5ITOA

Structure of the periplasmic binding protein m117n-noct from a. tumefaciens in complex with octopine
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
DYKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPNTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Fitness costs restrict niche expansion by generalist niche-constructing pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
total genus 86
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5itoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5itoA02
2GHBA 3RGYA 4FECA 1R9LA 4X1BA 3RQTA 2UYEA 2D21A 4FORA 2I4BA 3EHUA 4R2BA 4GIZA 2RC8A 1NNPA 4TQUQ 4WXJA 4XXUA 1P1UA 3T66A 1UQWA 3KOTA 1PB7A 3LSLA 1FTOA 3GLBA 1R1NA 4OTEA 5DVIA 1IQ7A 4ESWA 4F39A 1URSA 5CMBA 2V3TA 3CFZA 1B2HA 1O7TA 5H8FB 3U1OA 3V89B 4MLQA 5H8QB 4Z7EA 2B3FA 4XKQA 2KLFA 3T93B 1JEUA 2H4IA 4ZEBA 1MXVA 2V3QA 1SW5A 1PB8A 2P0SA 4RK2A 3UGWA 5ICTA 3DP8A 5KCJA 2RC9A 2O1LA 3RN8A 1Y3NA 1B40A 2Z22A 1POY1 4JWOA 2R71A 4OEVA 3RTFB 2F7BA 2YJPA 3PD8A 4GD5A 2ZNSA 2XXTA 2AYSA 1BIYA 1NMUA 3MVXA 3PUWE 2NVUB 4YMAA 2I48A 4AB6A 2V3UA 4P0IA 1TXFA 4DZ1A 4NF6B 4FJPA 1URDA 3CVGA 5I58A 3U92A 3CG3A 3U93A 2ZNUA 2VD2A 2XXQA 3MVYA 1D4NA 3FV1A 2DVCA 4O3CA 3C31A 2ZYNA 3MW0A 4NWCA 3VLUA 1ZTYA 3FZVA 2DE3A 2A5TB 1MS7A 2THIA 3VLVA 3H6VA 1ZU0A 1LAHE 5F1QA 4YB6A 1M5DA 4NF5B 5JK4A 4IO5A 1TT1A 2HEUA 5TU0A 4G2ZA 4GXAA 3PGFA 1Y4TA 5H8FA 2ANJA 1OQHA 2FNCA 5H8QA 4EQ7A 3Q27A 3PMVA 5TP9B 4EXKA 1EH3A 1H76A 4FAJA 2Q89A 1SBPA 2I3VA 2O6AA 4GL8A 3H03A 5LOMA 1B05A 1FTJA 2QL3A 2DQVA 4KYEA 3LC8A 5DVJA 3IJXB 4RY1A 4ELQA 2ZMBA 1QKBA 4F22A 1B5IA 1MY3A 1DPPA 2XXPA 1OLAA 1NNTA 3G3GA 3FUZA 4GF8A 4HCYA 3S2VA 2DE2A 2D5WA 2B65A 3SDFA 1SW2A 2DXYA 4U1ZA 4LUBA 4RA1A 3MP8A 5HPQA 5FHOA 4H6DA 4QSCA 3RPWA 1LAFE 3FD3A 1LGBC 3ZKLA 3I6VA 4R74A 1B4ZA 4OFLA 2ZYKA 5TPAA 2RF1A 4QFLA 3S9EA 2Y7WA 1URGA 2HXWA 3H6TA 4ELPA 2UVGA 4ZE8A 2E1SA 3OO7A 2QPQA 3T9VA 3SEUA 4P11A 3U8QA 3TFLA 2H5YA 4F1UA 