4PGPA

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from desulfovibrio alaskensis g20 (dde_0634, target efi-510120) with bound 3-indole acetic acid
Total Genus 111

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
PVTLNYANFPPASTFPCIQMEQWAHEVRTRTRGKVDVLTYPGGTLLGARNMLRGVMSGQADIGCISLAYHPGVFPVMSVFELPLGFTSAEAASSVLWELYSGLRPAELERVKVLTMFTSAPSHFMTVTPVRSLRDLQGMEIRGAGTLSAILEKLGATPVSMPMPEVPEAVQKGIIKGLFTSLDVMKDMNFAEMTGHVTRADQAVYPFAVIMNREAWERLSPDVQQVLDGLAAEHAAWTGRYLDAHVQDSMRWAEEKHGVQVHTLPEEDIAAMRRSVQPLFDAWAQRAADKGADPDAVMRTVDALKAQY
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (33-38)3H4 (164-167)AH1 (46-62)S2 (66-71)TVIII5 (204-207)EMPTYTII1 (71-74)TVIII2 (75-78)AH8 (252-288)TI'2 (72-75)AH2 (81-88)TI2 (78-81)S4 (142-149)AH9 (297-320)S3 (93-97)TII2 (101-104)3H2 (108-112)S8 (208-211)S9 (227-233)AH3 (120-133)3H5 (194-196)3H3 (137-139)AH4 (176-185)TI3 (139-142)S5 (153-157)TVIII4 (157-160)S6 (171-174)TII3 (167-170)S7 (188-191)AH5 (197-203)AH6 (214-219)TIV4 (223-226)3H6 (221-223)S10 (237-243)S11 (291-294)TI1 (42-45)TI'1 (62-65)TIV1 (74-77)TIV3 (105-108)TVIII3 (89-92)TIV2 (103-106)AH7 (244-249)3H1 (98-100)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Solute-binding protein
source organism Desulfovibrio desulfuricans
publication title Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Extracellular solute-binding protein, family 7
total genus 111
structure length 308
sequence length 308
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4pgpA00
