4YMBA

Structure of the ligand-binding domain of gluk1 in complex with the antagonist cng10111
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
254
structure length
252
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure-Activity Relationship Study of Ionotropic Glutamate Receptor Antagonist (2S,3R)-3-(3-Carboxyphenyl)pyrrolidine-2-carboxylic Acid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor
molecule tags Signaling protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 80
structure length 252
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ymbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ymbA02
3C33A 3FXUA 3PD8A 3C4MA 3HSTA 4F2QA 3K02A 1P1WA 3U1OA 5L9SA 3MZ1A 3ILUB 3T9XB 5I84A 1LGBC 5TP9B 4ZDMA 3Q25A 5JTYB 1FQEA 2HAVA 3VXCA 2VGQA 4ZS9A 2PX1A 1OVBA 4XKNA 1LBBA 3G3HA 1QKAA 4ZZEA 2H99A 3DP6A 1EH3A 4OVJA 1A54A 1BLFA 4NWDA 1D3KA 4LP2B 4MBPA 1PBPA 2NUVA 3OELA 4BLAA 3H7MA 4LATA 4IGRA 5CI5A 4LA9A 4EF2A 2XXIA 4RXLA 2QS4A 1IIWA 3UORA 1PDAA 3K6XA 2OBGA 3JYRA 2F7BA 3Q29A 1P1NA 5ITPA 4JBZA 1CB6A 5DVFA 3C35A 3K1PA 5KZTA 4GOTA 2E1SA 2F6PA 1QUKA 1BP5A 3DM0A 1SW1A 3MC2A 1US5A 2GRVA 4KI0E 4IO6A 3QUFA 1IXIA 4GWOA 3SKPA 5EYFA 2R6GE 3B7DA 3T9VA 2RF1A 1B40A 3U72A 1O63A 3O6GA 3DP8A 3K2DA 1M5FA 4H5FA 1MY2A 3N6UA 4DCXA 3L6HA 3LUYA 4PETA 3MPLA 3FVNA 3B6QA 1EU8A 3PGFA 4IB2A 1URDA 3H06B 3U93A 3CFZA 1ZJLA 5ICTA 3HHFA 4F22A 2DXYA 2DE3A 3CFLA 3TQLA 3UGWA 4HW8A 3LBSA 1ZKBA 4YKKA 2ZNUA 2ONSA 4XTCQ 2E0SA 4N13A 1Y4CA 4NF8B 5H8FA 4AQ4A 1B3FA 3KN3A 4OYVA 3IORA 3TKDA 1MQDA 3H6TA 5KCJB 1MXUA 4LVQA 2A5TA 4THIA 1Y4TA 1AH5A 1B52A 4E0XA 5F7VA 1AMFA 1B51A 4P0GA 3TTKA 1NL5A 3MPKA 4ZEFA 3MVZA 1NFTA 1SW4A 3S9MC 1QUIA 5B7DA 3RTFB 4FAJA 4ELPA 1JQFA 3N5LA 1ZIUA 2F36A 1LAFE 