4R6YA

Crystal structure of solute-binding protein stm0429 from salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2, target efi-510776, a closed conformation, in complex with glycerol and acetate
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
317
structure length
317
Chain Sequence
SMESVVTVYSIDGLHDGDNSWYQVQFDAFTKATGITVRYVEGGGGVVVERLAKERTNPQADVLVTAPPFIQRAAAEKLLANFNTDTASAIPDANNLYSPLVKNYLSFIYNSKLLKTAPASWQDLLDGKFKNKLQYSTPGQAADGTAVMLQAFHSFGSKDAGFAYLGKLQANNVGPSASTGKLTALVNKGEIYVANGDLQMNLAQMERNPNVKIFWPANDKGERSALAIPYVIGLVQGAPQSENGKKLINFLLSKEAQTRVSELSWGMPVRSDVTPSDEHYKAATAALEGVQSWQPNWDDVAVSLSADISRWHKVTES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Transporter STM0429 from Salmonella Enterica
rcsb
molecule keywords Putative 2-aminoethylphosphonate-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2
total genus 106
structure length 317
sequence length 317
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6yA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6yA01
2A5TA 4TLLB 1ZTYA 2HAVA 4LVQA 5DT6A 1IQ7A 5K2XA 3TTLA 3IR1A 2B3BA 5CBSA 4IY5A 2I4BA 4QFNA 4H6DA 1H43A 1ZIUA 1JQFA 1JEUA 2OLBA 3PMWA 1DMBA 5JEIA 2Y7PA 4GWOA 3R7XA 3GXAA 3QSLA 4H5FA 1PC3A 1LAFE 3S9NC 2AL5A 2HAUA 3RNNA 4MFIA 4F3PA 4YB6A 4LATA 2Q88A 3SERA 3OXNA 5L8DA 3JZJA 1TWYA 2I49A 5ITPA 1POTA 2HEUA 3UK4A 4GXAA 4LQ2A 3H7MA 1PDAA 1MPBA 3PUWE 4JSDA 1QUIA 4F2QA 1B40A 3ZSFA 2E1SA 1URGA 3H3GA 3AXFA 2GRVA 4MBPA 1B4HA 2UYFA 3JV9A 3TCHA 2PVUA 4WXJA 3KFMA 4I1DA 3N6UA 1D4NA 3HSTA 3TYHA 4RPNA 4BDNA 3M8UA 3K1MA 2P2AA 4HW8A 1ZLQA 3W9WA 3PGFA 4KYEA 4O3AA 4GOTA 4GL8A 1MM7A 2A5SA 2D3IA 4N13A 4DLDA 4BDQA 1MDP1 2X26A 4N6PA 2H5YA 5H8HB 2AYSA 4F1UA 2FA7A 1XVYA 1B4ZA 1LBBA 5ITOA 3IL1B 4R72A 3WAFA 5CBRA 1PB9A 2R71A 1QKAA 5H8NA 4Z7EA 4N07A 1QVSA 1R9QA 4WEPA 5CMKA 1AOVA 4G68A 