5DVJA

Crystal structure of galactose complexed periplasmic glucose binding protein (ppgbp) from p. putida csv86
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
NPGTVDVLHWWTSGGEAKAVETLKQQIQKDGFIWKDNAVAGGGGAAAMTVLKTRAISGNPPSAAQIKGPDIQEWGALGLLTELDDVAAANKWDDLLPRQVADIMKYDGHYVAVPVNIHRVNWLWINPQVFDKAGAKVPTTLDELFAAADKLKAAGFIPLAHGGQPWQDSTVFEDLVLSILGPKGYHAAFVDLDEKTLTGPQMTEAFATLKRLGTYMDPNRAGRDWNIAAAEVINGKAGMQIMGDWAKSEWSAAGKVAGKDYQCVAFPGTQGSFAYNIDSLAMFKLKDANDIKAQNDLAKVALEPEFQTVFNQNKGSLPVRQDMDMSKFDACTQKSAADFKEAAKGDGLQPSMAHNMATTLAVQGAIFDVVTNFLNDPQAEPATAVKQLNAAIKAAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High Resolution Structures of Periplasmic Glucose-binding Protein of Pseudomonas putida CSV86 Reveal Structural Basis of Its Substrate Specificity
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas putida csv86
molecule keywords Binding protein component of ABC sugar transporter
total genus 151
structure length 396
sequence length 396
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dvjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dvjA02
1FTMA 4O3BA 3OEKA 5L9SA 1OQGA 2ONSA 4LQ2A 3SESA 3DLNA 3IB0A 4H6DA 4WXJA 2F34A 4IO5A 3TTMA 3PGFA 1GGGA 1FTOA 1UIUA 3O6HA 3FJ7A 4RNSA 3IJOB 4QSCA 2I3VA 4R74A 4F29A 2OWSA 4EQ9A 4X1BA 2I4BA 3PPNA 5I2NA 4KYEA 1A8FA 3RY3A 4GF8A 5CMCA 4MH5A 2Y7RA 2DSFA 4EF1A 3UGWA 4EDPA 4IO7A 4DIGA 3OMBA 4XKNA 3V8XB 3SEWA 2NWJA 1FQAA 3MUQA 3C9HA 2V3QA 2QS1A 2PT1A 3HPIA 4FEDA 4POXA 1PEBA 4OQOA 3S2VA 3L6GA 1YCJA 5KCJB 3G3JA 5DEXA 4OHNA 3K02A 2HXWA 2X7PA 1PB7A 2V3UA 2NOOA 1OQHA 2FA7A 1IUDA 1LAXA 3DM0A 4ND9A 1D9VA 2I3WA 4IGRA 3KN8A 4BDNA 4H8IA 1LCTA 4F3GA 2G29A 1LFIA 3EHSA 3PPOA 4G68B 1QVSA 4G77A 2O6AA 1PB8A 1MM7A 5CRYA 2DOJA 3FV2A 4DDDA 2I58A 1M5BA 5KZTA 2E1SA 1H43A 4EQBA 5H8QA 1UTBA 4GXSB 1B9JA 3IX1A 1SW2A 1LFHA 3PUWE 3PMVA 2F5XA 2ONRA 2CZLA 1J1NA 2UVHA 3MVWA 3DP6A 1TT1A 4LZ7A 4RK9A 4G2ZA 2XX8A 1IIWA 3KSJA 5AA2A 4QFLA 1SW5A 2D21A 2XXUA 3TQLA 1I6AA 3RN8A 2H25A 2VD2A 4R9FA 5JTYA 4GVOA 4KPTA 2P0SA 4ELQA 4NE4A 4GFRA 5FHOA 1XS5A 