5M2VA

Structure of gluk1 ligand-binding domain (s1s2) in complex with (2s,4r)-4-(2-carboxyphenoxy)pyrrolidine-2-carboxylic acid at 3.18 a resolution
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
253
structure length
251
Chain Sequence
TLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and Synthesis of a Series of l-trans-4-Substituted Prolines as Selective Antagonists for the Ionotropic Glutamate Receptors Including Functional and X-ray Crystallographic Studies of New Subtype Selective Kainic Acid Receptor Subtype 1 (GluK1) Antagonist (2S,4R)-4-(2-Carboxyphenoxy)pyrrolidine-2-carboxylic Acid.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor
total genus 72
structure length 251
sequence length 253
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5m2vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5m2vA02
5CMKA 2F7CA 4NF4B 2YJPA 3UK4A 2O7UA 3CFLA 1RYXA 2DYXA 2FA7A 3K4UA 4IB2A 1UQWA 4H0WA 3H06B 4IO4A 1IXCA 1OIBA 4IO5A 3TCHA 2Q88A 3PPPA 3K01A 4RA1A 5ICQA 4X1BA 3USDA 1H43A 3G3IA 1IXGA 4POXA 1FTKA 1HSJA 1POTA 4MF3A 4YMAA 4YKPA 1MXYA 4U4SA 2AL5A 5JTYB 4GOTA 4ZEIA 3TCGA 1MXWA 5IAIA 4RYAA 2NOOA 1SYHA 1Q35A 3RTWB 2CMOA 4XKQA 1AMFA 1UTBB 4AB6A 1L5TA 3IB1A 3S9MC 5CM6A 1UIVA 1URDA 3I6VA 1ZKBA 4F1YA 2REGA 4JSOA 5CBRA 4EUOA 1LGBC 3A09A 2Z8EA 1A40A 1OVBA 4EF2A 5HM4B 3E13X 1FQDA 2Q2CA 5I56A 1B3FA 1N0TA 5HPQA 1FTJA 3IAZA 4N13A 3E4RA 4AB5A 4F31B 1SI0A 3PPQA 2O69A 4GLIA 2UVIA 4EXKA 2Q89A 4NF8B 4KYSA 3VXCA 4FATA 1LB8A 2XXQA 2RF1A 3N6TA 3TEPA 4RK9A 4DZ1A 4XTCQ 3DLNA 4QRZA 5KDTB 3OSQA 3PPRA 3O6GA 4X1DA 4ZEFA 1TT1A 1XT8A 3TUSA 3FVOA 2VD3A 5ELVA 2Z23A 1DPPA 1AH5A 2Q8JA 4OETA 3E3KA 4OENA 5H8QA 4THIA 4H1XA 3MW0A 4TLLB 4F3SA 1SYIA 5F7VA 5M2VA 1BTJA 1MDP1 3T22A 5KCJA 2A5SA 2I6EA 3KG2A 1N3XA 1LAHE 3BKIB 