4PETA

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from colwellia psychrerythraea (cps_0129, target efi-510097) with bound calcium and pyruvate
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKKYRWKLAETWGPNFPIFGDATKNMAKMVKEMSNGRLTIRIDSSNKHKSALGIFDFVKSGQYQMGHSASYYWKGKNFNTMFFTTVPFGMIASEQHAWFYYGGGMELMKKVYDQYGIMSFPGGNTGNQMGGWFKKEINSVEDLKGLKMRIPGFAGEVLAKLGAKPTNIPSGELYTALERNTIDALEWVGPSLDLRMGFHKIAPYYYTGWHEPGTELQFMVNQKAYNSLPKDLQKILTVAMKAAAYDMYSQSMHASGVNLASLKKDYPNVQMRSFPKPVMEAIVQANDELLEEFAAKDPMTAEILKSLNDYKHQIRAWTNLSDRAYLDNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Extracellular solute-binding protein, family 7
molecule tags Solute-binding protein
source organism Colwellia psychrerythraea
total genus 104
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4petA02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4petA01
5I56B 1JEVA 1US5A 3G3GA 4GFRA 1LFIA 3L6HA 1ZJLA 4O94A 2GRVA 2ZNTA 5DEXB 5H8HA 5CMMA 3UP9A 1Y20A 3OMBA 5F1QA 2UYFA 2UYEA 4DE8A 3FUZA 4OEUA 4OENA 4MLVA 2Z8DA 4IO4A 1QVSA 3O6GA 2PX1A 1LB8A 3Q26A 4ELRA 4N07A 3HN0A 4PETA 1B7ZA 3KOTA 2M8CA 1R9LA 2XXYA 1IUDA 4ZZAA 5AA4A 4HW8A 2XXRA 1OLAA 4NEDA 5IAIA 3GBBA 2D5WA 4H67A 3H6UA 4XEQA 2NXOA 1N3WA 2DSFA 1SW4A 2ZZXA 1NH8A 4G8MA 5A5XB 3DP4A 3C32A 4RYAA 1OLCA 1SI1A 5IZZA 4F1UA 4R6KA 3OEKA 4FIMA 4MNPA 2Z8EA 3N5LA 2DE3A 1YTVA 3T9UA 3U1OA 1MXYA 3B7DA 3FZVA 1GV8A 1D3KA 3U93A 1MXXA 3C35A 2F97A 4RJZA 4JBZA 4PFTA 1ZLQA 4NWCA 3TZAA 1NFTA 2V93A 2XXUA 1GGGA 4U4SA 3VLVA 1P1UA 4ZZEA 5M2VA 2THIA 1NNKA 3SEWA 1CB6A 3FXUA 3BFUA 3H6WA 3PPRA 5IM2A 2ZNSA 4C0RA 3K1NA 4H5FA 3G3HA 3CSGA 1VFEA 1J1NA 4LONB 2XXIA 2PFYA 3OO6A 2XXXA 3K6XA 1IQ7A 5H8HB 2VD3A 2QS2A 1FTOA 5TU0A 2GHAA 3H3GA 1IXHA 4FJPA 2G29A 4TQUQ 4MIJA 4O8MA 1QUIA 5FTIA 3H6VA 4LZ8A 4HCWA 1M5DA 1CE2A 4FECA 4GRKA 1MQHA 5AE4A 4G8HA 1TXFA 3UGWA 4X48A 1B2HA 3LSWA 3MAMA 5CI5A 2ABHA 1URSA 3OO8A 4NF5B 1IXGA 5KZTA 1IEJA 