5CM6A

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from pseudoalteromonas atlantica t6c(patl_2292, target efi-510180) with bound sodium and pyruvate
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
KKYRWRLAETWGPNFPIFGDASKNMAKMVKEMSDGRLTIRIDSANKHKSALGIFDFVKSGQYQMGHSASYYWKGKDFNTMFFTTVPFGMTAPEQYAWFYYGGGMELMKETYDQYGILSFPGGNTGVQMGGWFRKEINTVEDLKGLKMRIPGFAGEVLAKLGASPTNIPSAELYTALERNTIDALEWVGPSLDLRMGFHKIAPYYYTGWQEPATELQFMVNQKAYDSLPADLQKILTVAMKTAAYDMYSQSTHENGVNLKALQSEYPNVKIRTFPQPVMNAIRDANDELLAEFAAKDKETAKILKSIKTYQEQVRAWTKFADQAYLESFESN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
publication title CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM PSEUDOALTEROMONAS ATLANTICA T6c(Patl_2292, TARGET EFI-510180) WITH BOUND SODIUM AND PYRUVATE
rcsb
source organism Pseudoalteromonas atlantica
total genus 112
structure length 331
sequence length 331
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cm6A02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 5cm6A01
4EXLA 5ICTA 3OELA 4DXCA 1WDNA 4JDFA 2Y84A 1HSLA 3O2AA 4RXLA 4ZEKA 1J1NA 2RINA 4H0WA 4KYSA 5FHNA 4R6YA 2XXWA 4P0IA 2ZNSA 4RYAA 3EN3A 3L6GA 4NF5B 3GYYA 4EQBA 1PB9A 3PUYE 4ESXA 3B6TA 1Y1ZA 3TYHA 3BBRA 3FJMA 3G3FA 4ISUA 2NVUB 3N26A 3IO4A 3GZGA 1FW0A 5K2YA 3O6GA 4OFJA 3VVEA 1IXCA 4F3GA 4P3LA 3TPAA 2HQ0A 3DP6A 3VDFA 2XXVA 1SYIA 5KDTA 3W15C 2OBGA 1QUIA 3K1MA 3JYRA 3ZS6A 3IORA 1XT8A 1B3EA 2XWIA 3SEYA 2RKMA 1VR5A 1B7ZA 4XEQA 2IEEA 2XXQA 4NE4A 2AL5A 3O29A 1DTGA 1HSJA 5I58B 3MP1A 1P1QA 4QFOA 4JXIA 4IO2A 1MS7A 4OEVA 1GGGA 3OOAA 1PB8A 4OYVA 4YMBA 3QUFA 3IB0A 1R6ZA 2VPNA 3H4ZA 3QSLA 3TKDA 4YAHX 2YPNA 1M5CA 4Q5TA 1MM7A 3MPLA 2BJJX 3ZSFA 2DE3A 4F2QA 1ELJA 5I7IA 1QJMA 1SYHA 2PT1A 1T0KA 5AA2A 2ZZXA 1B0LA 1NH8A 4IY6A 5B7DA 1NL5A 4KCDA 1OQGA 4QFKA 3PUZE 4ND9A 1ZTYA 1URSA 4N6KA 4I1DA 4OERA 4DZ1A 4U22A 2HPGA 4JWXA 2Q88A 3SKPA 1LAXA 4FJPA 1JQFA 1HSEA 4OWDA 1B9JA 4NAPA 1P1UA 5A5XA 1OVBA 4NX1A 3C9HA 