4KCDA

Crystal structure of the nmda receptor glun3a ligand binding domain apo state
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
NKLHLRVVTLIEHPFVFTREVDDEGLCPAGQLCLDPMTNDSSMLDRLFSSLHSSNDTVPIKFKKCCYGYCIDLLEQLAEDMNFDFDLYIVGDGKYGAWKNGHWTGLVGDLLSGTANMAVTSFSINTARSQVIDFTSPFFSTSLGILVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVRESSAEDYVRQSFPEMHEYMRRYNVPATPDGVQYLKNDPEKLDAFIMDKALLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPPNSPLTSNISELISQYKSHGFMDVLHDKWYKVVPC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational Analysis of NMDA Receptor GluN1, GluN2, and GluN3 Ligand-Binding Domains Reveals Subtype-Specific Characteristics.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A
total genus 89
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kcdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kcdA02
3VLVA 2X26A 2NXOA 4IO4A 2HAVA 3G7WA 3K1MA 5F1QA 4KCDA 1ZU0A 4GLIA 2PBWA 2ABHA 1JW5A 1SW1A 3MP1A 3G3IA 1N3XA 2H4IA 5H8FA 4ELOA 1A8FA 1LAHE 4KPTA 1A54A 4KYEA 2H98A 2H25A 4X9TA 5H8NA 4YB6A 2G29A 1IIWA 2XXHA 3U8QA 3OO7A 3PU5A 2D5WA 3MVWA 3O2AA 2IA4A 1Y9UA 2RCBA 1UTBB 4R73A 4G8MA 4ZECA 5F7VA 3KJ7A 3U92A 2DSFA 4RA1A 4F1VA 3C35A 1JETA 4ZS9A 5H8SA 5ICQA 3FJMA 4IB2A 1S7YA 2HQ0A 3PPNA 2KLFA 4NF4A 2XX7A 4OESA 1NNKA 1Y20A 4RYAA 5FTHA 3N26A 3RQTA 2X7QA 4OENA 5FHOA 2O68A 2ZNUA 5CM6A 3RTFB 4LVQA 4R6YA 1R9QA 3QUFA 3PUYE 4XKNA 5ELVA 1SYHA 2I3WA 4MH5A 4JXIA 1B3FA 2XXYA 1FTKA 1MY1A 4H5GA 5I56B 4DCXA 4JWXA 3N5LA 4R2FA 1LB8A 1II5A 4K3FA 3QXMA 3DM0A 4DLDA 3CFZA 2I49A 4YKJA 3Q28A 4OERA 4U1ZA 1Y3QA 3VFJA 3TYHA 1H76A 5KDTA 4NF8A 1LFIA 1YAEA 1IXIA 1MDP1 3FVOA 1B0HA 3OSRA 4HW8A 4N13A 2OWSA 1QUIA 4GRKA 1R1NA 4OFOA 4PFWA 4FEDA 1SVXB 3Q26A 2XXPA 4YKPA 2VD2A 1LBBA 1ATGA 3TCHA 2O1MA 2BJJX 1LCFA 3H03A 1QUKA 