5CRYA

Structure of iron-saturated c-lobe of bovine lactoferrin at ph 6.8 indicates the softening of iron coordination
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
Knots found
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of iron-saturated C-lobe of bovine lactoferrin at pH 7.0 indicates the softening of iron coordination
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 111
structure length 348
sequence length 348
chains with identical sequence B
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2015-07-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cryA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cryA02
3IK6B 3MW0A 4H0WA 3K1NA 2YJPA 3QYTA 3FVGA 3M8UA 2I6EA 3S4UA 3IOTA 3TPAA 4NF6A 3O66A 2O1LA 2F35A 4HS7A 3TCFA 1B7ZA 4O3AA 5H8HB 1GR2A 4KCCA 3GZGA 3PV0E 2PMSA 1M5BA 4G8HA 2ONSA 4EQBA 2AIXA 5DVIA 1O7TA 4IO2A 2XHDA 3LSLA 1MH4A 3TTMA 3RTFB 1P1OA 4X9TA 4NF5B 1WVJA 5HM4B 5KDTA 4FAJA 2E1SA 3KFMA 2O68A 1CE2A 3JZJA 3FJGA 3Q27A 3RT6B 1I6BA 3IR1A 5JTYB 2QS2A 3KJ7A 1HSEA 4RYAA 4FECA 3FGSA 4FEDA 3G3JA 3KSJA 3ZSFA 2XXTA 4IO5A 5DYHA 5F1QA 3KZGA 1L5TA 3T93B 1LCFA 5TU0A 3TUSA 3A3UA 4PE5B 2QJEA 2F8DA 4KR5A 1NL5A 1CB6A 2LAOA 1H44A 3GBAA 4ELQA 3TEPA 1FQBA 5L9SA 4OETA 1MXUA 1P1QA 3T66A 4KCDA 4PETA 4MF3A 4QFPA 3SDFA 1MPCA 2RCBA 2XXXA 1MM7A 4I62A 1LB9A 4F22A 3VXCA 4ELPA 3ODBA 2HZLA 3QAXA 2F6GA 2V3TA 4RA1A 3QUFA 1QW0A 3FZVA 4Q8RA 5H8HA 1NNPA 2ABHA 1MY2A 3CIJA 3HPIA 3E9XA 4OWDA 4LVQA 3S9NC 1USYH 2FYIA 3TCGA 3TODA 3H6VA 1MPDA 3UIFA 2F36A 1I6AA 2OWSA 3U92A 4NEDA 2VD2A 5BUUA 4NF5A 2XXPA 1URGA 4OVJA 3KBRA 3G3KA 3S9MC 3S2VA 5CMCA 4XKPA 1MXZA 4OXVA 4NF4A 1B3GA 1MY4A 1NFTA 5JTYA 2A5TB 3QK6A 1EZOA 3DELB 2XXWA 2Z23A 2HXWA 5HBCA 5JEIA 1B3EA 1BKAA 4G8MA 1OLAA 