4R6Y | Genus

Total Genus 106

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	106
sequence length	317
structure length	317
Chain Sequence	SMESVVTVYSIDGLHDGDNSWYQVQFDAFTKATGITVRYVEGGGGVVVERLAKERTNPQADVLVTAPPFIQRAAAEKLLANFNTDTASAIPDANNLYSPLVKNYLSFIYNSKLLKTAPASWQDLLDGKFKNKLQYSTPGQAADGTAVMLQAFHSFGSKDAGFAYLGKLQANNVGPSASTGKLTALVNKGEIYVANGDLQMNLAQMERNPNVKIFWPANDKGERSALAIPYVIGLVQGAPQSENGKKLINFLLSKEAQTRVSELSWGMPVRSDVTPSDEHYKAATAALEGVQSWQPNWDDVAVSLSADISRWHKVTES

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9867127435976264__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9867127435976264__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4R6Y/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9867127435976264__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9867127435976264","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4R6Y/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9867127435976264__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transport protein
source organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2
publication title	Crystal Structure of Transporter STM0429 from Salmonella Enterica rcsb
molecule keywords	Putative 2-aminoethylphosphonate-binding periplasmic protein
total genus	106
structure length	317
sequence length	317
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-08-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01547	SBP_bac_1	Bacterial extracellular solute-binding protein

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	4r6yA02
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	4r6yA01

1ATGA 4ZZEA 4AB6A 3V8XB 2A5SA 4ZECA 3OO6A 3DP6A 4F1UA 2ONRA 3OSRA 4F3SA 3T9VA 2O1LA 1OVBA 3S9MC 3FXQA 3LR1A 2RF1A 2ZMBA 3TTMA 1MQJA 1URGA 1B40A 1QKAA 4G2ZA 1R9QA 1DTGA 3HPIA 4YMBA 3FATA 2ALUA 1TFDA 2UYEA 3K01A 3QAXA 3WAFA 1SW4A 3FJGA 3FVGA 4FE8A 4NF4A 1FQCA 1J1NA 2HEUA 3TAJA 4NE4A 1H45A 1NKXA 3IL1B 3O28A 4QFPA 1MQDA 3FXUA 3IB2A 2Q88A 3OELA 3E13X 1AOVA 1B58A 