4YMBA

Structure of the ligand-binding domain of gluk1 in complex with the antagonist cng10111
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
254
structure length
252
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Structure-Activity Relationship Study of Ionotropic Glutamate Receptor Antagonist (2S,3R)-3-(3-Carboxyphenyl)pyrrolidine-2-carboxylic Acid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor
total genus 80
structure length 252
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ymbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ymbA02
3KGCA 3S2VA 2E1SA 2Q2AA 2Q89A 3PPOA 4LQ5A 3DP4A 3A3CA 4G8HA 4AB6A 3OD7A 3RQTA 5ICQA 1CB6A 3LC8A 5IAIA 4P0GA 2IA4A 5CM6A 1ZTYA 3W9VA 4QFNA 1O7TA 3PMWA 4YKIA 4QFPA 2H25A 3H7MA 1NNPA 1QULA 1MRPA 2RC8A 1GVCA 2DWAA 4BDLA 3RNNA 2RF1A 3U8QA 1PBQA 1A8FA 3TMGA 3RN8A 1B4ZA 1FCKA 3MUQA 5I57B 2PT1A 3BFTA 3KEIA 2HAUA 3IX1A 3LSFB 2ABHA 5F7VA 4OFLA 4U1OA 2HZLA 4QFLA 4YB7A 4L17A 4KHZE 2W7YA 5AA4A 1OQGA 4PETA 3SEYA 5CBRA 1RKMA 1Q35A 2QSXA 5H8SA 5K2XA 4MLQA 3N6UA 3U93A 5HM4B 1P1OA 3MP8A 3KSJA 2ZYOA 3D4CA 3M3FA 1Q1KA 3FXQA 2QMWA 4GQOA 1UQWA 3VDFA 3T9HB 2QL3A 1SYHA 4N13A 2Q9TA 3S9MC 3ZS6A 4OHNA 3GBBA 3H4ZA 3K0VA 4GLIA 1FQAA 2F6GA 1EZ9A 2V25A 3JYRA 3PUWE 4EDPA 5I56B 3PUYE 4GWOA 1N0TA 5CC2A 1IXIA 3ILTB 4F3PA 3OSQA 1MG1A 2D5WA 2YLNA 2P2AA 1Z7NE 2Q2CA 1BLFA 5I84A 4PFUA 1Y3PA 2Y7KA 3EN3A 4KI0E 3Q25A 1D3KA 2PBWA 4ZS9A 5TP9A 4IGRA 3TZAA 3MBPA 1FQCA 3RTFB 1ANFA 3CFLA 4RXLA 2YJPA 5B7DA 2H4IA 1ZKBA 1LFHA 4F1VA 3TTKA 3CRBA 4DLDA 3IO6A 1MDQA 4TOZA 3SERA 1D4NA 2LAOA 4NTLA 1I6AA 1FTLA 4F22A 2DVCA 4H6DA 1H45A 2UYEA 3M3KA 2QPQA 1TFDA 3CIJA 3H3GA 2H9BA 3PD8A 5ISUA 1N3XA 1US5A 4IGTA 4YKJA 4OYVA 3SDFA 1B3FA 1NKXA 2XXIA 