5CRYA

Structure of iron-saturated c-lobe of bovine lactoferrin at ph 6.8 indicates the softening of iron coordination
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
Knots found
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Structure of iron-saturated C-lobe of bovine lactoferrin at pH 7.0 indicates the softening of iron coordination
rcsb
total genus 111
structure length 348
sequence length 348
chains with identical sequence B
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2015-07-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cryA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cryA02
3M8UA 3ZKLA 3SEYA 1D9YA 1BIYA 2QMXA 3PD8A 3PPQA 5L9OA 5L9SA 4EUOA 4DLDA 4ZS9A 3RT6B 1M5BA 1SW1A 3QK6A 5TU0A 4NEDA 2I3WA 3MPKA 3MVZA 4ISUA 1EH3A 4EQ7A 2Z22A 4FATA 1OIBA 4QSEA 3FVOA 3S9LC 3GZGA 2HQ0A 3EHUA 3IOWA 3LSXA 2X26A 5ITPA 4RK9A 3RLFE 2Z8FA 4XKNA 4GOTA 1M5DA 4NF4B 4OVJA 5IKBA 3PPRA 1SDXA 4YKJA 1BTJA 2P2AA 3RPWA 1A8EA 1VR5A 4FIMA 5ELVA 3RGYA 3USDA 3K00A 3MVWA 5JTYB 5A5XB 3JV9A 4NF4A 2NWJA 1B2HA 2RF1A 2HAUA 3M3KA 4QFLA 3CVGA 1PDAA 3T22A 3TYHA 3O9PA 4TLMB 5KDTB 1S50A 5AA3A 4F1UA 3L6GA 3U72A 5JTYA 4BDMA 5A5XA 2RC9A 4KFQA 5AE4A 4DDDA 3CG1A 3FJGA 4IO4A 1N84A 5KDTA 3C32A 3QAXA 3TAJA 1NKXA 3DP8A 3SEVA 2F6GA 2DWJA 1H43A 4M4GA 4F19A 4OERA 4GQOA 4F3GA 1ANFA 2I48A 3MQ9A 2DXYA 4HTGA 2DE2A 2XXYA 5H8HB 1LBCA 3FVNA 1H3DA 3LSLA 1FQFA 3H3GA 1A55A 3SKPA 4GXAA 4ESXA 1MDQA 4OEUA 4MBPA 3S9EA 4WEDA 1SW2A 4OMBA 4MLVA 4H0WA 5I59B 2H4IA 4F3BA 3T66A 3EF7A 3IB2A 1IUDA 3HHFA 5I59A 2DP8A 1SQYA 1XVYA 5AA1A 1WODA 4R6YA 3KSXA 4N6PA 3K1PA 4EF2A 2F8DA 1SI0A 2P0SA 2OJTA 3C36A 4ZZEA 2V93A 3M3LA 2Z8EA 5I57B 3QXMA 1H44A 2ZYNA 1B1XA 1XHYA 4YKKA 5CBSA 3THIA 4G68C 3O97A 3R26A 2AIXA 