3GZGA 1URDA 2H4IA 3A09A 4L17A 2Z8DA 1UTHB 1EZPA 5AA3A 4EUOA 3PUYE 3B7DA 3EN3A 2F35A 3MPLA 1D9YA 5A5XB 5I58B 3UN6A 4G68C 4KCDA 1LBCA 3LSFB 3VVFA 3IORA 2HAVA 4NF5A 4ZZAA 5CMKA 4IO5A 1MH4A 3T9XB 5CM6A 1AH5A 2G29A 4KYEA 5EHMA 4YICA 3MWBA 2DE3A 3H6TA 1MM6A 4FEBA 3O29A 4OHNA 2Z8FA 2DE4A 3HV1A 4ZEFA 1O7TA 3W9VA 5ICTA 2V3QA 4G77A 2R71A 4RY1A 1TFAA 1VFDA 1Z7NE 3V5AA 2HFBA 5H8NA 5FTHA 3VLVA 4WXJA 2R9JA 3VLWA 1B32A 3UORA 5AA2B 4DIGA 3S9LC 1XVXA 3BKIB 5FHOA 3MZ9A 1URSA 1EZ9A 2O68A 5AE4A 2QJEA 5AA4B 2WKYA 4KPTA 4ZDMA 2F97A 3PPPA 4IO7A 1ZJLA 3TTLA 2GFEA 4M1VA 4G68B 1R9LA 4YU0A 2FNCA 5CMCA 1HSEA 3BBRA 1S7YA 1SQYA 4F2OA 4ND9A 1B05A 1R1NA 3PMWA 3VVEA 1D3KA 3CR9A 1NMUA 4ECFA 4XKRA 3TZAA 3PPOA 4IY5A 1FQDA 1M5FA 3PD9A 1M5EA 4ESWA 4O3BA 2D21A 5KDTA 3VXBA 1LCTA 1QUKA 3C9HA 5JK4A 3CVGA 2H99A 2GRVA 3N94A 2QL3A 3H4ZA 1BKAA 5H8FA 3E3KA 4QHQA 1N0TA 1IQ7A 1MG1A 5BUUA 2A5TA 2NUVA 1A40A 3QUFA 3HCQA 2F78A 5EYFA 3SESA 2IA4A 5DT6A 4BDNA 4OQOA 3OEMA 5FHMA 4R9FA 1S50A 2Q8JA 3RT8A 2O6AA 3OMBA 1A55A 2ESNA 3D4GA 3VLUA 1NH8A 2RCAA 4UACA 4RA1A 3AXFA 1P1QA 3ZKKA 2HZLA 4JSOA 4H67A 3SEXA 4LZ7A 4QFNA 4R2BA 4DXUA 2BJJX 1WVJA 2PT1A 1XOCA 3IB0A 3MVXA 4ZEDA 2I4CA 4ELPA 3MP8A 3RGYA 3KSXA 3OO7A 4F1YA 1EZOA 5ITPA 1D4NA 4Z0IA 2I49A 3USDA 4LUBA 1GVCA 1MXVA 3TKDA 2OWTA 1AL3A 2ZYNA 3OENA 4H5GA 1UTBB 3DP8A 4Q30B 2Z23A 5ITOA 4IO3A 5B7DA 3TPAA 2RC9A 2QS4A 4P0GA 2Q2AA 5I57A 2ABHA 1BP5A 5CRYA 3OEKA 3E4RA 4NF4B 2H98A 1YCJA 3LSXA 4F31B 5I59A 3C33A 4BDQA 3EQ1A 4ONYA 4QFKA 3H6UA 3K00A 3TDJA 2KLFA 5TP9B 3FD3A 1B2HA 1CB6A 2ZYOA 3IO6A 4BDRA 3H06B 3H03A 2F5XA 2UVJA 4FAJA 5I2NB 3DM0A 2QS2A 2DQVA 4NF5B 1DOTA 1ZKBA 2OCUA 1IXCA 3TYHA 3S9EA 4PFYA 2Y7WA 1N7WA 2DOJA 2PBWA 4YKKA 5I2KA 3KSJA 4XTCQ 3TMGA 3QYTA 4GQOA 4U2RA 4HS7A 2DXRA 3M3FA 4U4SA 3FXRA 4PFUA 2ZNTA 1B1HA 3PGFA 5F7VA 4R72A 3BFUA 1EH3A 1GR2A 2B3FA 3IOUA 3ECRA 2V3TA 5H8NB 1FQEA 3V89B 3FUZA 1YAEA 1Y3NA 2O69A 4NWCA 4BDLA 4ELRA 2AL4A 1ZU0A 1MDQA 1MXYA 3QIMA 5ICQA 5J1DA 2ONKE 2XX9A 3EHUA 4OFLA 4O3AA 5DTBA 1VE4A 3A3UA 3FVNA 5IKBA 2DSFA 4U21A 