5L9SA

Structure of agrobacterium tumefaciens c58 strain pbp attc in open unliganded conformation
Total Genus 111

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
326
structure length
326
Chain Sequence
MEQRVVIATTGGTYEKALREAWFEPFTKATGIKVVTVSGTDAEKRAKVTAMVQTGNVTWDLYLDGEIQAGSDAHFAITEDLSDFCMQFINSTDLLADSCTRGGAKLQSTSTLLAYKLNENGSNPQTWADMWDLAKFPGARSFPNFDDPWRVLAAALLADGVPREKLFPLDVDRAFRKLDELRDSVQVWWRTGDQSVQAFRNDEYRVGQIWLTRAKALKAEGYKIGWSYDGAFLVGDRIALVRGAPNRENALKLIEFWLRNPAAQAKACETLSCTPPSQKAISQMSSEARATLPSAADVENRIIVPDAQWINANMGMLVQRWNSWIR
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV8 (236-239)S1 (38-43)AH1 (46-64)S8 (240-244)AH9 (245-254)TIV1 (102-105)S2 (67-72)3H1 (100-102)AH2 (75-87)TIV10 (278-281)S3 (95-99)TIV9 (275-278)AH3 (106-111)S9 (258-274)AH7 (205-215)AH4 (115-119)TIV2 (122-125)TIV7 (200-203)S7 (219-223)TII1 (129-132)AH8 (226-235)TIV4 (125-128)S5 (137-150)S6 (174-177)TI1 (134-137)AH13 (320-324)AH5 (161-165)TIV5 (166-169)TIV6 (167-170)TVIII2 (168-171)AH6 (182-193)3H3 (197-199)O2 (203-205)AH10 (281-293)3H4 (216-218)AH12 (312-317)O1 (89-91)3H2 (120-122)TIV3 (123-126)AH11 (295-305)TI2 (152-155)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Mannopine)
total genus 111
structure length 326
sequence length 326
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9sA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9sA01
1OIBA 3N94A 3M3KA 4N13A 2PT1A 4JWYA 3BKIB 1XHYA 3RT8A 2QS4A 1FQAA 1VFDA 2V3TA 3C4MA 3RY3A 3FZVA 4LQ2A 3A3UA 2B3FA 3UA8A 4OQOA 4THIA 4GL8A 3U1OA 3DP6A 3TFLA 3CFZA 2DE3A 1DOTA 1LFGA 3EF7A 1CE2A 3I6VA 1IIWA 4PETA 1LAFE 3KBRA 1A8EA 5TPAA 2QJEA 3VXBA 4EXKA 2V93A 3KJTA 3TCFA 3LSFB 3HN0A 4XKRA 2GHAA 3EHTA 4IB2A 1MM7A 2X26A 1IXGA 1YTVA 1GV8A 2ALUA 1YCJA 5EHSA 3E9XA 3LR1A 3IOVA 4U21A 4BDOA 3B6TA 2F5XA 4ESXA 1PC3A 2ZYMA 5I2NB 3PPPA 5I59B 3CFXA 1XVYA 4GLIA 1EZPA 4U2RA 2E0SA 1DTGA 