1PB7A 1SQYA 2Y7RA 5L8DA 2GFEA 1GR2A 3K00A 4BDQA 5I56B 2Z8EA 4DLDA 1UTBB 2FNCA 4POXA 2ESNA 4QSEA 3IB1A 1QUJA 4NF5A 5HM4B 2R9JA 3L6GA 3DP4A 4IY5A 5AA2B 3HO7A 2PT2A 3R26A 5ISUA 1MY0A 3PUZE 1DOTA 2Q88A 3RT6B 2QS2A 3SEVA 4ZEIA 5AA4B 5CM6A 2DWIA 1SBPA 1P1QA 1XS5A 3LSWA 4AB5A 2Y7WA 4HCWA 1ZTYA 2F8DA 2P0SA 2XXXA 2QSXA 4PFTA 3KOTA 3PMVA 2R71A 3UN6A 4NE4A 4F1UA 3IOTA 2B3BA 3G7WA 4EQBA 1SYHA 2UYEA 5DEXB 1USYE 4ZZAA 2DVCA 3S9LC 3V83A 1RYXA 1YCJA 1MXVA 3CFXA 3N26A 1B4ZA 3PPPA 3MP6A 5DYHA 5I59B 3V5AA 1FQCA 2QMXA 4L17A 3UK4A 3I6VA 3Q26A 4G68C 5TPAB 4BDOA 3G3JA 4YB7A 3FXRA 2F7AA 1ZMGA 3O29A 4FE8A 1Z7NE 4YKIA 4ELRA 2DWAA 5AE4A 2F5XA 4KR5A 4FATA 4MLQA 2HEUA 1IITA 1US4A 4PQJA 3PUXE 1N76A 5I2NA 2GH9A 3GLBA 1MM7A 3KN7A 4IO3A 1R6ZA 5IAIA 1DTZA 4PE5B 1L5TA 2H4IA 3TELA 3PUWE 3JV9A 4F3GA 2H25A 3A3UA 4KYEA 3RTWB 4TOZA 5A5XA 1YTVA 1BTJA 3MAMA 3FJ7A 4OWDA 3VXBA 2D21A 4IY6A 4Q8RA 3U8QA 5CBRA 4OETA 4X1BA 2I3VA 5I58A 1YPNA 1OQHA 4IO2A 4JB7A 2XXPA 2CMOA 3VVDA 3B6TA 1I69A 4O3CA 4F2OA 1AIVA 1WVJA 4LQ2A 4PFWA 4EXLA 4DIGA 2GHAA 1P99A 4XKQA 3C36A 1DPEA 1LCTA 3IL1B 1H43A 1ELJA 2XX8A 1JNFA 3MQ9A 3MZBA 2Z23A 1MS7A 4OMBA 4Q5TA 1IQ7A 1URSA 4U4SA 4ZEKA 3PMWA 4G2ZA 1B6HA 2W7YA 2GHBA 4OZ9A 3LR1A 3E9XA 3O6IA 5I2KB 3K1MA 3BFUA 2XX9A 1Y9UA 4JWOA 3KBRA 3VFJA 2DE4A 3IJXB 3F11A 4OESA 2O51A 3FGSA 5BWJA 3LSXA 3UA8A 4OHNA 1SW5A 2NOOA 2DWHA 5AA1A 4G68B 4MFIA 4M4GA 1NNFA 3N6TA 1NKXA 3WAFA 4ZEDA 2V25A 3EQ1A 2Q9TA 4GF8A 4HS7A 5LOMA 3MBPA 2Q89A 3LC8A 1XVXA 4M1VA 1B2HA 3KG2A 4GLIA 5FTHA 5L9MA 1QVSA 3H3GA 4FJPA 3BBRA 4G4PA 3KOSA 3HPIA 3S9NC 3TTRA 3KJ7A 1B1HA 1N84A 3G3GA 4AB6A 2QPQA 3O6HA 4NF4B 4GQOA 4P0IA 2X26A 3O97A 2DYXA 3HV1A 3TMGA 3G3FA 2G93A 4R9GA 5FTIA 4WKMA 3TZAA 4PFYA 3IB2A 1KWHA 3IOVA 4NF4A 3HCQA 1QW0A 3TUSA 