1ANFA 2Q2AA 2OCUA 1TFAA 2Y7IA 2XXXA 2DVCA 3OOAA 2DQVA 3OXNA 2NVUB 4F3SA 5CC2A 4UACA 2PBWA 3B6QA 3FXRA 3SEYA 2E0SA 2REJA 2O84X 2ZNTA 4MLVA 1ZU0A 3JZJA 3IOTA 4FE8A 3W15C 2KLFA 2A5TA 3H7MA 3I3VA 3C34A 3EHTA 1B5JA 2ABHA 1A54A 1B1HA 2XXHA 4IB2A 4GL8A 3OO7A 2THIA 1PDAA 1A7LA 1Y20A 4RPNA 5AA4A 4DCYA 1P1NA 2H5YA 4KYSA 3K2DA 3FIRA 5H8FB 3UN6A 2OZZA 1B3EA 1VFEA 3MBPA 1R9QA 5FHNA 4H65A 5TU0A 1MH4A 4QF9A 2ZYOA 4H5GA 3MAMA 4BDMA 2YJPA 1LB8A 1Y1MA 2QS4A 1AH5A 4LP2B 2RC8A 1B32A 5H8SA 3Q25A 4XXUA 3Q26A 4IGTA 5I84A 3N26A 4HTGA 3LUYA 2ZXTA 5HPQA 2Y7KA 5L8DA 3IO6A 1MRPA 4KQPA 2V93A 3FVKA 1NNFA 4RA1A 1A8EA 1B0LA 1H44A 2DWHA 2ESNA 3A09A 1SDXA 3M3KA 2HAUA 2PT2A 1URGA 3TTNA 1MXWA 4F2QA 2HAVA 3ODBA 4R6YA 1TXFA 1URDA 3QK6A 4R9GA 4MFIA 3M8UA 3T96B 1OMPA 2O7UA 2P1SA 5DYHA 1CE2A 4YAHX 3VLVA 3S9EA 2F7BA 2Y7PA 4LUBA 4H67A 3PUYE 3HHFA 4OYVA 4ESWA 3CVGA 4DE8A 3MWBA 1BP5A 4C1UA 1P1UA 2UVIA 4JSDA 3QYTA 4O3CA 3RT8A 2F35A 4F39A 3U93A 1PBQA 1RYXA 1A40A 3ECRA 2XXIA 2ANJA 3B6TA 4C0RA 2QJEA 1NNKA 3GLBA 4OFLA 4KHZE 4ONYA 2Y7WA 2H4IA 1SD3A 4ZEBA 1JW5A 4M4GA 4KCDA 3HCQA 4EXLA 5EHMA 2HQ0A 4WEDA 5B70A 2XXPA 5TPAB 1N3XA 5FTHA 4UA8A 2QMXA 3FZVA 4ZE8A 1NNPA 3EF7A 3TELA 4BDOA 5CMBA 3IOUA 4THIA 4AB5A 4DCXA 3S9LC 2D3IA 2OWTA 2AIXA 4Q30B 3CG1A 2R71A 1QULA 1Y9UA 4ZEKA 5I56B 3RNNA 2VHAA 1MQHA 1M5DA 4QSEA 1Y1ZA 2W7YA 4NF4B 3C4MA 1N7WA 3OO6A 3MVXA 4PP0A 5I2KB 3ZSFA 5H8HB 4KR5A 4FORA 2DXRA 5KCJA 2O1MA 1S9TA 3R26A 3TODA 1JVXA 1QKBA 4YKKA 4POWA 1FTKA 2UYEA 2HFBA 4H1XA 1ZLQA 1MDP1 1MS7A 5JK4A 3TEPA 1B52A 4ZEIA 3GBBA 3TAJA 3QXMA 1MXUA 4NWCA 3IO4A 1OVBA 4OVJA 2HCAA 4G8HA 4ZEFA 5AA1A 3L6HA 1EZOA 3K4UA 4G68A 5CMKA 2BJJX 1N04A 3V5AA 3LSWA 3VV5A 1Q35A 4G8MA 4ZECA 4R75A 3U92A 4F22A 2F7AA 2GHAA 3HHGA 1Y4TA 3HO7A 1B58A 2D5WA 1B2HA 5I59B 2GH9A 4BDRA 1H45A 3HN0A 3U72A 3VFJA 1NL5A 1B7HA 3MQ9A 3Q28A 4FAJA 1YTVA 1B7UA 3TPAA 1N76A 4PETA 3CSGA 2Z23A 1LBCA 1RYOA 1IZ1A 3MP1A 3SEVA 4U1OA 3ZKKA 1XC1A 4GXAA 1ZMGA 3TYHA 4R72A 1N0TA 1II5A 4YMBA 3VVFA 1Z7ME 1UTHB 4PE5B 2VGQA 4LZ5A 3F11A 1US5A 4QSDA 3CFXA 1XT8A 2AYSA 2O7IA 3S9NC 