5B70A

Oxyr2 e204g regulatory domain from vibrio vulnificus
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
219
structure length
209
Chain Sequence
GAMMQGQLKLGCIPTIAPFLLCDLVQEINQRFPQLNLLLREDTTTNLLTALRHGELDVLILALPVEIDGMESRVVGQDPFKMVISRHQAGAIKVPIKYDDLPDESVFLLEKGHCLTEHAVSACKLTDKEKINPFSATSLHTLVQMVANGLGTTFIPQMAIDHGLLDNQNLVVIEPPGQQAYRDIGLVWRPSSSRSKTFNQLAEVVSELL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
molecule keywords LysR family transcriptional regulator
publication title The hydrogen peroxide hypersensitivity of OxyR2 in Vibrio vulnificus depends on conformational constraints
pubmed doi rcsb
source organism Vibrio vulnificus
total genus 58
structure length 209
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5b70A01
4QFNA 2CZLA 5HM4B 4THIA 3KG2A 3O6GA 1FTJA 3U72A 3HV1A 3SKPA 3WAFA 4F2QA 3TTRA 2H98A 3OSRA 4U22A 1QUJA 3VVDA 2AL5A 3GBBA 4JB7A 5L9SA 2A5TB 1NNFA 5KDTA 5DVFA 2XXQA 3B6WA 3IOWA 4DE8A 3FV1A 4K3FA 4F2OA 3MQ9A 2Z8DA 3IB1A 1M5FA 4LZ5A 1US5A 2PBWA 3TYHA 4U21A 3DELB 2REJA 3JZJA 1T0KA 5HBCA 5ELVA 1O7TA 4R2FA 2DVZA 3L6GA 4U4SA 4GXSB 4YB7A 1Y3NA 3ZKKA 3MVZA 3B7DA 4F18A 4G68A 1CE2A 1QULA 2GHAA 1IEJA 4GWOA 3R7XA 2HZKA 3VXBA 3ZS6A 1MRPA 4OEVA 3PPQA 2YLNA 1SD3A 5CM6A 4H5FA 4H6DA 5H8NB 3SDFA 1I6BA 2GRVA 1B3LA 3ECRA 3FXRA 4ELQA 4ZZEA 3U93A 1FQAA 4QSDA 3LSXA 3TEPA 3QUFA 4LP2B 5L8DA 4QFLA 2P0SA 3W9WA 3H03A 3PUYE 4F19A 1B4ZA 1B5JA 3IR1A 3UP9A 4R6KA 1XHYA 3QUJA 5JTYA 2HCAA 3RGYA 3G3GA 4O3CA 4JSDA 1EH3A 3LBSA 2Q9TA 2DSFA 4XTCQ 3IL1B 1SI0A 1NH8A 3SEYA 1POY1 2OBGA 2I6EA 2IA4A 4GOTA 5TPAA 4C0RA 3N5LA 4GVOA 5JEIA 1N7XA 1FTMA 4QRZA 4R2BA 3C31A 5TP9A 2H9BA 4GL8A 2QS2A 2RCAA 1SYIA 3OENA 3MZBA 2ZNSA 3G3FA 1I69A 2XXWA 1UTBB 1II5A 2UVJA 3RNNA 3OXNA 5HPQA 1GV8A 4C1TA 3KBRA 4Z0IA 3U92A 