4BDMA 3TEPA 3ZKLA 4YZZA 2O1MA 4LZ8A 4GD5A 4H1XA 5JEIA 2NXOA 1FTMA 3FIRA 1LB8A 3OD7A 1MH4A 1H45A 4GL8A 4TQUQ 1A8EA 4BDRA 4C1TA 3SEWA 3FVKA 1MPCA 1B5HA 3CG3A 4H67A 3QSLA 1MXWA 1SYIA 1PB8A 3B6WA 4I9DA 2RCBA 4EUOA 3VLWA 1FTOA 3IX1A 1VFDA 3T9UA 1NH7A 3LSLA 1ZBMA 2LAOA 2REGA 4GIZA 1POY1 5H8QA 5K2XA 2AL5A 2OLBA 2NWJA 1FQAA 4DXBA 2ONRA 3M3FA 4NTLA 5CMKA 1FTJA 3CI8A 4H0WA 3FUZA 3TCGA 1Y3QA 5H8FB 3FVOA 3PPRA 3MP1A 1FCKA 2A5TB 3OENA 3FV2A 3PPQA 2QJEA 3TFLA 2PVUA 4RJZA 2F34A 2O7IA 4QFLA 3VVFA 4NMYA 4R2FA 3CG1A 4OERA 3DELB 1JW4A 3TTNA 1ZLQA 1B3GA 5M2VA 4HTGA 4F1YA 3MW0A 1SDXA 2V3QA 2Y7IA 3RUMA 5FHNA 4NF5B 1VSOA 2F35A 2F6GA 1HSLA 2QS1A 4I1DA 1EZPA 2X7PA 4X1DA 4X9TA 3A09A 4YMAA 3CSGA 5CRYA 4GFRA 3ZS6A 2XXRA 3V8XB 3K6UA 3CRBA 1R9QA 3MZ9A 1OIBA 3VLUA 2HQ0A 3GXAA 4GL0A 3G3KA 3MJNA 4OXVA 4RA1A 1LFGA 4GRKA 1JVYA 5FHMA 3SERA 2UYFA 3MVXA 4H6DA 4N6PA 4TLMB 3EHSA 5H8NA 3PD9A 2M8CA 1SI0A 1Y3PA 1NNKA 5HBCA 2RC8A 4XKPA 3RQTA 3M8UA 2V93A 4ISUA 4NF6B 2I0CA 2PYYA 1FTKA 1IEJA 3ILTB 1B0LA 1B9JA 1QKBA 3DLNA 1H44A 1MXYA 2ALUA 4ZEBA 2NVUB 2OJTA 2QRYA 4N07A 5KDTA 1JW1A 3TODA 4TLLB 4YB5A 3N94A 5I2NB 5I57B 4QFKA 4I8CA 4XKRA 3EN3A 4NF6A 4ESWA 4F19A 3C32A 3FJMA 4QSDA 2ZYNA 3IOWA 3FXQA 1QJMA 1S7YA 3RT8A 2Y7KA 3M3LA 1LSTA 3VE1B 1GGGA 4Z7EA 1RKMA 5A5XB 2I58A 4ESXA 4R6KA 1A55A 3I3VA 3K1NA 5TU0A 2P2AA 1B7UA 3KJTA 4H8JA 4K3FA 4E0WA 2UVIA 3W9WA 5I57A 2XXVA 1N0TA 5I58B 3FD3A 4OENA 1A40A 4O3BA 3IB0A 3VLVA 3QUJA 2AL4A 3EHTA 4KCCA 2XD3A 3PUYE 5DT6A 2XD2A 2DOJA 4U22A 3KSJA 3ECRA 1N3WA 3PPNA 3K0VA 2G29A 1SW2A 4DCYA 1N3XA 1MRPA 3EPEA 2Q2AA 4ECFA 3SEYA 1A99A 5H8HB 1GVCA 2BJJX 4U1OA 3EHUA 4R73A 4ELQA 1VFEA 3LSFB 4RPNA 3IAZA 2PBWA 1JW5A 4QHQA 4H8IA 3MUQA 1T0KA 3KZGA 1B3LA 3VDFA 3T96B 4GXAA 4GVOA 1TXFA 2DVZA 3O9PA 