5CMBA

Mnemiopsis leidyi ml032222a iglur lbd r703k mutant glycine complex
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
LIGRHLRLGSVEEQPFMFFATEGCEGNDCWSGMVNDMVVKLSEDLGFTYEYIQPDDRKFGALNKTTNEWNGMIRDLLDDKTDMIAIDLSTNSARKSAIDYSFPFMDAGIKAVVKGEGTTLNQVLELLDQDKYKWGVIGSKHPETLLKTHRDSRYSRLVDEGVELKDLNHAIETLRGGLFVFIDEGPVLAHNLISDCDVFSVGEEFQSFEYAFGLPKDSPYKSLIDSHLLKFREEGFIDILWEKWSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular lock regulates binding of glycine to a primitive NMDA receptor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Mnemiopsis leidyi
molecule keywords ML032222a iGluR
total genus 78
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmbA02
3PD8A 1PBPA 2DVZA 2ONSA 2D5WA 1UTBB 1BTJA 5K2YA 4F1UA 3W9VA 5H8FB 3RLFE 2NOOA 3V83A 3MP8A 1JETA 3KOSA 3H06B 1D9VA 3G7WA 2DWJA 3O6IA 1B3GA 1I69A 3L6GA 3IR1A 3SESA 4HCYA 1FTKA 4JWYA 3T66A 4H8IA 1B4ZA 1GTKA 2O7UA 3TQLA 1SYIA 4HW8A 3C32A 3M8UA 1LAFE 2XXYA 3W15C 1DPEA 1M5BA 2O1LA 1M5FA 1QUKA 2ZMBA 3PUXE 1SW1A 4EF2A 4H0WA 1FCKA 4LP2B 4OETA 1PBQA 4G77A 5CMKA 3FZVA 4I1DA 3UK4A 3S4UA 2HCAA 1VSOA 1UIVA 4NWCA 2HXWA 3OEKA 3IAZA 4OWDA 3PD9A 3GZGA 3TTMA 1SW2A 2O51A 1B7HA 2AL4A 2AIXA 3MZ9A 4R73A 3UIFA 2M8CA 3OSRA 2F97A 1MDQA 4EXLA 2WKYA 1URSA 5I2KB 3CVGA 1A8EA 4Q5TA 1SQYA 3K00A 1B0LA 3K4UA 4I9DA 1VFEA 1YAEA 3EHUA 1B7UA 1CB6A 3O66A 4PFUA 1A7LA 4LA9A 3MBPA 1VE4A 1NL5A 2VD2A 3ZKKA 1US5A 1MQIA 1MH3A 3QUJA 4RJZA 5ITPA 1DSNA 2F7CA 1Y3NA 2XXQA 1FTJA 4GLIA 4R75A 3VVFA 4ZECA 1URGA 1TFDA 5CBRA 4G8NA 4YICA 1TXFA 4ZEFA 4NF4A 2QSXA 4ELRA 1SI0A 3FVKA 3O28A 3O6HA 4BDLA 2Q89A 5JEIA 2GFEA 4NF6B 5L9OA 3TEPA 3U94A 3T93B 5CI5A 2VOZA 4X1DA 1JNFA 2O68A 2ABHA 2X7QA 2I0CA 1DTZA 2RC7A 1MY4A 4NF5B 1OVBA 3PPOA 4KYDA 3PPQA 4YKKA 1MXWA 4OTEA 5KCJA 