3FASA 3RTWB 1D9YA 3H7MA 3W9WA 4DZ1A 4OTEA 4KCCA 2ZNTA 3MWBA 4ZZEA 5I2NB 1SW2A 4AB5A 1B0LA 4OMBA 2FYIA 1N7WA 3K1NA 4XKPA 4XTCQ 5CC2A 2ZYKA 3P7IA 3VV5A 2O1LA 1AL3A 5JTYB 3FUZA 4IY6A 3K00A 3K1PA 1B58A 2HFBA 4KYDA 1MXXA 4POXA 4O3BA 2DQVA 3MC2A 4F22A 2XHDA 1POTA 3U72A 4H0WA 4F2QA 2WKYA 4EF2A 2ONRA 3OO6A 4ELQA 4MFIA 3U93A 1PEBA 5CMBA 1LGBC 3OD7A 5AA4B 1P1QA 4G2ZA 1B3EA 4QSCA 3ILUB 1TT1A 4RXLA 5FHMA 1LFGA 2M8CA 1XC1A 3KOTA 3LSWA 4XXUA 5I58A 1B9JA 3T9VA 1M5BA 5LOMA 3VLWA 4QF9A 1FTMA 5DT6A 4I9DA 2UYEA 3HCQA 2OCUA 3ODBA 2ZYMA 2DWHA 4ISUA 4G68B 2UXAA 2F8DA 3D4CA 2PT2A 3K6VA 3THIA 1JW4A 3S9LC 5A5XB 3B7DA 4EDPA 1IQ7A 1CE2A 2H99A 3G3GA 4H65A 3MPKA 4IO3A 1B46A 2FNCA 2YLNA 1P99A 5J1DA 1Z7NE 1QW0A 2OBGA 4OQOA 3N6UA 2Q89A 1RYOA 1B5JA 4DXCA 1MQDA 1MPDA 5CBRA 4P11A 4WEDA 3JV9A 2G93A 4FJPA 4GOTA 3OEMA 3FVKA 3ZS6A 4AB6A 3UA8A 3IB0A 1ZJLA 4F29A 3O66A 4PETA 1MY3A 3E4RA 2DXRA 3C9HA 2ANJA 4H8JA 4UACA 2RKMA 3VXBA 3O6HA 4BDNA 4DE8A 2XXQA 4OXVA 2Y84A 2AYSA 1XHYA 4P0IA 4I1DA 2R6GE 4M4GA 1FW0A 4F1UA 5KCJB 1DMBA 2OK2A 4OHNA 3VVFA 4JBZA 4OVJA 5K2YA 2I0CA 3KBRA 4PE5B 3K01A 3RPWA 3FVGA 4F3PA 4OWDA 3QYTA 1B5IA 4GXAA 2I4BA 1QVSA 3CSBA 3O6IA 2OZZA 3PPOA 3KN8A 1PBPA 4ZE8A 4EUOA 3RN8A 3PUWE 2Z8FA 2QS1A 3M3LA 1FQCA 4LQ5A 4DDDA 2I3VA 5DVIA 4NF6A 4GD5A 4IGRA 4F2OA 5EYFA 4R9FA 2F97A 3WAEA 3OOAA 4BDQA 4NEDA 3BKIB 3MPLA 3D4GA 1QKBA 2NUVA 4LA9A 1N0TA 4MLVA 4BDRA 4YB7A 4F3SA 1MH3A 4I8CA 1ZTYA 1MXUA 4X1BA 3TTLA 2ONSA 3TELA 4ZZAA 1MPBA 4ESXA 2F35A 4THIA 3K0VA 4BDLA 2DOJA 3LSXA 3RT6B 1SDXA 2V25A 1VE4A 4QHQA 1LCTA 1S9TA 3DP4A 1NNPA 1CB6A 3FJGA 3MZBA 4ZEBA 2B65A 4TOZA 4F31B 1ELJA 2QL3A 3GXAA 1UIVA 4KI0E 4FECA 5DEXB 5DVJA 3C34A 3G3FA 3OO8A 1LAFE 3VXCA 1GV8A 5FTIA 2DVCA 3L6HA 2CMOA 2DXYA 5L9SA 3QK6A 1RYXA 4FEBA 1N84A 3SDFA 1O7TA 1J1NA 3TMGA 1SW5A 4RPNA 