5ITPA

Structure of the periplasmic binding protein noct from a.tumefaciens in complex with octopine
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
YKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPMTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
publication title Fitness costs restrict niche expansion by generalist niche-constructing pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium fabrum
total genus 87
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5itpA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5itpA02
4LA9A 1YPNA 4Q5TA 1VR5A 3PUVE 1A55A 1MM6A 4AQ4A 3S4UA 3O66A 3DLNA 4MH5A 3U92A 4KFQA 3PGFA 2R6GE 2E0SA 4F39A 1B7ZA 2Y7WA 3VVEA 1N0TA 4BDNA 2I3WA 3O29A 3LSFB 3TCHA 4GWOA 2Z8DA 4KCCA 3CSBA 3O6GA 4E0XA 2REGA 2NWJA 4LONB 3KN8A 1JVXA 3PPRA 5B70A 2FA7A 3VE1B 5TP9A 3K1NA 1FQEA 2Y7RA 3G3KA 1LBCA 3CR9A 1LCFA 3IJXB 4LUBA 2QS1A 2OWSA 5HBCA 3VXCA 4E0WA 3TZAA 1ZTYA 4GOTA 4POWA 2H25A 5JTYA 2VOZA 2ZYKA 3A3CA 1GTKA 5TP9B 3PPQA 1DSNA 1MY2A 2Q88A 4ELPA 1LLSA 4F1YA 2Z8EA 1QUKA 3OO9A 2Z8FA 4POXA 1OVBA 1JEUA 3ONMA 4EDPA 4BDLA 5FHNA 2I3VA 2O51A 5JTYB 4RPNA 3LSLA 1T0KA 2PYYA 1TXFA 1IXGA 3OELA 2XX8A 5B7DA 4U23A 1ZIUA 4F3PA 4O3AA 2PT2A 2I4BA 4ND9A 2QRYA 2Q89A 1RYXA 1SW2A 3FZVA 2THIA 2OCUA 4GFRA 4XKQA 3TCFA 1H44A 1FW0A 2ZNTA 3IOTA 1OVTA 4EUOA 3RTWB 3S9NC 4BLAA 3T22A 2PX1A 3KJ7A 4IGRA 3K6VA 1B1XA 3TKDA 1A8EA 5H8NA 4OEUA 2I58A 1RKMA 5KCJA 1ZJLA 1LFIA 1B5IA 4YKPA 2I0CA 4G4PA 3OO6A 4OETA 3MPKA 1P1NA 3TYHA 3LSWA 2ONSA 1NH8A 4F3BA 5H8NB 1QUJA 2FYIA 2ESNA 4PFYA 4QF9A 4NMYA 5KCJB 4NTLA 3FXQA 3E9XA 3JZJA 4F2OA 3KN3A 5HPQA 4OESA 4U1ZA 1MQJA 3H6TA 2HFBA 1MG1A 3KFMA 2P2AA 1LFGA 3LUYA 2RCAA 2XXUA 1EZOA 2GHBA 3MC2A 3C31A 2QMXA 3QSLA 1GVCA 