5KDTA

Structure of the human glun1/glun2a lbd in complex with gne0723
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
280
structure length
278
Chain Sequence
DNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTKFNQKGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGICH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
publication title Discovery of GluN2A-Selective NMDA Receptor Positive Allosteric Modulators (PAMs): Tuning Deactivation Kinetics via Structure-Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 82
structure length 278
sequence length 280
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5kdtA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5kdtA02
3LC8A 4X1DA 3C35A 4G77A 4P0GA 3MVYA 3S9LC 1QUJA 5ELVA 5TP9A 4ELQA 3KBRA 2XHDA 2XXYA 4AB5A 4ECFA 5AA2D 4RYAA 5CMMA 2ZXTA 1Y3QA 1Y3PA 3LR1A 3SETA 1IQ7A 3UORA 1M5DA 3GBBA 2Y7PA 4JB7A 2A5TB 2V3TA 2VD3A 1B3EA 4H5GA 4KFQA 2PVUA 2PMSA 4BDQA 3MVXA 2D21A 1Z7ME 2THIA 1LB9A 3V5AA 3T9UA 3Q27A 3A09A 1LAHE 3OXNA 3RNNA 3QK6A 4DE8A 1JW1A 3BKIB 1TFAA 1IXHA 3TUSA 3O2AA 1PEBA 4IY6A 2O6AA 4ZEDA 3DLNA 2OWSA 3G3FA 4IO2A 1FQAA 3GBAA 4LA9A 4F2OA 3THIA 3BFUA 5CM6A 1AMFA 1A7LA 4LVQA 3O9PA 1WDNA 4NF5B 4PFUA 3V83A 1MXWA 1SW1A 3R26A 2R9JA 3T96B 1JVYA 1OIBA 1II5A 1FTJA 2HZLA 1NMUA 1B4ZA 2HAVA 4OXVA 1B40A 4NTLA 2R6GE 3QXMA 1B05A 3TKDA 5DTBA 4G68A 4LZ5A 1B6HA 3B6TA 4F3GA 3OELA 4JXIA 1VE4A 1NH8A 4XTCQ 1OQGA 4K3FA 4H8IA 2RF1A 1MY1A 3MAMA 4RNSA 3H03A 3EQ1A 3G3JA 2HAUA 1USYE 2X7PA 3USDA 1B7ZA 5AA3A 3QIMA 4EQ7A 5DEXA 3N6TA 4ELOA 3PPRA 2RINA 3CG1A 3EN3A 4KCCA 3K6XA 4AQ4A 2R71A 1SVXB 2XXIA 4F3PA 2I49A 1N84A 1MY4A 1A55A 5DVFA 1NNTA 2UVIA 5I59B 2ONKE 2XD3A 2XXXA 5IAIA 4F31B 1ZLQA 3IOVA 2HFBA 4F1YA 2GH9A 1B5IA 4ESWA 2UYFA 4GFRA 