4YMBA

Structure of the ligand-binding domain of gluk1 in complex with the antagonist cng10111
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
254
structure length
252
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure-Activity Relationship Study of Ionotropic Glutamate Receptor Antagonist (2S,3R)-3-(3-Carboxyphenyl)pyrrolidine-2-carboxylic Acid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor
molecule tags Signaling protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 80
structure length 252
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ymbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ymbA02
2DVZA 3IOUA 3FGSA 2HZLA 3MVWA 3N5LA 3MW0A 3VFJA 3G7WA 4DZ1A 4OWDA 1LAHE 4YU0A 4F1VA 5JEIA 5FHOA 3FXUA 3SEWA 2QMXA 3K6WA 3OD7A 1PB9A 1B5IA 4HCYA 3IO4A 1R9QA 3JZJA 1ELJA 4GVOA 1H45A 4G68B 3RGYA 3MZ1A 1IEJA 2XXYA 4R73A 4OETA 3FJ7A 4R2FA 3BKIB 3IOWA 1TXFA 4JWXA 3VLUA 4QF9A 3KG2A 1PB7A 1MDQA 2Y7RA 4U1OA 4H8IA 1LFHA 4GOTA 1MQDA 4E0XA 4XKRA 1EH3A 4OYVA 1NH7A 2PX1A 1DTZA 2BJJX 3MWBA 4G8MA 2XXHA 1B46A 3TFLA 5ICQA 4KI0E 3T9VA 3RLFE 1P1UA 3N6TA 4LZ5A 4GL8A 2OWTA 3RTFB 1BP5A 3KGCA 1UTBB 5ITPA 3H06B 3TQLA 1XOCA 1N84A 3FD3A 2UXAA 3QSLA 5AA4A 4LA9A 1NNTA 3PUVE 3SEYA 3U8QA 5K2XA 1EZPA 1OLCA 5I2NB 2XXVA 4H5GA 1XS5A 1JVYA 5BWJA 3GXAA 3K02A 4HW8A 4KR5A 2OJTA 2E1SA 3KBRA 2WKYA 4H8JA 4NTLA 3PMVA 2Y7IA 4GFRA 3I5OA 2P1SA 3SEXA 1OIBA 3K1NA 1MY4A 2O7UA 2DE4A 4X1DA 4POWA 4AB5A 1BTJA 3RNNA 2QS1A 3K0VA 1BKAA 3E13X 4EQ7A 2OK2A 4F39A 4JSOA 1SVXB 3C32A 1FTLA 1CE2A 1T0KA 2HXWA 2P0SA 1EU8A 4G8NA 5AE4A 1WODA 1MY3A 2V3UA 4YMAA 3TMGA 4OFLA 3LSFB 3VDFA 3U93A 5I57A 1A40A 4JDFA 2OCUA 5DVIA 2Z8FA 4ZECA 4P11A 2ZNSA 2QL3A 4GQOA 2V93A 2PYYA 3H4ZA 1J1NA 4TOZA 4RPNA 3IB0A 1Q35A 