3OSRA 4LZ8A 2P1SA 2I4CA 3ZS6A 4AB6A 4XTCQ 4N07A 3H4ZA 4FECA 4DCXA 2PVUA 3TTLA 3C9HA 4F18A 4KCCA 1DTGA 1PC3A 4F3SA 1FQCA 4F2OA 3W9VA 2XXUA 4HCYA 3LR1A 3FD3A 2QPQA 1B7HA 4GL8A 4G68B 3DP6A 4IO7A 3MP1A 1R9QA 3G7WA 1FTLA 3LSWA 3C4MA 1B6HA 1GVCA 1ZJLA 3GLBA 4ZEFA 2X7QA 4RPNA 3HSTA 1Z7ME 3UK4A 1M5CA 3JYRA 4DXBA 5ISUA 2H9BA 3IAZA 2RKMA 3B6TA 2BJJX 1J1NA 4DE8A 3G3FA 1LFHA 3IOVA 3CIJA 1R6ZA 4F22A 2GFEA 2R9JA 3OSQA 3K6XA 2Y7IA 4P0GA 1VFEA 4ELRA 2E1SA 3MJNA 4Q8RA 1B5IA 2O7UA 3H6UA 3FXUA 4O3BA 3A09A 4JXIA 2V3UA 2DS9A 4YMAA 2PBWA 2F5XA 2PX1A 3VXCA 3Q27A 3MUQA 3FUZA 1JW4A 3V8XB 2X7PA 1B0HA 3VLUA 1ELJA 1FCKA 2V84A 3FVKA 3N6UA 4YICA 2VP1A 1JW1A 3IO4A 4Z0IA 4XXUA 1AOVA 1OVBA 3TTMA 3PPOA 4RNSA 2HCAA 1FQDA 3TMGA 1S7YA 4LONB 5DVJA 2OWTA 1LLSA 1T0KA 1MY1A 1NH8A 3MC2A 3SEXA 3DLNA 3BBRA 1B3GA 2DSFA 1QJMA 1GGGA 3U94A 4BDLA 3TTRA 4AB5A 4I9DA 2GH9A 3A3UA 1QW0A 4H65A 1PBQA 3IOTA 4YB6A 2XD3A 5EYFA 1N3WA 3H6TA 4XKQA 4FEBA 4OYVA 1BKAA 5F7VA 3O66A 3CFLA 1MXWA 1KWHA 3SEUA 1BP5A 2I6EA 4ECFA 4EXLA 2HFBA 3TDJA 3ONMA 1JNFA 3CR9A 1B7UA 3UA8A 5I2KB 4IO5A 1HSJA 1MQIA 2XXWA 2XXTA 1P1WA 3K1NA 1LFGA 2A5TB 5I2KA 1FW0A 1UQWA 1IQ7A 3PU5A 4GIZA 2D21A 3TFLA 1OLAA 2XX8A 5CMCA 1O63A 2GHAA 4QHQA 1CE2A 3PMXA 4IY6A 3V89B 1B51A 2XXXA 3TKDA 1MDP1 3EPEA 4RPOA 5H8SA 3EN3A 5JEIA 1TT1A 4R72A 1AIVA 1CB6A 2WKYA 1O7TA 4QF9A 3RT8A 1TWYA 1D9VA 1M5EA 3PUYE 1EZPA 2V25A 2ZMBA 4PE5B 4G8HA 1N3XA 5IAIA 2D5WA 1SYHA 2NVUB 4U23A 1I6AA 1MXZA 2HEUA 3DM0A 1O64A 3UP9A 3T9XB 3TODA 3CFZA 4GLIA 2I4BA 1Y3NA 2QS2A 2VD3A 3TCHA 2F7CA 3SETA 4IGTA 2I49A 4F31B 1IIWA 1IXIA 1USYE 1B52A 3PUVE 1MQJA 2UVGA 1SD3A 5DVIA 4GRKA 4PFUA 1SW5A 4QFOA 1ZLQA 3AXFA 1MQDA 2OK2A 5CMMA 1JVXA 3B6QA 1PB8A 2QSXA 3KN3A 3HO7A 4THIA 1DPEA 5ICQA 3TTNA 3CSBA 5CM6A 