1QUKA 4LONB 4R9FA 1SD3A 2F97A 3G3HA 1IUDA 3M3LA 4F3SA 1FQFA 3TMGA 2D5WA 4C1UA 4F1UA 4THIA 1UIVA 1JW1A 2HZLA 4QFNA 1YTVA 2OJTA 4NF6B 1B3GA 4ZDMA 2UYFA 3KJ7A 4QF9A 2F7CA 4NG7A 2HFBA 4BDMA 4OENA 3IJXB 5CMCA 4U2RA 3K00A 5H8NA 1LFIA 2FA7A 3KN7A 5EYFA 3C35A 1NNFA 3EHTA 4OZ9A 4YKKA 2HEUA 4FE8A 3PD8A 2O84X 3T96B 4PBQA 5DTBA 1US5A 5M2VA 2F35A 2QS1A 3G3JA 4P8BA 3FD3A 4JSDA 4FEBA 3IO6A 3CVGA 1IQ7A 1LFGA 1ZKBA 1A55A 5CC2A 4Q0CA 3WAFA 5IAIA 3MZBA 4P9KA 4MLVA 5I59B 3H6WA 2A5TA 4RY1A 2VP1A 5CRYA 1TXFA 1FTJA 1NNPA 1JW5A 4N17A 4JB7A 1DMBA 4PGPA 1SQYA 3IX1A 4GQOA 2XXTA 2I48A 1YPNA 4JWYA 1MY0A 3OO9A 3VFJA 4NQ8A 3QXMA 1Y4TA 1B0HA 4F19A 5HPQA 2VPOA 3KOSA 2Y7IA 4YU0A 5EHMA 4ELOA 4ELRA 1Q35A 5ITPA 3OXNA 4I62A 2OZZA 4XKNA 3KBRA 2ABHA 1MXXA 2GH9A 4U21A 3TAJA 2ZZVA 1A8FA 2WX9A 3S9LC 1FTOA 4R6KA 4XIGQ 2AL4A 3QYTA 2ANJA 4PE5B 2DE2A 4NGUA 2DWJA 4N4UA 3I5OA 3HV1A 2X26A 2YLNA 2NOOA 5DEXB 1MQIA 2ZXTA 1MPCA 2CMOA 5ISUA 2G93A 2PFZA 2QRYA 3QUJA 4TQUQ 3MP8A 3BFUA 3LSXA 5CM6A 4ZS9A 4U23A 3DLNA 3RUMA 1XC1A 1P1NA 4JWOA 5H8QB 4UACA 3MVWA 4OQOA 1B4ZA 3IR1A 2DOJA 3TEPA 3U8QA 5I57B 2I49A 2V84A 1N04A 4ZEDA 5JEIA 3N6UA 3B50A 3MZ1A 3L6HA 3U92A 1IXIA 4NF8B 1NNTA 1Q1KA 2REGA 4JSOA 2HCAA 1PEBA 3U65A 4FORA 2Q8JA 4PAKA 2XXXA 1AH5A 3EQ1A 4DDDA 1NKXA 1JEUA 1PBQA 2Z23A 4FIMA 3WAEA 2I6EA 3P7IA 1CE2A 4EF2A 4GOTA 4GL8A 5DYHA 3KN3A 4LUBA 1UTBA 1LAFE 3FVOA 3OSRA 4WEPA 3H6UA 4F3BA 3ZKLA 4Z0IA 2ZYOA 2H99A 3MJNA 1FQCA 1B3FA 2XX8A 4AQ4A 1B05A 5I56B 5TPAB 3RQTA 2V25A 1POY1 3K02A 4N15A 4AB5A 4IO6A 4ZEFA 1NMUA 5J1DA 3UORA 1N7XA 4PFTA 1GTKA 3BKIB 1MY3A 4DE8A 1USYH 5ITOA 4QHQA 2NXOA 3H06B 5CBSA 4YKPA 5I2NA 4ONYA 1D4NA 4G68C 4IO4A 5IGAA 1A40A 3FXQA 3IOVA 3K6UA 1UQWA 5CBRA 4LZ7A 1SW1A 4DCYA 3LBSA 1TFAA 4QSCA 4O3AA 3TTMA 4KHZE 2HAVA 3PD9A 2I4CA 2G29A 4G8MA 1QVSA 4NF5A 4N6DA 5KZTA 2W7YA 5CMKA 4X1DA 1O64A 4I9DA 3GBBA 5H8FB 2DVCA 4O3BA 4XTCQ 3UP9A 3EHSA 4MMPA 2A5SA 4G4PA 1B32A 1MQDA 4ELQA 3LC8A 1AL3A 1FTMA 3UK4A 