4NQ8A 4MX6A 4XF5A 4OVTA 4MNPA 5IM2A 4PETA 4MNCA 4MHFA 4N17A 2VPOA 2WYKA 4X8RA 4PF8A 4O94A 2PFZA 4YZZA 5LTCA 4PE3A 2V4CA 4N4UA 5CM6A 4O7MA 4N8YA 4PGNA 2HZLA 4LN5A 2HZKA 5IGAA 2CEXA 4UABA 4PAKA 2WX9A 4N8GA 2XWKA 4PDHA 2CEYA 4OA4A 4N6KA 4OANA 2XXKA 4MMPA 4MAGA 4NF0A 2ZZXA 4N91A 4PFRA 2WYPA 3U65A 4NX1A 4DI4B 4P47A 5IZZA 2XWOA 4NGUA 4PBHA 4PCDA 4OVRA 4DI3D 2XWVA 4NHBA 4MCOA 2XWIA 4PAFA 4MIJA 4P9KA 4N15A 4PFBA 2PFYA 4PDDA 2ZZWA 4NN3A 3FXBA 4P8BA 4XFEA 4NAPA 4X04A 4P56A 4XEQA 4OVSA 4P1EA 3GYYA 4P1LA 4PGPA 2VPNA 4N6DA 4PF6A 4YICA 2HPGA 4PC9A 2ZZVA 5I7IA 4OVQA 3B50A 4PAIA 4OVPA 5I5PA 2XA5A 4MNIA 4NG7A 4PFIA 4P3LA 4MEVA 4O8MA 4PBQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1POY1 2V3UA 4KQPA 5IM2A 3K1MA 3WAFA 3KOSA 2HAUA 1II5A 4PF8A 4F22A 4I8CA 1URDA 1D9VA 1ZU0A 3PTYA 1VDWA 1IMDA 2QRYA 3FXQA 5ET8A 5TP9B 2QMXA 3JV9A 3KOTA 5L9MA 4GX3A 5CMKA 1RYXA 4ONYA 2M8CA 4QHQA 2O1MA 2XXYA 4IGRA 2HAVA 3DLNA 4PTKA 3VVDA 4N6KA 1WODA 5ET7A 1P1NA 3LV0A 3KGCA 1H3DA 3K6XA 4DXBA 1R9QA 4KCCA 2VHAA 4OESA 1SD3A 1SW2A 4GQOA 4R73A 2HEUA 3G7WA 1DCUA 3IO6A 1B0HA 3TUSA 2O7UA 4OVJA 3TTMA 4F3SA 4KYEA 2AL4A 3H6TA 1B32A 3LSWA 4YMBA 4X04A 1Q9DA 3TTRA 3M3FA 5H8FA 3C31A 3MPKA 3K6VA 3O6GA 4PGPA 4YKPA 4C1TA 4OZ9A 3E78A 1IXGA 4GX6A 1I6BA 5I5PA 5L9OA 2XA5A 3CFZA 4GL8A 4MNIA 4OFJA 5ET5A 1MY2A 5EHSA 1PB9A 4IO5A 4MLVA 1GV8A 4UA8A 4U23A 3C9HA 1NI9A 1NUZA 1J1NA 4KYSA 2PFZA 2Y7PA 1Y4CA 4N4UA 3L6HA 4I3EA 5FTIA 1DPPA 2F35A 5CC2A 3MUQA 3RYDA 2DWIA 1HSEA 5BWJA 3PPQA 3TODA 2Q2CA 4H45A 4QSCA 2GRVA 1FBGA 3VVEA 2DSFA 5EQ7A 4YAHX 4BDMA 5TPAA 1YZ0A 4OXVA 2VP1A 4ZEFA 2XD3A 5A5XB 4E0WA 5IZ1A 3RGYA 2DWAA 3OO7A 3ILTB 3KFMA 1MQDA 4MF3A 4GIZA 5KCJA 1ANFA 3PD8A 5CMMA 3I6VA 4OWDA 4RPOA 3DM0A 1S50A 2GQ1A 5CBRA 4OEVA 1GVCA 2BJJX 1POTA 1FJ6A 5I59B 3MVZA 2Z22A 2ONKE 2V84A 1FBFA 2GFEA 3KN3A 4MNCA 3HSTA 2A5TA 4AB5A 3DP8A 3K0VA 3T9VA 1USYH 3OO6A 4FBPA 4JXIA 4LQ5A 3ZSFA 1FBEA 5I57A 4LP2B 4H6DA 3H6WA 4H0WA 4O3CA 5CMBA 3O9PA 2Y5LA 4PGNA 1OQHA 3T93B 3MP1A 5F1QA 