4YKIA 2UVJA 3OENA 4YU0A 4IO6A 5DTBA 2NOOA 3F11A 1FQFA 1NL5A 4MF3A 1MRPA 4WEPA 1YCJA 1ZIUA 3PUVE 2QJEA 3HSTA 1URGA 1B3HA 2XXXA 1IUDA 3MP8A 3PPQA 1M5FA 1EZ9A 2Q9TA 1LBCA 1O63A 5TP9B 2NVUB 1UIUA 5I56A 4ZE9A 3ONMA 3R6UA 1EU8A 4QSDA 4NMYA 3PD8A 2DWIA 3TDJA 1NH8A 2R71A 2DE3A 1Y1MA 3CG3A 3T66A 3T9XB 4GL0A 4G68C 4NE4A 3EHUA 2F6PA 1LB9A 4Q5TA 1WVJA 3O29A 1ANFA 4BLAA 1USYH 2LAOA 3SEXA 4GVOA 1ZMGA 2Z22A 3SKPA 2OWTA 2V3UA 2XXTA 3FXRA 2Q2CA 3IORA 5HBCA 3TAJA 2RINA 2AL5A 3WAFA 1UTHB 5DYHA 4LZ8A 1B3GA 3IL1B 4NWCA 1FTLA 3S9EA 1T0KA 1QKAA 2DYXA 3K6XA 1XVXA 4FE8A 3LSFB 4RY1A 4RK2A 2Z8EA 1LSTA 3PUXE 3E13X 4JSDA 3FJ7A 5HPQA 3FZVA 3GBBA 3IJXB 1LFHA 2XX9A 5JTYA 2ZNSA 3EPEA 4F3GA 1XVYA 1MY4A 4YAHX 4IGTA 1USYE 3TEPA 4LONB 2Y7RA 4HS7A 1TFDA 4JSOA 1MXZA 2VOZA 1IEJA 4C1UA 1DSNA 2O84X 3QUJA 2QRYA 4Q30B 2B3FA 2ZYOA 1NKXA 2RCAA 2B3BA 1BLFA 5AA4A 3LUYA 5TPAB 2RC7A 4ELRA 3H3GA 4NF5B 4PFUA 1OLCA 3FIRA 1I6AA 1GVCA 4U4XA 1NNTA 4M1VA 3UIFA 1IXGA 1TWYA 1QUJA 1HSLA 2PX1A 1JQFA 2Z8DA 3N94A 2XXVA 2HEUA 2GRVA 1XS5A 4G68A 2D21A 5AA2D 2GHAA 5KZTA 3EN3A 1MQJA 3TZAA 4XKRA 2QMXA 5A5XA 4JB7A 2GFEA 3SEWA 4I62A 5AA2B 1DTGA 1FTJA 1R9LA 2NWJA 3PMWA 3RUMA 1TXFA 4G77A 1B05A 3SERA 3VVDA 1P1WA 1VSOA 1RKMA 3C32A 4ZEIA 1D9VA 3RNNA 5B70A 1XT8A 3E3KA 2H9BA 4MBPA 1XOCA 3V8XB 2PT1A 3KSJA 3SEVA 1ZBMA 3LC8A 3B6TA 3BBRA 4GF8A 2IEEA 3KJTA 3Q27A 4EXKA 1SYIA 2R9JA 4Q0CA 5I59B 3IB1A 2Y7IA 1JNFA 2RC9A 4GXSB 4PQJA 2XD2A 2PMSA 4YB5A 1Q1KA 2VD3A 1Z7ME 5AA1A 3HV1A 3FD3A 1B6HA 4N6PA 1FQAA 4MLQA 3UGWA 4F3BA 3O9PA 3ZKKA 4G4PA 4POWA 4NTLA 1ZKBA 1B7ZA 5KCJA 1D4NA 3UORA 3IK6B 2I0BA 4JDFA 3MAMA 2XXWA 1P1NA 4QSEA 5I2KA 4H67A 3C33A 3DP6A 5H8QA 3TTKA 1EH3A 3O97A 3CI8A 2AIXA 2DP8A 1B40A 3MJNA 1LAGE 3FV1A 4ZDMA 2Q88A 1MM7A 1Y3PA 4HCYA 5CI5A 2VHAA 4GL8A 2THIA 3USDA 1M5DA 4FAJA 