2O68A 3T9VA 1UIUA 1O64A 1XC1A 4G4PA 4H1XA 4FIMA 4ESWA 1MXXA 3LSLA 1XT8A 3B6QA 5AA2A 1LBCA 1MQHA 1BTJA 1OMPA 1WODA 1R6ZA 4QHQA 4YMAA 3SKPA 3VVEA 3SEWA 2CZLA 3FVOA 2Z8FA 3FVKA 3N5LA 1SW4A 5I59B 3VFJA 4NF5A 1PBPA 1EU8A 3B6WA 4F18A 3FV1A 1R1NA 4R6HA 1NFTA 1GV8A 2I3WA 2I6EA 4DXBA 2G29A 4RY1A 3W9WA 2OWTA 4YMBA 1B40A 2I4BA 5CI5A 1GTKA 3O66A 1JVXA 1TWYA 2FYIA 5F1QA 5DEXA 4NEDA 4UA8A 3V5AA 4RPOA 2I49A 5TPAB 3E9XA 4IO7A 3OOAA 4RJZA 1XS5A 5FHNA 1B7HA 4IO3A 2XD2A 3PUXE 4OMBA 3MZBA 4RK9A 5I2KB 1LFGA 4LP2B 4OESA 5CMKA 1B1XA 2R6GE 1S9TA 4IO6A 2HZKA 3IOWA 4F2QA 4H65A 4U22A 5EHMA 4G68B 3ZSFA 1DPPA 1MY2A 1XVYA 1IITA 2VD2A 2FNCA 5EYFA 3EHUA 2OZZA 2PVUA 1FQDA 2OBGA 2DXYA 1HSLA 1Y4CA 3K6UA 3MC2A 4EF2A 4ESXA 5KCJB 1L5TA 2XXHA 4THIA 4EQ7A 3IB0A 1WDNA 4JDFA 3MVYA 3FVNA 4H8JA 4F3GA 4R73A 1GR2A 3IR1A 2XXTA 2ZXTA 3ONMA 2I58A 1N7XA 2OJTA 1IIWA 5H8HA 4GIZA 3I5OA 3PV0E 5H8QB 5A5XA 2H98A 5L9SA 4TQUQ 1QUJA 1SVXB 5DT6A 4U4XA 3MAMA 1QUKA 4R75A 1I69A 3IJXB 1M5EA 4I8CA 3UGWA 2B65A 3CSGA 3IJOB 3VE1B 1MH3A 2I3VA 1ZJLA 3HHGA 2ZYMA 2P0SA 1NNTA 2I48A 3L6GA 5I2NB 5H8FB 3IB1A 4DCYA 3TUSA 1B5HA 4F31B 1AOVA 1N76A 2QS2A 2O69A 1TFAA 3T9UA 1UTBB 1VFDA 2IEEA 2O51A 1RYXA 4XKNA 4GD5A 4M4GA 1SYIA 2V3UA 1LGBC 4KYDA 4OZ9A 1LB9A 5JTYB 1ZLQA 2E0SA 3S9EA 4EUOA 4H5GA 2D21A 3IK6B 1P99A 1NH8A 3FVGA 4NF4A 4Q5TA 4YB5A 1OLAA 2QRYA 1QUIA 2AYSA 3LBSA 1XVXA 3D4GA 3KZGA 2G93A 2HCAA 4KCDA 1MH4A 3CR9A 1Y20A 4MBPA 3SETA 1JVYA 3F11A 4QF9A 1H43A 4PFYA 2XXPA 1S7YA 1AL3A 1JETA 2ONSA 4R74A 5DVIA 4OEUA 4JSOA 3KN8A 3OENA 1I6BA 3BKIB 1NNFA 4LA9A 4MLVA 1YAEA 2XD3A 5L8DA 4KQPA 4M1VA 3E4RA 1WVJA 4U1ZA 5EHSA 4POXA 1R9QA 4HW8A 3IOVA 4AB5A 2QS1A 3HCQA 4GXAA 4RK2A 4ZEKA 3PPPA 1OLCA 2F36A 4KFQA 3LSWA 2RCBA 3C4MA 1QVSA 3KSXA 3HSTA 