5LOMA

Crystal structure of the pbp soca from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with dfg at 1.5 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
DNPLGLIDPTTISVGTMGDAKPYAFTTADGNFTGFDIELFLNVAGRLGFKKEQVVFTGQEFSALMPSVANGRFDVAAAAIGTTAKRKETVDFSDGYLAGFLSVLTSEAGITDAAGLKGKRLGVVQGTLQEIYAEKNFAGTDLVKFPDNNSAVSALNNGTVDAHFLDFEAAKDYSARYPALKIAVNIPSFDAPAGFVIRKGNDALRNALDKGLKEAMQDGTWKKLHEKWFPGTPMPAAYLPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium fabrum str. c58
molecule keywords Deoxyfructosyl-amino Acid Transporter Periplasmic Binding Pr
total genus 80
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5lomA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5lomA02
3M3FA 1H44A 4LP2B 3TQWA 1QKBA 2G29A 1QKAA 3EHUA 1URDA 3TTKA 2Q9TA 1B1HA 1R9LA 3PPNA 4LZ5A 1MPBA 3EN3A 1MPDA 3C4MA 3F11A 4KCDA 5KZTA 3OO8A 1N7WA 5DT6A 2F78A 3PMXA 1N3XA 2Q8JA 2DVZA 2XXWA 4G8HA 4H8IA 5I56A 4NF4A 3O6IA 4ZS9A 4POWA 3SEXA 3KZGA 2X7QA 2VOZA 2Z23A 4I9DA 1YCJA 5I2NA 3QSLA 1RYXA 4YMAA 2BJJX 2IA4A 2Z8EA 3K02A 4XIGQ 3SEVA 3FJGA 3PMWA 1MY0A 1LGBC 3T22A 1PB9A 1UIUA 3CG3A 2GFEA 1B5JA 3HO7A 3GBBA 2AYSA 3R6UA 2O51A 1Y4CA 2R71A 1SW2A 4ELRA 3CG1A 4GQOA 3OELA 1TT1A 2DXRA 2XXVA 4MBPA 4R9FA 2Q89A 3W15C 4JWXA 2O69A 4I8CA 4Z0IA 4MH5A 2QMWA 1N7XA 3SDFA 1A54A 2UVGA 4RJZA 3TQLA 1UIVA 3T9UA 2QRYA 3IO6A 2ZNTA 3C34A 1BLFA 4ZEFA 1GVCA 5H8HB 3QXMA 4ELPA 2THIA 4PFTA 3IB2A 4ELOA 2ANJA 3TTNA 2DYXA 2DWIA 2Y7WA 4X1BA 1MQJA 3HV1A 2OK2A 4R73A 1SYHA 2W7YA 5B7DA 2KLFA 4EXKA 5ISUA 1QW0A 4OZ9A 3KOTA 1ANFA 1ELJA 4QFNA 1N84A 3O2AA 5A5XB 4DLDA 1SYIA 4F3BA 1LAGE 3MP8A 4ISUA 1H43A 4LONB 5FHMA 3IO4A 3EHSA 4LVQA 1FQCA 5H8QA 4F3SA 1MG1A 2I4CA 5JTYA 2VD3A 1LAHE 4L17A 3ONMA 3B6QA 5I57B 1JNFA 3OOAA 1A8FA 4NE4A 3T9XB 3IR1A 