5I59A 3QYTA 2V3UA 1ZLQA 4GVOA 4H65A 4KQPA 1B32A 1LB8A 1EH3A 3ECRA 5AA2A 1FQFA 2F36A 4X1BA 5EHMA 5I57B 1OVTA 4KYEA 3D4GA 3PMXA 4NEDA 1FTLA 5CM6A 1AL3A 3FASA 1URDA 2HZKA 1ZIUA 2YLNA 3KSXA 1IIWA 4Q30B 2Q8JA 2RC9A 1LBCA 3B7DA 3TDJA 2I0BA 5DYHA 3TTKA 3U8QA 3RUMA 3CFZA 2DOJA 1H43A 2REGA 1IXGA 1UTHB 2UYEA 2HEUA 3IL1B 4FATA 3OOAA 1GV8A 4ESXA 2NXOA 3G3JA 4UACA 3LC8A 3TELA 1QULA 1LSTA 3I3VA 4FIMA 3K1NA 2V84A 3U1OA 3GBAA 3PPNA 3MUQA 4U4XA 4G68C 1S9TA 1MDP1 2V25A 1B58A 3FVOA 2I4CA 4GD5A 5HPQA 4F1VA 4OMBA 2Z8DA 3O2AA 3A3CA 1HSLA 2HAVA 2XX9A 2H99A 3IOWA 1AIVA 1MQHA 3PU5A 3MQ9A 4XKNA 3PMWA 4Q8RA 4OFLA 4R2FA 4ELPA 2FA7A 3RT6B 3N6TA 1SBPA 1DPPA 2XXWA 3S9LC 4YZZA 3TYHA 4G4PA 4MH5A 1JVYA 4GF8A 5CMMA 3IO4A 4YKJA 2VHAA 1LFGA 3GXAA 3KGCA 5IKBA 4AB5A 1DOTA 2RC8A 3PUZE 3T9XB 1MY2A 3S9EA 4DXBA 3SETA 3CG1A 2O69A 4G8MA 3VLUA 4JSDA 1LAGE 3L6HA 1SI1A 3KJ7A 4H67A 4U1ZA 1MH4A 2YPNA 1MXZA 5H8HA 4DLDA 2KLFA 2R71A 1QUJA 4MF3A 2O84X 1MQGA 1ZMGA 1Z7NE 1FQEA 4P0IA 4RYAA 2REJA 3HCQA 4R6HA 4WKMA 1Q35A 2HFBA 4EQ9A 4LQ5A 2HAUA 4TLMB 1L5TA 4EUOA 1A40A 2V3TA 3GBBA 1O64A 3C31A 3SEXA 1B3HA 4ESWA 1QW0A 3D4CA 3SEUA 4N13A 1ZU0A 5KDTA 1IXHA 3E3KA 4THIA 2O1MA 3ODBA 1MRPA 3RTWB 3C9HA 3OENA 5EYFA 1ELJA 1B46A 5TPAA 4I62A 4JDFA 3KSJA 3K6VA 4H1XA 3N94A 5TU0A 1TFAA 4YB5A 1VR5A 4KYSA 1MXVA 5AA4A 3RT8A 1I6AA 3U93A 4I8CA 1SD3A 1OIBA 3KZGA 4LVQA 1Z7ME 4DIGA 1SDXA 3CIJA 4G68A 3HO7A 1N3XA 1PB7A 5L9MA 4ZEBA 2I6EA 1NKXA 2XD2A 3LUYA 1NMUA 4QSDA 5I59B 3KJTA 3RTFB 4JWOA 2ALUA 4PFYA 5EHSA 2F6PA 5CMCA 4O3BA 3UA8A 2DXYA 3FIRA 1S7YA 1FQAA 3KG2A 5AA2B 4C1TA 4H8JA 4QHQA 4FJPA 3DM0A 2LAOA 4QFOA 3E13X 1B0HA 3K01A 2DVCA 4P0GA 4O3AA 4JB7A 3MWBA 3PV0E 2Q2CA 3MC2A 2OJTA 3OMBA 3OO6A 2XXTA 5DEXA 2Y84A 4EXKA 3FUZA 5AA1A 4OQOA 2QL3A 4NE4A 4YB7A 1FTOA 