5HBCA

Intermediate structure of iron-saturated c-lobe of bovine lactoferrin at 2.79 angstrom resolution indicates the softening of iron coordination
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
Knots found
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Structure of iron saturated C-lobe of bovine lactoferrin at pH 6.8 indicates a weakening of iron coordination
pubmed doi rcsb
total genus 112
structure length 348
sequence length 348
chains with identical sequence B
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2015-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5hbcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5hbcA02
3CFXA 2DE4A 4BDMA 4WKMA 5A5XA 1XVYA 4GXSB 4NWCA 3LBSA 3G3JA 4OWDA 4RYAA 2YJPA 4DXUA 1YPNA 4F3PA 2RF1A 5I57B 2THIA 1ZLQA 2W7YA 4HTGA 2DWJA 5CBRA 3FD3A 2OJTA 5H8NA 1P1OA 2M8CA 1Y1ZA 5F1QA 1VFEA 1BLFA 2I4CA 2ESNA 3TTKA 3A3UA 2I58A 3O29A 1FW0A 5JTYB 2E0SA 4P11A 2OWSA 2XXXA 5AA2D 1FTLA 1M5DA 3RNNA 2RCAA 3TUSA 4KCCA 4GWOA 3G3IA 4R9FA 1A55A 1MXZA 1JVXA 1B51A 2XXIA 1Y3QA 1SW2A 1B3EA 1DTGA 1Q35A 2H98A 3H7MA 4KR5A 1R6ZA 3EPEA 1HSEA 3PD8A 4RPOA 1MG1A 3EF7A 3D4GA 4H5FA 2DP8A 1MPCA 5AA3A 3U93A 1P1QA 4O3BA 1PC3A 2O1LA 1A8EA 2IA4A 4ZE8A 3OSRA 1JEVA 4M4GA 5TPAB 4DE8A 2DQVA 3M3FA 2NOOA 4NF6B 3SEUA 2O51A 4PFTA 4EF2A 4AB6A 4OYVA 3H6UA 1B3GA 3O2AA 4H0WA 4DIGA 3IX1A 1VFDA 3MQ9A 3KFMA 4Q0CA 1LSTA 4TLLB 5EHSA 1GTKA 2UVIA 1IUDA 3F11A 3I5OA 2V3QA 1ZKBA 2HXWA 1N3WA 2PYYA 4ZECA 3MP8A 1LFHA 5CMCA 3S9LC 3C9HA 3O66A 1URSA 2O69A 3K6WA 1XS5A 3FXUA 3HPIA 4YKPA 3M8UA 2D21A 1TFDA 4Q5TA 5AA1A 4R2FA 3LSLA 3N6UA 1B4ZA 3DM0A 2WKYA 3ZSFA 1UTBB 2DE2A 5ISUA 1D9YA 2V25A 1MQJA 1UIUA 4RA1A 2I3WA 5KZTA 4FEDA 3K6VA 2PT1A 3FV1A 4EQ9A 2F7BA 4NEDA 3FJMA 2NWJA 3H03A 3SEWA 1MH4A 1BP5A 3KSXA 3ILTB 4H67A 4GFRA 4OFLA 1S7YA 3S4UA 3L6HA 2DS9A 1MY1A 3AXFA 5CBSA 1F9BA 3QUJA 1PDAA 4KYSA 1B7UA 3TQWA 4QFPA 4XTCQ 3EN3A 4F2QA 5DYHA 3DP6A 3FJGA 1URDA 3MJNA 2Y7IA 5TP9A 4WXJA 5AA2B 3MVWA 