4EQBA 1P1WA 1CE2A 1Y3NA 3FXUA 5FHOA 1OQHA 3ILUB 4NF8B 3TELA 3O29A 4MH5A 5I58A 2XXRA 1MPBA 4U23A 4Q30B 4ELRA 4YU0A 1B4HA 2F34A 2QS4A 1IUDA 1XOCA 3DP8A 1B3HA 5KDTA 3N26A 5LOMA 2XXQA 4YB6A 1LLSA 1ATGA 1YTVA 2O7IA 5DVFA 2XXXA 2XHDA 3ODBA 3E13X 3TQLA 4NWCA 3K6WA 4AQ4A 1IQ7A 2RC9A 3HPIA 4DXUA 1N3WA 3JZJA 1A54A 4JSDA 2Z22A 4DIGA 4ZE8A 2ALUA 1LAXA 4PFTA 3S9LC 3EHTA 1MDP1 4RYAA 5ICTA 1SI1A 1MQGA 1IXCA 3HN0A 3JV9A 3FD3A 4MFIA 4NF6B 5H8NB 4FJPA 1DTZA 2UVHA 2R9JA 3PUVE 2F8DA 3DELB 4JWXA 1MXUA 4OVJA 4QFKA 2RINA 5BWJA 4K3FA 3OELA 1YPNA 3U92A 3TCGA 3UK4A 4KD5A 4TLLB 1EH3A 3IORA 2AL5A 4ZZEA 1MQJA 3LR1A 1B51A 3RPWA 2RKMA 4OFJA 2Y7PA 3OO7A 2ZYKA 3PPNA 1VSOA 1PDAA 3UIFA 4NE4A 1P1UA 4XKQA 1T0KA 2DE4A 3QUFA 1B0LA 3TCFA 3PGFA 3PPQA 4ELPA 4Q0CA 3K4UA 1NNKA 1SW5A 3TDJA 2Y7WA 4BDNA 3KJTA 4LZ5A 1I6QA 1URDA 3T96B 4XKPA 3PMXA 1UTHB 3W15C 2VGQA 4LQ2A 3FUZA 1Z7ME 3SEXA 1NMUA 2Q8JA 1PEBA 2REJA 4X1BA 2HQ0A 4PFWA 4R9FA 3GZGA 4JWYA 3FZVA 1KWHA 4LATA 2Z8EA 3CFZA 4GVOA 4FORA 3QK6A 3TEPA 1MXWA 1JNFA 4IY6A 2NXOA 3UP9A 2XXYA 3I3VA 3A09A 3A3UA 1MXYA 1RYOA 1EZOA 5CMMA 4C0RA 3OEMA 4GF8A 4HTGA 1BKAA 2F5XA 3OO6A 4R2FA 3K00A 1LFIA 1QKBA 5IKBA 4GL0A 2THIA 4UACA 5B70A 2B3BA 1USYE 1MQDA 4H5FA 1B58A 1MY0A 4DDDA 1SD3A 4LONB 1ELJA 1HSJA 2UXAA 2PMSA 3PD9A 2REGA 4OXVA 4KYSA 5AA4B 4WKMA 2I0BA 4IO2A 3CVGA 2HAVA 1MM6A 3K1MA 2I0CA 2UVIA 3GLBA 1OVTA 4LVQA 2AL4A 3USDA 1MM7A 3THIA 4GRKA 3B6TA 5I57A 1NH7A 1A8EA 3T66A 1H44A 1UIVA 3O97A 4NMYA 3Q26A 1ZMGA 3V8XB 5DTBA 3OO8A 3K6XA 1Y3QA 3DM0A 2DWHA 2ONRA 3TTNA 4YKPA 4I9DA 4QSCA 2A5TB 4ZEDA 3FATA 3U1OA 2GHBA 2GFEA 2F6PA 1B5IA 4H67A 2UYFA 3K01A 3IAZA 4R6KA 3TPAA 4FATA 1SDXA 2F7BA 2F35A 2DS9A 4BDMA 2UVJA 3VXBA 4GFRA 3Q27A 3O28A 2DXRA 4OFOA 1B52A 4ND9A 3E3KA 5L9MA 