4G4PA 4KD5A 3B7DA 3CVGA 2Y84A 4IGRA 1Z7NE 2XX7A 1WVJA 5B70A 5DVJA 4RY1A 1SI0A 1BP5A 4NWDA 4Q30B 2DQVA 1FTLA 2NUVA 3N26A 4GQOA 2WKYA 4M1VA 1MXZA 4F19A 5FHNA 1MG1A 1ZKBA 3MP6A 4OQOA 2RKMA 4GLIA 3JYRA 4WEPA 4TQUQ 3IJOB 2DE4A 2ZMBA 5CMCA 5I2KA 1LLSA 3SERA 3N94A 1F9BA 1HSLA 3D4CA 4DCYA 1QKBA 4I1DA 5EHMA 1GVCA 2P2AA 4QSCA 4YZZA 3OO6A 3VLVA 2DOJA 4JBZA 3T93B 3VLUA 3DP6A 3PPOA 4LONB 1IZ1A 3O6HA 4XKPA 1LB8A 3M3FA 4ZZEA 1A8EA 5I56B 1B0HA 3HHGA 5BWJA 4BDMA 1SW4A 3VVFA 3FXUA 1MRPA 1CB6A 2F7BA 3FD3A 4FEDA 3ECRA 4GL8A 5AA2A 3FGSA 1MS7A 2X26A 4U1ZA 3C4MA 3IAZA 1D9VA 1UTHB 2F8DA 4PQJA 5JEIA 2V93A 4C0RA 2DWAA 4LUBA 3VXBA 3RGYA 2RC8A 5JTYB 2ZNTA 1D4NA 1JW4A 1PDAA 1BKAA 3SEWA 4F1VA 4FE8A 3A3CA 4ZE8A 2I6EA 2H25A 3K2DA 4HS7A 2QSXA 1VSOA 3PMVA 3Q29A 4QRZA 4QFPA 1MY0A 1LFIA 1M5FA 5CC2A 3A3UA 1B3LA 3TPAA 4F39A 3KFMA 4R75A 3HN0A 3TZAA 1T0KA 4KYDA 4X9TA 2Y7IA 4Z0IA 1B46A 1FTMA 4FIMA 4G2ZA 5CRYA 5F1QA 3MP1A 2YJPA 1MY3A 5FTHA 3I6VA 1QULA 4N07A 2BJJX 3D4GA 1Y1MA 3R6UA 1TFDA 2G29A 5I58A 4F29A 2XXPA 3FVNA 3PUZE 4YMBA 3SEYA 2AL4A 2Q9TA 2DP8A 3LBSA 3N6UA 5HPQA 1QUIA 1B0LA 1SYHA 3K6WA 4IO3A 3CFZA 1ZIUA 4DXUA 3E4RA 2OBGA 1QUKA 4U2RA 1B3FA 4TLMB 4IO7A 4P0IA 3UGWA 4TLLB 3JZJA 5CMKA 4NF6B 1HSJA 4GVOA 3S9MC 2I0BA 5AE4A 2VD2A 1EH3A 1US5A 1B58A 3WAEA 1LFGA 3Q25A 1GV8A 2F7AA 3K1MA 2D3IA 2D5WA 1FQFA 4H5FA 2RCAA 4IO6A 3PPPA 2XXWA 4G68C 4EXLA 1LCTA 3CSBA 4GL0A 5EHSA 3U94A 1N3XA 5DT6A 1LAXA 1LSTA 2ONRA 4FORA 1UIUA 1B9JA 3S9NC 1OLCA 3IJXB 3CRBA 2QMWA 2NXOA 3O97A 1DTZA 5H8NB 2O7UA 3H6TA 3O28A 4QHQA 1SI1A 3MVZA 5KDTA 5HBCA 1XS5A 3C31A 1PB7A 5L9SA 2Q2CA 3CIJA 5H8QB 5I57B 3H6VA 1OMPA 3SESA 1URGA 1Y20A 3KOSA 5H8HB 4DZ1A 4I62A 2ESNA 5FTIA 3C34A 1UTBB 2PBWA 4U21A 4MH5A 3TDJA 3V8XB 1B7UA 1M5EA 4DXBA 3H4ZA 5CMBA 3PD9A 3PPQA 