4RY1A 1JW1A 2QS3A 2FA7A 2OJTA 3W15C 3C33A 4R9GA 5K2XA 4OYVA 3FVKA 2I0BA 4U23A 4FEDA 3OXNA 4KCCA 3OSRA 1PBPA 2D5WA 3PUYE 4FATA 3T22A 5KDTB 1KWHA 1B1XA 4RK9A 1TFDA 1BTJA 5I57A 4XIGQ 4GIZA 2NUVA 4YU0A 1XC1A 2I6EA 4F1VA 3C36A 2O7UA 3T9VA 3IB0A 3PV0E 3OD7A 2OBGA 3PGFA 2ZYOA 1B3HA 4IY5A 3G3FA 2HCAA 1ELJA 2RC7A 4H67A 1JW4A 4BDQA 3RPWA 5H8QB 4F3PA 1H45A 2DP8A 1SI0A 2H4IA 1ZMGA 4EQBA 4JDFA 3AXFA 4ZECA 1RYXA 3KN7A 2Q2CA 3LC8A 2AIXA 3PPNA 4OETA 2XX7A 3N26A 3K01A 4ZZEA 4GOTA 3FJ7A 4R72A 3D4GA 1B7HA 3IB2A 3SEUA 1BP5A 5BUUA 1IITA 4ELOA 2V84A 5BWJA 4YKJA 4LZ5A 3GBAA 1Y3NA 3RTWB 2QL3A 5I57B 5TP9A 4G4PA 1MPCA 5FHMA 3S2VA 2V3UA 4PP0A 2WKYA 2RCAA 3K6XA 2QRYA 4F3SA 2HZKA 5FTHA 4ELQA 1VE4A 1O63A 1B0HA 4ELRA 4U4SA 1ZTYA 3O97A 1XVXA 1MQGA 2I4BA 4ISUA 3K00A 1OLAA 1SYIA 2H98A 2AL5A 4NF6A 2UXAA 3ODBA 3RN8A 2OK2A 1B6HA 5KCJA 3MPKA 1IEJA 3N6TA 4JBZA 3MQ9A 5CRYA 2RC9A 1MY1A 1MH4A 3D4CA 2I3WA 5H8SA 4Z0IA 4I62A 1IXIA 3U72A 4PQJA 1WVJA 2RKMA 3RNNA 3VLVA 5B70A 3MPLA 4LZ7A 1DPPA 4P0IA 4G68B 2I48A 1VFEA 3EHUA 3PPRA 3GBBA 2PT2A 2UYFA 3HPIA 2O1MA 4YMBA 5TP9B 1B58A 5HM4B 4PE5B 4KD5A 1Y4CA 4G2ZA 4PFWA 4XTCQ 1P1UA 4HW8A 5AA3A 1QKBA 4H8IA 3KEIA 1SDXA 3PMWA 2F34A 3RUMA 4YZZA 3Q28A 5FTIA 1NH7A 1Y3QA 3MWBA 1WDNA 3HCQA 4U1ZA 4F31B 2O68A 1NFTA 4ZDMA 5AE4A 3KOSA 3WAFA 1SBPA 1GGGA 1QUIA 2Z23A 1QUJA 4YB5A 4ND9A 2PMSA 1MDQA 1I6QA 1AH5A 1HSEA 3U92A 1FQCA 4R9FA 4OWDA 1SW1A 2NVUB 3N6UA 1PEBA 2ZNUA 3WAEA 2ONSA 4GVOA 4R6KA 1AMFA 5H8NA 1I6AA 2OZZA 3LUYA 4YKPA 2G93A 4UA8A 4YAHX 2QMWA 2XXPA 2VD3A 5F1QA 3IOUA 3FD3A 3MVXA 3ILTB 2NWJA 3UK4A 3ZKKA 1VSOA 3TTRA 1MPDA 1J1NA 4IO6A 1UIUA 4H5GA 2I58A 3Q27A 3K0VA 1NKXA 4GXSB 1DMBA 2A5TB 3T9XB 2D21A 1SI1A 3CSBA 4AB5A 1ZU0A 1ZKBA 4C1TA 3V8XB 3K1PA 5EYFA 2DSFA 3OSQA 3KFMA 2XXTA 2Q9TA 1IUDA 1JQFA 2VP1A 1SQYA 1S7YA 4R6HA 4Z7EA 3MP6A 5DVIA 3EN3A 3GZGA 5I58A 3BFUA 3ZKLA 3PPOA 4WXJA 3CFLA 2QS1A 3TUSA 3S9MC 3W9WA 1O7TA 5CBSA 