4DXCA 3T22A 3IL1B 2PYYA 3QUFA 1MDQA 3PUVE 4NTLA 3OENA 4GIZA 5F7VA 4E0WA 1HSJA 1FQEA 4ZEDA 3PU5A 1GV8A 5DVIA 3H06B 3MP6A 4H0WA 3GXAA 1N84A 4U1ZA 4FJPA 1FCKA 1OLAA 1WVJA 3FVOA 3V83A 3WAFA 1XHYA 4GRKA 1EZ9A 1US4A 3TTLA 5H8FA 4IO6A 4GWOA 3N6UA 1I69A 2I49A 2DVZA 4U22A 2QRYA 1MPCA 3C32A 3FV1A 2GRVA 2XXQA 3W9VA 4OEVA 2RC9A 3BKIB 2PVUA 3UIFA 3CSBA 2UYFA 2X7QA 3K1NA 4TOZA 1MY2A 1NH7A 4DLDA 3U1OA 5JEIA 1QKAA 3IB2A 4JBZA 4OFOA 2YLNA 5DVJA 5TP9B 3A3CA 1YAEA 4PFUA 1R1NA 1KWHA 3AXFA 2OJTA 4F1YA 3PUXE 3RTFB 4G8NA 3VLUA 2Z8DA 1USYE 5CBRA 1FQDA 4ESXA 2NXOA 3PV0E 3S9MC 3VVDA 3H3GA 2F7CA 3DELB 1P1OA 3LSXA 5AA3A 2I0BA 5IAIA 1JETA 4N07A 1MQIA 1B7ZA 2XXYA 1ATGA 4RYAA 3IK6B 4O3AA 3RGYA 1ZKBA 2F36A 3IORA 4QFOA 4YB5A 2REGA 3Q27A 3PUZE 3B6WA 1JW4A 4OETA 2Y84A 3S4UA 1NKXA 5TPAA 5IKBA 4U23A 1D9YA 1AIVA 5CMMA 2O68A 3TCHA 3A3UA 4LATA 2O51A 3MP8A 1B5IA 1A99A 4DXUA 4TLLB 1D3KA 1EZPA 2XX7A 4EXKA 4IO2A 4R6KA 4X1DA 1MY3A 5H8NB 3IOVA 1LB9A 4L17A 2XXWA 1Y3PA 3R7XA 3FASA 3KGCA 1OLCA 3P7IA 2RC7A 4HS7A 2GHBA 5I56A 4NEDA 3TKDA 4HCYA 1B51A 3FXQA 4YB6A 4I62A 3GBAA 3K6XA 2QS3A 3BFUA 4RJZA 3UA8A 4F1VA 1IXHA 3T9VA 4F18A 4NF4A 3MPKA 2DP8A 5CM6A 5H8QB 2VD3A 3ILUB 4NF8B 1LFGA 5I2KA 4GOTA 5H8HA 1FQFA 3SERA 2A5SA 1ZBMA 4AQ4A 1ZJLA 4P0GA 1QUKA 1XOCA 4JWOA 5AE4A 4WKMA 1B40A 3FUZA 3TUSA 1JQFA 4OWDA 4I9DA 4X9TA 1VE4A 3I5OA 5I57B 3PD9A 5A5XB 3PMXA 5EHSA 4IY5A 1MXYA 3N94A 1B3GA 5DT6A 1S7YA 3KSXA 3T9UA 2PX1A 4OTEA 4FECA 1LLSA 1B3LA 4R6HA 1D4NA 3M3FA 3MW0A 1FQBA 1FQCA 5I59A 4XTCQ 4PQJA 1LAHE 4U4SA 3TZAA 3ZKLA 1B4ZA 1TWYA 3OEMA 2XX9A 3KJTA 4KFQA 1EH3A 2B65A 5KDTB 4Z0IA 3RLFE 3K6UA 1USYH 4ELRA 3QSLA 2ZYKA 2P2AA 4C1TA 4X48A 2NUVA 5K2XA 5I58B 1PB9A 1DMBA 4KD5A 2Q89A 3FATA 3FJMA 1UTHA 4QFNA 3V89B 1PC3A 3R6UA 5AA4B 4YKPA 4F31B 4GLIA 3QUJA 3VDFA 4LZ8A 1P99A 2Q88A 1XVYA 3MZ1A 4NMYA 1B5HA 3SDFA 2PMSA 3H4ZA 4BDQA 3K6VA 3B7DA 4ELOA 1GTKA 3VXCA 4F1UA 4KYDA 5ITPA 4M1VA 3CR9A 3KEIA 4XIGQ 4YMAA 4QRZA 3K0VA 4LVQA 3OSRA 4JB7A 3FXUA 3KN7A 3KBRA 3IB1A 3IOWA 2AL4A 4JDFA 2I4CA 2OBGA 5CBSA 3UK4A 4ZE9A 1R9LA 4K3FA 2FNCA 4KCCA 2DS9A 