3K0VA 2NUVA 1S9TA 2ZMBA 4C1TA 4C1UA 4GLIA 3PPQA 3Q28A 5L9OA 1A55A 1JVYA 3T9XB 3U72A 2NOOA 1MS7A 2DWAA 2OCUA 1MM6A 3A3CA 1VE4A 4OESA 2PBWA 3UP9A 2UVJA 1B9JA 3W9WA 4R9GA 4ESWA 4RK9A 1I6QA 2HZKA 3OSQA 1B0HA 2PVUA 2P2AA 2UVGA 2DE2A 1QJMA 2NWJA 1N84A 3IOVA 1MDQA 4F18A 4BDOA 5IAIA 4LONB 4R74A 1QKBA 1AIVA 1YPNA 1IEJA 3C35A 3HO7A 1IZ1A 5L9MA 4JSDA 1WDNA 4PP0A 4H67A 4F1YA 3IOUA 3MJNA 5HPQA 2YPNA 5K2XA 4OERA 4MLVA 3HSTA 4MLQA 2H5YA 4DIGA 2Z8FA 3IJXB 3QXMA 3MZ1A 2O84X 4EXKA 1OQHA 4YMAA 2UVHA 3USDA 3LSWA 1ZTYA 4DDDA 1N7XA 4NE4A 3BFUA 1ZJLA 3OO8A 3TAJA 2A5TA 3M3FA 2D5WA 4U2RA 3CFZA 5TPAB 1B0LA 3MUQA 3A09A 4ZE8A 5B7DA 3M3KA 2ZYKA 1IITA 3U94A 3RTWB 2OWTA 2OLBA 4GL0A 5LOMA 3FD3A 5JK4A 2ZNSA 4IY5A 1N0TA 3PUYE 1XOCA 3U8QA 4UA8A 4BDRA 2ZYOA 4F3SA 3TFLA 1EH3A 3C36A 1P1UA 3G7WA 4JDFA 4YKIA 1UIUA 1LFHA 2NVUB 4UACA 5DVFA 2QS4A 2M8CA 1NMUA 1QVSA 2V84A 4FORA 3K1MA 3HN0A 1XT8A 5I57B 1FQFA 5H8NB 2F7BA 1GGGA 5DT6A 3UK4A 5CMMA 3K02A 2DE4A 1M5EA 2I3WA 4IB2A 4YB5A 1B3FA 1LBBA 4FIMA 4RNSA 1VFEA 2ZYNA 3SEYA 4QRZA 4JXIA 2XX8A 3E13X 1DPPA 4ZEDA 2GFEA 3OENA 4PFYA 1B5HA 1MQJA 3MP8A 3HV1A 3TTNA 3MVZA 4ELOA 1ZMGA 4WEDA 1R9LA 5DEXB 1LAGE 3EPEA 3RN8A 4ISUA 3WAFA 4ZEKA 3VLWA 5TPAA 2ALUA 4POWA 3P7IA 1XHYA 4AQ4A 4ZDMA 4QSDA 2Q8JA 4YB7A 4GXAA 3VDFA 2ONKE 4P0GA 3SEWA 2XXIA 3T96B 3CFXA 3PUVE 2O1MA 2XX7A 1P1NA 5TP9B 4TLLB 1SW4A 2QS3A 1SDXA 1MPBA 2I0CA 1N3WA 4FE8A 4O3CA 4P11A 3K6WA 3PUZE 3RGYA 3MP6A 1ZLQA 3K6UA 1LSTA 4EQ7A 5I57A 4MH5A 3H6TA 1UIVA 2QSXA 4QF9A 4KPTA 4OZ9A 1AOVA 1O63A 4JWYA 1FQCA 5EHSA 4I8CA 1D4NA 3FATA 3CG3A 4Z0IA 4I9DA 4KYEA 4KYDA 1ZIUA 2F5XA 4RY1A 3SESA 3T9UA 3S9LC 3I5OA 3RPWA 3T9HB 1TFDA 4NWDA 1Y20A 2RCAA 3DP6A 3B6QA 3OXNA 1B3HA 3N6UA 4KD5A 1TWYA 5DEXA 1UTBB 3R26A 4EUOA 4NF8B 2UYFA 2XXHA 4KHZE 