5CMKA

Crystal structure of the gluk2em lbd dimer assembly complex with glutamate and ly466195
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
NRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGSTMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSSEEGIQRVLTSDYALLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 2
publication title Structural basis of kainate subtype glutamate receptor desensitization.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 77
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmkA02
4ELOA 5HBCA 4RY1A 4XKNA 1Y4TA 4IO2A 4OZ9A 2OJTA 3FATA 2V93A 2I3WA 4KCDA 5AE4A 1NMUA 2RC9A 5ISUA 1Y3NA 3IOTA 3K4UA 3N6UA 3LUYA 4PFWA 3OO8A 3S9MC 2XX9A 3MPLA 4IO4A 3BBRA 3GZGA 2Q9TA 3ZKKA 2HEUA 1MRPA 1AH5A 1CB6A 2QPQA 3FASA 4PFYA 1SBPA 1B3HA 1ZTYA 1SVXB 1TFAA 4QSEA 4YMAA 4Q8RA 5I58B 2ABHA 3QIMA 3EQ1A 4H5FA 2RC7A 3SEXA 1SW2A 2ALUA 3THIA 5TU0A 5H8HB 4X9TA 1PB7A 3QXMA 4IO3A 1SW5A 4R6YA 2V3UA 2XD3A 4UA8A 2DWIA 3LSLA 4OXVA 1FQEA 1VSOA 4QSDA 4GWOA 4Q30B 1N76A 4LP2B 1GTKA 2H5YA 3M3KA 1KWHA 1Y20A 2DS9A 1FTJA 5JEIA 3KG2A 1I69A 3CIJA 1EZ9A 1R9LA 3TTLA 2RKMA 3SEVA 3R7XA 1WODA 4EXKA 1UTBB 1MM7A 3U1OA 1B5IA 5AA2A 2F78A 3T9XB 2H9BA 1PDAA 3I5OA 4GXSB 5I2KB 3I6VA 4I8CA 3PUZE 3RT8A 3O6GA 1SYHA 1OIBA 3B6WA 3MVXA 2ZNTA 4DCXA 2RC8A 4K3FA 1L5TA 1P1UA 4F1UA 4YMBA 3KJ7A 2PT2A 3CR9A 5AA4A 3EF7A 2DVCA 1ZMGA 4RNSA 3K1PA 5CBRA 4DIGA 1M5EA 1SW1A 2ZYMA 3CFZA 5FHNA 2GRVA 1PBQA 3WAFA 3G3JA 1MXVA 1R6ZA 4RJZA 4GQOA 3TUSA 3IK6B 3GBAA 4QFNA 3L6GA 1P1OA 3QUJA 1AL3A 3TTKA 2FYIA 2F8DA 1JQFA 4NF4A 3KN3A 3VVFA 2Y84A 4BLAA 1BIYA 3G3FA 3IOWA 3KOSA 4YB7A 4X48A 3EHTA 5H8QB 1Z7NE 4OEVA 1BLFA 3RLFE 4F31B 3OOAA 1USYE 3T9VA 2I48A 5ELVA 1VFEA 4DXCA 5DTBA 3FVNA 2PMSA 2YLNA 5BUUA 1FQAA 5M2VA 3LSWA 1SI0A 2B65A 1Y3QA 1Z7ME 4FAJA 1PC3A 3FVKA 5EYFA 2O69A 4KCCA 1B4HA 3U92A 1AMFA 3VV5A 3HHGA 4FEDA 1FTLA 2D5WA 3C35A 4OQOA 1XVXA 1MQJA 3IJOB 3GXAA 4RPOA 1RYOA 4G2ZA 3WAEA 3MZ9A 