3PPPA 2XXIA 3TUSA 4ZEBA 5L9SA 2ABHA 2H9BA 3S9NC 3OO6A 1MQJA 4F3GA 4H6DA 3TZAA 3OEMA 4X48A 3H6UA 2O1MA 4I1DA 2DXRA 4Q30B 1B6HA 2RC8A 1NNKA 2D3IA 4JWYA 1MH3A 3Q29A 4LATA 3N94A 2ZMBA 3CRBA 3Q27A 3IK6B 3C31A 3RT8A 3S4UA 2NUVA 4GLIA 1JEUA 3T9UA 5KDTA 4ELQA 4FIMA 3WAFA 3TELA 3VVDA 2HEUA 2ZYKA 3FVNA 3KSXA 2I3WA 3GBAA 2F5XA 3CR9A 3IL1B 4PE5B 4H1XA 1IITA 3B6WA 5B70A 2Q9TA 1SW1A 2XXWA 4G8HA 2DWAA 1ZBMA 3A09A 3LUYA 2VHAA 2NXOA 2ZYOA 4OEUA 5FTIA 4YZZA 1XVXA 3T96B 1B3FA 4IO2A 3TTNA 4YKJA 1Y4CA 4R2BA 1B1HA 1LBCA 5TPAA 3DP6A 1A8EA 4OHNA 4OERA 3H6VA 3AXFA 1EZOA 1SI1A 3TCGA 1EZ9A 1NNPA 3HN0A 2O7IA 2R9JA 5A5XB 1Y1MA 1POTA 1B7ZA 4AB6A 3OEKA 4DXBA 4ELOA 4U4XA 4YAHX 2HFBA 1A55A 4PFUA 1A99A 1F9BA 1URDA 2VD3A 1QVSA 2XXUA 3O28A 4NWDA 2DQVA 1N76A 2QS2A 3FUZA 3C33A 4U22A 4ZS9A 4EDPA 2DOJA 3A3CA 4NF5B 3B7DA 1JW5A 1VSOA 4YMBA 4MF3A 5I58A 1D4NA 1SW2A 1ATGA 3TKDA 5BUUA 4QFNA 4M4GA 5CC2A 3H7MA 3CSGA 3SESA 1SBPA 4NF4B 3RY3A 1IZ1A 1ZLQA 4R9FA 4R6HA 3KJTA 2PT2A 4F2OA 1S7YA 4G2ZA 1FQDA 3O97A 2NOOA 1LAGE 3MC2A 2ZXTA 4DXUA 3QAXA 3TAJA 4IO4A 4YKPA 3IO6A 2NVUB 1RKMA 4IB2A 4IGRA 1QULA 2HAVA 3SDFA 1YTVA 1OMPA 4F1YA 4NF6B 3ILTB 1HSJA 3UA8A 1TT1A 3T22A 3MPLA 2XXQA 1D9YA 3IOVA 2Y7WA 2Q2AA 4PFTA 2I6EA 3C34A 5L8DA 3V5AA 4Z7EA 3F11A 1MY0A 3ZKLA 4RA1A 2G93A 1SYIA 4MLQA 3CIJA 4PFYA 3FXQA 4C1UA 3RT6B 3QXMA 1B0LA 2Y7PA 4UA8A 5ELVA 1SQYA 1UTHA 1N3XA 4POXA 1B32A 2F78A 3K6UA 4OVJA 4KYEA 3PPOA 2G29A 3FVKA 3G3JA 5CI5A 3L6GA 1FTKA 1B5HA 5IAIA 4ZEDA 2AYSA 4JSDA 3PU5A 3FASA 1JETA 1PBQA 4O3BA 2RKMA 4HCWA 1B52A 3UK4A 5I2KA 3OOAA 3T9XB 1MQGA 1MXYA 1POY1 3O6IA 4L17A 1XT8A 5H8HA 1P1QA 1XVYA 2B3BA 4R6KA 2ZYNA 3Q26A 4U4SA 2LAOA 4MH5A 4X1BA 5FTHA 1P99A 4ZEKA 4BLAA 1I6AA 1Y20A 2UYEA 4ISUA 4RPOA 3CFLA 4OZ9A 4BDRA 5M2VA 2OBGA 