5CRYA

Structure of iron-saturated c-lobe of bovine lactoferrin at ph 6.8 indicates the softening of iron coordination
Total Genus 111

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
Knots found
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYS1 (345-350)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title Structure of iron-saturated C-lobe of bovine lactoferrin at pH 7.0 indicates the softening of iron coordination
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 111
structure length 348
sequence length 348
chains with identical sequence B
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2015-07-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cryA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cryA02
1MQIA 5L9SA 3EHUA 2B65A 2PX1A 1AMFA 3LSWA 3VVFA 1JEUA 2D3IA 3MVXA 1OIBA 4R2BA 3E4RA 3N26A 4JSDA 4THIA 3TTNA 1SW5A 1AIVA 4OQOA 2ZYOA 2XXRA 1EZ9A 3CSGA 2PBWA 2YLNA 5KCJA 2DE4A 2H5YA 1MXWA 1WDNA 4RNSA 3PPRA 1DTGA 1B9JA 4P0GA 1Z7ME 1MM7A 1SBPA 3FVKA 3TTRA 3KZGA 3WAFA 1B4ZA 3QYTA 1JVXA 3TTLA 4F2OA 1PBQA 4OTEA 3I5OA 3MP1A 4F31B 5H8HB 2NXOA 2Q9TA 2HAVA 5AA2D 1MDQA 1SVXB 5ELVA 4NF5A 3SETA 1YTVA 4ZS9A 3N6TA 2QS2A 4IO7A 1POTA 2Y7IA 4ZZAA 2DSFA 1B0HA 2Z8FA 2OK2A 4WXJA 1Y20A 2F36A 3BFUA 4F3GA 1MY3A 3MZ9A 4O3BA 3M3LA 3PUXE 2I6EA 3M3KA 4KI0E 1L5TA 3K6XA 5M2VA 3CG3A 1S9TA 2Q2CA 4NWDA 3TCHA 3H6TA 4ELQA 4KFQA 3PMVA 5JTYA 3E9XA 2QRYA 4DXUA 2WKYA 1Y3QA 1SD3A 3U92A 4ESWA 3QIMA 4K3FA 1VR5A 1R9QA 1MQDA 5KCJB 3K6UA 2XXHA 1TWYA 1P99A 1SQYA 3KN3A 4E0WA 3ZKLA 2I49A 4BDMA 2OBGA 3PPOA 5DVJA 5I84A 1BLFA 4R9GA 3U8QA 3RT8A 1NMUA 5K2XA 2XXXA 4LVQA 1B40A 4ELOA 1S50A 5CMBA 2XX7A 4NF5B 3EF7A 3MAMA 3FZVA 3R26A 4R6KA 3DP6A 4NTLA 3B6TA 1IXCA 3FVOA 2R6GE 1FTOA 4H5FA 1URDA 3HHGA 3IOWA 3O29A 5KZTA 4LUBA 1B7UA 3V5AA 1B1XA 3K0VA 1B6HA 3RTFB 4QFKA 3QAXA 4F3BA 4EUOA 2XX9A 1JVYA 1DSNA 5JTYB 2VOZA 4X9TA 2ZYMA 1XHYA 2F34A 1N3XA 4EF1A 5B7DA 1B46A 1M5BA 2PT2A 5IKBA 5BWJA 1LGBC 1Y3PA 2I0CA 1PEBA 3C9HA 