4PFYA 3IO6A 4LP2B 3U94A 3FXQA 1LAGE 3UGWA 3QAXA 3OXNA 3RTFB 2QMXA 1CB6A 1H76A 3FV1A 2P2AA 1B32A 4U22A 4DXBA 2AL4A 2Q2AA 1B58A 2VOZA 4LQ5A 3QUFA 2F6PA 2E0SA 3QXMA 2RCBA 2I0CA 3IOVA 2HZKA 2QPQA 4PFTA 2Y7IA 2ONKE 4FORA 1FW0A 3HPIA 4XKPA 4QSCA 1B4ZA 1LBCA 4EF1A 3N26A 3CSGA 3K1MA 3EHSA 1ZTYA 3QUJA 3O6IA 3PPNA 5CC2A 3IK6B 2O1LA 5EHMA 4EQ9A 3G3JA 1YCJA 3IOWA 1EZ9A 2GFEA 1DMBA 1MH4A 1EH3A 1VFDA 3WAEA 3F11A 3H6VA 3S9LC 4R72A 1AOVA 2DE3A 4RPNA 4GF8A 4ZZEA 2A5TB 5AA4A 4BLAA 4FJPA 1QJMA 2XXIA 3FATA 1I6AA 5DYHA 3SEWA 1SI1A 4F18A 1YAEA 3UP9A 4KFQA 3LC8A 3ILTB 1EZPA 1DOTA 3UA8A 3SERA 4Z7EA 3FXRA 3GBBA 1GTKA 3MP1A 3B6TA 4H65A 5FTIA 3ZS6A 1VE4A 4IO7A 4PFUA 4OZ9A 1B5HA 3FGSA 4HCYA 4LVQA 2ONRA 1EU8A 2DVZA 3OENA 1BIYA 2NUVA 3K6XA 1QKAA 3OEKA 1I6BA 5BUUA 1O63A 4O3AA 1B7ZA 3KOSA 1DPEA 2QJEA 2DWIA 4BDLA 1LAXA 1R9LA 4GWOA 3TPAA 3KJTA 2ZYNA 4ND9A 5I2KA 3FIRA 4GL0A 3A3UA 4OTEA 3IX1A 4NEDA 2XXPA 3DP8A 3IL1B 1OVTA 1LCTA 3W15C 1M5CA 2V25A 1JW1A 3TZAA 3MVWA 5I84A 4OESA 5H8FA 1MQJA 2H5YA 1MY0A 2DP8A 3PMXA 1ZU0A 3BFUA 4OQOA 4X48A 4WKMA 3V5AA 1N7WA 5DEXA 2ABHA 2O1MA 3UN6A 5IKBA 1IUDA 3DM0A 4FEBA 5FHMA 3MWBA 3HCQA 2XX7A 1VFEA 3FV2A 4RJZA 2RCAA 4YICA 1TFDA 1WODA 1I6QA 2D3IA 4BDNA 1LFIA 3U93A 5BWJA 3KEIA 2XD3A 2V3QA 2PT2A 1HSEA 2ZYOA 5H8NB 4ZEKA 1M5BA 2XXTA 1VSOA 1NNFA 4I8CA 2XXUA 1Z7NE 1A99A 3VE1B 2ZXTA 1SW5A 3R26A 1UIUA 2O6AA 3FVGA 1USYH 3SESA 5B7DA 1B9JA 2QS2A 3N6UA 4FECA 3U92A 3MPLA 1JNFA 1A8FA 3PMWA 1XVYA 3TQLA 3MAMA 1UTHB 4JSDA 4KI0E 4OEVA 4LZ8A 2VHAA 1MQHA 3MZ1A 1QULA 4IO3A 2RINA 4AQ4A 1TXFA 4C0RA 4TOZA 4ELQA 1MQDA 3W9WA 1PBQA 4JWXA 1AL3A 1Y9UA 4GXAA 4ZZAA 2GHBA 4QF9A 5AA2D 4XKRA 4ESXA 3JZJA 3TTMA 1IZ1A 1MY3A 3SKPA 4FIMA 1NNTA 1P1QA 5KZTA 2QS3A 3C9HA 2B3FA 3O28A 3M3LA 4QFKA 3L6GA 2F8DA 4F22A 3KGCA 3FASA 2WKYA 2Y7KA 5H8SA 