3OO7A 3TDJA 3G3KA 2Z8FA 1N3XA 2ANJA 5CBRA 1B2HA 2THIA 1RKMA 4YICA 5H8FA 3PD9A 2RF1A 1MXVA 1M5FA 3PU5A 3VLWA 3ECRA 1H3DA 4OESA 3T66A 3MAMA 1EH3A 4TQUQ 2O69A 2AYSA 3QUFA 3TTLA 3FXQA 3U93A 2ONKE 1DPEA 1D4NA 3OMBA 3K1NA 2ZMBA 4TLMB 3A3CA 4JXIA 1B0LA 3JZJA 1F9BA 2QS2A 1WODA 5H8HB 4IO2A 3S4UA 4RNSA 4Q5TA 3VV5A 2B3BA 2XXQA 1NNFA 4G8HA 3KN8A 4U22A 4H0WA 4POWA 4ELPA 3KOTA 2PVUA 3SEXA 3H4ZA 2F8DA 5ISUA 4QSEA 4YMAA 2H25A 4RPNA 3K6UA 3FUZA 5I58B 2XHDA 1Q1KA 2O1LA 1MRPA 5AA2D 1MM6A 3VVEA 1OQGA 5TU0A 2H9BA 1N7WA 2ZYKA 4N6PA 1LLSA 2Q8JA 4GRKA 2I4CA 1EZOA 4OENA 3OELA 1A40A 3PMVA 1B4ZA 3I5OA 4YKIA 4U1OA 4NF8A 3PUXE 1US4A 3M3FA 5DT6A 1NH8A 3H06B 2I49A 2H99A 4XKPA 5AA4B 4NMYA 1B4HA 1T0KA 1P1OA 3IOWA 1SW5A 1QVSA 3UGWA 1FTKA 4C1UA 4NEDA 4F29A 2ONRA 3MVZA 2DWIA 4H8JA 2E1SA 1PB8A 2VOZA 1B05A 4JB7A 3UIFA 4PFTA 2HQ0A 3TQLA 1R6ZA 3KZGA 5KZTA 3K1MA 4ONYA 4IO3A 3SESA 1Y9UA 4DDDA 4EXLA 1N84A 3C32A 1OVBA 4QFPA 1LBBA 1CB6A 3ILUB 4LONB 4KYSA 1B7ZA 4RK2A 4Q30B 1YPNA 3FATA 3FVOA 3OO9A 5TPAB 1B5JA 3A09A 3CRBA 3OENA 5A5XA 4QSCA 2QSXA 1Y1MA 5DYHA 1JEUA 2XXIA 2XXWA 2F6PA 1L5TA 1A55A 4YB6A 2Q88A 1LSTA 3GLBA 4JWXA 4MLVA 4MLQA 4IO7A 1B3EA 1R9QA 2DWAA 5CC2A 1MY4A 1MXWA 3RTFB 1I69A 4P11A 3VFJA 3MBPA 4JSDA 1FQFA 4M1VA 4RXLA 1H76A 1MH3A 2DOJA 1MS7A 2I0CA 1B51A 1SD3A 1NNTA 2Y7IA 1B3LA 3IJOB 4PFUA 4ESWA 5DEXA 3MJNA 2DXRA 1UQWA 2HAVA 3G3JA 4KI0E 5AA2A 3Q25A 2FYIA 3ZSFA 1HSJA 4ZEIA 4DE8A 2XXXA 2ESNA 1N04A 2FNCA 2R71A 1N76A 4GFRA 3C34A 2DVZA 5ITOA 3C31A 4H65A 1URGA 1VR5A 3MP1A 2Q89A 3H7MA 4IGRA 1MPBA 3MW0A 2F36A 4H1XA 5CMKA 3OEMA 3H6WA 4OEUA 4JSOA 4TOZA 1D3KA 3RQTA 3CR9A 3K4UA 4AQ4A 3V83A 3TMGA 2ZYNA 3OOAA 1FQBA 2CZLA 3PUWE 4NTLA 3PUVE 4FJPA 2Z8EA 3EQ1A 4M4GA 4QF9A 4IY6A 2P1SA 5LOMA 5HPQA 1M5CA 1UTHA 1AIVA 4QSDA 4KHZE 5I84A 2VHAA 1A8FA 3MZ1A 3T93B 3KN3A 3HSTA 4QFOA 5JTYA 4E0XA 1H43A 1H44A 1LAHE 1RYOA 1P99A 4H6DA 2QPQA 3ZS6A 1FTJA 4OVJA 1XT8A 4GL0A 