3GBBA 4NF5A 3Q26A 2XX8A 5HM4B 3G3IA 1OVBA 2Z8DA 4IY6A 4E0WA 1NFTA 4YKKA 1QJMA 5FHNA 1B4HA 2REJA 4ZZAA 5TP9A 2V25A 4DIGA 1IUDA 1H44A 3B6TA 3LSXA 4R72A 1A40A 1D9VA 1ZJLA 1NNFA 4H8JA 4PETA 2PBWA 4M1VA 1SI0A 4H8IA 1MXZA 2F6PA 3GBAA 3PPNA 4H0WA 3TUSA 3K4UA 3KEIA 4C1TA 2XX9A 4GXSB 4BLAA 2H25A 4GL0A 1POTA 2Q9TA 1N3XA 3VXBA 5I2NB 3C4MA 3FATA 4FEBA 3VV5A 2W7YA 1MQHA 4O3AA 4NEDA 4NF4B 3N26A 1B7ZA 3VXCA 3HSTA 5JTYB 1FW0A 2R6GE 3TEPA 3ZS6A 3PU5A 2XXHA 1SQYA 4UACA 4GOTA 3MZ9A 4KYSA 2A5SA 2F7CA 2VD3A 3O9PA 1AMFA 4F2QA 3OEKA 3WAFA 4KYDA 3G3HA 3QYTA 5A5XA 4LZ7A 3F11A 4TLLB 1Y20A 2F35A 4KQPA 1A8FA 3RT8A 4BDNA 3MVZA 3S9MC 5H8NB 5FHMA 3C33A 1JEVA 3MZ1A 2LAOA 1MG1A 1Y3QA 2Y7IA 4C1UA 3K1MA 1SW1A 5DYHA 3S9LC 1NKXA 3W9WA 2WKYA 3PUXE 4I9DA 1US4A 4EF2A 3V83A 4KPTA 3UIFA 2ZNTA 1I69A 3E4RA 5I2KA 1RKMA 3Q25A 5K2YA 3FV2A 3SETA 4H5GA 1SDXA 3ILTB 4JWYA 1PC3A 5AA2B 1XC1A 4FIMA 4Z0IA 2O68A 4G8HA 2XHDA 1JVXA 2PT2A 2OK2A 1MXXA 4MLVA 3VLWA 1II5A 1MH4A 3R7XA 2VHAA 4G68C 3C34A 1OQGA 2ONRA 4RPNA 1LFIA 3TTLA 4QHQA 5I2NA 4NF8B 1A7LA 3G7WA 3LBSA 4H67A 2PYYA 2RCAA 2DS9A 3IOTA 1N84A 1ZMGA 4QSEA 4YZZA 3TYHA 2NXOA 1MRPA 4RNSA 1PEBA 1TWYA 2XXVA 4ONYA 1AIVA 3TQLA 2DSFA 4RXLA 1BP5A 1JQFA 2DWJA 3TODA 3IL1B 1T0KA 4PFTA 4OENA 2HZLA 1M5FA 3QUJA 1P1WA 4YKJA 4H1XA 1UTBA 1LFGA 1YTVA 1GGGA 5I56A 4OETA 4G8MA 4H5FA 3CI8A 3O28A 1B5JA 1FQAA 4AQ4A 4EF1A 3PPRA 2E0SA 2PVUA 2DP8A 2V84A 2HFBA 2XXUA 1ZBMA 1NL5A 2OCUA 3M3FA 2OWTA 4G8NA 3CSBA 3V5AA 4NTLA 2H99A 2P1SA 4ZZEA 1QULA 4BDMA 1HSEA 1WODA 1PDAA 1YPNA 4LONB 1B7HA 4JB7A 4R6HA 3IORA 3RY3A 1LBBA 2HAUA 3D4CA 4R75A 2Y7PA 5I57A 2FA7A 1B51A 1MXWA 1MQDA 2I0CA 3N5LA 3U72A 1OIBA 3PV0E 2I0BA 3O97A 2G29A 4PFYA 4R6YA 3ZSFA 1LLSA 4OFJA 1I6QA 4NF8A 4MFIA 3CFXA 5AA4B 3TTMA 1P99A 4E0XA 3IB0A 3T9UA 1QVSA 1NH7A 3M3LA 3HHFA 1AH5A 4K3FA 5B70A 3C9HA 2B3BA 3HPIA 4PP0A 1R9QA 3H4ZA 3KN8A 2UXAA 3IO6A 3FVGA 3SEYA 2OJTA 4OZ9A 4Q30B 4OFOA 4DLDA 4BDQA 1IXIA 2Q88A 3HN0A 3T9XB 1S7YA 