4HCWA 4G2ZA 1B4HA 2LAOA 4NF4A 5L9OA 4KYDA 4GD5A 4BDOA 2F5XA 4BDRA 3M3KA 1YTVA 4PE5B 4U21A 1MPCA 3P7IA 3TTRA 4YKKA 3PGFA 3CFXA 3KN7A 5AA2A 3VLUA 5I58A 2ZNUA 2ZYKA 3TCFA 2UVJA 1PBPA 3PD9A 2REJA 1B0LA 3CFZA 4PETA 3PMVA 4KD5A 3THIA 4DIGA 3KOTA 3IOUA 3OO9A 3T66A 5JTYA 1LBBA 4IO2A 1IEJA 3PV0E 2ESNA 4ZS9A 2I4BA 3RT8A 3HHGA 4KHZE 1P99A 1II5A 4P11A 4FAJA 3R6UA 5I56B 3QSLA 1XHYA 3S9EA 3FXUA 3M8UA 3Q28A 4F3PA 1MXVA 3T9HB 4F39A 4I1DA 3TMGA 3BFTA 4PFWA 1A7LA 5H8HB 2HQ0A 4NWDA 4P0IA 1B51A 1YPNA 2R9JA 1MH3A 3MVYA 4EXLA 2I4CA 1N7XA 4R9FA 1NMUA 2QS4A 2YPNA 3RNNA 1MQGA 3VDFA 4I9DA 5L9MA 3U1OA 1PB8A 1XOCA 4WEPA 4G68A 4NF6A 1O64A 3TTNA 1B1XA 1JQFA 1US5A 3EQ1A 3K0VA 1N76A 4XKNA 1BKAA 3T93B 2VP1A 4GL8A 4NF8A 4U1ZA 3G3KA 1O7TA 3B6WA 4E0WA 4EDPA 3GZGA 1DSNA 3SEYA 3OO8A 5TPAA 1RYOA 1MXUA 4R6YA 3FVKA 1TFAA 5ISUA 1SW1A 3FD3A 1TWYA 2M8CA 1S50A 1IIWA 3PU5A 4LONB 5H8QB 2XX8A 1B0HA 1FQCA 5KDTA 3DP4A 2PVUA 1B3HA 3FVNA 2FYIA 2ONSA 2R71A 4H8IA 3FJ7A 4OWDA 1Q1KA 2X26A 2O51A 1B2HA 2ZYMA 1MS7A 1T0KA 3R7XA 4OVJA 4KCDA 3O66A 2BJJX 3OMBA 2F34A 4XIGQ 4YB5A 1AIVA 5I2NA 3V83A 1D3KA 1R9QA 4ZE8A 3G3HA 5EYFA 5AA3A 3SEXA 1MY1A 1B5IA 4ECFA 2G29A 4OFOA 3VVFA 5DVIA 3C34A 4MBPA 2PX1A 2I58A 4H5GA 2E1SA 2UVHA 1PB7A 1MPDA 1J1NA 2V84A 1Y3PA 2HEUA 3S9NC 4YKIA 4O3BA 1R1NA 2F35A 3VXBA 4QSEA 1MXXA 4RPOA 4P0GA 1QUIA 5AA4B 2QRYA 1N04A 4OEUA 1B3EA 2G93A 2XXYA 3PUYE 5JEIA 2V3TA 1B3GA 4DXUA 2AIXA 4JWOA 3IJOB 4K3FA 3HV1A 4XXUA 4LA9A 1B05A 1B6HA 3KFMA 1NL5A 4ZE9A 3LSXA 1Y4TA 2Z22A 5I59A 5FHOA 1Y20A 1N3WA 4R6HA 3A3CA 3RY3A 1P1UA 3SEUA 4DDDA 1F9BA 5TP9A 2QL3A 3M3FA 2RC9A 4R75A 1MM7A 4L17A 3B7DA 4HTGA 3TQWA 3MVXA 4NF5A 4R2BA 3PD8A 3G3GA 1FTOA 2I49A 3OD7A 5TU0A 2B65A 3VV5A 4F2OA 2DE2A 3OELA 3O6HA 2RC8A 1D9VA 3G3FA 1VR5A 4ESWA 3Q27A 3FJGA 1IXHA 2VD2A 2X7QA 2UYEA 5JK4A 