2I4BA 3T9UA 1NNTA 1B1XA 4U23A 3OOAA 4OVJA 3B6WA 3TTKA 1JW1A 3THIA 3ZKLA 5HBCA 4IY6A 5CC2A 2PT2A 4P0IA 3KEIA 4G8MA 2V93A 2D3IA 2XXQA 1OQGA 3K2DA 2XXHA 4UA8A 4R6KA 2DVZA 4LONB 4DCXA 4Q8RA 1JVYA 1ZLQA 2QSXA 4IO4A 5ELVA 4HCYA 4TOZA 2F6GA 1ANFA 1B7ZA 2REJA 3KJTA 2Y7PA 2NVUB 2UVGA 1B0LA 4LQ5A 1O63A 5H8SA 5KDTB 3ODBA 3KN3A 3B6TA 4ZS9A 1NL5A 4XKNA 2E1SA 2AL5A 1PB8A 1Y1MA 5M2VA 4H65A 3VFJA 3G3HA 1FTMA 3G3JA 1LCFA 2NOOA 1VFEA 1Y20A 4GF8A 4QFOA 4DDDA 4EF2A 1SBPA 3FJ7A 1IXHA 5H8QB 4O3CA 4QSDA 3GLBA 4QF9A 3CG1A 3K1MA 1MRPA 4PQJA 3O6IA 4NMYA 3CIJA 2NXOA 4GLIA 3IO4A 4GXAA 4OEUA 4X1DA 2F36A 4HCWA 2I0BA 3ZSFA 4G8NA 2UVHA 3PUXE 1JW5A 5JTYB 4GOTA 4U1OA 5B70A 4QRZA 4MLQA 4AQ4A 1P1UA 4IO2A 3MW0A 5DEXA 4GL8A 3HN0A 1Z7ME 1LFGA 3FJMA 3R26A 1A8EA 2E0SA 4OWDA 4LZ8A 3U8QA 3EF7A 3I3VA 3Q28A 1SI0A 3PPNA 2HQ0A 5L9SA 3TFLA 3GBBA 1PDAA 3G3KA 1FQAA 1NH7A 3K6WA 4GVOA 3RT6B 4GRKA 1SW5A 2HAUA 2QMXA 5I57B 4THIA 4TLMB 1JETA 4MH5A 2DS9A 2ANJA 1JW4A 3IAZA 3G3IA 3LBSA 1VR5A 1FTLA 1KWHA 5I59B 1QW0A 1USYE 1B3EA 4BLAA 4N07A 1NFTA 4YMAA 3UP9A 2P1SA 2PVUA 2OLBA 3K6VA 4Q5TA 2QS1A 4H5FA 3TCFA 1DPPA 4F39A 1LFHA 1ZTYA 1N84A 1OVTA 2RCBA 3FV1A 2H9BA 1B0HA 2I3VA 1MY4A 2O84X 2XXIA 1P99A 4PFTA 2OWSA 1LAXA 4G8HA 1A99A 2FYIA 5TPAA 3U93A 2OJTA 3VDFA 4GIZA 5I56A 5AA1A 4IGTA 3SEVA 4C0RA 4POWA 3VV5A 2ZNSA 1LB8A 1JNFA 5CBSA 3N6UA 3TTNA 4F2QA 2VP1A 4RK2A 1MQHA 2F7AA 2O7UA 4QFLA 5DVIA 1AIVA 3TQWA 1MQIA 2QS3A 3Q27A 3CSBA 3SEWA 4RPOA 3I6VA 2CMOA 1IITA 4U1ZA 1DMBA 1B46A 3IOTA 3MVZA 4MBPA 2GH9A 3RN8A 4PP0A 4KHZE 1BIYA 2IEEA 4JWOA 5DVFA 3IJXB 3JZJA 4ELOA 4ZE8A 4IGRA 1NNFA 4N6PA 4RJZA 1Y4CA 1UQWA 2DVCA 2H5YA 3RPWA 1OLAA 4H8JA 3U94A 5I84A 4AB5A 3PMXA 4YAHX 5A5XA 5I58A 4FJPA 3TQLA 1QVSA 5L8DA 2O51A 3JV9A 1P1OA 3UA8A 3MC2A 3M3LA 3R6UA 3SDFA 3PV0E 4TLLB 4OXVA 1DPEA 1LBBA 2UYFA 1UIVA 2THIA 5CMMA 2DWJA 1SD3A 1JQFA 3FGSA 1DTZA 1ZIUA 1N04A 1IXGA 2XXXA 5DYHA 3TUSA 2REGA 3Q29A 1M5BA 4ISUA 4RNSA 4XIGQ 2I6EA 1BTJA 1LSTA 2GHAA 3PUWE 4NF6A 5DEXB 3SEYA 1SW1A 1MXXA 4PE5B 3C31A 2X7PA 2Q89A 3H6WA 3VXCA 1M5DA 