5DVIA

High resolution crystal structure of glucose complexed periplasmic glucose binding protein (ppgbp) from p. putida csv86
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
396
structure length
395
Chain Sequence
NPGTVDVLHWWTSGGEAKAVETLKQQIQKDGFIWKDNAVAGGGGAAAMTVLKTRAISGNPPSAAQIKGPDIQEWGALGLLTELDDVAAANKWDDLLPRQVADIMKYDGHYVAVPVNIHRVNWLWINPQVFDKAGAKVPTTLDELFAAADKLKAAGFIPLAHGGQPWQDSTVFEDLVLSILGPKGYHAAFVDLDEKTLTGPQMTEAFATLKRLGTYMDPNRAGRDWNIAAAEVINGKAGMQIMGDWAKSEWSAAGKVAGKDYQVAFPGTQGSFAYNIDSLAMFKLKDANDIKAQNDLAKVALEPEFQTVFNQNKGSLPVRQDMDMSKFDACTQKSAADFKEAAKGDGLQPSMAHNMATTLAVQGAIFDVVTNFLNDPQAEPATAVKQLNAAIKAAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High Resolution Structures of Periplasmic Glucose-binding Protein of Pseudomonas putida CSV86 Reveal Structural Basis of Its Substrate Specificity
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas putida csv86
molecule keywords Binding protein component of ABC sugar transporter
total genus 142
structure length 395
sequence length 396
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dviA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dviA02
3PGFA 3W9VA 1LCFA 2QPQA 3MPKA 4PQJA 2QS3A 4LVQA 3QSLA 4DIGA 1IXCA 1MQIA 1YTVA 1ZU0A 3CIJA 4ZEFA 1LB8A 1GTKA 1P1NA 3E3KA 1AIVA 4GD5A 3I5OA 1EH3A 4R72A 1NNPA 3FJMA 1VSOA 1NFTA 3USDA 4FEDA 2NVUB 2O69A 1LAGE 1ZJLA 3K02A 1LFGA 5CMBA 4GL8A 1MQHA 3Q29A 1B1HA 3C36A 5KDTB 2I4CA 4NE4A 1FQFA 1MY4A 4POXA 2ZNTA 4LUBA 3W15C 1R1NA 4IO6A 4FATA 4OERA 4IB2A 4C0RA 4R6YA 3Q25A 3TDJA 1WODA 2ZXTA 2KLFA 4H67A 3RY3A 1HSJA 1MXWA 2FA7A 2V3QA 1S9TA 4Q8RA 4ZE9A 4OXVA 3KN7A 1ZKBA 2F6GA 5DYHA 2Q8JA 1I69A 1SW2A 2DOJA 3FV2A 1B58A 1SW1A 2RINA 3F11A 2ZYNA 1B3GA 4F39A 4YKPA 3VVEA 4PP0A 3RNNA 4NWDA 5I2NA 1OVBA 3Q27A 3MVZA 4Q30B 3M8UA 1LBCA 4ESWA 4WXJA 1MPDA 1B32A 2DE4A 1S50A 3EQ1A 2Y7WA 