3TMGA 3FXUA 1B46A 2DXRA 2QS3A 4X9TA 3VE1B 1MY0A 4LQ2A 1SVXB 4RJZA 1N76A 2GHAA 3C36A 3TKDA 5KDTB 2VGQA 4Q0CA 1VFDA 4ELRA 5CBSA 4XKPA 2YLNA 1Y4CA 3O6IA 3T9HB 2ZYMA 3H06B 3TPAA 4FEDA 4IGTA 3G3JA 1Q1KA 3KZGA 2XD2A 2XX7A 2OZZA 2RC7A 2VP1A 2F36A 5AA4A 2RINA 1UTHB 3DP4A 4N6PA 3R6UA 4LZ5A 2I49A 2OBGA 3G3FA 4JWXA 2GFEA 3FXRA 5DEXB 3A3UA 4XTCQ 1QKAA 3QIMA 4ZECA 1H43A 3UORA 3K6WA 4OQOA 2DWIA 2QRYA 1FQEA 3O29A 4N07A 1JVYA 4NF6A 5EHMA 2ONKE 4DXUA 4IO4A 2ZYOA 5M2VA 1FCKA 3D4GA 5CMKA 1IIWA 1D9YA 1MPBA 4F31B 2OWSA 3UA8A 3BKIB 4U4SA 1N7XA 1FQDA 3OO9A 4OESA 4IB2A 1LAXA 4JSDA 3T96B 2A5TA 2RCBA 3PPPA 1PB9A 3H7MA 4NMYA 2QS2A 3IJOB 4JBZA 2REGA 3I3VA 3L6GA 3MBPA 2NWJA 1B32A 2I6EA 3ILUB 1LB8A 4KR5A 3KJTA 3FVKA 5KDTA 4ZEKA 4OXVA 3SKPA 2P2AA 4GFRA 5FTIA 1A8EA 4HW8A 5FTHA 4GRKA 4F3SA 5B7DA 2Y84A 3ONMA 1KWHA 1ZKBA 3SEVA 4XKRA 1MY2A 2XXXA 2I4CA 1B52A 2XXWA 5I59B 5DT6A 3IO4A 1MPCA 3JYRA 1UTHA 1WDNA 4POXA 1PBPA 3RTWB 2XXYA 3QUFA 4IO3A 5DEXA 1DOTA 3B6QA 3O6GA 3FASA 1B7UA 2F8DA 4PQJA 3MC2A 5JEIA 3PPQA 3QSLA 3O6HA 1P1NA 1FTKA 3TTNA 3A09A 4ZDMA 1USYH 2Y7RA 3N94A 1YCJA 3OO6A 4OEUA 3G3KA 2X7PA 3IOUA 1IXCA 2F5XA 3MJNA 5F7VA 3S4UA 2F6GA 3VDFA 2AL4A 4OERA 1JW5A 4BDRA 1SI1A 4F18A 3FVOA 1FQFA 3IB2A 3CRBA 4F2OA 3KFMA 2HAVA 1FQCA 3JV9A 2PMSA 4ND9A 4M4GA 4BDOA 1IEJA 3R26A 3K02A 2O7IA 1M5EA 3CFLA 1B3HA 3VVEA 4ESXA 4KHZE 4ISUA 1DTZA 4IO7A 3OSRA 3SERA 1AL3A 2ABHA 3BFUA 4KI0E 4DCXA 1LCFA 4R73A 4EUOA 1MM6A 4F3GA 3MVWA 4YICA 4OHNA 3PUVE 3PMWA 2QMWA 1GV8A 4O3BA 4ECFA 1BTJA 1MDQA 3OSQA 4HTGA 4TOZA 2UVIA 4IY5A 1Y9UA 5K2XA 3PUYE 1Y3PA 4FATA 1S9TA 3CR9A 1USYE 4DCYA 2ESNA 3MUQA 3MP1A 2BJJX 1DPEA 4I62A 1UIVA 1O63A 1BLFA 1OLCA 4KCDA 1GR2A 5CMMA 4P0GA 5ISUA 2QS1A 4NF4A 3PUZE 1GVCA 3V8XB 4OVJA 5JTYA 1P1OA 3Q28A 5EHSA 4NWDA 2Q2AA 3N6TA 2DWAA 2I3WA 4RPOA 1OMPA 1XOCA 5KZTA 4U2RA 3O66A 1B0LA 4R9FA 1B3GA 4OMBA 4HS7A 4JXIA 4F29A 1DMBA 1AOVA 2AIXA 5H8NA 1ZIUA 3RNNA 3VVFA 1TFDA 2F97A 5AA3A 3EF7A 5I58B 1NNKA 2NUVA 