3LSWA 4G77A 3MP6A 4XKNA 1FQFA 5H8QA 1USYH 4THIA 3K4UA 3E3KA 3FVGA 1WVJA 1P1NA 1AMFA 3VXBA 5DVFA 4WEDA 1H45A 4UACA 4KFQA 4R2BA 4IO5A 3MPKA 1MXUA 3Q26A 3VDFA 1US5A 3EQ1A 3SDFA 4FECA 5AE4A 4H65A 4OEUA 2Z23A 4ELOA 2Y7KA 4JWOA 3A3CA 3TPAA 2UYEA 3B6TA 3UN6A 3QIMA 5I59A 4YKIA 4YZZA 1D3KA 1B5JA 1ELJA 4F19A 3PPRA 3PUXE 2VGQA 1B52A 1KWHA 1LBBA 2QS3A 4FORA 4PE5B 4GL8A 3G7WA 2I3VA 1S50A 2QL3A 3V8XB 3UK4A 1MPBA 4U1ZA 3RTFB 3UGWA 2ZNUA 1MDQA 4MLVA 4R9GA 2DWHA 3K6XA 2DWAA 4MBPA 3BBRA 3TKDA 1SW5A 4ZZAA 1EU8A 3PU5A 4ZEDA 3PGFA 3IB1A 3RGYA 3TCGA 4G68A 3TEPA 4U22A 1AOVA 1Y20A 3KZGA 1A40A 2F5XA 2Q89A 3H6TA 4G8MA 2I48A 4F31B 2Q2AA 3VVDA 3ODBA 3IO4A 3R26A 3S9MC 1R1NA 3PUZE 2XXTA 4G68C 5KCJB 2V3UA 4X48A 3HN0A 1MQDA 5ELVA 3CIJA 3EHSA 2OZZA 4EQ7A 2Q2CA 3K1MA 1I6QA 4XIGQ 1SYIA 4OHNA 5HPQA 2VD3A 4OMBA 4GXAA 1RKMA 1IEJA 1ZU0A 4QSDA 1H76A 2REJA 2QRYA 2HZKA 4R75A 4NF8A 3C33A 2ZYKA 4FJPA 3RN8A 1ANFA 5H8HA 2RCBA 4F1VA 4MF3A 3VLVA 2PX1A 1IQ7A 3K6UA 3TZAA 1XT8A 4I8CA 4OVJA 4KD5A 2O84X 2RC8A 3V89B 3Q29A 4I62A 3TMGA 4JB7A 2FNCA 4U21A 4GLIA 3R6UA 1MY0A 3CFZA 2O6AA 4H5GA 1FQAA 4R72A 3TYHA 3IJXB 5I2KB 4YU0A 1VE4A 1JW1A 1DTZA 3H3GA 1PEBA 1DSNA 4DLDA 4LQ2A 1LAGE 1SW1A 3K02A 1LAFE 2I0BA 4JSOA 1B3FA 4IO3A 4RPNA 1Y3NA 2RC9A 1US4A 3MVXA 2G93A 3THIA 4L17A 1ZTYA 4R74A 2UVJA 3SETA 2DOJA 2D3IA 2RKMA 1OVTA 4KCDA 2AYSA 3S9EA 3TCFA 1MM6A 3QAXA 1JVYA 2E1SA 2AL5A 2I4BA 3JYRA 3N5LA 5HBCA 3IO6A 1EH3A 1FQBA 1XHYA 5FTIA 1VR5A 3IOTA 4YICA 2ONSA 4ECFA 1B0HA 3K1PA 3N94A 2ZNSA 4GD5A 1TWYA 2OCUA 3OOAA 2CZLA 1IZ1A 5I56A 4PFWA 3C35A 3HHGA 2HFBA 3RPWA 1P99A 4KYEA 4JDFA 4YB6A 3OELA 3GXAA 3Q27A 3UIFA 5FHMA 1XVXA 4ZEKA 3VVFA 4R6HA 3TTNA 5AA4A 4PP0A 1ATGA 5K2YA 3TTRA 4OZ9A 4POWA 2A5TA 4DDDA 4F22A 1O63A 3FVOA 3PPPA 3TCHA 1A54A 4ESWA 4BDRA 4TOZA 4UA8A 4C1TA 4G8HA 1MXVA 4ISUA 4LA9A 3IOUA 3O28A 5DEXA 4NF5B 2Z22A 2DXYA 2F7AA 5K2XA 4QFNA 1DPEA 3I6VA 4FATA 2PBWA 4RK9A 4XXUA 4NTLA 3JZJA 4I9DA 2XXHA 3PPNA 4YMBA 2F6GA 1URGA 1UTHB 4ONYA 4BLAA 