5B70A

Oxyr2 e204g regulatory domain from vibrio vulnificus
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
219
structure length
209
Chain Sequence
GAMMQGQLKLGCIPTIAPFLLCDLVQEINQRFPQLNLLLREDTTTNLLTALRHGELDVLILALPVEIDGMESRVVGQDPFKMVISRHQAGAIKVPIKYDDLPDESVFLLEKGHCLTEHAVSACKLTDKEKINPFSATSLHTLVQMVANGLGTTFIPQMAIDHGLLDNQNLVVIEPPGQQAYRDIGLVWRPSSSRSKTFNQLAEVVSELL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The hydrogen peroxide hypersensitivity of OxyR2 in Vibrio vulnificus depends on conformational constraints
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Vibrio vulnificus
molecule keywords LysR family transcriptional regulator
total genus 58
structure length 209
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5b70A01
3A3UA 1B0LA 4FAJA 5H8FB 1IZ1A 2WKYA 1JW5A 1PDAA 3RQTA 3ZSFA 1UTBA 1P1UA 3EN3A 1DMBA 3FVOA 3O6GA 1MY1A 5CM6A 4KHZE 5H8SA 1IXHA 2O68A 1UTBB 3S9MC 1XVYA 2H5YA 1R9QA 5ISUA 2F36A 2F97A 4AB5A 1IQ7A 4OESA 4GLIA 2DE3A 4X1DA 2RC8A 3TPAA 2QS3A 1LCFA 4M4GA 1MPCA 4OENA 4PQJA 3FXUA 1FTOA 3FJGA 4IY6A 5HBCA 1DOTA 4IO5A 1A54A 4YKPA 4F3GA 3TQLA 3TKDA 4NWCA 4F1VA 1IITA 4H6DA 2D3IA 5ICTA 3RTFB 4N13A 2OCUA 4C1UA 4OYVA 3QK6A 3CFLA 1MXXA 4POXA 4U21A 3TAJA 2DQVA 4HS7A 2RC9A 4LONB 2I48A 2QS2A 2KLFA 2VD2A 1N7XA 1TWYA 2YJPA 3MPLA 3N5LA 1Y9UA 1WODA 1VR5A 3TTNA 1H45A 4OZ9A 1MY3A 1UIVA 4LUBA 3MQ9A 3PPRA 3FXRA 5L9OA 2O69A 1JVXA 1H44A 1MQGA 1EH3A 2V93A 3PPOA 5DVIA 3DLNA 3G3KA 1XVXA 5I57A 2P0SA 4E0WA 2Z22A 3VFJA 5CC2A 2DE4A 4QFLA 5DEXB 1Y20A 2I4BA 2GRVA 4ELQA 1NMUA 2DXRA 5TPAA 1NNTA 3G3FA 3H6WA 2R9JA 3VV5A 2O1LA 2XXPA 2V3UA 3UGWA 3MZBA 1XS5A 4ZDMA 5TPAB 4PFYA 3K6XA 1NFTA 2YPNA 1OIBA 3MBPA 1B9JA 3QYTA 5F7VA 4R2BA 2ANJA 3KN8A 1H76A 3PUVE 3JZJA 1BLFA 1LBCA 2Y7KA 1JEUA 1FTJA 2ALUA 