1N76A 4Z7EA 4KYSA 1TWYA 2XXIA 1I6QA 2F7CA 3QIMA 1OQHA 2DQVA 1URSA 3B6QA 3FXUA 3RTFB 3FVKA 3K4UA 3QYTA 2F36A 4R9GA 5I2KA 1B7HA 4IO7A 4IO2A 1M5CA 4RPNA 4FORA 2THIA 1PC3A 1H3DA 3KN8A 1FQFA 2B65A 3FVGA 1LCTA 2QMXA 1A99A 3K1PA 3T96B 3OSQA 5H8QB 3TAJA 3M3FA 1MPBA 2GH9A 2DXRA 2VD2A 4XKNA 3C35A 5I2NB 1PDAA 1DPPA 1PBPA 1H43A 1XVXA 2XXRA 4MF3A 2XXPA 3IX1A 3I6VA 3ILUB 3TQWA 4RK9A 2GHBA 4BDMA 1N3XA 2O7IA 1VR5A 3D4GA 3CRBA 3TDJA 4MLVA 3TFLA 3TTMA 1GTKA 2UYEA 3MAMA 2B3BA 5CMBA 3Q25A 4NF5B 1NKXA 4BDLA 1EZOA 5J1DA 1S50A 4ESWA 3VVFA 2Z8FA 1OMPA 3FJMA 4DXUA 1Z7ME 1ZLQA 3RT8A 3CG1A 3MC2A 2NUVA 2VP1A 3QAXA 4H8JA 3TTNA 4PFYA 3T66A 2F6GA 4JXIA 3RTWB 1LB8A 2FYIA 3G3JA 3PPRA 1RYOA 2Y7RA 3EN3A 5ITOA 5K2XA 2XXHA 3UN6A 3O9PA 4DCYA 3C34A 4ELRA 1ELJA 1FW0A 4NF6B 4WEDA 4PFUA 2ONSA 2Y7KA 3S2VA 3W15C 4FATA 3PUVE 3CSGA 4OFOA 4RJZA 3O97A 2H5YA 5H8SA 2I58A 1QKAA 5ICQA 4R72A 4YB6A 2VOZA 3IJOB 4DXBA 1TXFA 4KD5A 1URGA 2VD3A 4M4GA 3SERA 4QFOA 3FV2A 4RYAA 2V3UA 3K6XA 2H99A 2ABHA 4DXCA 2RKMA 1S9TA 5BUUA 4JBZA 5JK4A 5DVJA 1JNFA 4FE8A 3QXMA 2UVGA 1MY2A 1ZJLA 3IORA 3H6VA 4GRKA 4AQ4A 4NF4A 5CBRA 3PUWE 1WODA 3Q29A 4FEBA 3TCFA 2Z8EA 4GIZA 4QHQA 3BBRA 3RUMA 3ONMA 3EPEA 4R73A 4IO5A 4BDQA 4O3BA 1LFGA 1POTA 3C4MA 2RCBA 3TPAA 1NH7A 2HQ0A 3MVXA 1IXHA 4NF8B 1UTHA 1SQYA 3PGFA 4OXVA 1S7YA 1B58A 1BTJA 3TZAA 1R9LA 4H67A 3USDA 3CVGA 3SEXA 4G8HA 1P1UA 2V25A 4BDRA 4F29A 2ZMBA 1QJMA 3TCGA 5AA2B 3O28A 3N6TA 4FIMA 3OO9A 5AA4A 1OLCA 1VFDA 2R9JA 4XKQA 1B52A 3G7WA 4FEDA 4AB6A 4IO3A 4RK2A 1XC1A 5DT6A 3T9HB 2XD3A 1B51A 4LZ7A 1HSJA 3H7MA 5CMMA 2UXAA 2F78A 1QUKA 1HSEA 4HTGA 5EHSA 3PMXA 4ONYA 4AB5A 3H6UA 1SI1A 4BLAA 2AYSA 1MQDA 2O84X 3VV5A 5DYHA 3FXQA 3IOTA 3O29A 3VLVA 1B5IA 4G8NA 4NTLA 1MM6A 1ZMGA 2ZYOA 3TELA 1P1WA 2D21A 4XXUA 1IUDA 5A5XB 2I49A 