2O7IA 1M5CA 3C36A 2DVZA 1EZ9A 1N04A 3K0VA 2IEEA 4U22A 3D4CA 2AL4A 4JB7A 1R1NA 1NKXA 3LC8A 3O2AA 5AA2B 1NNKA 5I2KA 1P1OA 2F36A 1R9LA 1SW2A 2ZXTA 2V93A 4KYSA 4TLMB 3VXBA 2A5TB 2DXYA 1B3EA 3FUZA 2ZNTA 1MPCA 5H8FA 3BFTA 3E13X 3KEIA 1SQYA 4WKMA 2Z22A 2THIA 3CVGA 5A5XA 4OVJA 5M2VA 1DOTA 2I3WA 5DVJA 3DM0A 2X7PA 4MLQA 3B6TA 4U4XA 4FEDA 1MXZA 3FASA 4H8IA 1MY4A 3H6TA 3WAEA 4F19A 2OWSA 4QFLA 2DXRA 5EYFA 3MP6A 2HQ0A 1JEVA 4OYVA 3MVYA 2PX1A 3VLUA 1PBPA 2Z8FA 3K00A 4ZEDA 3PMXA 4ZE8A 4FORA 4THIA 1FTJA 1SW1A 4OEVA 1Y3PA 2QS1A 4WEDA 1O7TA 3IJOB 4RXLA 2QS4A 2CZLA 1M5EA 1MXWA 2REGA 2XXRA 1YCJA 2REJA 3H6WA 3U92A 1VE4A 1MXXA 1XT8A 4YB7A 1Z7ME 2RCBA 2Y7WA 3S4UA 4RA1A 3U1OA 1LAHE 2HZKA 1B3FA 3M3FA 2XXIA 1CB6A 1OLCA 1B5IA 3UA8A 1TXFA 1I69A 3IOWA 1I6AA 1MQJA 2PT1A 4KR5A 4X9TA 1QJMA 2QSXA 3N94A 4ESXA 1EZPA 4K3FA 4E0WA 5I56A 4EF1A 3SESA 4TOZA 4BDOA 5ELVA 4KI0E 5CI5A 4F3BA 1VSOA 3LSLA 2DWAA 2Q2AA 2H9BA 3KSXA 1KWHA 5H8NB 4AQ4A 1B5HA 3ODBA 3G3KA 4TQUQ 4HTGA 1EZOA 4YKJA 4G68B 3FATA 2F7CA 5TU0A 4QSDA 2GFEA 2P0SA 3LSWA 1FCKA 2ZMBA 5AA3A 3PUZE 4AB5A 3RTWB 1XHYA 2XX7A 5I2KB 2DWHA 1JW1A 3KBRA 4GLIA 2ESNA 4DE8A 3FD3A 1M5FA 4FJPA 3IX1A 1YPNA 4OENA 3S9MC 1DTGA 4DDDA 4DCYA 2PBWA 1FQFA 4ND9A 3E4RA 1N7WA 5H8FB 2VOZA 5I84A 2GHBA 1TFAA 3FIRA 1SBPA 2UVJA 5A5XB 3TPAA 3QXMA 4LZ5A 1MS7A 3MAMA 1B7HA 5KZTA 4QHQA 4G2ZA 3SEXA 3SEUA 3KJ7A 3CIJA 1A8EA 2RCAA 3MWBA 5CM6A 3PUYE 4ZECA 3KZGA 3UP9A 1WODA 2FYIA 2QMWA 1PB8A 4YU0A 1VFDA 1TT1A 1GGGA 4IGRA 4C1UA 1N3XA 5TP9A 4U2RA 1ZMGA 1JNFA 2Z23A 5EHMA 3DP6A 4U1OA 1P1QA 3IK6B 1H45A 1D9YA 3CI8A 3FXUA 1AIVA 3DP4A 1SI1A 1N7XA 3TUSA 3E9XA 4POXA 1F9BA 5I58A 1DSNA 2XHDA 3I5OA 1L5TA 2ANJA 2F35A 2RF1A 3C33A 4OERA 4BDRA 3U93A 1XOCA 3DLNA 4H0WA 3PD8A 4Q5TA 2RKMA 3K1NA 2RC8A 3C32A 4IO6A 3FV1A 1NFTA 5I56B 4XTCQ 1LLSA 2H25A 1FTMA 2YJPA 1MQIA 3T96B 1OVBA 