4QF9A 1VE4A 3OENA 3O97A 3ECRA 1JW1A 3GLBA 2Q2AA 3SERA 1SI1A 4R6HA 3A09A 4DXBA 2QL3A 4EDPA 4F19A 1AL3A 4L17A 3FV1A 4QFNA 1R9LA 1MH3A 3PU5A 4QFOA 3U8QA 3LSFB 4Q5TA 2Z8DA 3U92A 2Y84A 3R7XA 1MQDA 1LAXA 3MP8A 4P0GA 1I6QA 1OQHA 2H99A 1YAEA 3MJNA 1MG1A 2LAOA 5L9MA 1QJMA 2DE2A 3PUZE 1B4ZA 2NWJA 3MAMA 1MQIA 2HXWA 3K6WA 1XC1A 3S9EA 4JWOA 2DYXA 2AIXA 4ESXA 4FATA 4KYDA 3VE1B 5FHOA 4F18A 4LP2B 1PB7A 1B5HA 3P7IA 3CG3A 1B1HA 2V25A 2VGQA 3H03A 2CZLA 3DELB 3SETA 1PBPA 4EF2A 1HSLA 2DWIA 5H8HA 4ZEFA 1R1NA 1N0TA 1A8FA 1B7HA 1TFDA 3QUJA 4POWA 1SD3A 1MPBA 2H25A 4F1UA 2DWHA 4GF8A 3TMGA 2HFBA 2REGA 3B6WA 3O2AA 3OELA 4GWOA 4P11A 1LB9A 4RPNA 1FQFA 1FQDA 2QPQA 4KYEA 1YCJA 3T96B 5CI5A 3HO7A 2G29A 1XHYA 2FNCA 2RINA 4O3CA 3CFZA 3F11A 4ZEBA 5K2XA 3EF7A 1RYXA 4ZECA 2PT2A 3G3GA 4F22A 3PPQA 3DM0A 2QMXA 3OD7A 3PUWE 1SYHA 4LZ8A 4XKQA 4HCWA 2PX1A 1M5DA 1BP5A 1P1NA 3CRBA 4G8HA 4JWYA 2F34A 5EYFA 3B6TA 4H65A 4XKPA 3HV1A 3TDJA 4JDFA 4G77A 2A5TA 2QS1A 4LQ2A 4FORA 4RNSA 1B7UA 1OLCA 3C4MA 3CIJA 2A5TB 3FATA 3LSLA 4IGRA 1JEVA 3K1NA 4RPOA 2X26A 2X7PA 4GIZA 3LC8A 4RK2A 3UORA 4U4XA 4DIGA 4ELPA 4ZZAA 1Y4CA 4N6PA 1QW0A 3VLUA 1MY0A 2PT1A 3DP6A 1MRPA 3L6GA 1B3GA 1B5IA 5DVFA 1WVJA 3LSXA 3IO4A 4AQ4A 1GGGA 4OEVA 4JBZA 4PFTA 3SEUA 3Q28A 3PPPA 5TU0A 1B5JA 4DXCA 3C32A 3M3LA 1URGA 1OVBA 3FXQA 1FQEA 2Q2CA 1Z7NE 4ZE8A 4F3SA 3TTLA 4WEDA 2OWTA 4PP0A 3IAZA 2ZYKA 2OWSA 1B52A 3HCQA 1B3LA 3PUYE 2Y7PA 3H6VA 4BDMA 4OERA 3O66A 1M5CA 3OO6A 4H5FA 3RPWA 3RT8A 5BWJA 1B58A 4GXSB 5I2NA 2UYEA 5M2VA 2RCAA 1I6BA 4R2FA 1VFDA 5LOMA 3PD9A 1N76A 1B40A 3RT6B 5I2NB 5KDTA 2THIA 4Z0IA 4G4PA 2XX7A 1TFAA 4BDNA 4BLAA 1LCTA 3FZVA 1NNPA 3Q26A 4H8IA 2ZNTA 2DVCA 2F6GA 3RLFE 1MXZA 1SBPA 1EZ9A 3PPNA 5I58A 4JB7A 2V3TA 3FASA 3ZKKA 1FW0A 4F1YA 3MVZA 5IKBA 4MLVA 4OWDA 1LSTA 2ONSA 