2DOJA 1FTOA 4F1YA 1BKAA 2DYXA 1N3WA 3V5AA 4G68C 4I62A 4ZECA 5F1QA 4WEPA 3KN7A 2XXUA 4HW8A 2DE4A 4KQPA 4ND9A 4YKKA 2DP8A 3Q27A 1N0TA 4HS7A 3TODA 1SW5A 5KZTA 1XOCA 1PB8A 4YB5A 2I0CA 3TTKA 2O69A 1QW0A 2QS4A 3MPLA 1ZBMA 4X48A 1B3GA 3QSLA 4YAHX 2M8CA 3G3HA 4E0WA 3UORA 1TT1A 1TFDA 2OLBA 1LFIA 2PT2A 3PU5A 4O3AA 2XXVA 1URDA 3MBPA 2V3QA 4F3BA 4PFWA 2QMWA 3OOAA 3PPNA 3TTLA 4EDPA 4RPOA 3OO7A 2RC7A 5DVIA 4X9TA 1O64A 5H8NA 4NEDA 1JETA 3LSFB 3BFUA 1WVJA 1N84A 4GD5A 4I9DA 4Q0CA 2XXTA 4PETA 1MG1A 5I59B 4G4PA 3DLNA 3MVWA 3ILTB 1QKBA 4G2ZA 1RKMA 3R6UA 4I1DA 3K6UA 4P11A 3CFXA 4ZE8A 3OD7A 1D4NA 1MY1A 4OENA 5AA2D 4EXKA 3PUXE 4LONB 1B05A 1Y1ZA 1AIVA 4DCXA 5TP9B 2QPQA 3THIA 1NNKA 3FIRA 1NFTA 4QF9A 1MY4A 4OESA 2YJPA 1JVXA 1DOTA 3SEWA 1FQBA 3CG3A 4QFKA 2Q89A 3CFZA 2OCUA 3FJGA 3CI8A 1CB6A 1LBBA 3LR1A 5I58B 2ZXTA 1NL5A 4R74A 2PT1A 4KHZE 3KSXA 4I8CA 3N94A 1Y4TA 1FTKA 1US4A 2F97A 3GXAA 4GLIA 3BFTA 5I57B 1EU8A 2HXWA 1UTBA 4YU0A 3MZ9A 2DWAA 5EYFA 3VLWA 3E9XA 3C36A 1TFAA 4IB2A 2Y7IA 3TMGA 1SVXB 4DIGA 1UIVA 4OMBA 1MM7A 2F5XA 1XVYA 3MW0A 2R71A 4NWCA 4EQBA 4KPTA 2LAOA 3UA8A 5AA3A 3UIFA 1MY0A 4PE5B 1IZ1A 5CBSA 1A55A 1GR2A 2PMSA 4EF2A 1M5DA 4POWA 2D3IA 4DLDA 4YZZA 3M3LA 3MPKA 3C9HA 5H8QA 3V83A 4IO6A 4FJPA 2HFBA 1NMUA 5I2NA 1AL3A 3JV9A 1MQIA 3GBAA 4JSOA 2E0SA 3UK4A 3FVOA 4LATA 4H5GA 1MQJA 2XXXA 2F8DA 2Y7PA 1D3KA 1IIWA 4F22A 3PUZE 3KZGA 3MZ1A 3S4UA 2AIXA 3HO7A 4EQ9A 3RLFE 3K6VA 4N13A 1A40A 1ZU0A 1XS5A 4NF5A 4LQ5A 4U1OA 4YKPA 5KCJB 1Y3PA 3IO6A 4BDOA 1FQDA 3H3GA 1UIUA 1MH4A 1LB9A 3VXCA 1SW2A 1LAFE 1MXVA 2E1SA 3IOUA 3O6HA 2I4CA 2ZYKA 1B3FA 3T22A 1LBCA 2DS9A 1NNPA 4F39A 1Y1MA 2DWJA 5EHMA 5CRYA 2I48A 1B7UA 1YTVA 1EZPA 5DTBA 3RT6B 4FAJA 1FQCA 2I3VA 2OK2A 3H06B 1MXYA 5DEXA 1OVBA 3H4ZA 4IO4A 1DTGA 4OEUA 2XX9A 4ELOA 4NF6A 4OZ9A 