1D9YA 1OVTA 1VSOA 1L5TA 3UA8A 1ZMGA 3K6VA 3HSTA 3PMVA 1B51A 4G2ZA 4P1LA 3CFZA 4KYDA 4F29A 5DVIA 4H1XA 3CG1A 1DPEA 4OVJA 3RY3A 4MH5A 3CR9A 3VXCA 4NTLA 3SDFA 1FTLA 4RPNA 3OENA 3CG3A 1ZIUA 4PCDA 2GFEA 4HS7A 4U4XA 2Y7WA 2XXRA 3K1NA 1BIYA 1D9VA 4OEUA 2ALUA 2B65A 4OXVA 4TOZA 3OO8A 1IEJA 1N7WA 4YKJA 1M5DA 4GVOA 4QFPA 1MXYA 4KYEA 1SW2A 2QPQA 2Y7PA 3QAXA 4LN5A 2XXHA 1MPBA 3MUQA 1FTKA 4G68B 4NF4B 5K2XA 4XKRA 3N6TA 1A99A 3IB1A 3TTLA 3LSLA 3VXBA 3QIMA 4HCWA 1SDXA 4KFQA 1UTHA 2V3TA 3ILTB 5LTCA 3H6TA 4FATA 4JBZA 5H8SA 3E13X 4NF6A 1MRPA 3HHGA 1P99A 4OVRA 4PF8A 4YB7A 4WEDA 4GRKA 5DT6A 2RCAA 4OTEA 2I4BA 4PFRA 4G77A 4RJZA 1I6AA 1B5JA 3PMWA 4GXSB 5I5PA 5IM2A 1YCJA 3V8XB 4MFIA 5TU0A 1IXHA 3S9EA 4H67A 4RK2A 2ONSA 3PV0E 1Y20A 4OFOA 4R9GA 2CZLA 3IAZA 1JW4A 3FXRA 4LP2B 2H4IA 3TQWA 4H5GA 3OMBA 3K1PA 4XF5A 3KJTA 2XWOA 3M3FA 5AA4A 3CFXA 3KG2A 4ZE9A 2F36A 5I59A 2FNCA 4EQ9A 4QSEA 3K2DA 1Y4CA 2Q89A 2ZNUA 2UVJA 1A7LA 4H8JA 3TZAA 1AIVA 3D4GA 2HXWA 3I3VA 2ESNA 4P47A 3CFLA 3MZ9A 1PBPA 5AE4A 3PUVE 3UIFA 3A3UA 1MG1A 2X7QA 1A8EA 3SEWA 1M5FA 1XVYA 4OVPA 3IOTA 3FZVA 3KZGA 1MH4A 4FAJA 1LCFA 2Q2AA 1H45A 2HAUA 3O66A 1ZBMA 4PAIA 4BDLA 1JVYA 3C36A 5F1QA 4P1EA 4E0XA 4M4GA 1MXZA 3PPQA 4BDQA 2H25A 1Z7ME 2PMSA 4UA8A 1M5EA 1B5IA 4BLAA 4F18A 4U1OA 5AA2D 4MEVA 4DXUA 4X9TA 4NF0A 2I0CA 3MVXA 5DVJA 1II5A 4LATA 1IXGA 2DQVA 2FYIA 1TT1A 3PMXA 5AA2B 5I57A 4N13A 1Y3PA 3PPPA 4KPTA 1MM6A 1O63A 2DVZA 1KWHA 3U93A 3H7MA 3PPRA 3RT6B 4OETA 1Y9UA 4NF8A 2XX7A 4GF8A 2OWTA 3KSXA 1OLAA 1P1WA 3FV1A 2O51A 3S9NC 3VVDA 4PDDA 2PYYA 5A5XB 4IO7A 1MQGA 4R73A 1JVXA 3EF7A 3FVKA 4BDRA 3UN6A 1VE4A 3TTNA 4H8IA 1LB8A 1QKBA 1OMPA 3RGYA 3OEKA 3ODBA 4DLDA 4MLQA 3T9UA 4P11A 4PFBA 2DWHA 3C31A 2VD3A 1XOCA 4G8NA 4WXJA 3MC2A 4HTGA 2QL3A 4PQJA 1BTJA 2O69A 5BUUA 5TPAA 1JNFA 1OIBA 4ZZAA 3U72A 3FASA 2H9BA 1URGA 3PPOA 3U94A 4F31B 3TFLA 3O28A 1PDAA 4RA1A 5H8NB 2QS2A 2F7AA 2XHDA 1EZPA 2GHAA 2XWKA 4H65A 1YAEA 2R6GE 5H8HB 3VVFA 5I2KB 3OO6A 3DELB 