4NF5B 3TCGA 1HSJA 1S7YA 2AIXA 4MLVA 2PT1A 3C9HA 3MUQA 3OENA 1MPBA 5CMCA 1FQFA 3RNNA 2HZKA 4F3SA 1MY1A 1P1WA 4RPNA 1WVJA 3D4GA 2VP1A 3DM0A 1MY4A 3K6UA 4LVQA 5DVJA 4R73A 2V3QA 1DTGA 3MJNA 2F6GA 4FIMA 1MH3A 1H45A 2Q2AA 1GV8A 1A55A 2A5TB 1DPEA 2R9JA 4F1YA 3BFTA 3A3CA 1JW5A 3FXQA 4HS7A 3DP6A 4EDPA 2O68A 4R9FA 4IY5A 3VVEA 4C0RA 4GIZA 2GHAA 4G8MA 4QFOA 4NWCA 3KSXA 3MP6A 2AL4A 4MH5A 4QHQA 4PQJA 4JXIA 2DP8A 3ZSFA 1XOCA 2PX1A 3KBRA 4Z0IA 4O3AA 2R6GE 3E9XA 3QYTA 1LFHA 2O7IA 2DE2A 4ZEKA 4NMYA 1AOVA 5H8FB 4GF8A 4OETA 1B3LA 3T9UA 2RF1A 3CFLA 4NE4A 4HTGA 1B46A 4ELQA 2Y7KA 1FCKA 3MP8A 3H6VA 4JDFA 5A5XA 4OFOA 4F2QA 3IB2A 3G7WA 3RTWB 3K01A 1USYH 5K2YA 4LA9A 3MVWA 5J1DA 3TELA 3MW0A 1NH8A 1MY2A 2AL5A 3SERA 2XXWA 4OWDA 2THIA 3HO7A 5I57B 5CM6A 3G3GA 1IUDA 2OLBA 4QFPA 4ZE9A 4QF9A 2I58A 5CI5A 1A54A 4AQ4A 2F5XA 1IZ1A 1MQGA 3H6TA 2O51A 4OTEA 2QMWA 3OEMA 1B7ZA 4OFJA 2G93A 2O6AA 3SESA 3SEWA 1POTA 3ILUB 4YB5A 4H6DA 3QK6A 3IO6A 1QW0A 1MQHA 1XHYA 2REGA 3FJMA 4XTCQ 2D21A 4ZEFA 1NNPA 1URDA 4DZ1A 4EQ9A 4IO5A 1Q1KA 1QULA 5AA3A 1JVXA 2LAOA 4F2OA 2IA4A 3H3GA 3V89B 2B3BA 4H1XA 2F35A 2DWAA 4R72A 3VLWA 1PEBA 5JTYB 4H0WA 3IOVA 3K02A 1NNTA 1I6BA 3G3HA 5I56B 2XX7A 2QSXA 3VE1B 2XD2A 1B9JA 2XX8A 4JWXA 2X7PA 2OBGA 3RN8A 2V25A 5EHSA 3U93A 5TPAB 4WXJA 1CE2A 3OO9A 4IGRA 4R2BA 1SYIA 2DVZA 3S9EA 4HW8A 1GR2A 3M3LA 3P7IA 3EHSA 2HAVA 4FECA 4F1VA 2NXOA 3RQTA 4NF6A 3UIFA 4IB2A 2X7QA 3HSTA 1B1XA 1LFGA 3C36A 5DEXA 1LCFA 4IO7A 1F9BA 4G8HA 4P11A 2NWJA 3C32A 2NUVA 2UVGA 2F7CA 2OWTA 3MVZA 4R75A 4EUOA 2VD2A 2CMOA 3MAMA 4N6PA 3Q28A 2HCAA 4R2FA 1QUJA 4EXLA 3PMVA 5KDTB 1ZIUA 2V3TA 3PUXE 3EPEA 3OXNA 3UGWA 3ILTB 4LQ5A 4G77A 1MM6A 4U23A 3CG3A 4Z7EA 4KR5A 1MDP1 3SKPA 2GH9A 4Q5TA 5ICQA 2Y7WA 2I4BA 3TCHA 3ODBA 3TQWA 2Q89A 2XXXA 3IB0A 5L9SA 3T9HB 1JVYA 1SW4A 2IEEA 4KYDA 4OERA 3OO7A 1M5DA 5KZTA 4LZ5A 1B1HA 1PB9A 4NWDA 4THIA 1MPDA 2H25A 4C1UA 1B2HA 3LSXA 3PD8A 4H8IA 4LATA 2UXAA 1LSTA 4POWA 1DOTA 4KHZE 3PMWA 4XKQA 3LBSA 