3TEPA 4LN5A 4XTCQ 3EHTA 4WEDA 1P1QA 3ZKKA 4PAKA 4GX4A 2CEYA 3M3LA 4JVIA 1FQBA 3R7XA 5H8SA 4N91A 1LLSA 3MSTA 4OMBA 5DYHA 4P47A 2XWOA 1TFDA 3MVXA 3OO9A 4PCDA 1LCTA 1YPNA 4OVRA 4N13A 1XVXA 3L6GA 1EH3A 3K1PA 1B7HA 2OX3A 2PMSA 4Q30B 4NWCA 5I2NB 1MM6A 2ZYKA 2P2AA 1ZIUA 4NAPA 1QJMA 5H8NB 2HFBA 5DEXA 4BDLA 5AA2B 1JQFA 2DWJA 1Y9UA 4R6HA 1B3HA 3Q29A 1MDP1 2LAOA 4PC9A 2ZZVA 3IOUA 4OVQA 4OTEA 3A29A 3OMBA 3IX1A 1URGA 3T0JA 5I58B 4O8MA 2UYEA 3TZAA 1NV3A 2DWHA 2Z23A 3H7MA 4ELQA 2Q89A 1Y3QA 2DE4A 3SEYA 1B7UA 5JK4A 3USDA 3V8XB 2I6EA 1I69A 4EXLA 1F9BA 3PPOA 4H5FA 3TCGA 2VGQA 3GBAA 4QFLA 3T22A 4ELRA 2CZIA 4HE2A 4RK9A 4X48A 4DZ1A 1G0IA 1N3XA 4RXLA 1B4HA 3IJXB 3K6WA 1MXXA 4OA4A 3WAEA 4FEBA 3VLWA 4F1YA 3FJMA 3GZGA 1B1HA 2WYPA 5EHMA 4LZ5A 2P3NA 2OWTA 2MKZA 4NF4B 5IZZA 2FHYA 4IO7A 3OD7A 1MQGA 3U94A 1DBZA 2PFYA 2ZZWA 2V3QA 3KJ7A 5CI5A 4HCWA 1QUJA 3O2AA 3GYYA 1FPBA 3O29A 1INPA 2BJIA 1FBCA 3H3GA 4NF5B 5KZTA 1B5IA 5EYGA 4PFIA 5CMCA 1MY0A 2O68A 1NV5A 2L5VA 1H45A 2F8DA 2RC9A 5KDTB 3MBPA 3A09A 1JW4A 3MZ1A 3RPLA 4KYDA 3E3KA 4AS5A 2OWZA 5L9SA 3Q27A 3QUJA 2NOOA 1PDAA 3M8UA 2ZNUA 1MQHA 3TPAA 1MS7A 3W9VA 2UXAA 1FPKA 4NWDA 3VLVA 1OVTA 2P0SA 2O1LA 1N7WA 1A40A 1OLCA 3VDFA 1PBQA 4ZE8A 3SEVA 1D3KA 3VVFA 1GTKA 2QS2A 1LB9A 1H44A 2I48A 4Q8RA 1FTLA 3G3GA 1LBYA 3C36A 1MQJA 3FJGA 2REJA 1AH5A 3PU5A 2FVZA 2XXQA 2QL3A 1B7ZA 4BDRA 1N0TA 2XWIA 4N07A 1FJ9A 1LFHA 4QFPA 3IOWA 5IAIA 4DE8A 3UGWA 4JVCA 4I3YA 5JTYB 3U1OA 4XFEA 1WDNA 2F7BA 4QSEA 5ITOA 2XXRA 2DDKA 3I5OA 3S2VA 4X1BA 4N6DA 3TCHA 5ICQA 3THIA 1US4A 5TP9A 1RDYA 1B3LA 5LOMA 3G3IA 3PPPA 3T9XB 1FQAA 4H46A 3TDJA 1UTBB 1FPJA 2I0BA 3T9HB 1US5A 2GHAA 1MQIA 4NMYA 2UVGA 4OVTA 2ESNA 2RF1A 3B6QA 4IR8A 3PGFA 5J1DA 2QS4A 1Z7NE 4E0XA 3SESA 3KN7A 2WYKA 1FPGA 4GLIA 1EYKA 2KLFA 3JZJA 