PPOA 4GXSB 2X7PA 2ZYNA 3H6TA 4RJZA 3IOTA 3FGSA 5M2VA 4R75A 2ZMBA 4JSDA 2DOJA 2H5YA 3VVEA 1PBQA 1VR5A 2DVZA 3U94A 1L5TA 4ZDMA 1FQDA 4L17A 4X48A 1SYIA 1EZ9A 3RGYA 1UIVA 3TPAA 2XXTA 5K2YA 3H06B 2XX8A 5HBCA 1D4NA 3JZJA 1N84A 2DSFA 1USYH 3TQWA 1NFTA 1BKAA 1MM6A 2XXQA 3N6TA 1JNFA 3QSLA 4E0WA 1F9BA 3F11A 1R9QA 4EQ7A 4U22A 4KQPA 3PUYE 3K6XA 4MF3A 4ZEIA 1Q35A 5JK4A 2HZLA 4OFJA 3Q28A 3G3FA 3C33A 1QUKA 3S9LC 5L9OA 2REJA 1B7ZA 5I59B 3M8UA 2NUVA 5AA1A 3FXUA 4H5FA 3VXBA 2E0SA 2HAVA 2DE3A 3IK6B 4BDLA 4OFLA 4OVJA 4LZ7A 5AA2D 4IB2A 3MZBA 4OFOA 4KHZE 1N76A 2I49A 1B46A 5TPAA 4LA9A 4PP0A 1PEBA 3DM0A 5TPAB 5L8DA 2AL4A 1FQFA 2ZXTA 2F34A 4NWDA 3PV0E 4KCCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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