3M8UA 1B5JA 4JBZA 3C31A 3FJ7A 1B05A 1B7ZA 1JW1A 2CMOA 2OWSA 3KN7A 1BP5A 5TP9B 2HXWA 4E0WA 5ITOA 3MVZA 4IO4A 3LSXA 1SW2A 1B0HA 3V83A 3QXMA 1B1HA 5I56A 4RPNA 4I1DA 4ISUA 3SEUA 2ZYNA 5H8NA 1EZPA 4BDQA 5DVJA 2O6AA 3SEVA 1B7UA 4YKKA 4GOTA 3ZKLA 1JW5A 3C9HA 1MPDA 2I4CA 3OMBA 4EXLA 1MXVA 1D9YA 1QW0A 3K02A 3MPLA 3HV1A 3IB2A 3TODA 5DYHA 1MY4A 4H8IA 3T9XB 2NWJA 3C33A 4YZZA 4N6PA 2OK2A 2DQVA 3Q29A 3KG2A 5JK4A 3OSRA 4DXCA 3QUJA 1F9BA 4O3AA 2DVZA 2H99A 1LAFE 1AH5A 4G77A 4E0XA 4OQOA 1PB7A 1JQFA 2NVUB 5FTHA 2ONKE 2NOOA 2DSFA 5ELVA 4EXKA 2NUVA 5KZTA 5AA2B 3GBAA 1Y1MA 4KPTA 3T93B 5CRYA 4QFOA 2O1LA 2ESNA 1FTMA 4OEVA 3FV2A 4YICA 4ZEBA 4G68C 4R9GA 4WXJA 3OXNA 5CMCA 1SBPA 1N04A 4N07A 3KOSA 2X26A 4PP0A 3CG1A 3ZKKA 3CI8A 3H6VA 4FEDA 4LZ7A 3K1NA 5J1DA 4NF5B 2XX9A 4ZDMA 2WKYA 1QKAA 5AA1A 3H6TA 2PT2A 4BDRA 2Z23A 3VVDA 4H0WA 4OENA 2X7QA 3TAJA 5FHMA 3FJMA 5HBCA 3TCHA 2YPNA 4QSEA 3TKDA 2D3IA 5M2VA 3T22A 2Y7IA 1FTKA 1B3EA 1D9VA 2V84A 1S50A 5DEXB 5I59A 1A55A 2HEUA 1Y1ZA 3TYHA 2F7CA 3FIRA 3CFXA 4Z7EA 3U72A 4EF1A 1VFEA 4RNSA 4KR5A 3GXAA 3G3KA 4IO5A 3H6WA 3EQ1A 3VVFA 3L6HA 1OVBA 3O6IA 4MF3A 3C34A 2VD3A 1SI0A 1LBBA 1LSTA 4ZEIA 1IZ1A 3WAEA 2ANJA 5TPAA 4DZ1A 4F19A 2PX1A 4JB7A 1Y9UA 3RLFE 4FEBA 4F3SA 2O84X 4ELQA 3R7XA 5TU0A 3G3FA 3DP6A 3BBRA 3KN3A 3OO9A 3FJGA 1LAGE 1MPCA 5I2KA 4LZ8A 4GL8A 2XXWA 3LUYA 2DOJA 3VLUA 3VV5A 3G3JA 1M5BA 3FXRA 4R72A 2A5TA 4G68A 2Q88A 2OCUA 3MPKA 1B32A 1B46A 1M5DA 1B3GA 3C36A 4JWOA 5H8HB 4F1UA 3RUMA 5JEIA 4ZE9A 4NWDA 2ZNTA 4OERA 5AA3A 3IO4A 1PB8A 1DTGA 4BLAA 1AMFA 1VE4A 5A5XB 5KCJA 3RY3A 1ZBMA 1FQBA 3P7IA 1TXFA 4U21A 4HCYA 2GHAA 4OTEA 3PUZE 2DWJA 4XIGQ 4FECA 1B9JA 5AA2D 3FASA 4F39A 2XX8A 1FTOA 4C1TA 4YAHX 3CSBA 3EPEA 4ZZAA 2M8CA 1DMBA 3H6UA 5H8QA 4HS7A 3O2AA 