1EZ9A 2PT1A 4U23A 3SESA 3O2AA 4DDDA 2F7AA 2GRVA 3JZJA 3FXQA 1MXUA 1B1XA 3OEMA 5AA2A 3EN3A 2CMOA 1FQBA 3KOSA 2QMXA 3IB1A 3P7IA 5AA1A 3FIRA 4YAHX 1YAEA 1FTMA 5ICQA 3HHGA 1ZLQA 4GQOA 4RYAA 3CIJA 1XS5A 4IO6A 4X1DA 1RYOA 5CM6A 3TTKA 3IX1A 1VR5A 1B0HA 2H9BA 5L8DA 5CBRA 4Q5TA 3MP6A 3TCFA 4X48A 1JW1A 5BWJA 2QSXA 3EQ1A 2M8CA 1N3WA 3BFTA 1B3FA 1A99A 1MQIA 2O1MA 4WKMA 2XD3A 3K00A 4G68B 3ECRA 3VFJA 4BDLA 3PPOA 2HCAA 1MDP1 2FYIA 1B1HA 4LVQA 4YMBA 3RUMA 3TCGA 1IXGA 4H65A 1NH8A 3K1PA 4EQ9A 3TAJA 1B9JA 1EU8A 4MH5A 4R9GA 1WVJA 3W9VA 4F19A 2DE4A 4F1VA 3DELB 4RK9A 3RT6B 4ZEIA 4YKPA 2XXRA 4PE5B 1Z7NE 1JETA 4QSDA 5ELVA 4YB7A 1GTKA 2Z8FA 1B58A 1QUJA 3FJMA 5H8HB 2Q8JA 3IR1A 1SD3A 1Z7ME 5TPAB 3THIA 1PBQA 3BBRA 1SW4A 2G93A 1US5A 4G77A 1LBCA 2AL5A 5CI5A 1LSTA 3LR1A 1VE4A 4IGRA 4NE4A 4GVOA 3SEXA 3EHTA 4EXLA 3B7DA 2IA4A 2HQ0A 3OO8A 3UP9A 1Y1ZA 4ZE9A 4QFOA 2O51A 3USDA 3M8UA 4U22A 2GH9A 3I5OA 3KJ7A 3K6UA 3CG1A 3K6XA 3RLFE 2F34A 2R9JA 1EZPA 4F3BA 3LSFB 1XHYA 1B5HA 3TTRA 1ELJA 3OELA 4G68A 2QJEA 5AE4A 3K2DA 2F78A 4QFNA 3MZBA 2Z8EA 1N7WA 1IITA 2OLBA 1CE2A 4C0RA 2QS4A 3K6VA 4F3PA 1N04A 4MBPA 1RYXA 1M5BA 3ZKKA 2X26A 1FTLA 4JSOA 4LATA 3IK6B 5CRYA 4OWDA 4QF9A 3MAMA 3HO7A 3KGCA 3PMXA 3WAEA 3TCHA 2DVZA 3QXMA 1ATGA 4GLIA 5H8HA 3GZGA 4ELOA 1MY1A 2O84X 1B6HA 3DLNA 1MXYA 1L5TA 3H6UA 3DM0A 1R6ZA 4I1DA 3B6WA 1F9BA 5L9MA 4L17A 1D3KA 1N0TA 1IZ1A 4OYVA 5A5XB 2Q2CA 1XT8A 2O7UA 1O64A 1P1QA 1LAGE 1VFEA 2I58A 2Z23A 4LQ5A 3TQWA 1A55A 5L9OA 3TZAA 3OOAA 3Q29A 4AB5A 4Q8RA 2X7QA 1DSNA 4QRZA 3K01A 1XVYA 4KD5A 4PFUA 1I6BA 3HV1A 1I6AA 4FE8A 3H3GA 4LZ8A 1MM7A 3C35A 3MQ9A 4U1OA 5I2KB 3CSGA 4F1YA 5CMCA 1Y1MA 3KN7A 5DVFA 4U4XA 3GXAA 3N6UA 1MQJA 4MF3A 1H3DA 4DE8A 4ZEFA 4EQBA 1MH3A 1QUIA 1IXHA 3DP6A 3EPEA 1HSJA 2Y7KA 4QFPA 4PFWA 1QW0A 1B3EA 3LUYA 3LSWA 4KFQA 2NOOA 3FVNA 3KBRA 4UA8A 4YKIA 4KCCA 4HCWA 2H98A 1LB9A 3T22A 3MPKA 1QUKA 3E13X 3UK4A 1LFHA 4R6KA 3OENA 2V93A 3AXFA 3H6WA 2ALUA 2ONSA 4WEPA 3K1NA 3KSXA 