3ODBA 1TWYA 2W7YA 2Y84A 1GGGA 3KN7A 1RYOA 1SI0A 1AOVA 2V84A 3KSJA 3KGCA 5KDTA 2QS4A 3TTMA 2V93A 4OXVA 5BWJA 3IJOB 2XXPA 3Q27A 3JV9A 4ZEFA 1QW0A 1UQWA 3MUQA 1B4HA 4F18A 3MVXA 3TQLA 4HW8A 4NF5A 4YKIA 4I1DA 5KDTB 3AXFA 1R9LA 4G68A 4LZ5A 4HCWA 3OENA 1D3KA 1VFEA 2DE2A 1MXVA 4ZDMA 4N07A 2XXWA 3PPNA 4AB5A 1JNFA 4HTGA 3CG1A 4PFWA 4KCDA 4FE8A 4MF3A 2B3FA 4FJPA 1ZLQA 4C1TA 4IO3A 3FXRA 1FTKA 4NF5B 4FIMA 1UIVA 3BFTA 3PPOA 4P11A 4R9GA 3I6VA 2RF1A 4JXIA 3O97A 3TODA 1MY4A 4XKRA 5L8DA 5FHMA 2DOJA 4I8CA 1POY1 4H1XA 2O1MA 5I57A 2CZLA 4DDDA 2BJJX 2DP8A 3D4GA 2A5TA 4XIGQ 3MAMA 4OEVA 3MQ9A 2Z23A 4OFOA 4U4SA 1MDQA 4QHQA 4R2BA 1Y4TA 2OK2A 4RY1A 3N94A 3C32A 1MH3A 4OFLA 3TTRA 3Q29A 4X9TA 3M3KA 3UORA 2UVIA 2FNCA 3T96B 3MZBA 3DP6A 4IY5A 1XVYA 3CSGA 2A5TB 3PUWE 4OQOA 1B46A 2XX7A 3TAJA 3TUSA 4P0GA 1B4ZA 1FCKA 4G8HA 3TQWA 3GXAA 3MW0A 2REJA 4KR5A 4QRZA 2E1SA 2NUVA 4IO7A 1PB7A 4NWCA 4OHNA 3G3GA 4PFUA 5I2NB 3QUJA 3SEUA 2GH9A 3GBBA 1IEJA 3DP4A 2X7PA 5IKBA 4MLQA 2QPQA 4F19A 4QFNA 2ZMBA 5EYFA 2Y7IA 3TTNA 1IIWA 3ZSFA 1VSOA 1FTMA 3A09A 3C9HA 1LB8A 3V83A 2P0SA 4R2FA 4XKNA 2X26A 1QUIA 3BKIB 4G68C 1LGBC 1IXHA 4PQJA 5H8SA 2XXRA 1S50A 1MPBA 2QL3A 4ZZEA 5AA4A 4H5FA 2Y7KA 1SQYA 3KZGA 3OO8A 2VGQA 1B3FA 2ANJA 2H9BA 3FJGA 1JW5A 2D5WA 3GBAA 3ECRA 1B9JA 3VLVA 4GL8A 1YAEA 4R6HA 1YTVA 3SEWA 5AA4B 5CBSA 2GHAA 3EF7A 2YJPA 1I6BA 3S9LC 3B6WA 4N6PA 1B52A 4UA8A 3RLFE 3HCQA 3DM0A 4QFLA 1POTA 1SW5A 5KZTA 2M8CA 4DXUA 1LAGE 2F78A 4QFKA 5LOMA 3TMGA 2NOOA 4YMAA 3PV0E 4GD5A 4DE8A 3LBSA 3QXMA 1N3WA 1SD3A 5AA3A 2H4IA 1URDA 3B6QA 3FV1A 1B7UA 2NVUB 4LQ5A 5H8FA 3O9PA 3FATA 2V3QA 4QSDA 4EQBA 2UVGA 2DQVA 3PU5A 3FXUA 2OWTA 3K01A 1JW4A 3RNNA 2PVUA 3OO7A 2O6AA 1BLFA 3DP8A 2ZYNA 3SEVA 1MXZA 1QKBA 3CFZA 3TTLA 3T9HB 