3MJNA 2F6PA 1AMFA 2ALUA 3WAEA 1VFEA 4F3PA 3ODBA 1JW1A 1SYHA 2PX1A 4H65A 1LGBC 1L5TA 3MUQA 4KCCA 4GQOA 3RY3A 4WKMA 3Q28A 4NWDA 4OQOA 3MP6A 5H8FB 1USYH 1A7LA 2X26A 3AXFA 5CI5A 5M2VA 2RF1A 2XX7A 4ZEDA 3O66A 2V93A 2X7QA 2QSXA 3CSBA 3K1MA 3S9EA 3SESA 2UYFA 2HZLA 4Q5TA 3S9NC 1LAXA 1A54A 1Y9UA 1B0HA 3SEUA 1IITA 4F1VA 4RA1A 5FHMA 2Z23A 4GXAA 4YMBA 3KEIA 3T9UA 4PFTA 1SW4A 1PB9A 1AOVA 2V3TA 3A3CA 5I56B 3ZSFA 4YKJA 4NF8A 2FNCA 1MH3A 5AA4B 4QSCA 1MXWA 4OWDA 1JEUA 4ZE9A 4IY5A 4KFQA 2ZNTA 1FQEA 3HPIA 5AA2A 4FECA 2XXYA 3C33A 4U1ZA 2XX8A 2RC9A 2NOOA 4TOZA 3T9XB 2QRYA 5H8HB 1F9BA 4UACA 4DDDA 3F11A 1LLSA 2I4BA 2F7AA 1Y20A 1Y3QA 3M8UA 3HCQA 4UA8A 1FCKA 3KN3A 1R6ZA 3FUZA 2RC8A 3RPWA 4F3GA 3FZVA 4LZ8A 2D5WA 2CMOA 2G29A 2R6GE 1H45A 5A5XA 3I5OA 1I6AA 2Z22A 2UVIA 3OEKA 3HSTA 1B3EA 4R75A 2IEEA 2ZYMA 1PBQA 3IB2A 5KDTB 3IOVA 1UQWA 3FGSA 4XKRA 3K00A 1P99A 4TLMB 4F1UA 2F34A 3PMWA 1LAGE 1MQGA 4LA9A 3K2DA 3MP8A 3IAZA 5F7VA 2GFEA 2ESNA 4ZDMA 3CIJA 3KFMA 1MDQA 1Z7NE 2A5TA 3TQLA 2O6AA 1PEBA 1H76A 4G68B 3GLBA 4G77A 3IB0A 4G8MA 1MPDA 4OFJA 4ESXA 3OO8A 4XKPA 3O2AA 4ZEKA 4NE4A 2YPNA 3O6IA 3FD3A 3TKDA 3EHTA 2OJTA 1ZKBA 1LFHA 2ANJA 1B7ZA 4N6PA 3PMVA 5ITPA 4F31B 2Q88A 4ISUA 3P7IA 1JEVA 3EF7A 1XT8A 4IY6A 5CMKA 5JTYB 5ISUA 4R6YA 5B7DA 4TLLB 1M5EA 4JWOA 3VLUA 2NXOA 2PVUA 1IXIA 3LC8A 4QSEA 3EHSA 2ZNUA 3N6UA 3HN0A 1D9VA 2F7BA 1SW1A 2Q2AA 1B3HA 4ZEBA 3K1NA 2W7YA 4GFRA 5FTHA 5TPAB 3MVYA 3KGCA 3A09A 3UGWA 5I59A 3N26A 4EF1A 3E4RA 2Y7WA 3K6WA 1VSOA 3K02A 1PB7A 4YICA 3Q26A 1BP5A 1FTLA 1BIYA 4GL0A 2Q8JA 4NMYA 3TUSA 4OFLA 3H6WA 1LCFA 4N07A 5L9OA 3U8QA 1N04A 2XD2A 2HEUA 2I3WA 3IO4A 5CMCA 1HSLA 1OQGA 1R9QA 3RQTA 1DTZA 5K2YA 1Q1KA 1SBPA 4KI0E 4PQJA 1GVCA 1OIBA 5FHOA 2I0BA 4MFIA 5TU0A 4LVQA 5LOMA 2DWHA 2V84A 5IKBA 3H6TA 2NWJA 5I58A 2NVUB 