4G8HA 1NH8A 3HSTA 3SESA 2F78A 2HZKA 3VLUA 4PFWA 4ONYA 1Y4TA 4U21A 5AA1A 4OWDA 3PMXA 3LR1A 3O9PA 2DP8A 3HN0A 4KYEA 3SEYA 3S9NC 2F7BA 4XKQA 2Z8EA 1SDXA 4LONB 3AXFA 1YAEA 2QL3A 5K2YA 4QFPA 4IGRA 1I6BA 4ELRA 1QVSA 3OMBA 4GWOA 2DQVA 1XVYA 2OCUA 1M5FA 2ZNUA 4R9FA 2I3VA 1SW1A 3HO7A 3MQ9A 3ZKKA 2YPNA 3ODBA 2D5WA 1URSA 2F8DA 2ONKE 2E0SA 2V3QA 1N76A 3VDFA 3O66A 3GXAA 4N07A 3T9UA 4R74A 4BDOA 4G68A 4KHZE 3O6GA 2GRVA 3KG2A 4JSOA 3C34A 2G29A 4PETA 3MP6A 3SERA 1EU8A 4QSCA 2F35A 4XTCQ 2DE3A 3KBRA 4IB2A 2Y7PA 3Q25A 2V25A 1H76A 2AIXA 4AB5A 1VSOA 1DTZA 3K01A 4LQ2A 3RY3A 2VHAA 4G8NA 3PMWA 4ESXA 4PFTA 1GV8A 1LBCA 3MVYA 4X48A 1IXGA 2XHDA 2DS9A 3OO6A 1USYH 5CC2A 1HSEA 2H9BA 4OVJA 1P1OA 3TCFA 5DTBA 1UTHA 4JB7A 1VFEA 2Q2AA 3RQTA 2P0SA 3UGWA 3CRBA 3FJMA 3I6VA 2Z23A 3RUMA 3ECRA 2UVGA 4Q5TA 4F1VA 1FTLA 1RYXA 2QJEA 2Z8DA 1MXYA 3L6HA 4LATA 4H0WA 1MXZA 4MH5A 4ZEFA 1B51A 3MPLA 2CMOA 1PB8A 3OD7A 4GIZA 3TTKA 5EHSA 4R2FA 3CR9A 4TLLB 1SYIA 4RK9A 2QS1A 5H8NA 3FXUA 3IB0A 4G68B 3PUYE 2QPQA 3HPIA 4NEDA 4LZ8A 3LSFB 4OERA 1N3WA 2ALUA 2NUVA 3FV1A 4JXIA 3IOTA 1IZ1A 4FECA 4C1UA 2O7IA 1KWHA 3TAJA 1NNFA 4YAHX 1JQFA 4YB6A 3RPWA 3K2DA 2GHBA 4NF6A 1N7XA 1LB8A 1B05A 3B7DA 4R72A 2HQ0A 3U93A 3PD9A 2REJA 1MM6A 3B6QA 1CE2A 3C4MA 1N7WA 5J1DA 3ILUB 4YKJA 3VE1B 5DEXB 2DWAA 4OETA 4O3CA 1UTHB 4IO6A 3S9LC 3FV2A 5CMKA 4F29A 1LAHE 3BFTA 3FJ7A 1UTBA 1GTKA 1URGA 3G3HA 3OO9A 3K6VA 4GVOA 4WEDA 5AA3A 4OFOA 4FATA 4FE8A 1UIUA 3RGYA 2ANJA 1FQAA 2HAUA 5H8NB 4X1DA 4X1BA 5AE4A 1DMBA 2F5XA 4F22A 1I6QA 4GD5A 2LAOA 2I58A 2Q88A 1US4A 1NNTA 1JNFA 1D3KA 3F11A 3MBPA 4PE5B 2DWJA 1O64A 3PPQA 4OYVA 1Q35A 3CFZA 4GXSB 4PFUA 3DP4A 2XXWA 5L9OA 1MH4A 4YB7A 1B3HA 1SW4A 5TP9B 4DZ1A 4OZ9A 1H45A 1ZMGA 1TXFA 1YPNA 2H4IA 5L9MA 2NWJA 3EHTA 4NE4A 1GR2A 4I9DA 3HV1A 3TMGA 4QSDA 1BKAA 3W9WA 3OO8A 1MQHA 1MPBA 3TELA 1IXIA 3D4CA 5HBCA 1UTBB 5BUUA 2QSXA 4XKRA 1MXVA 5ITPA 1H3DA 3ILTB 2Z22A 3FASA 1P1UA 3U1OA 2PT1A 4LZ7A 4R6HA 4LA9A 3DLNA 5I58A 1FTMA 3SEUA 4WKMA 2B3FA 4H6DA 1MY4A 1QKAA 3M8UA 