1LCTA 4H67A 2OWSA 1A99A 3IJOB 4NF6B 2XXIA 3N5LA 1B7ZA 3TCFA 3H06B 4C1UA 4TQUQ 5EHSA 1N04A 4NF6A 1ZKBA 4OHNA 4XIGQ 5TP9B 3FXQA 4JSDA 1QULA 2UVJA 5TPAB 3IORA 4IO2A 3PUWE 4GVOA 4GF8A 3G3JA 4LZ5A 1JW5A 1Y1ZA 3Q25A 3BKIB 1WDNA 2F97A 3TZAA 1NNTA 4R73A 5TP9A 3KN7A 5TPAA 1US5A 1HSLA 3K6UA 4KQPA 4R75A 1B5JA 1B32A 1Q1KA 4ZZAA 1Z7NE 3G3HA 3MP8A 3QSLA 3ZKKA 5CMKA 1Y1MA 3MW0A 4AQ4A 2DOJA 3O28A 4P11A 1GV8A 1VFDA 1ZBMA 3H6VA 1PBPA 4NF5B 5B70A 3S4UA 1URGA 2W7YA 3FV1A 3ZSFA 2RC7A 1DTZA 3KJ7A 4PETA 2Q2AA 3W15C 4DCYA 2VHAA 5KCJB 1A8FA 2FNCA 4IO3A 3VFJA 4LATA 4GL0A 3C33A 5ITOA 1XOCA 4OXVA 1MY2A 2UVHA 4GWOA 2HZKA 5H8HA 3IL1B 1A7LA 1NH7A 1POTA 3N94A 1RYXA 1NFTA 3MZBA 4UA8A 1LAGE 2G93A 3PMVA 2F6PA 4DXCA 1B05A 3ILUB 4NWCA 4U22A 4EQBA 2REGA 1LB9A 2Y7PA 1S9TA 5K2YA 3PD9A 5CMBA 5H8NB 4JB7A 4KPTA 4JBZA 3O29A 4KYSA 3UORA 1URDA 4F3PA 3QUFA 4FAJA 1B3HA 1DOTA 3MBPA 4I8CA 3MPLA 1UTHB 4ONYA 4U1ZA 4JWXA 4R9GA 5H8NA 4KI0E 2DYXA 2LAOA 1VE4A 2QS1A 5I57A 4OETA 2PT2A 4JDFA 2IA4A 4QRZA 3VV5A 1MXUA 5HPQA 1QKAA 1UTHA 3C34A 3H7MA 3KG2A 3B6WA 2H25A 2YPNA 2DE4A 2O7IA 1XC1A 3UN6A 2FA7A 5JK4A 3K0VA 4EDPA 3HCQA 4RA1A 3JZJA 2PT1A 3TQWA 1YPNA 1H45A 1P99A 1MXXA 4ZEIA 1R1NA 5L9MA 2F7AA 2R71A 4MH5A 2Q2CA 4G68A 1NL5A 3T9VA 4EXKA 3S9NC 3RNNA 2O69A 2RINA 1TFAA 1OQGA 1MPCA 3CI8A 1QUKA 2NUVA 1QVSA 2RC8A 1FQEA 3SEWA 3KOSA 1MQGA 2Y84A 4BDRA 4G4PA 4LA9A 4IO6A 3B7DA 3KZGA 1Y3QA 4IY5A 4BDNA 3MZ9A 3K4UA 4ELQA 2O1LA 3UIFA 1ZU0A 3U93A 4QFNA 1LFIA 4YZZA 2RCBA 3FVGA 4I1DA 2I58A 3U1OA 2DWIA 4F29A 4ZEDA 1I69A 1ZIUA 2Q88A 2B65A 1N7XA 1URSA 2VGQA 4ZEKA 2O6AA 1IITA 4HCWA 2ONRA 4F39A 3PUXE 1FQAA 4X48A 2XXVA 3MVXA 2Q9TA 3OELA 4E0XA 3O6GA 4KYEA 4POXA 2IEEA 2HXWA 5K2XA 1UIVA 1LCFA 4F2QA 1FTKA 1IZ1A 5AA4B 3OMBA 5F1QA 3I3VA 3HPIA 4RK2A 