1OVTA 5I84A 2OWSA 2O1LA 4KCDA 5I2KB 3KJTA 2G93A 1IQ7A 1ZTYA 3E13X 3FASA 1SDXA 1MS7A 2BJJX 1B1HA 1B40A 1P1QA 1MDP1 5I57A 1M5BA 3K0VA 4MH5A 3CFLA 2H4IA 3OEMA 2O51A 4POXA 4F3SA 4HCYA 4H0WA 3VE1B 3SEVA 4WXJA 5CC2A 3LSWA 2DWIA 4L17A 1ATGA 2DXYA 3ZKLA 3RN8A 3A3UA 4KR5A 2X7PA 3VDFA 4BDNA 1BLFA 4RNSA 4JWYA 1IXGA 3E3KA 1VE4A 4R9FA 3C32A 3R26A 1P1OA 2ZYNA 3MP1A 1RYXA 3W9VA 2QS3A 3HHFA 1Y4CA 3FJ7A 3TCHA 3U94A 3S9MC 3D4CA 3K01A 4QFPA 3KOSA 2VHAA 1D9YA 3PD8A 4IGRA 2QL3A 1MXZA 1JW5A 4HCWA 5AA1A 1DPEA 4M1VA 4LUBA 1Q35A 4ZS9A 3B6TA 1ZIUA 1KWHA 2PYYA 3GZGA 5FTIA 5IAIA 3OELA 3PV0E 2P2AA 3KOTA 1GGGA 4EQ7A 2REGA 2O68A 2O7UA 2QJEA 2XHDA 5BWJA 5KCJA 3T93B 1A8EA 1USYE 4X1BA 1MXUA 3KSJA 3EHUA 1ANFA 1OLAA 2OWTA 4RXLA 2VGQA 2HAUA 2P1SA 3JYRA 2FA7A 5DEXB 4U23A 2H25A 3PPOA 1EZ9A 3OMBA 3BKIB 1H44A 4RY1A 2KLFA 4KYEA 4GF8A 4OVJA 1R1NA 3DP8A 4EXLA 1LSTA 4IGTA 5B70A 4LQ2A 4X1DA 3CR9A 5ICTA 1YAEA 3G3IA 3SETA 3VVEA 4KYDA 4H1XA 3QK6A 4NF4B 1N7WA 2WKYA 4P0GA 4EUOA 4YMAA 4ZEFA 2F35A 1J1NA 1B0LA 2AL4A 4MBPA 1JW4A 2DE3A 1QUIA 4OTEA 1YPNA 5H8FA 3IK6B 3V8XB 3IJXB 2DVCA 3U1OA 2RINA 1UTHB 1QVSA 4DZ1A 4P0IA 1A8FA 3L6HA 1O63A 2Y84A 4ZZAA 2B3FA 4JWXA 3S9LC 3MWBA 1B32A 3DP4A 1MPCA 4ZEIA 1JQFA 3HHGA 1B4HA 2OZZA 3PD9A 1AH5A 4OERA 1B6HA 4U4XA 1DMBA 2A5SA 3EQ1A 2UVHA 1MY3A 5FHNA 1MQHA 1B2HA 3M3KA 3V89B 3KJ7A 2ONRA 5I56A 2HAVA 2QS1A 4R6HA 1NNTA 3LSLA 3DM0A 4JDFA 3DP6A 3T9VA 2DE2A 1B46A 3PPPA 5L9MA 4XIGQ 4Q8RA 1B5HA 1JVYA 2O1MA 4OETA 4U2RA 1B9JA 4Q30B 4E0XA 4TQUQ 4OHNA 1B1XA 1IXCA 1LAHE 3G3KA 4OYVA 2Q2CA 4PP0A 4C1UA 1YCJA 3VFJA 3OO6A 3I3VA 3LUYA 4ELPA 3FVNA 2ONKE 1MXXA 4H8IA 4YKIA 1P1NA 1DSNA 4MLQA 3FATA 4ECFA 5H8HA 5AE4A 1WDNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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