5AE4A 4R2BA 2F7CA 1UQWA 4GL0A 5K2XA 1P99A 4N8YA 2HZLA 1FPIA 4GF8A 4POWA 4RK2A 1MY1A 4N8GA 2XWKA 1P1WA 3B6TA 1NV6A 1GR2A 3KSJA 2XXKA 3EHSA 1NV2A 4DXCA 3PMVA 3D1RA 1Y20A 4ELPA 3FASA 3K00A 2Y5KA 4RA1A 1QKBA 3I3VA 4OFOA 3CSBA 4PBHA 1O64A 4G68B 2F97A 3V5AA 4QFOA 1NFTA 3FV2A 3IFCA 1FBHA 1QVSA 4I9DA 3HFUA 4ZEDA 2ZNTA 3SERA 4GWUA 3V89B 2CMOA 1Y4TA 5F24A 4QFNA 1M5CA 1FTMA 3KG2A 1FQFA 3PV0E 4P1LA 5ESYA 4YKJA 2VPNA 4F31B 4LZ8A 1ZJLA 3U92A 3OO8A 4WEPA 2WBDA 3C32A 2NUVA 4XXUA 2H98A 5HM4B 1DSNA 4LONB 4LATA 4R2FA 1LAXA 1BK4A 2QS3A 4XF5A 1IMFA 3B6WA 3KJTA 4PETA 3PMXA 4U1OA 1TT1A 2VPOA 3T9UA 2CZLA 5FHNA 1LAFE 1UTHB 3N5LA 4EDPA 1FQDA 4PE3A 4ZS9A 4N6PA 4FJPA 1S7YA 3TAJA 1IMBA 4O7MA 5A5XA 4LQ2A 5B70A 3GLBA 2YPNA 2HZKA 3S9NC 1IITA 4GRKA 3BIGA 1EU8A 2DXRA 3DP6A 1LBBA 1P1OA 2PX1A 3QMFA 4I1DA 3ZS6A 4OANA 4GXSB 1EZOA 4NF6A 4YMAA 2RC8A 4G8HA 3RTWB 2XXVA 4DCXA 3OELA 3FATA 2AYSA 4PP0A 3VFJA 2H9BA 5H8QB 3OSQA 2R8TA 1UIVA 3ISPA 5I59A 4PFWA 4NHBA 4TLMB 3PMWA 1N04A 3CRBA 4F19A 4GWZA 1YYZA 4EQBA 3FVNA 4QF9A 4NTLA 2ZMBA 3BIHA 1QULA 2OWSA 1AIVA 1JP4A 1RDZA 5L8DA 4YB6A 3FVOA 2F3BA 4JWOA 1IMEA 2G29A 1B52A 2B4MA 3UORA 3VV5A 1LAHE 2ZYNA 4P3LA 1LGBC 1T0KA 2F78A 4OFLA 3FV1A 4ZZAA 4DIGA 2X7QA 4IGTA 3IO4A 5EYHA 1Q35A 1UIUA 3MP8A 3FD3A 4O94A 4ZEKA 2O69A 1NUWA 3QSLA 2Z8FA 4OERA 4GWSA 3O97A 4KI0E 1ATGA 1KA1A 5HPQA 3C35A 1H76A 3MC2A 2B4LA 4AS4A 2WX9A 1IEJA 3LSLA 4GD5A 2WEFA 4Z0IA 1MY4A 3FXUA 2WKYA 2OJTA 1IUDA 2Z8DA 5H8NA 5AA2A 3G3JA 4F1UA 4HW8A 1A8EA 1EYJA 1P1UA 1FQEA 3G3KA 4NF8B 3K1NA 4RY1A 3VXCA 2XXUA 1QGXA 3O6IA 4ELOA 1O7TA 2R9JA 4H65A 5CBSA 1B5HA 3R6UA 5I58A 1NNKA 4QSDA 4R6YA 4FIMA 2PT2A 3PUZE 1B46A 3KBZA 2O51A 5EYFA 3FIRA 4JWYA 4YB5A 4BLAA 1HSLA 2Q9TA 1B5JA 3ILUB 1ZLQA 4ZE9A 1DMBA 1PB8A 3KSXA 3H6VA 3K01A 