5EHSA 3UP9A 1EZOA 5H8HA 3S9EA 3PMXA 2QS3A 1OVTA 3TCFA 3U94A 4U2RA 4UA8A 1HSJA 1DTGA 1LLSA 1J1NA 4KD5A 3KGCA 5HPQA 1MXZA 4MF3A 2OZZA 4FEBA 2H5YA 2XXHA 2Q8JA 1FQFA 4F3BA 1Y1MA 1IZ1A 3GZGA 4HCYA 3O28A 4PP0A 1PEBA 3KSXA 3IK6B 3SETA 2UVHA 3FATA 4QF9A 2ZYMA 4EQ9A 1A8FA 3M3KA 1YAEA 1OLAA 1ZU0A 2IEEA 3PU5A 3MWBA 2XXUA 3QYTA 3R7XA 1M5DA 5CBSA 2O6AA 1IUDA 1URGA 3TCHA 2ZMBA 1B5IA 4YKPA 2VHAA 3KEIA 4YU0A 3GBBA 1BIYA 3C34A 4R6YA 3RY3A 4RK2A 3K01A 3OSQA 3FASA 1Y3NA 4Q0CA 4FORA 2Y7PA 3H4ZA 3S4UA 1UIUA 4YAHX 4G8MA 4JWYA 3K4UA 3TQWA 2IA4A 1WDNA 4FEDA 1SD3A 3OXNA 3RPWA 1OLCA 4EF1A 4KQPA 3G3IA 4KYSA 1UTHA 3RGYA 1MM6A 1RYOA 3R6UA 1PB9A 3RNNA 4WXJA 3TTLA 2I4BA 4OEVA 4EXKA 4Q30B 4F29A 3H6VA 2WKYA 4POWA 1LAGE 5J1DA 2O68A 4R74A 4F39A 1N7XA 1P1UA 2B65A 1D9VA 1GV8A 2V84A 2XXTA 4RPOA 1TWYA 2P1SA 3U92A 1B3HA 1Q35A 1Z7ME 1XOCA 4LONB 2Q2CA 2VOZA 2DS9A 3PUVE 2I4CA 1B46A 4R75A 1LBCA 2H98A 2I6EA 4RNSA 1IXGA 2OWSA 5H8QB 2RKMA 5TP9A 5CMMA 1MPDA 5ELVA 4EDPA 1MPBA 5AA3A 5JTYA 2XX7A 1DMBA 1XVYA 4JWXA 1GTKA 2O1LA 2AIXA 3GBAA 1P1OA 2O7UA 2VD3A 3TYHA 1NMUA 4G77A 3OO7A 1O7TA 4U21A 4JSDA 3K6VA 2HAUA 4DZ1A 3O2AA 2YLNA 3E3KA 1N04A 3E4RA 3W15C 4DE8A 1B4HA 4XIGQ 1MQGA 2Z8FA 2ZYKA 1MDQA 3FJGA 3HHGA 5CMCA 1MQJA 2HZLA 4QSCA 3ODBA 4F31B 1IXCA 3CVGA 3OO9A 4ND9A 3OOAA 3HN0A 1H76A 1B7HA 1EZ9A 2YPNA 4PFUA 2O84X 4BDLA 1MXXA 4ZE8A 3I5OA 4MLVA 2RC7A 4G8NA 5ITOA 1NNPA 1FQDA 3W9VA 3AXFA 4KPTA 3BKIB 2VP1A 3USDA 3SEXA 1MDP1 3Q28A 1F9BA 4QFPA 2X7QA 3WAEA 2OCUA 1OMPA 1LCFA 2QL3A 3C31A 5ICQA 2D3IA 3TAJA 4WEDA 2DQVA 2OK2A 1M5EA 4I62A 4ONYA 5IKBA 4C0RA 2F97A 3OSRA 3IO4A 1LFIA 2A5SA 4Z0IA 4R9FA 4O3AA 2HZKA 2H9BA 1B0HA 1I6QA 2RCAA 1AOVA 4X48A 1MH3A 1JEUA 4R6HA 4FECA 5H8NB 4IO4A 1Y20A 2ABHA 4NF8A 2F78A 1Q1KA 3H6UA 4U4XA 5KCJA 