1IIWA 4KR5A 4I8CA 5AA4A 1B52A 1H43A 2VHAA 3MVYA 3RUMA 4QSEA 4OYVA 3T9HB 1N3XA 3RTFB 2O7IA 4DLDA 3WAEA 1JEUA 4G68A 3U72A 1OQHA 1P1WA 4GL0A 4NEDA 1PEBA 2ZYKA 4C1UA 1I6QA 3U92A 4XKQA 1II5A 5FHNA 3IK6B 3C34A 3FVOA 3MBPA 3RLFE 3CFZA 5KCJA 2I58A 4FIMA 2Q2CA 1QULA 3KGCA 1B6HA 4Q0CA 2DWHA 4FEDA 1I69A 1LLSA 4JBZA 1NNKA 2I48A 2Y7IA 3MUQA 3E9XA 3DELB 3UK4A 1R6ZA 1EU8A 2OZZA 2YJPA 1US4A 3M8UA 3IB1A 3MP6A 4P11A 1O64A 2P2AA 3SETA 4R74A 1H44A 3OXNA 3KFMA 3DLNA 4EF1A 4KYDA 4MFIA 4N13A 1L5TA 1LFIA 1OMPA 2ZXTA 3H3GA 1B3FA 4E0WA 3S2VA 2RC8A 3QSLA 4H1XA 3QK6A 3M3KA 3S9NC 3PUZE 3CG3A 3T22A 3A3CA 3BFTA 4OZ9A 3G7WA 2O1MA 4OMBA 3IR1A 4E0XA 1I6AA 5I56B 3ILUB 1XT8A 3VE1B 2F7BA 5CI5A 2QMWA 1UIUA 1JEVA 1A8FA 4NF8A 3K1PA 3S4UA 2UVIA 4F3GA 1B7UA 1MS7A 4KD5A 3G3GA 5H8FB 2CZLA 5KZTA 2V25A 5ISUA 3CRBA 4PFWA 4R75A 5L9MA 1SVXB 4G4PA 1ZMGA 3IOVA 1CE2A 4JWYA 2A5TB 1FCKA 4GWOA 3SEUA 2DYXA 1PC3A 3MJNA 4F3PA 2B65A 2I0CA 1B3LA 1MPBA 1UTBA 2XX8A 3L6HA 2XHDA 3KZGA 4YB6A 4DXCA 5K2XA 3CSGA 4R9GA 4BDMA 1Q35A 5EHSA 4R2FA 4X1BA 4LATA 2F34A 4KYSA 3H6VA 2D5WA 1B7HA 3RY3A 4GFRA 2PX1A 3K6UA 4MLVA 4U4XA 1PB7A 3W15C 3CFXA 2XX7A 2I3WA 4BDOA 5H8HA 4KFQA 4DE8A 1B3GA 4H8IA 5TP9A 4M4GA 1LAHE 4OENA 5K2YA 4K3FA 3RNNA 4ELQA 1YTVA 4YKJA 2XD2A 1LAFE 3FIRA 5I2NA 4DCYA 2PYYA 3MPKA 1JVXA 4HTGA 3PPQA 1MY3A 2ONSA 3PMVA 4F19A 2HZKA 4XXUA 3H7MA 2ZYMA 3HHFA 3KJ7A 5IAIA 1POTA 2VD3A 1OLCA 1AMFA 3RQTA 4LA9A 2G93A 3N6TA 1A54A 1FTJA 1FW0A 2Q9TA 2R6GE 3LSWA 3ILTB 2P0SA 2Y84A 3W9WA 4YZZA 5CBRA 4LVQA 4Z7EA 1B51A 3N5LA 1N76A 1OIBA 4OERA 5CMBA 4OEVA 1WDNA 1H3DA 4LP2B 4JB7A 3LSLA 3MVWA 4EQ9A 1B3HA 3O9PA 4GD5A 1B4ZA 1QJMA 5BWJA 3EPEA 1DSNA 4ZEIA 3IJOB 4NF6B 4FECA 3IX1A 4EQ7A 4JWXA 4F3BA 2XXWA 2XXTA 1ELJA 2XXUA 1B9JA 1XHYA 4X9TA 1MXUA 3O6GA 4EQBA 4I62A 1TT1A 2XXPA 3EHSA 2UXAA 5I2KB 2FA7A 3P7IA 2H25A 4KI0E 3MQ9A 1QUIA 4OTEA 4OETA 4ZEBA 3IOWA 3OO8A 4IB2A 5FTIA 1Y3PA 3MZBA 5KCJB 1YPNA 4RPNA 4LZ5A 1GGGA 4EDPA 3LC8A 3Q26A 1Q1KA 3O97A 4EXKA 4DZ1A 4I9DA 1IUDA 5F1QA 3K4UA 3Q25A 4FATA 3C35A 1RYXA 3MZ1A 2Y7KA 5HM4B 3TODA 