1B0HA 2RC9A 2VP1A 1MXXA 5FHMA 4G4PA 1LFIA 2QPQA 4NE4A 1GTKA 4QFLA 1LB8A 1P1NA 3W9WA 1FQEA 1SD3A 1MY2A 4PFWA 4WXJA 3IOTA 1JVXA 1D3KA 4ZEFA 1LSTA 1B51A 5LOMA 3S9MC 2YLNA 2RINA 1QKAA 3FV1A 1B4ZA 2REJA 4IO6A 4ZEIA 2H25A 4IO5A 3MBPA 4N07A 4I62A 1ZU0A 2XX8A 5AA2A 3THIA 2DE3A 3ZS6A 2KLFA 3DP8A 1NNFA 5TP9B 4KCDA 4UACA 3O29A 2XXRA 4QHQA 3OXNA 2RCAA 2FYIA 3M8UA 3KN8A 2P2AA 3DP4A 3H6TA 2OLBA 3QIMA 2Q2CA 3TTMA 5CMMA 3W15C 3E9XA 3VVFA 4E0WA 2I58A 1DPPA 5I57B 2V3QA 4RYAA 1AMFA 2O51A 3IX1A 4F3PA 2UVJA 4Q8RA 4LVQA 3G3FA 1XC1A 3E3KA 3ILUB 4NEDA 2H99A 3CSBA 1GR2A 1QJMA 4LUBA 3IJOB 3EPEA 1FQBA 2QRYA 1YAEA 3U1OA 4YKKA 4I9DA 5F1QA 5CM6A 2Z22A 1MM6A 4M1VA 4ELRA 1II5A 1PC3A 4GRKA 4X9TA 1SDXA 3OMBA 3PUYE 3JV9A 4NF8A 4G68C 3LBSA 3B6TA 3CFZA 3FZVA 3G3GA 3EN3A 3R6UA 2Q88A 4ZE8A 5KDTB 1A7LA 1Z7NE 1FTMA 3BBRA 3I3VA 3EHTA 1HSLA 1UIVA 4QSCA 3K6XA 4U1ZA 2DWIA 4IY6A 3ODBA 3SEVA 3U94A 4IY5A 1JW4A 2Y84A 2GH9A 1DSNA 3TPAA 3K01A 3SEUA 4KHZE 4ZDMA 4PQJA 1M5DA 2PBWA 4BDMA 3QYTA 2VD2A 4N13A 1UIUA 4YKIA 1VR5A 2XXTA 2ZNUA 1PB8A 2V84A 3DELB 3OSRA 5TPAB 2THIA 1GVCA 2XD2A 3MVZA 3PGFA 4F3SA 3HHFA 3OSQA 2I48A 3KN7A 4Z0IA 4ONYA 4DE8A 2ANJA 4JWOA 3M3KA 4LP2B 1LFGA 3TTRA 4DXCA 4XTCQ 4OENA 1QUKA 4R74A 5H8SA 1MPDA 1LBBA 3JYRA 4EQ9A 2F7AA 1NH8A 1Y9UA 3OO8A 1YCJA 3MQ9A 2DWHA 3C36A 4JXIA 3ZKKA 1ZIUA 4WKMA 1O7TA 5H8QA 4GD5A 4FJPA 1PBPA 3C4MA 4R9GA 1Q1KA 2NWJA 4F29A 5I58B 5DEXB 3K1PA 1B3EA 3G3KA 3Q28A 5J1DA 1B3LA 5H8FA 2F6PA 2ALUA 2Z8EA 1B1XA 1VFEA 3MP1A 2RF1A 2RCBA 1B7HA 1ZJLA 1LCFA 3ONMA 4XIGQ 2O6AA 4LQ2A 4RK2A 4F31B 1FQAA 5JTYA 1H44A 1Y4TA 3C9HA 1B3GA 2F34A 2OZZA 4JB7A 3VV5A 2UVHA 4OFJA 4ZE9A 1PEBA 3MAMA 1P1OA 4RXLA 4GXAA 4KFQA 4YB6A 4EQBA 3IORA 4ESWA 3S9EA 3P7IA 1MQIA 3RTWB 4G77A 3RPWA 1B40A 4RJZA 4RNSA 2V25A 