1PDAA 3JYRA 3C33A 3G3IA 4NMYA 4QFKA 4RY1A 2YJPA 4M1VA 3O29A 4IO5A 4OZ9A 1MY1A 4POXA 3MVWA 3OEMA 3MPKA 3VVDA 3N6UA 4E0XA 3FVGA 2Q9TA 4OVJA 2I3WA 3UGWA 5J1DA 1H76A 1ZKBA 2GHAA 2PVUA 4U1OA 1MQDA 4GOTA 3A09A 4Z0IA 1ZJLA 4DCYA 4QRZA 3H4ZA 4YMAA 1TWYA 1R9QA 1LCTA 2A5SA 3VLVA 2ONKE 1B5JA 3VDFA 2OBGA 3M3KA 1OLCA 3TCGA 1EZPA 2XXIA 2NVUB 5I56A 1XC1A 3Q27A 4YMBA 1BLFA 1LGBC 2DE2A 4GQOA 3VV5A 4IB2A 3IOVA 1M5DA 3TODA 3QIMA 5CMBA 2XXUA 5ITOA 4F29A 2O7IA 3CFLA 1GR2A 3ONMA 2XXXA 3FJMA 3W9WA 4U21A 3T22A 4RPOA 4XKPA 5H8NA 1LFHA 3TTRA 4FEDA 5ICQA 4IO3A 4ELQA 4F3PA 4ZEDA 4KD5A 2PT1A 1MXXA 5H8HB 2UXAA 4RXLA 2OK2A 1B7ZA 2VD3A 4WEDA 3TFLA 3TKDA 2AYSA 4KHZE 1S50A 4YAHX 3TZAA 1HSEA 4NF8B 2F5XA 2I48A 2PT2A 2QMXA 1WVJA 2H9BA 3EHSA 4POWA 5F1QA 4DE8A 3KN3A 3Q29A 4F31B 5L9SA 1B9JA 3EQ1A 4NWDA 1IQ7A 3LR1A 1N7WA 1O7TA 1IZ1A 4HTGA 5KDTB 3N5LA 1RYOA 1XVXA 5TPAB 1D4NA 1JEUA 3IORA 3K6UA 2UVGA 4R9GA 3VXCA 4FE8A 3KEIA 3V8XB 5AA4B 4RK9A 2A5TA 4KR5A 4F1YA 3TTLA 4E0WA 2R9JA 2X26A 2I3VA 4IO6A 3IX1A 3VLWA 4U2RA 4OEVA 1MY3A 1PB9A 1B40A 3K6WA 3O6GA 5DVJA 1AH5A 4BDMA 3MVXA 1R9LA 5JTYB 3PUYE 2OZZA 5FTIA 4WEPA 2DQVA 2GH9A 1RKMA 1QUIA 4N07A 3MPLA 3SDFA 3K6XA 1US4A 4ZDMA 5A5XA 3C36A 1LB9A 4FEBA 4GIZA 4JSOA 3DP4A 4GXAA 5DEXB 1GGGA 1XT8A 4F3GA 3LSWA 2VGQA 3G3GA 2F6GA 4JBZA 4DCXA 2XXPA 5IAIA 3CR9A 3IB0A 4C1UA 4F19A 3PMVA 2QS1A 3BFTA 4IY6A 1UTBA 1MPCA 3BFUA 5H8FA 2Z8FA 4EDPA 3B6WA 1D9YA 3U92A 4OFOA 1JEVA 4FAJA 4DZ1A 4AB6A 4PFWA 3MP6A 1SYHA 3R7XA 2Q2AA 3HN0A 2X7PA 3ZS6A 3WAEA 2BJJX 3THIA 4PFTA 5DT6A 2D21A 3C35A 4BDNA 3H6WA 3R26A 1BP5A 1NFTA 2H5YA 2XHDA 4GFRA 3H6TA 1I6BA 1IUDA 1N04A 2E1SA 5I56B 4ELOA 3RN8A 4XTCQ 4L17A 3FGSA 4LONB 5FHMA 2F35A 4PP0A 2F7AA 1Y4CA 2H98A 3LSLA 4G8HA 3CSBA 4F18A 2UYFA 3MAMA 1JVXA 2R6GE 4IO7A 