2F5XA 3S9LC 1NL5A 4EQ7A 1S9TA 3T22A 3PD9A 5I2NA 1Y1MA 3QUJA 3UGWA 2HFBA 4F1VA 1URSA 4QFOA 1LFGA 3I6VA 2XXHA 3ILUB 3FJMA 1IXHA 1RYOA 1H44A 3OO9A 2NXOA 4ONYA 2NVUB 5AA1A 3TZAA 2V84A 1IXCA 3PPNA 4FEBA 4DXCA 3Q25A 4ELQA 4H5GA 5JTYA 4IY6A 1JW4A 3CG3A 4IO4A 4F1YA 3HCQA 1S7YA 4OFLA 2HCAA 4PE5B 2F7BA 4QSEA 3QK6A 2OZZA 3O29A 3VXCA 3KGCA 4DXBA 3K6XA 2GH9A 4ISUA 2KLFA 4O3CA 1HSLA 5F1QA 2DE4A 3TCGA 2F97A 3C9HA 4RY1A 1N0TA 4JWYA 3EHTA 3U94A 1N76A 3OSRA 5ISUA 4YMAA 5L9SA 2XX8A 3K01A 4LP2B 2VD2A 3W15C 1NH7A 3FXRA 3SEVA 4ECFA 3BBRA 1CE2A 4GRKA 5J1DA 3IOVA 1SYIA 4G68C 1SVXB 2UYEA 5L9MA 4EXKA 4OXVA 1ZJLA 1B1HA 1XS5A 4H1XA 5IAIA 1Q1KA 3OO7A 3K2DA 5TP9B 3PPOA 2XXXA 1FTOA 3OENA 1B7UA 4R74A 3M3KA 3H03A 3IORA 1A54A 1YAEA 4ZEBA 3K1PA 1USYH 1B7ZA 2XXPA 1B3HA 3V8XB 1LFHA 4IGTA 2H98A 1MY3A 2BJJX 3THIA 4RK9A 2O68A 1SI0A 3VLWA 5FHNA 3HN0A 4FECA 1BLFA 5I58B 2O51A 5H8QA 2H99A 4YKIA 3FV2A 4OESA 4FIMA 1I6QA 4ZEIA 1FTLA 5DVIA 3S2VA 2O84X 2NUVA 3A3UA 2DP8A 4XXUA 1GV8A 2O7UA 3T9VA 3CSBA 1JVYA 3R6UA 1N84A 3A09A 3LSFB 2D21A 4O3BA 4BDLA 3IO6A 4AB6A 1H3DA 1EH3A 1M5BA 1OVTA 2Z8DA 4NMYA 2D5WA 3IO4A 4U23A 5I2NB 4R75A 2GHAA 5I57A 1OQHA 4ELOA 4QSCA 2NWJA 3KN7A 3TTRA 4EUOA 2XXWA 1JETA 2OBGA 1Y1ZA 5FTHA 4KCCA 3IOUA 2ABHA 2DE2A 4JSOA 3RQTA 1BTJA 1LAGE 4GXSB 1AMFA 2VP1A 2O1MA 3LR1A 3VVFA 5IKBA 2XD3A 1N3WA 3MVXA 1B1XA 3T9UA 5JTYB 4G8MA 5HPQA 5DYHA 3G3FA 4ZE9A 1T0KA 3L6HA 4KYDA 4C0RA 2B65A 4QFPA 4X48A 2QRYA 1FQEA 3EN3A 4YKPA 3KN8A 3FVOA 4RK2A 4KCDA 2O69A 3MW0A 3RTFB 3TKDA 5JK4A 3CFXA 1B0LA 3H6UA 2LAOA 1VFEA 1US5A 3FJ7A 4H65A 4PP0A 1Z7NE 1LAXA 3MZ9A 4I9DA 4E0XA 4F22A 3IB1A 3SKPA 1FW0A 4ZEKA 3TTKA 3PMVA 5H8SA 1NNFA 1POY1 5KDTA 1DPEA 1MXYA 1Y4TA 1BKAA 3OD7A 4G8NA 3GBBA 4LZ8A 4YB5A 3H4ZA 1XVXA 5FTIA 1B46A 3U8QA 2F78A 3BKIB 3G3HA 5TPAA 4HCWA 1JVXA 4PQJA 3O28A 3OEKA 1DPPA 3ZKLA 1O64A 