3O2AA 3OO9A 1MXWA 3FJMA 2XHDA 2DE2A 2XXXA 1JEVA 3KFMA 3TTLA 5I59A 3W9VA 1R9LA 4ZZEA 1B4HA 4KPTA 2DP8A 2R6GE 3KZGA 3GLBA 2H5YA 3B6QA 1H3DA 3N6UA 1NL5A 1UTHB 2IEEA 2O68A 2DS9A 4Q5TA 4NMYA 4C1TA 3LC8A 2RC7A 4HTGA 5DVJA 5I84A 1M5BA 4IGTA 5ICTA 4RK9A 4H67A 1USYE 1A8FA 1TWYA 1H43A 1AOVA 3TODA 1QUIA 4H5FA 2H4IA 4O3CA 1IXGA 4FEBA 1QUJA 4F19A 2D21A 2HZKA 2REGA 4U2RA 4MLVA 3CVGA 1MQHA 4F2QA 5HBCA 1NMUA 4P0IA 3BFTA 1MY1A 1MG1A 3PUZE 2ONRA 3K4UA 5KCJA 2ESNA 1NFTA 3HPIA 5H8NA 1IUDA 5H8HB 2B3FA 4QRZA 3MJNA 1JQFA 3ECRA 4LQ5A 3K1MA 5I56A 2W7YA 2QS4A 1HSEA 3EHUA 4FAJA 2I4CA 4YB7A 3K6VA 4DIGA 4QSEA 2ZNTA 3MZ9A 4DCYA 2A5TA 2I0BA 1M5EA 2B65A 4EUOA 1ANFA 5IKBA 1SI0A 3O66A 1O64A 3KJ7A 4K3FA 1KWHA 2AIXA 3M3LA 1B7UA 3FVGA 1I6BA 4QFKA 3CI8A 2F8DA 3D4CA 3T66A 5DTBA 2HQ0A 3KOTA 4KQPA 3C35A 4H65A 2ZYMA 3G3HA 1DOTA 3USDA 1R6ZA 1AH5A 3PPNA 3K00A 2AL5A 1B05A 2F6GA 4P0GA 5HPQA 5L9MA 4F3BA 1DPEA 1GV8A 5AA2B 5DT6A 2ONSA 3CG3A 4OEVA 2X26A 5CMCA 3E4RA 1D9VA 2O84X 3PPQA 3UGWA 2Q8JA 2IA4A 3FXRA 5AA1A 5AA4B 4TQUQ 2PVUA 4OESA 2XX9A 3LSXA 3PPRA 3TQWA 3FJGA 5CBSA 1B5JA 3QUFA 1QKBA 3LR1A 5FHNA 3N26A 1MXZA 4FATA 3MVYA 3DM0A 4EXKA 2F36A 1N0TA 1JNFA 2QMWA 3VXCA 3D4GA 4GF8A 2UVGA 4OTEA 1UQWA 4G68A 3UN6A 2FA7A 1IQ7A 3HSTA 1MRPA 5TU0A 3CG1A 1B9JA 4NF8B 5KZTA 1Y3NA 4BDNA 4FEDA 5DYHA 5CBRA 4TLLB 3K2DA 4ELPA 3UP9A 1N3WA 5AA2D 3SETA 3OENA 3HO7A 4H0WA 4GXSB 3KN3A 5AA3A 4OFOA 4EXLA 4FORA 3VLWA 2F7BA 3O6GA 1UTBA 1LAFE 5TP9A 2DVCA 4IO7A 4QSDA 4MBPA 3V89B 1LGBC 3WAEA 1TFAA 2FNCA 1JW1A 1OQGA 3V83A 5I2NA 5EHMA 3MVXA 4GWOA 4KCCA 1USYH 1L5TA 4JBZA 2X7PA 1FW0A 1N7XA 3I6VA 4OMBA 1NKXA 2HAUA 3PD8A 5L9OA 1SW5A 4BDLA 4IO3A 2GHAA 3T93B 3PUWE 3TCFA 3FATA 4ECFA 3H6WA 2HCAA 3H3GA 3S9LC 2DWJA 3HCQA 1URGA 4ND9A 4QFPA 4YB5A 1FTJA 