4EUOA 2XX8A 3BKIB 3CFXA 3K6UA 3N6TA 1ZMGA 5H8HA 2QSXA 4G4PA 1FQFA 5DTBA 2OLBA 3O66A 3B7DA 4FORA 2VHAA 5TU0A 4YB6A 1FQDA 4DCYA 5DVJA 5FTIA 3LC8A 4YB7A 2I0BA 5ICTA 5A5XA 1MM7A 5AA1A 4DDDA 3K00A 2YLNA 4E0WA 4GLIA 2ABHA 3FASA 3OXNA 4U4SA 3G3FA 2AL4A 1GTKA 1MRPA 1NFTA 3B6WA 4N07A 5HM4B 4H0WA 1O7TA 2OZZA 3VFJA 4K3FA 3MC2A 4R6YA 4EF2A 3DP8A 5AA2B 4ZE8A 2G93A 5I57A 4U21A 1MQIA 1FW0A 4M4GA 4OERA 3TELA 3ZS6A 2UYEA 3N94A 1XC1A 3LBSA 4IY6A 3E13X 1OIBA 1JETA 3TFLA 4OXVA 1VSOA 4RXLA 5CC2A 2IEEA 1NNFA 1XVYA 2ONKE 3UK4A 3TMGA 3PU5A 4QHQA 2DQVA 1PBPA 3BBRA 1B52A 3OSQA 5HBCA 4GVOA 1B5IA 4ZEIA 1LB9A 3FJMA 4X48A 4X9TA 1N3WA 3H6WA 3OSRA 1SBPA 4YMBA 2X26A 2V3TA 2XXHA 1B51A 5ELVA 4R9GA 1VR5A 3CR9A 1YPNA 4OVJA 2F8DA 4QFOA 1WODA 4FEBA 2RCBA 3GLBA 3QYTA 3EPEA 4IO3A 1B4HA 1Q35A 1AIVA 4AB5A 3GXAA 1LLSA 5KDTA 4H5GA 2Q2CA 1FCKA 1A7LA 2H5YA 1N04A 2F35A 4OEVA 1NKXA 4LA9A 1S50A 2UXAA 5BWJA 3Q29A 3KEIA 1PB7A 4NTLA 4F22A 1B58A 1JVXA 2DXYA 2ONSA 3AXFA 2OJTA 4IO4A 1H76A 2AL5A 3JZJA 4ZDMA 2ZNUA 4R6KA 3MWBA 1NNPA 3A09A 4WKMA 3LR1A 3E4RA 1Q1KA 3U92A 4JB7A 4X1DA 3Q26A 4GXSB 1H45A 1B32A 5AE4A 5L9MA 3DELB 3FVGA 3TDJA 1PDAA 4OETA 3PD8A 1A99A 1UTHB 4RNSA 3RT6B 1DSNA 3K1PA 4ZEBA 3KGCA 1II5A 1B4ZA 1LBBA 3MZ1A 3OMBA 1IXGA 1H3DA 1ZKBA 1TXFA 3HPIA 3G7WA 3MW0A 3QUFA 3LSLA 4G68A 1FQAA 2CMOA 3SESA 2GHAA 2DE2A 1EH3A 4Q30B 4BLAA 1IQ7A 4OTEA 4C1TA 4GL0A 3H6VA 4NF8A 3K1MA 1Y1MA 3KN3A 1LSTA 3VVFA 2QL3A 3FUZA 4OYVA 4U22A 5ICQA 1QVSA 1XHYA 1MDP1 4XXUA 1QJMA 3OO6A 2D21A 2DP8A 4XTCQ 3MAMA 4JSOA 3MQ9A 1B3GA 1FQBA 2REJA 4BDNA 1B7ZA 1UTHA 2GHBA 4U4XA 5H8NB 4DE8A 1P1QA 3T93B 1I69A 5AA3A 3VDFA 4FATA 3IAZA 3SEUA 3PD9A 3PPRA 4AQ4A 2ZYKA 2NOOA 4MF3A 1M5DA 1US4A 4ELQA 2DE3A 2Y7RA 1SI0A 3G3GA 3O9PA 1UTBB 1URSA 4EXLA 1B1XA 1AL3A 5K2YA 1MXUA 