3R26A 4FATA 3HPIA 2Y7IA 3KOTA 1AIVA 1Y1MA 4ECFA 5CRYA 4IO6A 4ELRA 1LGBC 4C1TA 2QS3A 4BDOA 2WKYA 1NKXA 2O1LA 1PB8A 1R9QA 3F11A 3N94A 3I3VA 4KFQA 4LQ2A 4EQ7A 3U94A 4NF5A 4NF8A 4ZEIA 4DDDA 1YPNA 2HQ0A 1MXYA 1TWYA 3DELB 3O6HA 5I59A 1S50A 3RUMA 1N7WA 1D9YA 4U21A 4YKPA 1UTHA 2ZYOA 3UA8A 1D3KA 2HAUA 5F7VA 3PUYE 1A8FA 3MPKA 2M8CA 3MZ1A 5AA2B 4R74A 4FORA 1JETA 5L9MA 3K6XA 1MDQA 4QRZA 3K00A 4TLMB 2A5TA 1P99A 1OQGA 1IITA 2QS1A 3MZBA 3FJ7A 3QSLA 3OEKA 4KD5A 2I49A 2VGQA 4QFLA 2ONRA 3SDFA 4OESA 2DSFA 3PPPA 5DYHA 2X26A 2ZXTA 3S4UA 3VLVA 3CI8A 4IGTA 2F97A 3OELA 3TKDA 3K6VA 1UQWA 3JV9A 3KN8A 4OEUA 3TAJA 4DXBA 4FEBA 4M4GA 5H8FA 4IY6A 3IB1A 3UP9A 3DP8A 1XS5A 4L17A 4BDNA 2DXRA 1LCTA 2HXWA 3TEPA 1FQBA 3PPOA 3HN0A 1VFDA 3SETA 2ZYKA 4BDRA 3H6WA 4ZZAA 3TCFA 2NVUB 3O66A 4U4XA 1URSA 4M1VA 3H6UA 3TZAA 3T93B 2PYYA 2F34A 1ZKBA 2REJA 3MWBA 5FTIA 2F7AA 4PE5B 1GGGA 3JZJA 4NF4B 1IXCA 1QVSA 2BJJX 1MG1A 2I0CA 1TT1A 3HCQA 3BFUA 1N84A 2VHAA 2DQVA 4ZE8A 4O3BA 1FTOA 2R71A 2KLFA 4GOTA 1Y3PA 1O64A 4DCYA 3SEUA 1IEJA 3IOUA 5FTHA 1P1QA 4OMBA 5B70A 4JBZA 2ANJA 1MPCA 1QJMA 2E1SA 3A3UA 3FV1A 3OSRA 4NTLA 1EU8A 3MQ9A 4GRKA 2D3IA 1ANFA 4OHNA 3PPNA 3MBPA 3ONMA 4F18A 4JWYA 5DT6A 3G3KA 1QUIA 3N26A 2XXIA 1NH7A 1B51A 1FQCA 4EF2A 3O29A 2Y7RA 4LUBA 2UYEA 3H4ZA 1R1NA 5I2NA 1RKMA 2YJPA 5CMMA 4PP0A 2OK2A 3GBBA 3MC2A 3RPWA 3T66A 1EZPA 4KI0E 4ZEDA 3K6WA 4G68A 2Z8FA 2DXYA 4DLDA 3DLNA 5DVIA 4F3BA 1XVYA 4F19A 3RGYA 1MXUA 3CVGA 2QRYA 3CSGA 1DSNA 1M5FA 3SEYA 2XXQA 5I56A 2G29A 2I6EA 1D9VA 3K2DA 5L8DA 3CG1A 1A7LA 1PBPA 3B6QA 4RK9A 4XKPA 3IX1A 1B5HA 5K2XA 1EZOA 4RYAA 4OFLA 2GFEA 3T96B 1Y1ZA 3IAZA 3QUFA 4ZEBA 1D4NA 4MFIA 1BKAA 3TPAA 4WEDA 3KGCA 5FHOA 5I58A 4TOZA 4YB6A 5TP9B 3KFMA 5AA1A 5EHMA 3OMBA 1B5JA 5H8HA 2ZNUA 3OSQA 1MXXA 3O2AA 5IKBA 1NL5A 4ESXA 2VOZA 2H99A 1B6HA 2ONKE 1OVTA 1S9TA 3V83A 5A5XB 3E13X 1IXIA 4MLQA 5KCJB 3C34A 3IJXB 5H8NB 1LBBA 1N0TA 4JB7A 5I84A 1MXWA 5ITOA 4I1DA 3S9LC 5LOMA 2ZNSA 4RXLA 1UTBA 