4ND9A 3MUQA 4YAHX 3KJ7A 3IOWA 3IR1A 2ABHA 3QYTA 4ZS9A 1B58A 3UA8A 1FQDA 1TT1A 4MH5A 1MY4A 1OLCA 5A5XB 1NKXA 3IJOB 2IEEA 5ITOA 1UQWA 1DOTA 1I6BA 4XKQA 2DSFA 3C4MA 4G2ZA 2DE3A 3CFLA 2ALUA 2O7IA 1N3XA 1MY3A 3OO9A 5H8NB 1B7HA 5CMBA 3G3HA 1B9JA 5BWJA 1Z7ME 2X7PA 2V3TA 5H8FA 1ZJLA 3BKIB 4F3BA 1NL5A 3RY3A 3DP4A 3S2VA 2XXVA 4C0RA 4JBZA 1FTMA 3GZGA 2P2AA 5EYFA 3VE1B 5L9SA 4LVQA 4F3SA 1B3HA 1IXHA 3SESA 3M3KA 2PT2A 2XX7A 2H99A 4Q30B 3I3VA 4U4XA 4JWXA 1Y9UA 2O68A 4IO7A 1R9QA 5ICTA 3TFLA 3W9VA 1POY1 2OBGA 2ZYNA 1RYOA 3H4ZA 2OLBA 1B7ZA 1Y4TA 4IGRA 5FHOA 3R7XA 2FYIA 2R71A 3PPOA 1IIWA 4QF9A 1SW4A 3MC2A 3BFUA 1XOCA 2QJEA 3RLFE 1MXWA 1N76A 3KSJA 5LOMA 1HSJA 3T9XB 4BDNA 4BDQA 5I2NB 5ICQA 3IK6B 3EHUA 1ZIUA 4OEVA 1P1WA 1II5A 1D4NA 4IO6A 1AIVA 4EF1A 3FUZA 2HEUA 4LUBA 1LGBC 4JXIA 1I69A 3PPQA 3H6WA 2RINA 2QS1A 4ZDMA 3C34A 4X1BA 2ZMBA 2UXAA 2UYFA 1B6HA 2GH9A 2YLNA 1N7XA 3SEVA 4XKPA 5I84A 1OQHA 1FTOA 3OD7A 3SERA 2QS4A 2H4IA 4NF4A 3FXRA 2KLFA 4IY5A 5I58B 2HAUA 5KDTA 2Q9TA 3O6GA 4RY1A 4BDLA 3HSTA 5BUUA 3OO6A 4NWDA 1OIBA 3U72A 3FIRA 4QHQA 2ONRA 4AB5A 4F18A 1B3LA 1NMUA 4PETA 1NFTA 2XXRA 3QK6A 2Y7RA 3DELB 1EZ9A 1B05A 2QS2A 3MVZA 2XXPA 3ILUB 1OLAA 3KN8A 3L6GA 3QXMA 4U1OA 1LLSA 1FCKA 1GVCA 3ZS6A 3W15C 3SKPA 2NUVA 4FAJA 3MAMA 3FASA 5L9OA 3DLNA 4F2OA 5I57A 2F6PA 3KBRA 3KJTA 1B40A 4FEBA 2LAOA 1B5IA 2F35A 5TP9B 2Z8DA 2P0SA 3CR9A 3MZ1A 1NH7A 1EZPA 1HSLA 4GF8A 3UP9A 1QUKA 3TODA 2Y84A 2R9JA 3MP1A 5JTYA 4QFOA 5HM4B 2ZYMA 5CMMA 1NNPA 4ELPA 4YB5A 4GL0A 2XXQA 3RQTA 3VXCA 1B4HA 3GBBA 2D5WA 1N04A 1SBPA 3O97A 2B3BA 1MQGA 3SEYA 1TXFA 4ZE9A 3FATA 3KN3A 1PBQA 4LP2B 2HAVA 1JQFA 3D4CA 4TQUQ 3KG2A 5I59B 2Z8EA 5TU0A 1YTVA 5DVJA 4OFOA 2XXUA 3OSQA 3T9VA 3PUWE 1Y1MA 1SI1A 5TPAA 1M5FA 4IB2A 3HV1A 3V83A 4NF6A 3KOSA 3G3KA 1A7LA 3OXNA 4ZEBA 3CG3A 3U94A 2QPQA 4OXVA 3PD9A 5F7VA 1B1XA 4QSCA 2QMWA 3USDA 1AH5A 3K2DA 1GR2A 1OMPA 1L5TA 3CSGA 1M5CA 4G68B 2ZYOA 4QFKA 4U2RA 3MW0A 1MRPA 3CSBA 2F8DA 2H9BA 2XXWA 4EDPA 3OEKA 3VLWA 1N7WA 2XX8A 