1D9YA 3Q28A 3QUFA 1SI0A 4I40A 1IMAA 5M2VA 3SEXA 3G3HA 1NH7A 3B7DA 3N94A 3H03A 1A99A 1FTJA 2NXOA 2XXXA 4YU0A 3IB2A 4QFKA 4P11A 4H8JA 3R26A 4X8RA 3VLUA 4U4SA 2A5TB 3S4UA 3MZ9A 1YAEA 1RKMA 1B0LA 3OXNA 4NF4A 2OBGA 4X1DA 4EF2A 2DXYA 5DTBA 3U93A 3VXBA 4XKQA 5JEIA 1MPBA 4ZEIA 2OZZA 3IORA 4OETA 2A5SA 3QIMA 4QRZA 4FE8A 1CNQA 4THIA 4O3AA 1OMPA 3KC1A 3RUMA 1VE4A 1MPDA 2V3TA 3HPIA 4NF5A 1AOVA 2I3WA 2DYXA 1TFAA 2RCAA 5IZ3B 4C0RA 1XT8A 2I58A 2Q2AA 1N7XA 1G0HA 4PAFA 3RLFE 2F34A 2ZYMA 4N15A 1XHYA 2JJKA 2Y7IA 3PUWE 4KPTA 2PVUA 3LUYA 4MJOA 5KDTA 5F7VA 3HHGA 5BUUA 3PUXE 1L5TA 3A3CA 1Z7ME 1TXFA 3MZBA 4RNSA 2CZHA 3ROJA 4R6KA 2W7YA 3RPWA 2XX7A 4MNPA 1DK4A 3HN0A 3BBRA 1B40A 5EQ8A 1SW4A 1EYIA 2ZXTA 1BP5A 1R9LA 2V93A 4IY6A 2V4CA 1FPDA 4U4XA 1FQCA 1BLFA 1H43A 3MJNA 3Q25A 4AB6A 4QBAA 5DVFA 4OHNA 4G77A 1VSOA 5JTYA 1Y3NA 4LVQA 1D4NA 4R74A 4ESXA 4GOTA 5J16A 3CIJA 3TQLA 4XKPA 4RPNA 4NX1A 5I2KB 4DI4B 1MG1A 1NL5A 5IKBA 2QVUA 3CFLA 4JSOA 4R75A 4FECA 4F2QA 1B3FA 3UIFA 5AA4B 2PCRA 4TLLB 4ZZEA 3EN3A 1LAGE 1KZ8A 2X7PA 4TQUQ 2PBWA 1N3WA 3S9EA 1FCKA 3TYHA 1QUKA 4OVSA 1OQGA 4ESWA 1M5DA 1NV0A 2R6GE 1NUYA 3TELA 2UVHA 5DVJA 4EQ7A 4YICA 2QPQA 2O7IA 4G8MA 4H1XA 3CSGA 2QFLA 1SYHA 2F36A 3IB0A 4OVPA 4PAIA 1XI6A 2PT1A 2R71A 4Z7EA 1QUIA 1DTGA 1BTJA 3MYUA 3T96B 1B05A 1VFDA 4R9GA 1NV4A 4EF1A 3Q26A 1YTVA 3KEIA 4GFRA 4X9TA 1SQYA 3OSRA 4IO3A 2GH9A 3JYRA 3ONMA 3FVKA 1LBVA 5CM6A 1B2HA 1JVXA 1TWYA 1MPCA 4M4GA 4MH5A 3CG3A 1N76A 4G68A 5A5LA 1EZ9A 5IGAA 4JBZA 2CEXA 4UABA 2XXWA 1QW0A 2REGA 2H5YA 1AL3A 1B51A 1BKAA 4G4PA 4HCYA 4MAGA 4O7IA 1VR5A 1MXZA 1SW5A 3IK6B 3HV1A 2F6GA 3D4CA 5FHMA 1M5FA 4BDNA 1AMFA 4MCOA 1I6AA 1SBPA 1WVJA 1B58A 1BIYA 1B1XA 3EF7A 1XC1A 4PDDA 4PQJA 2F6PA 3E4RA 4C1UA 2KQZA 3DELB 1GGGA 3BFUA 1NMUA 5B7DA 3C34A 1UTHA 