3WAEA 4ZS9A 3K1PA 2Z8EA 4GL0A 1F9BA 1WODA 3W9WA 4HW8A 3BFTA 3KFMA 4N6PA 5EYFA 1GVCA 2WKYA 2Q9TA 4WEPA 3D4CA 4HCWA 1OIBA 3PPQA 3TTKA 4OENA 4F3PA 1SVXB 4PFYA 3T93B 2RINA 2R9JA 3SKPA 4OXVA 3I6VA 3JV9A 2O69A 1LAFE 2ZMBA 4U21A 3C35A 4EF2A 2RCAA 5BWJA 4YB7A 4YICA 4TQUQ 4ECFA 1JNFA 2GFEA 2UVGA 4RPOA 5TP9A 2XD3A 1XVXA 1O63A 4ZZAA 2DWJA 1O7TA 1URSA 3IAZA 4OERA 1POY1 2IA4A 1QJMA 1UQWA 4QFKA 4XKRA 1SYIA 3TQWA 1B0HA 3N6TA 3O66A 2IEEA 2QPQA 3E9XA 4LA9A 1VFDA 3JYRA 4RK2A 4I1DA 4XKPA 1SI0A 3OSQA 2QS2A 3QIMA 2RCBA 4LONB 1N7XA 2H99A 1RKMA 4R2BA 2QL3A 3GZGA 1L5TA 3VLWA 3E3KA 1IITA 2F6GA 3MZBA 5ICTA 3G3GA 3T66A 2Z8FA 1LSTA 3PPRA 3RUMA 5HBCA 1IXCA 1DOTA 4GQOA 2ZNUA 4NF6B 3CIJA 1NNTA 4DXBA 3E4RA 2H98A 2XXTA 3G3HA 3USDA 3PPPA 2X26A 4Q0CA 5M2VA 4YKIA 1MY1A 5H8NA 4H5FA 5B7DA 3FVNA 4IO3A 3N5LA 2FYIA 1MQGA 4P11A 1LGBC 1M5EA 3O6IA 1ZIUA 1O64A 3MC2A 5ITOA 3Q29A 2B3FA 5LOMA 2OK2A 4NF8A 1SQYA 4RXLA 3CFLA 1N3WA 4NF5B 1BIYA 2ALUA 4OMBA 5K2YA 2V84A 5BUUA 3DP8A 1TFDA 4YZZA 1QUIA 3G3KA 3HV1A 3RPWA 3OD7A 3LR1A 4ZZEA 1P1WA 3OELA 2HZKA 1DPEA 1CB6A 3EPEA 5I57A 1MXXA 2VOZA 5A5XA 1B4HA 2UXAA 3SETA 1FTJA 1AOVA 3H03A 1ZTYA 2M8CA 2I6EA 5I2NB 1SBPA 1YPNA 2DWIA 3G3FA 1WDNA 3MVZA 1A55A 1Y3QA 1AMFA 4Z7EA 1PBPA 3O9PA 4OESA 2V3TA 1SW1A 1LAGE 3O2AA 2LAOA 1H3DA 4IO4A 1I6QA 2ONKE 3C36A 1JEVA 4ZDMA 3BBRA 4BDLA 5KDTA 4EUOA 2B3BA 3THIA 1IXGA 2DXYA 1BKAA 3RT6B 4FIMA 4OEUA 5DEXB 3U94A 5I58A 1GR2A 3KOSA 3K1MA 4P0IA 1FW0A 1Z7NE 3CI8A 4RY1A 4BLAA 1MH3A 2I48A 4I8CA 3M3LA 1SW4A 1QW0A 3ZS6A 3ONMA 2VP1A 4QFPA 3G7WA 3FVGA 1MPDA 3H6VA 3IR1A 4MBPA 4PFTA 3K6WA 3KG2A 3G3IA 3KJ7A 5FHMA 1MQDA 1MM6A 2HZLA 2O1LA 2YPNA 2RKMA 3CRBA 5AA2D 1IEJA 3PD8A 4YU0A 3O6GA 2XD2A 2F6PA 1UTBB 3CG3A 2G93A 3VVEA 1B1XA 2DYXA 1NMUA 3OO9A 3ILTB 3EHUA 3UORA 3C33A 4H8JA 3O97A 2QMWA 5CI5A 4JXIA 2F97A 4Q8RA 3CFZA 4YKJA 4U4XA 3T9XB 1VSOA 5AA2B 4FATA 1MXVA 5ELVA 4G4PA 3RTWB 4F3BA 2QSXA 3KZGA 2Q2CA 5L9MA 1LCFA 1DTGA 5F1QA 4ELPA 5JTYB 2ZYMA 2DE4A 1POTA 4F19A 3MPLA 1DSNA 3DP4A 5ICQA 3C31A 1B46A 3QAXA 4MF3A 2XXRA 3H6TA 3RQTA 3SEXA 1S50A 3K01A 4FEBA 