2DVZA 2ZYMA 1QUKA 4DZ1A 4IO3A 4LA9A 3T22A 2R6GE 4X1BA 3O6HA 3KN3A 3MC2A 3B6WA 3HCQA 2D21A 3IAZA 5EYFA 2F78A 1M5FA 1F9BA 5CRYA 2RC9A 4GXSB 5TP9A 3KOSA 1A8EA 3LC8A 2RKMA 1MY3A 4OFJA 5CMBA 3IOWA 4U4SA 1GVCA 2QPQA 2IA4A 4GQOA 1VR5A 1LFGA 1B7HA 5I58B 3Q26A 1XS5A 4FJPA 1QULA 4HTGA 3C33A 1P1WA 1IQ7A 2XXYA 1AL3A 2Q2CA 4NF4B 2ONRA 4KFQA 4ND9A 3B6TA 3G3GA 3IB0A 4I1DA 1XVXA 1N7WA 1GV8A 5B70A 3O9PA 1FTOA 1D9VA 3PPPA 4U1OA 4DE8A 1UTBA 4YB6A 2IEEA 3IJOB 4NF8A 5I56B 2G93A 2F6PA 3DP8A 3LBSA 2A5SA 4R2FA 1VFDA 4G68B 2Z8DA 1P99A 4OFOA 2F7CA 3T9VA 4RK2A 1B5IA 4WEPA 2E0SA 4H8JA 3QUJA 2GHBA 3IX1A 1MXYA 5CC2A 3TTRA 1POY1 3HHGA 1S50A 3TELA 1FTKA 4LATA 3MZ9A 3RUMA 2DXYA 2I49A 1MY0A 4OMBA 3D4GA 4OHNA 4L17A 3RY3A 4IGRA 2DVCA 3C34A 3VFJA 3MBPA 4POXA 5I58A 4ECFA 3UN6A 2REGA 5CI5A 4F2QA 4Q5TA 3E3KA 3R7XA 2R71A 4H5GA 2X7PA 1B51A 1JETA 4H1XA 2UXAA 4EF2A 4WKMA 3EHUA 4OYVA 2Z22A 2W7YA 4HW8A 3TCHA 1SYHA 3I6VA 2I4CA 3PPOA 3SKPA 1Z7NE 4XKQA 3RQTA 5CM6A 1RKMA 1ZBMA 4R6KA 3TQLA 3ECRA 3FJ7A 1NH7A 3N26A 4ESXA 5I56A 1LAXA 2YLNA 3KGCA 1Y4TA 4LZ8A 3OEMA 1DTZA 4G68A 2X7QA 1DTGA 1J1NA 4ZEFA 3DLNA 4EF1A 5AA3A 4Q30B 2AYSA 2DWJA 5K2YA 2HQ0A 2DQVA 5AE4A 1UQWA 2ANJA 3H03A 2QL3A 1DMBA 4M4GA 2GRVA 4DXBA 3PU5A 4H8IA 2DWIA 5KZTA 1MH3A 1A8FA 3KN7A 3DM0A 3MVWA 4PFTA 3FJMA 4KI0E 3OMBA 1MXXA 2H98A 4OEUA 1Q1KA 4LZ7A 1FW0A 4ZE9A 2OZZA 4F3GA 1MQIA 1SBPA 3H6WA 2GHAA 4ZEIA 4GVOA 3V8XB 3ILUB 2HEUA 3K6XA 1Y3QA 1VSOA 3C9HA 2QMXA 1PC3A 3BBRA 3Q25A 3ZS6A 3CR9A 1H45A 4Z7EA 1LCTA 4JWOA 1QKAA 4R6HA 3IORA 1DPEA 1LBCA 1YTVA 2FA7A 4KYSA 1BTJA 5ITOA 1AMFA 1B4HA 1B1HA 1XVYA 3K4UA 4F31B 2Y7IA 4GOTA 3VLVA 4IY6A 1B7UA 2VOZA 2FNCA 4WXJA 3PD9A 5I2KB 4FATA 4X48A 1IXIA 4DLDA 1POTA 4XXUA 3G3IA 4YAHX 4ZS9A 5I2NA 1AH5A 1D9YA 3K01A 1MXWA 1IXGA 