3K0VA 4JDFA 1QUJA 4OESA 2GHBA 3B6QA 3MP1A 4MF3A 1N7XA 2NWJA 2F7CA 2DWAA 3KOTA 3C4MA 1MDP1 4ZEKA 2RINA 3L6GA 2PMSA 1RKMA 4KCCA 1SYIA 2F6PA 3QUJA 5H8QA 4WKMA 3HSTA 3O66A 2VGQA 1FQFA 1PBPA 3KN7A 4YB5A 4R73A 4FORA 1LGBC 3CI8A 4LQ2A 1HSJA 1B5JA 4OFOA 3PUVE 3RTWB 1MXZA 3U1OA 1UTHA 5JTYA 2VOZA 3FASA 3ONMA 5AA2D 1GTKA 1USYH 4JSDA 2VD2A 1ZBMA 4NF8B 4PETA 3KN8A 4YKIA 1SDXA 3O2AA 4YKPA 2DP8A 2YPNA 1HSLA 3F11A 1XS5A 1FTOA 3KOSA 3VVDA 2DE2A 3OO9A 2V84A 3D4CA 2DXYA 2OBGA 2QPQA 4DXBA 3UGWA 1FTKA 1B4HA 4KQPA 4F22A 3T96B 2XXVA 1A7LA 2ZNUA 1IZ1A 1VSOA 3O6HA 3KBRA 3I5OA 2F8DA 4OFJA 1LAGE 5LOMA 1PB9A 1FQBA 3C36A 4QSCA 3V83A 3FZVA 3T66A 3R7XA 1TWYA 2XD3A 4WEPA 1GV8A 5HPQA 1B5HA 4F18A 1BLFA 2HCAA 5AA2A 4X48A 2AIXA 1S9TA 1B5IA 3SERA 1MY1A 1XC1A 1M5CA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ATG A;  4ZZE A;  4AB6 A;  3V8X B;  2A5S A;  4ZEC A;  3OO6 A;  3DP6 A;  4F1U A;  2ONR A;  3OSR A;  4F3S A;  3T9V A;  2O1L A;  1OVB A;  3S9M C;  3FXQ A;  3LR1 A;  2RF1 A;  2ZMB A;  3TTM A;  1MQJ A;  1URG A;  1B40 A;  1QKA A;  4G2Z A;  1R9Q A;  1DTG A;  3HPI A;  4YMB A;  3FAT A;  2ALU A;  1TFD A;  2UYE A;  3K01 A;  3QAX A;  3WAF A;  1SW4 A;  3FJG A;  3FVG A;  4FE8 A;  4NF4 A;  1FQC A;  1J1N A;  2HEU A;  3TAJ A;  4NE4 A;  1H45 A;  1NKX A;  3IL1 B;  3O28 A;  4QFP A;  1MQD A;  3FXU A;  3IB2 A;  2Q88 A;  3OEL A;  3E13 X;  1AOV A;  1B58 A;  3GZG A;  1URD A;  2H4I A;  3A09 A;  4L17 A;  2Z8D A;  1UTH B;  1EZP A;  5AA3 A;  4EUO A;  3PUY E;  3B7D A;  3EN3 A;  2F35 A;  3MPL A;  1D9Y A;  5A5X B;  5I58 B;  3UN6 A;  4G68 C;  4KCD A;  1LBC A;  3LSF B;  3VVF A;  3IOR A;  2HAV A;  4NF5 A;  4ZZA A;  5CMK A;  4IO5 A;  1MH4 A;  3T9X B;  5CM6 A;  1AH5 A;  2G29 A;  4KYE A;  5EHM A;  4YIC A;  3MWB A;  2DE3 A;  3H6T A;  1MM6 A;  4FEB A;  3O29 A;  4OHN A;  2Z8F A;  2DE4 A;  3HV1 A;  4ZEF A;  1O7T A;  3W9V A;  5ICT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4R6YA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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