1LFHA 3K1PA 1IITA 1QW0A 4YZZA 1MQIA 3PUZE 2F6GA 5H8FB 5A5XA 1Y3QA 2CZLA 5AE4A 1JETA 4MLQA 1Y3NA 1CE2A 1SBPA 5K2YA 4ZDMA 3ZKLA 4GFRA 1B5JA 2DSFA 2OWTA 4EQ7A 4H67A 3CG1A 1M5EA 1OQGA 4QHQA 3H6UA 1FQEA 4ZECA 1Z7ME 2Z8DA 4H5FA 4QFPA 1A54A 5CRYA 3K1NA 4OFJA 1JW4A 1FQAA 3U8QA 4G77A 2Y7WA 4UA8A 1NH8A 3EHTA 1P1OA 1GGGA 3V8XB 1FQFA 3G7WA 2RC7A 2XD2A 2I3VA 3C35A 4Q30B 3L6HA 1SW2A 1LCFA 5K2XA 5CMMA 4M4GA 4N07A 1JEVA 3BBRA 3CR9A 4GQOA 4YKJA 3KN3A 3TODA 1DTGA 4LZ5A 3GXAA 1P1WA 5H8NA 5HBCA 4YB6A 2DQVA 3S2VA 3N5LA 4WEDA 2F78A 2P0SA 4BDMA 3JV9A 2F97A 2KLFA 5EHSA 1MRPA 2OK2A 3DP6A 1URGA 3VVEA 4MLVA 3MVZA 3RPWA 4ZEBA 3FZVA 2Z8FA 1R6ZA 3RQTA 4NWCA 1ZLQA 1NFTA 2UVGA 3H6TA 2DXRA 1HSLA 3MZ9A 5I57A 3B6QA 3RLFE 2FNCA 4F29A 4NTLA 4G68C 2GRVA 2O84X 2OZZA 3LSFB 4R2FA 4IY5A 4DCYA 4C1UA 3QYTA 3VLVA 1ATGA 3PUVE 1QKBA 4F3BA 1URSA 2XXHA 3E9XA 1RKMA 5L8DA 4EQBA 2H25A 4GXSB 2HFBA 2V93A 3KZGA 4ELPA 4PP0A 3T96B 4C1TA 5DVFA 1QVSA 1H3DA 5AA2B 3ODBA 1SDXA 5I58B 2ZMBA 2XXRA 1H45A 3HO7A 3S4UA 2HAUA 2HZLA 4U2RA 5B70A 4R9GA 3K6UA 1SW4A 4PQJA 2Y84A 3Q29A 1I69A 1Y1ZA 2ZNSA 2HAVA 4HS7A 2Y7RA 3OO6A 5ITOA 2OWSA 3MUQA 1MG1A 3D4CA 3HHFA 4DLDA 3ILUB 3LSLA 3Q26A 1FTMA 1LLSA 4GIZA 1IQ7A 4G8MA 1PDAA 2D21A 3TAJA 1UTBA 3EN3A 1NNKA 3U72A 2QS1A 3SEVA 2H99A 3DELB 3K00A 2AYSA 3IR1A 1S9TA 1QUKA 4KPTA 4ELRA 3LR1A 3H6WA 4YU0A 5DVJA 5J1DA 3GLBA 1BP5A 3IO4A 3TFLA 3QIMA 4G68B 4NF6B 2O68A 1P1NA 3V89B 4OHNA 5H8HA 1FCKA 2XHDA 1XC1A 4G8HA 2B3BA 4RK2A 4R73A 4LUBA 2F36A 1D4NA 2XXWA 2DXYA 1ELJA 2UYFA 4U4XA 1XS5A 5TPAB 2GHAA 3EF7A 3RT6B 3MC2A 1OLAA 4NMYA 1JVYA 3CRBA 3LUYA 1WDNA 4QFNA 3H4ZA 5CBSA 1M5DA 2W7YA 4Q0CA 2P1SA 4HW8A 3ECRA 1LAFE 5KCJB 5ICTA 4LQ2A 3AXFA 3KN8A 2OJTA 3CIJA 1SVXB 4Z0IA 4F2QA 4KQPA 2D5WA 2YLNA 1B7UA 4R74A 2PMSA 3KSJA 3FUZA 5DTBA 3GBAA 5L9SA 4ELOA 2ALUA 