1R9QA 3GXAA 2IA4A 3MQ9A 2HQ0A 4AB6A 1BIYA 3E9XA 3KEIA 1USYH 1Q1KA 2GHBA 1IXIA 4EF1A 1JQFA 3O6IA 4KR5A 3VVDA 4H67A 2DWIA 1MPCA 3TCFA 1XT8A 2VP1A 3O29A 4THIA 2DE2A 3KJ7A 4LP2B 4HTGA 3QYTA 4ND9A 1XVXA 2OZZA 4IY5A 1VFEA 3MZBA 3AXFA 1US4A 3K0VA 3OMBA 3MWBA 1URSA 1NNFA 1AOVA 3OD7A 3RT8A 4GXSB 5TPAB 4UA8A 2O1LA 1SBPA 3UK4A 1URDA 4JSOA 1XOCA 4ZEIA 3VVEA 3IOTA 3IB0A 4POXA 5AA2B 1MQIA 2RCBA 3MPLA 3CI8A 3K00A 1LBBA 2QJEA 3IORA 4M4GA 4BDLA 5KCJB 4MLQA 3HHFA 3VFJA 2B65A 3K02A 4ZZAA 3MVWA 2GFEA 1Y3NA 1EZOA 2DVZA 3U93A 4R74A 1PB9A 4QFOA 3OSQA 3IOWA 1FQBA 3LUYA 1FQEA 4O3BA 3QUJA 4ZEFA 5L9MA 3FASA 1B1XA 5TU0A 4NF4A 1ELJA 1PC3A 4R6HA 1YAEA 3W9VA 1B3HA 3H3GA 4YB5A 2QL3A 3K1PA 3MZ1A 4JWOA 4YAHX 1BTJA 5JK4A 3UN6A 4YU0A 4EDPA 1A8FA 2XXTA 1DTGA 4P11A 2O1MA 3UA8A 1RKMA 1XVYA 1DOTA 5AA4B 4PFWA 3PU5A 2VOZA 1M5CA 5H8FA 3C33A 1LAFE 4QFKA 4QF9A 4XXUA 2XXHA 3K4UA 4BLAA 3RUMA 3FIRA 3B6QA 1KWHA 3ILTB 1XHYA 5BUUA 5I2NB 2ZNSA 1Q35A 2PYYA 4LQ5A 2V3QA 1A54A 3KN8A 4U22A 1IEJA 4HCYA 5H8SA 3WAFA 3TTKA 1S9TA 1N0TA 3QSLA 2I48A 2HZKA 1B3GA 3KN7A 2HCAA 1OVTA 3LSFB 4Z7EA 5DVIA 4KYSA 1ZBMA 1NKXA 4PE5B 3HSTA 4GXAA 3UP9A 1WODA 3FVKA 4BDNA 5J1DA 2ALUA 1P99A 5DYHA 2O68A 4U4SA 3U72A 3C36A 2A5TA 4KI0E 3TTNA 1MQGA 3FJ7A 5A5XB 1IXGA 4JSDA 2UVGA 4FECA 1M5BA 2QS4A 3RY3A 4LZ8A 1QJMA 2F7CA 4ZEBA 3FV2A 1N7WA 1A40A 3FVGA 3IB1A 3ODBA 3M3LA 1O64A 3K6VA 2DYXA 1GTKA 3SKPA 2OK2A 3MJNA 3ZS6A 1EU8A 4H8JA 3IL1B 1SYIA 2Q2AA 4NF8B 1P1QA 5FHMA 3I3VA 4PFYA 3BBRA 5ISUA 3KSJA 3TODA 3MBPA 1IIWA 3H6UA 4ZS9A 1MQDA 4LQ2A 5K2XA 1TT1A 3OO7A 4NF5A 3P7IA 4OFJA 4FAJA 3PUWE 4H6DA 4OYVA 3KSXA 3PGFA 2AIXA 4IGTA 1ANFA 1N7XA 2Z8EA 4IB2A 3EHTA 3EF7A 2Q89A 1L5TA 4NWCA 2Y7RA 5TP9B 4F3SA 2Z23A 2O84X 5CI5A 2XXQA 4GF8A 1JNFA 1A99A 4OESA 3R7XA 4BDRA 4RK2A 1NFTA 