2HZLA 5EYFA 4ZDMA 2RC7A 5A5XA 1H76A 4BDLA 4GVOA 4H5GA 2DE3A 2HQ0A 4I8CA 5L9OA 2RCAA 3R7XA 1B3HA 4IO5A 2GRVA 4EXLA 1MY1A 3DP6A 3LSXA 2ZYKA 1WDNA 4KI0E 1JETA 3FIRA 1B9JA 3N94A 3PU5A 4MLVA 1SQYA 4YMAA 1UTHB 1OIBA 3TELA 2R71A 1R9LA 4ONYA 4QFKA 3IB1A 3EHUA 1SVXB 4LONB 5JK4A 2PVUA 3IAZA 2AL4A 4JB7A 4F2OA 2AIXA 5HPQA 3UP9A 4PFUA 1LFHA 1B0LA 3MVXA 4HTGA 4JWXA 1N0TA 3EHTA 1MH4A 3GXAA 3TMGA 3FVNA 2PT1A 3MC2A 3HSTA 3WAFA 2ONRA 4OFJA 4HS7A 4F1UA 5H8HA 1F9BA 2RF1A 2XX9A 3O29A 3SEUA 2ONSA 1FQBA 3GZGA 4GL0A 4DXBA 4KFQA 2X7QA 3VXCA 3SEWA 1MPCA 3ECRA 1FTLA 2Q88A 3MZ9A 3Q28A 3K4UA 1YCJA 4YKIA 5ISUA 4NF6A 1TWYA 3PUZE 5CRYA 5CC2A 4ZEKA 4X9TA 3U1OA 2ZNSA 2DQVA 1TFDA 1AOVA 2ONKE 4EF1A 3IL1B 4GLIA 1MRPA 3T96B 5IKBA 2D3IA 1Y9UA 3U8QA 3IB2A 3KJTA 1B6HA 2Y84A 2HXWA 3UN6A 3PD8A 4DLDA 3IOTA 1FQAA 3KJ7A 4ZEDA 5EHMA 3D4GA 2XXHA 1Y20A 2QSXA 1SD3A 3JYRA 1QKBA 3VFJA 1EZPA 3ZKKA 3TUSA 4YAHX 3TYHA 3TFLA 4BDQA 3RPWA 5DEXB 2OLBA 3SEVA 2XXRA 4QFNA 2O7IA 3RQTA 1FW0A 2OJTA 3DLNA 4MLQA 3IO4A 5I2KA 2Y7RA 1Q35A 4G8NA 1PB7A 3T93B 1A54A 5ITPA 4U1ZA 5DVFA 3E13X 3G3JA 4NMYA 4FECA 2H98A 1DPEA 3C32A 2G29A 3H6TA 1MS7A 5I58A 3MJNA 4DCXA 1FTKA 4JXIA 1LGBC 5I57B 2GHBA 3QYTA 3CG3A 4KYEA 1IXIA 4MBPA 4GOTA 2DYXA 3FATA 1UTBA 2YJPA 5HM4B 3IX1A 3W9WA 4IO3A 2QL3A 1O64A 2NUVA 2I3WA 4XTCQ 1WVJA 1MG1A 1I6AA 2VHAA 3RUMA 1I6QA 4IGTA 3K1PA 1ZMGA 4RJZA 3KG2A 2HFBA 3B7DA 1MH3A 1IIWA 4R9FA 1FTMA 4PFYA 2I6EA 2Z8EA 3DM0A 4DE8A 2RKMA 4GQOA 4ELRA 1IEJA 5L9SA 4KHZE 3TTMA 3VLVA 3N6UA 3V89B 1P99A 5H8NA 4BDMA 3DELB 4EQ7A 2I0BA 3D4CA 4RPOA 3WAEA 3TTKA 1FTOA 4RYAA 5AA1A 1HSEA 3LBSA 4I1DA 3MPLA 1B3FA 1D9YA 2OZZA 4JWOA 3TODA 1P1QA 1NH7A 1QW0A 4ND9A 3SKPA 1TFAA 1XS5A 3S9MC 1US4A 4YMBA 2QMWA 2OWTA 4K3FA 5KCJA 4F1YA 2V3UA 3TCHA 1LCTA 2P1SA 2VD2A 4NF8A 1EU8A 5ELVA 1XC1A 2GFEA 3P7IA 3O9PA 3KGCA 5CMCA 3CI8A 2IEEA 3FGSA 2UYEA 4QFLA 4NF5B 