5I58B 3HPIA 1H3DA 1NH7A 5CRYA 5AA3A 1EZOA 2V3QA 5FHNA 1ZMGA 2D5WA 4NTLA 4MFIA 2O7IA 1MXVA 1CE2A 5I59A 1Z7ME 4HW8A 4O3BA 3GBBA 2XXYA 3HN0A 4MBPA 1S7YA 5I59B 3K0VA 1FTKA 3KBRA 3TUSA 3E3KA 4YB5A 4YICA 4C0RA 4Z7EA 3ODBA 2O7UA 1MM7A 3CI8A 3MPKA 3OO9A 2XHDA 5AA2A 2GHBA 3PMWA 3SESA 4LQ5A 4ECFA 4LZ7A 4U1ZA 1RYOA 2BJJX 5AA2B 3UA8A 3OSQA 5B7DA 2QS4A 1ZLQA 2F5XA 2XXWA 1GR2A 3OEKA 2REJA 5DVJA 3C34A 1TT1A 1A8EA 3N6UA 1ZIUA 3MWBA 1FQBA 1QVSA 4G8MA 4DCYA 3IR1A 4Q0CA 4O3AA 3RY3A 4QFPA 2F7BA 4YB6A 1UQWA 1LBBA 2F7AA 1NNKA 3IK6B 1M5BA 3QAXA 4EQ7A 1MPDA 4OFOA 4LA9A 3W9WA 1B3EA 3CG1A 4XKRA 4KI0E 1SQYA 3W9VA 1J1NA 4G8NA 2ZNUA 4QSEA 2O6AA 4YZZA 3HHFA 1VSOA 3HSTA 4HCYA 1DPPA 2X7QA 1B3HA 4WXJA 4X9TA 1RKMA 3KGCA 4FE8A 5DEXA 5EHSA 3FJMA 2I4CA 2Y7WA 4NF6B 4KQPA 3T9XB 1B2HA 3DP4A 1GV8A 4GFRA 1O7TA 4XXUA 3N94A 4IY5A 3T9HB 2NXOA 2B65A 1YPNA 2ONRA 2HZKA 5I56B 3MW0A 3IX1A 4QSCA 1DSNA 3I3VA 4DCXA 2DWJA 2IEEA 2XXRA 4NF5A 2DWAA 3IJOB 3K6VA 1Q1KA 1I69A 2H4IA 1Y3QA 2I58A 4R72A 4NF5B 2ZMBA 1B4HA 3A3CA 3Q29A 4R6YA 4GRKA 2P2AA 1URDA 2YLNA 3K1MA 2W7YA 4EUOA 3KEIA 1NH8A 1Y1MA 4X1BA 3G3IA 1MQHA 4FIMA 1Q35A 3C9HA 3QXMA 1SYIA 4YMAA 4NF4A 3TEPA 5B70A 3BFTA 3G3HA 1MH4A 3K1PA 1WDNA 3RUMA 5J1DA 3C31A 4NF4B 1DPEA 2HZLA 4U1OA 3ONMA 1MY2A 2I6EA 4ESWA 4G2ZA 4THIA 3TELA 3CVGA 3E4RA 4GL8A 5JK4A 1P99A 2R6GE 3H7MA 2XX8A 4OXVA 3K02A 3IOVA 4TLLB 1Y3NA 4IO3A 3C36A 1XOCA 4Q8RA 3OOAA 1HSEA 3K6UA 3QUFA 4YMBA 4BDLA 2P1SA 4IO7A 3D4CA 4F31B 2AL4A 4EQBA 4R9FA 3PD8A 3VVDA 1QKAA 1KWHA 3FD3A 1SW1A 4FEDA 3M3KA 4OETA 1QUIA 3ILTB 3KOSA 3SEXA 4GXAA 2E1SA 1GVCA 4NEDA 2UYFA 3IB0A 4F39A 2PYYA 1AIVA 4KR5A 3IJXB 4F2QA 3K01A 1MXYA 5H8NA 2AL5A 3IL1B 2ONKE 3U94A 5ITPA 2Y7RA 5AA1A 2QSXA 4PETA 5HM4B 3LUYA 4YKKA 1IXGA 5CMKA 3BFUA 3I5OA 5H8NB 3C33A 3V8XB 1F9BA 3TTRA 