4KQPA 4RJZA 2QS1A 2F78A 3EPEA 1POTA 4R9FA 3T9HB 2H99A 5M2VA 1PBPA 4RPOA 3G3GA 1P1NA 3Q26A 3FVOA 4F3BA 4YMAA 3G3KA 1PBQA 4QSEA 2DXRA 4OTEA 2DVCA 2X7QA 1B5HA 1MPBA 1DPPA 1NH7A 3SEUA 1MXXA 5I59A 2I4BA 2XX9A 4EQBA 5IKBA 1I6BA 4EUOA 1IXCA 3VE1B 4OFLA 3GLBA 1IITA 2AYSA 3OENA 1R6ZA 2I3WA 1N3WA 3B6WA 1FQCA 1AL3A 3V89B 2ONSA 1MM7A 4KHZE 1EZ9A 1SQYA 1MH3A 1N04A 1ZU0A 1VR5A 3Q28A 3RN8A 3FXRA 2H98A 1MQHA 2DS9A 5B7DA 1FTKA 2XXRA 4DIGA 4U23A 3M8UA 3PUYE 4MLVA 2NVUB 4IO5A 3TELA 2VGQA 1NNKA 4FEBA 4TOZA 3FJMA 5ICTA 1SDXA 4G68B 3W9WA 1AH5A 4GD5A 4WXJA 2Z8FA 4HW8A 3FJGA 3RTFB 2DWJA 3HCQA 4EXKA 2PX1A 4R6KA 2RC9A 3PUVE 1UQWA 4ELRA 4F22A 3ZKKA 5L8DA 4YB6A 3H7MA 1MXUA 3HV1A 3CG3A 5DEXB 4KCDA 2DE3A 4OETA 4G8MA 5L9OA 5H8FB 4GWOA 2NWJA 4DLDA 3VV5A 4MF3A 3K6UA 1VFDA 2B3FA 4R6YA 2B3BA 4G8HA 4XKNA 3IO6A 4X1BA 1UTHA 3QAXA 5I84A 3O66A 2UXAA 1O63A 2ZNUA 3UIFA 2E1SA 1P1OA 3S2VA 4L17A 4QFLA 1I6QA 5JTYA 3SEXA 3FATA 1Y9UA 3OEMA 4GRKA 2RC7A 3VLWA 2V25A 2REJA 2HXWA 2E0SA 1OVBA 3LSLA 3TFLA 4H1XA 3T9XB 1TXFA 4Q5TA 3C9HA 3ONMA 4E0XA 1LGBC 3LSWA 1N76A 5I2KB 3ILUB 3PMWA 1Y1ZA 2ZYKA 1DMBA 2H4IA 3OSRA 3EHUA 3H6WA 4ELPA 2YPNA 3LSXA 3MZ9A 3DELB 2O7IA 2V3UA 3OO8A 3RT6B 2Y7KA 1ATGA 3MUQA 4C1TA 2V84A 4N6PA 3ZKLA 2Z8DA 3ZSFA 5ITPA 1S50A 2UVHA 3DP8A 2ZYNA 3E3KA 3FXQA 4FJPA 1ZMGA 3TTLA 1EZPA 1JETA 1P1WA 1FW0A 3G3IA 3G3HA 4JWYA 2HEUA 3KN3A 1BLFA 4DCXA 4OERA 3OO9A 2ABHA 1DPEA 2DWHA 1MQJA 4YKIA 2ANJA 4YKJA 1AIVA 1D3KA 2A5SA 3G7WA 4O3AA 5FHOA 2XXVA 1ZJLA 4O3CA 4KYEA 1MDP1 4NF6A 1B51A 2Y7WA 3K01A 1O7TA 3L6GA 4U4XA 4GIZA 4RA1A 2M8CA 3HPIA 3N5LA 3PMXA 1LAGE 1MXVA 4ZE9A 2DXYA 4F1UA 2I58A 4H65A 2VHAA 3HO7A 4OWDA 2QS2A 3PD8A 4OHNA 3TMGA 3S9EA 4X48A 1H43A 4QSDA 2KLFA 3GZGA 2QMXA 3MW0A 4MFIA 1OQHA 4JDFA 5H8NA 1RYOA 3TCHA 1YCJA 2FYIA 