1Y4TA 2DWAA 4F22A 3PUWE 1FTMA 3AXFA 1Y1ZA 1NH8A 3Q28A 4N6PA 1R6ZA 4RPNA 5H8NB 3EN3A 1D3KA 1POTA 2P0SA 2Y7KA 3OELA 1JW5A 2AL5A 3V5AA 3OXNA 3BKIB 3T96B 2ANJA 3MW0A 1NNTA 1P1NA 2I4BA 2NWJA 5I2KA 2QS3A 1B1HA 4KFQA 3RGYA 5I58A 1KWHA 5CBSA 4YKIA 3MVZA 4YKPA 2PBWA 1DMBA 4R6KA 2Z23A 3UN6A 4IGTA 4F3BA 2DYXA 3CFXA 1ATGA 3RQTA 1OLAA 3FXQA 2CMOA 2OWTA 3DLNA 3CG3A 3N26A 1B6HA 1P1QA 3IB2A 4NF4B 4QSEA 4ZE8A 3IB1A 2XXVA 1FQDA 4QFNA 4JWXA 4X9TA 3K1MA 3H03A 1FQCA 3SERA 4R9FA 1MG1A 4KI0E 3QK6A 1XOCA 1POY1 3LSFB 4QSCA 4LZ8A 5TP9A 4IY5A 3TUSA 1B3FA 1YCJA 5BUUA 2F8DA 1B51A 4HCWA 4EQBA 4NF6A 1PB8A 1Y9UA 3MVYA 3CRBA 4BDRA 3M3FA 3QXMA 4MLQA 5KCJB 5F7VA 3HHGA 3QSLA 1H3DA 4RK2A 4NF5A 3K0VA 4XXUA 1B05A 3OO9A 2ESNA 1MS7A 3HHFA 1N3WA 4ZS9A 3F11A 3T9UA 3UP9A 2GRVA 4RNSA 2UVIA 3KN8A 3FXUA 1EZ9A 4AQ4A 4LATA 1P1WA 5I57A 3QAXA 3H6UA 4MFIA 3V89B 3DP8A 5A5XB 2QS4A 4Q0CA 3KFMA 4YU0A 1YPNA 3K1PA 5H8SA 4ZEKA 1T0KA 2HQ0A 1QKAA 1YTVA 1A55A 5BWJA 3C4MA 3QUFA 2FNCA 3IO6A 4KCCA 3K2DA 4DDDA 1H44A 5FTHA 3SKPA 3FATA 2Z8EA 3R6UA 4H6DA 4LZ5A 3TAJA 4ISUA 3Q25A 2OCUA 1UTHA 5ISUA 1I6QA 2IA4A 3FD3A 1NNPA 3FXRA 3PPRA 3IJXB 1B4HA 2PMSA 4DXCA 3P7IA 4XIGQ 3OO7A 3TCHA 1N7XA 3KBRA 4OESA 2G29A 5B7DA 2W7YA 2Y7PA 2ZYMA 1JQFA 5CRYA 4F2QA 3PPPA 2RCBA 4ZZEA 3U72A 2Q88A 4RA1A 3H6VA 3K02A 3FJ7A 2E0SA 3ZSFA 4BDQA 4IO4A 1XS5A 1MPBA 1P99A 2ONRA 1UQWA 1A54A 1II5A 2XXRA 1B3LA 3USDA 3WAFA 1QJMA 3IOTA 3C34A 5M2VA 1RYXA 2UVHA 2D3IA 3EPEA 5B70A 2Y7WA 2DWHA 3B6QA 1SVXB 4OEUA 1AOVA 1TT1A 4ZZAA 1SW5A 2XXHA 4OHNA 1WODA 3JZJA 4F39A 4U23A 1IEJA 4R6YA 1N0TA 4C0RA 5I58B 2ZNUA 2DXRA 1AMFA 4K3FA 1LBBA 2OLBA 2QRYA 3OD7A 4XKQA 4M4GA 4X48A 4ECFA 1PC3A 4LUBA 5CC2A 4F3SA 3CI8A 2QJEA 1UIUA 3HPIA 4DXUA 4WXJA 1MQJA 2Z22A 2B3FA 3T9HB 3O9PA 2P2AA 1IITA 1SW4A 