4KCCA 2AIXA 1IIWA 3RPWA 5IKBA 3PMVA 2ZYOA 1LCTA 2PVUA 4QSEA 3H6TA 4QFPA 4UA8A 2XXPA 1I6BA 4E0XA 4TOZA 4LQ5A 4YKIA 5I59A 5H8FB 3I5OA 4OQOA 4HS7A 3UORA 4IB2A 2I4BA 3IOVA 2I6EA 4KYEA 4BDLA 1M5FA 1B6HA 4BDOA 3C9HA 1TFDA 3RY3A 1A8EA 3EF7A 1R6ZA 3KJTA 4EDPA 3TCHA 1MXVA 1MY1A 3TCGA 3N6UA 1SI1A 1M5BA 3K4UA 3U1OA 3OEKA 2HFBA 2V3QA 2XXYA 1UTBA 3Q25A 3PUXE 2R6GE 3FZVA 5CMMA 3DP4A 3TTMA 2QS3A 4F3PA 1MQGA 4DIGA 1EU8A 2F34A 3IOWA 3ILUB 4NF6B 3ZKKA 4NWDA 3MVYA 5DEXB 3V5AA 3W9WA 5L9SA 3H7MA 4TLLB 2O1MA 2PX1A 2ZYMA 2XXXA 3Q28A 3H6UA 1D3KA 5H8FA 4NEDA 1MXXA 2O6AA 4ZEKA 1A40A 3B6TA 1JW5A 2HQ0A 5I58B 3S9LC 1IUDA 2ONRA 3VLVA 1B05A 4H65A 1N0TA 5L9OA 4G68C 3VE1B 3GZGA 4N6PA 4WEPA 3D4CA 3WAEA 1IEJA 5F1QA 2B3BA 1WDNA 1LB8A 3VXCA 2FA7A 3ZSFA 5BUUA 1USYE 3A3UA 2NVUB 4F3GA 4NF6A 4MLQA 4GXAA 5CMKA 3MZBA 4TLMB 4AB6A 3ZKLA 1Y1ZA 4O3AA 2HCAA 4GWOA 3JV9A 4NWCA 1B0LA 4RPOA 3CVGA 1A55A 3BFTA 3FXQA 2DS9A 1RYOA 3FXUA 1L5TA 1CB6A 4DCXA 2NXOA 4G8NA 5EYFA 4PP0A 2ZMBA 3W9VA 2Y84A 1FTLA 1CE2A 3LUYA 4U1ZA 2YJPA 4THIA 5L8DA 3PUWE 1ZU0A 2V93A 2DWAA 4IO6A 2P1SA 1M5EA 2Y7KA 4ONYA 1RKMA 2DWHA 5H8SA 3MPLA 4DXUA 3RQTA 2NUVA 2OWTA 1QUKA 3O97A 3TEPA 4YKPA 4F29A 1BIYA 4F39A 2D5WA 3S9EA 4F19A 1MH4A 3BFUA 1LAXA 3U93A 3VV5A 1D4NA 1NL5A 4KI0E 2H25A 1ZTYA 1BKAA 4PFUA 3TYHA 4HCYA 3FXRA 1JQFA 3D4GA 2FYIA 4BDMA 2PT1A 3MVXA 2ALUA 5CM6A 1ZIUA 4KR5A 4G8MA 2Y7IA 3N5LA 5M2VA 1DTGA 3R7XA 2Y7PA 2QS4A 1OVTA 2F5XA 5KCJB 3FVOA 3QUJA 1WVJA 5ITPA 3H06B 5I2KB 1GR2A 1XVXA 2R9JA 4QFKA 4F2QA 4GF8A 3C36A 1MY4A 3RLFE 4M1VA 4DXBA 3C33A 3CFLA 1LAFE 3QK6A 1EZPA 3ILTB 2WKYA 2XD3A 3I3VA 1D9VA 3DM0A 1P1WA 1B7HA 4QSCA 5CBRA 4H6DA 2X7PA 3KFMA 3HHFA 5AA2A 2Z8FA 2OCUA 3DLNA 3GBAA 5TP9B 3FV2A 1YAEA 5ITOA 4EQBA 1B2HA 3G3IA 4ESXA 1AMFA 2E1SA 5DYHA 3L6HA 1B46A 