1TFDA 2OZZA 1LLSA 3Q27A 1TXFA 1Y9UA 3ECRA 1B7UA 1OLCA 4ZDMA 4LZ8A 5I2KA 4U2RA 4EQBA 2QS2A 4DXUA 2DOJA 4P0GA 4YKKA 3H7MA 4ND9A 3O28A 1M5CA 1ZLQA 4KQPA 1NNKA 4YKJA 3O6IA 4YKIA 1B40A 1MY3A 4RA1A 2O1MA 1B3GA 1HSEA 4G8NA 4ZZEA 4YZZA 3S9NC 4H8JA 1O7TA 3KSJA 1B05A 4P0IA 3VDFA 3Q25A 1H43A 3VVDA 2OCUA 1YAEA 2FA7A 4YAHX 1SDXA 4KPTA 1BP5A 2F36A 1H44A 1UIVA 1JW4A 2F6PA 2O7UA 4U22A 5BWJA 3RT6B 3ZKLA 4BDMA 1QKAA 3MVYA 1J1NA 1MQDA 4GXAA 1ATGA 1H3DA 2UVHA 1DMBA 3Q26A 3UN6A 3K0VA 2UYFA 3FXRA 3PU5A 1YTVA 3PGFA 4AB6A 3CRBA 1O63A 3PPRA 3KN7A 2DE3A 5H8QA 1ZBMA 1Y4CA 3KZGA 4RK2A 2XXVA 2HZLA 3E3KA 4BDQA 4OYVA 4NF6B 3RY3A 3TQLA 3TFLA 1N3WA 2VD3A 3AXFA 3H03A 2RCBA 4H65A 5DEXB 5AA2D 1IQ7A 1T0KA 1A99A 2ESNA 3FVGA 2AYSA 3FUZA 2DYXA 1MXZA 2I0BA 3PMXA 2OWSA 2RCAA 2H98A 2DE4A 5DVFA 5CBSA 3FJGA 4XKRA 4DE8A 3B6TA 2Z22A 1NNFA 4F3PA 1UIUA 2P2AA 1B7HA 4F22A 2Z23A 4R9GA 1B4ZA 1US5A 2ZMBA 4QSCA 4MBPA 3E4RA 3N6TA 3CFXA 5H8SA 3GLBA 3FD3A 4E0WA 4GD5A 4ELPA 1RYXA 2NOOA 1POY1 4R6KA 3Q29A 3VXBA 3PUWE 3U72A 4NEDA 1H76A 2P1SA 1OQHA 1I6QA 3PV0E 5ITPA 4BDLA 1FTMA 5HPQA 3O9PA 1LFIA 1EH3A 3G3IA 1B3FA 2XXUA 4QFKA 3ZS6A 3M8UA 3LR1A 4JWOA 4ISUA 4HCWA 3V8XB 2E0SA 1N7XA 4YU0A 4O3CA 5CMBA 3KEIA 3HHFA 3K1NA 3V5AA 3R6UA 5AA4B 4I62A 1GVCA 3PUVE 4GL0A 2XXYA 4WKMA 4U1ZA 2HFBA 4PETA 4U4SA 2PBWA 3QAXA 1OMPA 1I6AA 3EN3A 1JEVA 1JNFA 4G4PA 3OO6A 4KYEA 5B7DA 1QUKA 3MP1A 3LC8A 1MQIA 4N07A 4UACA 3VXCA 1JEUA 3OD7A 3TODA 1NFTA 4NF8B 1M5BA 2FNCA 2DWHA 4H5GA 1N04A 2I4CA 2Q8JA 3W15C 4FJPA 4TQUQ 4Q0CA 1LAHE 5I59B 4HCYA 1A40A 1WDNA 3TTMA 1N3XA 2XXTA 3TTRA 1XT8A 4ESWA 3D4CA 3C33A 1UTHB 4H67A 4EF1A 5CMKA 1A8EA 4TLLB 2XXPA 3CSBA 2RINA 4AB5A 3IL1B 4R6HA 1B3EA 5FHMA 5I57A 1ZJLA 3TYHA 1OVBA 1II5A 3N5LA 3FVOA 4ONYA 4POXA 3TTNA 1URGA 2YPNA 2Q2CA 2XXHA 2GHBA 4E0XA 4F29A 4G68C 4OVJA 1VR5A 3BKIB 3PD9A 4GL8A 3W9VA 5CC2A 3KJTA 3USDA 2I3VA 1B0LA 3IORA 1HSLA 4KYSA 4WEPA 1IIWA 2Y7PA 5IAIA 4XXUA 3UORA 5JK4A 1B58A 2CZLA 2UVIA 5TP9A 2ZYNA 