2DVZA 1SYIA 2XX8A 3ECRA 1PC3A 1SI1A 4ZDMA 3RQTA 4KFQA 2XXTA 3RTFB 3ODBA 4MEVA 4NQ8A 2VD2A 3S9LC 1JNFA 1B4ZA 3H06B 3UN6A 4U22A 4U2RA 5H8HB 1PEBA 4OENA 2OLBA 4IY5A 1K9YA 1A8FA 3K4UA 1DTZA 1JEUA 1SPIA 1R6ZA 5K2YA 4GVOA 5LTCA 5I56B 3H4ZA 3KC0A 3N26A 2ONSA 3K6UA 1XOCA 1OIBA 5H8QA 3N6UA 3KBRA 2UYFA 2DE2A 3IJOB 1QKAA 3MVWA 4KCDA 2ZYOA 1LFIA 1JEVA 3MVYA 1ZKBA 1KA0A 1KWHA 3K02A 3BFTA 3W15C 4NF0A 2ABHA 3LR1A 1URSA 4R9FA 3SEWA 3MAMA 2IEEA 2RINA 4G68C 1NH8A 4KXPA 2RKMA 3CVGA 2ANJA 2WBBA 1SDXA 3CHGA 4WXJA 3H6UA 2I4BA 1FTAA 4MIJA 2XXIA 3OOAA 2VT5A 4O3BA 2O6AA 4H67A 4GWYA 4I62A 2AIXA 2DOJA 3OEKA 4JB7A 4JDFA 4QXDA 3U8QA 4U1ZA 1JW5A 4YB7A 1Y3PA 2FNCA 4JSDA 2FBPA 4G2ZA 4IB2A 4KR5A 2HHMA 4IO2A 4TOZA 3SDFA 2XXHA 2ONRA 3RT6B 4MX6A 4EXKA 4XIGQ 3RT8A 1NV1A 3IL1B 1YXIA 3FJ7A 2NVUB 3AXFA 1FW0A 2E1SA 5H8FB 3QYTA 1NV7A 4GXAA 1FBDA 4YZZA 4F39A 5FTHA 3FGSA 1CE2A 4NF8A 2IA4A 3IB1A 1S9TA 4K3FA 1IXHA 1Y1ZA 4F3BA 4FATA 4EUOA 2NWJA 1ZTYA 3LSFB 2F7AA 3RNNA 1FPLA 3SETA 1FSAA 1LB8A 1VFEA 1B3GA 4PDHA 2GHBA 3W9WA 3HCQA 1Q1KA 2X26A 3O28A 3VE1B 2ZZXA 2XX9A 4NE4A 3CI8A 4NF6B 1FTKA 3T66A 3U65A 4ZEBA 4JVDA 2DS9A 1OVBA 4NGUA 2QVRA 1FBPA 2I0CA 4L17A 3TTNA 2F3DA 2H25A 2XWVA 1I6QA 4M1VA 2FIEA 4GWOA 5I2NA 3G3FA 3PD9A 2H99A 4RJZA 1B6HA 2HCAA 1SW1A 4OYVA 1DPEA 5FBPA 1LFGA 4HXVA 4N81A 1A55A 1MXVA 1ELJA 5TPAB 2Y7RA 3IOTA 2O84X 1A7LA 4GBWA 3TQWA 1B3EA 2CZKA 2KR0A 5AA1A 5FHOA 1USYE 3HO7A 4NG7A 2D5WA 4BDOA 1OLAA 3K2DA 4G61A 1IIWA 4JWXA 4Q0CA 4AQ4A 1FPFA 4F29A 5KCJB 3DP4A 4LUBA 2DP8A 3EKIA 2DE3A 4MLQA 1MM7A 2PYYA 1IXIA 4LZ7A 1LCFA 1MH3A 4HS7A 2OCUA 2Y7WA 4NEDA 1FRPA 1IXCA 3FVGA 5ISUA 2UVIA 4UACA 3QK6A 2HXWA 1IQ7A 1M5EA 4FAJA 3KN8A 4GWXA 4HE0A 1NUXA 3UA8A 4WKMA 2Y7KA 3O66A 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