5L9OA 2GHBA 3DLNA 1LCTA 1Y3PA 1JVXA 5B7DA 1MY2A 4X9TA 2DWHA 1R9LA 5JK4A 3IJXB 1I6BA 3IORA 4UACA 3TPAA 2R6GE 4F1UA 3CIJA 3QAXA 3RT6B 3HHGA 2F6GA 1JETA 2NXOA 3IR1A 4NF6B 3FV2A 3CVGA 1LB9A 3G3HA 1UTBA 4KPTA 5JEIA 3MVYA 4POXA 3HO7A 5KCJB 1II5A 4YKKA 4FEBA 1SW4A 3FASA 5L8DA 4OEVA 2A5SA 2HEUA 3BBRA 4I8CA 4FECA 2G29A 4OERA 4DLDA 3SKPA 4KYEA 3CSGA 5I2KA 3OO8A 2ZNSA 5DVFA 2DE2A 3C35A 3CG3A 3W9VA 1B52A 3T9UA 5HBCA 3E3KA 3FVGA 2W7YA 4G8MA 1QW0A 1FW0A 5FHNA 4F3BA 2IEEA 5I56A 3TELA 1SW2A 4KQPA 2OCUA 3L6HA 2REGA 3U94A 1BLFA 1Y20A 4ZEKA 3PPQA 3VLUA 4EQ9A 3TCGA 4MBPA 4KCDA 4OXVA 1B3FA 4EF1A 1NMUA 3VVDA 1EU8A 3H6TA 1POTA 1FQDA 3T9HB 4OZ9A 1PB7A 4F1YA 2UVJA 4RYAA 3B6WA 1DSNA 1M5EA 2B65A 4DXCA 2F7AA 3T96B 3JV9A 1B5IA 2XX9A 2XXRA 3QIMA 4BLAA 5H8NB 5IAIA 4OFLA 3R6UA 3LBSA 2XD2A 2HXWA 4H5FA 1LAXA 2CMOA 5DVJA 3VVFA 1OQHA 1MXUA 1PBQA 3FIRA 1B1HA 1SVXB 1R1NA 4DZ1A 5I2NA 1LAGE 5I59A 3O29A 4GXAA 4DIGA 1JW5A 1P1QA 3QXMA 2XXVA 3JYRA 2UVIA 1FTLA 4FORA 3IK6B 2VD2A 4LATA 3IX1A 2F7BA 1FTMA 3N5LA 3LSWA 3H6UA 1SYHA 3EPEA 1ATGA 1PDAA 3HV1A 3V89B 5KDTA 3K02A 4ZZAA 1NNPA 4F3GA 1LFIA 2Y7RA 4U4XA 3VE1B 2DE4A 1P1WA 3L6GA 3THIA 1PB9A 3TCHA 4L17A 3QUJA 3R26A 2Z22A 4C0RA 1DTZA 3E4RA 3FVNA 3TYHA 2NOOA 3K6VA 4MFIA 4GWOA 4NF4A 5ICQA 5H8FB 2V3QA 4HCWA 3UN6A 3B6QA 1D9VA 4F2OA 3DP8A 1O64A 1JVYA 3PD8A 1MXZA 1B7UA 3K6WA 1MQJA 3OO6A 1US5A 5H8QA 2OWTA 4QFLA 4NE4A 3SEYA 4GF8A 4EQ7A 4K3FA 4O3BA 3RLFE 1MQHA 1AL3A 1MY0A 3R7XA 1N0TA 1OVTA 3K2DA 1B46A 3BFTA 1USYH 4F18A 2UVHA 4OHNA 1GTKA 2UYEA 2P2AA 1GVCA 3TZAA 4ZE8A 1A7LA 2PYYA 4FIMA 1BIYA 3O9PA 4QFKA 3LSLA 3KG2A 3V5AA 4O3AA 2RC8A 2YPNA 2PBWA 1XS5A 2P0SA 1N7XA 4DXBA 2O6AA 1B32A 3EHSA 1IXHA 4BDMA 2I3VA 4RJZA 4I1DA 1FTOA 4MF3A 4LZ8A 4TLLB 4KR5A 4NF4B 2DS9A 4NF8B 1Y1ZA 2Y7WA 4P0GA 3O6IA 4E0WA 3S9NC 4BDRA 1MXYA 4R2BA 4LA9A 5CI5A 4IGTA 1NL5A 3UORA 2X7PA 4BDNA 2QMXA 4R6YA 2OWSA 1MXXA 1MQIA 4G77A 3G3GA 4ECFA 2XD3A 