2QS4A 5CMMA 4N8GA 3T9XB 3T9HB 1WODA 4N91A 4QRZA 1FCKA 2QJEA 2XD2A 1QKAA 1MQJA 4RNSA 4F2OA 2Z8DA 1MXVA 5KCJA 2DXRA 4NHBA 3RTWB 4MIJA 2A5TB 3B7DA 2RC7A 5TP9A 5H8FA 3K6WA 1I69A 3T22A 1SI0A 2PVUA 1N0TA 4X48A 1FQEA 1BKAA 2XXKA 4EXKA 4MCOA 2NUVA 3H03A 3VLUA 1XHYA 5JK4A 2XD3A 1R9LA 2P0SA 4POXA 3GLBA 2O7UA 1CB6A 3AXFA 4ZE8A 3TTRA 4NWDA 1XS5A 4OANA 2F34A 3PUWE 3LSWA 1B52A 1SVXB 4XKQA 1P1OA 5CI5A 4U4SA 1ZLQA 4R75A 4GL0A 4L17A 2IA4A 4MF3A 2UVIA 3PPNA 4PFWA 4NN3A 1H3DA 3R26A 3FJ7A 4XXUA 2E0SA 2QS3A 1LBCA 5I84A 2O1LA 2DXYA 2O68A 1B5HA 3KSJA 1EH3A 5LOMA 3USDA 4KI0E 4O3CA 4G68A 1MDQA 3IOWA 3RN8A 2P1SA 4R2FA 3QK6A 1B3HA 3FATA 2Z22A 2D21A 3FV2A 3IOUA 5FHOA 5HBCA 4KCCA 1OLCA 4PE3A 3MWBA 3B6QA 3TCHA 3M8UA 4BDNA 1N84A 2O7IA 3VLWA 1MY1A 3D4CA 3PGFA 5I58A 2QMXA 2V3QA 1USYE 1N3XA 3PUXE 3A3CA 2RC9A 4DI4B 2PX1A 4ELPA 1VFDA 2XX9A 5B70A 2DP8A 4R72A 3C33A 4PGNA 3MAMA 3Q26A 4FEDA 4H6DA 2F8DA 2O6AA 2H98A 2DS9A 2D3IA 3HHFA 4PF6A 4F1VA 4LZ8A 2ONKE 3V83A 1WVJA 2WYKA 3K01A 1MY4A 4IO5A 3VV5A 2Q2CA 1LFHA 4K3FA 2DE4A 1I6BA 5I2NB 1B6HA 5JTYB 4OFLA 3TCFA 4TLLB 3E9XA 4O8MA 1VFEA 1B7HA 4LZ5A 1LCTA 5L9SA 2XXUA 1BP5A 1QULA 3C4MA 2ZYMA 3IJOB 1MDP1 1XVXA 1LAGE 1F9BA 4PFIA 3LR1A 2CEXA 4WKMA 2Y7RA 3W9VA 2VOZA 1SW4A 2ZYNA 4XFEA 2DSFA 3C34A 1UIUA 1Y3NA 3H6VA 2Z8FA 4LA9A 3G3IA 2UYEA 3DP8A 2VGQA 3G3GA 4F39A 5FHMA 4ECFA 5ICQA 1GV8A 4PFYA 2DWIA 4GXAA 4EDPA 4EF1A 1B2HA 3Q29A 4PBHA 4MNIA 1M5BA 3FVGA 1RYXA 3KN8A 2LAOA 3F11A 3TODA 4O94A 3N5LA 1OQHA 5BWJA 2QSXA 1ZJLA 3IK6B 1B46A 1URDA 4N6PA 1QUJA 1FQAA 3E3KA 3OEMA 1RYOA 1GR2A 3JZJA 2B3FA 3FXBA 2F7BA 5EHSA 4MBPA 2X7PA 4PAFA 3S9MC 3MP6A 3S2VA 3T66A 3MBPA 4GLIA 3CSBA 4X04A 4ESWA 2PFYA 3MPKA 2RCBA 4U1ZA 3SEUA 1R9QA 4GIZA 4KD5A 2RC8A 1B7UA 5FTHA 1UTHB 2O1MA 3RT8A 4M1VA 4X8RA 1Y1MA 5F7VA 5KDTB 1JEVA 3FIRA 1S7YA 3I6VA 4POWA 2OLBA 2ZNTA 3Q25A 4PC9A 4YZZA 4R2BA 1NFTA 3GBAA 4OVSA 2V93A 3ONMA 3T93B 1POTA 1SI1A 4MNPA 3A09A 1SW5A 2V3UA 4R74A 3B6WA 2KLFA 4OMBA 5DEXA 