4IGRA 1MM7A 3TPAA 5TP9B 3Q26A 2UVJA 1MY0A 3MJNA 1OQGA 4P11A 3JV9A 4G68B 2F34A 3S9MC 3RY3A 1IXIA 3E9XA 3IK6B 1QVSA 4UA8A 5H8QA 4JXIA 5I2NA 1MXUA 5L8DA 5DVFA 2DP8A 3GLBA 4IO2A 3SEVA 2H25A 4LZ7A 3KN7A 3TQWA 3H7MA 4TQUQ 4KPTA 1P1OA 3O97A 5ELVA 4GL8A 2I49A 3TMGA 1B5IA 1J1NA 1LAXA 3HSTA 3A3UA 1Y3PA 3TCFA 1Q1KA 1A99A 4GRKA 1PEBA 1LLSA 2I58A 1GVCA 3BBRA 4LQ2A 1FQBA 2XX7A 2VP1A 3IOUA 3FV1A 3FVNA 1FW0A 4ND9A 5DTBA 2DE3A 1QKBA 4EF1A 3CSGA 3KOTA 4R2BA 2P1SA 3ILTB 1N84A 1DTGA 1B1XA 3MZBA 5AE4A 4FECA 3EHTA 2O6AA 3OO8A 1R1NA 4G2ZA 1LCFA 2RKMA 3EF7A 5FHNA 2F78A 3RPWA 3PGFA 2DWIA 1NNFA 2CZLA 4U22A 1MPDA 2PX1A 3M3LA 3VFJA 2ZNTA 3MZ1A 3TTNA 4MLVA 4YB6A 4QFLA 3SEWA 2HZLA 4BDOA 5K2XA 4MBPA 3S9NC 3VE1B 2GHBA 3HV1A 2ZYKA 4U4SA 2QMWA 3VVEA 4QF9A 1USYE 4FORA 4KCDA 1EZOA 1B5HA 2V3QA 2XD3A 1HSJA 3DELB 1WDNA 5ICTA 2B3BA 1JW4A 1ZTYA 4ZE9A 3I5OA 4OERA 4BLAA 3LSXA 4PQJA 1USYH 5AA3A 2RCAA 1N76A 1B52A 3FJGA 4XKRA 2FYIA 2PYYA 4HS7A 1CE2A 4GXSB 2QPQA 2DS9A 2DE4A 5AA2D 3G3KA 2H4IA 2THIA 1NNKA 1Y20A 2V93A 1B3EA 2RF1A 4Z7EA 1O63A 3PUVE 2ZNSA 1OMPA 1Y1MA 4QFPA 4OENA 2NUVA 1EU8A 4NF8A 3UORA 3MP1A 1NH7A 2OWSA 1ZBMA 3ILUB 2ZXTA 4ONYA 3B6TA 5JK4A 1LFIA 2F7BA 3IJOB 5HBCA 4PETA 3FV2A 1OQHA 1Y3QA 2IEEA 2XX8A 4TLLB 1H45A 4F2OA 1F9BA 3VXBA 3E4RA 2QS2A 1XVYA 4TOZA 5DVIA 2A5TB 1A8FA 4PE5B 1VFDA 3G3HA 1XHYA 3SEYA 3T9VA 1P1UA 2Y7RA 5H8QB 1BKAA 1MM6A 4EQ7A 3OSQA 5I2NB 5FHOA 2ZYNA 1M5EA 1ANFA 1MXYA 2B65A 5KZTA 3DP6A 4O3CA 4ZEIA 1B2HA 1IXCA 3S2VA 3LBSA 4R72A 3I6VA 4R74A 1LAHE 5JTYA 4NTLA 3RNNA 4GL0A 2ZYOA 1JW1A 1M5CA 2RINA 4GWOA 5HM4B 3H3GA 4OXVA 2G93A 5LOMA 2Y7IA 4OYVA 4H5GA 3G3FA 2DSFA 3ZKLA 4H5FA 5I84A 1BIYA 4OFJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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