4Q0CA 3IB2A 5H8FA 4JWXA 2V93A 1PC3A 2AYSA 3G3KA 3VXBA 4MLVA 3SKPA 3OSRA 4H8JA 4KCDA 2O69A 2QMXA 1LB9A 3KOSA 4ELPA 3JZJA 4HW8A 5CM6A 1ATGA 2THIA 2O51A 3V89B 2W7YA 4TLMB 5H8QA 3OELA 4OEUA 5FHOA 3VLVA 4YKKA 1MXXA 3S9MC 1Y9UA 2DXRA 4LP2B 1SW2A 2HEUA 1EZOA 1Y4CA 4PQJA 1JW4A 3MZ1A 1P1QA 2ESNA 4RJZA 3DM0A 4QF9A 4IY6A 3SDFA 3I3VA 4KCCA 3VFJA 5I2NA 4YMAA 3T66A 1F9BA 2HFBA 4QFNA 1TFDA 5ICTA 1A8FA 5FTIA 4F3PA 4OENA 1B32A 1EH3A 3TFLA 3LBSA 4AQ4A 5FTHA 1ZJLA 1OVBA 3VVEA 1B3FA 3W9VA 2O7UA 4F18A 2UVIA 3O97A 1FQDA 4P11A 1MH3A 3UORA 1ZU0A 5JK4A 2XXTA 3CSBA 1D4NA 2ZMBA 4HCWA 3E13X 1SYHA 2I0BA 2XD3A 3H06B 2DOJA 1D9YA 3M3FA 2FNCA 4ZEBA 1NNKA 1B4HA 4DCYA 4OFLA 1QUKA 1MY2A 3FUZA 5H8SA 3D4GA 3KJTA 1JEVA 2X7PA 4GQOA 2VGQA 1B7ZA 4DXBA 5AA2A 4BDLA 2UVJA 2F7AA 3QUJA 5H8QB 4G4PA 5I2KA 3U94A 3OSQA 1B1HA 3GLBA 4RK2A 1FW0A 2F7CA 1B5HA 3OENA 2BJJX 3JV9A 4KYDA 1N84A 3OOAA 4ZDMA 2GFEA 2QS3A 3OEMA 4NMYA 2AL5A 1MQGA 1A8EA 1MQJA 1BTJA 4YKPA 4OEVA 3H6VA 1USYE 5I2NB 1PDAA 3KN8A 2OWSA 3G3IA 2DWHA 1PB7A 2GHAA 5TPAA 5I57A 3FD3A 3CVGA 1XT8A 3PUVE 1YCJA 4OHNA 1UIVA 5ISUA 2ZNSA 3IB1A 5CRYA 3H6UA 3T93B 2O84X 3QK6A 3TQLA 3EQ1A 3S4UA 4HS7A 2RF1A 4JWOA 3KFMA 3W15C 1UQWA 4U4XA 1IUDA 3KSXA 4ZEIA 1O63A 2V3UA 4RPOA 4I8CA 3T9VA 2RINA 3PPPA 5DVFA 1Y3NA 4RXLA 3GBAA 1HSLA 5AA2B 4BDNA 4FORA 1IEJA 3MC2A 5I2KB 2X7QA 3IOVA 4DCXA 4ISUA 1LAFE 2HCAA 1LBBA 1R9LA 2O68A 4C1TA 3TZAA 1MRPA 1OLAA 1A55A 2AL4A 3O28A 2A5TA 2D21A 1XOCA 3WAEA 3FVGA 1S7YA 1WODA 4O3AA 2V3TA 2ABHA 2UYFA 2E1SA 1Y1MA 3UN6A 3VLWA 2XX8A 4MF3A 1B5JA 4JWYA 1POY1 1JW1A 1DPEA 3K1PA 3EN3A 1LFHA 5I57B 4EDPA 1NL5A 4GXAA 2PYYA 3IL1B 3IR1A 4XKPA 5EYFA 3FGSA 3JYRA 2H98A 1FQBA 1NFTA 3UK4A 1EZPA 1GVCA 4N13A 4HTGA 1DPPA 3KSJA 4EQ7A 4FIMA 4I62A 4IO2A 4Q8RA 1B3GA 1MDP1 4EQ9A 4WEPA 3PU5A 3H6WA 2ZYNA 2V84A 5F7VA 2I4BA 3EPEA 2F6PA 4R73A 1AH5A 4KR5A 4YB5A 1FTJA 4FEBA 3OO7A 4N6PA 2UYEA 4JBZA 4ZE9A 4I1DA 4MBPA 3OEKA 2Q89A 4BDRA 3PPNA 2RC8A 3H4ZA 3T22A 2QS4A 5TU0A 3SEVA 3PUZE 4U4SA 1MG1A 1N04A 3S9EA 