2H9BA 5J1DA 1T0KA 4G68C 1MY4A 3FGSA 4AB6A 2ZNSA 1EU8A 2DE2A 1M5CA 2A5TB 3LBSA 1IXIA 4KI0E 1P1QA 1VR5A 5DVFA 2HEUA 1HSLA 2XHDA 2Z22A 3EN3A 3T9HB 5ISUA 1AL3A 4NWDA 3HSTA 4OFJA 4DZ1A 3EQ1A 2XXVA 3TFLA 1Q1KA 1NFTA 1JEUA 4U2RA 3LC8A 4Q5TA 1IQ7A 4QHQA 1JW1A 5DTBA 1B3FA 1B6HA 1B3HA 1HSEA 2DE3A 4MLQA 3H6WA 3LSLA 4TLMB 2RF1A 1MG1A 4N13A 4JWXA 2UVJA 3MJNA 1M5FA 3E13X 3OO8A 2AL5A 3U8QA 3PMWA 3MZ9A 1DTZA 5FTIA 1MQJA 3K00A 3FJGA 1SI1A 4R2FA 5HM4B 1Y4CA 4R73A 1ELJA 1JVYA 5L9OA 1B05A 3TDJA 2I0CA 3UP9A 3TTRA 4LQ5A 1H76A 4OZ9A 1NH8A 3O29A 2CMOA 3H6UA 2OLBA 3TCFA 4IY6A 3KN3A 4GD5A 3VE1B 3KOTA 1Y3NA 4EQ7A 2F8DA 4XKQA 1QUJA 2DWAA 2Q8JA 4NF6A 4E0XA 1FTLA 4JWYA 3LSFB 1BLFA 3D4GA 3FD3A 3VXBA 1MPBA 1BTJA 1MXZA 1UIVA 2F78A 3SEUA 3TCGA 1DPPA 4PFWA 1OVTA 3O28A 2V25A 2ZYNA 2R6GE 3TMGA 3IJXB 1R6ZA 4JSOA 4F2OA 4ISUA 1SYHA 3MVYA 4NF5A 1LBBA 1I6BA 1MY0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XWOA 1FTMA 4O3BA 3OEKA 5L9SA 1OQGA 2ONSA 4LQ2A 3SESA 3DLNA 3IB0A 4X04A 4H6DA 5ET6A 4WXJA 2F34A 4IO5A 3TTMA 3PGFA 3SZPA 1GGGA 5EQ9A 1FTOA 1KA0A 1UIUA 3O6HA 4AS5A 3FJ7A 4RNSA 3IJOB 5ET7A 4QSCA 2I3VA 4R74A 4F29A 2OWSA 4EQ9A 4X1BA 2CEYA 2I4BA 3PPNA 5I2NA 5IZZA 4KYEA 1A8FA 3RY3A 4GF8A 4HXVA 2B4MA 5CMCA 4MH5A 2Y7RA 2DSFA 4EF1A 3UGWA 4EDPA 4IO7A 4DIGA 3OMBA 4XKNA 3V8XB 3SEWA 4XEQA 2NWJA 1FSAA 1LBVA 1FQAA 3MUQA 3C9HA 2V3QA 2QS1A 2PT1A 3HPIA 2Y5KA 2V4CA 4FEDA 4POXA 4OANA 1PEBA 4N91A 4OQOA 3S2VA 4OVTA 3L6GA 1YCJA 3B50A 4P9KA 3G3JA 5KCJB 5DEXA 4OHNA 3K02A 2HXWA 2X7PA 1PB7A 2V3UA 2NOOA 1OQHA 2FA7A 1IUDA 1LAXA 3DM0A 4AS4A 4ND9A 1D9VA 2I3WA 4IGRA 3KN8A 4BDNA 4H8IA 1LCTA 4F3GA 2G29A 1IMBA 1LFIA 3EHSA 3PPOA 4G68B 1QVSA 4G77A 2O6AA 1PB8A 1MM7A 5CRYA 4PAFA 2DOJA 3FV2A 4DDDA 5IZ1A 2I58A 1M5BA 5KZTA 2E1SA 1H43A 4EQBA 5H8QA 3U65A 1UTBA 4GXSB 4MNCA 3QMFA 1B9JA 3IX1A 1SW2A 2WBDA 1LFHA 4H45A 3PUWE 1K9ZA 3KC1A 3PMVA 2F5XA 2ONRA 2CZLA 1J1NA 2UVHA 3MVWA 3DP6A 1TT1A 4LZ7A 4RK9A 4G2ZA 2XX8A 1IIWA 3KSJA 5AA2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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