1FQFA 2F6GA 2F7CA 2OZZA 5JTYA 3KOSA 1JNFA 1PBQA 4PE3A 5L9OA 3R6UA 4H0WA 4YKJA 3K1PA 1A54A 1OQHA 1MY2A 1POTA 1FQBA 4ZECA 5JK4A 3DM0A 3G3FA 1VSOA 2XWIA 3RNNA 5L8DA 4F2OA 4U23A 2Q8JA 4G68A 1MH4A 5CM6A 4EDPA 1XVXA 2H99A 2NOOA 2QPQA 4NQ8A 3QUFA 3VVFA 1IZ1A 5IKBA 1LAFE 1OVBA 1PB8A 4OESA 2ZZWA 4H1XA 4QFLA 1XC1A 2DE4A 4NE4A 4MCOA 4P47A 2DYXA 3LBSA 3PD8A 1Z7ME 3G3IA 3TDJA 4GD5A 2X7QA 1GVCA 3PPPA 3S2VA 1WVJA 4ELQA 5HPQA 4TLMB 1FQEA 5CMBA 1ATGA 3O6HA 1B46A 2R9JA 4G8NA 3HHFA 1BIYA 2ZMBA 4F31B 1DOTA 4XTCQ 4OHNA 2QL3A 1N7WA 1ANFA 4ZEBA 1B1HA 2QRYA 3W9VA 4P1EA 1US4A 1ZTYA 4DCXA 3S4UA 5CBRA 3IO4A 1JW1A 4EQ9A 2F8DA 4ZEFA 2F34A 4RPOA 4KCCA 2ANJA 1B05A 2H25A 4JSDA 2Q2CA 1H43A 2DP8A 3IJXB 3PUWE 3S9EA 4BDMA 5H8SA 3TQLA 3KN3A 4F2QA 4NHBA 2ZYOA 4K3FA 2PVUA 1USYE 4QFNA 2YPNA 4Q8RA 1MQGA 3MBPA 4GVOA 4XFEA 2WYKA 5EYFA 4BDNA 2UXAA 1PB9A 4LATA 2Q88A 4O3CA 4ESXA 1MXZA 5K2XA 4N91A 4GIZA 3N6UA 3B6WA 3KN8A 2XXWA 2Z23A 3B6TA 3HHGA 1NL5A 2R71A 2XXVA 2ZNUA 3IL1B 3K02A 1B6HA 4GLIA 1HSEA 4XIGQ 2WX9A 3TKDA 3T66A 1SI0A 4F3SA 3EN3A 2O1MA 4OFLA 2XA5A 3Q28A 2FYIA 4YB7A 3JYRA 1UIUA 2O6AA 1SQYA 4MHFA 1O64A 4YB5A 1MPCA 1TT1A 3IOTA 2I49A 1AL3A 2NUVA 1AH5A 4P11A 2AIXA 1LSTA 3VVEA 4LP2B 4ESWA 1H44A 1P1OA 4N15A 4RPNA 4P0GA 4EXKA 4KFQA 3VFJA 1BTJA 4KYEA 2RC7A 4UA8A 5FTHA 4OXVA 3M3FA 4H6DA 4ND9A 1MS7A 4JSOA 3FASA 4WEDA 4GWOA 3UN6A 4OYVA 4PQJA 2PFZA 1B9JA 4R9GA 2Y84A 1L5TA 3C34A 3SEVA 3U8QA 1ZIUA 3TTKA 5I57B 4OFJA 3T9XB 1DTZA 3ZKKA 3IOUA 4NX1A 4R72A 4F22A 3MJNA 3VVDA 5TPAB 2OK2A 4AQ4A 4GQOA 1Y1ZA 4N6DA 2O7IA 3PV0E 2OJTA 3G7WA 3S9MC 2DWJA 2ALUA 1NNTA 2XX9A 3O97A 4DLDA 1YPNA 3E3KA 4KD5A 4MNIA 4RK9A 1MDP1 3VXCA 3RPWA 1Z7NE 2I4CA 1DPPA 4DXUA 3RT6B 3KGCA 4OVRA 4U1OA 4PFYA 5FHMA 4PF6A 1B3EA 4ELOA 2H98A 4BDRA 1SW2A 2F6PA 3IK6B 1B4ZA 2NVUB 4OVTA 3PUVE 5I59A 1F9BA 4PE5B 3OOAA 4IO2A 5ICQA 3IX1A 3PPNA 3T9HB 3ILTB 1O7TA 1B3LA 3ECRA 5F7VA 3P7IA 3K2DA 2V3UA 3KSXA 4PF8A 4OWDA 3TTLA 