5AA2D 4F3SA 4IO7A 1Y1ZA 3IO6A 3T66A 3T9HB 4GXSB 5DVJA 2QMWA 5JK4A 3KN8A 3BFTA 3OEKA 3QXMA 5KDTB 1D4NA 1USYH 1LAHE 4WEPA 4JXIA 5K2YA 2DE2A 2HXWA 4R2BA 4RY1A 2Y84A 3OO8A 5I56A 1POTA 2OWTA 1UTBA 3KFMA 4EQ7A 2V3TA 2I48A 3RLFE 4NWCA 1XT8A 2UVGA 5AA2A 1B7ZA 2ZNSA 3S2VA 1B05A 1MY1A 4F18A 5BUUA 1MY3A 2ANJA 3CIJA 1B3EA 5AA4A 2XXQA 2I0BA 4BDNA 4QFOA 1MQHA 4ZE9A 1IXHA 4XXUA 1VR5A 1B1XA 4OFOA 3E13X 3SESA 1A7LA 4FIMA 4QFNA 3TDJA 4JDFA 3MVYA 3T22A 1MG1A 2RINA 2VD2A 3Q27A 1TFAA 5EHMA 4LZ5A 4OFLA 3OMBA 1XHYA 4OQOA 4U1ZA 3T93B 1CE2A 5DTBA 3P7IA 1XC1A 2DXRA 4F3PA 3UIFA 4MH5A 4DXCA 1NH8A 2XXWA 3K6WA 3C9HA 3QIMA 1M5CA 4UACA 1VE4A 1B32A 1LB9A 5DEXA 4RYAA 2HFBA 1ATGA 2RC9A 1FW0A 1TT1A 3OO6A 2ZYOA 4KYDA 3FV1A 3SDFA 2UVJA 1TFDA 5I59A 3TTMA 4YB6A 2DWJA 1I6BA 5TPAA 2FA7A 1JEVA 2Z22A 5B70A 3RN8A 2O69A 3THIA 4H65A 4F1VA 4DXUA 3H03A 1NNTA 1R1NA 2I3WA 1II5A 3D4GA 3V89B 4KHZE 3MVWA 4JSOA 1UQWA 2KLFA 3MP8A 4OTEA 3VV5A 1AL3A 1O64A 3FVGA 2PT1A 1LFHA 2F7CA 5DVIA 3EF7A 3QK6A 3H6WA 4ELOA 1FTLA 3OEMA 2DP8A 4YICA 3VVEA 2REJA 4KCDA 3IJOB 4LQ5A 1I6AA 2B3FA 5FHOA 5F1QA 3A3CA 1D9YA 3TPAA 4OEUA 1HSEA 4IO5A 3ZKKA 4P11A 2PMSA 4YKJA 1SI1A 1PC3A 1H3DA 1WODA 1LAXA 1MY4A 1DSNA 2ZXTA 1MQIA 4ZECA 4G8HA 2XXYA 4KFQA 4H5GA 1DPPA 4U23A 2AYSA 1FQBA 4IGTA 3D4CA 5L9OA 1B5JA 3JZJA 1PBQA 2YJPA 2CZLA 4DDDA 3SEUA 2THIA 2D5WA 2XHDA 3QAXA 1M5BA 2HCAA 1R9LA 2DSFA 2V3UA 1OQGA 2FYIA 2ZNTA 4LZ7A 5H8SA 1ANFA 4YMBA 2Z8DA 4C1UA 3PV0E 1UIVA 5I2KA 1QULA 3ZSFA 3IR1A 3CSBA 1UTHB 1JETA 3IOUA 1JVXA 3CR9A 1B58A 5CC2A 2ONKE 1S9TA 1SVXB 4R72A 1S50A 1N7WA 2UXAA 3ONMA 4RK9A 3FZVA 3PPOA 4G68A 2I49A 4OFJA 5CMBA 4LUBA 4QRZA 3O66A 4NEDA 1BKAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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