2O84X 1P1QA 3T9VA 5H8FB 3V8XB 3VLWA 3VXBA 1ZU0A 2G29A 3C35A 4JBZA 1DTGA 4NF6B 3MP6A 5CRYA 4GXSB 4R9FA 2I4CA 4F22A 4QFOA 1SW1A 3CVGA 3K1PA 5A5XA 4I9DA 1BIYA 3HV1A 4RK2A 4X1DA 5CBRA 2DE3A 4DXBA 3QYTA 5EHMA 4KQPA 1XS5A 3VVDA 2PBWA 1MS7A 3F11A 3ZKLA 1Y3QA 1MPDA 1N3XA 1ZKBA 2PT1A 4NF4B 4NWDA 2P1SA 4GRKA 2DE4A 2HQ0A 1KWHA 5A5XB 3IORA 2WKYA 1N7WA 5L9OA 4JWXA 3U93A 3RN8A 1EZ9A 2XHDA 4TLLB 3HPIA 1M5FA 1O64A 3N6TA 3H6UA 4GLIA 1URGA 3EN3A 4LP2B 1A40A 4GF8A 4LVQA 4QFPA 5DVIA 3OOAA 4GVOA 4EXKA 2RCBA 3GLBA 4LZ8A 3MJNA 4F2QA 1J1NA 1NFTA 1L5TA 4IO6A 4XXUA 3KJTA 1MH4A 3Q26A 1NNPA 3HN0A 2F6PA 5I58B 3RUMA 4RXLA 1DPPA 5CI5A 3C33A 1DPEA 1LB9A 1H45A 2NXOA 4YKKA 2UYFA 3WAEA 1BP5A 1B7HA 3RQTA 5HM4B 4LATA 4OENA 1B58A 4JB7A 5AA2B 2DVZA 3VDFA 2OBGA 4ELQA 1IQ7A 4KPTA 3KSXA 5L9SA 3K6WA 4OZ9A 3IOVA 2HXWA 3UK4A 3U8QA 2O1LA 4DCXA 1B6HA 1XOCA 2YLNA 2DVCA 4YZZA 3IL1B 1USYH 3USDA 1TFDA 1B0HA 4HCYA 2VHAA 4G8NA 5CMMA 1A8FA 1OMPA 1A54A 1Y9UA 5ICQA 2F7BA 1DMBA 4JWOA 1SVXB 3CI8A 1PEBA 1NKXA 2F7CA 2I48A 4H5GA 1ZBMA 4H8IA 1WODA 2X7QA 3CFLA 5DEXB 5FTHA 2G93A 1OQGA 3EHTA 1LAFE 2O68A 4U2RA 3VLUA 3KOTA 4PE5B 3G7WA 3FJMA 3JYRA 1F9BA 2Q8JA 4PFTA 4N13A 2XXIA 5AA1A 2UVHA 4KHZE 4EF2A 1B5HA 3RGYA 1NL5A 4ZEDA 3W15C 1MXYA 1D9VA 1XC1A 2VD2A 1H43A 1VE4A 1M5DA 1HSLA 3HHGA 3E13X 4ESXA 4MFIA 2B65A 4NE4A 4ZEKA 1Y3NA 2AIXA 4L17A 4U21A 3K6UA 2QSXA 5I2KA 5CMBA 4WKMA 3T66A 3IX1A 1TFAA 1I6AA 1SYHA 4YB5A 4YKJA 3O28A 3C34A 3T9XB 5ICTA 1O63A 4RYAA 1FQDA 1PC3A 3K0VA 2Z22A 2HZLA 3RT8A 1Y1ZA 3IO6A 4KI0E 5I2KB 2OJTA 1GV8A 4ZE9A 2ZNUA 3THIA 3PMVA 3OSRA 1PBPA 1MM7A 2A5SA 1AH5A 3W9WA 1LCTA 2F8DA 1M5CA 2AL4A 1FTOA 1ATGA 1Z7NE 4R74A 3FASA 5K2YA 4AB6A 1HSJA 4ZECA 3L6GA 4KYDA 3W9VA 5I2NA 3HSTA 3TELA 2YPNA 1OLAA 3CFXA 1AL3A 