2VHAA 3EPEA 4GD5A 1EZPA 4QHQA 1LGBC 1SVXB 1NL5A 2QJEA 1B7ZA 3AXFA 3CSBA 4DZ1A 3CSGA 3TTMA 4R73A 4Q30B 4NF8A 5AA4A 4ONYA 3ZS6A 1PB8A 2ZXTA 4UACA 2UVJA 1N7WA 3USDA 3FUZA 5JTYA 3KSJA 4NF8B 4OEUA 3IORA 5AA4B 4H5GA 3K4UA 3N26A 1B0HA 2UVHA 3HHGA 5JTYB 1D4NA 2QMWA 4KCCA 3O28A 2DSFA 3LSWA 2PVUA 4OHNA 1B32A 2XXXA 3GZGA 3TFLA 3FV2A 3L6HA 3PMVA 5I84A 3C35A 4KYSA 3SEWA 5FTHA 4RA1A 5F1QA 3KSXA 4TOZA 1LFIA 1D3KA 1NKXA 2I49A 3RNNA 3U93A 5AA2D 4RY1A 4BDRA 1LB8A 3H06B 4U22A 4PFWA 1IEJA 2M8CA 3V5AA 1LFGA 2H98A 4WKMA 1FQAA 3IOUA 3CFXA 4EQ9A 3VVFA 2G93A 4YKIA 2HEUA 4PE5B 3E9XA 1OMPA 1MXUA 2XX9A 2D21A 3Q25A 2Y7IA 3WAEA 3TQWA 1ATGA 1FCKA 2B3FA 1P1QA 4G68A 1NNFA 2OZZA 5I2KA 3ZKLA 2OBGA 2F78A 4GOTA 4G68B 3S9NC 2O51A 4JSDA 1B46A 2UXAA 1POTA 4IO6A 2PMSA 3PMXA 4QFKA 1XT8A 5I2KB 1Y1ZA 3VXBA 1HSJA 3IOWA 3EHUA 4YKJA 4C1TA 3EHSA 3VLWA 2Z8FA 4IO2A 2XXUA 4EXLA 1O63A 3OO8A 1MDP1 1B05A 3EHTA 2OLBA 1LFHA 1OQGA 3KZGA 1I6AA 1SW4A 4KCDA 4FEBA 1B1XA 3M8UA 5JEIA 4YAHX 5A5XA 3MZ1A 5K2YA 2DS9A 4JWXA 4EF1A 3MVYA 4U4SA 4EXKA 5A5XB 1FTLA 1A7LA 1US4A 4MLQA 3TTKA 3IOTA 4IO4A 4ZEKA 4OMBA 3UN6A 4R6KA 4R74A 3KN7A 2RC7A 1UTHA 3KFMA 3U1OA 1IXCA 4DLDA 3TZAA 3LBSA 4BDQA 4F3PA 1MM6A 1OVTA 3FVGA 1JQFA 3FIRA 1B51A 3KJ7A 1H43A 1MXWA 1UTHB 3BBRA 4NE4A 3WAFA 1BTJA 1CB6A 4UA8A 1ZBMA 1IIWA 5KCJA 4ZZEA 3MUQA 1PEBA 1MQJA 3IO6A 5L9SA 1GTKA 1P1WA 5KCJB 2PBWA 2IA4A 3EQ1A 1EU8A 2XXQA 3O29A 3RTWB 4GQOA 1BKAA 3MP6A 1PBQA 2XXVA 4QSDA 4KFQA 4OVJA 3OO7A 5BUUA 2I0BA 5CBSA 2AYSA 1T0KA 3PGFA 1N04A 2Q8JA 2RCBA 2HAVA 1A40A 4MF3A 4U2RA 4ELRA 1S50A 4OQOA 4NF6A 1UIUA 3FVKA 4G68C 2HAUA 4JXIA 3SEVA 4QRZA 3VLVA 4IB2A 4YU0A 4ISUA 2DXYA 3B7DA 3MZ9A 1SDXA 2Z8EA 5I56A 2E0SA 3TCHA 1SW2A 4GVOA 1ZTYA 4NWDA 4R9GA 3W15C 1JW4A 1A55A 3H3GA 3PUXE 1JNFA 4AB6A 1ELJA 5I57B 4DXUA 