4KCDA 4YB6A 4WEDA 2XXTA 4P11A 4DCYA 1Y3PA 3OXNA 4ELOA 3G7WA 1MQJA 2YPNA 3KSJA 1PC3A 3IO6A 3ZSFA 2QS1A 1P1UA 5CI5A 4OZ9A 1A7LA 4WEPA 5I59B 1MY3A 1SI1A 2UYFA 1IUDA 2V3TA 4R2BA 1URGA 4QRZA 3CVGA 1M5CA 2I3VA 3EN3A 2Y7IA 4QSEA 3TTLA 4LZ7A 4F3BA 4YB5A 2RCBA 4EF2A 2G93A 4BDOA 1DOTA 4ZZEA 1M5FA 5ICQA 3PMWA 1Y3NA 3IJXB 3QUJA 3CFLA 3BBRA 4F3SA 3PUWE 3DP4A 3FASA 2NXOA 5BWJA 3OD7A 1QJMA 4AQ4A 5AA4A 3TZAA 2A5TA 4BDNA 1TXFA 1GVCA 4RK9A 3PPRA 3IR1A 3K6WA 4OETA 4R74A 5LOMA 3H6WA 3QXMA 2RC8A 4HCWA 1N04A 3PPNA 1ZTYA 2F35A 3LUYA 5DVIA 3VV5A 1PEBA 1VE4A 1MXVA 1OQGA 3KN8A 4EDPA 1QUKA 3G3HA 2OWSA 1D4NA 3E4RA 2AYSA 4N07A 4U21A 1JVXA 4TLLB 2DS9A 5ITOA 4YU0A 1BTJA 1SI0A 3MVWA 1URSA 1Y4TA 3H6UA 5FHMA 1A40A 3N26A 4H5FA 1NH8A 1NKXA 5EHSA 5TP9B 4LQ5A 4N13A 2XXIA 3CR9A 3G3GA 3U92A 3MWBA 3A09A 5CMMA 3RLFE 4FJPA 2PMSA 2GHAA 2PYYA 1IITA 4PFWA 5FTHA 1GR2A 1Z7ME 1MPBA 2F7CA 4ZEIA 3VVFA 4OTEA 1QKAA 3PMVA 4ESXA 2H5YA 3K01A 1L5TA 4MH5A 4GIZA 1BP5A 4H8JA 4HCYA 2R9JA 3SEXA 1YPNA 5TPAB 2Q89A 3CFXA 3MAMA 5JTYA 1B7UA 2I58A 2Q9TA 4YICA 3T9UA 4G77A 3OSQA 4IY6A 1P1WA 2QMXA 1USYE 3TKDA 1JW4A 3OOAA 5AE4A 3O28A 3FD3A 4F29A 4U2RA 2Y7KA 4RPNA 5AA2D 2OK2A 5AA2B 3FVKA 4FAJA 1XVXA 4C1TA 3VDFA 3K00A 2THIA 1DPPA 3SEYA 3PPPA 3VVDA 1PBQA 4PFTA 5HBCA 1B7HA 3OELA 1IZ1A 4I62A 4E0XA 1Q1KA 3A3CA 3CRBA 2YLNA 3VXBA 3LSFB 2O7UA 5I56A 3T9XB 2X26A 2PBWA 2ABHA 1JW1A 4LATA 1B2HA 2O68A 3HHFA 1JNFA 5H8FB 4OENA 2H25A 3B6QA 3K6UA 5B7DA 4G68B 4KD5A 3V83A 1QUIA 5I84A 3K2DA 2H99A 3GBBA 3M3FA 4MF3A 2V25A 4FEBA 3TQLA 5CBSA 3SETA 3RTWB 4C1UA 2DWHA 1RYXA 2Q2CA 3HO7A 2O6AA 4QF9A 4H1XA 1US5A 5KDTA 4ELPA 1B40A 4FIMA 4GFRA 3ONMA 1B3LA 5ICTA 3UORA 1POY1 3O6HA 1D9VA 3IJOB 1B4ZA 3KZGA 5H8SA 1ANFA 3KSXA 2Z23A 1SYIA 3MZ1A 1MXYA 2HAVA 5DT6A 1EZOA 4F2QA 2D5WA 1SBPA 3O66A 3VLWA 1SW5A 3OMBA 1B5HA 2ESNA 4THIA 1H43A 3CSGA 3MBPA 4YZZA 3RTFB 2H9BA 1N7XA 