1MQDA 3L6GA 4TOZA 3K6VA 3VVEA 3PGFA 4U1ZA 3H6UA 3JV9A 3BKIB 2PYYA 3MQ9A 2AL5A 3I3VA 3R6UA 4OQOA 1H76A 2P0SA 3GXAA 5DVJA 2VGQA 3LSFB 2F7AA 4FEBA 1WODA 2XD3A 3GLBA 1ANFA 3S9EA 5KCJB 1B1XA 2RINA 1H3DA 4OENA 2RF1A 2O7UA 3V89B 5M2VA 3ZKKA 1O64A 3THIA 3K2DA 3K1PA 2I4BA 1ATGA 5A5XB 4H65A 3UGWA 3G3HA 2H25A 3FV2A 3IB1A 1RYXA 1PDAA 2H4IA 2NXOA 3LSXA 4IO4A 4RXLA 4JB7A 3C31A 2Y7RA 4YICA 4XKRA 3OO9A 4ZECA 5I2KA 3B7DA 2ZNUA 2RC7A 1Z7ME 3TQWA 1N3XA 1SVXB 1SQYA 2X26A 2ZNTA 3SEVA 5L8DA 3FVOA 1USYE 2B3BA 4GD5A 1FTMA 1PB9A 3W15C 1RYOA 4NMYA 5IKBA 4JWXA 1B40A 2DSFA 5AA4A 1B52A 3H4ZA 3L6HA 4LUBA 4YKJA 3FXRA 2HAUA 4K3FA 3H06B 4IGTA 4R6YA 3ONMA 4LQ5A 1LB8A 1BIYA 5ISUA 2ZXTA 2Q89A 4R75A 1NNFA 3TKDA 1M5DA 5KCJA 1B32A 2DXRA 4H5FA 2DP8A 4MBPA 4F1UA 5AA2D 1R1NA 2I0BA 1B2HA 4O3BA 1HSJA 3U93A 4EXLA 1SD3A 1YAEA 2I58A 5A5XA 1D3KA 2UYEA 3O28A 3UORA 3PPRA 1B05A 5CBSA 3QIMA 2Q2AA 2PT2A 1JVXA 5H8QB 1II5A 1MQGA 5I84A 3SERA 2HCAA 4GL8A 2DWHA 2V3QA 3TTKA 1FTLA 4F19A 1NKXA 3PMVA 3CFLA 2H99A 2B65A 1IXCA 4QSCA 3PMWA 3FV1A 1OLCA 3VXBA 4YMBA 1URDA 3LUYA 4R2BA 4EQ9A 2Q9TA 4RPNA 1B46A 1B3LA 4TLMB 3VVDA 4BDLA 3ZKLA 1US4A 4C0RA 3SETA 3EF7A 4F39A 3AXFA 1B58A 3U1OA 5CBRA 4Q0CA 2QRYA 1TFAA 1S7YA 3N94A 1JNFA 1FQEA 3GBBA 2PT1A 3RNNA 5AA1A 3D4CA 3MPKA 1LGBC 3FXUA 2D3IA 4RJZA 1SI0A 3TMGA 3VVFA 4QFLA 2Y84A 1IXHA 2G29A 1BLFA 1R9QA 1NNKA 3OSRA 2Y7WA 4DCXA 2VHAA 3BFTA 4BLAA 5H8QA 3EN3A 4LP2B 3SEUA 3N6TA 2RC8A 4GFRA 4TQUQ 4F1VA 4OEVA 1OVTA 4XIGQ 1OIBA 3VE1B 4U4XA 4GIZA 1Y9UA 5FHOA 2CMOA 3EHTA 1SW1A 3PUXE 4G8NA 3MWBA 4QFNA 1ELJA 2V25A 4ELRA 4BDNA 3FVNA 3KSXA 3RT8A 1M5CA 3MPLA 1MRPA 1US5A 5FTHA 1IUDA 1LFIA 3CG1A 4U21A 3KOTA 1JEVA 4G2ZA 3TTLA 1R6ZA 1JQFA 5H8FB 3C32A 4NWCA 1JW4A 1IIWA 3K00A 4U22A 2THIA 1PB8A 1JEUA 2REJA 2V3UA 