4O7MA 1R1NA 4PP0A 4H5FA 4ZZEA 4GFRA 1GVCA 3T9VA 2F5XA 2H5YA 1MPDA 4N07A 1IITA 2UVGA 1H43A 3RNNA 1NNKA 4YICA 5H8QA 5H8HA 4NWCA 4F22A 3FJGA 2R9JA 4F3PA 3OD7A 1ATGA 4NMYA 1EU8A 4GD5A 2Y7KA 3HN0A 5I2KA 2VD2A 3THIA 3O9PA 2CEYA 2I0BA 2ZYKA 2WKYA 4N8YA 3K6XA 2OWSA 4YB6A 2XA5A 4IY5A 2PBWA 3GXAA 5AA4B 2HZKA 4LQ5A 4YMAA 1MQHA 2DYXA 3K0VA 4EUOA 4C0RA 1US4A 1TFDA 1Z7NE 3R7XA 4QFLA 1IZ1A 3O6HA 2I3VA 2YJPA 4AB6A 3JV9A 3EPEA 3M3KA 2I58A 1LSTA 2Z8EA 4BDOA 2QMWA 3FUZA 4OA4A 5L9OA 3V89B 4P0GA 3MVYA 4E0WA 3VE1B 5AA3A 4DI3D 1NH7A 5ELVA 3TCGA 5I56A 4F1YA 4YB5A 3SETA 3LUYA 2WYPA 1MY2A 3IB2A 4QSDA 3VLVA 2THIA 1DSNA 1B4HA 1DOTA 2ZMBA 4RPOA 3TDJA 3H3GA 3OO7A 3OSQA 2OCUA 3G3KA 3UGWA 3KGCA 2E1SA 2PT2A 3E4RA 4MHFA 4IO3A 1AMFA 4OVQA 4KQPA 3HCQA 4IB2A 4MAGA 1AOVA 1LGBC 2V4CA 1DPPA 3KFMA 2ONRA 3ZKKA 3KEIA 2B3BA 1O7TA 4OHNA 3MQ9A 2R71A 2AYSA 3CIJA 3TQLA 1MXUA 5HM4B 2REJA 3Q27A 2XXYA 2Q9TA 1DTZA 3O6IA 1BLFA 3C32A 1FQDA 4X1BA 1MXWA 3FGSA 3IL1B 3FXUA 4DIGA 3G7WA 3HO7A 2OK2A 4PFUA 2XXPA 3W9WA 4LVQA 3RTFB 2GHBA 3SERA 4UABA 3K4UA 4FECA 3SESA 2NWJA 3U1OA 3TELA 1H44A 1LLSA 1JETA 2F6PA 2DWAA 5FTIA 3TUSA 3MW0A 4TLMB 4HW8A 1IIWA 4DXBA 3KOTA 3DP4A 5IKBA 1Y3QA 5IZZA 4Q30B 1SBPA 1ZU0A 3CSGA 1S50A 2VHAA 4YKIA 1FQBA 3ILUB 1S9TA 1B3LA 4GWOA 5L8DA 4MX6A 1PB7A 3S4UA 4ZEBA 5JTYA 1LB9A 1ANFA 2XWVA 4RK9A 3BFTA 4NF4A 3TTKA 5CMBA 2P2AA 4HCYA 1EZOA 1B1XA 1TWYA 5DVFA 1PC3A 4IGRA 3R6UA 5KCJB 1D3KA 1N3WA 4LQ2A 1B40A 3PU5A 5AA1A 3RPWA 2RF1A 2UXAA 2F6GA 5TP9B 4PETA 3O97A 1A54A 3RLFE 3V5AA 1LAHE 3MVZA 3Q28A 4OVTA 1B1HA 2F78A 1B58A 4ZEIA 4DCXA 4P56A 4IGTA 2XXIA 2I3WA 1QW0A 4ZECA 2ZZWA 3EHUA 1UTBB 4PDHA 1EZ9A 4R6HA 4NEDA 4Z7EA 4OESA 4KR5A 2M8CA 2GRVA 1N76A 1MH3A 4I8CA 4Q8RA 3N94A 3CRBA 1RKMA 3SEXA 4XKPA 4C1TA 5L9MA 3CI8A 3HPIA 1I6QA 4MNCA 4G8HA 3SEVA 2UVHA 4EQ7A 3LSFB 1LBBA 3DM0A 3FVNA 3ECRA 2AIXA 1H76A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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