3FUZA 4LZ7A 3CFLA 2Q88A 4OMBA 4QFNA 1B32A 2ZYMA 2LAOA 2NOOA 4H0WA 5I58B 1LFHA 5F7VA 3W15C 4KPTA 5ITOA 1FCKA 4F2QA 3I5OA 5H8QA 5I57A 2F6GA 2QS3A 3TTMA 1NL5A 3KZGA 3CFXA 5H8HA 4ONYA 1GGGA 2QRYA 4F18A 1UTBA 1MY2A 5CBRA 4I8CA 3OOAA 3TCGA 2F35A 3KGCA 2PT1A 4U1OA 2F97A 4PETA 4YKKA 4WEDA 4OENA 3JV9A 4XIGQ 4IO4A 2P0SA 3IOUA 4ISUA 4POWA 4I9DA 4YKPA 1R9LA 4N13A 3SDFA 1QKAA 4PP0A 4R2FA 3KG2A 4RXLA 1TWYA 1B4HA 1QW0A 5EYFA 2PT2A 1RYXA 2P1SA 2QPQA 4BDOA 3S4UA 5TPAA 4E0WA 5LOMA 3MPKA 1SW2A 1GR2A 3M3KA 4ZECA 1S7YA 4RPNA 5KDTB 1IUDA 3TEPA 3U8QA 1SD3A 1ZTYA 3BFTA 4DXCA 3E13X 5KCJA 5CBSA 4OFOA 1H76A 2YLNA 4EF2A 3RLFE 2F34A 4UACA 1FTOA 3H06B 1D9YA 2XX8A 3T66A 2XXUA 2F5XA 2OCUA 2I3VA 4NEDA 4YICA 4R9GA 4HCWA 1MDQA 4RK9A 1QVSA 1LCFA 1J1NA 4MBPA 4PFTA 4R73A 2OLBA 2GHAA 1MH4A 4NE4A 3T9VA 5AA4A 1FQDA 3KJTA 1OLAA 5ICQA 2Z22A 2FNCA 2FA7A 1B2HA 3QUFA 4EQ9A 3CR9A 4NMYA 1PB8A 3FZVA 1MM6A 3IX1A 1I6AA 1XC1A 1H45A 4R2BA 4G8NA 3RQTA 2DSFA 1YPNA 2OWTA 4FATA 3TYHA 1UIVA 1R1NA 3PUXE 4JWXA 5I2NA 4ZEKA 1CE2A 3KOTA 3IO4A 4WKMA 2GRVA 2G93A 2UVJA 3EHSA 3U92A 1H44A 1JEVA 1Y4CA 3IR1A 4Q8RA 1POY1 3TQLA 1B1HA 2REGA 1JW5A 4OVJA 3MP8A 2I0CA 5K2YA 1SW5A 3PV0E 3PPNA 2CMOA 3SEVA 2UYEA 1B7HA 2Q8JA 4ESXA 2ZYOA 4DDDA 3T22A 4NF4B 1LBCA 2W7YA 3C32A 1NNPA 3MC2A 3K1NA 1DSNA 2OJTA 1JEUA 3DM0A 2H5YA 3U1OA 4R72A 2F36A 2IEEA 5A5XA 4OEVA 1Y4TA 1P1UA 4Q0CA 4XKRA 3O6GA 5I56A 2H9BA 3DP4A 3RTWB 4GOTA 3CSGA 3TAJA 3TTRA 2CZLA 2O51A 3TQWA 2F6PA 4C1UA 3F11A 1JVXA 1MPDA 3FV1A 4OEUA 1B52A 1YTVA 4LATA 4NF8A 2AL5A 1I69A 3OEKA 1H3DA 1HSEA 5AA1A 3VXCA 1B5JA 3VDFA 4XKQA 3IK6B 4YB7A 5HM4B 2I4CA 2XD2A 4ZDMA 3L6HA 3IB2A 3RPWA 2O69A 1MXYA 4OZ9A 5KZTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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