5BWJA 2XXUA 1JW5A 3F11A 3N5LA 3PMXA 4DXCA 2I3VA 1EZ9A 1A54A 4IO6A 4F3PA 3EQ1A 3O29A 2VD3A 3O2AA 3ILTB 2Z8EA 1Y1ZA 3FASA 2XD2A 3PUWE 1NH8A 2XX9A 3RLFE 2ESNA 5I2NB 3FXQA 5CMKA 3H3GA 1I69A 4EDPA 1DSNA 3MVXA 3OOAA 2V93A 4GF8A 1ZU0A 4ZZEA 4E0XA 5F7VA 1BP5A 3JYRA 5FTIA 2XXVA 3TDJA 2HFBA 1SI1A 1Y1MA 4ZEBA 3QSLA 4F3BA 1MDP1 3O6IA 1FQDA 2OJTA 4PQJA 2GH9A 4N07A 4XTCQ 1B5JA 2O51A 4G68C 3HHFA 2KLFA 1H43A 3IB2A 3SEXA 2B3FA 2VP1A 3PD8A 3IL1B 5ITPA 2P1SA 1EZPA 1PEBA 2QS1A 4PFUA 2Y7PA 5H8FA 5H8SA 2CZLA 2DE3A 1OVBA 2UVIA 1MXVA 2AL4A 2H9BA 3IO6A 3OO6A 1UTHB 5I59B 4KQPA 3DP4A 1URSA 5FHMA 4F29A 2R9JA 2PX1A 1JW1A 1SW5A 5AA2B 1PBPA 3VLUA 5FHNA 2O7IA 1Q35A 1FCKA 2F34A 1SYIA 2DS9A 5ICTA 3CRBA 1XC1A 1GTKA 4G4PA 3CI8A 2Q88A 4LZ5A 4AB6A 3KN8A 3MAMA 3OD7A 2I48A 3W9VA 3OEKA 5AA4B 5ICQA 3KJTA 1Y4CA 3LR1A 2BJJX 1YCJA 5DTBA 2OBGA 1MQHA 3H7MA 5EHMA 3MVYA 3E4RA 3KEIA 4DCYA 4OFLA 1LLSA 1KWHA 4BDMA 4JSOA 1OMPA 3CSBA 3CVGA 2DOJA 4MFIA 4N6PA 3WAEA 1PB7A 2O6AA 2XXRA 1QUJA 1TXFA 4QFKA 4ZZAA 3FVKA 1Y3NA 2WKYA 1LAHE 3EHSA 3CSGA 1LAFE 3MZBA 3MP1A 4GRKA 1UTHA 2XXQA 5I59A 1Y3PA 3O97A 3O6GA 4G77A 4XKNA 1B4ZA 4QHQA 4THIA 1A99A 1HSLA 2Y7KA 3UA8A 3V5AA 4YZZA 4YKKA 1A40A 2HAVA 3KG2A 3FUZA 3M3LA 2DYXA 1EU8A 4HCYA 1T0KA 4OTEA 2QMWA 5AA2A 1B6HA 4GWOA 4NF6B 1ZKBA 4R73A 4DXUA 1TT1A 4M1VA 4LQ2A 3OO7A 4X1DA 4YKPA 1MY1A 3C4MA 5ELVA 3Q29A 3V83A 4IO7A 4QFOA 5H8NA 1OQGA 4BDQA 1PBQA 4JBZA 4U23A 4ONYA 5KDTB 3OELA 5J1DA 2O69A 1N04A 4E0WA 3IO4A 4RPOA 4R72A 2OK2A 3TZAA 1FTJA 4N13A 1A7LA 1SW2A 4YU0A 3VV5A 3G3FA 3FIRA 4PFWA 2F97A 1NNTA 4R9FA 1DOTA 4H6DA 4HCWA 4QSEA 3TYHA 1MG1A 4AB5A 1N76A 3PPNA 4F2OA 4P0IA 1QUIA 1FQAA 4NTLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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