3C33A 4IGRA 4UACA 3MPKA 4YB7A 4QSDA 5I2NB 1JW5A 2ZNTA 1GV8A 1D9YA 4R6KA 1M5FA 2OBGA 4GVOA 3WAFA 4LATA 3UIFA 1NNPA 1GR2A 3SDFA 1PC3A 3C36A 2OLBA 3EHUA 4QFLA 1KWHA 4IO6A 1MM6A 1EZOA 2Q9TA 2QSXA 2DE4A 3ONMA 4OMBA 2DOJA 3C4MA 1OQHA 4ZEDA 2VGQA 1JEUA 3LSWA 4KCCA 2I3WA 3OOAA 1B1HA 1MXZA 5F1QA 2XX9A 3VLWA 4Q8RA 1MY4A 4TQUQ 3EPEA 4DE8A 1B3LA 1PB9A 5LOMA 3MZBA 1MPBA 1US4A 4LZ7A 3K02A 4G4PA 1PEBA 4KR5A 4JXIA 3C32A 2THIA 4H8JA 4QFOA 3N94A 3JYRA 2A5TA 4H6DA 2XXXA 2Y7PA 3LBSA 1NH7A 2ANJA 4DCXA 4U1OA 4IY6A 2UXAA 3H3GA 5I59B 3OSRA 1OLCA 3IOTA 2NXOA 3O2AA 4JB7A 1BLFA 5TP9B 3PUWE 1NKXA 1WVJA 4O3CA 4NF5B 2H9BA 1A8EA 1POY1 1B40A 4ISUA 3HN0A 4X9TA 4JDFA 5CMBA 3TDJA 1FQBA 4YAHX 5FHNA 1ZJLA 4JWYA 1SQYA 1B52A 2X7PA 4E0XA 3PPOA 2I0BA 2DWJA 3MP6A 2I48A 5I2KB 1MY2A 4GRKA 5DT6A 4OYVA 2IA4A 4RY1A 4ONYA 1SD3A 1ZIUA 4RNSA 4WXJA 1B7HA 4F1UA 4F3GA 4I62A 1GVCA 4MFIA 2R6GE 3FJMA 2GH9A 5A5XB 3VVDA 1ZBMA 3KJ7A 3MJNA 3MBPA 4IGTA 3I5OA 1N84A 1FTLA 3Q25A 2DS9A 3K6WA 1OMPA 3CI8A 3MP8A 3H7MA 3C31A 5DEXB 3D4GA 2F7AA 3TTLA 1A55A 3K2DA 3O97A 1LSTA 4M1VA 4OERA 2H98A 3W9VA 2XXVA 4DXCA 3OEMA 4KYEA 4RXLA 1LB9A 3TELA 1S7YA 2QMWA 5FTHA 5CI5A 1LFGA 2HXWA 4F1VA 4OFLA 2DWAA 4N6PA 1H44A 2PBWA 3RUMA 4NE4A 1QUJA 4YMBA 4OXVA 3IORA 3PUXE 2PT1A 5CMCA 2H4IA 5ITPA 2F7BA 3RN8A 3QK6A 4MH5A 1Y1MA 4G8NA 3H03A 1B46A 3O9PA 3I3VA 2OCUA 3IJXB 1Y4CA 1MDQA 3RGYA 5AA1A 3T9XB 4U23A 1ANFA 3CVGA 3UORA 2PYYA 3IB0A 3ZSFA 4FE8A 3CSBA 1ZMGA 3TYHA 4BDQA 2DVCA 3SETA 4TLMB 2HCAA 4Q5TA 3HSTA 3T9UA 3TTKA 1USYE 2NWJA 1UTHA 2IEEA 2V3UA 5I57B 3ZKKA 3TKDA 3OO7A 3CG3A 2RKMA 3T9VA 3VFJA 4F19A 3IB2A 1DTZA 1JVXA 3KBRA 3O29A 2O7IA 1IXIA 3K6VA 1XVXA 2NVUB 4FEDA 4JBZA 4POWA 2DWHA 3KSXA 3MQ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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