1WVJA 3VVFA 3ZS6A 4DZ1A 3SERA 3U1OA 4QSEA 1D4NA 4Z7EA 4RPOA 5DYHA 1EZPA 3E4RA 1VFDA 2H98A 1MPCA 2RC7A 4ZS9A 4XKPA 2QMWA 5FTIA 4OYVA 1NNKA 2OZZA 4OVJA 1USYE 2AYSA 3C36A 4EF1A 2F97A 4IGTA 4X1BA 3OEMA 2UXAA 3OMBA 3FIRA 1UTBB 1OIBA 1HSEA 3G3HA 3ILUB 3N26A 3TEPA 4ESWA 4F1VA 2ZXTA 3E3KA 2DS9A 3MWBA 4O3BA 2XXXA 1CE2A 3FV2A 1N84A 1MY3A 1SDXA 4OERA 3IR1A 1B3EA 5F7VA 3M3LA 4DXCA 2I0BA 3D4CA 2ZNSA 1PB8A 3B6TA 1N76A 3G3IA 2DXRA 3G3FA 4FORA 4OTEA 4XTCQ 4PP0A 3K2DA 4R6KA 2ZYOA 1BTJA 4WEPA 4I62A 3C4MA 4BDRA 5JK4A 4BDQA 3K1MA 1FQFA 5ISUA 5ELVA 4EQ7A 3FGSA 1MY1A 1IUDA 2R9JA 4H0WA 4TQUQ 4RA1A 4H65A 4U4XA 3QIMA 4ELOA 4RJZA 3CIJA 3O2AA 3PD9A 4BDOA 2HCAA 1ZMGA 2V3TA 1XVXA 2F34A 3RY3A 4IO5A 3LR1A 1US4A 3CG3A 2CMOA 5F1QA 3BBRA 4BDMA 2KLFA 4DIGA 5DT6A 4YICA 1A99A 4R73A 3BFUA 4MBPA 2GRVA 1FTJA 1SYIA 5I59B 3O6IA 3PUXE 4R6YA 3KEIA 2O69A 4U1OA 3A3UA 4QSCA 1LBBA 3DELB 3Q28A 1O7TA 1B1HA 3CRBA 3UGWA 4ZE8A 4NF6A 3SDFA 3H6WA 3S2VA 1A7LA 4YMBA 4GQOA 4M4GA 4U22A 4THIA 3H03A 4GXAA 3LC8A 2F36A 3SKPA 2XXVA 4WEDA 3FVOA 3TFLA 5TU0A 5ITOA 3T9UA 3FJ7A 3UP9A 1IITA 2XXQA 3MP8A 3MP1A 1MQHA 1ELJA 4NF4A 3KG2A 2Y7PA 4DCYA 5CMCA 2H99A 2F7AA 2LAOA 1NH7A 5K2XA 3VV5A 1DTZA 1H3DA 3KBRA 2IA4A 4JSOA 4TLMB 2O7UA 3IOWA 4R75A 4C0RA 3I3VA 4YAHX 2V25A 1B0LA 2HZKA 3FVGA 2DXYA 1XHYA 5J1DA 4G8MA 3UN6A 1UTHA 4Q8RA 5IAIA 2DWIA 2VP1A 3VFJA 5CC2A 1URSA 1JW1A 1NNFA 2DWJA 4IB2A 3IB1A 4H8JA 3N5LA 2F6GA 1JETA 1Q1KA 3M3FA 3MZ1A 5I58A 1UTHB 1P1UA 2HEUA 1QKAA 4H67A 3OEKA 1QULA 4FECA 4UACA 1I6QA 4OFJA 4C1UA 4OMBA 5AA2A 1N7XA 1YCJA 1MQIA 2D3IA 5L9MA 3R26A 1B5JA 3I5OA 2AL5A 1PBQA 4R72A 2RINA 3QUFA 1B51A 2HAVA 3MVWA 3EHSA 4ZEIA 1P1OA 1B05A 4EQ9A 3IB2A 1PDAA 4KYEA 3ZKKA 3OXNA 2RKMA 1OLCA 5I84A 4JWYA 1SBPA 1B3GA 4G77A 