4GRKA 4ZS9A 3GBAA 3ZS6A 2Q2AA 2PX1A 1A8FA 3PPOA 2Z8FA 1RYOA 2UVHA 3C35A 1DMBA 5AA3A 3E9XA 1QVSA 1XHYA 3G3KA 3U94A 2DVCA 3SESA 3UK4A 1UIVA 4H65A 2HCAA 4RY1A 3RN8A 1IXHA 1KWHA 3UA8A 2F8DA 3B6WA 4QSCA 1NNKA 4G8MA 5J1DA 3KFMA 4KPTA 1JW5A 1NNFA 3MUQA 3CFZA 1FTJA 4Z7EA 4YB7A 1A99A 1XVYA 2F6PA 2F7BA 4IO4A 4OMBA 2ZMBA 3QUFA 1OLAA 1PDAA 2UVIA 3EF7A 2I4BA 1YAEA 5I2NB 4LZ5A 1UIUA 1UTHA 4Z0IA 4JSOA 4AB6A 3EPEA 1M5BA 3I6VA 3M3KA 1B52A 1EZ9A 1Y3QA 5L8DA 3PPQA 1VFEA 2VP1A 4LQ2A 2FNCA 2E1SA 4TLMB 3TCFA 5A5XB 1MQGA 3FJGA 4ZECA 1JEVA 4Q0CA 2O1LA 1ATGA 1FCKA 3OO6A 5F1QA 4QFOA 1JEUA 1OMPA 2DWAA 3FXUA 3JZJA 4GXSB 2B3FA 4F3PA 3T9HB 5L9MA 4IY5A 4ZEBA 4ZE8A 3S2VA 3KBRA 3BFTA 4R9GA 4U22A 1LFIA 3MZBA 3UIFA 3T9VA 5K2YA 1J1NA 3PD9A 2XXUA 3GLBA 1ZLQA 2OBGA 3OENA 3S9LC 1AL3A 3QK6A 4R73A 2PT2A 3MW0A 2HZKA 4OWDA 1BKAA 3TQWA 3HCQA 4BLAA 1B1XA 4DDDA 3PUVE 2NOOA 2LAOA 2OCUA 2I49A 3OEMA 3PMXA 3OO8A 2W7YA 3RGYA 1CB6A 4IO2A 2VOZA 4ECFA 4F31B 3Q26A 1MM6A 5H8HB 3IORA 4XKQA 4EUOA 3LSWA 4FE8A 2DWJA 3MP1A 4H8IA 3C34A 2XXWA 1MXZA 3FJ7A 1LSTA 4DZ1A 2UVJA 3T22A 1URDA 4E0WA 1SDXA 4NF4B 2P2AA 4F19A 5DEXA 3THIA 4NF6B 5DTBA 2D21A 3FZVA 4G8HA 3H03A 2R6GE 5CMKA 2XXYA 4O3CA 1MDP1 2XD3A 4GF8A 3N6TA 1VR5A 4JSDA 3QAXA 4P0GA 4Q5TA 4O3AA 2DE2A 5FHOA 1XT8A 3HV1A 3MP6A 4R2FA 2XD2A 1R6ZA 2XXVA 3FUZA 2DWIA 4F18A 4F1VA 3SDFA 4JWYA 3LSLA 1N7WA 1NNTA 2QS4A 4ISUA 3KN3A 1H44A 1M5EA 5I57A 1QUJA 4F22A 5F7VA 5I2KB 4AB5A 4I9DA 1UQWA 3TTNA 4RNSA 4NTLA 2M8CA 5DVJA 1LB9A 4RK2A 4U23A 3TPAA 1MY0A 2O1MA 3C9HA 1Z7NE 2DSFA 3ILTB 3VE1B 5CBRA 3O6GA 1O7TA 4H6DA 1JQFA 4RXLA 1Y1MA 5FHNA 5JEIA 1CE2A 4OYVA 2XX8A 1R9QA 4BDRA 3A3UA 3OSRA 4F3GA 1SYHA 2O51A 1XOCA 5M2VA 5I58B 3K0VA 4WKMA 1DTZA 3R6UA 3MQ9A 3FV1A 2UXAA 4XKPA 1AMFA 2ZNUA 2V84A 4OEUA 2VGQA 1PB9A 1UTBB 3U72A 4XKNA 3SERA 2Y7PA 4G2ZA 2XXXA 4OESA 1N84A 1LAXA 4R6KA 4L17A 1LAHE 4N6PA 