3CFXA 4QFKA 2WYPA 3OELA 1H45A 2DXYA 1Y9UA 1O63A 4PDHA 4KQPA 2I6EA 3C31A 3K4UA 2IA4A 4JB7A 1B3HA 3QUJA 1B5HA 3TODA 2G93A 2Y7IA 1QW0A 4ZEIA 1DSNA 3KFMA 4OERA 5LOMA 4RY1A 2E0SA 3CRBA 4F39A 1TFAA 1XT8A 2ZYMA 4YMAA 2A5TB 3O29A 3FXQA 3PGFA 3LSXA 5B70A 2R6GE 1SYHA 4OVPA 2DVZA 4Q30B 2DVCA 4QFOA 4U21A 3CIJA 1I6QA 2B3FA 4R74A 2VPOA 1PDAA 4QFPA 1A8FA 1BP5A 4IO6A 4Q5TA 3TFLA 3UIFA 4F3PA 4F18A 2O51A 3QYTA 3USDA 2I3WA 4LQ5A 4H65A 1B58A 4ZS9A 2IEEA 5CBSA 4F3BA 1LB9A 3PMXA 2XD3A 2Y7RA 2HPGA 2DE2A 3K00A 4P56A 3N26A 3PPQA 3Q27A 3MP1A 2F5XA 3GZGA 1M5BA 3MZBA 4OANA 3CG1A 3IORA 3D4GA 1D9YA 4P8BA 2O7UA 1B1XA 3MPLA 3ZKLA 2FA7A 5I7IA 2OBGA 1H3DA 1IIWA 3GLBA 3JZJA 5KCJA 2PMSA 3RLFE 3IB2A 4FATA 4XF5A 3SEUA 3IAZA 5IGAA 2QS4A 2HZKA 1MXWA 3VE1B 5AA4B 3LSLA 3RT8A 4OZ9A 1ZMGA 3EPEA 3V89B 3TMGA 1M5CA 4PBHA 2AL4A 1EU8A 1RYXA 4PDDA 3U92A 1WDNA 2CEYA 3MQ9A 1SVXB 4G4PA 1B0LA 1EH3A 2XX7A 3B6QA 2F36A 5HM4B 3R26A 4OA4A 1I6BA 1B7HA 4THIA 1NH7A 1B0HA 4QHQA 1B3FA 4MBPA 1Y3QA 4MMPA 4NG7A 5DTBA 3C36A 2HFBA 4NF0A 1FQAA 1MM7A 5DVFA 2HZLA 4L17A 2QMWA 1DPEA 3U72A 3TQWA 3OXNA 4RK2A 4GXSB 3LC8A 4PFUA 5H8FA 1QUKA 3M3KA 3LR1A 2QS3A 4NF8A 4PFBA 3RY3A 1GR2A 1LCTA 4F1VA 3D4CA 2I48A 3PU5A 4N8GA 3RTFB 1KWHA 4MLQA 1D9VA 1R6ZA 4R75A 3FXBA 5DYHA 2Y7WA 5AA2A 1UTBA 4TOZA 3MVXA 4OTEA 4F3GA 3MVZA 2H5YA 3QK6A 4JDFA 1MH3A 5DT6A 1P1WA 1Q1KA 2I3VA 4RA1A 1N76A 4IY6A 4LUBA 2ONKE 3N94A 3TELA 1VE4A 1PBPA 5ITPA 3CI8A 3TEPA 3UORA 3G3JA 3TPAA 4MF3A 4F29A 2F78A 2XWOA 3K0VA 4RXLA 1IITA 3S9LC 5H8QA 4G2ZA 4M4GA 3Q29A 1DTGA 1SW5A 1MQJA 1FQCA 1UIVA 4LZ5A 1PB7A 4QF9A 4PFWA 4XKRA 4NN3A 4ZE8A 2RF1A 3IB1A 2CZLA 4PAIA 4R9FA 1XS5A 3MWBA 4DXCA 5JTYB 2HEUA 2QMXA 1MY1A 2ONSA 2HCAA 1ZU0A 2RC9A 1B51A 4ELPA 3EQ1A 1MQDA 1QJMA 3MVYA 1MQIA 3ILUB 3IOVA 2XXHA 4NTLA 3PMVA 5FHNA 3QSLA 1MG1A 2X7PA 3C33A 2Z8FA 3PUXE 2D21A 1MY0A 4DCYA 2QS1A 2P2AA 2Z22A 3H6TA 3TTRA 3MZ1A 3KSJA 3V83A 4NMYA 5EHSA 4XKPA 1AIVA 3I5OA 4PFIA 