4GIZA 4ECFA 3TTKA 3LSXA 1BKAA 3V5AA 1NNTA 1JVYA 4IO4A 2XXYA 1IXCA 4OWDA 5DVJA 5DEXA 1MQDA 3T93B 3P7IA 4WXJA 4FATA 5AA2D 1MRPA 1LAXA 3TCGA 5CM6A 5I56A 3PMWA 1LSTA 4Q30B 4FEBA 2F35A 2XX9A 3MVYA 2DWAA 3EQ1A 1FQAA 3S9EA 1R6ZA 1AIVA 4H6DA 5DTBA 1QVSA 3KOSA 4FAJA 1LFHA 4KYSA 3OD7A 4O3CA 3TPAA 1D9YA 5I56B 2ZYMA 4Q0CA 1I69A 4ZZAA 3H3GA 2OLBA 2Q2AA 3ILTB 3MVZA 2O7IA 1US5A 3H6VA 1IXIA 3RTFB 1XT8A 1H76A 3S9MC 3FVNA 1Z7ME 3MZ9A 2F5XA 1Y4CA 4FEDA 3SEXA 1R9QA 3PPPA 2DWHA 3V89B 3RT6B 3U72A 2UVJA 5H8QA 4RNSA 3QAXA 3H06B 5CMKA 4F1UA 2ABHA 3RPWA 4YU0A 2ALUA 1Y20A 3HO7A 1MDP1 4EXLA 1S7YA 3IO4A 3N6UA 3K6XA 3EHUA 1MY0A 4JDFA 3HHFA 4G68B 4K3FA 4YB7A 4MLVA 1Y3PA 4TOZA 1EU8A 5H8QB 3SEYA 3IK6B 1QJMA 1TT1A 1R1NA 5AE4A 1EH3A 2QS3A 5ITPA 3G3JA 4G2ZA 3GZGA 1Y1MA 1B3LA 1M5BA 1SW4A 2Q9TA 3PUYE 3L6HA 4P0IA 3MBPA 1SI1A 3H4ZA 4F3SA 1DOTA 1ANFA 4NF8A 2ONRA 2PMSA 1CB6A 1OQHA 4ISUA 5I57B 1UTBA 1FTLA 2B3BA 1MQGA 2XXHA 3IB0A 3O6HA 1UIUA 1B3HA 1B32A 2DSFA 2XD3A 3MPLA 3SETA 2ONKE 4HS7A 4ONYA 2XXTA 1JEVA 3FD3A 4NF8B 4M1VA 3UA8A 5M2VA 1B2HA 1P99A 4JSDA 5DVFA 5FHOA 2Q2CA 1IZ1A 5H8HA 2QJEA 1Q35A 3FVKA 3U94A 1S9TA 3K00A 3IAZA 3TDJA 1P1WA 5TPAA 5JEIA 4GL0A 2V3UA 3EPEA 1AMFA 3K02A 2RC9A 1LAHE 2VD3A 3M8UA 2QS2A 3QK6A 2XD2A 4F31B 3PMXA 5H8HB 3K4UA 3R7XA 4LQ2A 2HAUA 5BUUA 3H7MA 1II5A 1GR2A 1MXWA 5TPAB 2DYXA 4Z0IA 4DLDA 1WDNA 2GFEA 3IOUA 2IEEA 1NMUA 3WAFA 4X48A 2RC8A 3SESA 1B40A 3FUZA 3Q25A 4YB6A 4F29A 4RK9A 5I59A 2H5YA 3PD8A 5EHSA 1FQBA 2I49A 1MXUA 4IO2A 2I6EA 3R6UA 4PETA 4KD5A 4F3GA 3OSQA 2R71A 3UIFA 4NEDA 4LZ7A 1M5EA 1MXXA 2D21A 3PUZE 4ELRA 1FQCA 4IY6A 1JQFA 1PB9A 1N04A 4ZEBA 2UYEA 3B7DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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