2A5TB 4U23A 5HM4B 4XXUA 1P1NA 2P2AA 3THIA 4DIGA 4EF2A 4RYAA 1ZBMA 4G68C 3Q29A 3FJGA 4IO3A 2R71A 1ZTYA 1MPDA 3G7WA 1VE4A 4OFJA 4C0RA 2F6GA 1A7LA 2RC9A 4G2ZA 4UACA 2HZLA 1IXHA 3ZS6A 1XS5A 4IY5A 3G3GA 3ONMA 4Z0IA 4ZEDA 1LLSA 1M5DA 2XXUA 2VD3A 3DELB 4GOTA 3FXQA 4EXKA 3K02A 3MVZA 1OMPA 1QJMA 3R6UA 3IO6A 4E0XA 1WVJA 5A5XA 3FIRA 1AOVA 3CIJA 3TEPA 1OQHA 4IO5A 1ELJA 4RPNA 4NF6B 3MVWA 4DE8A 1XVXA 1MY0A 4DLDA 1J1NA 3FXRA 1FQCA 3S2VA 3V8XB 4IGTA 4F39A 4QSEA 1ZIUA 4ZE8A 5L8DA 4H5GA 2VP1A 5CI5A 1P1WA 2OLBA 3N94A 4EXLA 1MXUA 4F19A 3P7IA 4H67A 3LSLA 2XXYA 3OXNA 1TT1A 5DT6A 4YKIA 2P1SA 3CFXA 2XXIA 3C36A 5I59A 1HSJA 3TCGA 3TDJA 2ONRA 3O6IA 3PV0E 5KDTA 1D9VA 3G3FA 4QFOA 3Q28A 4GRKA 1MS7A 4F1YA 3C33A 4ZEKA 2DYXA 2HXWA 1R6ZA 3RLFE 2I48A 2ZYKA 3K1MA 1BIYA 4NF4A 3DP8A 4MLQA 1LFGA 4BDQA 3CFLA 4Q30B 4DDDA 2FYIA 2ONSA 3R7XA 3TPAA 3SEWA 3TKDA 1M5CA 3CI8A 2XXVA 5A5XB 3GZGA 1ANFA 2B3BA 4AB6A 1B5IA 1Q1KA 2NVUB 3RT6B 3QSLA 2Y7WA 5I56A 4ZZEA 5DYHA 5F1QA 3VXCA 3ZSFA 2O1MA 5IAIA 1VFDA 1NH7A 3T96B 3K00A 5AA4A 2OWTA 1QUJA 4F2QA 1ZKBA 4GL0A 5ITOA 1JW5A 2RCAA 2I4CA 4KYSA 5CMMA 4NF8A 4U22A 3H03A 1B3EA 4OXVA 5HPQA 1Y1ZA 4R6YA 5I59B 3Q26A 3RN8A 3B6WA 2FA7A 5KDTB 1A40A 4FEDA 1Z7NE 2NOOA 4U1OA 2DWIA 1QW0A 4H1XA 2O1LA 2RCBA 2X26A 1B7HA 3E3KA 2YJPA 5I58B 4LQ5A 5JEIA 1DOTA 2IA4A 1AL3A 2G93A 1OLCA 4NF4B 4EQBA 3MP8A 1OVTA 4TQUQ 4H65A 4YICA 5H8FB 5CMCA 3EHSA 3IK6B 4KD5A 5FHNA 3T9XB 3TYHA 1II5A 5I56B 1PBPA 5FHMA 4HCYA 1SI0A 4GL8A 2OZZA 1JETA 1FCKA 3O2AA 3KGCA 3IAZA 4ND9A 2UVHA 4M4GA 3VV5A 2QMWA 3KEIA 5AA4B 2Q8JA 1ZLQA 2DE2A 4QFLA 3RNNA 4LZ5A 4OESA 1XC1A 1FQFA 2M8CA 4P0IA 4H8IA 3SEXA 3MWBA 2DVCA 4NF8B 3BBRA 1NKXA 1H43A 4QRZA 5LOMA 3V83A 3A09A 1A54A 2ZXTA 2PMSA 5DVIA 1H44A 4U1ZA 4FAJA 1PB9A 3N5LA 1BP5A 1R1NA 1N0TA 3QXMA 2CZLA 1GGGA 1B3LA 4GF8A 4BLAA 4OMBA 3IORA 4POWA 4U2RA 3MJNA 1RKMA 3BKIB 3MW0A 4G8MA 3VVDA 3L6GA 4FJPA 3CG1A 3IOUA 4DXCA 3A3UA 1IQ7A 1US5A 2XD2A 3UA8A 3O6HA 1IIWA 1QULA 3HCQA 4YMBA 1O7TA 3PUWE 3PD8A 3G3JA 1FQEA 3LUYA 1B2HA 