3K02A 2F7BA 2UYFA 4JWOA 2O51A 1BLFA 3KBRA 4G2ZA 2H5YA 1IXGA 2UXAA 5AA4A 3DP4A 4ZE8A 1JEUA 4LUBA 5FHOA 1OMPA 1N7WA 1PB7A 4NTLA 4PP0A 4G8MA 3DELB 5FHMA 2DQVA 4ZEBA 3HV1A 1NNFA 1XVXA 2NXOA 4P0IA 2F34A 2OBGA 3GXAA 4QSDA 4R2BA 2ZNTA 1I6BA 3P7IA 3H03A 4LZ7A 5BUUA 2KLFA 2YJPA 1I6QA 5DTBA 3PPNA 3O6HA 2ALUA 4NF8B 1NNPA 4BDOA 2VOZA 2NOOA 2ABHA 1LB8A 4G77A 5BWJA 1ATGA 3IJXB 1RYOA 3FJ7A 3SDFA 2A5TA 1PEBA 2F36A 3PGFA 2HAVA 3OO9A 2GRVA 1AMFA 2B3BA 5AA2B 3E9XA 1L5TA 3FJMA 2DVCA 3KN8A 2E0SA 4KHZE 5B7DA 4OFJA 1QUIA 4FE8A 3RTFB 3O6IA 4LP2B 2REJA 4YB5A 1B3LA 1HSEA 4H5GA 2GHBA 1B5HA 1MXVA 3OO7A 4H5FA 3R6UA 3N6TA 3GBAA 5HM4B 5H8QB 3OXNA 2DWHA 1QUJA 1EZ9A 4Q0CA 3T96B 3VLWA 5AA2D 1II5A 4RYAA 3QIMA 2A5SA 4PFTA 5ICTA 4KR5A 4ELPA 1AL3A 1YCJA 1MY4A 4OZ9A 4H1XA 2XXHA 1NMUA 4YU0A 2RCAA 2ZXTA 3EHTA 3OOAA 1JETA 5FTHA 1OVTA 3PMWA 2QMWA 2XXQA 4JSOA 5CI5A 3T9UA 2B3FA 2H99A 2Z23A 3MWBA 4U21A 4O3CA 5I58B 4RJZA 3C35A 1OQHA 3UGWA 1LAHE 1Y20A 5FHNA 4F1YA 3VVDA 4X9TA 2VD2A 3VVEA 2AL4A 1DMBA 4OFOA 4LVQA 2ZYKA 1B40A 4BLAA 5I58A 4QFKA 1USYH 2Z8DA 1ZTYA 3VLVA 3WAFA 5H8FB 2PMSA 3IO6A 3FV2A 5DEXB 1MS7A 3RY3A 5EHMA 3Q29A 4TOZA 4N13A 3PUZE 2UVIA 1N76A 4DXUA 2XXPA 1SBPA 5H8FA 2UYEA 1MH3A 5DEXA 4RXLA 1B9JA 3ECRA 5HBCA 3SESA 2G29A 4ZECA 4GD5A 1Y4TA 1LAXA 4DZ1A 5CRYA 5DYHA 4Z7EA 1A54A 4OESA 1R9LA 1RKMA 4G8NA 3RUMA 2Y7RA 1B4HA 4H6DA 2I3VA 3LSFB 1SVXB 2OZZA 1MPDA 4WEPA 1SW4A 4NE4A 4U4XA 1FQBA 1OLCA 2QS4A 1LGBC 1PB9A 4NF5A 5FTIA 1UTBB 4ELOA 1LAFE 3KEIA 2ANJA 1TXFA 1MPBA 1VSOA 1DSNA 1B4ZA 5KCJA 2ESNA 3FXRA 3KSJA 1B3FA 4OQOA 3I5OA 4IB2A 1UTBA 4IGRA 1B0LA 3I6VA 3IB0A 1N0TA 2DXRA 2XD2A 3C31A 1P1OA 4OEVA 3G3GA 5DVFA 3CSGA 3MAMA 1B3EA 2Q89A 2PYYA 4ESWA 4YAHX 3RN8A 1TFDA 2CZLA 4LQ2A 4LQ5A 2CMOA 3RQTA 3W9WA 4JWYA 3E4RA 