3G3JA 2W7YA 3FJGA 1OLAA 5ICTA 1GR2A 4OETA 4EXLA 4OEUA 1IXGA 2ZNUA 1ANFA 1PEBA 5K2YA 2WKYA 3RPWA 3RLFE 1M5DA 5H8QB 3TEPA 1UIUA 2UXAA 4RJZA 3K6WA 1H76A 3I3VA 2FNCA 5I59A 2Y84A 3MUQA 4F31B 1MPDA 4ZZAA 1Y3QA 3L6GA 3JYRA 3C34A 3OO8A 3RUMA 4G4PA 4NF8A 1SW4A 3MPLA 3MVZA 3VVEA 2ALUA 5DEXA 1FTKA 1B51A 2DYXA 4POWA 2X7QA 1HSEA 4JXIA 4PFWA 4RYAA 3V89B 1SD3A 4LONB 1P1WA 3MJNA 4FATA 1TFDA 3C4MA 2DWJA 1IUDA 1A7LA 4LQ5A 3S9EA 4OFOA 5I57B 4EF2A 2QPQA 4R9GA 1QULA 4DCXA 1B3GA 5H8HA 1B52A 1YTVA 1MXUA 5EHSA 2ZYOA 1LSTA 5F7VA 4H8JA 3ECRA 3OOAA 3MP8A 4P0IA 1EU8A 1Y4CA 4HS7A 4XKQA 3QUFA 2G93A 2CMOA 3RY3A 1MQDA 5CC2A 4OWDA 4JDFA 1MY0A 1LB9A 4R6YA 2Q8JA 3M3LA 4X1DA 4NF4A 2NOOA 5HBCA 4NEDA 3LBSA 3G3GA 1PB7A 3Q27A 4R2FA 1BIYA 2Q89A 2IA4A 3TODA 3OMBA 4MLVA 5B70A 3EHUA 3FVGA 3MZ1A 4YAHX 4JWOA 4M4GA 1URDA 1NNTA 4U21A 2I4CA 2V3QA 2Q2CA 1UQWA 4RNSA 4ZS9A 2RINA 3OO6A 2ZNSA 1WVJA 1NNPA 2ONKE 4NWCA 4EQBA 3VE1B 5KDTB 3RN8A 3V5AA 3F11A 1OQGA 3C35A 2OJTA 4KPTA 2PMSA 4KD5A 3TFLA 2XXVA 4IO3A 2I6EA 5TPAB 3T9HB 1A8FA 3GZGA 4F18A 3K6VA 4XIGQ 4KFQA 4ZDMA 3KJTA 1A99A 1B32A 3T93B 3TELA 1OIBA 3Q26A 1LGBC 4R6HA 4R2BA 1II5A 2ONRA 3MC2A 2QS3A 1IIWA 3R26A 4YKKA 1WDNA 4L17A 2Y7IA 4HCYA 1ZBMA 1UTHA 1Y3NA 3CSGA 4F39A 5DTBA 1LCTA 1XC1A 2I0CA 3LUYA 1SDXA 3MPKA 5FHMA 4U1ZA 4R73A 5I59B 3PUVE 1D9VA 1Q35A 2XD2A 1MY2A 4IO2A 4NF8B 1P1NA 4GD5A 4OZ9A 3TTMA 4X1BA 4G77A 5DEXB 1MY1A 4U4SA 3H6VA 3LSXA 3A3CA 5LOMA 5CMMA 4NF5A 1Y9UA 3G3IA 4KHZE 4I62A 3FGSA 5AA4A 1MXVA 1RKMA 3N26A 2DOJA 4QFKA 2VGQA 4IO7A 5BUUA 3HPIA 4GQOA 2DSFA 3ZKKA 4FAJA 3CFLA 3QIMA 2P1SA 1AL3A 2G29A 3MVWA 2XXYA 3O9PA 4XKNA 1P1UA 4F2OA 2O6AA 3HO7A 2F6GA 1LB8A 2XX9A 2VHAA 4ZZEA 3T9XB 4NF4B 2UVIA 3CRBA 1UTBA 4PFTA 3OSQA 1LCFA 1Y20A 3E3KA 1O63A 1JW5A 1LFIA 2UVHA 4OHNA 5CMCA 2QJEA 2M8CA 1MM6A 2HZLA 1B9JA 4NF6A 2V25A 4YZZA 1FQDA 3RGYA 