2KLFA 5TP9A 3VLWA 1BLFA 4P1LA 4G68B 2Q2AA 4FAJA 3IR1A 5I5PA 4IGRA 1B4HA 5FHOA 4PC9A 5CMCA 4F1YA 1WODA 3UK4A 4EUOA 1PC3A 1A99A 2FNCA 3DELB 1XVYA 5CC2A 2AYSA 3DP6A 3KZGA 4GF8A 2I0BA 4ISUA 4X1BA 1UTBB 3O66A 4IY5A 1BKAA 3EHTA 5I56A 2Q89A 1URGA 4LN5A 4DZ1A 2I0CA 2RC8A 3C4MA 1Y3PA 4YKKA 1QKBA 1Y3NA 1LBBA 4JXIA 5K2YA 1NMUA 4DIGA 4PBQA 3A3UA 4LZ7A 1B52A 3U65A 2OCUA 3THIA 3VDFA 1MRPA 1SBPA 3O6IA 4IGTA 1Y1MA 4OETA 3U94A 1XHYA 1LAGE 3MC2A 3HSTA 3H06B 3VXBA 3BKIB 3TAJA 5DVJA 1B5IA 2VPNA 5H8NA 4M1VA 3SKPA 1FTMA 3PPOA 3FJMA 3K01A 4YU0A 4PP0A 1QKAA 3IJOB 4O7MA 3H4ZA 4KYSA 1B5JA 3N6TA 3DP8A 3SDFA 3MP6A 1Q35A 3KJTA 3MZ9A 3S9NC 3PUZE 2DWIA 4N13A 1VFDA 2BJJX 5BUUA 2DQVA 1POY1 5TP9B 1JEUA 3SEYA 3K6VA 4QSCA 4BDQA 4MX6A 3FXRA 3TTNA 1MDQA 1P1QA 4I62A 1SD3A 2XXKA 2UVJA 3FD3A 2VOZA 1AMFA 1FTLA 4PFRA 1JW5A 2XXQA 4GOTA 5CMKA 3RN8A 3O2AA 5L9SA 2HXWA 2W7YA 4PCDA 5ELVA 2X26A 4AB6A 2GFEA 3UA8A 3E9XA 1NKXA 3HCQA 2ESNA 2VP1A 3M3LA 4X8RA 3LUYA 3KEIA 3RTWB 3EF7A 2I4BA 2LAOA 2XXTA 1LBCA 4C1TA 2GH9A 1SYIA 4KR5A 4N6KA 3FVGA 4I1DA 2NWJA 1JETA 3T93B 3TCFA 3V5AA 1USYH 3K1MA 2O69A 4QSEA 4NF5A 3GXAA 3OSRA 3RQTA 2VD2A 4OVQA 2XX8A 2VHAA 4H8JA 2ONRA 3HO7A 5H8NB 2V4CA 2O84X 3C9HA 1B40A 3WAEA 3CVGA 1S9TA 3K6UA 4I9DA 4YZZA 5LTCA 3OSQA 4EQ7A 2WKYA 3LSFB 3MUQA 2REGA 3TCGA 4ZEDA 3CFLA 2V25A 4WXJA 4YAHX 3A09A 3ZSFA 4LQ2A 3I6VA 1N3XA 4LVQA 3K6WA 3VLUA 2PT2A 3TYHA 2XWVA 1AOVA 4MNCA 2RINA 3ZS6A 5L9MA 3EHSA 5B7DA 2V3QA 2QSXA 4IB2A 4OMBA 1MM6A 1Y4CA 4UACA 3L6GA 4EQBA 3GYYA 3QXMA 3E4RA 4HCYA 3WAFA 1FTJA 3OEMA 3PD9A 3IO6A 2Y7KA 2RCBA 1D4NA 3KBRA 2ZZVA 5I59B 5J1DA 4NAPA 4NGUA 1A7LA 1N84A 4PGNA 2DWHA 1LLSA 5AA3A 4PAKA 1A55A 4O3AA 4X04A 4KPTA 4JWXA 1H76A 4XKNA 3SESA 2YJPA 4G68C 4P3LA 4EF2A 4PGPA 4R6HA 2DOJA 2A5SA 5CRYA 1A8EA 3PMWA 4I8CA 4IO5A 3TUSA 3IB0A 1LAHE 4GL8A 3FJ7A 1ZBMA 1OMPA 2Q9TA 1JQFA 3OO7A 4DI4B 2V84A 3CR9A 2AL5A 2YLNA 4X9TA 3ODBA 4R73A 5DVIA 4U1ZA 1I6AA 5AA1A 4BDLA 