1QKBA 3A3CA 3EQ1A 3VDFA 2ONKE 1UIUA 2DVZA 1MG1A 2FYIA 2I0BA 5I56B 1DPPA 1US4A 2AL5A 1FTMA 3U92A 3E13X 3CG3A 1MM6A 3S2VA 2YLNA 4UACA 3CRBA 4BDQA 4R6HA 3KOTA 1MM7A 5KZTA 1D3KA 3Q26A 4XKPA 5I56A 2OLBA 2Q8JA 1B46A 4H8IA 5I2NB 3FASA 3K6WA 1JVYA 3HN0A 2F35A 4MF3A 4YKIA 4F1VA 1LBBA 4R2FA 5I2NA 3QUJA 4WKMA 4X1DA 2AYSA 4NWDA 3BFTA 4Q5TA 1P1QA 2ZYMA 4Q30B 4TLLB 2Y7WA 1P1NA 2ONSA 4XKRA 3K2DA 4OENA 2Y7KA 1M5FA 1GTKA 3D4GA 4PFYA 3FGSA 3O2AA 3TTKA 1Y9UA 3G3IA 1EU8A 1JEVA 3PPPA 4GXSB 5L8DA 3VE1B 2THIA 1Q35A 4U4SA 3VVFA 4YMBA 4L17A 2OCUA 1POY1 1B58A 4POWA 3S9MC 3BFUA 3OEMA 3TELA 3SERA 3T93B 4U2RA 3VXBA 1MRPA 3F11A 1XT8A 3TEPA 4U1OA 2F78A 1SYIA 4OWDA 3KFMA 2QS3A 3V5AA 4EQ9A 4KYDA 4WXJA 3L6HA 1IXHA 4FEDA 4GFRA 4MFIA 2R6GE 1WVJA 4ZE9A 1MY0A 2O68A 5LOMA 3FIRA 4ND9A 4KCDA 1AH5A 1YAEA 3EHSA 3D4CA 4R74A 4DIGA 3OD7A 2V3TA 2V3QA 1ZMGA 2ZYOA 4HW8A 3IK6B 3TPAA 4PFWA 3WAEA 1F9BA 1D4NA 3KGCA 3QYTA 1MY3A 1A40A 4HS7A 4ZDMA 3K01A 2D3IA 2XX9A 4EF1A 4E0WA 1Y4CA 3U8QA 4X1BA 3K6VA 2O1MA 3N26A 3E3KA 4OTEA 3R7XA 3OENA 3GBBA 4R9FA 2O84X 4C1TA 5CBRA 2ZNSA 1P1UA 1H76A 3M3FA 5J1DA 3LC8A 4MLQA 3PV0E 1IEJA 3FZVA 1MQHA 1MH4A 4QSCA 3TCGA 4R6KA 4YKPA 3MP6A 3TQLA 1NNKA 4K3FA 2H98A 5DT6A 1JQFA 2QRYA 3KJTA 2XHDA 4I62A 4M1VA 4QFPA 4NF8A 4RY1A 1YTVA 3Q28A 2XXRA 4H8JA 1MXYA 4OFLA 1LSTA 3CFXA 3FATA 3TUSA 5CC2A 3IX1A 4C0RA 3G3KA 5I84A 3K1MA 4O3AA 3H6WA 2DE3A 3RTWB 2DWAA 3MVYA 1EZOA 1GR2A 1B1HA 2M8CA 3ODBA 5AA2A 2QJEA 3IOUA 3V83A 4FORA 3ILTB 3IR1A 1Y3PA 2HZLA 1XS5A 3OEKA 2XX7A 1FTOA 4FJPA 3OO6A 1FTJA 1SI1A 3IB1A 2I0CA 3HHGA 2QL3A 4PQJA 4YB7A 3LUYA 2ZNUA 4NMYA 3MZ1A 5H8QA 5M2VA 3LBSA 3T9HB 4KD5A 1IXCA 3OO8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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