1T0KA 3RGYA 1B7UA 5KCJA 2PMSA 5CMBA 3MVZA 2CZLA 4QSDA 4RK2A 1O64A 5I2KA 4F31B 3MJNA 4C0RA 5TPAB 1B3EA 4BDRA 2OBGA 4H1XA 2F7AA 2HXWA 4IGRA 4QFLA 4LQ2A 4OESA 1NNTA 3H03A 2H9BA 3E3KA 4P11A 3PUVE 3FATA 2HEUA 4GIZA 2I48A 2A5SA 3LSFB 4YU0A 3HHGA 1DMBA 2Z8DA 2RC8A 1FTMA 3KG2A 2Q88A 1MY3A 4OMBA 2QPQA 3IOTA 4EQ7A 2XHDA 1MPCA 1IXIA 2NWJA 3S2VA 3IK6B 1DPEA 1OLAA 3PPPA 2FNCA 1MXWA 2I3WA 4FEDA 4TQUQ 3JYRA 3IORA 1HSEA 1LCFA 4RYAA 4RA1A 3VVDA 1SW4A 3LSWA 5TPAA 3THIA 1XOCA 3C31A 2DSFA 2F6PA 4Z7EA 5JEIA 3S9MC 1LFGA 2HZKA 1B5HA 3K6VA 4ECFA 3G3JA 3TTLA 3S9NC 3PUYE 3TPAA 2V3UA 4IO7A 1UQWA 4U1OA 1PBQA 3TZAA 2A5TB 1IXHA 4KYDA 3DP6A 4R6HA 3O6HA 1PB8A 1DTZA 3T9VA 4GD5A 2XX9A 1TFAA 4PQJA 4RPNA 3MZ9A 3SEWA 3IB1A 3MBPA 4EF1A 4HW8A 2GRVA 4O3CA 3UP9A 3CFZA 4YZZA 3USDA 4GOTA 3EHTA 2O1LA 2I3VA 3SKPA 4OFOA 3A3CA 3K0VA 3MP6A 1P1NA 2XXIA 4G77A 1DOTA 4UACA 3UA8A 1VFDA 2H99A 3IL1B 1NMUA 4FAJA 1FTKA 2H4IA 3IJXB 3ECRA 3RUMA 1OLCA 4NF4B 4XKNA 2Z22A 3PUZE 4JWOA 1SW1A 1S7YA 2V25A 1BP5A 4LZ7A 4HCWA 1VE4A 2P0SA 2RKMA 2ESNA 1SQYA 5I2NB 3O6GA 5F7VA 1MQDA 4DXCA 3OD7A 2DE4A 1MXYA 3TTRA 3FVNA 5K2XA 4Q5TA 5H8NA 4ZEDA 2DWJA 1EZ9A 3OENA 2O7UA 2VGQA 1HSJA 3U72A 3CRBA 5EHSA 1GV8A 3H4ZA 2Q2AA 1B3FA 2VP1A 3MP1A 1B3HA 4ZE9A 2E0SA 1J1NA 5CMCA 1SD3A 1OQGA 3G3KA 3S4UA 2XD2A 3K1NA 2O68A 4KHZE 1R1NA 4EQ9A 3RN8A 4IGTA 4GFRA 1USYH 3WAFA 3IB0A 3SERA 1ATGA 3HSTA 4OFJA 5FTHA 4R75A 1PC3A 4C1UA 3R26A 3M3LA 3O28A 2QS2A 4F1UA 4JBZA 1MQHA 2QMXA 1SVXB 2XXQA 1HSLA 5I84A 4R2FA 2VD2A 5H8QB 1Z7ME 4XKQA 2RINA 4FJPA 5JTYB 1POTA 4F1YA 3KJ7A 3K01A 2I0CA 4P0GA 3SETA 1I6AA 1Z7NE 4KFQA 3CSGA 4IO5A 2I49A 3IJOB 4PE5B 2GH9A 1ZLQA 4YICA 4I62A 2HAVA 1F9BA 1LBCA 5DEXA 1XT8A 1NNKA 1SW5A 1FQEA 1OVBA 2P2AA 2XXUA 5FHNA 4H67A 4KYSA 2PYYA 5J1DA 2B3FA 2XXTA 1POY1 