5BUUA 2UYFA 1MY4A 1TFAA 1XVXA 3ODBA 4G4PA 3TDJA 1M5CA 5H8SA 4IO2A 3HCQA 1JW4A 1LCTA 3IOWA 2O69A 1UTBB 3K0VA 3S9NC 4YB5A 2IEEA 5I59A 1Q35A 1B3LA 4WEDA 2RKMA 1MQGA 4QFKA 5I56B 3C32A 5HBCA 4DXBA 3OXNA 3IOVA 1SYHA 5CC2A 4XIGQ 3L6HA 1MPDA 3W15C 5ITPA 3OD7A 4N13A 4JDFA 4EDPA 1UIUA 3E3KA 3KN3A 2HZKA 4LA9A 2UVHA 2DWHA 5IAIA 3QK6A 4POWA 4TLMB 1ANFA 3SEWA 4ZEDA 4LP2B 4R2FA 1S50A 3FJGA 3MWBA 3FGSA 2CZLA 5EYFA 4XKNA 2ZXTA 3PD9A 5I57B 1SYIA 3FJ7A 2VOZA 4YU0A 3KG2A 2PX1A 1OVTA 5J1DA 5KCJB 3OMBA 3TELA 4DXCA 1VSOA 1DTGA 1A54A 2D3IA 5L9SA 1BKAA 1J1NA 4I8CA 3UN6A 3U94A 2UVJA 3MPLA 4ZS9A 2DYXA 5I84A 3KSJA 3QAXA 3IAZA 4GWOA 3EHSA 1EZOA 2YPNA 3A3CA 2DOJA 5DTBA 5AA2D 3VVDA 3E9XA 4THIA 4U21A 5IKBA 1CB6A 3M3KA 1H45A 1HSLA 1JNFA 5ITOA 2XXIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GHBA 5EYHA 3RGYA 4FECA 1R9LA 4X1BA 3RQTA 2UYEA 2D21A 4FORA 2I4BA 3EHUA 4MIJA 4R2BA 4GIZA 2RC8A 1NNPA 4TQUQ 5T3JA 4DI4B 4WXJA 4XXUA 1P1UA 3T66A 1UQWA 4PF6A 3KOTA 1PB7A 3LSLA 1FTOA 3GLBA 1R1NA 4OTEA 5DVIA 1IQ7A 4ESWA 4F39A 2Y5KA 4I3EA 1URSA 5CMBA 1KA1A 2V3TA 3CFZA 1B2HA 4GWSA 1O7TA 5H8FB 3U1OA 3V89B 4MLQA 5H8QB 4Z7EA 2B3FA 4MJOA 4XKQA 2KLFA 3T93B 1JEUA 2H4IA 1FJ9A 4ZEBA 1MXVA 2V3QA 1SW5A 2MKZA 4MX6A 1PB8A 2P0SA 4RK2A 3UGWA 5ICTA 3DP8A 4OANA 5KCJA 2RC9A 2O1LA 3RN8A 1Y3NA 3BIHA 1B40A 2Z22A 1POY1 4JWOA 2R71A 3A29A 4OEVA 3RTFB 2F7BA 2YJPA 3PD8A 4GD5A 2ZNSA 2XXTA 2AYSA 1BIYA 3ROJA 1NMUA 3MVXA 3PUWE 2FVZA 2NVUB 4YMAA 4PAIA 2I48A 4AB6A 2V3UA 4P0IA 1TXFA 4DZ1A 4NF6B 2JJKA 4FJPA 1URDA 1QGXA 3CVGA 4GX3A 5I58A 3U92A 3CG3A 3U93A 2ZNUA 2VD2A 2XXQA 3MVYA 1D4NA 3FV1A 2DVCA 4O3CA 3C31A 2ZYNA 3MW0A 4NWCA 3VLUA 1ZTYA 3FZVA 2DE3A 2A5TB 1MS7A 2THIA 3VLVA 3H6VA 1ZU0A 1LAHE 5F1QA 4YB6A 1LBXA 1M5DA 5EQ7A 5FBPA 4NF5B 5JK4A 4IO5A 3RYDA 1TT1A 2HEUA 5TU0A 4G2ZA 4GXAA 3PGFA 1Y4TA 5H8FA 2ANJA 1OQHA 2FNCA 5H8QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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