3VV5A 3GBAA 2F34A 3K4UA 3TAJA 5KCJA 3O97A 4R6KA 3EHSA 3EF7A 1P99A 2UVGA 2DE3A 3EQ1A 4DXUA 3VLVA 3O6HA 1B2HA 2RC7A 2ZYKA 4M1VA 2QS2A 4PFUA 4QRZA 3KOSA 3EPEA 1PBQA 1B5JA 1B3LA 4RPOA 4G8HA 4XKPA 2DWIA 2OCUA 3FXQA 1OMPA 3HHFA 4GF8A 4EQ9A 2DVCA 1SW5A 4YMBA 2XXQA 1GVCA 3HV1A 1HSJA 1BP5A 4GIZA 1QUKA 2H4IA 3FVKA 5FHOA 4GVOA 2I48A 4QF9A 1USYE 4ELRA 1US4A 4BLAA 3O66A 1MQGA 3MZBA 4JWXA 2VD3A 3VFJA 1UTHB 3UN6A 4OQOA 1QKBA 3O6IA 2QL3A 3U72A 2ONSA 3SEYA 1RYXA 3H06B 3KOTA 3V83A 4EDPA 3BFUA 2PT2A 2Y7RA 1B05A 4F29A 2HXWA 2XXUA 2I58A 3OEMA 3IAZA 4DZ1A 3RT6B 4YICA 3DELB 3PPQA 3CR9A 4LZ7A 3CFZA 1MH3A 1FQAA 1IZ1A 3KN3A 4NF5B 1IITA 3SETA 4DIGA 1MG1A 4LA9A 3PU5A 2F8DA 5AA4B 3T66A 3ONMA 4NE4A 3TCFA 4Z0IA 4UA8A 2V3UA 4GFRA 2AIXA 5HM4B 5B7DA 3CG1A 4JBZA 3UIFA 2ZYMA 5AA2D 3TMGA 4NTLA 1NH8A 3SDFA 3DP8A 1QUJA 2DS9A 3ILTB 1J1NA 4ELPA 3PV0E 3RT8A 1ZKBA 3IB0A 1A40A 3FZVA 2B3FA 3K02A 1D3KA 4GL0A 2I0BA 4MF3A 2F7AA 3VDFA 1I6BA 4F3SA 1S50A 1UTBB 3MQ9A 4ESWA 2R9JA 1A55A 2XXTA 3UORA 3B7DA 1B0HA 4Q0CA 3MP1A 1SYHA 5BWJA 3OELA 2Y7KA 4NF6B 3K6UA 3PPRA 2F6PA 3W9VA 2RC9A 4LUBA 4P0GA 4Q30B 3TQWA 4PETA 3QYTA 3QAXA 1NMUA 2E0SA 2PYYA 4IB2A 1IXIA 2QMXA 3Q28A 1B6HA 5KCJB 3P7IA 4OFJA 4KQPA 4PFYA 3D4GA 3USDA 1MRPA 2V3TA 3SEWA 4H67A 2R6GE 4I8CA 1ATGA 3IB2A 1FQBA 1AH5A 2I3VA 3N5LA 4FE8A 4XKRA 3B6QA 5CRYA 1UIVA 4P11A 3IOTA 5L9OA 4IO5A 3ZS6A 4ZEFA 3PUXE 3VVDA 2DQVA 5ICQA 2YLNA 3FVNA 2ZYNA 3N6TA 2OWTA 4OTEA 3PPPA 3TTNA 1DTZA 3GLBA 3TDJA 4MH5A 5AE4A 1LBCA 3Q29A 1GTKA 1B58A 4NWDA 2OK2A 2YPNA 3TQLA 1MH4A 4BDMA 3C31A 3IJXB 2O1LA 4R9FA 1ZU0A 4F3GA 1QW0A 3MBPA 1R6ZA 1VR5A 2Z8EA 1IEJA 1MQHA 5AA2A 4OMBA 3KSJA 3B6WA 3KG2A 4C1TA 3HHGA 1ELJA 2Q9TA 4Q8RA 5DVFA 1MDQA 3O6GA 3G7WA 5CMBA 4UACA 1FQCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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