1N3XA 3RT8A 1HSLA 4NEDA 1I6BA 1A55A 2H4IA 4PE5B 2I0CA 2QRYA 4POWA 4DXUA 5BUUA 5H8QB 2DXYA 1FQEA 1M5DA 1AH5A 3CG1A 3V5AA 2DXRA 2RC9A 4P0IA 2HEUA 5H8NB 1MM7A 4PETA 4OFOA 5KZTA 4QHQA 1II5A 1BIYA 4NF5A 4OHNA 3UGWA 1B5JA 4ELQA 4EQ9A 3R26A 1IQ7A 2XXPA 4R6HA 2O84X 3PV0E 3OO7A 1B3EA 1LAFE 5FTIA 1B05A 1S7YA 3K1NA 2QS2A 1GGGA 1TT1A 3EHSA 1P1OA 3C4MA 5KCJB 5I59A 2XX7A 2BJJX 2ANJA 3H06B 2B65A 2Z22A 4NF8B 4O3BA 4OEVA 4NF4A 3FXRA 4FORA 2XHDA 2E0SA 3FVGA 3S4UA 3KEIA 4JBZA 2F78A 5TU0A 1MY2A 3H6VA 1B5IA 3K6VA 3V8XB 2F7AA 1Y4CA 1USYH 3C31A 4QSDA 4R75A 3T66A 4YKKA 2XXQA 1MXUA 2X7PA 1VFDA 5CM6A 3RT6B 4KQPA 3K1MA 3B6TA 3IOWA 4XIGQ 2A5SA 3VLUA 1B0HA 4LA9A 2F36A 3H3GA 1B4HA 2HAUA 3FVOA 3LR1A 3IOUA 3O97A 2F34A 1LLSA 1FQDA 4G68C 4X48A 1MQDA 1T0KA 1NL5A 3HN0A 1DSNA 3S9EA 2I48A 2CZLA 3LC8A 4LZ8A 5K2XA 4GWOA 1JVYA 4LP2B 3TTRA 2V93A 4YKJA 1MDQA 4RA1A 2REJA 4M1VA 3L6GA 5AA4B 3QIMA 2A5TB 1SW4A 4QFPA 4IGRA 5TP9A 2ZYOA 3AXFA 4HW8A 1OLCA 3IOVA 4MFIA 2P0SA 1A8EA 1IXGA 4GXAA 1ZBMA 1ELJA 5IAIA 3TEPA 1LBBA 3ODBA 4KCCA 2IA4A 1BLFA 1O63A 1MXXA 1Y1ZA 4X1DA 4UACA 4JDFA 3O2AA 2DVZA 3IK6B 4X1BA 3I3VA 3H4ZA 1OVTA 3TCGA 3CSBA 4DXCA 2REGA 4H0WA 2QJEA 3N5LA 3O6IA 5TPAA 2ZYMA 2ALUA 1RKMA 2UVGA 4G4PA 3S9NC 3G3IA 4NWCA 4U1OA 4EXKA 1B51A 4EQBA 1FQCA 4U4SA 1N3WA 5H8QA 2CMOA 3HPIA 1QULA 1PBPA 5AA2A 3L6HA 3TAJA 4XKRA 3JV9A 2GH9A 4IO7A 3PUXE 3BKIB 4KYDA 3IB0A 2F5XA 1ZIUA 1B7ZA 3DP8A 2VD3A 4OFLA 5B70A 3FXQA 5JTYB 2F97A 2FYIA 3MVYA 3PUYE 2WKYA 4U4XA 3KOSA 3H7MA 5H8FA 4OQOA 1GV8A 4ZZAA 1PB8A 1POTA 1B46A 1H3DA 1H45A 4TQUQ 2AL5A 3U93A 3OO9A 4G68A 3ZKLA 3C33A 2DP8A 2Z8DA 4TOZA 4XXUA 3G3FA 3KOTA 3K6XA 3MP8A 1DTGA 3ILUB 4OVJA 4M4GA 3HHGA 3BFUA 4UA8A 2B3BA 1NMUA 4KR5A 1OQHA 5I56B 3M3LA 2NWJA 4KYSA 1D3KA 3OEKA 1N76A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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