4M1VA 4KQPA 1LAGE 3LSXA 1QUIA 2RC7A 3TUSA 3UP9A 4L17A 4Z7EA 1LFIA 3C35A 1LCFA 2OJTA 2XXPA 3LC8A 4XIGQ 5DEXA 2A5SA 3MUQA 3RTWB 5CBRA 2KLFA 5TPAB 2DVZA 2VD2A 2R9JA 4KPTA 2H99A 3A3CA 3HHFA 3K6WA 4MFIA 1B58A 1OQGA 1QKBA 5ICQA 1MY1A 3MZBA 4UA8A 1M5EA 4ECFA 3IO4A 3K4UA 1TFAA 3IJXB 1LCTA 3UIFA 3H7MA 2F97A 3Q27A 1LAXA 3N6UA 2GH9A 2PVUA 1MPCA 4PFYA 4F1UA 1NNPA 4IO4A 4G77A 1T0KA 3IJOB 5EHMA 3T9HB 2I3WA 3H3GA 3IX1A 4GLIA 4XKNA 3FATA 2H25A 3C31A 2UXAA 3KJ7A 4JDFA 2Y7RA 1B0LA 3GBBA 4RY1A 4RA1A 4GFRA 5TP9A 4PP0A 3K1NA 1IITA 2IEEA 2RKMA 4YU0A 4R75A 4NWCA 5H8HA 2XXQA 3U72A 1SI1A 3MPKA 3KN7A 4F3SA 2Y7KA 4YZZA 1CB6A 2O6AA 3C32A 3FVNA 4QHQA 1B52A 3KOTA 4ZECA 2DXYA 1A99A 3PGFA 1RYOA 4POXA 2Y84A 3TODA 1LSTA 4TOZA 1I6AA 2ZNTA 2REGA 3TTMA 1I69A 3USDA 3TQWA 5B70A 1FTKA 3QUFA 5CBSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PDDA 1MQIA 1FBGA 4MJOA 5L9SA 3RPLA 1AWBA 3EHUA 5IZ3B 2B65A 1KA0A 2PX1A 1AMFA 3LSWA 3VVFA 1JEUA 2D3IA 3MVXA 1OIBA 4THIA 3E4RA 3N26A 2XWKA 4JSDA 4R2BA 3TTNA 1SW5A 1AIVA 2CZKA 4OQOA 4OVQA 2BJIA 2ZYOA 2XXRA 1EZ9A 4HE1A 3CSGA 4X04A 2PBWA 2YLNA 1IMFA 5KCJA 2DE4A 2H5YA 3LV0A 1MXWA 1WDNA 4RNSA 3PPRA 1DTGA 4MAGA 4O7MA 1B9JA 4P0GA 1MM7A 1Z7ME 3T0JA 1SBPA 3FVKA 3TTRA 3KZGA 3WAFA 1B4ZA 3QYTA 1JVXA 3MSTA 3TTLA 4F2OA 1PBQA 4OTEA 3I5OA 3MP1A 4F31B 5H8HB 2NXOA 2Q9TA 2HAVA 5AA2D 1MDQA 1SVXB 5ELVA 4NF5A 3SETA 1YTVA 4PFRA 4ZS9A 3N6TA 4OVPA 2QS2A 4IO7A 1POTA 2Y7IA 4ZZAA 2DSFA 1B0HA 2Z8FA 2OK2A 4WXJA 1SPIA 1Y20A 2F36A 3BFUA 4F3GA 4OVSA 1MY3A 3ROJA 3MZ9A 4O3BA 3M3LA 3PUXE 2I6EA 2WBBA 3M3KA 4KI0E 1L5TA 3K6XA 1K9ZA 3RPLB 2Y5KA 5M2VA 4PF6A 3CG3A 1S9TA 2Q2CA 4NWDA 3TCHA 3H6TA 1FPDA 4ELQA 3A29A 4KFQA 3PMVA 5JTYA 3E9XA 2QRYA 3KC0A 4DXUA 5ET5A 2WKYA 1Y3QA 1SD3A 3U92A 2F3DA 5I3SA 4ESWA 3QIMA 2FIEA 4K3FA 1VR5A 2QVUA 1R9QA 2JJKA 1MQDA 5KCJB 3K6UA 2XXHA 1TWYA 1P99A 1SQYA 3KN3A 4E0WA 3ZKLA 3QMFA 2I49A 4BDMA 5IZ1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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