5B7DA 4RK2A 4LATA 1CE2A 4NMYA 2I6EA 1Y3PA 4DCYA 1LCTA 3PV0E 3H6VA 3VVEA 1MXYA 2XXYA 3KOTA 2XHDA 4LONB 1JW4A 3K0VA 5CMKA 1QUIA 3FVNA 4N07A 3C31A 2V93A 1IXIA 2GFEA 3IOVA 1B0LA 3U92A 2G29A 2GHBA 4DXBA 3KEIA 1UTBA 3IAZA 3C32A 4OFJA 1IXGA 2UVHA 4PFYA 4F1UA 2H25A 2HCAA 3K01A 3C36A 4AQ4A 1YAEA 3QSLA 3CI8A 1A8FA 4NF8B 3SEXA 1PB9A 1LB8A 1S9TA 2X7QA 5H8HB 4YMAA 1POTA 1CB6A 2VHAA 3K1NA 2OK2A 4C1UA 4JWYA 4LQ5A 4U23A 3BFTA 3RT8A 3WAFA 2O1MA 4P0GA 1NNFA 2QMXA 5EHMA 4IO4A 1GV8A 3K00A 4H8IA 3ZKLA 2XD3A 5H8SA 3ECRA 3IB2A 4F29A 3EHTA 2X26A 5AA2A 1LAHE 1MQIA 3LUYA 1M5BA 3QUFA 3GBAA 1OQGA 3B6WA 1IXCA 2Z8FA 1VSOA 3TTMA 5JEIA 4QRZA 1JNFA 4F1YA 1MDP1 3FVKA 1MH3A 1P1UA 1JW5A 4XKRA 3RT6B 1AL3A 1Q1KA 3OO7A 1MM7A 1JETA 2REGA 5I2NA 3ZKKA 1R9LA 1DMBA 4GRKA 1NNKA 3E4RA 3WAEA 4KQPA 1O64A 3FV2A 1MXXA 4Z0IA 1A99A 4ELQA 1RYXA 4BDOA 1H3DA 1WODA 1QJMA 2I0CA 1B5HA 1QKBA 4K3FA 5CI5A 3TQLA 3ONMA 4X1DA 3KGCA 4IO2A 2DXRA 4R6YA 3HHFA 3KN7A 3MBPA 1H44A 5I58A 1BTJA 2PVUA 4H8JA 4IY6A 4I1DA 5CRYA 1MPDA 4PQJA 3S9NC 2V84A 2XD2A 5I56B 5IAIA 3RUMA 2DYXA 5DT6A 2O7UA 3RTWB 5CM6A 1N0TA 2RC7A 3VFJA 4F39A 3UORA 1MS7A 4E0XA 3MZBA 1LAXA 2R6GE 5FTHA 4NE4A 4R6KA 1PB7A 5IKBA 1I6AA 5AA4B 4E0WA 4RJZA 1B1HA 3G3GA 3FZVA 1YCJA 1LCFA 2ZXTA 3IB0A 2FA7A 4ELRA 4X9TA 2F36A 3OENA 1T0KA 5KCJA 2A5TB 4IGTA 4OQOA 4QFLA 4WEPA 3LSFB 1FQCA 5M2VA 2B65A 1SVXB 3PMWA 4KYDA 4OESA 1DPPA 4G8NA 2H5YA 5DEXB 4R73A 1QVSA 2DVZA 1PB8A 4EUOA 1SD3A 4POXA 1WDNA 3N6TA 4LZ5A 4LZ8A 2PMSA 1FTJA 2NXOA 4OERA 3TDJA 3IORA 4GOTA 3DP8A 1LBCA 2GHAA 4ZEIA 3HO7A 2AL4A 4EXKA 1LFIA 2Q88A 3LSXA 4ESXA 1O7TA 2OWTA 3O6IA 1Y4CA 1PBPA 1LFGA 4O3CA 3IL1B 4U4SA 3T66A 3B7DA 1QW0A 5JK4A 1EZOA 4YB7A 4GVOA 1OVBA 3TAJA 4OETA 1MQHA 4KHZE 3G3FA 3T22A 3HCQA 1LB9A 3MWBA 1TFAA 2I49A 2QSXA 3U8QA 1FQEA 4F3GA 5I2KA 5J1DA 1SYHA 5DVIA 4H6DA 1QULA 3W9WA 3MVYA 3PMVA 3V5AA 3FGSA 2NVUB 1SQYA 3M3LA 5H8FB 3LR1A 1ZMGA 2ZNTA 5ITPA 2F34A 3OEMA 3Q28A 4M1VA 1SI0A 4ZEFA 3T9UA 1IITA 1B32A 1N84A 3CG1A 1USYE 3P7IA 