1XOCA 3KGCA 3TTKA 1B5HA 1FCKA 2R9JA 4DCXA 1TXFA 5DTBA 5K2YA 2HAUA 3O2AA 3SETA 3TEPA 4NF5A 3U8QA 1QJMA 1EZ9A 2RCBA 2BJJX 2LAOA 1IQ7A 4F2QA 1A99A 1B9JA 2DWJA 4G68A 2Y84A 1IXCA 3QYTA 3MUQA 4Q0CA 1B40A 3E13X 4XKQA 4ZE9A 2DYXA 3O66A 4OFOA 4IO5A 2Z8DA 5L9MA 1URSA 2PX1A 3IO6A 3H03A 2UVGA 5CMCA 2Q2AA 1M5BA 1GR2A 5L9SA 5A5XB 3GXAA 3IAZA 2Y7KA 4QRZA 3G3IA 4HS7A 4FAJA 2OLBA 1BKAA 4EDPA 4NWCA 4F22A 3HHFA 1LB8A 4WEDA 3DELB 1URDA 2Y7PA 3VXCA 1Y4TA 4X1BA 3MZ9A 3IO4A 4LUBA 4R75A 3IOTA 3DP4A 3ONMA 3M8UA 2AL4A 4KFQA 4RA1A 2VGQA 2HFBA 2DQVA 3H6VA 1ZBMA 4NF5B 5DEXB 1D9YA 2GFEA 2XXYA 1OLCA 3SEWA 3PUZE 4JWOA 3CG1A 5CMMA 3S9EA 4Q8RA 3RGYA 5AA2B 4I9DA 2O84X 4NWDA 4ZEDA 3O6HA 1LCFA 4YB7A 2A5TA 3G7WA 3O28A 4XKNA 1LGBC 2M8CA 4BDLA 2REJA 3VDFA 4R2FA 3IB1A 2F35A 5M2VA 5ELVA 3M3LA 2XXHA 4G68C 2RINA 1S50A 3MC2A 3KSJA 4QFNA 3UP9A 1OMPA 3I3VA 5EHMA 4AB6A 2HZLA 3TQWA 2ZXTA 3B7DA 4OMBA 5IKBA 1MQDA 2F78A 1FQEA 3KJ7A 3MVWA 1JEVA 4LP2B 1AOVA 1ZLQA 3DM0A 3QSLA 4HCYA 4MH5A 4WKMA 1JNFA 3MP8A 2ZNTA 4X1DA 1QKAA 4DXUA 3FXRA 3KSXA 1UTHB 1S9TA 4LQ5A 4ZS9A 4N07A 2D3IA 3TTNA 5F7VA 1N3WA 3Q29A 5JTYB 4X48A 1LBCA 4O3CA 3S9LC 1TFAA 1Z7ME 3USDA 2YLNA 2DVCA 3FGSA 1M5DA 3TODA 5H8HA 1TWYA 3Q26A 4WEPA 3TAJA 3LSXA 3TTMA 2XX8A 1ANFA 1HSLA 5FHOA 5CM6A 2V25A 4GQOA 1ZIUA 4GD5A 1TT1A 4HTGA 1MG1A 1Z7NE 1UTBB 4EF2A 2IA4A 2GRVA 3OEKA 3PMXA 3FXUA 1MDP1 4F19A 4OTEA 4IO4A 4ZEBA 3IL1B 4DCYA 3H3GA 1MY3A 5AA1A 3TKDA 2X7QA 2H5YA 4RPOA 4EUOA 3SEVA 3SERA 1A54A 3C9HA 3O6GA 5I2KB 4ZEFA 4XXUA 1ZJLA 1UIVA 1POY1 5CMBA 2ABHA 2F7CA 1YAEA 1P1NA 3FV1A 5AA4A 4PFYA 1USYE 2KLFA 4R74A 4QHQA 2YJPA 4FE8A 1QULA 2XXUA 4OFJA 5I56B 3FJGA 4LVQA 2GH9A 3F11A 1IZ1A 3CI8A 1LFHA 3P7IA 1B3GA 2F97A 1Q35A 1QUKA 5J1DA 2O7IA 4F39A 3MZBA 1NNKA 5ITPA 2DXYA 3SDFA 5ICTA 4R73A 4G8NA 3FJMA 4KYDA 3QK6A 2O51A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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