3RQTA 1XHYA 3UIFA 4ESXA 4WEPA 3MZBA 4FECA 1FQCA 1YPNA 1S50A 1ZKBA 1DTGA 3TTKA 3U92A 4EF1A 1US5A 1M5CA 1R1NA 2DYXA 4LONB 4U21A 1BLFA 5K2YA 1IXCA 3PUXE 2I49A 1LB9A 1FCKA 5EHSA 4OQOA 5H8QB 2F97A 3LSLA 4R72A 3EF7A 4DDDA 3IAZA 1MXVA 3RUMA 1M5FA 2VOZA 1LLSA 3O6HA 1MS7A 4Q0CA 4KYSA 1ZMGA 3PD9A 3EQ1A 3GZGA 1MH4A 4KYDA 5JK4A 3T9HB 5H8FB 4BDOA 1MXUA 3Q25A 2QSXA 1QW0A 1Y3QA 2I3VA 4OXVA 5B7DA 2UVIA 1OLAA 4XXUA 5JTYB 3EHSA 3TEPA 2CMOA 3U72A 3R7XA 4LZ8A 5ISUA 1OQHA 2PT1A 2R71A 5HM4B 5CRYA 2O69A 4WEDA 2E0SA 3SKPA 4DCXA 3IB2A 3ZSFA 1ZTYA 4F1UA 2YPNA 4C0RA 3HV1A 3KOSA 3FVOA 1BIYA 2A5SA 4YICA 1URSA 1Y3PA 1MPCA 1Z7ME 1IIWA 3VE1B 3IB1A 2GFEA 1I69A 2GHBA 2O1LA 3DLNA 3SERA 2I4BA 5I59B 5CMBA 3QUJA 2V3TA 3IJXB 4GIZA 5DVFA 2Z23A 2XD3A 3TYHA 4U23A 2F7CA 1GGGA 1B2HA 3PMXA 4TLMB 1WVJA 1MPBA 2H98A 2PMSA 4XKPA 3VLVA 3QK6A 1RYXA 5DEXA 1B3HA 5A5XA 2UYFA 1P1WA 2ONKE 1B58A 3GBBA 3MP8A 3M3FA 2DXYA 4NWCA 1TFDA 1PDAA 2Q89A 1FQFA 2X7QA 4DLDA 3MP6A 4THIA 2OWSA 1OVBA 4NF5A 5KCJB 3G3IA 3MUQA 2Y7KA 2M8CA 4ZZAA 3V8XB 1N7WA 5H8NB 1FTOA 3H03A 1IXHA 2I0CA 1OVTA 5I56B 1US4A 4F18A 1A54A 4NF4A 1O63A 3L6HA 1LAXA 5EYFA 3PMWA 3FIRA 4XKNA 3TDJA 5CMKA 1MDP1 3O9PA 3LSWA 5I2KB 4LZ7A 2QS3A 2A5TB 1Y1ZA 4FE8A 4RY1A 2XX7A 4BDQA 4R75A 2VGQA 4HS7A 3A3UA 5F7VA 3HHGA 4EF2A 3TCHA 4GL0A 3BFUA 4PP0A 1AIVA 4MFIA 4KD5A 4QFOA 1AL3A 4NF6A 1RYOA 3FV2A 1H76A 1S9TA 2D5WA 3KEIA 3OO7A 3RN8A 4AQ4A 4PETA 1CB6A 4XKQA 3VXBA 1WDNA 4I8CA 3MPKA 3S2VA 1IXIA 2YJPA 1I6QA 1SYHA 2F35A 3UORA 1VE4A 3R26A 4R6YA 2QJEA 4N6PA 3CFXA 1MM7A 1LCTA 3KSJA 3PV0E 1SW4A 3OELA 1DMBA 5ITOA 2CZLA 4O3AA 2DSFA 3IR1A 2XXPA 1VFDA 2AL4A 2GRVA 4F22A 1N04A 2Z8DA 3VVEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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