2DOJA 2GFEA 2Z23A 4XIGQ 2B3BA 1S9TA 4OTEA 2HCAA 3K2DA 1AOVA 2ZNSA 2XXIA 1VFEA 1FQCA 4E0XA 2XD3A 3N6TA 2F8DA 4I62A 5FTIA 5HPQA 4HTGA 4LZ5A 3FGSA 2I0CA 2FA7A 3KG2A 1N84A 3JV9A 4RJZA 5CMCA 1JVYA 3O6IA 4ZS9A 5CMMA 1DTZA 3VVEA 3VXCA 2CMOA 3H4ZA 4TQUQ 2UVGA 3TCGA 3VDFA 3RN8A 3MP1A 3TYHA 1URSA 1IXIA 2VP1A 5DT6A 1P1OA 3T22A 4DE8A 2NOOA 5AE4A 1O64A 3G7WA 4GL0A 1OLAA 2HQ0A 2UVIA 1B3FA 4LATA 2ABHA 3S9LC 1AMFA 4TLMB 4H67A 4MH5A 3LR1A 4I8CA 2H9BA 3OMBA 3T9UA 5IAIA 1POY1 1D9VA 4XKNA 3S2VA 1QUJA 3KOTA 3QIMA 3RGYA 4ZEIA 3FJ7A 3PV0E 2ZYOA 4LVQA 1Y4TA 2F7CA 4BDOA 3U72A 1MDQA 3JYRA 3TCFA 3H6UA 4RXLA 1LAGE 5CMBA 1AH5A 2I3VA 4F2OA 2XD2A 3H6TA 1IUDA 3G3JA 4ZE9A 1QULA 1ZU0A 4I9DA 1ZKBA 2O84X 5H8HB 5FHMA 3I6VA 2GH9A 4OFJA 1TXFA 2GHAA 1QUKA 2XXTA 3THIA 4N07A 4WEPA 4OFLA 1JETA 3O6HA 4ND9A 5EHMA 1D9YA 2R71A 1A99A 2RF1A 1Y3PA 3IB1A 3OSRA 4FJPA 3UP9A 4R75A 1II5A 1USYE 4U23A 4K3FA 1FTMA 3T66A 3UK4A 3CR9A 4ZEDA 2A5SA 1US5A 3GXAA 4RYAA 1ANFA 1SI0A 3SEYA 3BKIB 3V89B 2V84A 2F35A 3K00A 4FECA 1M5EA 1QKBA 2ZYMA 4KD5A 2VOZA 5H8QA 1R6ZA 1PB9A 4ELOA 2VD3A 3ILUB 1MS7A 4NMYA 4RK9A 5H8QB 3IB2A 2NUVA 4XTCQ 1N3WA 4H0WA 4F3BA 3O9PA 1ZJLA 2ZYNA 3E13X 5TP9A 3SKPA 1MY4A 5ITOA 1USYH 4F29A 2OJTA 3MC2A 3V83A 3R6UA 3UIFA 2RKMA 4KPTA 5TP9B 5CBRA 3OEMA 1PC3A 1LAFE 3FVNA 3TODA 2NVUB 5ICQA 2OK2A 5ELVA 2O1MA 4X48A 3B6QA 2DVZA 3KN3A 5DYHA 4PFUA 3S4UA 4H8JA 2Q9TA 4M1VA 3QSLA 5L8DA 1B6HA 3GBAA 3T9VA 1LAHE 2XXHA 3R26A 3MVWA 1N3XA 3OXNA 4YB7A 3MVXA 2Q89A 4IGTA 4JSOA 4H1XA 1BIYA 2DP8A 2F6PA 2I3WA 1M5FA 2ESNA 5KDTB 5KZTA 3T93B 4DDDA 3SDFA 1L5TA 3M3FA 2Q88A 3Q27A 1YTVA 5DTBA 3DP8A 1DTGA 3KJTA 3D4GA 1SW5A 4P0IA 1LLSA 5H8FA 2FYIA 4I1DA 2QRYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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