1IXHA 5L9OA 2V84A 4YKKA 2XD3A 4KFQA 1BKAA 2F7CA 4GWOA 4WKMA 3QIMA 2OJTA 3IOVA 3PD9A 2XX8A 3W15C 1AH5A 5I57B 1TFAA 2O51A 1MQIA 4BDMA 4OEVA 3KN7A 4R9GA 4YMBA 3I5OA 3B6WA 4R75A 3I3VA 2F6GA 3DP8A 3CG1A 3RY3A 3K2DA 3K4UA 3M3FA 1OVBA 1H44A 1Q35A 5ITPA 1NNFA 3IB2A 4EQ7A 2DE4A 3H6UA 4KYSA 1VFDA 2E1SA 3SETA 1N04A 1B3LA 3TPAA 4FATA 1QULA 5JEIA 4G8HA 1US4A 5H8HB 3DELB 2ZMBA 4JWYA 1D3KA 3IOWA 1NFTA 3IR1A 3QSLA 4F39A 3KZGA 3VDFA 3MVZA 3S2VA 3TUSA 1PB7A 1SI1A 3U1OA 3N6TA 5DEXA 1PB8A 1JVXA 2I6EA 3H4ZA 2CZLA 1DOTA 3T9HB 3QAXA 4YICA 4JWOA 3O28A 2A5SA 1B7HA 4KHZE 4LZ7A 2I48A 2ZXTA 3MW0A 4LQ2A 3I6VA 1MS7A 4U21A 2H5YA 4OFLA 2RF1A 3ECRA 3T93B 1S50A 1P1OA 3FXUA 3TQWA 3LR1A 1JW1A 3FV2A 3VLUA 3AXFA 2P0SA 2ALUA 2PYYA 4EXLA 3OMBA 3RLFE 2HAUA 3IO4A 4ZEKA 2ZYNA 1IITA 3FVNA 2REJA 5B7DA 2V3QA 4LUBA 5TP9A 1OQHA 4QFNA 3EHTA 3GZGA 3TFLA 1SD3A 1US5A 4DCYA 1UTBA 1NMUA 5TU0A 5AA3A 2P1SA 3MZ1A 2F7AA 1UQWA 1M5EA 1PDAA 4C0RA 1SW4A 4WXJA 4U4SA 2DVZA 1N76A 1B52A 2UVGA 3OSQA 1P1UA 3PPPA 3S4UA 4TLMB 2HZLA 5HM4B 1OMPA 2Q8JA 3H6TA 3C36A 3SEUA 1BTJA 2Y7KA 1MPCA 4FORA 1A8EA 3SEYA 3H06B 4ELPA 3O6GA 3G3KA 3Q25A 3UP9A 1OIBA 3UN6A 1MY2A 1UTHA 4DIGA 3TCFA 4PFYA 3B6QA 1H43A 1MQGA 2GHBA 3UK4A 2V93A 4KQPA 5EHSA 3BFTA 4XKQA 1QJMA 1SI0A 2A5TB 5BWJA 2QS2A 2O7IA 2UVIA 1B1HA 1YTVA 1POY1 3A3CA 1PBQA 2QPQA 4R2BA 4C1TA 2YJPA 3KGCA 4ND9A 2Z23A 5CBSA 3K6UA 5ITOA 4U23A 1MDQA 3PPRA 3BFUA 2XXUA 3KN3A 3SESA 2OLBA 2VP1A 1MH4A 3ILTB 1DTZA 1A40A 3S9MC 5H8FB 3PGFA 5I2NA 4ECFA 3R7XA 2REGA 5TPAA 4H5FA 4F19A 4HTGA 1DPPA 5AE4A 5H8NB 2AL4A 4NF5A 4Z7EA 1B2HA 3K02A 2HXWA 1Y4CA 4LATA 2F78A 2O6AA 1JEUA 3T96B 1A55A 1B51A 4P0GA 4R74A 3OXNA 5K2XA 3V83A 3H6WA 3GLBA 3LSLA 2F7BA 1I69A 1FQDA 4U2RA 1AMFA 2RC8A 4NF4B 3CFXA 2Y7WA 3OELA 5AA2A 1EZOA 2F36A 2GH9A 3PV0E 3CSGA 1BP5A 1VFEA 2QSXA 