4YMBA 1FTKA 1XOCA 1YAEA 3DLNA 3TCHA 3G3KA 2GHBA 2DWAA 2Y7PA 1Y4TA 1MY3A 4WKMA 5JEIA 4KYDA 3O9PA 2VGQA 5KDTA 4Z0IA 4MEVA 4FEBA 3KG2A 4FE8A 3W15C 2ZYNA 4OVJA 4KCDA 4HTGA 3GBAA 3QAXA 5I2NA 5HBCA 3JV9A 4BDOA 3FV1A 4UABA 1R1NA 4NF4A 3FIRA 1T0KA 3FJGA 3I3VA 2UVIA 1EZPA 4YKPA 1HSLA 3T9VA 2V3TA 3FVNA 4R2FA 1NNPA 4X1DA 1JVXA 3EHUA 1QULA 4ZDMA 1TFDA 4AB5A 3V8XB 1M5EA 2ZYKA 1IXCA 2HQ0A 4YKIA 1OVTA 4O3BA 5ICTA 1S7YA 2OLBA 1M5FA 1FW0A 4QRZA 3SERA 1UTHA 4DI3D 3KJ7A 1UQWA 4Q0CA 1SW1A 3FGSA 5KCJB 4NWDA 4MAGA 4POXA 4OQOA 3MVWA 4R6YA 4N17A 5I84A 4NF6A 4YICA 2XXPA 4DDDA 2XD2A 5EHMA 1LGBC 1LFGA 3B50A 1P1NA 4MH5A 2B3BA 5I58A 1EZ9A 1MXUA 4PAFA 3M8UA 4ECFA 2E1SA 4RNSA 1YCJA 2UVGA 1II5A 5AA2D 2HAVA 2I58A 3CSBA 4OFOA 2P1SA 1OIBA 3VV5A 2F35A 4H8IA 4U2RA 3HPIA 1ZKBA 3RUMA 5I57A 3IOWA 2O1LA 3TTMA 1EZOA 2HAUA 1PEBA 4N6PA 2O68A 1JVYA 1VR5A 4KHZE 3T96B 2OWTA 3O28A 5I2KA 3R7XA 3SETA 4FORA 5TPAA 5KDTB 1A40A 2F7AA 5H8FB 4N8YA 4NF8B 1MPBA 5I2NB 4DXBA 4XXUA 2DXRA 3QIMA 1LCFA 4GXAA 4OVSA 4IO3A 3CFZA 4YB6A 4E0WA 4NF4B 4EXLA 2B65A 1RKMA 2RKMA 2UVHA 3PUYE 3ONMA 5AA2B 4QSDA 1B32A 4TLLB 1I69A 1FCKA 2XWKA 4ZEKA 3RGYA 1B7UA 3W9WA 1B3GA 5ITOA 3SEXA 3FVOA 4WEPA 4U4XA 1OQGA 5DEXA 1URDA 4JWYA 1JW4A 1S50A 3BBRA 4IO7A 1R9QA 1HSJA 3CG3A 1RYOA 3OD7A 4HS7A 2ZXTA 2CEXA 3FATA 1MXVA 4E0XA 4LA9A 4XKQA 3H7MA 1UTHB 5H8QB 1IXIA 1NNFA 3T22A 4F19A 2H9BA 4ZE9A 4P9KA 4NF6B 1DMBA 3F11A 1LFHA 4ONYA 1QUJA 4N4UA 4G77A 3MW0A 2P0SA 4Z7EA 4POWA 2OWSA 2DS9A 1N0TA 3MP8A 3HV1A 4MFIA 5I58B 1P99A 2PBWA 3AXFA 4KI0E 1FQDA 1TWYA 3FVKA 4EF1A 3MPKA 4P0IA 4U22A 2D3IA 3KN7A 3OENA 2QJEA 4OEVA 2XHDA 5A5XA 3E13X 3FV2A 2A5TA 1N04A 2PT1A 1MY4A 4R2BA 4GL0A 5ISUA 1SDXA 2H4IA 3BFTA 4H5GA 2F7BA 3H03A 5I2KB 1N7XA 4FEDA 2CMOA 1LAXA 4JWOA 2PYYA 5BWJA 3A3CA 3Q25A 2RCAA 3OO9A 4BLAA 1ELJA 4C1UA 1MPDA 1GTKA 2REJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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