4QSEA 4KPTA 3B6QA 4EXLA 4N6PA 4MFIA 1J1NA 4RXLA 3PMXA 2AIXA 5CC2A 2Q8JA 4FE8A 4RNSA 1XC1A 1GGGA 3VV5A 1D9VA 2HZLA 3TELA 4LZ7A 3E9XA 4GIZA 5H8QB 4DXCA 4OENA 3N26A 2XX9A 2CMOA 1BKAA 4YKKA 1B46A 3T9HB 4HCWA 1H43A 4JSDA 4HW8A 4Z7EA 5L8DA 3MPLA 2ANJA 1M5EA 4GQOA 4P0IA 4PFUA 2DWIA 1SDXA 4H1XA 2VP1A 4FIMA 3CVGA 1QKAA 2Y7PA 3GLBA 4O3AA 5DTBA 1JEUA 2F97A 3TTLA 3O9PA 3LC8A 2UVGA 3FXQA 1MY2A 4HS7A 1NH8A 4MLQA 1ZBMA 1QUJA 3U1OA 2F78A 3JV9A 4G4PA 4KI0E 3O6HA 3FJ7A 3PUYE 4Q8RA 4NF4B 3T96B 1FTKA 4TLMB 4ZZEA 2A5SA 3E13X 4NF5A 4DZ1A 2GRVA 3Q25A 4N13A 3T93B 4EQBA 5KDTB 2VD2A 2Y7WA 3MZ9A 2ONKE 1UIVA 2F7CA 3A09A 2B3FA 5FHNA 2BJJX 3OMBA 2DVCA 2HQ0A 1NNTA 2P1SA 3H06B 1B2HA 3CRBA 4OTEA 1Z7NE 3VLUA 5B70A 4HCYA 1UTHA 2VOZA 3OO8A 4DCXA 5L9MA 1BIYA 2YPNA 4YKJA 3PUVE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CFXA 2DE4A 4BDMA 4WKMA 5A5XA 1XVYA 4GXSB 4NWCA 3LBSA 3G3JA 4OWDA 4RYAA 2YJPA 2CEYA 4DXUA 1YPNA 4F3PA 2RF1A 5I57B 4GWUA 2THIA 1ZLQA 2W7YA 4HTGA 2DWJA 5CBRA 3FD3A 2OJTA 5H8NA 4X8RA 1P1OA 2M8CA 1Y1ZA 5F1QA 1VFEA 1BLFA 2I4CA 2ESNA 3TTKA 3A3UA 2I58A 1G0IA 3O29A 1FW0A 5JTYB 2E0SA 1RDXA 4P11A 4QXDA 2OWSA 4I3EA 2XXXA 5AA2D 1FTLA 5IZ3A 1M5DA 3RNNA 1FPIA 2RCAA 3TUSA 4KCCA 4GX4A 4GWOA 4UABA 3G3IA 4R9FA 1A55A 1MXZA 1JVXA 1B51A 2XXIA 1Y3QA 1SW2A 2XXKA 1B3EA 1DTGA 2QFLA 4PF8A 1Q35A 4OVPA 2H98A 3H7MA 4KR5A 1R6ZA 3EPEA 4PBHA 1HSEA 3PD8A 4RPOA 1NV0A 5IZ1A 1MG1A 3EF7A 4XF5A 3D4GA 4H5FA 2DP8A 1MPCA 5AA3A 3U93A 1P1QA 4PTKA 4O3BA 1PC3A 1LBWA 2O1LA 1A8EA 1KA0A 2XWKA 2IA4A 4ZE8A 4GWZA 3OSRA 1JEVA 4M4GA 1FRPA 5TPAB 4N4UA 4DE8A 2DQVA 3M3FA 2NOOA 4NF6B 3SEUA 2O51A 4PFTA 4EF2A 4AB6A 4OYVA 4AS4A 3H6UA 3MYUA 1B3GA 3O2AA 4H0WA 4DIGA 3IX1A 1VFDA 4N6DA 3MQ9A 3KFMA 5IGAA 4Q0CA 1LSTA 3ISPA 4TLLB 5EHSA 1GTKA 2UVIA 1IUDA 3F11A 3I5OA 2V3QA 1ZKBA 2HXWA 1N3WA 2PYYA 4ZECA 1XI6A 3MP8A 1LFHA 2FVZA 5CMCA 3S9LC 3C9HA 3O66A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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