1Y4TA 3HO7A 4QFPA 1GTKA 1SQYA 2O69A 1OVTA 1F9BA 3A09A 1KWHA 1DPEA 2W7YA 3EQ1A 1MY0A 3RT8A 2I4CA 5DVFA 4GFRA 4N07A 4ZEFA 4H8IA 1OQGA 1ZLQA 4ESWA 4TQUQ 4G8NA 1IZ1A 4ONYA 2HZKA 5I59A 3EF7A 3KEIA 2Q2AA 1B4HA 1PC3A 2DE2A 1H3DA 4L17A 5KDTB 4NF8B 4QFKA 4U22A 3CR9A 3MP6A 4OZ9A 3ZSFA 4DXBA 3CIJA 2QS3A 5CMCA 4NWDA 1H45A 4E0XA 4YMAA 4F18A 4AQ4A 1LLSA 4XIGQ 3MZ9A 3Q29A 4F1YA 3T22A 3KOSA 1WDNA 3TTNA 3PMXA 3TODA 4YZZA 3VVEA 4OEUA 1HSJA 3KSXA 3JZJA 4X48A 1MXWA 3IX1A 1URSA 3TKDA 1B4ZA 2Y7PA 3HPIA 3FGSA 3G3JA 3TTMA 4Q8RA 4R6KA 1Y3NA 2X7PA 1B32A 3MBPA 5I57A 3A3UA 3JYRA 3C4MA 1A7LA 3TCGA 4KR5A 4BDOA 3FATA 1MXVA 3T9UA 2DS9A 5M2VA 1MM6A 3CVGA 2F34A 4TLLB 3CFLA 1N3WA 1B5HA 3ZKLA 2UVHA 3KFMA 5ISUA 1L5TA 3S9NC 1FQEA 5L9MA 5JK4A 5I58B 2HCAA 1B1XA 1Y1ZA 3PUZE 4E0WA 1OLAA 1N7XA 4EF1A 4Z0IA 5H8HA 3CRBA 3OEKA 1MG1A 3EHSA 3HN0A 3V89B 3MVXA 2I58A 3IO6A 4KD5A 3IOTA 4O3AA 4QFOA 1O64A 1B7UA 4R6HA 1A99A 4OFJA 2VGQA 5IKBA 4RK9A 1PB9A 3MVYA 3DLNA 1M5CA 3FXQA 1MXYA 4OETA 3R26A 3HHGA 2QMWA 5EHMA 1VR5A 3IAZA 4IY5A 4U1OA 5I2KB 3K6WA 1JEVA 4LZ5A 5H8QB 3OO9A 4EQBA 3E9XA 4EQ9A 3TQLA 3W9VA 2D3IA 4PFTA 5FHNA 1HSEA 2P2AA 3H6VA 1AOVA 2O7UA 2ONKE 1FTOA 2QS4A 1YPNA 3GBAA 3L6GA 3V5AA 1URDA 5CMMA 4RNSA 4R72A 2FA7A 2YPNA 5CRYA 3KG2A 2E0SA 5IAIA 1SBPA 1R6ZA 4RJZA 1FCKA 3MUQA 2PVUA 5BUUA 2F5XA 1LAXA 3MQ9A 1NH7A 4IO7A 4UA8A 3RGYA 1GR2A 4PP0A 1EZPA 4O3CA 4LP2B 1JVYA 4GQOA 3G3HA 1I6BA 1BIYA 4OYVA 3M8UA 2XXRA 4QRZA 4H6DA 4X1DA 4NF6B 5ICTA 1I6QA 5I84A 2DWAA 3PMVA 2ESNA 4FIMA 1IXCA 3TTRA 3VE1B 2V3TA 3M3KA 5CMKA 3C31A 5L8DA 3HHFA 4IO5A 4DXUA 3LBSA 1GGGA 3IJOB 2A5TA 4GIZA 3IOUA 4QFLA 3U94A 1MQHA 2UYFA 4IO2A 1FQBA 4ZEDA 4HCWA 2XXIA 2DWJA 4RPOA 4H1XA 1WODA 1AIVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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