2O84X 4QRZA 3LSXA 1KWHA 2PT2A 2F36A 3CI8A 5CI5A 4DZ1A 4F18A 5I58A 2REGA 1NH8A 2F97A 1MM6A 4IO2A 4FE8A 3UGWA 3OEMA 4PFYA 3T66A 2DOJA 4FIMA 3C32A 1IITA 2QS1A 2F7CA 2RC7A 1LFIA 3OO7A 3V8XB 1R9QA 3V89B 3Q27A 1B0HA 1P99A 4FECA 4RK9A 5JK4A 1ZJLA 4YAHX 1EZOA 3KOSA 5AA4B 2RC9A 1FTJA 1LFHA 3H3GA 1OMPA 3EQ1A 2RCAA 1ZBMA 1SDXA 3KSJA 1AOVA 1JW4A 5HPQA 3HCQA 1NH7A 3U94A 3CSBA 3IX1A 3TAJA 4RY1A 4I1DA 1I6QA 2PBWA 4LZ8A 1JEVA 2F6GA 1MY2A 4H8JA 3TODA 5IAIA 4KPTA 4KQPA 4JSDA 3P7IA 1D9YA 4OHNA 4ZZEA 4NF5B 1GGGA 5AA4A 1TWYA 1Y4TA 3I6VA 4LUBA 1P1OA 4ZECA 2UVIA 5KDTB 4N13A 1B3LA 5FHOA 1Y3PA 4JWYA 1M5CA 1JVYA 5CRYA 3KN7A 4MFIA 1QUJA 4JXIA 1US5A 4XKPA 3MUQA 2LAOA 2ZNSA 4H5FA 2F7BA 4R2BA 1FTOA 2O7IA 3FD3A 1IXCA 5EHMA 3MPKA 4LATA 2XXRA 3FIRA 3TCFA 3KN8A 2DVCA 4POXA 3T96B 1MXZA 4QF9A 3UIFA 4XKRA 3IOUA 4NF5A 3SEYA 2V84A 2H98A 4OENA 4OFLA 1AH5A 3K2DA 4PETA 2B65A 3C35A 1QULA 3TUSA 1P1UA 1JW1A 1B40A 4YKKA 5AA2D 3FJ7A 2I58A 5TP9A 1MH3A 1IZ1A 4G68B 4R74A 3N26A 4OWDA 4F2OA 2RF1A 4NF8B 4F1VA 4OEUA 1XS5A 4YKJA 3M8UA 3G3HA 3KBRA 1OQHA 3KSXA 5CBSA 4U23A 1YTVA 1URGA 4ND9A 1Y9UA 3OO9A 1VFEA 1JEUA 1Y3NA 3K6XA 3RTWB 4PFWA 3PPOA 3M3KA 4GL8A 4P0IA 1QUIA 4R72A 2YPNA 1Y3QA 4HTGA 2ZXTA 2OWSA 3QIMA 2ZYNA 2UYFA 2XX7A 3RTFB 1DPPA 3RNNA 2M8CA 4JDFA 4KD5A 3VVEA 4G2ZA 5B70A 2UVJA 2UVHA 1PEBA 4BDQA 1MDQA 3O29A 3L6GA 2QJEA 3MVWA 4Q8RA 1MS7A 3QAXA 3FGSA 3K6WA 4O3BA 3TKDA 5I59B 1S9TA 4GRKA 4MLVA 4YB5A 3FV1A 1BTJA 3VXBA 4ESWA 3RT8A 1B9JA 2D3IA 3PV0E 1O63A 3V83A 3PGFA 3PPQA 4ZZAA 2A5TA 4IY5A 4NMYA 3T9HB 3E9XA 5I56B 1N76A 3CIJA 3VLUA 1Y20A 4WXJA 5DVFA 3VLWA 3HN0A 3UN6A 2HZLA 4U2RA 5DVIA 3FVKA 5LOMA 3ODBA 4Q0CA 2HAUA 4WEDA 3U8QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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