2V3QA 4G8NA 3R6UA 3UA8A 1AIVA 1DSNA 3RT8A 4C1UA 3KOTA 3QYTA 4ONYA 4ZECA 3MZ9A 2BJJX 1PC3A 1A40A 4QSDA 4WEPA 4I62A 2ZNSA 1B6HA 1M5CA 2QMXA 1OIBA 2AIXA 1URGA 3KJ7A 3MVWA 3SESA 2KLFA 5ITPA 4ELOA 4FE8A 1YCJA 1J1NA 1IXHA 4NF4B 2Y7RA 5I2NA 5H8FA 3KBRA 2P1SA 4R6YA 1UTBA 1JEVA 3K2DA 2XXUA 2DWIA 3IOTA 4G2ZA 2GRVA 3PU5A 4XXUA 3G3IA 3QAXA 5JTYA 3RGYA 2RC7A 4F1YA 1GGGA 1B3LA 3IOUA 3QSLA 4F29A 4KCCA 3EF7A 4XTCQ 1IXGA 1DPEA 1MY3A 3HHFA 3C32A 3FGSA 4RA1A 5CBSA 2O1MA 1JEUA 5FTIA 4X9TA 4LUBA 1FQEA 4OETA 5BUUA 3V89B 3G3GA 4HCWA 3RTWB 1JW4A 4IY5A 4JXIA 1FTJA 3EHSA 3O9PA 4EQ9A 3O6GA 1A99A 4G8MA 1URSA 4FAJA 2PYYA 4R2BA 2GH9A 1M5FA 2XX7A 3R26A 3MQ9A 5K2YA 5I58B 4OWDA 3CG3A 3K6VA 1O63A 3ECRA 1LAHE 3DLNA 4Q8RA 2A5SA 4QRZA 2VOZA 3MP6A 5KDTB 1P1NA 2ZNUA 2QS3A 3TTRA 1NL5A 3HO7A 4IB2A 3M3LA 1US4A 3I6VA 3MW0A 1MY1A 4NF8A 1MS7A 1FW0A 2V3TA 3VLVA 3H03A 3G7WA 3PMVA 1N7WA 3WAFA 4POWA 4KYEA 3TQWA 1SW1A 3OEKA 4O3BA 2F78A 3MJNA 2B3FA 2DP8A 3TTMA 3C35A 4ECFA 1IEJA 3BFUA 3MWBA 3UORA 1LB8A 2DE2A 3VLWA 2V93A 5HPQA 4P11A 1LCFA 1PB9A 3QIMA 3VXCA 1P1QA 5CMBA 4U4SA 4PE5B 3TTLA 1VR5A 4NF6A 4ZEFA 3IL1B 4WEDA 1TT1A 2UVGA 2DYXA 2X7PA 4Z0IA 2VHAA 4XKRA 4O3CA 1DOTA 1MQIA 3TFLA 2O7UA 3Q28A 2R71A 3MZ1A 5L9OA 4TLMB 1XHYA 3MVXA 1H76A 1SQYA 3RT6B 1H3DA 3AXFA 3G3HA 1II5A 2DE3A 4F2OA 4U2RA 2F7AA 3N6TA 4X48A 3K1PA 1Y4TA 3H06B 4X1DA 1FQFA 1A7LA 2QJEA 2ZMBA 3S9NC 4F3BA 3B7DA 2H5YA 4GXSB 3MP1A 1B2HA 1POY1 1POTA 1BIYA 1ZIUA 3PPRA 1N84A 1USYH 2F97A 1LCTA 2Z8DA 5AE4A 3UN6A 2RCAA 4DE8A 3KFMA 2FA7A 1MXZA 3S4UA 1R9LA 1QJMA 4DCXA 2XXVA 2OLBA 1HSEA 1UTHA 2VP1A 3N94A 2HFBA 2Y84A 4PQJA 4P0IA 3O6HA 3U94A 1ZU0A 4BDOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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