2Q88A 1LBCA 1MS7A 3S2VA 1MY0A 1US4A 4XIGQ 4LZ7A 3PPQA 3IR1A 1IXHA 4PFTA 3HV1A 3C4MA 3M3FA 1FQDA 4F39A 2ONSA 2W7YA 4GLIA 5F1QA 3EHUA 4JSOA 3C31A 3UK4A 3LSFB 5JTYA 2XHDA 3K1MA 1YCJA 1FTKA 3TMGA 4MF3A 3L6HA 4F3GA 2QMXA 1B32A 3FIRA 2QS4A 1BTJA 3FZVA 5H8NA 5KCJA 4GVOA 3FGSA 1P1NA 1SQYA 2V84A 5TPAA 2A5SA 2DWJA 4ZECA 3DP4A 1VE4A 4LONB 2XXRA 3A09A 1LB9A 3FXUA 4GFRA 3H06B 5ICTA 3VFJA 1OLAA 2QJEA 2H4IA 1ELJA 2F7BA 4U1OA 3O97A 4JSDA 4OENA 1DPPA 1LB8A 2Z8EA 1JW1A 2P0SA 1B0HA 2QL3A 4ZS9A 1LAXA 2UVJA 4PFUA 4YICA 3U8QA 3W9WA 1Q35A 4FE8A 1DTZA 1ZU0A 1SD3A 5I2NB 5KDTA 3B7DA 1QKBA 1XC1A 5HM4B 3T22A 2O84X 2Z8DA 1IXGA 4I9DA 1LAFE 4G68B 1SI1A 3IO4A 3RTFB 1FW0A 3TDJA 3FV2A 5L9OA 2B3FA 4N13A 1MH4A 2PVUA 3JYRA 4X1DA 1LAGE 1B52A 4X1BA 3VLUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ELOA 5HBCA 4RY1A 4XKNA 1Y4TA 4IO2A 4N6DA 4OZ9A 4QBAA 2OJTA 3FATA 2V93A 1FPKA 2I3WA 4KCDA 5AE4A 1NMUA 2RC9A 5ISUA 1Y3NA 3IOTA 3K4UA 4X8RA 3N6UA 3LUYA 4PFWA 3OO8A 3S9MC 2XX9A 3MPLA 4IO4A 3BBRA 3GZGA 2Q9TA 3ZKKA 2HEUA 4GX6A 1MRPA 1AH5A 4UABA 1CB6A 2QPQA 3FASA 4PE3A 4PFYA 1IMBA 1SBPA 1B3HA 1ZTYA 2CZIA 1SVXB 1TFAA 4QSEA 1NUXA 4YMAA 4Q8RA 5I58B 2ABHA 3QIMA 3EQ1A 4H5FA 2RC7A 3SEXA 1SW2A 2ALUA 3THIA 5TU0A 3KBZA 5H8HB 4X9TA 1PB7A 4P9KA 3QXMA 4IO3A 1SW5A 4R6YA 2V3UA 2XD3A 4UA8A 2DWIA 3LSLA 4OXVA 1FQEA 1VSOA 4JVIA 4QSDA 4GWOA 4Q30B 1N76A 4LP2B 2WBDA 1GTKA 2H5YA 3M3KA 1KWHA 2JJKA 5EQ8A 1Y20A 2DS9A 4MCOA 3T1BA 1FTJA 5JEIA 3KG2A 1I69A 3CIJA 1EZ9A 1R9LA 3TTLA 2RKMA 3SEVA 3R7XA 1WODA 4EXKA 1UTBB 1MM7A 3U1OA 1B5IA 5AA2A 2F78A 3T9XB 2H9BA 1PDAA 3I5OA 4GXSB 5I2KB 5IZZA 3I6VA 4I8CA 3PUZE 3RT8A 3O6GA 1SYHA 3IFCA 1OIBA 3B6WA 3MVXA 2ZNTA 4DCXA 2WYKA 2RC8A 3LUZA 4K3FA 4OVRA 1L5TA 1LBYA 1P1UA 4F1UA 4OVQA 4YMBA 3KJ7A 2PT2A 3CR9A 5IZ3B 5AA4A 1QGXA 3EF7A 2DVCA 3T0JA 1ZMGA 4GWSA 1FBPA 3LV0A 4RNSA 3K1PA 5CBRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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